各位大佬好,求助!!!!我现在拿到的扩增文件(xxx.fastq文件)是由测序公司直接提供的,提供的扩增子fastq文件是直接clean data(去掉引物序列了),但它是有双端以及拼接后的文件。
dix-seq用pipeline命令 执行的流程如下:
trimming -> mergepairs -> primer_strip -> zotu -> classify ....
一、问题:
1、我目前由于fastq文件没有引物序列的,所以导致第三个环节直接把数据过滤掉了,无法进行下一步zotu后续操作,我应该如何去跳过查引物序列这个限制,或者说是直接生成zotu所需要的文件的方法?
二、尝试方法:
1、尝试把 -fwdprimer -revprimer -minamp -maxamp 参数去掉也执行不了

各位大佬好,求助!!!!我现在拿到的扩增文件(xxx.fastq文件)是由测序公司直接提供的,提供的扩增子fastq文件是直接clean data(去掉引物序列了),但它是有双端以及拼接后的文件。
dix-seq用pipeline命令 执行的流程如下: