From 999dd8340b5b89d9cce205596e302f0aae0976ab Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 11:50:47 -0600 Subject: [PATCH 01/11] begin translations --- Makefile | 26 +- bin/translate/__init__.py | 5 + bin/translate/__main__.py | 4 + .../__pycache__/__init__.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 172 bytes .../__pycache__/__main__.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 280 bytes bin/translate/__pycache__/api.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 5643 bytes bin/translate/__pycache__/cli.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 14991 bytes .../__pycache__/config.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 2734 bytes .../__pycache__/glossary.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 4645 bytes .../__pycache__/sync.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 6583 bytes .../__pycache__/verify.cpython-314.pyc | Bin 0 -> 7896 bytes bin/translate/api.py | 110 ++++++ bin/translate/cli.py | 248 +++++++++++++ bin/translate/config.py | 76 ++++ bin/translate/glossary.py | 83 +++++ bin/translate/prompts/general.md | 75 ++++ bin/translate/prompts/pt.md | 79 +++++ bin/translate/sync.py | 115 ++++++ bin/translate/verify.py | 110 ++++++ 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z{R_=oro-6OzR=V&9lG7TakhD(dGocth34I#1s9qROo#7?ElZ*_CrV3V*DbN@t4QNF z4I8Ep-fruh?Op2HG1s-@#>+R18`_Ph=DYSSw(Y;@FSd0pwZ-S!;@76;+n&A{xYN*f zdEcddOAS494L$P>Tdtq@vf-((8r$!*Z(eBMaWPnoHeHTfirjAOE=rq=U48I>yK~d* zYaeg;KIm;~{-?)ZSHCKf_UBeTq;ca)18M7D-bEsHh2v$Qac_S#JqDB}6T$xql(J_8 z^@Al@C(_!~LzNNLT4cNo{KN~L)|=r75!JSYM$ z571L`Au4-zcmRSuYr$v2@2;Eh?LA9~1Hs1tf`v7K)9a20KsxOJ5S|o2b(6Dc^Q@m-53;65BMOMY}>CN17AmRW;ynsf>BIg zbRa-qA|y~#6dR`_ck9|`67zMN3NIFGqlFi~si~jlZm;W@<^B--C^)~acREt6tH0cK zsqJFT%*!)xemM2pshP~p+P-N|G2C=v|M~qh-Sgp%vs)L#@nWRm!qEAlneB^_4e&rw z+pruVk%q$1!={MdA~Qv})KJMDdiQx`+*eYiO5*}kEcw4>qpTdkTyvqy{Fq<e4RBH^p@l>B9x zRe3@FN)G_MsS1xJ7f1vi7ht-u;h5k7Fu}lDCM$bf69ni0m*i1Cj_a*dt=k5E%CDaS z89LwTW~Pp}V^vB7-S2>@Ly*aQ5AeybOn}Mf`40Hy_%w+LQ_mg&3o1QaLNsi99QLE8 z4zV!25>p6~As|t+RfrI`FK=}FDF6=|H*+iy(orBgT zv2#xBToSu)iQV8F+-cdg)Y3cG(tB;^V#~nvU{PFOav#1FyJpWVZhpQPU4L1;B+dpG zqrIzM(z7W$@gOh6xFfL!x&f;63Cvii7B0P)!)pSX z9L9qtK6Ba6ygvJloq1>WQLvLiNV1)@7*hBQK@Vbvo)b-BhJvE&F=KC&jX+s}XYH5N z{WJ$v&_iOp3fZ!UgLhb7;Dpr(;l#g^@YkgCYqI`ZGBi(ymVJZ|-{*Z?{W5_Jd>1~v kjMaPf@TPb#1TReYq8RhvtA+6C{_`B%)c1P!~3+oHU>Y~AvU%*1~0)54?_Y8fnWlzGfCEIvM?F%j_rl@?)J_Y z$D2moG?5zARzO+_KKSrQK0rkZsuIbqB9)JP_|wih*qu^^s`<&EiHnH()pPF5tk;X7 zY1B&TmFC=Y-;eXWXSxD@4}rAzN8Zx|K|=nH1uHpBWMvwV0uhNuP7#so=QIv-Tfgn7 zU9%tMH9m~>_I}4vr{)ZkllFSDg@}9u5golYV~$>PD$ON2q2AR%($$(D`(FeGn;a)KSc#z>fu^R9ihWo`@z(WiVh+Hd))a5^kDKs^bO2}F&n-LOYO5%(v zjAW^xQ8}ZgWlc#6iEKtwGFrFC^Gs6CVa*85jtknDA`B>RY9s0Fr0_D8Q<+p|RLIfn zX(gd`sHGWjVs%Q@l<_{#n5N~_zG!qbrHxGtcPFyr(Tq98_Ea_si?Ue&QIzPo41;J? zQWG?l(^PCVw&WRz*z~HTtjUSAtg53&IKH<3&wG)Ypi_hSY9 z`RG`7T#3@0qNTK+C{=P%kV?%b5_lO#El$!fq2 zlB91cKWKM(Q!T8k)&cmoK<*RHvGp#3i_fua1?maA1Vk|51;FQC*$GI2#I4JL%NR6e z0J~YK*K9vU_8cVyu7&#=o8TJkX(gjOQ>r?lsCYZ7k{(g9cRLLL)NR=_dT`CIvuA3c zLEQkLK)wprUg*8F@8Z5@XoQj4#IJFoy1>rG4$*HdA{cx7gVtGTq6S!pYE2Vj69B%^hnZp zHaU?-9BBNL2{~=H1SM%CMO7`G$|#wvBvCv$Z9;%s)!iWGIfZIdv;m7XWn3^akx9UO z^}vU~FsXzjYZ^@rPiTq?)zGuVsR<>WmZS)0oDb=B&^VqG*FnIJ_c$PMyaItkZQ6V_ zxv;UPaO94|f8PeowPGjEz%pX@{cy~82|FkoyoP!>8>8NSK-L$xIJ6i^w3XrZc!?LI zcAy(?(9NY}BqW_)m6kK345ermfM!TVwgWgCI{_Z;u`P;-E-v+6e${9okVH#f?llY*D6F(XcS9Q!txo^})$ZSPd1}EQ0fphMTl6-~dz%)$EuVW^mfV5! z{&W6Cck{fvd9G#Gf_wK;u>O7jok0C!AUq!k7Xw=g&o5PPTC8rJuWl_?Z!Pr06z30| zJFw_&{@mMKF~RNy_Z~LESNw(xlUH{w@H=mpVYL@_PoG`jyUXhuF1xNCS>Sta^P4Vr zTpd~9pS5;ula;F^#Np#tuCmEM zm7uDuNFry6GE*jx?!m|GmdZ#1BY|S$t#V1xm8(*7twGCgFI&4@(TSk>tq;U@o8e5L zA8bj80K%37rUgzGQW;@5tBoE&-nEm4@H=P!$Baq$;+FdWJc{*DzROrI z&R8$b8LSuQ4AzTt2J6K+gZ1Ku`;#bVJ<}oJSFW(T`ERh^Q16~e@Zj4_d-|Q(EN1rs zbH#Wc*~we19)`ytupE35M?P$_8!BIcDPMS#O@PW2KszVKfWzK+;>hYjX6(t7V4hy!q|`g}dN%!&}? z>~WVhQ_Q}en-wD#Ls@x_|F>gG`nEL2F?4thYqR)=wX%7Vl7qEcFWQi)fwdhEW$h-D zwGAJlf~~7gwZ8Slwq0+>)qG=lhqa7NQM(Pm3*1H(-G%-HI0AariC2!l+<&}(;4rO& zcHK3S$|U7&L@00B3ny7rRi1JC9C z*K0p&zSdl<-c{(o4X?_*i=nppP}}rSF|@rH>@FO=T~l}A$BXst^Y!i1Q^ooxiZweQ zA{KjRI%gVh?wWmk7TlBAE%(q5M=XxQnM-03geS*cf)I5u=BR@)M;(kg>R`+t6bsX_ z;a7hDUlt1xhLT{wX3exJ3^{NU*6mSZ{hT9SdbPw#TDh#wVF?El4Dg}Y8|pg?M%hfI z*-=!=>PsuE6`mas3LNKh&X}W`908k|bH!YPLFax!R4DYV zaL4?sI|JpRd%$=y!>g#ekC{)a6gVrVQ%T9X65V!YQbj2+6pZD(J%OttV3KwN5Ku97 z8!jFD;MnD#UKc-#UyB#(`U)rR)NEd?X`ioYpPnq%L_v{+gvC(je5mv4redh4aQrKm z=l#BSe|Dwya=O^qwczSnI;wq1YeM&s|KxouC)#6CMT>nlF@%G{yYoNwqKc3YL_ z8#mc-f-4OCCD8c3ZOQ9DzvtYZU-n%-b<5ke^O$K)rL%Z@xyo0PiJrLd~TTsqBQB zo)XltEY$?~^N`MFM!N?_jZ@q?kZ&q`BH^gB3blH7=Iz}(w&s08cEnOE5py6pm~UKf zAkHpyLKKgQ_I6lhRlXw+cm(*)!r-#;&O*$=LKqKt1sKAn2pH472M7iqsxLHLYPs0* zn{d&;rEr9K1eXq6JWvd^6@y#BJ9ham)V%lBpWT5aU)>kJmcrpBm+yV`y|>oL>0G#P z=E<9(nXa4QAd9!$FD+FCE`)y7RMBbg%+{OsnWme^=UQI8zG8HEgdA=(_em?ubX`AP$4=(!tuV#vJZhf+o_2+)gnt!^X4uPmIF1pra8=sKDq|VTJ{l#fPIHE#D@)2>f#fAamoSFAn^es`IRJz1=e7Hf7Cj@=GzxG=TY&^h0L zwy~k780sw?UkYseBG6HI{!3S&LY8`O4BhCTYkB&X`vAJ#LB@)apze~SWETEzunW+= zr9Y60O7XSN{*ve}{4J194X^$OU{OgHjbX24;|alxJX0I&Xe~It1_2&dckeg;%sfp` zLlMn~Is{>%CfZ$M3bFF}&Z1vd9+x7m>aM)&Kwi literal 0 HcmV?d00001 diff --git a/bin/translate/api.py b/bin/translate/api.py new file mode 100644 index 00000000..8c7584e9 --- /dev/null +++ b/bin/translate/api.py @@ -0,0 +1,110 @@ +"""Claude API integration for translation. + +Adapted from the Nextflow Training project's translation system: +https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/_scripts/translate +""" + +import asyncio +import random +from dataclasses import dataclass + +import anthropic + +from .config import ( + BASE_DELAY, + MAX_CONTINUATIONS, + MAX_RETRIES, + MAX_TOKENS, + MODEL, + REQUEST_TIMEOUT, + TranslationError, + validate_api_key, +) + + +@dataclass +class TranslationResult: + text: str + model: str + input_tokens: int + output_tokens: int + stop_reason: str + continuations: int + + +async def _call_once( + client: anthropic.AsyncAnthropic, + system: str, + messages: list[dict], + label: str = "", +) -> anthropic.types.Message: + """Single API call with jittered exponential backoff on transient errors.""" + for attempt in range(MAX_RETRIES): + try: + return await client.messages.create( + model=MODEL, + max_tokens=MAX_TOKENS, + system=system, + messages=messages, + timeout=REQUEST_TIMEOUT, + ) + except ( + anthropic.APIConnectionError, + anthropic.APITimeoutError, + anthropic.RateLimitError, + anthropic.InternalServerError, + ) as e: + if attempt == MAX_RETRIES - 1: + raise TranslationError(f"[{label}] API failed after {MAX_RETRIES} retries: {e}") + delay = BASE_DELAY * (2**attempt) + random.uniform(0, 1) + await asyncio.sleep(delay) + + raise TranslationError(f"[{label}] Exhausted retries") + + +async def call_claude_async( + prompt: str, + system: str, + client: anthropic.AsyncAnthropic | None = None, + label: str = "", +) -> TranslationResult: + """Send a translation prompt to Claude and return the result. + + Handles automatic continuation when responses hit the token limit. + """ + own_client = client is None + if own_client: + client = anthropic.AsyncAnthropic(api_key=validate_api_key()) + + try: + messages = [{"role": "user", "content": prompt}] + total_input = 0 + total_output = 0 + full_text = "" + continuations = 0 + + response = await _call_once(client, system, messages, label) + full_text += response.content[0].text + total_input += response.usage.input_tokens + total_output += response.usage.output_tokens + + while response.stop_reason == "max_tokens" and continuations < MAX_CONTINUATIONS: + continuations += 1 + messages.append({"role": "assistant", "content": response.content[0].text}) + messages.append({"role": "user", "content": "Continue exactly where you left off."}) + response = await _call_once(client, system, messages, label) + full_text += response.content[0].text + total_input += response.usage.input_tokens + total_output += response.usage.output_tokens + + return TranslationResult( + text=full_text, + model=response.model, + input_tokens=total_input, + output_tokens=total_output, + stop_reason=response.stop_reason, + continuations=continuations, + ) + finally: + if own_client: + await client.close() diff --git a/bin/translate/cli.py b/bin/translate/cli.py new file mode 100644 index 00000000..7b133c44 --- /dev/null +++ b/bin/translate/cli.py @@ -0,0 +1,248 @@ +"""CLI for Bactopia documentation translation. + +Usage: + python -m bin.translate sync --locale pt # incremental sync + python -m bin.translate sync --locale pt --full # full retranslation + python -m bin.translate file --locale pt --path docs/quick-start.md + python -m bin.translate verify --locale pt +""" + +import argparse +import asyncio +import sys +import time +from pathlib import Path + +import anthropic + +from .api import call_claude_async +from .config import PROMPTS_DIR, REPO_ROOT, TranslationError, validate_api_key +from .glossary import postprocess +from .sync import ( + TranslationFile, + discover_files, + find_changed_files, + get_hash, + load_hashes, + remove_orphaned, + save_hashes, +) +from .verify import verify_file + + +def _load_prompt(name: str) -> str: + """Load a prompt file from the prompts directory.""" + path = PROMPTS_DIR / name + if not path.exists(): + print(f"ERROR: Prompt file not found: {path}", file=sys.stderr) + sys.exit(1) + return path.read_text().strip() + + +def _build_system_prompt(locale: str) -> str: + """Build the full system prompt from general + locale-specific prompts.""" + general = _load_prompt("general.md") + locale_path = PROMPTS_DIR / f"{locale}.md" + if locale_path.exists(): + locale_prompt = locale_path.read_text().strip() + return f"{general}\n\n---\n\n{locale_prompt}" + return general + + +def _build_user_prompt(en_text: str) -> str: + """Build the user prompt with the English source text.""" + return ( + "Translate the following documentation file. " + "Return ONLY the translated file content, nothing else.\n\n" + f"```\n{en_text}\n```" + ) + + +async def _translate_file( + tf: TranslationFile, + locale: str, + system_prompt: str, + client: anthropic.AsyncAnthropic, + semaphore: asyncio.Semaphore, +) -> tuple[TranslationFile, bool, str]: + """Translate a single file. Returns (file, success, message).""" + async with semaphore: + en_text = tf.en_path.read_text() + user_prompt = _build_user_prompt(en_text) + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + + try: + result = await call_claude_async( + prompt=user_prompt, + system=system_prompt, + client=client, + label=label, + ) + + translated = result.text.strip() + if translated.startswith("```"): + first_newline = translated.index("\n") + 1 + translated = translated[first_newline:] + if translated.endswith("```"): + translated = translated[: -len("```")] + translated = translated.strip() + + translated = postprocess(translated, locale) + + tf.lang_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True) + tf.lang_path.write_text(translated + "\n") + + tokens = result.input_tokens + result.output_tokens + return (tf, True, f"OK ({tokens} tokens)") + except TranslationError as e: + return (tf, False, str(e)) + except Exception as e: + return (tf, False, f"Unexpected error: {e}") + + +async def _run_sync(locale: str, full: bool, parallel: int, include: str | None) -> int: + """Run the sync operation. Returns exit code.""" + print(f"Discovering files for locale '{locale}'...") + all_files = discover_files(locale) + print(f" Found {len(all_files)} English source files") + + if include: + all_files = [f for f in all_files if include in f.relative or include in f.plugin_id] + print(f" Filtered to {len(all_files)} files matching '{include}'") + + orphaned = remove_orphaned(locale, all_files) + if orphaned: + print(f" Removing {len(orphaned)} orphaned translations") + for p in orphaned: + p.unlink() + + changed = find_changed_files(locale, all_files, force=full) + if not changed: + print(" No files need translation. Everything is up to date.") + return 0 + + mode = "full retranslation" if full else "incremental" + print(f" {len(changed)} files need translation ({mode})") + + api_key = validate_api_key() + system_prompt = _build_system_prompt(locale) + client = anthropic.AsyncAnthropic(api_key=api_key) + semaphore = asyncio.Semaphore(parallel) + + try: + start = time.monotonic() + tasks = [_translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore) for tf in changed] + + succeeded = 0 + failed = 0 + hashes = load_hashes(locale) + + for coro in asyncio.as_completed(tasks): + tf, ok, msg = await coro + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + if ok: + succeeded += 1 + hashes[f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}"] = get_hash(tf.en_path) + print(f" [{succeeded + failed}/{len(changed)}] {label}: {msg}") + else: + failed += 1 + print(f" [{succeeded + failed}/{len(changed)}] FAILED {label}: {msg}") + + save_hashes(locale, hashes) + elapsed = time.monotonic() - start + print(f"\nDone in {elapsed:.1f}s: {succeeded} translated, {failed} failed") + return 1 if failed > 0 else 0 + finally: + await client.close() + + +async def _run_file(locale: str, path: str) -> int: + """Translate a single file. Returns exit code.""" + source = REPO_ROOT / path + if not source.exists(): + print(f"ERROR: File not found: {source}", file=sys.stderr) + return 1 + + all_files = discover_files(locale) + matching = [f for f in all_files if f.en_path == source] + if not matching: + print(f"ERROR: File not in any docs plugin: {path}", file=sys.stderr) + return 1 + + tf = matching[0] + api_key = validate_api_key() + system_prompt = _build_system_prompt(locale) + client = anthropic.AsyncAnthropic(api_key=api_key) + + try: + semaphore = asyncio.Semaphore(1) + _, ok, msg = await _translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore) + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + if ok: + hashes = load_hashes(locale) + hashes[f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}"] = get_hash(tf.en_path) + save_hashes(locale, hashes) + print(f" {label}: {msg}") + print(f" Written to: {tf.lang_path}") + return 0 + else: + print(f" FAILED {label}: {msg}", file=sys.stderr) + return 1 + finally: + await client.close() + + +def _run_verify(locale: str) -> int: + """Verify translated files. Returns exit code.""" + all_files = discover_files(locale) + total = 0 + issues_count = 0 + + for tf in all_files: + if not tf.lang_path.exists(): + continue + total += 1 + result = verify_file(tf.en_path, tf.lang_path) + if not result.ok: + issues_count += 1 + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + for issue in result.issues: + print(f" {label}: {issue}") + + print(f"\nVerified {total} files: {total - issues_count} ok, {issues_count} with issues") + return 1 if issues_count > 0 else 0 + + +def main() -> None: + parser = argparse.ArgumentParser( + description="Bactopia documentation translation tool", + prog="python -m bin.translate", + ) + sub = parser.add_subparsers(dest="command", required=True) + + sync_p = sub.add_parser("sync", help="Sync translations for a locale") + sync_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") + sync_p.add_argument("--full", action="store_true", help="Force full retranslation") + sync_p.add_argument("--parallel", type=int, default=10, help="Max parallel API calls") + sync_p.add_argument("--include", help="Only translate files matching this string") + + file_p = sub.add_parser("file", help="Translate a single file") + file_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") + file_p.add_argument("--path", required=True, help="Relative path to English source file") + + verify_p = sub.add_parser("verify", help="Verify translated files") + verify_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") + + args = parser.parse_args() + + if args.command == "sync": + code = asyncio.run(_run_sync(args.locale, args.full, args.parallel, args.include)) + elif args.command == "file": + code = asyncio.run(_run_file(args.locale, args.path)) + elif args.command == "verify": + code = _run_verify(args.locale) + else: + parser.print_help() + code = 1 + + sys.exit(code) diff --git a/bin/translate/config.py b/bin/translate/config.py new file mode 100644 index 00000000..6a905d05 --- /dev/null +++ b/bin/translate/config.py @@ -0,0 +1,76 @@ +"""Configuration for the Bactopia docs translation system.""" + +from pathlib import Path + +REPO_ROOT = Path(__file__).resolve().parent.parent.parent + +# Claude API settings +MODEL = "claude-sonnet-4-6" +MAX_TOKENS = 32_768 +REQUEST_TIMEOUT = 600 +MAX_RETRIES = 8 +BASE_DELAY = 2.0 +MAX_CONTINUATIONS = 5 +DEFAULT_PARALLEL = 10 + +# Paths +PROMPTS_DIR = Path(__file__).resolve().parent / "prompts" +I18N_DIR = REPO_ROOT / "i18n" +TRANSLATIONS_DATA_DIR = REPO_ROOT / "data" / "translations" + +# Docusaurus plugin ID to source directory mapping. +# The default docs plugin (preset-classic) has no explicit ID, so its +# i18n directory is just "docusaurus-plugin-content-docs". +PLUGIN_MAP = { + "docs": { + "source": REPO_ROOT / "docs", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs", + "extensions": [".md", ".mdx"], + }, + "bactopia-tools": { + "source": REPO_ROOT / "bactopia-tools", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools", + "extensions": [".md", ".mdx"], + }, + "bactopia-pipelines": { + "source": REPO_ROOT / "bactopia-pipelines", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines", + "extensions": [".md", ".mdx"], + }, + "developers": { + "source": REPO_ROOT / "developers", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-developers", + "extensions": [".md", ".mdx"], + }, + "impact": { + "source": REPO_ROOT / "impact", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-impact", + "extensions": [".md", ".mdx"], + }, +} + +# Files to exclude from translation +EXCLUDE_FILES = { + "changelog.md", +} + + +class TranslationError(Exception): + pass + + +class ConfigError(Exception): + pass + + +def validate_api_key() -> str: + """Return the ANTHROPIC_API_KEY or raise ConfigError.""" + import os + + key = os.environ.get("ANTHROPIC_API_KEY", "").strip() + if not key: + raise ConfigError( + "ANTHROPIC_API_KEY environment variable is not set. " + "Get one at https://console.anthropic.com/" + ) + return key diff --git a/bin/translate/glossary.py b/bin/translate/glossary.py new file mode 100644 index 00000000..14c6a5d9 --- /dev/null +++ b/bin/translate/glossary.py @@ -0,0 +1,83 @@ +"""Deterministic glossary post-processing for translations. + +Applies glossary.yml rules after LLM translation to enforce term consistency. + +Adapted from the Nextflow Training project's translation system: +https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/_scripts/translate +""" + +import re +from functools import lru_cache +from pathlib import Path + +import yaml + +from .config import TRANSLATIONS_DATA_DIR + + +@lru_cache(maxsize=8) +def load_glossary(locale: str) -> dict: + """Load and cache the glossary for a locale.""" + path = TRANSLATIONS_DATA_DIR / locale / "glossary.yml" + if not path.exists(): + return {} + return yaml.safe_load(path.read_text()) or {} + + +def apply_glossary(text: str, locale: str) -> str: + """Apply glossary term enforcement to translated text.""" + glossary = load_glossary(locale) + if not glossary: + return text + + for entry in glossary.get("terms", []): + source = entry.get("source", "") + target = entry.get("target", "") + if source and target: + text = re.sub( + re.escape(source), + target, + text, + flags=re.IGNORECASE, + ) + + return text + + +def fix_admonitions(text: str, locale: str) -> str: + """Ensure Docusaurus admonition keywords remain in English. + + Docusaurus uses :::note, :::tip, :::warning etc. The keywords must + stay in English but the optional title can be translated. + """ + glossary = load_glossary(locale) + admonition_titles = glossary.get("admonition_titles", {}) + + admonition_re = re.compile(r"^(:::)(\w+)(.*)", re.MULTILINE) + + def _fix_match(m: re.Match) -> str: + prefix = m.group(1) + keyword = m.group(2).lower() + rest = m.group(3) + + valid_keywords = {"note", "tip", "info", "warning", "danger", "caution"} + if keyword not in valid_keywords: + return m.group(0) + + if rest.strip() and rest.strip().startswith("["): + return f"{prefix}{keyword}{rest}" + + if keyword in admonition_titles and not rest.strip(): + title = admonition_titles[keyword] + return f"{prefix}{keyword}[{title}]" + + return f"{prefix}{keyword}{rest}" + + return admonition_re.sub(_fix_match, text) + + +def postprocess(text: str, locale: str) -> str: + """Run all post-processing steps on translated text.""" + text = apply_glossary(text, locale) + text = fix_admonitions(text, locale) + return text diff --git a/bin/translate/prompts/general.md b/bin/translate/prompts/general.md new file mode 100644 index 00000000..d1831a95 --- /dev/null +++ b/bin/translate/prompts/general.md @@ -0,0 +1,75 @@ +Translation tooling and prompts adapted from the Nextflow Training project: +https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md + +--- + +You are an expert translator for technical bioinformatics documentation. You will +translate Markdown/MDX documentation files from English to the target language while +maintaining perfect structural fidelity. + +## Core Rules + +1. Translate all prose, descriptions, and explanatory text naturally -- not word-for-word. +2. Maintain the same technical tone: clear, direct, professional. +3. Preserve the EXACT file structure: frontmatter, headings, paragraphs, lists, tables. + +## What to NEVER translate + +Keep ALL of the following in English exactly as they appear: + +- **YAML frontmatter keys**: `title`, `description`, `tags`, `sidebar_position`, `slug`. + Translate the VALUES of `title` and `description`, but keep `tags` values in English. +- **Code blocks**: Everything inside ``` fences stays exactly as-is. Never translate + code, commands, file paths, parameter names, or console output. +- **Inline code**: Text inside backticks (`like this`) stays in English. +- **URLs and links**: Preserve all URLs, anchor links, and link targets. Translate only + the visible link text. +- **Tool and software names**: Bactopia, Nextflow, Conda, Docker, Singularity, GitHub, + Bioconda, nf-core, Prokka, Bakta, MLST, AMRFinderPlus, and all bioinformatics tool + names referenced in the documentation. +- **Nextflow/Bactopia parameter names**: `--input`, `--output`, `--species`, etc. +- **File extensions**: `.fastq.gz`, `.fasta`, `.gff`, `.vcf`, `.bam`, etc. +- **Scientific nomenclature**: Species names (e.g., *Staphylococcus aureus*), gene names, + protein names. +- **Scientific citations**: ALL citation text, author names, journal names, DOIs, and + publication references must remain in English exactly as written. This includes the + citations section of any page, the "If you use this in your analysis, please cite" + blocks, and any bibliographic references. +- **JSX import statements**: Lines starting with `import` must be preserved exactly. +- **JSX/React components**: ``, ``, ``, and any other component + tags. Translate the string VALUES of props like `title=`, `description=`, and + `linkText=`, but keep prop names and component names in English. +- **MDX expressions**: Anything inside `{curly braces}` stays as-is. +- **HTML tags and attributes**: Preserve all HTML exactly. +- **Emoji**: Keep any emoji as-is. + +## Docusaurus-specific syntax + +- **Admonitions**: Keep the `:::keyword` syntax in English (`:::note`, `:::tip`, + `:::info`, `:::warning`, `:::danger`, `:::caution`). Translate any optional title + text in brackets: `:::note[Translated Title]`. +- **Tabs**: Preserve `` and `` component syntax exactly. +- **Frontmatter**: Always preserve the `---` delimiters and all key names. + +## Formatting rules + +- Preserve all blank lines between paragraphs exactly as in the source. +- Preserve all indentation (spaces and tabs) exactly. +- Preserve all Markdown formatting: bold, italic, lists, tables, blockquotes. +- Preserve heading levels (##, ###, etc.) exactly. +- Do NOT add or remove any structural elements. +- Do NOT wrap the output in code fences -- return raw file content only. + +## Table translation + +- Translate header text and cell text in tables. +- Keep column alignment markers (`:---`, `:---:`, `---:`) exactly. +- Keep any code or parameter names in table cells in English. + +## Quality guidelines + +- Use the accepted scientific/technical term in the target language when one exists. +- Be consistent: use the same translation for the same term throughout the file. +- If a technical term has no established translation, keep it in English. +- The translation should read naturally to a native speaker, not like a machine + translation. diff --git a/bin/translate/prompts/pt.md b/bin/translate/prompts/pt.md new file mode 100644 index 00000000..6d930af9 --- /dev/null +++ b/bin/translate/prompts/pt.md @@ -0,0 +1,79 @@ +## Portuguese Translation Rules (Brazilian Portuguese) + +Translation prompts adapted from the Nextflow Training project: +https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md + +### Tone and Style + +- Use **Brazilian Portuguese** spelling conventions (e.g., "arquivo" not "ficheiro"). +- Use informal "voce" form consistently. +- Write in a clear, direct style appropriate for technical documentation. + +### Key Term Translations + +Use these translations consistently throughout: + +| English | Portuguese | +|---------|-----------| +| workflow | fluxo de trabalho | +| pipeline | pipeline | +| assembly | montagem | +| reads | reads | +| contig | contig | +| scaffold | scaffold | +| annotation | anotacao | +| antimicrobial resistance | resistencia antimicrobiana | +| virulence | virulencia | +| serotype | sorotipo | +| sequence type | tipo de sequencia | +| quality control | controle de qualidade | +| trimming | trimagem | +| mapping | mapeamento | +| variant calling | chamada de variantes | +| phylogenetics | filogenetica | +| pan-genome | pan-genoma | +| reference genome | genoma de referencia | +| sample | amostra | +| input | entrada | +| output | saida | +| parameter | parametro | +| module | modulo | +| subworkflow | subworkflow | +| tool | ferramenta | +| installation | instalacao | +| quick start | inicio rapido | +| tutorial | tutorial | +| developer | desenvolvedor | +| citation | citacao | +| acknowledgement | agradecimento | +| usage | uso | + +### Terms to keep in English + +These terms should NEVER be translated, even in prose: + +- Bactopia, Nextflow, nf-core, Conda, Bioconda, Docker, Singularity, Apptainer +- All bioinformatics tool names (e.g., Prokka, Bakta, ABRicate, MLST, Snippy) +- File formats: FASTQ, FASTA, GFF, VCF, BAM, SAM, TSV, CSV, JSON, YAML +- reads, contigs, scaffolds (when used as data type nouns) +- Software concepts: fork, pull request, branch, commit, merge + +### Admonition titles + +| English | Portuguese | +|---------|-----------| +| Note | Nota | +| Tip | Dica | +| Info | Informacao | +| Warning | Aviso | +| Danger | Perigo | +| Caution | Cuidado | + +### Common pitfalls to avoid + +1. Do NOT translate code syntax or parameter names. +2. Do NOT translate console output or command examples. +3. Do NOT use European Portuguese spelling. +4. Do NOT translate scientific citations -- keep them in English exactly as written. +5. Keep tool names in English even when they could be translated (e.g., do NOT translate + "Assembler" to "Montador" when it is a tool name). diff --git a/bin/translate/sync.py b/bin/translate/sync.py new file mode 100644 index 00000000..c2d5a0b1 --- /dev/null +++ b/bin/translate/sync.py @@ -0,0 +1,115 @@ +"""File discovery, content mapping, and hash-based change detection. + +Maps English source directories to their corresponding i18n output +directories based on the Docusaurus plugin configuration. +""" + +import hashlib +import json +from dataclasses import dataclass +from pathlib import Path + +from .config import EXCLUDE_FILES, I18N_DIR, PLUGIN_MAP, TRANSLATIONS_DATA_DIR + + +@dataclass +class TranslationFile: + """A file that needs translation.""" + + en_path: Path + lang_path: Path + plugin_id: str + relative: str + + +def get_hash(path: Path) -> str: + """Return MD5 hex digest of a file's contents.""" + return hashlib.md5(path.read_bytes()).hexdigest() + + +def load_hashes(locale: str) -> dict[str, str]: + """Load the saved hash file for a locale.""" + hash_file = TRANSLATIONS_DATA_DIR / locale / ".hashes.json" + if hash_file.exists(): + return json.loads(hash_file.read_text()) + return {} + + +def save_hashes(locale: str, hashes: dict[str, str]) -> None: + """Save the hash file for a locale.""" + hash_file = TRANSLATIONS_DATA_DIR / locale / ".hashes.json" + hash_file.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True) + hash_file.write_text(json.dumps(hashes, indent=2, sort_keys=True) + "\n") + + +def discover_files(locale: str) -> list[TranslationFile]: + """Discover all English source files and their i18n target paths.""" + files = [] + + for plugin_id, cfg in PLUGIN_MAP.items(): + source_dir = cfg["source"] + i18n_subdir = cfg["i18n_subdir"] + extensions = cfg["extensions"] + target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir / "current" + + if not source_dir.exists(): + continue + + for ext in extensions: + for en_path in sorted(source_dir.rglob(f"*{ext}")): + relative = en_path.relative_to(source_dir) + + if relative.name.lower() in EXCLUDE_FILES: + continue + + lang_path = target_base / relative + files.append( + TranslationFile( + en_path=en_path, + lang_path=lang_path, + plugin_id=plugin_id, + relative=str(relative), + ) + ) + + return files + + +def find_changed_files( + locale: str, + files: list[TranslationFile], + force: bool = False, +) -> list[TranslationFile]: + """Return only files whose English source has changed since last sync.""" + if force: + return files + + old_hashes = load_hashes(locale) + changed = [] + + for f in files: + current_hash = get_hash(f.en_path) + key = f"{f.plugin_id}/{f.relative}" + if old_hashes.get(key) != current_hash: + changed.append(f) + + return changed + + +def remove_orphaned(locale: str, files: list[TranslationFile]) -> list[Path]: + """Find translated files that no longer have an English source.""" + en_targets = {f.lang_path for f in files} + orphaned = [] + + for _plugin_id, cfg in PLUGIN_MAP.items(): + i18n_subdir = cfg["i18n_subdir"] + target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir / "current" + + if not target_base.exists(): + continue + + for lang_file in target_base.rglob("*"): + if lang_file.is_file() and lang_file not in en_targets: + orphaned.append(lang_file) + + return orphaned diff --git a/bin/translate/verify.py b/bin/translate/verify.py new file mode 100644 index 00000000..bcc69420 --- /dev/null +++ b/bin/translate/verify.py @@ -0,0 +1,110 @@ +"""Verification checks for translated content. + +Adapted from the Nextflow Training project's translation system: +https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/_scripts/translate +""" + +import re +from dataclasses import dataclass, field +from pathlib import Path + + +@dataclass +class VerifyResult: + path: Path + issues: list[str] = field(default_factory=list) + + @property + def ok(self) -> bool: + return len(self.issues) == 0 + + +def verify_file(en_path: Path, lang_path: Path) -> VerifyResult: + """Run structural checks on a translated file.""" + result = VerifyResult(path=lang_path) + + if not lang_path.exists(): + result.issues.append("translated file missing") + return result + + en_text = en_path.read_text() + lang_text = lang_path.read_text() + + if not lang_text.strip(): + result.issues.append("translated file is empty") + return result + + _check_frontmatter(en_text, lang_text, result) + _check_code_blocks(en_text, lang_text, result) + _check_headers(en_text, lang_text, result) + _check_admonitions(en_text, lang_text, result) + _check_length_ratio(en_text, lang_text, result) + _check_jsx_components(en_text, lang_text, result) + + return result + + +def _check_frontmatter(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Verify frontmatter is present in both files.""" + en_has = en_text.startswith("---") + lang_has = lang_text.startswith("---") + if en_has and not lang_has: + result.issues.append("frontmatter missing in translation") + + +def _check_code_blocks(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Verify code block counts match.""" + en_count = en_text.count("```") + lang_count = lang_text.count("```") + if en_count != lang_count: + result.issues.append(f"code block count mismatch: en={en_count} lang={lang_count}") + + +def _check_headers(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Verify header counts match.""" + header_re = re.compile(r"^#{1,6}\s", re.MULTILINE) + en_count = len(header_re.findall(en_text)) + lang_count = len(header_re.findall(lang_text)) + if en_count != lang_count: + result.issues.append(f"header count mismatch: en={en_count} lang={lang_count}") + + +def _check_admonitions(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Verify admonition counts match and keywords are in English.""" + admonition_re = re.compile(r"^:::(\w+)", re.MULTILINE) + + en_matches = admonition_re.findall(en_text) + lang_matches = admonition_re.findall(lang_text) + + if len(en_matches) != len(lang_matches): + result.issues.append( + f"admonition count mismatch: en={len(en_matches)} lang={len(lang_matches)}" + ) + + valid_keywords = {"note", "tip", "info", "warning", "danger", "caution"} + for kw in lang_matches: + if kw.lower() not in valid_keywords: + result.issues.append(f"admonition keyword may be translated: '{kw}'") + + +def _check_length_ratio(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Flag if translation is suspiciously short or long.""" + en_len = len(en_text.strip()) + lang_len = len(lang_text.strip()) + if en_len == 0: + return + ratio = lang_len / en_len + if ratio < 0.5: + result.issues.append(f"translation is very short ({ratio:.0%} of English)") + elif ratio > 2.0: + result.issues.append(f"translation is very long ({ratio:.0%} of English)") + + +def _check_jsx_components(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: + """Verify JSX import statements are preserved.""" + import_re = re.compile(r"^import\s+.*from\s+['\"]", re.MULTILINE) + en_imports = set(import_re.findall(en_text)) + lang_imports = set(import_re.findall(lang_text)) + missing = en_imports - lang_imports + if missing: + result.issues.append(f"missing JSX imports: {missing}") diff --git a/data/translations/pt/glossary.yml b/data/translations/pt/glossary.yml new file mode 100644 index 00000000..7c9dacc1 --- /dev/null +++ b/data/translations/pt/glossary.yml @@ -0,0 +1,45 @@ +# Portuguese glossary for deterministic post-processing. +# Applied AFTER LLM translation to enforce term consistency. +# +# Adapted from the Nextflow Training project: +# https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md + +# Terms to enforce (case-insensitive source -> exact target) +terms: + - source: "antimicrobial resistance" + target: "resistencia antimicrobiana" + - source: "quality control" + target: "controle de qualidade" + - source: "reference genome" + target: "genoma de referencia" + - source: "variant calling" + target: "chamada de variantes" + - source: "sequence type" + target: "tipo de sequencia" + - source: "pan-genome" + target: "pan-genoma" + - source: "Quick Start" + target: "Inicio Rapido" + +# Admonition title translations (Docusaurus :::keyword[Title] syntax) +admonition_titles: + note: "Nota" + tip: "Dica" + info: "Informacao" + warning: "Aviso" + danger: "Perigo" + caution: "Cuidado" + +# Terms that must NEVER be translated +never_translate: + - "Bactopia" + - "Nextflow" + - "nf-core" + - "Conda" + - "Bioconda" + - "Docker" + - "Singularity" + - "Apptainer" + - "GitHub" + - "Slack" + - "Cloudflare" diff --git a/docusaurus.config.ts b/docusaurus.config.ts index d78302bc..b96a4472 100644 --- a/docusaurus.config.ts +++ b/docusaurus.config.ts @@ -69,7 +69,11 @@ const config: Config = { i18n: { defaultLocale: 'en', - locales: ['en'], + locales: ['en', 'pt'], + localeConfigs: { + en: { label: 'English', direction: 'ltr' }, + pt: { label: 'Portugues', direction: 'ltr' }, + }, }, clientModules: ['./src/gtag-noop.js'], @@ -260,6 +264,10 @@ const config: Config = { }, ], }, + { + type: 'localeDropdown', + position: 'right', + }, { type: 'search', position: 'right', diff --git a/i18n/pt/code.json b/i18n/pt/code.json new file mode 100644 index 00000000..2d027697 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/code.json @@ -0,0 +1,329 @@ +{ + "theme.ErrorPageContent.title": { + "message": "Esta página deu erro.", + "description": "The title of the fallback page when the page crashed" + }, + "theme.blog.archive.title": { + "message": "Arquivo", + "description": "The page & hero title of the blog archive page" + }, + "theme.blog.archive.description": { + "message": "Arquivo", + "description": "The page & hero description of the blog archive page" + }, + "theme.BackToTopButton.buttonAriaLabel": { + "message": "Voltar para o topo", + "description": "The ARIA label for the back to top button" + }, + "theme.blog.paginator.navAriaLabel": { + "message": "Navegação da página de listagem do 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Petit III. Todos os direitos reservados.", + "description": "The footer copyright" + } +} diff --git a/i18n/pt/docusaurus-theme-classic/navbar.json b/i18n/pt/docusaurus-theme-classic/navbar.json new file mode 100644 index 00000000..2cba5d1e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-theme-classic/navbar.json @@ -0,0 +1,30 @@ +{ + "logo.alt": { + "message": "Logo do Bactopia", + "description": "The alt text of navbar logo" + }, + "item.label.Bactopia": { + "message": "Bactopia", + "description": "Navbar item with label Bactopia" + }, + "item.label.Bactopia Tools": { + "message": "Bactopia Tools", + "description": "Navbar item with label Bactopia Tools" + }, + "item.label.Bactopia Pipelines": { + "message": "Bactopia Pipelines", + "description": "Navbar item with label Bactopia Pipelines" + }, + "item.label.Developers": { + "message": "Desenvolvedores", + "description": "Navbar item with label Developers" + }, + "item.label.Impact & Outreach": { + "message": "Impacto e Divulgacao", + "description": "Navbar item with label Impact & Outreach" + }, + "item.label.Blog": { + "message": "Blog", + "description": "Navbar item with label Blog" + } +} diff --git a/impact/acknowledgements.md b/impact/acknowledgements.md index b4453873..8878d9a0 100644 --- a/impact/acknowledgements.md +++ b/impact/acknowledgements.md @@ -54,6 +54,16 @@ this I'm very grateful to the nf-core community! Thank you! Ewels P, Peltzer A, Fillinger S, Patel H, Alneberg J, Wilm A, Garcia MU, Di Tommaso P, Nahnsen S [The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.](https://dx.doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x) _Nat Biotechnol._ (2020) +## Translating + +The translation tooling and prompts used to translate the Bactopia documentation +were adapted from the [Nextflow Training](https://github.com/nextflow-io/training) +project's translation system +([TRANSLATING.md](https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md)). +All translations are generated and maintained by AI using +[Claude](https://www.anthropic.com/claude) from Anthropic. Thank you to the +Nextflow team for making their translation infrastructure openly available! + ## Public Datasets Below is a list of 17 public datasets that could have potentially diff --git a/templates/acknowledgements.j2 b/templates/acknowledgements.j2 index 819b80a3..953a28eb 100644 --- a/templates/acknowledgements.j2 +++ b/templates/acknowledgements.j2 @@ -56,6 +56,16 @@ this I'm very grateful to the nf-core community! Thank you! {{ influences.nfcore.cite }} {% endif %} +## Translating + +The translation tooling and prompts used to translate the Bactopia documentation +were adapted from the [Nextflow Training](https://github.com/nextflow-io/training) +project's translation system +([TRANSLATING.md](https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md)). +All translations are generated and maintained by AI using +[Claude](https://www.anthropic.com/claude) from Anthropic. Thank you to the +Nextflow team for making their translation infrastructure openly available! + ## Public Datasets Below is a list of {{ total_datasets }} public datasets that could have potentially From 49828be4cf9e407cbe3a54f18ea1a99fda882ae6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:16:44 -0600 Subject: [PATCH 02/11] translation tooling: add blog support, prompt caching, and cleanup - Add blog to PLUGIN_MAP with versioned flag for correct i18n path - Fix sync.py to handle non-versioned plugins (blog has no current/ subdir) - Add prompt caching to API calls (system prompt cached across all calls) - Update prompt tone from "professional" to "friendly and approachable" - Remove __pycache__ from tracking and add to .gitignore Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- .gitignore | 1 + bin/__pycache__/generator_utils.cpython-312.pyc | Bin 16149 -> 0 bytes bin/__pycache__/generator_utils.cpython-313.pyc | Bin 13735 -> 0 bytes bin/__pycache__/generator_utils.cpython-314.pyc | Bin 17038 -> 0 bytes .../__pycache__/__init__.cpython-314.pyc | Bin 172 -> 0 bytes .../__pycache__/__main__.cpython-314.pyc | Bin 280 -> 0 bytes bin/translate/__pycache__/api.cpython-314.pyc | Bin 5643 -> 0 bytes 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z0J~YK*K9vU_8cVyu7&#=o8TJkX(gjOQ>r?lsCYZ7k{(g9cRLLL)NR=_dT`CIvuA3c zLEQkLK)wprUg*8F@8Z5@XoQj4#IJFoy1>rG4$*HdA{cx7gVtGTq6S!pYE2Vj69B%^hnZp zHaU?-9BBNL2{~=H1SM%CMO7`G$|#wvBvCv$Z9;%s)!iWGIfZIdv;m7XWn3^akx9UO z^}vU~FsXzjYZ^@rPiTq?)zGuVsR<>WmZS)0oDb=B&^VqG*FnIJ_c$PMyaItkZQ6V_ zxv;UPaO94|f8PeowPGjEz%pX@{cy~82|FkoyoP!>8>8NSK-L$xIJ6i^w3XrZc!?LI zcAy(?(9NY}BqW_)m6kK345ermfM!TVwgWgCI{_Z;u`P;-E-v+6e${9okVH#f?llY*D6F(XcS9Q!txo^})$ZSPd1}EQ0fphMTl6-~dz%)$EuVW^mfV5! z{&W6Cck{fvd9G#Gf_wK;u>O7jok0C!AUq!k7Xw=g&o5PPTC8rJuWl_?Z!Pr06z30| zJFw_&{@mMKF~RNy_Z~LESNw(xlUH{w@H=mpVYL@_PoG`jyUXhuF1xNCS>Sta^P4Vr zTpd~9pS5;ula;F^#Np#tuCmEM zm7uDuNFry6GE*jx?!m|GmdZ#1BY|S$t#V1xm8(*7twGCgFI&4@(TSk>tq;U@o8e5L zA8bj80K%37rUgzGQW;@5tBoE&-nEm4@H=P!$Baq$;+FdWJc{*DzROrI z&R8$b8LSuQ4AzTt2J6K+gZ1Ku`;#bVJ<}oJSFW(T`ERh^Q16~e@Zj4_d-|Q(EN1rs zbH#Wc*~we19)`ytupE35M?P$_8!BIcDPMS#O@PW2KszVKfWzK+;>hYjX6(t7V4hy!q|`g}dN%!&}? z>~WVhQ_Q}en-wD#Ls@x_|F>gG`nEL2F?4thYqR)=wX%7Vl7qEcFWQi)fwdhEW$h-D zwGAJlf~~7gwZ8Slwq0+>)qG=lhqa7NQM(Pm3*1H(-G%-HI0AariC2!l+<&}(;4rO& zcHK3S$|U7&L@00B3ny7rRi1JC9C z*K0p&zSdl<-c{(o4X?_*i=nppP}}rSF|@rH>@FO=T~l}A$BXst^Y!i1Q^ooxiZweQ zA{KjRI%gVh?wWmk7TlBAE%(q5M=XxQnM-03geS*cf)I5u=BR@)M;(kg>R`+t6bsX_ z;a7hDUlt1xhLT{wX3exJ3^{NU*6mSZ{hT9SdbPw#TDh#wVF?El4Dg}Y8|pg?M%hfI z*-=!=>PsuE6`mas3LNKh&X}W`908k|bH!YPLFax!R4DYV zaL4?sI|JpRd%$=y!>g#ekC{)a6gVrVQ%T9X65V!YQbj2+6pZD(J%OttV3KwN5Ku97 z8!jFD;MnD#UKc-#UyB#(`U)rR)NEd?X`ioYpPnq%L_v{+gvC(je5mv4redh4aQrKm z=l#BSe|Dwya=O^qwczSnI;wq1YeM&s|KxouC)#6CMT>nlF@%G{yYoNwqKc3YL_ z8#mc-f-4OCCD8c3ZOQ9DzvtYZU-n%-b<5ke^O$K)rL%Z@xyo0PiJrLd~TTsqBQB zo)XltEY$?~^N`MFM!N?_jZ@q?kZ&q`BH^gB3blH7=Iz}(w&s08cEnOE5py6pm~UKf zAkHpyLKKgQ_I6lhRlXw+cm(*)!r-#;&O*$=LKqKt1sKAn2pH472M7iqsxLHLYPs0* zn{d&;rEr9K1eXq6JWvd^6@y#BJ9ham)V%lBpWT5aU)>kJmcrpBm+yV`y|>oL>0G#P z=E<9(nXa4QAd9!$FD+FCE`)y7RMBbg%+{OsnWme^=UQI8zG8HEgdA=(_em?ubX`AP$4=(!tuV#vJZhf+o_2+)gnt!^X4uPmIF1pra8=sKDq|VTJ{l#fPIHE#D@)2>f#fAamoSFAn^es`IRJz1=e7Hf7Cj@=GzxG=TY&^h0L zwy~k780sw?UkYseBG6HI{!3S&LY8`O4BhCTYkB&X`vAJ#LB@)apze~SWETEzunW+= zr9Y60O7XSN{*ve}{4J194X^$OU{OgHjbX24;|alxJX0I&Xe~It1_2&dckeg;%sfp` zLlMn~Is{>%CfZ$M3bFF}&Z1vd9+x7m>aM)&Kwi diff --git a/bin/translate/api.py b/bin/translate/api.py index 8c7584e9..f310f837 100644 --- a/bin/translate/api.py +++ b/bin/translate/api.py @@ -44,7 +44,11 @@ async def _call_once( return await client.messages.create( model=MODEL, max_tokens=MAX_TOKENS, - system=system, + system=[{ + "type": "text", + "text": system, + "cache_control": {"type": "ephemeral"}, + }], messages=messages, timeout=REQUEST_TIMEOUT, ) diff --git a/bin/translate/config.py b/bin/translate/config.py index 6a905d05..dedba838 100644 --- a/bin/translate/config.py +++ b/bin/translate/config.py @@ -26,26 +26,37 @@ "source": REPO_ROOT / "docs", "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs", "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": True, }, "bactopia-tools": { "source": REPO_ROOT / "bactopia-tools", "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools", "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": True, }, "bactopia-pipelines": { "source": REPO_ROOT / "bactopia-pipelines", "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines", "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": True, }, "developers": { "source": REPO_ROOT / "developers", "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-developers", "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": True, }, "impact": { "source": REPO_ROOT / "impact", "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-docs-impact", "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": True, + }, + "blog": { + "source": REPO_ROOT / "blog", + "i18n_subdir": "docusaurus-plugin-content-blog", + "extensions": [".md", ".mdx"], + "versioned": False, }, } diff --git a/bin/translate/prompts/general.md b/bin/translate/prompts/general.md index d1831a95..f83ca1d0 100644 --- a/bin/translate/prompts/general.md +++ b/bin/translate/prompts/general.md @@ -10,7 +10,7 @@ maintaining perfect structural fidelity. ## Core Rules 1. Translate all prose, descriptions, and explanatory text naturally -- not word-for-word. -2. Maintain the same technical tone: clear, direct, professional. +2. Maintain the same tone as the original: clear, friendly, and approachable. 3. Preserve the EXACT file structure: frontmatter, headings, paragraphs, lists, tables. ## What to NEVER translate diff --git a/bin/translate/sync.py b/bin/translate/sync.py index c2d5a0b1..c301c0ff 100644 --- a/bin/translate/sync.py +++ b/bin/translate/sync.py @@ -50,7 +50,9 @@ def discover_files(locale: str) -> list[TranslationFile]: source_dir = cfg["source"] i18n_subdir = cfg["i18n_subdir"] extensions = cfg["extensions"] - target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir / "current" + target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir + if cfg.get("versioned", True): + target_base = target_base / "current" if not source_dir.exists(): continue @@ -103,7 +105,9 @@ def remove_orphaned(locale: str, files: list[TranslationFile]) -> list[Path]: for _plugin_id, cfg in PLUGIN_MAP.items(): i18n_subdir = cfg["i18n_subdir"] - target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir / "current" + target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir + if cfg.get("versioned", True): + target_base = target_base / "current" if not target_base.exists(): continue diff --git a/data/translations/pt/.hashes.json b/data/translations/pt/.hashes.json new file mode 100644 index 00000000..13f770da --- /dev/null +++ b/data/translations/pt/.hashes.json @@ -0,0 +1,3 @@ +{ + "docs/quick-start.md": "4f3cb2f82fbdcf6b923120203f6e602b" +} From 0a4ff10138dcb849758655ca4fb52fd2a5ea9958 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:25:28 -0600 Subject: [PATCH 03/11] translate docs/ section to Portuguese (7 files) Translated main documentation pages: index, quick-start, installation, beginners-guide, full-guide, tutorial, plus developers/cli/bactopia-docs. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- data/translations/pt/.hashes.json | 8 +- .../options.json | 14 - .../current/cli/bactopia-docs.mdx | 61 + .../current/beginners-guide.md | 839 ++++++++++ .../current/full-guide.mdx | 1055 +++++++++++++ .../current/index.mdx | 96 ++ .../current/installation.md | 95 ++ .../current/quick-start.md | 48 + .../current/tutorial.md | 1377 +++++++++++++++++ 9 files changed, 3578 insertions(+), 15 deletions(-) delete mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/options.json create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-docs.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/index.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/installation.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/quick-start.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md diff --git a/data/translations/pt/.hashes.json b/data/translations/pt/.hashes.json index 13f770da..82a75cd3 100644 --- a/data/translations/pt/.hashes.json +++ b/data/translations/pt/.hashes.json @@ -1,3 +1,9 @@ { - "docs/quick-start.md": "4f3cb2f82fbdcf6b923120203f6e602b" + "developers/cli/bactopia-docs.mdx": "45341fa6d3aeb175ca1c83c13e7eb728", + "docs/beginners-guide.md": "f7e0df66b8cc86ed30627b62929e9900", + "docs/full-guide.mdx": "c6a81691556575ff199f86e02b07910f", + "docs/index.mdx": "23f8e9f9cc9da71241658146e5d6748e", + "docs/installation.md": "785f5a379c6a426cb935645bb18e1469", + "docs/quick-start.md": "4f3cb2f82fbdcf6b923120203f6e602b", + "docs/tutorial.md": "c7ce6c22a782ecfeb5333cca45434241" } diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/options.json b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/options.json deleted file mode 100644 index 59e8af51..00000000 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/options.json +++ /dev/null @@ -1,14 +0,0 @@ -{ - "title": { - "message": "Bactopia Blog", - "description": "The title for the blog used in SEO" - }, - "description": { - "message": "News, tutorials, and updates from the Bactopia project.", - "description": "The description for the blog used in SEO" - }, - "sidebar.title": { - "message": "Recent posts", - "description": "The label for the left sidebar" - } -} diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-docs.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-docs.mdx new file mode 100644 index 00000000..abc1f20e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-docs.mdx @@ -0,0 +1,61 @@ +--- +title: bactopia-docs +description: "Valida a desatualização de documentos de referência em um repositório Bactopia." +--- + +# bactopia-docs + +Valida a desatualização de documentos de referência em um repositório Bactopia. + +Duas verificações são executadas em cada arquivo .md sob [b]--docs-path[/b]: + +[b]Padrões obsoletos (D0xx)[/b]: correspondências de regex com entradas de +[b]--patterns-file[/b] — frases removidas por migrações anteriores +(ex.: ``flattenPaths``, o formato de emissão de 4 canais). + +[b]Asserções de verdade absoluta (D1xx)[/b]: contagens (D101-D103), versão do Nextflow +(D104), referências de CLI do bactopia-py (D105), IDs de regras de lint +(D106), alvos de links markdown (D108). + +Suprima uma regra em uma única linha com +```` (ou uma lista separada por vírgulas). + +Encerra com 1 se alguma falha (FAIL) for encontrada. + + +## Uso + +```bash +bactopia-docs [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path, -b` | STRING | | Diretório onde o repositório Bactopia está armazenado | + +## Opções de Validação + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--docs-path` | STRING | `.claude/docs` | Diretório de documentação relativo a --bactopia-path | +| `--patterns-file` | STRING | `data/docs-patterns.yml` | YAML de padrões obsoletos relativo a --bactopia-path | +| `--bactopia-py-path` | PATH | | Caminho para o repositório bactopia-py (para verificações de CLI D105 / regras de lint D106). Padrão: <bactopia-path>/../bactopia-py | +| `--skip-path-check` | BOOL | `false` | Ignorar a resolução de alvos de links markdown D108 | +| `--validate` | BOOL | `false` | Executar validação (ação padrão; flag aceita para paridade com bactopia-citations) | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Emitir resultados como JSON | +| `--plain-text, -p` | BOOL | `false` | Desativar formatação rica | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprimir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md new file mode 100644 index 00000000..8e16f09b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md @@ -0,0 +1,839 @@ +--- +title: Guia para Iniciantes +description: >- + Um guia para iniciantes sobre como começar a usar o Bactopia para processar seus genomas bacterianos. +sidebar_position: 3 +--- + +Bactopia é um pipeline completo para análise de genomas bacterianos, que inclui mais de +150 ferramentas de bioinformática. Nesta seção, vamos discutir os parâmetros mais +essenciais que os usuários precisarão usar para começar com o Bactopia. Vamos nos +concentrar nos parâmetros associados ao processamento de amostras de entrada. + +Observando a visão geral do fluxo de trabalho abaixo, vamos realmente nos concentrar no +primeiro passo, o passo _Gather_. Este passo reúne todos os dados em um único lugar, +sejam FASTQs locais, FASTQs do SRA ou ENA, ou montagens do NCBI Assembly. O guia a +seguir fornecerá alguns exemplos de cada uma dessas entradas aceitas, incluindo: + +- Reads Illumina e/ou Nanopore locais +- Montagens locais +- Accessions de Experimentos ENA/SRA +- Accessions do NCBI Assembly + +Ao final deste guia, também vamos dar uma olhada em alguns parâmetros úteis. Se você +estiver interessado em aprender mais sobre o conjunto completo de parâmetros disponíveis +no Bactopia, consulte a seção [Guia Completo](full-guide.md). + +![Bactopia Workflow](/img/bactopia-workflow.png) + +## Coletando Entradas + +Abaixo está uma tabela com os parâmetros essenciais que você precisará para começar a +usar o Bactopia. Isso não significa que você precisa usá-los todos de uma vez, mas será +útil se familiarizar com eles. Vamos começar aqui, com uma breve descrição de cada +parâmetro, e depois entraremos em mais detalhes sobre cada um com exemplos de casos de uso. + + +### Parâmetros de Entrada +Os parâmetros a seguir são como você fornecerá amostras locais ou remotas para serem processadas pelo Bactopia. + +| Parâmetro | Descrição | +|:---|---| +| ` --samples` | Um FOFN (via bactopia prepare) com nomes de amostras e caminhos para FASTQ/FASTAs a serem processados
**Tipo:** `string` | +| ` --r1` | Primeiro conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r2 e --sample)
**Tipo:** `string` | +| ` --r2` | Segundo conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r1 e --sample)
**Tipo:** `string` | +| ` --se` | Reads Illumina single-end comprimidos (gzip) (requer --sample)
**Tipo:** `string` | +| ` --ont` | Reads Oxford Nanopore comprimidos (gzip) (requer --sample)
**Tipo:** `string` | +| ` --hybrid` | Cria montagem híbrida usando Unicycler. (requer --r1, --r2, --ont e --sample)
**Tipo:** `boolean` | +| ` --short_polish` | Cria montagem híbrida a partir de montagem long-read e polimento com short reads. (requer --r1, --r2, --ont e --sample)
**Tipo:** `boolean` | +| ` --sample` | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada
**Tipo:** `string` | +| ` --accessions` | Um arquivo contendo accessions de Experimentos ENA/SRA ou accessions do NCBI Assembly a serem processados
**Tipo:** `string` | +| ` --accession` | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada
**Tipo:** `string` | +| ` --assembly` | Um genoma montado em formato FASTA comprimido. (requer --sample)
**Tipo:** `string` | +| ` --check_samples` | Valida o FOFN de entrada fornecido por --samples
**Tipo:** `boolean` | + +Agora vamos dar uma olhada em cada parâmetro com mais detalhes e alguns exemplos de casos de uso. + +## Amostra Única + +Não é segredo que o Bactopia aceita muitos tipos diferentes de entradas a partir de um único +ponto de entrada (ou seja, você não precisa de um pipeline separado para cada tipo de entrada). +Por enquanto, vamos olhar para entradas locais. Em outras palavras, entradas que já estão na +máquina em que você executará o Bactopia. Vamos analisar as seguintes entradas: + +- Reads Illumina e/ou Nanopore locais +- Montagens locais +- Processamento de Múltiplas Amostras + +### Reads Illumina e/ou Nanopore + +Vamos começar com as entradas mais comuns: arquivos FASTQ simples para uma _amostra única_. +O Bactopia aceita reads Illumina (paired-end ou single-end) e Nanopore, e pode até +processá-los juntos para uma montagem híbrida. + +Novamente, aqui estamos focando no processamento de uma única amostra por vez. Para fazer +isso, você deve fornecer uma combinação do nome da amostra (`--sample`) e o tipo de entrada: + +| Tipo de Entrada | Parâmetros Necessários | +|-------------------------------|-----------------------------------------------| +| Illumina Paired-End | `--r1` e `--r2` | +| Illumina Single-End | `--se` | +| Oxford Nanopore | `--ont` | +| Híbrido | `--r1`, `--r2`, `--ont` e `--hybrid` | +| Híbrido (Polimento Short-read)| `--r1`, `--r2`, `--ont` e `--short_polish` | + +:::tip[`--sample` é sempre obrigatório para processamento de amostra única] +Ao processar uma única amostra, você sempre terá que fornecer `--sample`, +independentemente do tipo de entrada. Este parâmetro é usado para nomear os arquivos +e diretórios de saída. +::: + +##### Paired-End + +Neste exemplo, o Bactopia processará a amostra como reads Illumina paired-end. Os +parâmetros `--r1` e `--r2` são usados para especificar o local do primeiro e segundo +par de reads. Além disso, o valor de `--sample` será usado como prefixo +(ex.: `my-sample.fna.gz`) para salvar os resultados. + +:::info[Use --r1, --r2 para Reads Illumina Paired-End] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --r1 /path/to/my-sample_R1.fastq.gz \ + --r2 /path/to/my-sample_R2.fastq.gz +``` +::: + +##### Single-End + +Neste exemplo, o Bactopia processará a amostra como reads Illumina single-end. O +parâmetro `--se` é usado para especificar o local dos reads single-end. Novamente, o +valor de `--sample` será usado como prefixo para salvar os resultados. + +:::info[Use --se para Reads Illumina Single-End] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --se /path/to/my-sample.fastq.gz +``` +::: + +##### Nanopore + +Vamos mudar um pouco o ritmo: para processar reads Nanopore você precisará de `--ont` +para especificar o local dos reads Nanopore, bem como `--sample` para nomear as saídas. + +:::info[Use --ont para Reads Oxford Nanopore] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --ont /path/to/my-sample.fastq.gz +``` +::: + +##### Montagem Híbrida + +Agora estamos começando a entrar na parte interessante! Digamos que você tenha reads +Illumina paired-end e reads Nanopore para uma amostra. Você pode usar o Bactopia para +criar uma montagem híbrida usando ambos os conjuntos de reads. Para fazer isso, você +passará os reads usando `--r1`, `--r2` (para reads Illumina) e `--ont` (para reads +Nanopore). Junto com esses, você também fornecerá o parâmetro `--hybrid`, que dirá ao +Bactopia para criar uma montagem híbrida usando +[Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler), que monta os short-reads primeiro e +depois preenche as lacunas com os long-reads. + +:::info[Use --r1, --r2, --ont e --hybrid para montagem híbrida] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --r1 /path/to/my-sample_R1.fastq.gz \ + --r2 /path/to/my-sample_R2.fastq.gz \ + --ont /path/to/my-sample.fastq.gz \ + --hybrid +``` +::: + +##### Montagem Híbrida (Polimento com Short-read) + +Muito similar ao `--hybrid`, você passará os reads usando `--r1`, `--r2` (para reads +Illumina) e `--ont` (para reads Nanopore). Desta vez, porém, você usará `--short_polish`, +que dirá ao Bactopia para criar uma montagem híbrida usando +[Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) para montar os long-reads primeiro +e depois realizar o polimento com os short-reads. + +:::info[Use --r1, --r2, --ont e --short_polish para montagem híbrida com polimento de short-read] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --r1 /path/to/my-sample_R1.fastq.gz \ + --r2 /path/to/my-sample_R2.fastq.gz \ + --ont /path/to/my-sample.fastq.gz \ + --short_polish +``` +::: + +:::tip[Prefira `--short_polish` em vez de `--hybrid` com sequenciamento ONT recente] +Usar o [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) (`--hybrid`) para criar uma +montagem híbrida funciona muito bem quando você tem long-reads com baixa cobertura e +muito ruído. No entanto, se você estiver usando sequenciamento ONT recente, provavelmente +tem alta cobertura e usar o método `--short_polish` vai produzir resultados melhores +(_e ser mais rápido!_) do que `--hybrid`. +::: + + +Bem! Estas são todas as maneiras de processar seus reads Illumina e/ou Nanopore locais. +Agora, vamos para as montagens! + +### Montagem + +Vamos imaginar que, por algum motivo, você não tem acesso aos reads brutos de uma amostra, +apenas à montagem. Isso acontece, mas o Bactopia tem uma solução! Você pode usar o +parâmetro `--assembly` para dizer ao Bactopia para usar a montagem nas análises +downstream. + +Quando você fornece uma montagem, algumas coisas acontecem. + +1. As montagens terão reads Illumina 2x250bp simulados sem inserções ou deleções na + sequência e uma pontuação PHRED mínima de Q33. +2. Por padrão, a montagem de entrada será usada para todas as análises downstream + (ex.: anotação) que utilizam uma montagem. Caso contrário, se o parâmetro + `--reassemble` for fornecido, uma montagem será criada a partir dos reads simulados. + +:::info[Use --assembly para um FASTA montado] +```bash +bactopia \ + --sample my-sample \ + --assembly /path/to/my-sample.fna.gz +``` +::: + +### Accession ENA/SRA + +O predecessor do Bactopia, [Staphopia](https://staphopia.github.io/), dependia muito da +capacidade de acessar FASTQs disponíveis publicamente no +[European Nucleotide Archive](https://www.ebi.ac.uk/ena) (ENA) e no +[Sequence Read Archive](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) (SRA). Era importante que essa +capacidade de acessar rapidamente milhões de amostras fosse mantida no Bactopia. + +Então, se você quiser incluir amostras disponíveis publicamente em sua análise, o Bactopia +tem isso integrado! Você pode fornecer um accession de *Experimento* (`--accession`), e o +Bactopia usará [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) para baixar +automaticamente os arquivos FASTQ associados do ENA ou SRA. Em seguida, o arquivo FASTQ +baixado será processado pelo Bactopia exatamente como seus FASTQs locais normais. + +:::info[Use --accession para processar um accession de Experimento] +```bash +bactopia \ + --accession SRX000000 +``` +::: + +:::info[Por que apenas accessions de Experimento?] +Na hierarquia de accessions, os accessions de Experimento são realmente os únicos +únicos. Por exemplo, múltiplos accessions de Run podem estar associados a um único +accession de Experimento. Ou, múltiplos accessions de Experimento podem estar +associados a um único accession de BioSample. Portanto, ao usar accessions de +Experimento, você pode ter certeza de que está obtendo apenas as sequências associadas +a esse Experimento "_único_". +::: + +:::info[Só tenho um accession _XYZ_, e agora?] +Não é problema nenhum! Você pode usar `bactopia search` para encontrar rapidamente +quaisquer accessions de Experimento associados ao seu accession. Consulte os exemplos +abaixo para mais informações. +::: + +:::info[O que acontece quando um Experimento tem múltiplos Runs?] +Nos casos em que um único Experimento pode ter múltiplos accessions de Run associados +a ele, os arquivos FASTQ de cada Run são mesclados em um único conjunto de sequências. +::: + +### Accession do NCBI Assembly + +Se você pode processar montagens e baixar FASTQs do ENA/SRA de forma transparente, faz +sentido que você também possa processar montagens do NCBI Assembly! Similar ao download +de FASTQs do ENA/SRA, você pode fornecer um accession do *NCBI Assembly* usando +`--accession`. Esses accessions são os que começam com `GCF` ou `GCA`. Quando fornecido +um accession do NCBI Assembly, o Bactopia usará +[ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) para buscar a +montagem associada e processá-la como uma montagem local. + +:::info[Use --accession para processar um accession do NCBI Assembly] +```bash +bactopia \ + --accession GCF_000000000 +``` +::: + +:::info[Preciso fornecer a versão da montagem? (ex.: GCF_000000000.1)] +Com o tempo, descobri que a versão da montagem pode ser instável. Por exemplo, às vezes +uma montagem pode ser corrigida e a versão anterior deixa de estar disponível. Portanto, +para evitar problemas, o Bactopia sempre usará a versão mais recente de um dado accession +do NCBI Assembly. +::: + +## Múltiplas Amostras + +A esta altura, você já deve ter uma boa compreensão de como processar uma única amostra, +mas pode estar pensando: _"Tenho centenas de amostras, não quero executar o Bactopia +centenas de vezes. Posso executar todas de uma vez?"_ A resposta é **SIM**! + +O Bactopia permite que você forneça um *arquivo de nomes de arquivos* (FOFN) usando +`--samples` ou uma lista de accessions usando `--accessions`. Usando qualquer um desses +parâmetros, você pode processar uma única ou +[milhares de amostras](https://emergent.emory.edu/blog/posts/bactopia-aws-and-67000-genomes/) +em um único comando. + +Nesta seção, vamos ver como processar múltiplas amostras usando `--samples` e +`--accessions`. Também veremos os comandos auxiliares do Bactopia para ajudar a gerar +o FOFN ou a lista de accessions adequados para processar múltiplas amostras. + +Aqui está uma pequena tabela para ajudar você a decidir qual parâmetro usar: + +| Parâmetro | Aplicação | Comando Auxiliar | +|----------------|----------------------------------------|--------------------| +| `--samples` | Amostras Locais | `bactopia prepare` | +| `--accessions` | Accessions ENA/SRA e Assembly | `bactopia search` | + +Agora, vamos entrar em mais detalhes sobre cada um deles. + +### Amostras Locais + +Acima, você aprendeu como usar parâmetros como `--r1` e `--r2` para processar uma única +amostra, mas você tem muitas amostras para as quais acabou de receber sequências. Agora +você planeja executar o Bactopia em cada amostra, então vamos aprender como gerar um +FOFN, ou samplesheet, que você pode passar para o Bactopia para processar todas as +amostras de uma vez. + +Primeiro, mencionei *arquivo de nomes de arquivos* (FOFN) algumas vezes, mas o que é +isso? Um FOFN é um arquivo que contém uma lista de amostras e seus FASTQs/FASTAs +associados. Um arquivo, de nomes de arquivos. + +Para o Bactopia, esse FOFN é uma tabela **delimitada por tabulação** com cinco colunas: + +| Coluna | Descrição | +|--------|-------------| +| sample | Um prefixo único, ou nome único, a ser usado para nomear os arquivos de saída | +| runtype | Informa ao Bactopia que tipo de entrada a amostra é (ex.: paired-end, single-end, nanopore, etc...) | +| genome_size | O tamanho de genoma esperado para a amostra fornecida | +| species | A classificação taxonômica esperada para a amostra fornecida | +| r1 | Se paired-end, o primeiro par de reads; caso contrário, os reads single-end | +| r2 | Se paired-end, o segundo par de reads | +| extra | A montagem ou long reads associados a uma amostra | + +Com isso em mente, vamos ver um exemplo de FOFN: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s01 paired-end 180000 Bacterial species /fq/s01_R1_001.fastq.gz /fq/s01_R2_001.fastq.gz +s02 paired-end 180000 Bacterial species /fq/s02_R1_001.fastq.gz /fq/s02_R2_001.fastq.gz +s03 single-end 180000 Bacterial species /fq/s03_001.fastq.gz +``` + +Com este FOFN, você pode usar `--samples` para processar todas as três amostras de uma vez. + +:::info[Use --samples para Múltiplas Amostras Locais] +Usar `--samples` pode economizar muito tempo para você, e é sempre recomendado +adotar essa abordagem quando possível. +```bash +bactopia \ + --samples my-samples.txt +``` +::: + +Agora, você pode estar pensando: _"Não quero criar um FOFN manualmente, isso dá muito trabalho!"_ + +Ótima notícia! O Bactopia tem um comando auxiliar integrado para ajudá-lo a gerar um FOFN +automaticamente. Vamos dar uma olhada em `bactopia prepare`. + +#### bactopia prepare + +Embora seja possível criar manualmente o FOFN necessário, não é recomendado. Pode ser +um pouco tedioso e sujeito a erros, portanto, evite criar seu FOFN manualmente. Em vez +disso, use `bactopia prepare` para gerar com precisão um FOFN para suas amostras. + +Quando o Bactopia recebe um FOFN, a primeira coisa que ele faz é verificar se todos os +arquivos de entrada foram encontrados e comprimidos usando Gzip. Se tudo estiver correto, +cada amostra será processada; caso contrário, uma lista de amostras com erros será +enviada para o STDERR. + +
+Use `--check_samples` para validar apenas o FOFN + +Se você quiser apenas validar seu FOFN (e não executar o pipeline completo), você pode +usar o parâmetro `--check_samples`. No entanto, se você usou `bactopia prepare` para +gerar seu FOFN, ele _deve ser_ válido. + +
+ +Honestamente, `bactopia prepare` é uma daquelas ferramentas que é melhor explicada com +exemplos. Então, vamos dar uma olhada em alguns exemplos. + +#### Exemplos + +Usar `bactopia prepare` pode ser um pouco complicado no início, mas depois que você +pegar o jeito, vai se descobrir usando-o o tempo todo. + +:::tip[Use nomes de arquivo adequados] +`bactopia prepare` usa por padrão `_R1.fastq.gz` e `_R2.fastq.gz` +para reads paired-end, e `.fastq.gz` para reads single-end. Usar nomes de +arquivo que sigam esse padrão vai ajudá-lo a evitar o uso de expressões regulares. +::: + +`bactopia prepare` deve conseguir lidar com sua configuração para gerar o FOFN adequado, +mas pode ser necessário algum esforço. Vamos ver os parâmetros disponíveis e alguns exemplos. + +
+Parâmetros disponíveis do `bactopia prepare` + +| Parâmetro | Descrição | +|-----------|-------------| +| `--path` | O diretório onde seus FASTQs/FASTAs estão armazenados. | +| `--assembly_ext` | A extensão dos seus FASTAs.
__Padrão: .fna.gz__ | +| `--fastq_ext` | A extensão dos seus FASTQs.
__Padrão: .fastq.gz__ | +| `--fastq_separator` | O caractere usado para dividir o nome do FASTQ.
**Padrão: _** | +| `--pe1_pattern` | A expressão regular para corresponder ao primeiro par de reads paired-end.
**Padrão: ([Aa]\|[Rr]1\|1)** | +| `--pe2_pattern` | A expressão regular para corresponder ao segundo par de reads paired-end.
**Padrão: ([Bb]\|[Rr]2\|2)** | +| `--merge` | Sinaliza amostras com múltiplos conjuntos de reads para serem mescladas pelo Bactopia. | +| `--ont` | Sinaliza reads single-end para serem tratados como reads Oxford Nanopore. | +| `--recursive` | Sinaliza a busca recursiva de diretórios por FASTQs/FASTAs. | +| `--prefix` | Substitui o caminho absoluto por uma string fornecida.
**Padrão: Usar caminho absoluto** | +| `--metadata` | Metadados por amostra com informações de tamanho de genoma e espécie. | +| `--genome-size` | Tamanho de genoma a ser usado para todas as amostras. | +| `--species` | Espécie a ser usada para todas as amostras (se disponível, pode ser usada para determinar o tamanho do genoma). | +| `--taxid` | Usa o tamanho do genoma do ID de Taxon para todas as amostras. | + +
+ +
+Reads Illumina + +Digamos que você tenha um diretório de reads Illumina paired-end. Os arquivos são +nomeados para corresponder às expectativas padrão: `_R1.fastq.gz`, +`_R2.fastq.gz` e `.fastq.gz`. Você pode usar +`bactopia prepare` para gerar um FOFN para você. + +```bash +bactopia prepare --path /path/to/fastqs +``` + +Isso vai gerar um FOFN que se parece com isso: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s01 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s01_R1.fastq.gz /path/to/fastqs/s01_R2.fastq.gz +s02 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s02_R1.fastq.gz /path/to/fastqs/s02_R2.fastq.gz +s03 single-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s03.fastq.gz +``` + +
+ +
+Reads Oxford Nanopore + +Digamos que você tenha um diretório de reads Oxford Nanopore. Os arquivos são nomeados +para corresponder às expectativas padrão: `.fastq.gz`. Você pode usar +`bactopia prepare` para gerar um FOFN para você. + +```bash +bactopia prepare --path /path/to/fastqs --ont +``` + +Ao usar `--ont`, quaisquer reads single-end encontrados serão tratados como reads ONT. +Isso vai gerar um FOFN que se parece com isso: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s03 ont 180000 unknown /path/to/fastqs/s01.fastq.gz +``` + +
+ +
+Reads Illumina Paired-End e Oxford Nanopore + +Digamos que você tenha um diretório de reads Illumina paired-end e reads Oxford Nanopore. +Novamente, eles são nomeados para corresponder às expectativas padrão: +`_R1.fastq.gz`, `_R2.fastq.gz` e `.fastq.gz`. +Você pode usar `bactopia prepare` para gerar um FOFN para você. + +```bash +bactopia prepare --path /path/to/fastqs --ont +``` + +Novamente, use `--ont` para dizer ao `bactopia prepare` para tratar quaisquer reads +single-end como reads ONT. Isso vai gerar um FOFN que se parece com isso: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s01 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s01_R1.fastq.gz /path/to/fastqs/s01_R2.fastq.gz +s02 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s02_R1.fastq.gz /path/to/fastqs/s02_R2.fastq.gz +s03 ont 180000 unknown /path/to/fastqs/s03.fastq.gz +``` + +
+ +
+Mesclando Múltiplos Runs Illumina + +Digamos que você tenha um diretório de reads Illumina, mas tem múltiplos runs para cada +amostra e quer que o Bactopia mescle os reads. Novamente, assumindo que eles são nomeados +para corresponder às expectativas padrão: `_R1.fastq.gz`, +`_R2.fastq.gz` e `.fastq.gz`. Você pode usar +`bactopia prepare` para gerar um FOFN para você. + +```bash +bactopia prepare --path /path/to/fastqs --merge +``` + +Ao usar `--merge`, quaisquer amostras com múltiplos runs serão mescladas em um único +conjunto de reads. Isso vai gerar um FOFN que se parece com isso: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s01 merge-pe 180000 unknown /run1/s01_R1.fastq.gz,/run2/s01_R1.fastq.gz /run1/s01_R2.fastq.gz,/run2/s01_R2.fastq.gz +s02 merge-se 180000 unknown /run1/s02.fastq.gz,/run2/s02.fastq.gz +``` + +
+ +
+Reads com nomes '*_001.fastq.gz' + +Digamos que você tenha um diretório de reads Illumina, mas eles são nomeados com +`*_001.fastq.gz` em vez das expectativas padrão: `_R1.fastq.gz`, +`_R2.fastq.gz` e `.fastq.gz`. Você pode usar +`bactopia prepare`, mas precisará fornecer alguns parâmetros adicionais para gerar um +FOFN para você. + +```bash +bactopia prepare --path /path/to/fastqs --fastq-ext '_001.fastq.gz' +``` + +Aqui você precisará usar `--fastq-ext` para dizer ao `bactopia prepare` para procurar +`*_001.fastq.gz` em vez do padrão `*.fastq.gz`. Isso vai gerar um FOFN que se parece +com isso: + +```bash +sample runtype genome_size species r1 r2 extra +s01 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s01_R1_001.fastq.gz /path/to/fastqs/s01_R2_002.fastq.gz +s02 paired-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s02_R1_001.fastq.gz /path/to/fastqs/s02_R2_002.fastq.gz +s03 single-end 180000 unknown /path/to/fastqs/s03_001.fastq.gz +``` + +
+ +Há muitas combinações possíveis de parâmetros que você pode usar com `bactopia prepare`. +Se você estiver travado em alguma ou quiser ver um exemplo, por favor me avise +[Abrindo uma Issue no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/issues/new/choose). + +### Accessions + +Se você começou do início e chegou até aqui, parabéns! De qualquer forma, acima você +aprendeu que pode usar `--accession` para baixar FASTQs do ENA/SRA ou montagens do NCBI +Assembly. Depois, aprendeu que pode usar `--samples` para processar quantas amostras +quiser. Então, faz sentido que exista um complemento para `--samples` para processar +múltiplos accessions de uma vez! Esse parâmetro é `--accessions`. + +:::info[Use --accessions para Múltiplos Accessions] +Usar `--accessions` pode economizar muito tempo para você, permitindo que você processe +quantos genomas disponíveis publicamente quiser. +```bash +bactopia \ + --accessions my-accessions.txt +``` +::: + +De forma similar ao `--samples`, há um comando auxiliar complementar chamado +`bactopia search` que permite enviar uma consulta e gerar uma lista de accessions de +Experimento a serem processados pelo Bactopia (via `--accessions`). + +Vamos dar uma olhada em `bactopia search` e como ele pode te ajudar. + +#### bactopia search + +`bactopia search` foi criado para ajudar a gerar uma lista de accessions de Experimento +a serem processados pelo Bactopia (via `--accessions`). Você pode fornecer um ID de Taxon +(ex.: 1280), um nome de organismo (ex.: Staphylococcus aureus), um accession de Study +(ex.: PRJNA480016), um accession de BioSample (ex.: SAMN01737350) ou um accession de Run +(ex.: SRR578340). Esse valor é então consultado na +[Data Warehouse API](https://www.ebi.ac.uk/ena/browse/search-rest)) do ENA, e uma lista +de todos os accessions de Experimento associados à consulta é retornada. + +Novamente, provavelmente é mais fácil se simplesmente olharmos alguns exemplos. + +#### Exemplos + +Primeiro, vamos ver um único exemplo para fornecer uma descrição dos arquivos de saída. + +```bash +bactopia search --query PRJNA480016 --limit 5 +INFO 2023 00:root:INFO - Submitting query (type - bioproject_accession) search.py:472 +INFO 2023 00:root:INFO - Writing results to ./bactopia-metadata.txt search.py:554 +INFO 2023 00:root:INFO - Writing accessions to ./bactopia-accessions.txt search.py:564 +INFO 2023 00:root:INFO - Writing filtered accessions to ./bactopia-filtered.txt search.py:569 +INFO 2023 00:root:INFO - Writing summary to ./bactopia-search.txt search.py:575 +``` + +No comando acima, estamos buscando todos os accessions de Experimento associados ao +accession de Study `PRJNA480016`. No entanto, o parâmetro `--limit` é usado para limitar +os resultados a apenas 5 accessions de Experimento. Em seguida, múltiplos arquivos são +produzidos: + +| Extensão | Descrição | +|-------------------|------------------------------------------------------------------------------------| +| `-metadata.txt` | Um arquivo delimitado por tabulação com todos os resultados da consulta | +| `-accessions.txt` | Uma lista de accessions de Experimento a serem processados | +| `-filtered.txt` | Uma lista de quaisquer accessions de Experimento que foram filtrados, caso contrário vazio | +| `-search.txt` | Um resumo da solicitação concluída | + +
+Exemplo bactopia-metadata.txt + +Quando concluído, um arquivo chamado `bactopia-metadata.txt` é produzido. Este arquivo +contém múltiplos campos (sample_accession, tax_id, sample_alias, center_name, etc...) +para cada accession de Experimento retornado pela consulta. + +```bash +run_accession project_name submission_accession library_selection last_updated sra_bytes collected_by isolate fastq_bytes instrument_platform sra_aspera fastq_galaxy country sample_description experiment_title sra_galaxy fastq_md5 sample_accession secondary_study_accession read_count study_title collection_date_end sample_title instrument_model description sra_md5 fastq_ftp base_count library_strategy location library_source sra_ftp library_layout location_start status lon fastq_aspera host_sex sample_alias collection_date_start run_alias collection_date experiment_alias center_name host library_name tag first_created lat strain experiment_accession scientific_name tax_id study_accession host_scientific_name accession secondary_sample_accession location_end first_public study_alias isolation_source +SRR7706353 Staphylococcus aureus SRA760272 RANDOM 2018-08-18 595393300 353569630;334112090 ILLUMINA fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR770/003/SRR7706353 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_2.fastq.gz USA Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/003/SRR7706353 6cf7a954abc803c8be6515545b321e2d;f879b1fa058e80fa764beb8e333877ae SAMN09847868 SRP158268 1493115 Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 2023-01-07 Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 4f7c2a8836ce2471fec07128f2c9b407 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_2.fastq.gz 897918508 WGS GENOMIC ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/003/SRR7706353 PAIRED public fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/003/SRR7706353/SRR7706353_2.fastq.gz JE2 2023-01-07 JE2_R1.fastq.gz 2017-07-01 JE2 SUB4273132 Homo sapiens JE2 ena;pathogen;bacterium;datahub;priority 2018-08-18 JE2 SRX4563690 Staphylococcus aureus 1280 PRJNA480016 Homo sapiens SRR7706353 SRS3680044 2018-08-18 PRJNA480016 +SRR7706354 Staphylococcus aureus SRA760272 RANDOM 2018-08-18 227970617 Emory Cystic Fibrosis Biospecimen Registry (CFBR) replicate of CFBRSa66A 129917564;131945147 ILLUMINAfasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR770/004/SRR7706354 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_2.fastq.gz USA: Atlanta, GA MRSA Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/004/SRR7706354 371165d54adfd1300c7b02e79d8d4245;5517e629b8e8ad00dbd6ef9a5f8d073d SAMN09847839 SRP158268 535939 Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 2018-01-02 Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 323e7336212b256ba2509a14bd90790a ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_2.fastq.gz 322122209 WGS 33.749 N 84.388 W GENOMIC ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/004/SRR7706354 PAIRED 33.749 N 84.388 W public -84.388 fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/004/SRR7706354/SRR7706354_2.fastq.gz male CFBRSa66B 2018-01-02 CFBRSa66B_R2.fastq.gz 2012-07-16 CFBRSa66B SUB4273132 Homo sapiens CFBRSa66B ena;pathogen;bacterium;datahub;priority 2018-08-18 33.749 CFBR-150 SRX4563689 Staphylococcus aureus 1280 PRJNA480016 Homo sapiens SRR7706354 SRS3680043 33.749 N 84.388 W 2018-08-18 PRJNA480016 sputum +SRR7706356 Staphylococcus aureus SRA760272 RANDOM 2018-08-18 328642242 Emory Cystic Fibrosis Biospecimen Registry (CFBR) 191742121;188439990 ILLUMINA fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR770/006/SRR7706356 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_2.fastq.gz USA: Atlanta, GA MRSA Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/006/SRR7706356 2b0c01434a7e677c6697ff49985de0f7;08c4f37d7fdbeac0133819ee3af6dd21 SAMN09847834 SRP158268 780838 Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 2017-09-02 Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ec8397df7897777d1c332522c6227458 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_2.fastq.gz 469342822 WGS 33.749 N 84.388 W GENOMIC ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/006/SRR7706356 PAIRED 33.749 N 84.388 W public -84.388 fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/006/SRR7706356/SRR7706356_2.fastq.gz male CFBRSa25 2017-09-01 CFBRSa25_R2.fastq.gz 2012-03-26 CFBRSa25 SUB4273132 Homo sapiens CFBRSa25 ena;pathogen;bacterium;datahub;priority 2018-08-18 33.749 CFBR-134 SRX4563687 Staphylococcus aureus 1280 PRJNA480016 Homo sapiens SRR7706356 SRS3680041 33.749 N 84.388 W 2018-08-18 PRJNA480016 sputum +SRR7706361 Staphylococcus aureus SRA760272 RANDOM 2018-08-18 599269367 Emory Cystic Fibrosis Biospecimen Registry (CFBR) 353160072;336993031 ILLUMINA fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR770/001/SRR7706361 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_2.fastq.gz USA: Atlanta, GA Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/001/SRR7706361 45fa5f0ed629d81282f1429b42c18432;c9c1b6be39fceab54d20d41450776050 SAMN09847850 SRP158268 1496420 Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 2018-04-04 Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 085cbb8f7b186d3f61bab022323f61ce ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_2.fastq.gz 899864766 WGS 33.749 N 84.388 GENOMIC ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/001/SRR7706361 PAIRED 33.749 N 84.388 W public -84.388 fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/001/SRR7706361/SRR7706361_2.fastq.gz male CFBRSa07 2018-04-03 CFBRSa07_R1.fastq.gz 2012-10-03 CFBRSa07 SUB4273132 Homo sapiens CFBRSa07 ena;pathogen;bacterium;datahub;priority 2018-08-18 33.749 CFBR-238 SRX4563682 Staphylococcus aureus 1280 PRJNA480016 Homo sapiens SRR7706361 SRS3680035 33.749 N 84.388 W 2018-08-18 PRJNA480016 sputum +SRR7706362 Staphylococcus aureus SRA760272 RANDOM 2018-08-18 241721284 Emory Cystic Fibrosis Biospecimen Registry (CFBR) 139499004;138853939 ILLUMINA fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR770/002/SRR7706362 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_2.fastq.gz USA: Atlanta, GA Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/002/SRR7706362 d6f7434e83969245df356e0c3aaa72e8;4bfa95c3a9db9d93b65b39530f5be0c7 SAMN09847844 SRP158268 572961 Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 2017-11-02 Pathogen: clinical or host-associated sample from Staphylococcus aureus Illumina MiSeq Illumina MiSeq sequencing: Genome Sequence of Staphylococcus aureus Cystic Fibrosis Isolates 189012bcc94d59002369ebc17ad303fa ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_2.fastq.gz 344400515 WGS 33.749 N 84.388 GENOMIC ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR770/002/SRR7706362 PAIRED 33.749 N 84.388 W public -84.388 fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR770/002/SRR7706362/SRR7706362_2.fastq.gz male CFBRSa06 2017-11-02 CFBRSa06_R1.fastq.gz 2012-05-16 CFBRSa06 SUB4273132 Homo sapiens CFBRSa06 ena;pathogen;bacterium;datahub;priority 2018-08-18 33.749 CFBR-172 SRX4563681 Staphylococcus aureus 1280 PRJNA480016 Homo sapiens SRR7706362 SRS3680034 33.749 N 84.388 W 2018-08-18 PRJNA480016 sputum +``` + +
+ +
+Exemplo bactopia-summary.txt + +Quando concluído, um arquivo chamado `bactopia-summary.txt` é produzido, que conterá um +resumo básico dos resultados da consulta. + +```bash +Bactopia Summary Report + +Total Samples: 1 + +Passed: 1 + Gold: 0 + Silver: 1 + Bronze: 0 + +Excluded: 0 + Failed Cutoff: 0 + + QC Failure: 0 + + +Reports: + Full Report (txt): ./bactopia-report.tsv + Exclusion: ./bactopia-exclude.tsv + Summary: ./bactopia-summary.txt + +Rank Cutoffs: + Gold: + Coverage >= 100x + Quality >= Q30 + Read Length >= 95bp + Total Contigs < 100 + Silver: + Coverage >= 50x + Quality >= Q20 + Read Length >= 75bp + Total Contigs < 200 + Bronze: + Coverage >= 20x + Quality >= Q12 + Read Length >= 49bp + Total Contigs < 500 + +Assembly Length Exclusions: + Minimum: None + Maximum: None +``` + +
+ +A partir dos arquivos de saída, você vai querer usar o arquivo com a extensão +`-accessions.txt`. Na consulta acima, o arquivo `-accessions.txt` ficou assim: + +```bash +SRX4563681 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563689 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563687 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563682 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563690 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +``` + +:::info[Use o arquivo com a extensão `-accessions.txt` com `--accessions`] +O arquivo com a extensão `-accessions.txt` é o arquivo que você usará com `--accessions` +para processar os accessions de Experimento com o Bactopia. +::: + +## Parâmetros Adicionais Úteis + +### `-profile` + +O Bactopia faz uso dos [Perfis de Configuração do Nextflow](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#config-profiles) +para especificar o executor a ser usado. Por padrão, o Bactopia usará o perfil `conda`. +Há outros perfis integrados, incluindo: `docker`, `singularity`, `slurm`, etc... Para +usar um perfil específico, você pode usar o parâmetro `-profile`. + +Por exemplo, se você quiser que o Nextflow use Docker, você usaria o seguinte comando: +```bash +bactopia ... -profile docker +``` + +Com isso, o Nextflow usará Docker para executar todos os processos no Bactopia (mesmo +que o Bactopia esteja instalado com Conda!). + +:::tip[Sempre prefira containers em vez de Conda] +Embora eu seja o primeiro a admitir que adoro Conda, ele não é perfeito. Com o tempo, +ferramentas podem ficar quebradas ou incompatíveis devido a dependências. Containers são +uma ótima maneira de evitar esses problemas. Se você está usando o Bactopia e tem Docker +ou Singularity disponível, eu recomendaria usá-los em vez de Conda. +::: + +### `-resume` + +O Bactopia depende do [Recurso de Retomada do Nextflow](https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html#modify-and-resume) +para retomar execuções. Você pode dizer ao Bactopia para retomar adicionando `-resume` +à sua linha de comando. Quando `-resume` é usado, o Nextflow revisará o cache e +determinará se a execução anterior pode ser retomada. Se a execução anterior não puder +ser retomada, a execução começará do início. + +### `--max_cpus` + +Na execução, o Nextflow cria uma fila e o número de slots na fila é determinado pelo +número total de núcleos no sistema. Portanto, se você tiver um sistema com 24 núcleos, +isso significa que o Nextflow terá uma fila com 24 slots disponíveis. Esse recurso torna +o `--max_cpus` um pouco enganoso. Normalmente, quando você fornece `--max_cpus`, você +está dizendo *"use essa quantidade de CPUs"*. Mas esse não é o caso para o Nextflow e o +Bactopia. Quando você usa `--max_cpus`, o que você está realmente dizendo é *"para +qualquer tarefa específica, use essa quantidade de slots"*. Os comandos dentro dos +processadores de uma tarefa usarão a quantidade especificada por `--max_cpus`. + +
+`--max_cpus` pode ter um efeito significativo na eficiência do Bactopia + +Por exemplo, se você tiver um sistema com 24 núcleos. + +Este comando, `bactopia ... --max_cpus 24`, diz *para qualquer tarefa específica, use +24 slots*. O Nextflow dará às tarefas no Bactopia 24 slots de 24 disponíveis (máquina +com 24 núcleos). Em outras palavras, a fila pode ter apenas uma tarefa em execução por +vez porque cada tarefa ocupa 24 slots. + +Por outro lado, `bactopia ... --max_cpus 4` diz *para qualquer tarefa específica, use 4 +slots*. Agora, o Nextflow dará a cada tarefa 4 slots de 24 slots. Isso significa que 6 +tarefas podem estar em execução ao mesmo tempo. Isso pode levar a uma eficiência muito +melhor porque menos tarefas ficam esperando na fila. + +Existem algumas tarefas no Bactopia que sempre usarão apenas um único slot porque são +tarefas de núcleo único. Enquanto outras sempre usarão o número de slots especificado +por `--max_cpus`. + +Se o `--max_cpus` for muito alto, você provavelmente reduzirá a eficiência do Bactopia. + +
+ +:::tip[Na dúvida, `--max_cpus 4` é um valor seguro.] +Este também é o valor padrão para o Bactopia. +::: + +### `-qs` + +O parâmetro `-qs` é a abreviação de *queue size* (tamanho da fila). Como descrito acima +para `--max_cpus`, o valor padrão para `-qs` é definido como o número total de núcleos +no sistema. Este parâmetro permite ajustar o número máximo de núcleos que o Nextflow +pode usar a qualquer momento. + +
+`-qs` permite que você use recursos compartilhados de forma adequada + +No exemplo acima, se você tiver um sistema com 24 núcleos, o tamanho padrão da fila +é 24 slots. + +`bactopia ... --max_cpus 4` diz *para qualquer tarefa específica, use no máximo 4 slots*. +O Nextflow dará a cada tarefa 4 slots de 24 slots. Mas pode haver outras pessoas também +usando o servidor. + +`bactopia ... --max_cpus 4 -qs 12` diz *para qualquer tarefa específica, use no máximo +4 slots, mas não use mais de 12 slots*. O Nextflow dará a cada tarefa 4 slots de 12 +slots. Agora, em vez de usar todos os núcleos do servidor, o máximo que pode ser usado +é 12. + +
+ +
+`-qs` pode precisar de ajuste para agendadores de tarefas. + +O valor padrão para `-qs` é definido como 100 ao usar um agendador de tarefas (ex.: +SLURM, AWS Batch). Pode haver situações em que você precise ajustar isso para atender +às suas necessidades. Por exemplo, ao usar o AWS Batch, você pode querer aumentar o +valor para ter mais tarefas processadas de uma vez (ex.: 100 vs 500). + +
+ +### `--genome_size` + +Ao longo do fluxo de trabalho do Bactopia, um tamanho de genoma é usado para várias +tarefas. Por padrão, o tamanho do genoma é definido como 0 e etapas como a redução de +cobertura são ignoradas. No entanto, se você fornecer um tamanho de genoma esperado, +essas etapas serão habilitadas. + +
+Use `--genome_size` para melhorar os resultados e a velocidade + +Ao fornecer um tamanho de genoma, o Bactopia reduzirá a cobertura para um máximo de +100x (padrão). Ao fazer isso, para amostras com cobertura superior a 100x, você verá +uma redução no tempo de execução, bem como melhores resultados. Isso porque, com +cobertura excessiva, algumas ferramentas produzem resultados piores e levam muito mais +tempo. + +
+ +### `--nfconfig` +Um recurso fundamental do Nextflow é que você pode fornecer seus próprios arquivos de +configuração. Isso basicamente significa que você pode configurar facilmente o Bactopia +para rodar no seu ambiente. Com `--nfconfig`, você pode dizer ao Bactopia para importar +seu arquivo de configuração. + +`--nfconfig` foi configurado para ser o último arquivo de configuração a ser carregado +pelo Nextflow. Isso significa que, se seu arquivo de configuração contiver variáveis +(ex.: params ou profiles) já definidas, elas serão substituídas pelos seus valores. + +[O Nextflow entra em grande detalhe sobre como criar arquivos de configuração.](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html) +Por favor, verifique os links a seguir para os ajustes que você possa estar interessado +em fazer. + +| Escopo | Descrição | +|---------|-------------| +| [env](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#scope-env) | Definir quaisquer variáveis de ambiente que possam ser necessárias | +| [params](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#scope-params) | Alterar os valores padrão dos argumentos da linha de comando | +| [process](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#scope-process) | Ajustar configurações por processo, como containers, ambientes conda ou uso de recursos | +| [profile](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#config-profiles) | Criar perfis predefinidos para seu [Executor](https://www.nextflow.io/docs/latest/operator.html#filtering-operators) | + +Há [muitos outros escopos](https://www.nextflow.io/docs/latest/config.html#config-scopes) +que você pode estar interessado em verificar. + +Você provavelmente vai querer criar um perfil personalizado. Ao fazer isso, você pode +especificá-lo em tempo de execução (`-profile myProfile`) e o Nextflow será executado +com base nesse perfil. Muitas vezes, seu perfil personalizado incluirá informações sobre +o executor (filas, alocações, caminhos, etc...). + +Se precisar de ajuda, por favor [entre em contato](https://github.com/bactopia/bactopia/issues/new/choose)! + +*Se você estiver usando o perfil padrão (não especificou -profile 'xyz'), isso pode não ser necessário.* + +### `--cleanup_workdir` + +Após executar o Bactopia, você notará um diretório chamado `work`. Este diretório é onde +o Nextflow executa todos os processos e armazena os arquivos intermediários. Após a +conclusão bem-sucedida de um processo, os resultados apropriados são extraídos e +colocados na pasta de resultados da amostra. O diretório `work` pode crescer muito +rapidamente! Por favor, tenha isso em mente ao usar o Bactopia (_e outros pipelines +Nextflow_). Para ajudar a evitar o acúmulo do diretório `work`, você pode usar +`--cleanup_workdir` para excluir automaticamente o diretório `work` após uma execução +bem-sucedida. diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx new file mode 100644 index 00000000..4182e790 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx @@ -0,0 +1,1055 @@ +--- +title: Full Guide +sidebar_label: Full Guide +sidebar_position: 5 +description: "Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa." +tags: + - bacteria + - assembly + - annotation + - amr + - mlst + - genomics + - pipeline +--- + +# bactopia + +**Tags:** bacteria assembly annotation amr mlst genomics pipeline named-workflow + +Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. + +Este fluxo de trabalho realiza análises de ponta a ponta, incluindo controle de qualidade, montagem, +anotação, detecção de resistência antimicrobiana, tipagem MLST e análise opcional +específica de patógenos via Merlin. Ele processa reads de sequenciamento brutos +e produz uma caracterização genômica completa adequada para análises posteriores. + +## Visão Geral do Pipeline + +![Bactopia Workflow](/img/bactopia-workflow-main.png) + +Ao olhar para o fluxo de trabalho acima, pode parecer que não há muita coisa acontecendo, mas posso +garantir que muita coisa está ocorrendo. O fluxo de trabalho é dividido em 8 etapas: + +1. **Gather** - Coletar todos os dados em um único lugar +2. **QC** - Controle de qualidade dos dados +3. **Assembler** - Montar os reads em contigs +4. **Annotator** - Anotar os contigs +5. **Sketcher** - Criar um esboço dos contigs e consultar bancos de dados +6. **Sequence Typing** - Determinar o tipo de sequência dos contigs +7. **Antibiotic Resistance** - Determinar a resistência a antibióticos dos contigs e proteínas +8. **Merlin** - Executar automaticamente ferramentas específicas por espécie com base na distância + +Se você está procurando um guia para começar rapidamente, consulte o +[Guia para Iniciantes](beginners-guide.md). + +### Etapa 1 - Gather + +O objetivo principal da etapa `gather` é reunir todas as amostras em um único lugar. Isso +inclui o download de amostras do ENA/SRA ou NCBI Assembly. As ferramentas utilizadas são: + +| Ferramenta | Descrição | +|------|-------------| +| [art](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm) | Para simular reads sem erros a partir de uma montagem de entrada | +| [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) | Download de arquivos FASTQ do ENA/SRA | +| [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) | Download de arquivos FASTA do NCBI Assembly | + +A etapa `gather` também realiza verificações básicas de controle de qualidade para ajudar a prevenir falhas posteriores. + +#### Verificações de Qualidade com Falha + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| -gzip-error.txt | Amostra falhou nas verificações de Gzip e foi excluída de análises posteriores | +| -low-basepair-proportion-error.txt | Amostra falhou nas verificações de proporção de pares de bases e foi excluída de análises posteriores | +| -low-read-count-error.txt | Amostra falhou nas verificações de contagem de reads e foi excluída de análises posteriores | +| -low-sequence-depth-error.txt | Amostra falhou nas verificações de pares de bases sequenciados e foi excluída de análises posteriores | + +:::info[Amostras de baixa qualidade são excluídas para evitar falhas posteriores] +Amostras que falham em qualquer uma das verificações de qualidade serão excluídas de análises posteriores. +Essas amostras gerarão um arquivo `*-error.txt` com a mensagem de erro. Excluir +essas amostras previne falhas posteriores que causariam a falha de todo o fluxo de trabalho. +::: + +
+Exemplo de Erro: FASTQ(s) de entrada falharam nas verificações de Gzip + +Se os FASTQ(s) de entrada não passarem no teste de Gzip, a amostra será excluída de +análises posteriores. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-gzip-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQs failed Gzip tests. Please check the input FASTQs. Further +analysis is discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: FASTQs de entrada têm número desproporcional de reads + +Se os FASTQ(s) de entrada de uma amostra tiverem um número desproporcionalmente diferente de reads +entre os dois pares, a amostra será excluída de análises posteriores. Você pode +ajustar essa contagem mínima de reads usando o parâmetro `--min_proportion`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-basepair-proportion-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQs failed to meet the minimum shared basepairs. They +shared `Y` basepairs, with R1 having `A` bp and R2 having `B` bp. Further +analysis is discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: FASTQ(s) de entrada têm reads insuficientes + +Se os FASTQ(s) de entrada de uma amostra tiverem menos reads do que o mínimo exigido, a +amostra será excluída de análises posteriores. Você pode ajustar essa contagem mínima de +reads usando o parâmetro `--min_reads`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-read-count-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQ(s) contain `X` total reads. This does not exceed the required +minimum `Y` read count. Further analysis is discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: FASTQ(s) de entrada têm pares de bases sequenciados insuficientes + +Se os FASTQ(s) de entrada de uma amostra não atingirem o número mínimo de pares de bases +sequenciados, a amostra será excluída de análises posteriores. Você pode +ajustar essa contagem mínima usando o parâmetro `--min_basepairs`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-sequence-depth-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQ(s) contain `X` total basepairs. This does not exceed the +required minimum `Y` bp. Further analysis is discontinued._ + +
+ +### Etapa 2 - QC + +O módulo `qc` usa uma variedade de ferramentas para realizar controle de qualidade em reads do Illumina e +Oxford Nanopore. As ferramentas utilizadas são: + +| Ferramenta | Tecnologia | Descrição | +|------|------------|-------------| +| [bbtools](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/) | Illumina | Um conjunto de ferramentas para manipulação de reads | +| [fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) | Illumina | Uma ferramenta projetada para fornecer pré-processamento rápido e completo de arquivos FastQ | +| [fastqc](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) | Illumina | Uma ferramenta de controle de qualidade para dados de sequenciamento de alto rendimento | +| [fastq_scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) | Nanopore | Uma ferramenta para varredura rápida de arquivos FASTQ | +| [lighter](https://github.com/mourisl/Lighter) | Illumina | Uma ferramenta para correção de erros de sequenciamento em reads do Illumina | +| [NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) | Nanopore | Uma ferramenta para visualização de dados de sequenciamento de leituras longas | +| [nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) | Nanopore | Uma ferramenta para calcular métricas de qualidade para reads do Oxford Nanopore | +| [porechop](https://github.com/rrwick/Porechop) | Nanopore | Uma ferramenta para remoção de adaptadores de reads do Oxford Nanopore | +| [rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) | Nanopore | Subamostragem aleatória de reads de sequenciamento para uma cobertura especificada | + +Semelhante à etapa `gather`, a etapa `qc` também impedirá que amostras que não atendam às +verificações básicas de qualidade continuem para as etapas posteriores. + +#### Verificações de Qualidade com Falha + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| .error-fastq.gz | Um arquivo FASTQ comprimido com reads que falharam no controle de qualidade | +| -low-read-count-error.txt | Amostra falhou nas verificações de contagem de reads e foi excluída de análises posteriores | +| -low-sequence-coverage-error.txt | Amostra falhou nas verificações de cobertura de sequenciamento e foi excluída de análises posteriores | +| -low-sequence-depth-error.txt | Amostra falhou nas verificações de pares de bases sequenciados e foi excluída de análises posteriores | + +:::info[Amostras de baixa qualidade são excluídas para evitar falhas posteriores] +Amostras que falham em qualquer uma das verificações de qualidade serão excluídas de análises posteriores. +Essas amostras gerarão um arquivo `*-error.txt` com a mensagem de erro. Excluir +essas amostras previne falhas posteriores que causariam a falha de todo o fluxo de trabalho. +::: + +
+Exemplo de Erro: Após o controle de qualidade, restam reads insuficientes + +Se após a limpeza dos reads, uma amostra tiver menos reads do que o mínimo exigido, a +amostra será excluída de análises posteriores. Você pode ajustar essa contagem mínima de +reads usando o parâmetro `--min_reads`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-read-count-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQ(s) contain `X` total reads. This does not exceed the required +minimum `Y` read count. Further analysis is discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: Após o controle de qualidade, resta cobertura de sequenciamento insuficiente + +Se após a limpeza dos reads, uma amostra não atingir a cobertura mínima de sequenciamento +exigida, a amostra será excluída de análises posteriores. Você pode +ajustar esse mínimo usando o parâmetro `--min_coverage`. + +__Nota:__ Esta verificação é realizada apenas quando o tamanho do genoma está disponível. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-sequence-coverage-error.txt__ +_After QC, <SAMPLE_NAME> FASTQ(s) contain `X` total basepairs. This does not +exceed the required minimum `Y` bp (`Z`x coverage). Further analysis is +discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: Após o controle de qualidade, restam pares de bases sequenciados insuficientes + +Se após a limpeza dos reads, uma amostra não atingir o número mínimo de pares de bases +sequenciados, a amostra será excluída de análises posteriores. Você pode +ajustar esse mínimo usando o parâmetro `--min_basepairs`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-low-sequence-depth-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> FASTQ(s) contain `X` total basepairs. This does not exceed the +required minimum `Y` bp. Further analysis is discontinued._ + +
+ +### Etapa 3 - Assembler + +O módulo `assembler` usa uma variedade de ferramentas de montagem para criar uma montagem de +reads do Illumina e Oxford Nanopore. As ferramentas utilizadas são: + +| Ferramenta | Descrição | +|------|-------------| +| [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) | Montagem de reads do Oxford Nanopore, bem como montagem híbrida com polimento por reads curtos | +| [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) | Montagem de reads paired-end do Illumina | +| [Shovill-SE](https://github.com/rpetit3/shovill) | Montagem de reads single-end do Illumina | +| [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) | Montagem híbrida, utilizando primeiro reads curtos e depois reads longos | + +Estatísticas resumidas para cada montagem são geradas usando [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan). + +:::tip[Prefira `--short_polish` em vez de `--hybrid` com sequenciamento ONT recente] +Usar [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) (`--hybrid`) para criar uma montagem híbrida +funciona muito bem quando você tem reads longos com baixa cobertura e muito ruído. No entanto, se você estiver +usando sequenciamento ONT recente, provavelmente tem alta cobertura e o uso do método `--short_polish` +vai gerar resultados melhores (_e mais rápidos!_) do que `--hybrid`. +::: + +#### Verificações de Qualidade com Falha + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| -assembly-error.txt | Amostra falhou nas verificações de montagem e foi excluída de análises posteriores | + +:::info[Amostras de baixa qualidade são excluídas para evitar falhas posteriores] +Amostras que falham em qualquer uma das verificações de qualidade serão excluídas de análises posteriores. +Essas amostras gerarão um arquivo `*-error.txt` com a mensagem de erro. Excluir +essas amostras previne falhas posteriores que causariam a falha de todo o fluxo de trabalho. +::: + +
+Exemplo de Erro: Montagem realizada com sucesso, mas 0 contigs + +Se uma amostra for montada com sucesso, mas 0 contigs forem formados, a amostra será +excluída de análises posteriores. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-assembly-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> assembled successfully, but 0 contigs were formed. Please investigate +<SAMPLE_NAME> to determine a cause (e.g. metagenomic, contaminants, etc...) for this +outcome. Further assembly-based analysis of <SAMPLE_NAME> will be discontinued._ + +
+ +
+Exemplo de Erro: Montagem realizada com sucesso, mas tamanho da montagem ruim + +Se sua amostra for montada com sucesso, mas o tamanho da montagem for menor do que o tamanho +mínimo permitido do genoma, a amostra será excluída de análises posteriores. Você pode +ajustar esse tamanho mínimo usando o parâmetro `--min_genome_size`. + +__Exemplo de texto em <SAMPLE_NAME>-assembly-error.txt__ +_<SAMPLE_NAME> assembled size (000 bp) is less than the minimum allowed genome +size (000 bp). If this is unexpected, please investigate <SAMPLE_NAME> to +determine a cause (e.g. metagenomic, contaminants, etc...) for the poor assembly. +Otherwise, adjust the `--min_genome_size` parameter to fit your need. Further +assembly based analysis of <SAMPLE_NAME> will be discontinued._ + +
+ +### Etapa 4 - Annotator + +A etapa `annotator` usa [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) (padrão) +ou [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) (via `--use_bakta`) para anotar +contigs montados com informações funcionais incluindo genes, proteínas, rRNA, tRNA +e outras características genômicas. + +### Etapa 5 - Sketcher + +O módulo `sketcher` usa [Mash](https://github.com/marbl/Mash) e +[Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash) para criar esboços e consultar +[RefSeq](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/) e [GTDB](https://gtdb.ecogenomic.org/). + +### Etapa 6 - Sequence Typing + +A etapa `mlst` usa [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) para varrer montagens contra +esquemas de tipagem do [PubMLST](https://pubmlst.org/) e determinar o tipo de sequência. + +### Etapa 7 - Antibiotic Resistance + +A etapa `amrfinderplus` usa [AMRFinder+](https://github.com/ncbi/amr) para identificar +genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais tanto de contigs montados quanto de +sequências de proteínas anotadas. + +### Etapa 8 - Merlin + +A etapa `merlin` seleciona e executa automaticamente ferramentas de tipagem específicas por espécie com base +nos resultados de distância Mash da etapa `sketcher`. Ative com `--ask_merlin`. Consulte a +seção de saídas de [Análise Específica de Patógenos](#pathogen-specific-analysis) abaixo para a +lista completa de organismos e ferramentas suportados. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ ├── main +│ │ ├── annotator +│ │ │ └── prokka +│ │ │ ├── -blastdb.tar.gz +│ │ │ ├── .faa.gz +│ │ │ ├── .ffn.gz +│ │ │ ├── .fna.gz +│ │ │ ├── .fsa.gz +│ │ │ ├── .gbk.gz +│ │ │ ├── .gff.gz +│ │ │ ├── .sqn.gz +│ │ │ ├── .tbl.gz +│ │ │ ├── .tsv +│ │ │ ├── .txt +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── .err +│ │ │ ├── .log +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── assembler +│ │ │ ├── .fna.gz +│ │ │ ├── .tsv +│ │ │ ├── logs +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ ├── shovill-se.log +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── supplemental +│ │ │ ├── illumina.txt +│ │ │ └── shovill.corrections +│ │ ├── gather +│ │ │ ├── -meta.tsv +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── qc +│ │ │ ├── _SE.fastq.gz +│ │ │ ├── logs +│ │ │ │ ├── -fastp.log +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── supplemental +│ │ │ ├── .fastp.html +│ │ │ ├── .fastp.json +│ │ │ ├── _SE-final.json +│ │ │ ├── _SE-final_fastqc.html +│ │ │ ├── _SE-final_fastqc.zip +│ │ │ ├── _SE-original.json +│ │ │ ├── _SE-original_fastqc.html +│ │ │ └── _SE-original_fastqc.zip +│ │ └── sketcher +│ │ ├── -k21.msh +│ │ ├── -k31.msh +│ │ ├── -mash-refseq88-k21.txt +│ │ ├── -sourmash-gtdb-rs207-k31.txt +│ │ ├── .sig +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── tools +│ ├── amrfinderplus +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── mlst +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── bactopia- + ├── merged-results + │ ├── amrfinderplus.tsv + │ ├── assembly-scan.tsv + │ ├── logs + │ │ ├── amrfinderplus-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── assembly-scan-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── meta-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── mlst-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── meta.tsv + │ └── mlst.tsv + └── nf-reports + ├── bactopia-dag.dot + ├── bactopia-report.html + └── bactopia-timeline.html +``` + +### Controle de Qualidade + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `supplemental/*_fastqc.*` | Relatórios de controle de qualidade do FastQC para reads brutos e limpos | +| `supplemental/*-NanoPlot.*` | Relatórios do NanoPlot para reads do Nanopore | +| `supplemental/*.fastp.*` | Relatórios de qualidade do Fastp (quando aplicável) | +| `supplemental/*_original.json` | Métricas de qualidade para reads originais | +| `supplemental/*_final.json` | Métricas de qualidade para reads finais | + +### Montagem + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `*.fasta` | Sequências do genoma montado | +| `assembly-stats.tsv` | Métricas de qualidade da montagem | +| `merged-assembly-stats.tsv` | Estatísticas consolidadas de montagem | + +### Anotação + +:::note[Nota] +O formato de saída depende da ferramenta de anotação escolhida (Bakta ou Prokka) +::: + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `*.gff.gz` | Anotação do genoma no formato GFF3 (comprimida) | +| `*.gbk.gz` | Anotação do genoma no formato GenBank (comprimida) | +| `*.faa.gz` | Sequências de proteínas (comprimidas) | +| `*.fna.gz` | Sequências de nucleotídeos da anotação (comprimidas) | +| `*.ffn.gz` | Sequências de nucleotídeos de características (comprimidas) | +| `annotation.tsv` | Tabelas de resumo de anotação | +| `blastdb.*` | Banco de dados BLAST criado a partir da anotação | + +### Tipagem + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `mlst.tsv` | Resultados do tipo de sequência MLST | +| `merged-mlst.tsv` | Resultados consolidados de MLST | + +### Resistência Antimicrobiana + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `amrfinderplus.tsv` | Resultados de detecção de genes de resistência antimicrobiana | +| `amrfinderplus.mutation.tsv` | Resultados de mutações pontuais de resistência antimicrobiana | +| `merged-amrfinderplus.tsv` | Resultados consolidados de resistência antimicrobiana | + +### Análise Comparativa + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `*-k21.msh` | Arquivos de esboço Mash (k=21) | +| `*-k31.msh` | Arquivos de esboço Mash (k=31) | +| `*-mash-refseq88-*.txt` | Resultados de triagem Mash contra RefSeq | +| `*.sig` | Assinaturas do Sourmash | +| `sourmash-*.txt` | Resultados de classificação do Sourmash | + +### Análise Específica de Patógenos + +:::note[Nota] +Criada apenas se --ask_merlin estiver ativado +::: + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `merlin/clermontyping/*` | Tipagem de filogrupo de *E. coli* | +| `merlin/ectyper/*` | Tipagem de *E. coli* enterotoxigênica | +| `merlin/shigatyper/*` | Predição de sorotipo de *Shigella* | +| `merlin/shigapass/*` | Vigilância passiva de *Shigella* | +| `merlin/shigeifinder/*` | Detecção de *Shigella* e EIEC | +| `merlin/stecfinder/*` | Detecção e tipagem de STEC | +| `merlin/emmtyper/*` | Tipagem emm de *S. pyogenes* | +| `merlin/hicap/*` | Tipagem capsular de *H. influenzae* | +| `merlin/hpsuissero/*` | Sorotipagem de *H. parasuis* | +| `merlin/kleborate/*` | Tipagem de espécies de *Klebsiella* | +| `merlin/staphtyper/*` | Tipagem spa de *S. aureus* | +| `merlin/agrvate/*` | Tipagem agr de *S. aureus* | +| `merlin/sccmec/*` | Tipagem SCCmec de *S. aureus* | + +### Resultados Consolidados + +:::note[Nota] +Resultados agregados no nível de execução de todas as amostras +::: + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `samplesheet.tsv` | Metadados das amostras e métricas de qualidade | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-------------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém saídas STDERR do processo | +| .log | Contém saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer o staging de arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| bactopia-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| bactopia-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| bactopia-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| bactopia-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Os parâmetros a seguir são a forma como você fornecerá amostras locais ou remotas para serem processadas pelo Bactopia. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--samples` | string | | Um FOFN (via bactopia prepare) com nomes de amostras e caminhos para FASTQ/FASTAs a serem processados | +| `--r1` | string | | Primeiro conjunto de reads paired-end do Illumina comprimidos (gzip) (requer --r2 e --sample) | +| `--r2` | string | | Segundo conjunto de reads paired-end do Illumina comprimidos (gzip) (requer --r1 e --sample) | +| `--se` | string | | Reads single-end do Illumina comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--ont` | string | | Reads do Oxford Nanopore comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--hybrid` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida usando Unicycler (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--short_polish` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida a partir de montagem de reads longos com polimento por reads curtos (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--sample` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--accessions` | string | | Um arquivo contendo accessions de Experimentos ENA/SRA ou accessions de NCBI Assembly a serem processados | +| `--accession` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--assembly` | string | | Um genoma montado em formato FASTA comprimido (requer --sample) | +| `--check_samples` | boolean | `false` | Validar o FOFN de entrada fornecido por --samples | + +### Parâmetros do AMRFinder+ + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--amrfinderplus_ident_min` | number | `-1` | Proporção mínima de aminoácidos idênticos no alinhamento para um hit (0..1) | +| `--amrfinderplus_coverage_min` | number | `0.5` | Cobertura mínima da proteína de referência (0..1) | +| `--amrfinderplus_organism` | string | | Grupo taxonômico para executar triagens adicionais | +| `--amrfinderplus_translation_table` | integer | `11` | Código genético NCBI para BLAST traduzido | +| `--amrfinderplus_noplus` | boolean | `false` | Desativar a execução do AMRFinder+ com a opção --plus | +| `--amrfinderplus_report_common` | boolean | `false` | Reportar proteínas comuns a um grupo taxonômico | +| `--amrfinderplus_report_all_equal` | boolean | `false` | Reportar todos os hits BLAST e HMM com pontuação igual | +| `--amrfinderplus_opts` | string | | Opções extras do AMRFinder+ entre aspas | +| `--amrfinderplus_db` | string | | Um banco de dados AMRFinder+ personalizado a ser usado, seja um tarball ou uma pasta | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do Assembler + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--shovill_assembler` | string | `skesa` | Montador a ser usado pelo Shovill (opções: `skesa`, `megahit`, `spades`, `velvet`) | +| `--dragonflye_assembler` | string | `flye` | Montador a ser usado pelo Dragonflye (opções: `flye`, `miniasm`, `raven`) | +| `--use_unicycler` | boolean | | Usar Unicycler para montagem paired-end | +| `--min_contig_len` | integer | `500` | Comprimento mínimo de contig <0=AUTO> | +| `--min_contig_cov` | integer | `2` | Cobertura mínima de contig <0=AUTO> | +| `--contig_namefmt` | string | | Formato dos IDs FASTA dos contigs no estilo 'printf' | +| `--shovill_opts` | string | | Opções extras do montador entre aspas para o Shovill | +| `--shovill_kmers` | string | | K-mers a serem usados <em branco=AUTO> | +| `--dragonflye_opts` | string | | Opções extras do montador entre aspas para o Dragonflye | +| `--trim` | boolean | | Ativar trimagem de adaptadores | +| `--no_stitch` | boolean | | Desativar costura de reads para reads paired-end | +| `--no_corr` | boolean | | Desativar correção pós-montagem | +| `--unicycler_mode` | string | `normal` | Modo de bridging usado pelo Unicycler (opções: `conservative`, `normal`, `bold`) | +| `--min_component_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--min_dead_end_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--nanohq` | boolean | `false` | Para o Flye, usar '--nano-hq' em vez de --nano-raw | +| `--medaka_model` | string | | O modelo a ser usado para polimento com Medaka | +| `--medaka_rounds` | integer | `0` | O número de rodadas de polimento com Medaka a realizar | +| `--racon_rounds` | integer | `1` | O número de rodadas de polimento com Racon a realizar | +| `--no_polish` | boolean | | Pular a etapa de polimento da montagem | +| `--no_miniasm` | boolean | | Pular bridging com miniasm+Racon | +| `--no_rotate` | boolean | | Não rotacionar replicons completos para iniciar em um gene padrão | +| `--reassemble` | boolean | `false` | Se os reads foram simulados, eles serão usados para criar uma nova montagem | +| `--polypolish_rounds` | integer | `1` | Número de rodadas de polimento a realizar com Polypolish para polimento por reads curtos | +| `--pilon_rounds` | integer | `0` | Número de rodadas de polimento a realizar com Pilon para polimento por reads curtos | + +### Parâmetros do Gather + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--skip_fastq_check` | boolean | | Pular verificações de requisitos mínimos para FASTQs de entrada | +| `--min_basepairs` | integer | `2241820` | A quantidade mínima de pares de bases necessária para continuar as análises posteriores | +| `--min_reads` | integer | `7472` | A quantidade mínima de reads necessária para continuar as análises posteriores | +| `--min_coverage` | integer | `10` | A cobertura mínima necessária para continuar as análises posteriores | +| `--min_proportion` | number | `0.5` | A proporção mínima de pares de bases para reads paired-end continuarem as análises posteriores | +| `--min_genome_size` | integer | `100000` | O tamanho mínimo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises posteriores | +| `--max_genome_size` | integer | `18040666` | O tamanho máximo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises posteriores | +| `--attempts` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de download | +| `--use_ena` | boolean | | Baixar FASTQs do ENA | +| `--no_cache` | boolean | | Pular o cache do arquivo de resumo de montagem do ncbi-genome-download | + +### Parâmetros do Sketcher + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--sketch_size` | integer | `10000` | Tamanho do esboço. Cada esboço terá no máximo este número de min-hashes não redundantes | +| `--sourmash_scale` | integer | `10000` | Escolher o número de hashes como 1 em uma FRAÇÃO dos k-mers de entrada | +| `--no_winner_take_all` | boolean | | Desativar a estratégia winner-takes-all para estimativas de identidade | +| `--screen_i` | number | `0.8` | Identidade mínima para reportar | + +### Parâmetros do MLST + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--mlst_scheme` | string | | Não detectar automaticamente, forçar este esquema em todas as entradas | +| `--mlst_minid` | integer | `95` | Porcentagem mínima de identidade de DNA do alelo completo para considerar 'similar' | +| `--mlst_mincov` | integer | `10` | Porcentagem mínima de cobertura de DNA para reportar alelo parcial | +| `--mlst_minscore` | integer | `50` | Pontuação mínima de 100 para corresponder a um esquema | +| `--mlst_nopath` | boolean | `false` | Remover caminhos de arquivo da coluna FILE | +| `--mlst_db` | string | | Um banco de dados MLST personalizado a ser usado, seja um tarball ou um diretório | + +### Parâmetros do QC + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--use_bbmap` | boolean | | Reads do Illumina serão processados com BBMap | +| `--use_porechop` | boolean | `false` | Usar Porechop para remover adaptadores de reads ONT | +| `--skip_qc` | boolean | | A etapa de controle de qualidade será ignorada e assumirá que as sequências de entrada já foram submetidas ao controle de qualidade | +| `--skip_qc_plots` | boolean | | A criação de gráficos de controle de qualidade pelo FastQC ou Nanoplot será ignorada | +| `--skip_error_correction` | boolean | | A correção de erros de reads pelo FLASH será ignorada | +| `--adapters` | string | | Um arquivo FASTA contendo adaptadores a serem removidos | +| `--adapter_k` | integer | `23` | Comprimento do k-mer usado para encontrar adaptadores | +| `--phix` | string | | Genoma de referência do phiX174 para remoção | +| `--phix_k` | integer | `31` | Comprimento do k-mer usado para encontrar o phiX174 | +| `--ktrim` | string | `r` | Trimar reads para remover bases correspondentes a k-mers de referência (opções: `f`, `r`, `l`) | +| `--mink` | integer | `11` | Procurar k-mers mais curtos nas extremidades dos reads até este comprimento ao trimar ou mascarar por k-mer | +| `--hdist` | integer | `1` | Distância máxima de Hamming para k-mers de referência (apenas substituições) | +| `--tpe` | string | `t` | Ao trimar pelo lado direito do k-mer, trimar ambos os reads para o comprimento mínimo de qualquer um (opções: `f`, `t`) | +| `--tbo` | string | `t` | Trimar adaptadores com base em onde os reads emparelhados se sobrepõem (opções: `f`, `t`) | +| `--qtrim` | string | `rl` | Trimar extremidades dos reads para remover bases com qualidade abaixo de trimq (opções: `rl`, `f`, `r`, `l`, `w`) | +| `--trimq` | integer | `6` | Regiões com qualidade média ABAIXO deste valor serão trimadas se qtrim estiver definido como algo diferente de f | +| `--maq` | integer | `10` | Reads com qualidade média (após a trimagem) abaixo deste valor serão descartados | +| `--minlength` | integer | `35` | Reads mais curtos que este valor após a trimagem serão descartados | +| `--ftm` | integer | `5` | Se positivo, trimar o comprimento pelo lado direito para ser igual a zero, módulo deste número | +| `--tossjunk` | string | `t` | Descartar reads com caracteres inválidos como bases (opções: `f`, `t`) | +| `--ain` | string | `f` | Ao detectar nomes de pares, permitir nomes idênticos (opções: `f`, `t`) | +| `--qout` | string | `33` | Offset PHRED a ser usado para FASTQs de saída (opções: `33`, `64`) | +| `--maxcor` | integer | `1` | Número máximo de correções em uma janela de 20bp | +| `--sampleseed` | integer | `42` | Definir um número positivo para usar como semente do gerador de números aleatórios para amostragem | +| `--ont_minlength` | integer | `1000` | Reads ONT menores que este valor serão descartados | +| `--ont_minqual` | integer | `0` | Filtro mínimo de qualidade média de reads ONT | +| `--porechop_opts` | string | | Opções extras do Porechop entre aspas | +| `--nanoplot_opts` | string | | Opções extras do NanoPlot entre aspas | +| `--bbduk_opts` | string | | Opções extras do BBDuk entre aspas | +| `--fastp_opts` | string | | Opções extras do fastp entre aspas | + +### Parâmetros de Download do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--bakta_db` | string | | Tarball ou caminho para o banco de dados do Bakta | +| `--bakta_db_type` | string | `full` | Qual BD do Bakta baixar: 'full' (~30GB) ou 'light' (~2GB) (opções: `full`, `light`) | +| `--bakta_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados do Bakta como tarball | +| `--download_bakta` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados do Bakta para o caminho especificado em --bakta_db | + +### Parâmetros do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--bakta_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--bakta_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado para o Prodigal | +| `--bakta_replicons` | string | | Tabela de informações de replicons (tsv/csv) | +| `--bakta_min_contig_length` | integer | `1` | Tamanho mínimo de contig para anotar | +| `--bakta_keep_contig_headers` | boolean | `false` | Manter os cabeçalhos originais dos contigs | +| `--bakta_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--bakta_skip_trna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de tRNA | +| `--bakta_skip_tmrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de tmRNA | +| `--bakta_skip_rrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de rRNA | +| `--bakta_skip_ncrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de ncRNA | +| `--bakta_skip_ncrna_region` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de regiões de ncRNA | +| `--bakta_skip_crispr` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de arrays CRISPR | +| `--bakta_skip_cds` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de CDS | +| `--bakta_skip_sorf` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de sORF | +| `--bakta_skip_gap` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de gaps | +| `--bakta_skip_ori` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de oriC/oriT | +| `--bakta_opts` | string | | Opções extras do Bakta entre aspas. Exemplo: '--gram +' | + +### Parâmetros do Prokka + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--prokka_proteins` | string | `${projectDir}/data/proteins.faa` | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--prokka_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado para o Prodigal | +| `--prokka_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--prokka_centre` | string | `Bactopia` | ID do centro de sequenciamento | +| `--prokka_coverage` | integer | `80` | Cobertura mínima na proteína de consulta | +| `--prokka_evalue` | string | `1e-09` | Corte do e-value de similaridade | +| `--prokka_opts` | string | | Opções extras do Prokka entre aspas | +| `--prokka_debug` | boolean | `false` | Ativar modo de depuração para o Prokka | + +### Parâmetros do mashdist + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--mash_sketch` | string | | A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh) | +| `--mash_seed` | integer | `42` | Semente a fornecer à função de hash | +| `--mash_table` | boolean | `false` | Saída em formato de tabela (campos ficarão em branco se não atingirem o limiar do p-value) | +| `--mash_m` | integer | `1` | Cópias mínimas de cada k-mer necessárias para passar o filtro de ruído para reads | +| `--mash_w` | number | `0.01` | Limiar de probabilidade para avisar sobre tamanho de k-mer baixo | +| `--mash_max_p` | number | `1.0` | P-value máximo a reportar | +| `--mash_max_dist` | number | `1.0` | Distância máxima a reportar | +| `--merlin_dist` | number | `0.1` | Distância máxima a reportar ao usar o Merlin | +| `--full_merlin` | boolean | `false` | Executar o Merlin completo e todas as ferramentas específicas por espécie, independentemente da distância Mash | +| `--mash_use_fastqs` | boolean | `false` | Consultar usando FASTQs em vez das montagens | + +### Parâmetros do ClermonTyping + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--clermontyping_threshold` | integer | `0` | Não usar contigs abaixo deste tamanho | + +### Parâmetros do ECTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--ectyper_opid` | integer | `90` | Porcentagem de identidade exigida para uma correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_opcov` | integer | `90` | Porcentagem mínima de cobertura exigida para uma correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_hpid` | integer | `95` | Porcentagem de identidade exigida para uma correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_hpcov` | integer | `50` | Porcentagem mínima de cobertura exigida para uma correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_verify` | boolean | `false` | Ativar verificação de espécie de *E. coli* | +| `--ectyper_print_alleles` | boolean | `false` | Imprime as sequências dos alelos como coluna final, se ativado | + +### Parâmetros do emmtyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--emmtyper_wf` | string | `blast` | Fluxo de trabalho para o emmtyper usar (opções: `blast`, `pcr`) | +| `--emmtyper_blastdb` | string | | Caminho para um banco de dados EMM BLAST personalizado | +| `--emmtyper_cluster_distance` | integer | `500` | Distância entre cluster de correspondências para considerar como clusters diferentes | +| `--emmtyper_percid` | integer | `95` | Porcentagem mínima de identidade da sequência | +| `--emmtyper_culling_limit` | integer | `5` | Total de hits a retornar em uma posição | +| `--emmtyper_mismatch` | integer | `5` | Limiar para número de incompatibilidades permitidas no hit BLAST | +| `--emmtyper_align_diff` | integer | `5` | Limiar para diferença entre o comprimento do alinhamento e o comprimento do sujeito no BLAST | +| `--emmtyper_gap` | integer | `2` | Limiar de gap permitido no hit BLAST | +| `--emmtyper_min_perfect` | integer | `15` | Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3' do primer | +| `--emmtyper_min_good` | integer | `15` | Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada incompatibilidade | +| `--emmtyper_max_size` | integer | `2000` | Tamanho máximo do produto de PCR | + +### Parâmetros do hicap + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--hicap_database_dir` | string | | Diretório contendo o banco de dados de loci | +| `--hicap_model_fp` | string | | Caminho para o modelo do Prodigal | +| `--hicap_full_sequence` | boolean | `false` | Escrever a sequência de entrada completa no arquivo genbank em vez de apenas a região ao redor e incluindo o locus | +| `--hicap_debug` | boolean | `false` | hicap imprimirá mensagens de depuração | +| `--hicap_gene_coverage` | number | `0.8` | Porcentagem mínima de cobertura para considerar um gene único completo | +| `--hicap_gene_identity` | number | `0.7` | Porcentagem mínima de identidade para considerar um gene único completo | +| `--hicap_broken_gene_length` | integer | `60` | Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado | +| `--hicap_broken_gene_identity` | number | `0.8` | Porcentagem mínima de identidade para considerar um gene quebrado | + +### Parâmetros do Mykrobe + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--mykrobe_species` | string | | Painel de espécies a usar (opções: `sonnei`, `staph`, `tb`, `typhi`) | +| `--mykrobe_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--mykrobe_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--mykrobe_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo usado (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--mykrobe_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do GenoTyphi + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--genotyphi_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--genotyphi_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--genotyphi_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo usado (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--genotyphi_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--genotyphi_mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do Kleborate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--kleborate_preset` | string | `kpsc` | Módulo predefinido a usar para o Kleborate (opções: `kpsc`, `kosc`, `escherichia`) | +| `--kleborate_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Kleborate | + +### Parâmetros do legsta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--legsta_noheader` | boolean | `false` | Não imprimir a linha de cabeçalho | + +### Parâmetros do LisSero + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--lissero_min_id` | number | `95.0` | Porcentagem mínima de identidade para aceitar uma correspondência | +| `--lissero_min_cov` | number | `95.0` | Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência | + +### Parâmetros do ngmaster + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--ngmaster_csv` | boolean | `false` | Gerar saída no formato separado por vírgula (CSV) em vez de separado por tabulação | + +### Parâmetros do pasty + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--pasty_min_pident` | integer | `95` | Porcentagem mínima de identidade para contar um hit | +| `--pasty_min_coverage` | integer | `95` | Porcentagem mínima de cobertura para contar um hit | + +### Parâmetros do pbptyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--pbptyper_min_pident` | integer | `95` | Porcentagem mínima de identidade para contar um hit | +| `--pbptyper_min_coverage` | integer | `95` | Porcentagem mínima de cobertura para contar um hit | + +### Parâmetros do SeqSero2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--seqsero2_run_mode` | string | `k` | Fluxo de trabalho a executar: modo 'a' de alelo ou modo 'k' de k-mer (opções: `a`, `k`) | +| `--seqsero2_input_type` | string | `assembly` | Formato de entrada a analisar: 'assembly' ou 'fastq' (opções: `assembly`, `fastq`) | +| `--seqsero2_bwa_mode` | string | `mem` | Algoritmos para mapeamento bwa no modo de alelo (opções: `mem`, `sam`) | + +### Parâmetros do SeroBA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--seroba_noclean` | boolean | `false` | Não limpar arquivos intermediários | +| `--seroba_coverage` | integer | `20` | Limiar para cobertura de k-mer da sequência de referência | + +### Parâmetros do SISTR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--sistr_full_cgmlst` | boolean | `false` | Usar o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares | + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Apenas tipagem agr. Pula a extração do operon agr e a detecção de frameshift | + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista de tipos spa e ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realizar enriquecimento de produto de PCR | + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | integer | `90` | Porcentagem mínima de identidade para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | integer | `80` | Porcentagem mínima de cobertura para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | integer | `85` | Porcentagem mínima de identidade para contar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | integer | `93` | Porcentagem mínima de cobertura para contar um hit de região | + +### Parâmetros do STECFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--stecfinder_use_reads` | boolean | `false` | Reads paired-end do Illumina serão usados em vez de montagens | +| `--stecfinder_hits` | boolean | `false` | Mostrar resultados detalhados de busca de genes | +| `--stecfinder_cutoff` | number | `10.0` | Cobertura mínima de reads para o gene ser chamado | +| `--stecfinder_length` | number | `50.0` | Porcentagem do comprimento do gene necessária para chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene ipaH necessária para chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_stx_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene stx necessária para chamada positiva | +| `--stecfinder_stx_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_o_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene wz_ necessária para chamada positiva | +| `--stecfinder_o_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_h_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene fliC necessária para chamada positiva | +| `--stecfinder_h_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads) | + +### Parâmetros do TB-Profiler Profile + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--tbprofiler_call_whole_genome` | boolean | `false` | Chamar o genoma completo | +| `--tbprofiler_mapper` | string | `bwa` | Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados de nanopore, o padrão será minimap2 (opções: `bwa`, `minimap2`, `bowtie2`, `bwa-mem2`) | +| `--tbprofiler_caller` | string | `freebayes` | Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: `bcftools`, `gatk`, `freebayes`) | +| `--tbprofiler_calling_params` | string | | Opções extras do chamador de variantes entre aspas | +| `--tbprofiler_suspect` | boolean | `false` | Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML | +| `--tbprofiler_no_flagstat` | boolean | `false` | Não coletar flagstats | +| `--tbprofiler_no_delly` | boolean | `false` | Não executar delly | +| `--tbprofiler_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o TBProfiler | + +### Parâmetros do TB-Profiler Collate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--tbprofiler_itol` | boolean | `false` | Gerar arquivos de configuração do iTOL | +| `--tbprofiler_full` | boolean | `false` | Gerar mutações no arquivo de resultado principal | +| `--tbprofiler_all_variants` | boolean | `false` | Gerar todas as variantes na matriz de variantes | +| `--tbprofiler_mark_missing` | boolean | `false` | Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em uma posição de resistência a drogas | + +
+Parâmetros de Dataset + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para usar o conjunto de dados específico da espécie | +| `--ask_merlin` | boolean | | Pedir ao Merlin para executar ferramentas Bactopia específicas por espécie com base nas distâncias Mash | +| `--coverage` | integer | `100` | Reduzir amostras a uma cobertura específica, requer o tamanho do genoma | +| `--genome_size` | integer | `0` | Tamanho esperado do genoma (bp) para todas as amostras, necessário para correção de erros e subamostragem de reads | +| `--use_bakta` | boolean | | Usar Bakta para anotação, em vez de Prokka | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter logs e relatórios do Nextflow do pipeline | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional | +| `--config_profile_url` | string | | URL da configuração institucional | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde imagens Singularity remotas são armazenadas | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-compilados existentes | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separado(s) por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar ao executor (ex: SLURM: '--account=my_acct_name') | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar ao Apptainer, Docker ou Singularity (ex: Singularity: '-D `pwd`') | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas | +| `--nfdir` | boolean | | Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) - Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. +- [bactopia_assembler](/developers/subworkflows/bactopia_assembler) - Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador. +- [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) - Baixar e fornecer conjuntos de dados pré-compilados necessários pelo Bactopia. +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Buscar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada. +- [bactopia_qc](/developers/subworkflows/bactopia_qc) - Realizar controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. +- [bactopia_sketcher](/developers/subworkflows/bactopia_sketcher) - Criar esboços genômicos e realizar classificação taxonômica rápida. +- [bakta](/developers/subworkflows/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos. +- [merlin](/developers/subworkflows/merlin) - MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN. +- [mlst](/developers/subworkflows/mlst) - Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. +- [prokka](/developers/subworkflows/prokka) - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..12b2fb34 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/index.mdx @@ -0,0 +1,96 @@ +--- +title: Bactopia +description: Um pipeline Nextflow de fluxo de trabalho completo para análise de genomas bacterianos. +slug: / +sidebar_position: 0 +sidebar_label: Bactopia +hide_title: true +--- + +import {CardGrid, Card} from '@site/src/components/CardGrid'; + +
+ Bactopia + + Um pipeline Nextflow de fluxo de trabalho completo para análise de genomas bacterianos. + +
+ + + + + + + + +## Visão Geral + +Bactopia é um pipeline flexível para análise completa de genomas bacterianos. O objetivo do Bactopia +é processar seus dados com um amplo conjunto de ferramentas, para que você possa chegar à parte mais +interessante das análises mais rapidamente! + +Bactopia foi inspirado pelo [Staphopia](https://staphopia.github.io/), um fluxo de trabalho voltado para +genomas de *Staphylococcus aureus*. Utilizando o que aprendemos com o Staphopia e o feedback dos usuários, +o Bactopia foi desenvolvido do zero tendo como prioridade desde o início a usabilidade, portabilidade e velocidade. + +Bactopia usa [Nextflow](https://www.nextflow.io/) para gerenciar o fluxo de trabalho, permitindo suporte +a muitos tipos de ambientes (por exemplo, cluster ou nuvem). O Bactopia permite o uso de muitos +conjuntos de dados públicos, bem como seus próprios conjuntos de dados, para aprimorar ainda mais a análise +do seu sequenciamento. O Bactopia utiliza apenas pacotes de software disponíveis no +[Bioconda](https://bioconda.github.io/) e no [Conda-Forge](https://conda-forge.org/) para tornar a +instalação o mais simples possível para *todos* os usuários. + + + Bactopia Workflow + + +## Financiamento + +O apoio a este projeto veio (em parte) de uma Bolsa de Bioinformática em Saúde Pública da Emory +financiada pelo [CDC Emerging Infections Program](https://dph.georgia.gov/EIP), pela +[Wyoming Public Health Division](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo +[Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/) +e pelo [CZI Open Science Program (EOSS6)](https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/enhancing-the-bactopia-ecosystem-with-trainings-and-visual-reports/). + + + +## Citando o Bactopia + +Petit III RA, Read TD. [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) *mSystems* 5 (2020) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/installation.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/installation.md new file mode 100644 index 00000000..c25cf79c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/installation.md @@ -0,0 +1,95 @@ +--- +title: Installation +description: >- + Aprenda como instalar o Bactopia e comece a usar o Bactopia para suas análises genômicas. +sidebar_position: 2 +--- + +O Bactopia inclui centenas de ferramentas em seu fluxo de trabalho. Como você pode imaginar, instalar todas essas +ferramentas pode se tornar um processo bastante frustrante. Com isso em mente, desde o início o Bactopia foi +desenvolvido para incluir apenas programas disponíveis no [Bioconda](https://bioconda.github.io/) +e no [Conda-Forge](https://conda-forge.org/). + +## *(Opcional)* Instalar o Conda via Miniforge + +O Conda é um sistema de gerenciamento de pacotes e de ambientes de código aberto que funciona +no Windows, Mac OSX e Linux. Usando pacotes disponíveis no Conda, podemos simplificar o +processo de instalação das centenas de ferramentas que o Bactopia utiliza. + +Se você não tem o Conda instalado, recomendo instalar o +[Miniforge](https://github.com/conda-forge/miniforge), pois ele é mantido pela comunidade Conda-Forge e não inclui o canal `defaults`. Você deve seguir as +[Instruções de Instalação do Miniforge](https://github.com/conda-forge/miniforge#unix-like-platforms-macos-linux--wsl) +para isso. O processo levará alguns minutos, mas ao concluir você estará pronto para instalar +o Bactopia. + +## Instalação +Com o Conda configurado, você está pronto para criar um ambiente para o +Bactopia. Para isso, use o seguinte comando: + +```bash +conda create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia +``` + +Após alguns minutos você terá um novo ambiente conda adequadamente chamado *bactopia*. +Para ativar esse ambiente, use o seguinte comando: + +```bash +conda activate bactopia +``` + +E voilà, você está pronto para começar a processar seus dados! + +## Suporte para Windows e OSX + +:::warning[Windows não é suportado, use o Subsistema Windows para Linux] +O Bactopia nunca suportará Windows nativamente devido às dependências. Para usar o Bactopia em uma +máquina Windows, você precisará configurar o Subsistema Windows para Linux (WSL). Isso permitirá +que você execute o Bactopia dentro do subsistema Linux. Tenho recursos limitados para testar +o Bactopia no WSL, mas se você tentar e encontrar algum problema, entre em contato! +::: + +:::warning[OSX tem suporte limitado] +Desenvolvi o Bactopia principalmente para Linux, mas reconheço que ele pode ser usado no Mac OSX. +Atualmente o suporte para OSX será limitado por não ter recursos suficientes +disponíveis para testar o OSX de forma extensiva. Tenha isso em mente ao usar o Bactopia no +OSX. Ainda assim, tentarei ajudar se você encontrar algum problema! +::: + +:::danger[Apple silicon (ARM) não é suportado] +O Bactopia não funcionará em Apple silicon ou outros processadores ARM. Isso se deve ao fato de muitas das +ferramentas usadas pelo Bactopia não possuírem uma versão compatível com ARM. Está planejado para o +futuro do Bioconda; até lá, a melhor opção é usar Docker para emular a arquitetura linux/amd64. +Isso pode ser feito usando a opção `-profile arm` ao executar o Bactopia. +::: + +## Docker e Singularity + +Você também pode usar o Bactopia com Docker ou Singularity, mas será o Nextflow que ficará +responsável por isso. Isso é feito usando a opção `-profile`. Por exemplo, para usar Docker você +usaria `-profile docker`, e `-profile singularity` para Singularity. + +Ao usar esses perfis, o Nextflow utilizará Docker ou Singularity para cada processo que +for executado. Em outras palavras, o Nextflow usará `docker run` ou `singularity exec` +sem que você precise fazer mais nada. + +:::tip[Prefira sempre contêineres em vez do Conda] +Embora eu seja o primeiro a admitir que adoro o Conda, ele não é perfeito. Com o tempo, ferramentas +podem ficar desatualizadas ou incompatíveis devido a dependências. Contêineres são uma ótima forma +de evitar esses problemas. Se você estiver usando o Bactopia e tiver Docker ou Singularity +disponíveis, recomendo usá-los em vez do Conda. +::: + +## Executar a partir do Repositório GitHub + +Alternativamente, se você já tem o Nextflow instalado e não deseja usar o +Conda para instalar o Bactopia, você pode executar o Bactopia diretamente do repositório GitHub. + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia +``` + +:::info[Comandos auxiliares não disponíveis] +A instalação do Bactopia via Conda inclui alguns comandos auxiliares que não estão disponíveis +ao executar diretamente com o Nextflow. Esses comandos ajudam a preparar planilhas de amostras, +pesquisar bancos de dados públicos, pré-construir ambientes, entre outras ferramentas auxiliares. +::: diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/quick-start.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/quick-start.md new file mode 100644 index 00000000..5e0613f3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/quick-start.md @@ -0,0 +1,48 @@ +--- +title: Inicio Rapido +description: >- + Comece a usar Bactopia com alguns comandos, sem perguntas e sem olhar para trás! +sidebar_position: 1 +--- + +## Instalação via Conda + +Esta é a forma mais rápida de começar. Os comandos a seguir irão instalar Bactopia e executar um conjunto de dados de teste. + +```bash +# Install Bactopia using Conda +conda create -y -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia + +# Test Bactopia +# First launch will set up environments (e.g. Conda, Docker, or Singularity) +conda activate bactopia +bactopia -profile test,standard +``` + +:::note[A primeira execução pode demorar um pouco] +Na primeira vez que você executar Bactopia, ele irá construir os ambientes (Conda, Docker ou Singularity) +necessários para a análise. Dependendo da sua conexão com a internet, isso pode demorar um pouco. +Recomendo pegar um café ou dar uma caminhada. Esta construção é feita apenas uma vez, e as execuções +futuras serão muito mais rápidas. +::: + +:::note[Use `-profile` para mudar o ambiente] +O perfil padrão do Bactopia é Conda. Se você quiser testar usando Docker ou +Singularity, pode usar a opção `-profile`. Por exemplo, para usar Docker você usaria +`-profile test,docker`, e `-profile test,singularity` para Singularity. +::: + +## Executar a partir do Repositório GitHub + +Alternativamente, se você já tem Nextflow instalado e não quer usar +Conda para instalar Bactopia, você pode executar Bactopia diretamente do repositório GitHub. + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia -profile test,standard +``` + +:::info[Comandos auxiliares não disponíveis] +A instalação via Conda do Bactopia inclui alguns comandos auxiliares que não estão disponíveis +ao executar diretamente com Nextflow. Esses comandos ajudam a preparar planilhas de amostras, +pesquisar bancos de dados públicos, pré-construir ambientes, entre outras ferramentas auxiliares. +::: diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md new file mode 100644 index 00000000..c3526122 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md @@ -0,0 +1,1377 @@ +--- +title: Tutorial +description: >- + Um tutorial para começar a usar o Bactopia com genomas publicamente disponíveis. +sidebar_position: 4 +--- +Neste tutorial, vamos percorrer o processamento de amostras de *S. aureus* associadas a +infecções pulmonares por fibrose cística. Essas amostras são da publicação abaixo e estão +disponíveis no acesso BioProject [PRJNA480016](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA480016). + +* *Bernardy, Eryn E., et al. ["Whole-Genome Sequences of Staphylococcus aureus Isolates from Cystic Fibrosis Lung Infections."](https://doi.org/10.1128/MRA.01564-18) Microbiol Resour Announc 8.3 (2019): e01564-18.* + +O objetivo do tutorial é: + +* [ ] Verificar se o Bactopia está funcionando +* [ ] Usar o Bactopia para processar: + * [ ] Uma única amostra do SRA/ENA + * [ ] Múltiplas amostras do SRA/ENA + * [ ] Uma única amostra local + * [ ] Múltiplas amostras locais + * [ ] Agregar resultados de múltiplas amostras +* [ ] Usar as Bactopia Tools para: + * [ ] Executar análises específicas de *S. aureus* + * [ ] Gerar uma árvore usando [Mashtree](/bactopia-tools/mashtree) + +Ao concluir este tutorial, você estará pronto para processar seus próprios dados usando o Bactopia! + +:::warning[O Bactopia Deve Estar Instalado] +Este tutorial pressupõe que você já instalou o Bactopia. Se ainda não instalou, veja como +fazer em [Instalação](./installation). +::: + +:::warning[Entre em contato se tiver problemas com este tutorial] +Faço o possível para garantir que tudo funcione como esperado, mas entendo que nem sempre é +o caso. Se encontrar algum problema neste tutorial, por favor me avise enviando uma +[GitHub Issue](https://github.com/bactopia/bactopia/issues/new/choose). +Juntos, certamente conseguiremos descobrir o que está acontecendo. +::: + +OK! Vamos começar o tutorial! + +## Selecionando um Profile + +Como o Bactopia é escrito em Nextflow, ele pode ser executado em muitos ambientes diferentes. +Para os propósitos deste tutorial, usaremos o profile padrão, que utilizará ambientes Conda +para executar as ferramentas. No entanto, se você estiver em um sistema com Singularity ou Docker, +esses são recomendados em vez dos ambientes Conda. + +Se quiser usar Docker, basta adicionar `-profile docker` aos comandos abaixo. +Da mesma forma, se quiser usar Singularity, adicione `-profile singularity`. + +
+Profiles podem ser estendidos para outros sistemas (por exemplo, HPC e nuvem) + +O Nextflow tem suporte integrado para vários sistemas. Se você estiver interessado em usar o Bactopia +em um sistema diferente da sua máquina local, consulte os +[Nextflow Executors](https://www.nextflow.io/docs/latest/executor.html). Configurar um +profile personalizado para este tutorial está fora do seu escopo, mas se estiver interessado em fazer +isso, sinta-se à vontade para entrar em contato. + +
+ +## Verificando se o Bactopia Está Funcionando + +Antes de começarmos, usaremos o profile `test` integrado para verificar se o Bactopia está funcionando +para você. Este profile `test` baixará um genoma bacteriano muito pequeno (~350kb de tamanho), +o que permitirá que você teste o Bactopia rapidamente. + +Para executar o teste, basta rodar o seguinte comando: + +```bash +bactopia -profile test,standard +``` + +No exemplo acima, `standard` é um profile que faz uso de ambientes Conda. + +
+Exemplos de comandos para usar Docker ou Singularity + +Se você estiver usando Docker, execute o seguinte comando: +```bash +bactopia -profile test,docker +``` + +Se você estiver usando Singularity, execute o seguinte comando: +```bash +bactopia -profile test,singularity +``` + +
+ +:::note[A primeira execução pode demorar um pouco] +Na primeira vez que você executar o Bactopia, ele criará os ambientes (Conda, Docker ou Singularity) +necessários para a análise. Dependendo da sua conexão com a internet, isso pode demorar um pouco. +Recomendo pegar um café ou dar uma caminhada. Esta é uma construção única; execuções futuras +serão muito mais rápidas. +::: + +Após a conclusão, você verá um texto semelhante ao seguinte: + +```bash +executor > local (11) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[67/254aed] GATHER:GATHER_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[48/e17b5c] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[90/a4499c] QC:QC_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[13/caba51] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[8a/3b2e31] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[6b/d0dfa7] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[e0/b1d5b9] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[2c/900d9e] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[12/c2fcd1] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[82/800c26] MLST:MLST_MODULE (SRR2838702) [100%] 1 of 1 ✔ +[9c/5206fe] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 10:55:13 +Duration : 3m 29s +CPU hours : 0.2 +Succeeded : 11 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none -profile test,docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : test,docker +Completed At : 2026-04-29T10:55:13.036123110-06:00 +Duration : 3m 29s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : bactopia/bactopia-runs/bactopia-20260429-105142 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia bactopia --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia bactopia --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia bactopia --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia bactopia --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +What cheese can never be yours? Nacho cheese! +``` + +Se você ver um texto semelhante, está pronto para continuar! + +* [x] Verificar se o Bactopia está funcionando + +## Amostras no SRA/ENA + +OK! Estamos prontos para começar a processar alguns genomas bacterianos usando o Bactopia. Nesta seção, +processaremos genomas publicamente disponíveis no Sequence Read Archive (SRA) e no +European Nucleotide Archive (ENA). + +### Uma Única Amostra + +Vamos começar baixando uma única amostra do [Sequence Read Archive](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) +(SRA) e processando-a pelo Bactopia. Para fazer isso, você pode usar o comando `bactopia` com +o parâmetro `--accession`, como no seguinte comando: + +```bash +bactopia \ + --accession SRX4563634 \ + --coverage 100 \ + --genome_size 2800000 \ + --max_cpus 2 \ + --outdir ena-single-sample +``` + +Após pressionar Enter, relaxe e acompanhe as atualizações em tempo real do Nextflow para +a análise de SRX4563634! Esta análise terá um **tempo de conclusão aproximado de ~15-30 minutos**, +dependendo do número de cpus disponíveis e dos tempos de download do ENA. Enquanto isso acontece, +podemos revisar alguns dos parâmetros usados no comando. + +Aqui estão os parâmetros usados no comando: + +| Parâmetro | Descrição | +| --------- | ----------- | +| `--accession` | O acesso de Experimento do SRA para baixar e processar. | +| `--coverage` | A cobertura estimada para limitar os FASTQs. | +| `--genome_size` | O tamanho estimado do genoma. | +| `--max_cpus` | O número máximo de cpus a utilizar. | +| `--outdir` | O diretório para armazenar os resultados. | + +Em resumo, informamos ao Bactopia para baixar os FASTQs associados ao acesso de Experimento +SRX4563634 (`--accession SRX4563634`), limitar o arquivo FASTQ limpo a uma cobertura estimada de 100x +(`--coverage 100`) com base no tamanho do genoma de 2.800.000bp (`--genome_size 2800000`), usar apenas +2 cpus por processo (`--max_cpus 2`) e, finalmente, gravar as saídas no diretório `ena-single-sample` +(`--outdir ena-single-sample`). + +__*Algum tempo depois...*__ + +Após algum tempo (_15 minutos no meu caso_), você terá resultados disponíveis em +`ena-single-sample/SRX4563634/`. Cada um desses arquivos de saída está documentado em detalhes +na seção __*Workflow Steps*__ da documentação, começando com a +etapa Gather. + +
+Informações de log esperadas + +O Nextflow produzirá informações de log explicando o que está acontecendo durante a +análise. Aqui está um exemplo do texto de log que você deve ver: +```bash +executor > local (11) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[ee/03bca9] GATHER:GATHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[1c/00a83a] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[5f/e313c3] QC:QC_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[f0/76d7d3] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[e0/ed8bf7] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[05/bc5789] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[b8/5c3c0b] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[71/1c2646] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[f1/d82589] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[76/d9b39f] MLST:MLST_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[b1/3c8b94] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 11:05:37 +Duration : 8m 55s +CPU hours : 0.3 +Succeeded : 11 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --accession SRX4563634 --coverage 100 --genome_size 2800000 --max_cpus 2 --outdir ena-single-sample -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T11:05:37.643590738-06:00 +Duration : 8m 55s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : ena-single-sample/bactopia-runs/bactopia-20260429-105641 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia ena-single-sample --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia ena-single-sample --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia ena-single-sample --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia ena-single-sample --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +When does a joke become a 'dad' joke? When it becomes apparent! +``` + +
+ +
+Estrutura de diretório de saída esperada + +Após a conclusão da execução do Bactopia, você deverá ter uma estrutura de diretório semelhante +à seguinte: +```bash +tree ena-single-sample/ +ena-single-sample/ +├── bactopia-runs +│ └── bactopia-20260429-105641 +│ ├── merged-results +│ │ ├── amrfinderplus.tsv +│ │ ├── assembly-scan.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── amrfinderplus-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.begin +│ │ │ │ ├── nf.command.err +│ │ │ │ ├── nf.command.log +│ │ │ │ ├── nf.command.out +│ │ │ │ ├── nf.command.run +│ │ │ │ ├── nf.command.sh +│ │ │ │ ├── nf.command.trace +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── assembly-scan-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.begin +│ │ │ │ ├── nf.command.err +│ │ │ │ ├── nf.command.log +│ │ │ │ ├── nf.command.out +│ │ │ │ ├── nf.command.run +│ │ │ │ ├── nf.command.sh +│ │ │ │ ├── nf.command.trace +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── meta-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.begin +│ │ │ │ ├── nf.command.err +│ │ │ │ ├── nf.command.log +│ │ │ │ ├── nf.command.out +│ │ │ │ ├── nf.command.run +│ │ │ │ ├── nf.command.sh +│ │ │ │ ├── nf.command.trace +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── mlst-concat +│ │ │ ├── nf.command.begin +│ │ │ ├── nf.command.err +│ │ │ ├── nf.command.log +│ │ │ ├── nf.command.out +│ │ │ ├── nf.command.run +│ │ │ ├── nf.command.sh +│ │ │ ├── nf.command.trace +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── meta.tsv +│ │ └── mlst.tsv +│ └── nf-reports +│ ├── bactopia-dag.dot +│ ├── bactopia-report.html +│ ├── bactopia-timeline.html +│ └── bactopia-trace.txt +└── SRX4563634 + ├── main + │ ├── annotator + │ │ └── prokka + │ │ ├── logs + │ │ │ ├── nf.command.begin + │ │ │ ├── nf.command.err + │ │ │ ├── nf.command.log + │ │ │ ├── nf.command.out + │ │ │ ├── nf.command.run + │ │ │ ├── nf.command.sh + │ │ │ ├── nf.command.trace + │ │ │ ├── SRX4563634.err + │ │ │ ├── SRX4563634.log + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── SRX4563634-blastdb.tar.gz + │ │ ├── SRX4563634.faa.gz + │ │ ├── SRX4563634.ffn.gz + │ │ ├── SRX4563634.fna.gz + │ │ ├── SRX4563634.fsa.gz + │ │ ├── SRX4563634.gbk.gz + │ │ ├── SRX4563634.gff.gz + │ │ ├── SRX4563634.sqn.gz + │ │ ├── SRX4563634.tbl.gz + │ │ ├── SRX4563634.tsv + │ │ └── SRX4563634.txt + │ ├── assembler + │ │ ├── logs + │ │ │ ├── nf.command.begin + │ │ │ ├── nf.command.err + │ │ │ ├── nf.command.log + │ │ │ ├── nf.command.out + │ │ │ ├── nf.command.run + │ │ │ ├── nf.command.sh + │ │ │ ├── nf.command.trace + │ │ │ ├── shovill.log + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── SRX4563634.fna.gz + │ │ ├── SRX4563634.tsv + │ │ └── supplemental + │ │ ├── flash.hist + │ │ ├── flash.histogram + │ │ ├── illumina.txt + │ │ └── shovill.corrections + │ ├── gather + │ │ ├── logs + │ │ │ ├── nf.command.begin + │ │ │ ├── nf.command.err + │ │ │ ├── nf.command.log + │ │ │ ├── nf.command.out + │ │ │ ├── nf.command.run + │ │ │ ├── nf.command.sh + │ │ │ ├── nf.command.trace + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── SRX4563634-meta.tsv + │ ├── qc + │ │ ├── logs + │ │ │ ├── nf.command.begin + │ │ │ ├── nf.command.err + │ │ │ ├── nf.command.log + │ │ │ ├── nf.command.out + │ │ │ ├── nf.command.run + │ │ │ ├── nf.command.sh + │ │ │ ├── nf.command.trace + │ │ │ ├── SRX4563634-fastp.log + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── SRX4563634_R1.fastq.gz + │ │ ├── SRX4563634_R2.fastq.gz + │ │ └── supplemental + │ │ ├── SRX4563634.fastp.html + │ │ ├── SRX4563634.fastp.json + │ │ ├── SRX4563634_R1-final_fastqc.html + │ │ ├── SRX4563634_R1-final_fastqc.zip + │ │ ├── SRX4563634_R1-final.json + │ │ ├── SRX4563634_R1-original_fastqc.html + │ │ ├── SRX4563634_R1-original_fastqc.zip + │ │ ├── SRX4563634_R1-original.json + │ │ ├── SRX4563634_R2-final_fastqc.html + │ │ ├── SRX4563634_R2-final_fastqc.zip + │ │ ├── SRX4563634_R2-final.json + │ │ ├── SRX4563634_R2-original_fastqc.html + │ │ ├── SRX4563634_R2-original_fastqc.zip + │ │ └── SRX4563634_R2-original.json + │ └── sketcher + │ ├── logs + │ │ ├── nf.command.begin + │ │ ├── nf.command.err + │ │ ├── nf.command.log + │ │ ├── nf.command.out + │ │ ├── nf.command.run + │ │ ├── nf.command.sh + │ │ ├── nf.command.trace + │ │ └── versions.yml + │ ├── SRX4563634-k21.msh + │ ├── SRX4563634-k31.msh + │ ├── SRX4563634-mash-refseq88-k21.txt + │ ├── SRX4563634.sig + │ └── SRX4563634-sourmash-gtdb-rs207-k31.txt + └── tools + ├── amrfinderplus + │ ├── logs + │ │ ├── nf.command.begin + │ │ ├── nf.command.err + │ │ ├── nf.command.log + │ │ ├── nf.command.out + │ │ ├── nf.command.run + │ │ ├── nf.command.sh + │ │ ├── nf.command.trace + │ │ └── versions.yml + │ └── SRX4563634.tsv + └── mlst + ├── logs + │ ├── nf.command.begin + │ ├── nf.command.err + │ ├── nf.command.log + │ ├── nf.command.out + │ ├── nf.command.run + │ ├── nf.command.sh + │ ├── nf.command.trace + │ └── versions.yml + └── SRX4563634.tsv + +30 directories, 141 files +``` + +
+ +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra do SRA/ENA + +### Múltiplas Amostras + +Processar uma amostra é ótimo, mas [PRJNA480016](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA480016), +o estudo que estamos usando para este tutorial, tem 66 amostras. Não se preocupe, não vamos processar +todas as 66 amostras, mas você pode imaginar que quase todo estudo terá mais de uma amostra. O Bactopia +permite que você processe quantas amostras quiser, e é bem fácil de fazer. + +Para este tutorial, vamos processar 5 amostras do [PRJNA480016](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA480016). +Para isso, faremos uso do comando `bactopia search`. Este comando permite que você pesquise +amostras no SRA/ENA e gere uma lista de acessos para processamento com o Bactopia. + +:::tip[Confira o Guia do Iniciante para mais informações sobre `bactopia search`] +Por enquanto, vamos usar o `bactopia search` sem muitos detalhes sobre como funciona. +Você pode usar o `bactopia search` para algumas coisas interessantes; para saber mais sobre ele, confira +[Guia do Iniciante -> Accessions](./beginners-guide#accessions). +::: + +Vamos experimentar o `bactopia search`: + +```bash +bactopia search \ + --query PRJNA480016 \ + --limit 5 \ + --use-ncbi-genome-size +``` + +Este comando produzirá 4 arquivos: + +| Nome do arquivo | Descrição | +|---------------------------|--------------------------------------------------------------------------------| +| `bactopia-metadata.txt` | Um arquivo delimitado por tabulação com todos os resultados da consulta | +| `bactopia-accessions.txt` | Uma lista de acessos de Experimento a serem processados | +| `bactopia-filtered.txt` | Uma lista de acessos de Experimento que foram filtrados, caso contrário vazio | +| `bactopia-search.txt` | Um resumo da solicitação concluída | + +Para este tutorial, `bactopia-accessions.txt` é o arquivo de que precisamos. Ele contém cinco acessos de +Experimento, um por linha. Semelhante a isto: + +```bash +accession runtype species genome_size +SRX4563690 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563681 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563689 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563687 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +SRX4563682 illumina Staphylococcus aureus 2800000 +``` + +__*Nota: você pode ter 5 acessos diferentes do projeto PRJNA480016.*__ + +Antes de usar este arquivo, vamos explicar o que ele contém. + +| Coluna | Descrição | +| ------ | ----------- | +| `accession` | O acesso de Experimento a ser baixado | +| `runtype` | Informa ao Bactopia como processar os dados (por exemplo, Illumina ou Nanopore) | +| `species` | A espécie associada ao acesso de Experimento | +| `genome_size` | O tamanho esperado do genoma da espécie obtido do NCBI | + + +Agora vem a parte divertida! Não precisamos executar o Bactopia 5 vezes para cada acesso; +em vez disso, podemos passar o `bactopia-accession.txt` para o Bactopia usando o parâmetro `--accessions`. +Vamos experimentar: + +```bash +bactopia \ + --accessions bactopia-accessions.txt \ + --coverage 100 \ + --outdir ena-multiple-samples \ + --max_cpus 2 +``` + +Em vez de `--accession`, agora estamos usando `--accessions`, que diz ao Bactopia para ler o +arquivo fornecido, no nosso caso `bactopia-accessions.txt`, e baixar cada acesso de Experimento +do SRA/ENA e então processá-los todos de uma vez. + +:::tip[Faça uma pausa, isso vai demorar um pouco] +Neste ponto, você pode querer dar uma caminhada ou se preparar um café! Esta etapa tem +um **tempo de conclusão aproximado de ~15-120 minutos**. Novamente, o tempo total dependerá +do seu sistema e da sua conexão com a internet. +::: + +Após a conclusão, os resultados de todas as cinco amostras serão encontrados no +diretório `ena-multiple-samples`. Cada amostra terá sua própria pasta de resultados. + +
+Informações de log esperadas + +O Nextflow produzirá informações de log explicando o que está acontecendo durante a +análise. Aqui está um exemplo do texto de log que você deve ver: +```bash +executor > local (39) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[e6/6018f9] GATHER:GATHER_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[53/b1868a] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[0e/05679c] QC:QC_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[d7/aaf093] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[d2/04970a] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[46/6ef407] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[50/4e3e72] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[62/d43d72] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[76/a4e627] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[f2/1d3aa4] MLST:MLST_MODULE (SRX4563688) [100%] 5 of 5 ✔ +[80/19f956] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 11:21:01 +Duration : 10m 59s +CPU hours : 3.9 +Succeeded : 39 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --accessions bactopia-accessions.txt --coverage 100 --outdir ena-multiple-samples --max_cpus 4 -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T11:21:01.214462971-06:00 +Duration : 11m +Resumed : false +Success : true +Merged Results : ena-multiple-samples/bactopia-runs/bactopia-20260429-111000 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia ena-multiple-samples --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia ena-multiple-samples --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia ena-multiple-samples --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia ena-multiple-samples --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +What kind of music do planets listen to? Neptunes! +``` + +
+ +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra do SRA/ENA + * [x] Múltiplas amostras do SRA/ENA + +Parabéns! Neste ponto, você deve ter conseguido usar o Bactopia para processar múltiplos +genomas publicamente disponíveis no SRA/ENA. Agora vamos seguir para o processamento de algumas amostras locais! + +## Amostras Locais + +Para este tutorial, pensei em ter um conjunto de dados para você baixar, mas já baixamos +algumas amostras! Em vez disso, vamos reutilizar algumas das amostras que baixamos do SRA/ENA. + +Primeiro, vamos criar um diretório para colocar os FASTQs: + +```bash +mkdir fastqs +``` + +Agora vamos mover alguns FASTQs da nossa amostra SRX4563634 para esta pasta. + +```bash +cp ./ena-single-sample/SRX4563634/main/qc/SRX4563634*.fastq.gz fastqs +``` + +Por fim, vamos também criar uma versão single-end do SRX4563634. + +```bash +cat fastqs/SRX4563634_R1.fastq.gz fastqs/SRX4563634_R2.fastq.gz > fastqs/SRX4563634-SE.fastq.gz +``` + +Isso nos dará três FASTQs locais para trabalhar: + +```bash +ls fastqs/ +SRX4563634-SE.fastq.gz SRX4563634_R1.fastq.gz SRX4563634_R2.fastq.gz +``` + +Com tudo pronto, vamos começar a processar algumas amostras locais! + +* [ ] Usar o Bactopia para processar: + * [ ] Uma única amostra local + * [ ] Múltiplas amostras locais + +### Uma Única Amostra + +Primeiro, vamos processar uma única amostra. Isso será muito semelhante à amostra única do +SRA/ENA acima, com algumas pequenas modificações. Para processar uma única amostra, você pode usar os +parâmetros `--r1`/`--r2` (paired-end), `--se` (single-end) e `--sample`. + +:::tip[Saiba mais no Guia do Iniciante] +Para saber mais sobre esses parâmetros, consulte a seção +[Guia do Iniciante -> Amostra Única](./beginners-guide#single-sample). Cada um desses +parâmetros está descrito em detalhes. +::: + +#### Paired-End + +Para reads paired-end, você vai querer usar `--R1`, `--R2` e `--sample`. Para este exemplo de paired-end, +usaremos SRX4563634 novamente, que copiamos para a pasta `fastqs`. + +```bash +bactopia \ + --r1 fastqs/SRX4563634_R1.fastq.gz \ + --r2 fastqs/SRX4563634_R2.fastq.gz \ + --sample SRX4563634 \ + --coverage 100 \ + --genome_size 2800000 \ + --outdir local-single-sample \ + --max_cpus 2 +``` + +No comando acima, usamos os parâmetros `--r1` e `--r2` para informar ao Bactopia que os reads de +entrada devem ser processados como reads paired-end Illumina. O parâmetro `--sample` é usado para +nomear os arquivos de saída. Como antes, também fornecemos os parâmetros `--coverage`, `--genome_size` +e `--max_cpus`. + +Agora você provavelmente está pegando o jeito. Assim como na amostra única do SRA/ENA, +podemos esperar que isso leve **aproximadamente ~15-30 minutos para concluir**, então considere +fazer uma pausa. + +Após a conclusão, os resultados podem ser encontrados em `local-single-sample/`. + +
+Informações de log esperadas + +O Nextflow produzirá informações de log explicando o que está acontecendo durante a +análise. Aqui está um exemplo do texto de log que você deve ver: + +```bash +executor > local (11) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[f2/02a83e] GATHER:GATHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[67/4c51ca] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[8c/d85d58] QC:QC_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[6a/c11313] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[b7/a83b77] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[16/ba5aef] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[ae/c0cc9f] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[4d/40bbaf] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[1a/d416b4] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[35/d75a90] MLST:MLST_MODULE (SRX4563634) [100%] 1 of 1 ✔ +[c2/98573c] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 11:44:07 +Duration : 7m +CPU hours : 0.6 +Succeeded : 11 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --r1 fastqs/SRX4563634_R1.fastq.gz --r2 fastqs/SRX4563634_R2.fastq.gz --sample SRX4563634 --coverage 100 --genome_size 2800000 --outdir local-single-sample --max_cpus 4 -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T11:44:07.351753090-06:00 +Duration : 7m 1s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : local-single-sample/bactopia-runs/bactopia-20260429-113705 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +What do you call a cow with no legs? Ground beef! +``` + +
+ +#### Single-End + +Agora, você pode estar se perguntando _"single-end"_? Embora nas execuções modernas do Illumina +raramente encontremos reads single-end, eles existem. Há muitas amostras Illumina single-end +disponíveis no SRA/ENA. Por isso, o suporte a single-end foi incorporado ao Bactopia. + +É uma mudança simples: para analisar reads single-end, em vez de `--r1` e `--r2`, usaremos +`--se`. Vamos experimentar usando o arquivo `SRX4563634-SE.fastq.gz` que criamos anteriormente: + +```bash +bactopia \ + --se fastqs/SRX4563634-SE.fastq.gz \ + --sample SRX4563634-SE \ + --coverage 100 \ + --genome_size 2800000 \ + --outdir local-single-sample \ + --max_cpus 2 +``` + +Com o comando acima, SRX4563634-SE será processado como uma amostra single-end. Para o +processamento single-end, algumas análises exclusivas de paired-end (por exemplo, correção de erros) +serão ignoradas. Na maior parte, porém, os reads paired-end e single-end passam pelas mesmas análises. + +Está na hora de mais uma pausa! Esta execução levará **aproximadamente ~15-30 minutos para concluir**. + +Após a conclusão, seus resultados single-end estarão disponíveis em `local-single-sample`. + +
+Informações de log esperadas + +O Nextflow produzirá informações de log explicando o que está acontecendo durante a +análise. Aqui está um exemplo do texto de log que você deve ver: + +```bash +executor > local (11) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[3f/ac6144] GATHER:GATHER_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[b9/4aceb0] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[53/b4c1fd] QC:QC_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[7b/81dffd] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[17/25f551] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[cb/1b89ef] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[27/f7c3e5] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[a2/9ffd0c] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[d5/257b5e] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[d6/3402fe] MLST:MLST_MODULE (SRX4563634-SE) [100%] 1 of 1 ✔ +[bb/760752] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 11:55:49 +Duration : 7m 47s +CPU hours : 0.3 +Succeeded : 11 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --se fastqs/SRX4563634-SE.fastq.gz --sample SRX4563634-SE --coverage 100 --genome_size 2800000 --outdir local-single-sample --max_cpus 2 -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T11:55:49.702989944-06:00 +Duration : 7m 47s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : local-single-sample/bactopia-runs/bactopia-20260429-114801 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia local-single-sample --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +Where do lizards go after their tails fall off? The retail store! +``` + +
+ +Se você chegou até aqui, está quase concluindo! + +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra local + +### Múltiplas Amostras (FOFN) + +Vamos lá! Vamos pegar todas essas amostras que temos e processá-las de uma vez! Para fazer isso, +o Bactopia permite que você forneça um arquivo de texto descrevendo as amostras de entrada. Este +arquivo de nomes de arquivo (FOFN), contém nomes de amostras e a localização dos FASTQs associados. + +Como você já deve ter adivinhado, não é necessário criar esses FOFNs manualmente, o Bactopia pode fazer isso. +Nesta seção, exploraremos como usar o comando `bactopia prepare` para gerar o +FOFN necessário para processar múltiplas amostras. + +:::tip[Saiba mais no Guia do Iniciante] +Para saber mais sobre esses parâmetros, consulte a seção +[Guia do Iniciante -> Amostras Locais](./beginners-guide#local-samples). Cada um desses +parâmetros está descrito em detalhes. +::: + +Vamos reutilizar mais arquivos FASTQ. Antes de prosseguir, vamos mover mais FASTQs para nossa +pasta `fastqs`. Para isso, usaremos os FASTQs de `ena-multiple-samples`. Vamos copiá-los: + +```bash +find ena-multiple-samples/ -name *.fastq.gz | \ + xargs -I {} cp {} fastqs/ +``` + +Agora devemos ter FASTQs de 7 amostras em nossa pasta `fastqs`. Com eles, vamos gerar +um FOFN usando `bactopia prepare`: + +```bash +bactopia prepare --path fastqs/ +sample runtype genome_size species r1 r2 se ont assembly +SRX4563634 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634_R2.fastq.gz +SRX4563634-SE single-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634-SE.fastq.gz +SRX4563678 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563678_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563678_R2.fastq.gz +SRX4563680 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563680_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563680_R2.fastq.gz +SRX4563684 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563684_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563684_R2.fastq.gz +SRX4563686 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563686_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563686_R2.fastq.gz +SRX4563688 paired-end 0 UNKNOWN_SPECIES /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563688_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563688_R2.fastq.gz +``` + +Este comando tentará criar um FOFN para você. Para este tutorial, os nomes dos arquivos FASTQ são bastante diretos +e devem produzir um FOFN correto (ou pelo menos deveria!... espero!). Se não for o caso para você, +existem maneiras de [ajustar o `bactopia prepare`](./beginners-guide#bactopia-prepare). + +Espere! Esquecemos algo: na saída acima, temos `0` para `genome_size` e +`UNKNOWN_SPECIES` para `species`. Podemos corrigir isso usando as opções `--species` e `--genome-size`. +Vamos tentar novamente: + +```bash +bactopia prepare \ + --path fastqs/ \ + --species "Staphylococcus aureus" \ + --genome-size 2800000 +sample runtype genome_size species r1 r2 se ont assembly +SRX4563634 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634_R2.fastq.gz +SRX4563634-SE single-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563634-SE.fastq.gz +SRX4563678 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563678_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563678_R2.fastq.gz +SRX4563680 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563680_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563680_R2.fastq.gz +SRX4563684 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563684_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563684_R2.fastq.gz +SRX4563686 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563686_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563686_R2.fastq.gz +SRX4563688 paired-end 2800000 Staphylococcus aureus /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563688_R1.fastq.gz /home/rpetit3/bactopia-tutorial/fastqs/SRX4563688_R2.fastq.gz +``` + +Muito melhor! Ao adicionar o tamanho do genoma, o Bactopia agora pode reduzir a cobertura total ao +valor fornecido por `--coverage`. + +No entanto, precisamos gravar isso em um arquivo para usá-lo. Vamos fazer isso agora: + +```bash +bactopia prepare \ + --path fastqs/ \ + --species "Staphylococcus aureus" \ + --genome-size 2800000 \ + > samples.txt +``` + +Pronto! Agora temos tudo o que precisamos para processar todas essas amostras usando o Bactopia. Agora, +vamos processar essas amostras usando o FOFN que acabamos de criar. + +```bash +bactopia \ + --samples samples.txt \ + --coverage 100 \ + --max_cpus 2 \ + --outdir local-multiple-samples +``` + +Em vez de usar `--r1`, `--r2`, `--se` ou `--sample`, estamos usando `--samples`. +O parâmetro `--samples` espera um FOFN gerado pelo `bactopia prepare`, que ele então +usará para configurar a análise de cada amostra incluída. + +Sim! Você adivinhou, hora de mais uma pausa! Esta etapa levará **aproximadamente ~15-120 minutos para concluir**. +Até já! + +__*Algum tempo depois...*__ + +Após a conclusão, os resultados de cada amostra (dentro de sua própria pasta) serão encontrados no diretório `local-multiple-samples`. + +:::tip[Usar `--samples` é mais eficiente em CPU, tornando-o mais rápido] +O real benefício de usar o método FOFN para processar múltiplas amostras é que o sistema de fila do Nextflow +fará melhor uso das cpus. Processar múltiplas amostras uma de cada vez +(via `--r1`/`--r2` ou `--se`) levará a mais instâncias de jobs aguardando que outros jobs +terminem, período durante o qual as cpus não estão sendo usadas. +::: + +
+Informações de log esperadas + +O Nextflow produzirá informações de log explicando o que está acontecendo durante a +análise. Aqui está um exemplo do texto de log que você deve ver: + +```bash +executor > local (53) +[skipped ] DATASETS:DATASETS_MODULE [100%] 1 of 1, stored: 1 ✔ +[2e/454798] GATHER:GATHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[0f/47679f] GATHER:CSVTK_CONCAT (meta) [100%] 1 of 1 ✔ +[6b/941117] QC:QC_MODULE (SRX4563680) [100%] 7 of 7 ✔ +[42/913683] ASSEMBLER:ASSEMBLER_MODULE (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[e2/048276] ASSEMBLER:CSVTK_CONCAT (assembly-scan) [100%] 1 of 1 ✔ +[5b/b2ac99] SKETCHER:SKETCHER_MODULE (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[c8/64642a] PROKKA:PROKKA_MODULE (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[8c/577268] AMRFINDERPLUS:AMRFINDERPLUS_RUN (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[2c/0dfff6] AMRFINDERPLUS:CSVTK_CONCAT (amrfinderplus) [100%] 1 of 1 ✔ +[7d/2da0da] MLST:MLST_MODULE (SRX4563634) [100%] 7 of 7 ✔ +[1b/4f229b] MLST:CSVTK_CONCAT (mlst) [100%] 1 of 1 ✔ +Completed at: 29-Apr-2026 12:24:25 +Duration : 9m 48s +CPU hours : 2.5 +Succeeded : 53 + +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Execution Summary +------------------------------- +Workflow : bactopia +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --samples samples.txt --coverage 100 --max_cpus 2 --outdir local-multiple-samples -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T12:24:25.163874442-06:00 +Duration : 9m 48s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : local-multiple-samples/bactopia-runs/bactopia-20260429-121435 + + +Further analyze your samples using Bactopia Tools, with the following command: +-------------------------------------------------------------------------------- +bactopia -profile docker --bactopia local-multiple-samples --wf + +Examples: +bactopia -profile docker --bactopia local-multiple-samples --wf pangenome +bactopia -profile docker --bactopia local-multiple-samples --wf merlin +bactopia -profile docker --bactopia local-multiple-samples --wf sccmec + +See the full list of available Bactopia Tools: bactopia --list_wfs + +Message of the Day +------------------------------- +Learn more about Bactopia at https://bactopia.io/ +``` + +
+ +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra local + * [x] Múltiplas amostras locais + +### Resumo do Bactopia + +Agora que processamos várias amostras, pode ser útil obter uma visão geral rápida das suas +amostras. Por exemplo, quais passaram, quais foram os tipos de sequência, como foi a montagem, +etc... Também seria útil reunir tudo isso em um único arquivo. É aqui que o +comando `bactopia summary` entra. Este comando gerará um arquivo delimitado por tabulação com +resultados de cada uma das etapas do Bactopia. + +Vamos experimentar e depois vamos percorrer alguns dos detalhes. Para isso, usaremos o +diretório `local-multiple-samples`. + +```bash +bactopia summary \ + --bactopia-path local-multiple-samples/ +2026-04-29 12:45:12 INFO 2026-04-29 12:45:12:root:INFO - Found 7 samples in local-multiple-samples/ to process summary.py:341 + INFO 2026-04-29 12:45:12:root:INFO - Writing report: ./bactopia-report.tsv summary.py:432 + INFO 2026-04-29 12:45:12:root:INFO - Writing exclusion report: ./bactopia-exclude.tsv summary.py:436 + INFO 2026-04-29 12:45:12:root:INFO - Writing summary report: ./bactopia-summary.txt +``` + +Após a conclusão, isso produzirá três arquivos: + +| Arquivo | Descrição | +| ---------------------- | ----------- | +| `bactopia-report.tsv` | Um arquivo delimitado por tabulação com mais de 70 colunas de resultados das etapas do Bactopia. | +| `bactopia-exclude.tsv` | Um arquivo delimitado por tabulação com amostras que **_provavelmente_** devem ser excluídas de análises posteriores. | +| `bactopia-summary.txt` | Um resumo simples de classificações de qualidade e contagens de exclusão. | + +
+Exemplo: `bactopia-report.tsv` _(Aviso! É muito largo!)_ + +Abaixo está um exemplo do arquivo `bactopia-report.tsv`. Como você pode ver, há muitas +colunas! Essas colunas incluem muitas informações e funcionam muito bem com Excel ou R. + +```tsv +sample rank reason genome_size species runtype original_runtype mlst_scheme mlst_st assembler_total_contig assembler_total_contig_length assembler_max_conti _length assembler_mean_contig_length assembler_median_contig_length assembler_min_contig_length assembler_n50_contig_length assembler_l50_contig_count assembler_n m_contig_non_acgtn assembler_contig_percent_a assembler_contig_percent_c assembler_contig_percent_g assembler_contig_percent_t assembler_contig_percent_n ssembler_contig_non_acgtn assembler_contigs_greater_1m assembler_contigs_greater_100k assembler_contigs_greater_10k assembler_contigs_greater_1k assembler_percent_c ntigs_greater_1m assembler_percent_contigs_greater_100k assembler_percent_contigs_greater_10k assembler_percent_contigs_greater_1k is_paired is_compressed ann tator_total_CDS annotator_total_rRNA annotator_total_tRNA qc_original_total_bp qc_original_coverage qc_original_read_total qc_original_read_min qc_original_read_me n qc_original_read_std qc_original_read_median qc_original_read_max qc_original_read_25th qc_original_read_75th qc_original_qual_min qc_original_qual_mean qc_ riginal_qual_std qc_original_qual_max qc_original_qual_median qc_original_qual_25th qc_original_qual_75th qc_final_is_paired qc_final_total_bp qc_final_co erage qc_final_read_total qc_final_read_min qc_final_read_mean qc_final_read_std qc_final_read_median qc_final_read_max qc_final_read_25th qc_ inal_read_75th qc_final_qual_min qc_final_qual_mean qc_final_qual_std qc_final_qual_max qc_final_qual_median qc_final_qual_25th qc_final_qual_75th +SRX4563680 gold passed all cutoffs 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 24 2785142 552034 116047 47976 854 401 93 3 0 33.91 16.13 16.50 33.46 0.00 0.00 0 8 17 22 0.00 33.33 70.83 91.67 true true 2579 3 59 280 00113 100.0 1156364 22.5000 242.1385 70.4918 282 301 188 301 19 32.4292 4.0463 37 33 29.5000 36 True 280000113 100.0 115 364 22.5000 242.1385 70.4918 282 301 188 301 19 32.4292 4.0463 37 33 29.5000 36 +SRX4563684 silver Low coverage (85.07x, expect >= 100x) 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 67 2899294 524852 43273 394 + 521 160269 5 0 34.51 15.32 17.49 32.67 0.00 0.00 0 9 28 58 0.00 13.43 41.79 86.57 true true 2725 3 8 238189696 85.0677 985930 27.5000 241.5890 69.2295 274 301 188 301 19 32.4652 4.0385 37 33 30 36 True 238189696 5.0677 985930 27.5000 241.5890 69.2295 274 301 188 301 19 32.4652 4.0385 37 33 30 36 +SRX4563686 silver Low coverage (90.43x, expect >= 100x) 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 24 2782895 606699 115953 517 1 1071 289301 4 0 33.60 16.43 16.35 33.63 0.00 0.00 0 8 17 24 0.00 33.33 70.83 100.00 true true 2568 4 8 253197833 90.42779999999999 1063712 25 238.0325 71.9346 268.5000 301 181 301 19 32.5022 4.0360 37 33.5000 30 36 rue 253197833 90.42779999999999 1063712 25 238.0325 71.9346 268.5000 301 181 301 19 32.5022 4.0360 37 33.5000 30 36 +SRX4563634 gold passed all cutoffs 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 26 2875932 838470 110612 23259 855 346 58 3 0 35.00 15.02 17.62 32.36 0.00 0.00 0 8 16 24 0.00 30.77 61.54 92.31 true true 2682 5 59 280 00172 100.0001 1135318 25 246.6270 67.9079 293 301 197 301 19 32.2062 4.0878 37 33 29.5000 36 True 280000172 100 0001 1135318 25 246.6270 67.9079 293 301 197 301 19 32.2062 4.0878 37 33 29.5000 36 +SRX4563678 gold passed all cutoffs 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 30 2708907 356005 90296 68738 570 201 73 6 0 34.64 15.50 17.26 32.60 0.00 0.00 0 11 21 29 0.00 36.67 70.00 96.67 true true 2469 6 55 280 00172 100.0 1196990 20 233.9205 73.6150 258.5000 301 175 301 18.5000 33.2099 3.7695 37 34 31 36.5000 True 280000172 100 0 1196990 20 233.9205 73.6150 258.5000 301 175 301 18.5000 33.2099 3.7695 37 34 31 36.5000 +SRX4563634-SE bronze Single-end reads 2800000 Staphylococcus aureus single-end single-end SCHEME ST 42 2866760 804138 68256 21805 506 150 23 5 0 34.79 15.27 17.36 32.58 0.00 0.00 0 10 28 37 0.00 23.81 66.67 88.10 false true 2665 5 59 280 00172 100.0 1135318 25 246.627 67.9105 294 301 197 301 19 32.2063 4.12132 37 33 30 36 False 280000172 100.0 1135318 25 46.627 67.9105 294 301 197 301 19 32.2063 4.12132 37 33 30 36 +SRX4563688 gold passed all cutoffs 2800000 Staphylococcus aureus paired-end paired-end SCHEME ST 21 2778300 606249 132300 52250 790 389 17 3 0 33.64 16.33 16.47 33.56 0.00 0.00 0 9 14 19 0.00 42.86 66.67 90.48 true true 2576 5 58 280 00312 100.0002 1195526 24.5000 234.2070 71.1001 254.5000 301 178 301 18.5000 34.2879 3.3316 37 35.5000 33 37 True 280000312 00.0002 1195526 24.5000 234.2070 71.1001 254.5000 301 178 301 18.5000 34.2879 3.3316 37 35.5000 33 37 +``` + +
+ +
+Exemplo: `bactopia-summary.txt` + +Abaixo está um exemplo do arquivo `bactopia-summary.txt`. Este arquivo é um resumo simples +de contagens. +```bash +Bactopia Summary Report + +Total Samples: 7 + +Passed: 7 + Gold: 4 + Silver: 2 + Bronze: 1 + +Excluded: 0 + Failed Cutoff: 0 + + QC Failure: 0 + + +Reports: + Full Report (txt): ./bactopia-report.tsv + Exclusion: ./bactopia-exclude.tsv + Summary: ./bactopia-summary.txt + +Rank Cutoffs: + Gold: + Coverage >= 100x + Quality >= Q30 + Read Length >= 95bp + Total Contigs < 100 + Silver: + Coverage >= 50x + Quality >= Q20 + Read Length >= 75bp + Total Contigs < 200 + Bronze: + Coverage >= 20x + Quality >= Q12 + Read Length >= 49bp + Total Contigs < 500 + +Assembly Length Exclusions: + Minimum: None + Maximum: None +``` + +
+ +Você pode estar se perguntando o que determina se uma amostra passa ou falha, e o que são +Gold, Silver e Bronze. Para ser honesto, as Olimpíadas podem ter estado acontecendo quando +escolhemos Gold, Silver e Bronze, mas esses termos funcionam muito bem. Aqui está o +resumo de cada um: + +| Classificação | Cobertura | Qualidade | Comprimento de Read | Total de Contigs | +| ---- | -------- | ------- | ----------- | ------------- | +| Gold | >= 100x | >= Q30 | >= 95bp | < 100 | +| Silver | >= 50x | >= Q20 | >= 75bp | < 200 | +| Bronze | >= 20x | >= Q12 | >= 49bp | < 500 | +| Fail | < 20x | < Q12 | < 49bp | >= 500 | + +
+Esses limites podem ser alterados + +Esses limites podem funcionar para a maioria, mas é importante ajustá-los às suas +necessidades específicas. Por exemplo, 100x de cobertura pode ser muito alto para o seu estudo, ou talvez +você queira excluir amostras com mais de 100 contigs. Esses limites podem ser alterados +usando os seguintes parâmetros: + +| Parâmetro | Padrão | Descrição | +| --------- | ------- | ----------- | +| `--gold-coverage` | 100 | Quantidade mínima de cobertura necessária para o status Gold | +| `--gold-quality` | 30 | Pontuação mínima de qualidade média por read necessária para o status Gold | +| `--gold-read-length` | 95 | Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Gold | +| `--gold-contigs` | 100 | Contagem máxima de contigs necessária para o status Gold | +| `--silver-coverage` | 50 | Quantidade mínima de cobertura necessária para o status Silver | +| `--silver-quality` | 20 | Pontuação mínima de qualidade média por read necessária para o status Silver | +| `--silver-read-length` | 75 | Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Silver | +| `--silver-contigs` | 200 | Contagem máxima de contigs necessária para o status Silver | +| `--min-coverage` | 20 | Quantidade mínima de cobertura necessária para passar | +| `--min-quality` | 12 | Pontuação mínima de qualidade média por read necessária para passar | +| `--min-read-length` | 49 | Comprimento médio mínimo de read necessário para passar | +| `--max-contigs` | 500 | Contagem máxima de contigs necessária para passar | +| `--min-assembled-size` | 0 | Tamanho mínimo do genoma montado | +| `--max-assembled-size` | 0 | Tamanho máximo do genoma montado | + +
+ +Esta foi uma introdução rápida ao comando `bactopia summary`. Com o tempo, este +comando deverá evoluir para um resumo mais robusto das suas amostras. + +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Agregar resultados de múltiplas amostras + +### Conclusão + +Parabéns! Você conseguiu processar muitas amostras agora com o Bactopia! Até agora, neste +tutorial, abordamos como processar amostras locais e do SRA/ENA. Também abordamos o +`bactopia search` e o `bactopia prepare` para preparar arquivos para o processamento de múltiplas amostras. +Por fim, abordamos o comando `bactopia summary` para obter uma visão geral rápida das suas amostras. + +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra do SRA/ENA + * [x] Múltiplas amostras do SRA/ENA + * [x] Uma única amostra local + * [x] Múltiplas amostras locais + * [x] Agregar resultados de múltiplas amostras + +__*MAS!*__ Ainda não terminamos! Vamos dar uma olhada em como podemos processar ainda mais essas +amostras usando as [Bactopia Tools](/bactopia-tools/). Esses são fluxos de trabalho adicionais +pré-configurados que fazem uso das saídas existentes do Bactopia para se aprofundar ainda mais nos seus estudos. + +## Bactopia Tools + +Você pode estar se perguntando, _O que são essas "Bactopia Tools"?_ (Ou _Isso nunca vai acabar?!?_) + +As Bactopia Tools são poderosos fluxos de trabalho pré-configurados que fazem uso das saídas existentes do Bactopia. +Elas permitem que você amplie rapidamente suas análises além do que o Bactopia oferece por padrão. +Por exemplo, precisa construir uma árvore filogenética? Ou quer chamar SNPs contra uma referência? +Ou talvez apenas fazer um BLAST de alguns genes contra todas as suas amostras? Existem Bactopia Tools para cada +um desses casos, e muito mais. + +Essas Bactopia Tools permitem que você __Faça Mais Ciência__ fornecendo uma estrutura para ampliar rapidamente +suas análises. + +Nesta seção, exploraremos como você pode usar algumas delas. Vamos começar! + +### Análises Específicas de Espécie + +Todas as amostras que processamos até agora são da mesma espécie, _Staphylococcus aureus_. +Existe uma Bactopia Tool chamada [staphtyper](/bactopia-tools/staphtyper) que pode ser usada para +executar algumas ferramentas específicas para a análise de _S. aureus_. Vamos executar nossa primeira Bactopia Tool usando as +amostras em `local-multiple-samples`: + +```bash +bactopia \ + --wf staphtyper \ + --bactopia local-multiple-samples/ +``` + +Antes de prosseguirmos, o que está acontecendo aqui? Estamos usando o parâmetro `--wf` para dizer ao Bactopia +para executar o fluxo de trabalho `staphtyper`. O parâmetro `--bactopia` é usado para dizer ao Bactopia onde +as saídas de uma execução anterior do Bactopia estão localizadas. + +Com essas informações, o Bactopia verificará se um fluxo de trabalho `staphtyper` existe e então +verificará o diretório `local-multiple-samples` para as entradas necessárias. Se tudo +estiver correto, o Bactopia executará o fluxo de trabalho `staphtyper`. + +Aqui estão as informações de log que você deve ver: + +```bash +executor > local (24) +[ae/f98c1e] STAPHTYPER:AGRVATE:AGRVATE_MODULE (SRX4563688) [100%] 7 of 7 ✔ +[26/28fe35] STAPHTYPER:AGRVATE:CSVTK_CONCAT (agrvate) [100%] 1 of 1 ✔ +[20/752007] STAPHTYPER:SPATYPER:SPATYPER_MODULE (SRX4563680) [100%] 7 of 7 ✔ +[43/9bba69] STAPHTYPER:SPATYPER:CSVTK_CONCAT (spatyper) [100%] 1 of 1 ✔ +[ea/518783] STAPHTYPER:SCCMEC:SCCMEC_MODULE (SRX4563680) [100%] 7 of 7 ✔ +[51/655b71] STAPHTYPER:SCCMEC:CSVTK_CONCAT (sccmec) [100%] 1 of 1 ✔ +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Tool Execution Summary +------------------------------- +Workflow : staphtyper +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/workflows/bactopia-tools/staphtyper/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --wf staphtyper --bactopia local-multiple-samples/ -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T12:48:22.408539959-06:00 +Duration : 15.6s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : local-multiple-samples//bactopia-runs/staphtyper-20260429-124805 + + +Message of the Day +------------------------------- +When is a door not a door? When it's ajar! +``` + +Bem legal (_e rápido!_), não é? Simplesmente adicionando `--wf` e `--bactopia`, conseguimos executar rapidamente +três ferramentas diferentes de _S. aureus_ nas nossas amostras. Além disso, as saídas de cada uma dessas +análises foram combinadas em um único arquivo para fácil visualização. + +:::tip[Visite a documentação do `staphtyper` para saber mais] +Para saber mais sobre o `staphtyper` e as saídas que ele produz, consulte a +[documentação do staphtyper](/bactopia-tools/staphtyper). Vale ressaltar que +**todas** as Bactopia Tools terão uma página de documentação semelhante. +::: + +* [x] Usar as Bactopia Tools para: + * [x] Executar análises específicas de *S. aureus* + * [ ] Gerar uma árvore usando [Mashtree](/bactopia-tools/mashtree) + +### Construindo uma Árvore + +Agora que executamos algumas análises específicas de _S. aureus_, vamos tentar algo um pouco diferente. +Vamos construir uma árvore usando [Mashtree](/bactopia-tools/mashtree), que constrói a árvore usando +distâncias Mash. + +Para este tutorial, estamos usando o Mashtree porque é rápido e, se você chegou até aqui, +provavelmente quer terminar logo! + +Vamos concluir isso usando as amostras de `local-multiple-samples`, mas primeiro, vamos excluir +a amostra single-end `SRX4563634-SE` da análise, para demonstrar o uso de `--exclude`. + +:::tip[Incluindo e excluindo amostras da análise das Bactopia Tools] +Cada Bactopia Tool tem os seguintes dois parâmetros disponíveis: + +| Parâmetro | Descrição | +| --------- | ----------- | +| `--include` | Uma lista de amostras (uma amostra por linha) para _**incluir**_ na análise. | +| `--exclude` | Uma lista de amostras (uma amostra por linha) para _**excluir**_ da análise. | + +Este é um recurso útil para incluir ou excluir amostras de uma análise de Bactopia Tool por +uma razão específica. Por exemplo, imagine que o `bactopia summary` identificou uma amostra que +falhou nas verificações de qualidade e deve ser excluída da análise. Você pode passar o `bactopia-exclude.tsv` +gerado para `--exclude` para garantir que essas amostras com falha não sejam incluídas na análise. + +Da mesma forma, suponha que você queira executar uma Bactopia Tool apenas em amostras específicas, +por exemplo, construindo uma árvore de um surto. Você pode passar esta lista de amostras para `--include` para +executar a Bactopia Tool somente nessas amostras. +::: + +Primeiro, vamos criar um arquivo com a amostra que queremos excluir: + +```bash +echo "SRX4563634-SE" > exclude.txt +``` + +Agora, executaremos o `mashtree` usando o diretório `local-multiple-samples`, mas excluindo `SRX4563634-SE`, +usando `--exclude` e o `exclude.txt` que acabamos de criar: + +```bash +bactopia \ + --wf mashtree \ + --bactopia local-multiple-samples/ \ + --exclude exclude.txt +``` + +Não mudou muito; simplesmente alterando `staphtyper` para `mashtree`, conseguimos construir rapidamente +uma árvore usando distâncias Mash. Aqui estão as informações de log que você deve ver; observe +onde diz que 1 foi excluída e 6 foram incluídas: + +```bash +Validating parameters for Bactopia Tools... +Validation complete. +Excluding 1 samples from the analysis +Found 6 samples to process + +If this looks wrong, now's your chance to back out (CTRL+C 3 times). +Sleeping for 5 seconds... + +-------------------------------------------------------------------- +executor > local (1) +[95/dbe13d] MASHTREE:MASHTREE_MODULE (mashtree) [100%] 1 of 1 ✔ +WARN: Graphviz is required to render the execution DAG in the given format -- See http://www.graphviz.org for more info. + +-------------------------------------------------------------------- + +Bactopia Tool Execution Summary +------------------------------- +Workflow : mashtree +Bactopia Version : 4.0.0 +Nextflow Version : 26.04.0 +Command Line : nextflow run /path/to/bactopia/env/workflows/bactopia-tools/mashtree/main.nf -w /home/rpetit3/bactopia-tutorial/work/ -output-format none --wf mashtree --bactopia local-multiple-samples/ --exclude exclude.txt -profile docker +Launch Dir : /home/rpetit3/bactopia-tutorial +Profile : docker +Completed At : 2026-04-29T12:49:37.337015453-06:00 +Duration : 8.4s +Resumed : false +Success : true +Merged Results : local-multiple-samples//bactopia-runs/mashtree-20260429-124927 + + +Message of the Day +------------------------------- +What do you call a sleeping bull? A bulldozer! +``` + +:::tip[Visite a documentação do `mashtree` para saber mais] +Para saber mais sobre o `mashtree` e as saídas que ele produz, consulte a +[documentação do mashtree](/bactopia-tools/mashtree). Novamente, cada Bactopia +Tool terá uma página de documentação semelhante. +::: + +### Conclusão + +Você conseguiu! Espero que com dois exemplos simples, você tenha adquirido uma apreciação de como +as Bactopia Tools podem ajudar a tornar as coisas mais fáceis para você. + +* [x] Usar as Bactopia Tools para: + * [x] Executar análises específicas de *S. aureus* + * [x] Gerar uma árvore usando [Mashtree](/bactopia-tools/mashtree) + +Neste ponto, você provavelmente terminou! Vamos concluir! + +## O que vem a seguir? + +Este tutorial cobriu muito! Vamos recapitular o que fizemos: + +* [x] Verificar se o Bactopia está funcionando +* [x] Usar o Bactopia para processar: + * [x] Uma única amostra do SRA/ENA + * [x] Múltiplas amostras do SRA/ENA + * [x] Uma única amostra local + * [x] Múltiplas amostras locais + * [x] Agregar resultados de múltiplas amostras +* [x] Usar as Bactopia Tools para: + * [x] Executar análises específicas de *S. aureus* + * [x] Gerar uma árvore usando [Mashtree](/bactopia-tools/mashtree) + +Esperamos que você tenha conseguido (eba! 🎉) e queira usar o Bactopia nos seus próprios dados! + +Tenha em mente que este tutorial não abordou como processar reads do Oxford Nanopore ou +montagens. Há muito mais que podemos cobrir; se houver algo que você gostaria de ver, +ou quaisquer problemas que você possa ter encontrado, por favor me avise enviando uma +[GitHub Issue](https://github.com/bactopia/bactopia/issues). From 74b793caaaff5db7c8f945a9fe523a45c348a4df Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:35:10 -0600 Subject: [PATCH 04/11] translate bactopia-tools/ section to Portuguese (70 files) Fix orphan removal bug: only scan plugin dirs present in the filtered file set, preventing --include from deleting other sections' translations. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- bin/translate/sync.py | 6 +- data/translations/pt/.hashes.json | 70 + .../current/abricate.mdx | 292 ++++ .../current/abritamr.mdx | 275 ++++ .../current/agrvate.mdx | 260 ++++ .../current/amrfinderplus.mdx | 269 ++++ .../current/ariba.mdx | 290 ++++ .../current/bakta.mdx | 287 ++++ .../current/blastn.mdx | 263 ++++ .../current/blastp.mdx | 261 ++++ .../current/blastx.mdx | 260 ++++ .../current/bracken.mdx | 293 ++++ .../current/btyper3.mdx | 277 ++++ .../current/busco.mdx | 516 +++++++ .../current/checkm.mdx | 320 ++++ .../current/checkm2.mdx | 275 ++++ .../current/clermontyping.mdx | 263 ++++ .../current/defensefinder.mdx | 275 ++++ .../current/ectyper.mdx | 262 ++++ .../current/eggnog.mdx | 265 ++++ .../current/emmtyper.mdx | 263 ++++ .../current/fastani.mdx | 272 ++++ .../current/gamma.mdx | 261 ++++ .../current/genotyphi.mdx | 283 ++++ .../current/gigatyper.mdx | 253 ++++ .../current/gtdb.mdx | 278 ++++ .../current/hicap.mdx | 270 ++++ .../current/hpsuissero.mdx | 247 ++++ .../current/index.mdx | 81 ++ .../current/ismapper.mdx | 1291 +++++++++++++++++ .../current/kleborate.mdx | 260 ++++ .../current/kraken2.mdx | 257 ++++ .../current/legsta.mdx | 254 ++++ .../current/lissero.mdx | 254 ++++ .../current/mashdist.mdx | 265 ++++ .../current/mashtree.mdx | 262 ++++ .../current/mcroni.mdx | 251 ++++ .../current/meningotype.mdx | 265 ++++ .../current/merlin.mdx | 640 ++++++++ .../current/midas.mdx | 270 ++++ .../current/mlst.mdx | 268 ++++ .../current/mobsuite.mdx | 272 ++++ .../current/mykrobe.mdx | 262 ++++ .../current/ngmaster.mdx | 253 ++++ .../current/pangenome.mdx | 509 +++++++ .../current/pasty.mdx | 257 ++++ .../current/pbptyper.mdx | 257 ++++ .../current/phispy.mdx | 274 ++++ .../current/plasmidfinder.mdx | 260 ++++ .../current/pneumocat.mdx | 232 +++ .../current/prokka.mdx | 274 ++++ .../current/quast.mdx | 289 ++++ .../current/rgi.mdx | 287 ++++ .../current/sccmec.mdx | 273 ++++ .../current/scrubber.mdx | 303 ++++ .../current/seqsero2.mdx | 269 ++++ .../current/seroba.mdx | 265 ++++ .../current/shigapass.mdx | 260 ++++ .../current/shigatyper.mdx | 268 ++++ .../current/shigeifinder.mdx | 254 ++++ .../current/sistr.mdx | 259 ++++ .../current/snippy.mdx | 562 +++++++ .../current/spatyper.mdx | 255 ++++ .../current/ssuissero.mdx | 247 ++++ .../current/staphscan.mdx | 262 ++++ .../current/staphtyper.mdx | 324 +++++ .../current/stecfinder.mdx | 280 ++++ .../current/sylph.mdx | 265 ++++ .../current/tblastn.mdx | 261 ++++ .../current/tblastx.mdx | 262 ++++ .../current/tbprofiler.mdx | 279 ++++ .../current/traitar.mdx | 279 ++++ 72 files changed, 20876 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abricate.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abritamr.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/agrvate.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/amrfinderplus.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ariba.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bakta.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastn.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastp.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastx.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bracken.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/btyper3.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/busco.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm2.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/clermontyping.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/defensefinder.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ectyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/eggnog.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/emmtyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/fastani.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gamma.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/genotyphi.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gigatyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gtdb.mdx create mode 100644 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i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mcroni.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/meningotype.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/merlin.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/midas.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mlst.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mobsuite.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mykrobe.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ngmaster.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pangenome.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pasty.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pbptyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/phispy.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/plasmidfinder.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pneumocat.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/prokka.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/quast.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/rgi.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sccmec.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/scrubber.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seqsero2.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seroba.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigapass.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigatyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigeifinder.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sistr.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/snippy.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/spatyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ssuissero.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphscan.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphtyper.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/stecfinder.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sylph.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastn.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastx.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tbprofiler.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/traitar.mdx diff --git a/bin/translate/sync.py b/bin/translate/sync.py index c301c0ff..d160acf4 100644 --- a/bin/translate/sync.py +++ b/bin/translate/sync.py @@ -101,9 +101,13 @@ def find_changed_files( def remove_orphaned(locale: str, files: list[TranslationFile]) -> list[Path]: """Find translated files that no longer have an English source.""" en_targets = {f.lang_path for f in files} + active_plugins = {f.plugin_id for f in files} orphaned = [] - for _plugin_id, cfg in PLUGIN_MAP.items(): + for plugin_id, cfg in PLUGIN_MAP.items(): + if plugin_id not in active_plugins: + continue + i18n_subdir = cfg["i18n_subdir"] target_base = I18N_DIR / locale / i18n_subdir if cfg.get("versioned", True): diff --git a/data/translations/pt/.hashes.json b/data/translations/pt/.hashes.json index 82a75cd3..cc9487fc 100644 --- a/data/translations/pt/.hashes.json +++ b/data/translations/pt/.hashes.json @@ -1,4 +1,74 @@ { + "bactopia-tools/abricate.mdx": "707081e5c5f309519274116d2207d037", + "bactopia-tools/abritamr.mdx": "4e7592436683cb60313a5668e94e1f8a", + "bactopia-tools/agrvate.mdx": "6119601f7a97306bdb7120d5668ad139", + "bactopia-tools/amrfinderplus.mdx": "76170cf8253ca39fba3c144a3843bc54", + "bactopia-tools/ariba.mdx": "d896b78b68fff7894595899b7ee63cbc", + "bactopia-tools/bakta.mdx": "f9110f3331b658ae5992b7195c09ae30", + "bactopia-tools/blastn.mdx": "795114b19a73c06f3a5aa81e0a5de6e6", + "bactopia-tools/blastp.mdx": "c6e8aec46baebd48bda6b9694f7f105e", + "bactopia-tools/blastx.mdx": "4066c59778c654be02d64a6f39f3e37a", + "bactopia-tools/bracken.mdx": "0dd8401349137bcc0641ffd4726814fb", + "bactopia-tools/btyper3.mdx": "82fdc6cb285a86bb55777673ceb71cde", + "bactopia-tools/busco.mdx": "77218585e77d30e1dc608972fd16de7b", + "bactopia-tools/checkm.mdx": "e2774e6ad10daad4dc885a57078ec008", + "bactopia-tools/checkm2.mdx": "6447074ef1b599509ef6109fee118cbc", + "bactopia-tools/clermontyping.mdx": "577fa38c8068e2cb06a5d9aef2fb9ed0", + "bactopia-tools/defensefinder.mdx": "20891e247f8f507b741811268c64b2ef", + "bactopia-tools/ectyper.mdx": "a800a42e4269d9df68bb5cf4960f8379", + "bactopia-tools/eggnog.mdx": "eeefc4ef6d52425d74a87a5258aa5e5f", + "bactopia-tools/emmtyper.mdx": "e078f904d3f1fec48507c0bb49c564f7", + "bactopia-tools/fastani.mdx": "4de48ab931c5c57e0c2937bd2fe062a5", + "bactopia-tools/gamma.mdx": "7737fa263f21700efc256bd4036d6d6e", + "bactopia-tools/genotyphi.mdx": "7774d86907030beae16b4a5cdaf1dafe", + "bactopia-tools/gigatyper.mdx": "4cd1cfb23253ff6140bfab0e8550f71b", + "bactopia-tools/gtdb.mdx": "fb0e238bb37faeba9ce04abf2ad814d2", + "bactopia-tools/hicap.mdx": "f595dfbe89c3a4b9dc15192f9a29c415", + "bactopia-tools/hpsuissero.mdx": "1930d6b786d60080ae71a9bb5bc51989", + "bactopia-tools/index.mdx": "01491803963ef7233118d7563f1657d2", + "bactopia-tools/ismapper.mdx": "8bcf4b67852bb64135019bcebf413439", + "bactopia-tools/kleborate.mdx": "59498320c5ad28b8e4f27e0e4f84bc84", + "bactopia-tools/kraken2.mdx": "5526f46fd3826325bf79913ce7ddd270", + "bactopia-tools/legsta.mdx": "b6c1443d0b21ada6003cdf2dcdf6edde", + "bactopia-tools/lissero.mdx": "944e72c2dac5b9c5df681d04bd583593", + "bactopia-tools/mashdist.mdx": "e3ee02caf47e7ff2dfbf19bdbc403173", + "bactopia-tools/mashtree.mdx": "737fab78b123ca2e5560645e6a1aca77", + "bactopia-tools/mcroni.mdx": "d3f07bf86bb0b2036373605d9f5c3ab0", + "bactopia-tools/meningotype.mdx": "560f121742e8c6e6c00f4876e8d768bd", + "bactopia-tools/merlin.mdx": "82fcf213708eadbd08801e335f8bad34", + "bactopia-tools/midas.mdx": "8f2257dcf5a3de4c56879320918f2a06", + "bactopia-tools/mlst.mdx": "61320af9649c13cc7ef7773a8abae9de", + "bactopia-tools/mobsuite.mdx": "85141257723634f0ce71263981acaba8", + "bactopia-tools/mykrobe.mdx": "4ef649482cc3504cbd56081dbb4ea61d", + "bactopia-tools/ngmaster.mdx": "de37e711172b7c7e22b1bf7885d7f288", + "bactopia-tools/pangenome.mdx": "465da0662ed45105c12b3f2417c23a78", + "bactopia-tools/pasty.mdx": "429f06672fa929b052b0f8d253953c0a", + "bactopia-tools/pbptyper.mdx": "d5894a234093b863ed780061b8529e4d", + "bactopia-tools/phispy.mdx": "224cc60f6577eed549b605eac24a830d", + "bactopia-tools/plasmidfinder.mdx": "ccff8288bf2ddeb2acbab7cbd7c1e2fc", + "bactopia-tools/pneumocat.mdx": "43f8032bfd787f2a1813b8cf7581b8f5", + "bactopia-tools/prokka.mdx": "d3cda7235068c4ccd17ccb6abd92048e", + "bactopia-tools/quast.mdx": "a3cf369177ee92160d2a3b98963e33e2", + "bactopia-tools/rgi.mdx": "cf5c7d90e8b746a3856758535f2034ea", + "bactopia-tools/sccmec.mdx": "2a1e7b33a2f6eb86362655ecaca3acfd", + "bactopia-tools/scrubber.mdx": "e17b9dea16b0e16662f33e068883d57e", + "bactopia-tools/seqsero2.mdx": "f55bead076134fa0410962018835b487", + "bactopia-tools/seroba.mdx": "1aea4316675112d18926703542292287", + "bactopia-tools/shigapass.mdx": "45d276685a8370d908886aacaec0a518", + "bactopia-tools/shigatyper.mdx": "39fb6b4db711c856446ddb81990a7d5d", + "bactopia-tools/shigeifinder.mdx": "e9c1c892a5d239fd8070f6b9a9ac695b", + "bactopia-tools/sistr.mdx": "bff3c3d7196d972846bc000dd3c52fd2", + "bactopia-tools/snippy.mdx": "77645075fda558485b8b0ff6ee953c46", + "bactopia-tools/spatyper.mdx": "e8e75f508a838d7b1ef76c01ec6c5f19", + "bactopia-tools/ssuissero.mdx": "a5e4b92eaaa31ad54906552aa499f032", + "bactopia-tools/staphscan.mdx": "65e8cbeef1a0b1423ebd5acd1c680718", + "bactopia-tools/staphtyper.mdx": "9b40c2a515383308279850c3469e1c04", + "bactopia-tools/stecfinder.mdx": "ea4a75ce4fe173fee77cabbd7d643971", + "bactopia-tools/sylph.mdx": "b97e96d7b0a66e93b3e0165b49e37e62", + "bactopia-tools/tblastn.mdx": "b7b363dc7c9d01347421921a24a920c8", + "bactopia-tools/tblastx.mdx": "b0a22d98b44a05f60c77ac682997573b", + "bactopia-tools/tbprofiler.mdx": "d1e1c9edbc2d8233325ee913a88f78ed", + "bactopia-tools/traitar.mdx": "960f06f5a6db683b63147ec134a04c4c", "developers/cli/bactopia-docs.mdx": "45341fa6d3aeb175ca1c83c13e7eb728", "docs/beginners-guide.md": "f7e0df66b8cc86ed30627b62929e9900", "docs/full-guide.mdx": "c6a81691556575ff199f86e02b07910f", diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abricate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abricate.mdx new file mode 100644 index 00000000..a48e6dc0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abricate.mdx @@ -0,0 +1,292 @@ +--- +title: abricate +description: "Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência." +tags: + - bacteria + - antimicrobial-resistance + - virulence + - screening + - bactopia-tool +--- + +# abricate + +**Tags:** bacteria antimicrobial-resistance virulence screening bactopia-tool + +Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) para triagem +de montagens contra múltiplos bancos de dados de genes de resistência e virulência, incluindo +NCBI, CARD, RESFINDER, ARG-ANNOT, VFDB, PLASMIDFINDER, ECOLI_VF e MEGARES. +O processo analisa um diretório de resultados do Bactopia, executa o Abricate em cada amostra e +cria um relatório de resumo consolidado. + +## Uso + +Execute com o banco de dados CARD para detecção de genes de resistência antimicrobiana: + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf abricate \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results \ + --abricate_db card +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/abricate/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results \ + --abricate_db card +``` + +:::tip[Dica] +Você pode executar este fluxo de trabalho várias vezes com diferentes bancos de dados para +realizar a triagem em todos eles. Cada execução produzirá resultados separados que podem ser +comparados. +::: + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── abricate +│ └── ncbi +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── abricate-ncbi- + ├── merged-results + │ ├── abricate-ncbi.tsv + │ └── logs + │ └── abricate-concat + │ └── ncbi + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── abricate-dag.dot + ├── abricate-report.html + └── abricate-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Relatório delimitado por tabulação com os resultados da triagem do Abricate para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `abricate.tsv` | Relatório TSV consolidado contendo os resultados do Abricate de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio utilizado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| abricate-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| abricate-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| abricate-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| abricate-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do Abricate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--abricate_db` | string | `ncbi` | Banco de dados a ser utilizado | +| `--abricate_minid` | integer | `80` | Percentual mínimo de identidade de DNA | +| `--abricate_mincov` | integer | `80` | Percentual mínimo de cobertura de DNA | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [abricate](/developers/subworkflows/abricate) - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) + Seemann T [Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes](https://github.com/tseemann/abricate) (GitHub) + +- [ARG-ANNOT](http://en.mediterranee-infection.com/article.php?laref=283%26titre=arg-annot) + Gupta SK, Padmanabhan BR, Diene SM, Lopez-Rojas R, Kempf M, Landraud L, Rolain J-M [ARG-ANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/aac.01310-13) _Antimicrob. Agents Chemother_ 58, 212-220 (2014) + +- [CARD](https://card.mcmaster.ca/) + Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [EcOH](https://dx.doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000064) + Ingle DJ, Valcanis M, Kuzevski A, Tauschek M, Inouye M, Stinear T, Levine MM, Robins-Browne RM, Holt KE [In silico serotyping of E. coli from short read data identifies limited novel O-loci but extensive diversity of O:H serotype combinations within and between pathogenic lineages.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000064) _Microbial Genomics_, 2(7), e000064. (2016) + +- [MEGARes 2.0](https://megares.meglab.org/) + Doster E, Lakin SM, Dean CJ, Wolfe C, Young JG, Boucher C, Belk KE, Noyes NR, Morley PS [MEGARes 2.0: a database for classification of antimicrobial drug, biocide and metal resistance determinants in metagenomic sequence data.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz1010) _Nucleic Acids Research_, 48(D1), D561-D569. (2020) + +- [NCBI Reference Gene Catalog](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA313047) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +- [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) + Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H [In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.](https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14) _Antimicrobial Agents and Chemotherapy_ 58(7), 3895-3903. (2014) + +- [ResFinder](https://cge.food.dtu.dk//services/ResFinder/) + Zankari E, Hasman H, Cosentino S, Vestergaard M, Rasmussen S, Lund O, Aarestrup FM, Larsen MV [Identification of acquired resistencia antimicrobiana genes.](https://doi.org/10.1093/jac/dks261) _J. Antimicrob. Chemother._ 67, 2640-2644 (2012) + +- [VFDB](http://www.mgc.ac.cn/VFs/) + Chen L, Zheng D, Liu B, Yang J, Jin Q [VFDB 2016: hierarchical and refined dataset for big data analysis--10 years on.](https://doi.org/10.1093/nar/gkv1239) _Nucleic Acids Res._ 44, D694-7 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/abricate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abritamr.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abritamr.mdx new file mode 100644 index 00000000..c96f6037 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/abritamr.mdx @@ -0,0 +1,275 @@ +--- +title: abritamr +description: "Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana." +tags: + - bacteria + - antimicrobial-resistance + - virulence + - amr + - nata + - bactopia-tool +--- + +# abritamr + +**Tags:** bacteria antimicrobial-resistance virulence amr nata bactopia-tool + +Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) para identificar +genes de resistência antimicrobiana em genomas bacterianos. Ela executa o AMRFinderPlus em cada +amostra e consolida os resultados em classes funcionais, produzindo relatórios detalhados +sobre genes de resistência, correspondências parciais e fatores de virulência. É acreditada pela NATA +para uso na notificação da presença de genes de resistência antimicrobiana reportáveis em Victoria, Austrália. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf abritamr \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/abritamr/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── abritamr- +│ ├── .abritamr.tsv +│ ├── .amrfinder.out +│ ├── .summary_matches.tsv +│ ├── .summary_partials.tsv +│ ├── .summary_virulence.tsv +│ └── logs +│ ├── abritamr.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ ├── update_abritamr_db.log +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── abritamr- + ├── merged-results + │ ├── abritamr.tsv + │ └── logs + │ └── abritamr-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── abritamr-dag.dot + ├── abritamr-report.html + └── abritamr-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.abritamr.txt` | Arquivo delimitado por tabulação combinando arquivos de resumo não vazios do abriTAMR | +| `*.amrfinder.out` | Saída bruta do AMRFinderPlus (por sequência) | +| `*.summary_matches.txt` | Arquivo delimitado por tabulação com correspondências de genes de resistência por sequência | +| `*.summary_partials.txt` | Arquivo delimitado por tabulação com correspondências parciais de genes de resistência | +| `*.summary_virulence.txt` | Arquivo delimitado por tabulação com classificações de genes de virulência | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `abritamr.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resumos de resistência antimicrobiana de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| abritamr-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| abritamr-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| abritamr-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| abritamr-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do abriTAMR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--abritamr_species` | string | | Usa mutações pontuais específicas da espécie; deve fornecer uma espécie válida | +| `--abritamr_identity` | integer | | Identidade mínima das correspondências com o amrfinder (0 - 1.0), padrão conforme preset do amrfinder | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [abritamr](/developers/subworkflows/abritamr) - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) + Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T [An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-35713-4) _Nature Communications_, 14(1), 60. (2023) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/abritamr) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/agrvate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/agrvate.mdx new file mode 100644 index 00000000..f2766bc9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/agrvate.mdx @@ -0,0 +1,260 @@ +--- +title: agrvate +description: "Identificação rápida do tipo de locus agr de Staphylococcus aureus e variantes do operon agr." +tags: + - staphylococcus-aureus + - agr + - typing + - virulence + - bactopia-tool +--- + +# agrvate + +**Tags:** staphylococcus-aureus agr typing virulence bactopia-tool + +Identificação rápida do tipo de locus agr de Staphylococcus aureus e variantes do operon agr. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) para identificar +rapidamente o tipo de locus _agr_ e detectar variantes do operon agr em montagens de _Staphylococcus aureus_. +O sistema agr é um regulador chave de quorum-sensing da virulência em S. aureus. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf agrvate \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/agrvate/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── agrvate- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── -agr_gp.tab +│ ├── -blastn_log.txt +│ └── .fna-error-report.tab +└── bactopia-runs + └── agrvate- + ├── merged-results + │ ├── agrvate.tsv + │ └── logs + │ └── agrvate-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── agrvate-dag.dot + ├── agrvate-report.html + └── agrvate-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resultados da tipagem do locus Agr em formato TSV | +| `supplemental/*` | Arquivos de saída suplementares incluindo análise detalhada do agr | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `agrvate.tsv` | Resultados combinados da tipagem agr de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar os custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| agrvate-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| agrvate-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| agrvate-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| agrvate-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Apenas tipagem agr. Ignora a extração do operon agr e a detecção de frameshift | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer processo individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer processo individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer processo individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer processo individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de tarefas (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [agrvate](/developers/subworkflows/agrvate) - Identifica o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) + Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/agrvate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/amrfinderplus.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/amrfinderplus.mdx new file mode 100644 index 00000000..f7958900 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/amrfinderplus.mdx @@ -0,0 +1,269 @@ +--- +title: amrfinderplus +description: "Bactopia Tool: Amrfinderplus." +tags: + - bacteria + - fasta + - antimicrobial-resistance + - virulence + - genes + - proteins + - mutations + - bactopia-tool +--- + +# amrfinderplus + +**Tags:** bacteria fasta antimicrobial-resistance virulence genes proteins mutations bactopia-tool + +Bactopia Tool: Amrfinderplus. + +Identifica genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais em genomas bacterianos. +Esta Bactopia Tool utiliza o [AMRFinder+](https://github.com/ncbi/amr) para rastrear montagens e proteínas +em busca de genes de resistência antimicrobiana, genes de virulência e mutações pontuais associadas à resistência. +Ela identifica genes de AMR adquiridos e algumas mutações pontuais em sequências de proteínas ou nucleotídeos montados. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf amrfinderplus \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/amrfinderplus/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── amrfinderplus- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── amrfinderplus- + ├── merged-results + │ ├── amrfinderplus.tsv + │ └── logs + │ └── amrfinderplus-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── amrfinderplus-dag.dot + ├── amrfinderplus-report.html + └── amrfinderplus-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resultados de detecção de genes AMR no formato TSV | +| `*-mutations.tsv` | Mutações pontuais associadas à resistência antimicrobiana | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `amrfinderplus.tsv` | Resultados combinados de detecção de AMR de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| amrfinderplus-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| amrfinderplus-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| amrfinderplus-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| amrfinderplus-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do AMRFinder+ + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--amrfinderplus_ident_min` | number | `-1` | Proporção mínima de aminoácidos idênticos no alinhamento para um hit (0..1) | +| `--amrfinderplus_coverage_min` | number | `0.5` | Cobertura mínima da proteína de referência (0..1) | +| `--amrfinderplus_organism` | string | | Grupo taxonômico para executar rastreamentos adicionais | +| `--amrfinderplus_translation_table` | integer | `11` | Código genético NCBI para BLAST traduzido | +| `--amrfinderplus_noplus` | boolean | `false` | Desativa a execução do AMRFinder+ com a opção --plus | +| `--amrfinderplus_report_common` | boolean | `false` | Reporta proteínas comuns a um grupo taxonômico | +| `--amrfinderplus_report_all_equal` | boolean | `false` | Reporta todos os hits de BLAST e HMM com pontuação igual | +| `--amrfinderplus_opts` | string | | Opções extras do AMRFinder+ entre aspas. | +| `--amrfinderplus_db` | string | | Um banco de dados AMRFinder+ personalizado a ser usado, como um tarball ou uma pasta | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os containers Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-compilados existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados pelo agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco usados que podem ser úteis em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes de iniciar a execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) - Encontra genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. +- [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) - Baixa e fornece datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/amrfinderplus) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ariba.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ariba.mdx new file mode 100644 index 00000000..c308ff2e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ariba.mdx @@ -0,0 +1,290 @@ +--- +title: ariba +description: "Identificação de genes por meio de montagens locais." +tags: + - fastq + - assembly + - resistance + - virulence + - gene-detection + - bactopia-tool +--- + +# ariba + +**Tags:** fastq assembly resistance virulence gene-detection bactopia-tool + +Identificação de genes por meio de montagens locais. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [ARIBA](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) para +identificar rapidamente genes em um banco de dados, criando montagens locais a partir +de dados de reads curtos. O ARIBA realiza montagem baseada em referência e chamada de +variantes para detecção de genes. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf ariba \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/ariba/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── ariba +│ └── card +│ ├── -report.tsv +│ ├── -summary.csv +│ ├── logs +│ │ └── card +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── assembled_genes.fa.gz +│ ├── assembled_seqs.fa.gz +│ ├── assemblies.fa.gz +│ ├── debug.report.tsv +│ ├── log.clusters.gz +│ └── version_info.txt +└── bactopia-runs + └── ariba-card- + ├── merged-results + │ ├── card-report.tsv + │ ├── card-summary.csv + │ └── logs + │ ├── card-report-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── card-summary-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── ariba-dag.dot + ├── ariba-report.html + └── ariba-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*-report.tsv` | Relatório de detecção de genes para cada amostra | +| `*-summary.csv` | Resumo dos resultados de detecção de genes | +| `assembled_genes.fa.gz` | Genes montados em formato FASTA comprimido | +| `assembled_seqs.fa.gz` | Sequências montadas que correspondem às referências | +| `assemblies.fa.gz` | Montagens locais brutas | +| `debug.report.tsv` | Relatório detalhado incluindo mutações sinônimas | +| `log.clusters.gz` | Arquivo de log da análise | +| `version_info.txt` | Informações de versão do ARIBA e suas dependências | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `ariba-report.tsv` | Relatórios de detecção de genes consolidados de todas as amostras | +| `ariba-summary.csv` | Resumos consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer o staging de arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser +usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas +em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| ariba-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| ariba-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| ariba-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| ariba-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Execução do Ariba + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ariba_db` | string | | Um banco de dados para consultar; se não estiver disponível, será baixado no caminho indicado por --datasets_cache (opções: `argannot`, `card`, `ncbi`, `megares`, `plasmidfinder`, `resfinder`, `srst2_argannot`, `vfdb_core`, `vfdb_full`, `virulencefinder`) | +| `--ariba_nucmer_min_id` | integer | `90` | Identidade mínima de alinhamento (delta-filter -i) | +| `--ariba_nucmer_min_len` | integer | `20` | Comprimento mínimo de alinhamento (delta-filter -i) | +| `--ariba_nucmer_breaklen` | integer | `200` | Valor a ser usado para -breaklen ao executar o nucmer | +| `--ariba_assembly_cov` | integer | `50` | Cobertura de reads alvo ao amostrar reads para montagem | +| `--ariba_min_scaff_depth` | integer | `10` | Número mínimo de pares de reads necessários como evidência para ligação de scaffold entre dois contigs | +| `--ariba_spades_options` | string | | Opções extras a serem passadas ao montador Spades | +| `--ariba_assembled_threshold` | number | `0.95` | Se a proporção do gene montado (independentemente de quantos contigs) for ao menos este valor, então a flag gene_assembled é definida | +| `--ariba_gene_nt_extend` | integer | `30` | Número máximo de nucleotídeos para estender as extremidades das correspondências de genes em busca de códons de início/parada | +| `--ariba_unique_threshold` | number | `0.03` | Se a proporção de bases no gene montadas mais de uma vez for <= este valor, então a flag unique_contig é definida | +| `--ariba_no_clean` | boolean | | Não remover os arquivos intermediários criados pelo Ariba. | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco usados que podem ser úteis em algumas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um atalho para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [ariba](/developers/subworkflows/ariba) - Identifica rapidamente genes criando montagens locais a partir de reads pareados. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) + Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR [ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads](http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000131). _Microb Genom_ 3, e000131 (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/ariba) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bakta.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bakta.mdx new file mode 100644 index 00000000..b24c9a19 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bakta.mdx @@ -0,0 +1,287 @@ +--- +title: bakta +description: "Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos." +tags: + - bacteria + - fasta + - annotation + - genbank + - gff + - proteins + - bactopia-tool +--- + +# bakta + +**Tags:** bacteria fasta annotation genbank gff proteins bactopia-tool + +Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos. + +Esta Bactopia Tool usa o [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) para anotar rapidamente genomas +bacterianos e plasmídeos de forma padronizada. O Bakta utiliza um grande banco de dados ([mais de 40 GB](https://doi.org/10.5281/zenodo.4247252)) +para fornecer anotações abrangentes, incluindo: tRNA, tmRNA, rRNA, ncRNA, CRISPR, CDS e sORFs. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf bakta \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/bakta/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── main +│ └── annotator +│ └── bakta- +│ ├── -blastdb.tar.gz +│ ├── .embl.gz +│ ├── .faa.gz +│ ├── .ffn.gz +│ ├── .fna.gz +│ ├── .gbff.gz +│ ├── .gff3.gz +│ ├── .hypotheticals.faa.gz +│ ├── .hypotheticals.tsv +│ ├── .inference.tsv +│ ├── .json.gz +│ ├── .png +│ ├── .svg.gz +│ ├── .tsv +│ ├── .txt +│ └── logs +│ ├── .log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── bakta- + └── nf-reports + ├── bakta-dag.dot + ├── bakta-report.html + └── bakta-timeline.html +``` + +### Anotação + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.gff3` | Anotação do genoma no formato GFF3 | +| `*.gbff` | Anotação do genoma no formato GenBank | +| `*.faa` | Sequências de proteínas no formato FASTA | +| `*.ffn` | Sequências de nucleotídeos de features | +| `*.fna` | Sequências de nucleotídeos de todas as features | +| `*.hypotheticals.tsv` | Lista de proteínas hipotéticas | +| `*.tsv` | Resumo da anotação no formato TSV | +| `*.txt` | Relatório detalhado da anotação | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|-------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| bakta-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| bakta-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| bakta-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| bakta-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Download do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_db` | string | | Tarball ou caminho para o banco de dados do Bakta | +| `--bakta_db_type` | string | `full` | Qual banco de dados do Bakta baixar: 'full' (~30GB) ou 'light' (~2GB) (opções: `full`, `light`) | +| `--bakta_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados do Bakta como um tarball | +| `--download_bakta` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados do Bakta para o caminho definido por --bakta_db | + +### Parâmetros do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--bakta_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--bakta_replicons` | string | | Tabela de informações de replicons (tsv/csv) | +| `--bakta_min_contig_length` | integer | `1` | Tamanho mínimo de contig para anotar | +| `--bakta_keep_contig_headers` | boolean | `false` | Manter os cabeçalhos originais dos contigs | +| `--bakta_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--bakta_skip_trna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de tRNA | +| `--bakta_skip_tmrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de tmRNA | +| `--bakta_skip_rrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de rRNA | +| `--bakta_skip_ncrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de ncRNA | +| `--bakta_skip_ncrna_region` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de regiões ncRNA | +| `--bakta_skip_crispr` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de arrays CRISPR | +| `--bakta_skip_cds` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de CDS | +| `--bakta_skip_sorf` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de sORF | +| `--bakta_skip_gap` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de gaps | +| `--bakta_skip_ori` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de oriC/oriT | +| `--bakta_opts` | string | | Opções extras do Bakta entre aspas. Exemplo: '--gram +' | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [bakta](/developers/subworkflows/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) + Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A [Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685) _Microbial Genomics_ 7(11) (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/bakta) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..bbfcd05b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastn.mdx @@ -0,0 +1,263 @@ +--- +title: blastn +description: "Pesquise em bancos de dados nucleotídicos do BLAST usando consultas nucleotídicas." +tags: + - fasta + - blast + - alignment + - nucleotide + - similarity + - bactopia-tool +--- + +# blastn + +**Tags:** fasta blast alignment nucleotide similarity bactopia-tool + +Pesquise em bancos de dados nucleotídicos do BLAST usando consultas nucleotídicas. + +Esta Bactopia Tool usa [BLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=Blastdocs) +para consultar sequências nucleotídicas em bancos de dados nucleotídicos para busca de similaridade de sequências. +O BLASTN encontra regiões de similaridade local entre sequências nucleotídicas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf blastn \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/blastn/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── blastn- +│ ├── .blastn.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── blastn- + ├── merged-results + │ ├── blastn.tsv + │ └── logs + │ └── blastn-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── blastn-dag.dot + ├── blastn-report.html + └── blastn-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.blastn.tsv` | Resultados de alinhamento do BLASTN em formato tabular | +| `*.blastn.html` | Relatório HTML interativo dos resultados do BLASTN | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `blastn.tsv` | Resultados do BLASTN consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| blastn-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| blastn-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| blastn-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| blastn-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do BLASTN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--blastn_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados | +| `--blastn_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastn_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o BLASTN | +| `--blastn_perc_identity` | integer | `50` | Percentual de identidade | +| `--blastn_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastn_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--blastn_use_genes` | boolean | `false` | Executar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas pelo agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco comuns que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [blastn](/developers/subworkflows/blastn) - Pesquisa em um banco de dados nucleotídico usando sequências de consulta nucleotídicas. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/blastn) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastp.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastp.mdx new file mode 100644 index 00000000..7722d394 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastp.mdx @@ -0,0 +1,261 @@ +--- +title: blastp +description: "Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de proteínas." +tags: + - fasta + - blast + - alignment + - protein + - similarity + - bactopia-tool +--- + +# blastp + +**Tags:** fasta blast alignment protein similarity bactopia-tool + +Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de proteínas. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [BLASTP](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=Blastdocs) +para consultar sequências de proteínas em bancos de dados de proteínas para busca de similaridade de sequências. +O BLASTP compara uma consulta de proteína com um banco de dados de proteínas para encontrar sequências similares. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf blastp \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/blastp/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── blastp- +│ ├── .blastp.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── blastp- + ├── merged-results + │ ├── blastp.tsv + │ └── logs + │ └── blastp-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── blastp-dag.dot + ├── blastp-report.html + └── blastp-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `*.blastp.tsv` | Resultados de alinhamento BLASTP em formato tabular | +| `*.blastp.html` | Relatório HTML interativo dos resultados BLASTP | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `blastp.tsv` | Resultados BLASTP consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-------------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| blastp-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| blastp-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| blastp-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| blastp-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros BLASTP + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--blastp_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para executar BLAST contra o banco de dados | +| `--blastp_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastp_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao BLASTN | +| `--blastp_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastp_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | + +### Parâmetros csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [blastp](/developers/subworkflows/blastp) - Pesquisa sequências de proteínas em banco de dados de proteínas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/blastp) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..4f47f68c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/blastx.mdx @@ -0,0 +1,260 @@ +--- +title: blastx +description: "Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidos." +tags: + - fasta + - blast + - alignment + - protein + - translation + - bactopia-tool +--- + +# blastx + +**Tags:** fasta blast alignment protein translation bactopia-tool + +Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidos. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [BLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=Blastdocs) +para consultar sequências de nucleotídeos traduzidas em bancos de dados de proteínas para busca de homologia proteica. + +## Uso + +CLI do Bactopia: + +```bash +bactopia --wf blastx \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/blastx/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── blastx- +│ ├── .blastx.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── blastx- + ├── merged-results + │ ├── blastx.tsv + │ └── logs + │ └── blastx-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── blastx-dag.dot + ├── blastx-report.html + └── blastx-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.blastx.tsv` | Resultados de alinhamento do BLASTX em formato tabular | +| `*.blastx.html` | Relatório HTML interativo dos resultados do BLASTX | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `blastx.tsv` | Resultados do BLASTX consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| blastx-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| blastx-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| blastx-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| blastx-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do BLASTX + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--blastx_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para BLAST contra o banco de dados | +| `--blastx_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastx_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN | +| `--blastx_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastx_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registry para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [blastx](/developers/subworkflows/blastx) - Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa no banco de dados de proteínas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/blastx) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bracken.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bracken.mdx new file mode 100644 index 00000000..03e14969 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/bracken.mdx @@ -0,0 +1,293 @@ +--- +title: bracken +description: "Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas." +tags: + - metagenomics + - classification + - abundance + - kraken2 + - bracken + - krona + - bactopia-tool +--- + +# bracken + +**Tags:** metagenomics classification abundance kraken2 bracken krona bactopia-tool + +Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas. + +Esta Bactopia Tool usa o [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) para estimar +a abundância taxonômica a partir dos resultados do Kraken2. Também executa o [Kraken2](https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/) +para classificação taxonômica e gera gráficos interativos com o [Krona](https://github.com/marbl/Krona). + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf bracken \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/bracken/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── bracken- +│ ├── .bracken.abundances.txt +│ ├── .bracken.adjusted.abundances.txt +│ ├── .bracken.classification.txt +│ ├── .bracken.krona.html +│ ├── .bracken.report.txt +│ ├── .bracken.tsv +│ ├── .kraken2.krona.html +│ ├── .kraken2.report.txt +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── bracken- + ├── merged-results + │ ├── bracken-adjusted.tsv + │ ├── bracken-species-abundance.tsv + │ └── logs + │ ├── bracken-adjusted-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── bracken-species-abundance-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── bracken-dag.dot + ├── bracken-report.html + └── bracken-timeline.html +``` + +### Resultados de Classificação + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.kraken2.report.txt` | Relatório de classificação do Kraken2 | +| `*.bracken.report.txt` | Estimativas de abundância do Bracken | +| `*.krona.html` | Visualização interativa do Krona | + +### Relatórios de Resumo + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `bracken-summary.tsv` | Resumo dos resultados de classificação de todas as amostras | +| `bracken-matrix.tsv` | Matriz de abundância para análises posteriores | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/encerrar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| bracken-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| bracken-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| bracken-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| bracken-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Kraken2 e Bracken + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kraken2_db` | string | | Um único arquivo tarball ou caminho para um banco de dados formatado para Kraken2 | +| `--kraken2_quick_mode` | boolean | `false` | Operação rápida (usa o primeiro resultado ou resultados) | +| `--kraken2_confidence` | number | `0.0` | Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1 | +| `--kraken2_minimum_base_quality` | integer | `0` | Qualidade mínima de base usada na classificação | +| `--kraken2_use_mpa_style` | boolean | `false` | Formatar a saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1 | +| `--kraken2_report_zero_counts` | boolean | `false` | Reportar contagens para TODOS os táxons, mesmo que as contagens sejam zero | +| `--kraken2_report_minimizer_data` | boolean | `false` | Incluir informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório | +| `--kraken2_use_names` | boolean | `false` | Imprimir nomes científicos em vez de apenas taxids | +| `--kraken2_memory_mapping` | boolean | `false` | Evitar carregar o banco de dados na RAM | +| `--kraken2_minimum_hit_groups` | integer | `2` | Número mínimo de grupos de hits necessários para fazer uma chamada | +| `--kraken2_keep_filtered_reads` | boolean | `false` | Manter os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2 | +| `--kraken2_keep_raw_output` | boolean | `false` | Manter o arquivo STDOUT produzido pelo Kraken2 | +| `--bracken_read_length` | integer | `0` | Comprimento de read para obter todas as classificações (0 = determinar em tempo de execução) | +| `--bracken_level` | string | `S` | Nível para estimar a abundância | +| `--bracken_threshold` | integer | `0` | Reads necessários ANTES da estimativa de abundância para realizar a reestimativa | +| `--bracken_max_secondary_percent` | number | `0.01` | A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada | +| `--bracken_skip_krona` | boolean | `false` | Pular a criação de um relatório Krona | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [bracken](/developers/subworkflows/bracken) - Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [Krona](https://github.com/marbl/Krona) + Ondov BD, Bergman NH, and Phillippy AM [Interactive metagenomic visualization in a Web browser.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-385) _BMC Bioinformatics_, 12, 385. (2011) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/bracken) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/btyper3.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/btyper3.mdx new file mode 100644 index 00000000..3627de68 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/btyper3.mdx @@ -0,0 +1,277 @@ +--- +title: btyper3 +description: "Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus." +tags: + - bacillus-cereus + - taxonomy + - classification + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# btyper3 + +**Tags:** bacillus-cereus taxonomy classification fasta bactopia-tool + +Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus. + +Esta Ferramenta Bactopia usa o [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) para classificar +isolados do grupo Bacillus cereus a partir de montagens de genomas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf btyper3 \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/btyper3/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── btyper3- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── bt +│ │ └── _bt.txt +│ ├── logs +│ │ └── .log +│ ├── mlst +│ │ └── _mlst.txt +│ ├── panC +│ │ └── _panC.txt +│ ├── species +│ │ └── _species_fastani.txt +│ ├── subspecies +│ │ └── _subspecies_fastani.txt +│ ├── typestrains +│ │ └── _typestrains_fastani.txt +│ └── virulence +│ └── _virulence.txt +└── bactopia-runs + └── btyper3- + ├── merged-results + │ ├── btyper3.tsv + │ └── logs + │ └── btyper3-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── btyper3-dag.dot + ├── btyper3-report.html + └── btyper3-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*_final_results.txt` | Arquivo final delimitado por tabulações com os resultados do BTyper3 | +| `results/*` | Diretório com resultados detalhados da análise | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `btyper3.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do BTyper3 de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para +consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| btyper3-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| btyper3-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| btyper3-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| btyper3-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do BTyper3 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--btyper3_virulence_identity` | integer | `70` | Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácido/nucleotídeo para que um gene de virulência seja considerado presente | +| `--btyper3_virulence_coverage` | integer | `80` | Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de virulência seja considerado presente | +| `--btyper3_identity` | integer | `50` | Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácidos para que um gene de toxina Bt seja considerado presente | +| `--btyper3_coverage` | integer | `70` | Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de toxina Bt seja considerado presente | +| `--btyper3_overlap` | number | `0.7` | Especifica a proporção máxima de sobreposição para que genes de toxina Bt sobrepostos sejam considerados genes separados | +| `--btyper3_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BTyper3 | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer processo individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer processo individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer processo individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer processo individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de tarefas (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [btyper3](/developers/subworkflows/btyper3) - Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) + Carroll LM, Cheng RA, Kovac J [No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods.](https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.580691) _Frontiers in Microbiology_, 11, 580691. (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/btyper3) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/busco.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/busco.mdx new file mode 100644 index 00000000..75c4b1db --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/busco.mdx @@ -0,0 +1,516 @@ +--- +title: busco +description: "Avaliação da completude da montagem genômica usando expectativas informadas por evolução." +tags: + - assembly + - completeness + - assessment + - orthologs + - quality-control + - bactopia-tool +--- + +# busco + +**Tags:** assembly completeness assessment orthologs quality-control bactopia-tool + +Avaliação da completude da montagem genômica usando expectativas informadas por evolução. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco) (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) +para avaliar a completude de montagens genômicas buscando ortólogos de cópia única. O fluxo de trabalho +processa cada montagem em relação a um conjunto de dados de linhagem especificado e fornece métricas abrangentes de completude. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf busco \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/busco/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── busco +│ └── bacteria_odb10 +│ ├── -summary.txt +│ ├── logs +│ │ ├── bbtools_err.log +│ │ ├── bbtools_out.log +│ │ ├── busco.log +│ │ ├── hmmsearch_err.log +│ │ ├── hmmsearch_out.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ ├── prodigal_err.log +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_11_err.log +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_11_out.log +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_4_err.log +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_4_out.log +│ │ ├── prodigal_out.log +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── prodigal_output +│ │ └── predicted_genes +│ │ ├── predicted.faa.gz +│ │ ├── predicted.fna.gz +│ │ └── tmp +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_11.faa.gz +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_11.fna.gz +│ │ ├── prodigal_mode_single_code_4.faa.gz +│ │ └── prodigal_mode_single_code_4.fna.gz +│ ├── run_bacteria_odb10 +│ │ ├── .bbtools_output +│ │ ├── busco_sequences +│ │ │ ├── fragmented_busco_sequences +│ │ │ │ ├── 1540940at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1540940at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 1827334at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1827334at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 1830156at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1830156at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 1874945at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1874945at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 1937072at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1937072at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 1971380at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 1971380at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 226836at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 226836at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 4421at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 4421at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 469058at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 469058at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 837522at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 837522at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 9601at2.faa.gz +│ │ │ │ ├── 9601at2.fna.gz +│ │ │ │ ├── 981870at2.faa.gz +│ │ │ │ └── 981870at2.fna.gz +│ │ │ ├── multi_copy_busco_sequences +│ │ │ └── single_copy_busco_sequences +│ │ │ ├── 1132353at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1132353at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1211060at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1211060at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1456375at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1456375at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1505038at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1505038at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1567535at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1567535at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1666043at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1666043at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1692188at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1692188at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1698718at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1698718at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1707228at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1707228at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1713391at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1713391at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1772647at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1772647at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1786618at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1786618at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1799923at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1799923at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1838961at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1838961at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1893906at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1893906at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1904463at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1904463at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1963491at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1963491at2.fna.gz +│ │ │ ├── 1978865at2.faa.gz +│ │ │ ├── 1978865at2.fna.gz +│ │ │ ├── 2005443at2.faa.gz +│ │ │ ├── 2005443at2.fna.gz +│ │ │ ├── 2012682at2.faa.gz +│ │ │ ├── 2012682at2.fna.gz +│ │ │ ├── 2035880at2.faa.gz +│ │ │ ├── 2035880at2.fna.gz +│ │ │ ├── 2040741at2.faa.gz +│ │ │ ├── 2040741at2.fna.gz +│ │ │ ├── 2063644at2.faa.gz +│ │ │ ├── 2063644at2.fna.gz +│ │ │ ├── 353391at2.faa.gz +│ │ │ ├── 353391at2.fna.gz +│ │ │ ├── 430176at2.faa.gz +│ │ │ ├── 430176at2.fna.gz +│ │ │ ├── 662686at2.faa.gz +│ │ │ ├── 662686at2.fna.gz +│ │ │ ├── 665824at2.faa.gz +│ │ │ ├── 665824at2.fna.gz +│ │ │ ├── 761140at2.faa.gz +│ │ │ ├── 761140at2.fna.gz +│ │ │ ├── 776861at2.faa.gz +│ │ │ ├── 776861at2.fna.gz +│ │ │ ├── 961486at2.faa.gz +│ │ │ └── 961486at2.fna.gz +│ │ ├── full_table.tsv +│ │ ├── hmmer_output +│ │ │ ├── 1009041at2.out.gz +│ │ │ ├── 1024388at2.out.gz +│ │ │ ├── 1036075at2.out.gz +│ │ │ ├── 1043239at2.out.gz +│ │ │ ├── 1049662at2.out.gz +│ │ │ ├── 1054741at2.out.gz +│ │ │ ├── 1069591at2.out.gz +│ │ │ ├── 1074831at2.out.gz +│ │ │ ├── 1080436at2.out.gz +│ │ │ ├── 1093223at2.out.gz +│ │ │ ├── 1132353at2.out.gz +│ │ │ ├── 1151822at2.out.gz +│ │ │ ├── 1166299at2.out.gz +│ │ │ ├── 1211060at2.out.gz +│ │ │ ├── 1257362at2.out.gz +│ │ │ ├── 1266295at2.out.gz +│ │ │ ├── 1270636at2.out.gz +│ │ │ ├── 1272633at2.out.gz +│ │ │ ├── 1346419at2.out.gz +│ │ │ ├── 1395197at2.out.gz +│ │ │ ├── 1398618at2.out.gz +│ │ │ ├── 1419877at2.out.gz +│ │ │ ├── 143460at2.out.gz +│ │ │ ├── 1456375at2.out.gz +│ │ │ ├── 1470978at2.out.gz +│ │ │ ├── 1490892at2.out.gz +│ │ │ ├── 1491686at2.out.gz +│ │ │ ├── 1497415at2.out.gz +│ │ │ ├── 1502854at2.out.gz +│ │ │ ├── 1504821at2.out.gz +│ │ │ ├── 1505038at2.out.gz +│ │ │ ├── 1540940at2.out.gz +│ │ │ ├── 1567535at2.out.gz +│ │ │ ├── 1572673at2.out.gz +│ │ │ ├── 1574817at2.out.gz +│ │ │ ├── 1590629at2.out.gz +│ │ │ ├── 1592033at2.out.gz +│ │ │ ├── 1595498at2.out.gz +│ │ │ ├── 1623045at2.out.gz +│ │ │ ├── 1661836at2.out.gz +│ │ │ ├── 1666043at2.out.gz +│ │ │ ├── 1671455at2.out.gz +│ │ │ ├── 1674344at2.out.gz +│ │ │ ├── 1676462at2.out.gz +│ │ │ ├── 1692188at2.out.gz +│ │ │ ├── 1698718at2.out.gz +│ │ │ ├── 1701531at2.out.gz +│ │ │ ├── 1702697at2.out.gz +│ │ │ ├── 1707228at2.out.gz +│ │ │ ├── 1713391at2.out.gz +│ │ │ ├── 1720952at2.out.gz +│ │ │ ├── 1758685at2.out.gz +│ │ │ ├── 1760144at2.out.gz +│ │ │ ├── 1766414at2.out.gz +│ │ │ ├── 1772647at2.out.gz +│ │ │ ├── 1776954at2.out.gz +│ │ │ ├── 1786618at2.out.gz +│ │ │ ├── 1799923at2.out.gz +│ │ │ ├── 182107at2.out.gz +│ │ │ ├── 1822215at2.out.gz +│ │ │ ├── 1822695at2.out.gz +│ │ │ ├── 1827295at2.out.gz +│ │ │ ├── 1827334at2.out.gz +│ │ │ ├── 1830156at2.out.gz +│ │ │ ├── 1838961at2.out.gz +│ │ │ ├── 1842956at2.out.gz +│ │ │ ├── 1844275at2.out.gz +│ │ │ ├── 1846503at2.out.gz +│ │ │ ├── 1874945at2.out.gz +│ │ │ ├── 1890943at2.out.gz +│ │ │ ├── 1893906at2.out.gz +│ │ │ ├── 1904463at2.out.gz +│ │ │ ├── 1906715at2.out.gz +│ │ │ ├── 1932144at2.out.gz +│ │ │ ├── 1937072at2.out.gz +│ │ │ ├── 1937493at2.out.gz +│ │ │ ├── 1940575at2.out.gz +│ │ │ ├── 1949059at2.out.gz +│ │ │ ├── 1959318at2.out.gz +│ │ │ ├── 1963491at2.out.gz +│ │ │ ├── 1971380at2.out.gz +│ │ │ ├── 1978865at2.out.gz +│ │ │ ├── 1990141at2.out.gz +│ │ │ ├── 1990650at2.out.gz +│ │ │ ├── 2005443at2.out.gz +│ │ │ ├── 2012682at2.out.gz +│ │ │ ├── 2035880at2.out.gz +│ │ │ ├── 2040741at2.out.gz +│ │ │ ├── 2046660at2.out.gz +│ │ │ ├── 2063644at2.out.gz +│ │ │ ├── 2066663at2.out.gz +│ │ │ ├── 2075502at2.out.gz +│ │ │ ├── 219876at2.out.gz +│ │ │ ├── 223233at2.out.gz +│ │ │ ├── 226836at2.out.gz +│ │ │ ├── 232152at2.out.gz +│ │ │ ├── 26038at2.out.gz +│ │ │ ├── 267682at2.out.gz +│ │ │ ├── 353391at2.out.gz +│ │ │ ├── 384865at2.out.gz +│ │ │ ├── 402899at2.out.gz +│ │ │ ├── 430176at2.out.gz +│ │ │ ├── 4421at2.out.gz +│ │ │ ├── 462069at2.out.gz +│ │ │ ├── 469058at2.out.gz +│ │ │ ├── 504464at2.out.gz +│ │ │ ├── 505485at2.out.gz +│ │ │ ├── 533698at2.out.gz +│ │ │ ├── 662686at2.out.gz +│ │ │ ├── 665824at2.out.gz +│ │ │ ├── 761140at2.out.gz +│ │ │ ├── 776861at2.out.gz +│ │ │ ├── 837522at2.out.gz +│ │ │ ├── 841869at2.out.gz +│ │ │ ├── 874197at2.out.gz +│ │ │ ├── 91428at2.out.gz +│ │ │ ├── 923547at2.out.gz +│ │ │ ├── 932854at2.out.gz +│ │ │ ├── 932993at2.out.gz +│ │ │ ├── 95696at2.out.gz +│ │ │ ├── 9601at2.out.gz +│ │ │ ├── 961486at2.out.gz +│ │ │ ├── 981870at2.out.gz +│ │ │ └── 984717at2.out.gz +│ │ ├── missing_busco_list.tsv +│ │ ├── short_summary.json +│ │ └── short_summary.txt +│ ├── short_summary.specific.bacteria_odb10..fna.json +│ └── short_summary.specific.bacteria_odb10..fna.txt +└── bactopia-runs + └── busco-bacteria_odb10- + ├── merged-results + │ ├── busco-bacteria_odb10.tsv + │ └── logs + │ └── busco-bacteria_odb10-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── busco-dag.dot + ├── busco-report.html + └── busco-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `run_` | Diretório de saída da análise BUSCO para cada linhagem | +| `run_/full_table.tsv` | Resultados completos com pontuações e comprimentos dos matches do BUSCO | +| `run_/missing_busco_list.tsv` | Lista de genes BUSCO ausentes | +| `run_/short_summary.txt` | Resumo dos resultados da avaliação BUSCO | +| `run_/short_summary.json` | Resumo da avaliação BUSCO em formato JSON | +| `*-summary.txt` | Arquivo de resumo BUSCO por amostra | +| `*-summary.json` | Resumo BUSCO por amostra em formato JSON | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `busco.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resumos BUSCO de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/encerrar arquivos e enfileirar processos conforme o perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao usar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| busco-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| busco-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| busco-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| busco-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do BUSCO + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--busco_lineage` | string | `bacteria_odb10` | Especifica o nome da linhagem BUSCO a ser utilizada | +| `--busco_evalue` | string | `1e-03` | Limite de E-value para buscas BLAST. Formatos aceitos: 0.001 ou 1e-03 | +| `--busco_limit` | integer | `3` | Total de regiões candidatas a considerar por BUSCO | +| `--busco_metaeuk_parameters` | string | | Argumentos adicionais para a primeira passagem do Metaeuk, entre aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_metaeuk_rerun_parameters` | string | | Argumentos adicionais para a segunda passagem do Metaeuk, entre aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_use_augustus` | boolean | `false` | Usa o preditor de genes Augustus para execuções em eucariotos | +| `--busco_augustus_parameters` | string | | Argumentos adicionais para o Augustus, entre aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_augustus_species` | string | | Especifica uma espécie para o treinamento do Augustus | +| `--busco_augustus_long` | boolean | `false` | Modo de auto-treinamento otimizado do Augustus | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados pelo agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser convenientes em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | Tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [busco](/developers/subworkflows/busco) - Avalia a completude da montagem genômica usando BUSCO. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco) + Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM [BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.](https://doi.org/10.1093/molbev/msab199) _Molecular Biology and Evolution_ 38(10), 4647-4654. (2021) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/busco) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm.mdx new file mode 100644 index 00000000..be1ec677 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm.mdx @@ -0,0 +1,320 @@ +--- +title: checkm +description: "Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos." +tags: + - assembly-quality + - microbial-genomes + - completeness + - contamination + - bactopia-tool +--- + +# checkm + +**Tags:** assembly-quality microbial-genomes completeness contamination bactopia-tool + +Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM) para avaliar a qualidade +de genomas microbianos recuperados de isolados, células únicas e metagenomas, usando +um conjunto de genes marcadores específicos de linhagem. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf checkm \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/checkm/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── checkm- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── checkm.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── -genes.aln +│ ├── bins +│ │ └── +│ │ ├── genes.faa.gz +│ │ ├── genes.gff +│ │ ├── hmmer.analyze.txt.gz +│ │ └── hmmer.tree.txt +│ ├── lineage.ms +│ └── storage +│ ├── aai_qa +│ ├── bin_stats.analyze.tsv +│ ├── bin_stats.tree.tsv +│ ├── bin_stats_ext.tsv +│ ├── checkm_hmm_info.pkl.gz +│ ├── marker_gene_stats.tsv +│ ├── phylo_hmm_info.pkl.gz +│ └── tree +│ ├── PF00164.20.masked.faa.gz +│ ├── PF00177.16.masked.faa.gz +│ ├── PF00181.18.masked.faa.gz +│ ├── PF00189.15.masked.faa.gz +│ ├── PF00203.16.masked.faa.gz +│ ├── PF00237.14.masked.faa.gz +│ ├── PF00238.14.masked.faa.gz +│ ├── PF00252.13.masked.faa.gz +│ ├── PF00276.15.masked.faa.gz +│ ├── PF00281.14.masked.faa.gz +│ ├── PF00333.15.masked.faa.gz +│ ├── PF00366.15.masked.faa.gz +│ ├── PF00410.14.masked.faa.gz +│ ├── PF00411.14.masked.faa.gz +│ ├── PF00562.23.masked.faa.gz +│ ├── PF00623.15.masked.faa.gz +│ ├── PF00673.16.masked.faa.gz +│ ├── PF00831.18.masked.faa.gz +│ ├── PF00861.17.masked.faa.gz +│ ├── PF03719.10.masked.faa.gz +│ ├── PF03947.13.masked.faa.gz +│ ├── PF04560.15.masked.faa.gz +│ ├── PF04561.9.masked.faa.gz +│ ├── PF04565.11.masked.faa.gz +│ ├── PF04997.7.masked.faa.gz +│ ├── PF11987.3.masked.faa.gz +│ ├── concatenated.fasta.gz +│ ├── concatenated.pplacer.json +│ ├── concatenated.tre +│ └── pplacer.out +└── bactopia-runs + └── checkm- + ├── merged-results + │ ├── checkm.tsv + │ └── logs + │ └── checkm-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── checkm-dag.dot + ├── checkm-report.html + └── checkm-timeline.html +``` + +### Avaliação de Qualidade + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.genes.aln` | Alinhamento de genes com múltiplas cópias e sua identidade AAI | +| `*.results.txt` | Resultados finais do fluxo de trabalho `lineage_wf` do CheckM | +| `lineage.ms` | Arquivo de saída descrevendo o conjunto de marcadores para cada bin | +| `bins/**` | Diretório com entradas para processamento pelo CheckM | +| `storage/**` | Diretório com resultados intermediários do processamento pelo CheckM | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `checkm.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do CheckM de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados em plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| checkm-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| checkm-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| checkm-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| checkm-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do CheckM + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm_unique` | integer | `10` | Número mínimo de marcadores filogenéticos únicos necessários para usar o conjunto de marcadores específico de linhagem. | +| `--checkm_multi` | integer | `10` | Número máximo de marcadores filogenéticos com múltiplas cópias antes de usar o conjunto de marcadores em nível de domínio. | +| `--checkm_aai_strain` | number | `0.9` | Limiar AAI usado para identificar heterogeneidade de linhagem | +| `--checkm_length` | number | `0.7` | Percentual de sobreposição entre alvo e consulta | +| `--checkm_full_tree` | boolean | | Usar a árvore completa (requer ~40 GB de memória) para determinar a linhagem de cada bin. | +| `--checkm_ignore_thresholds` | boolean | | Ignorar os limiares de pontuação específicos do modelo | +| `--checkm_ali` | boolean | | Gerar arquivo de alinhamento HMMER para cada bin | +| `--checkm_nt` | boolean | | Gerar sequências de genes em nucleotídeos para cada bin | +| `--checkm_force_domain` | boolean | | Usar conjuntos em nível de domínio para todos os bins | +| `--checkm_no_refinement` | boolean | | Não realizar o refinamento do conjunto de marcadores específico de linhagem | +| `--checkm_individual_markers` | boolean | | Tratar marcadores como independentes | +| `--checkm_skip_adj_correction` | boolean | | Não excluir genes marcadores adjacentes ao estimar contaminação | +| `--checkm_skip_pseudogene_correction` | boolean | | Ignorar a identificação e filtragem de pseudogenes | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [checkm](/developers/subworkflows/checkm) - Avalia a completude de bins de metagenoma usando CheckM. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM) + Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW [CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.186072.114) _Genome Res_ 25, 1043-1055 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/checkm) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm2.mdx new file mode 100644 index 00000000..fec6c87f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/checkm2.mdx @@ -0,0 +1,275 @@ +--- +title: checkm2 +description: "Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos." +tags: + - assembly-quality + - microbial-genomes + - machine-learning + - completeness + - bactopia-tool +--- + +# checkm2 + +**Tags:** assembly-quality microbial-genomes machine-learning completeness bactopia-tool + +Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) para avaliar a qualidade +de genomas microbianos obtidos a partir de isolados, células individuais e metagenomas, usando +abordagens avançadas de aprendizado de máquina. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf checkm2 \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/checkm2/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── checkm2- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── checkm2.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── diamond_output +│ │ └── DIAMOND_RESULTS.tsv +│ └── protein_files +│ └── .faa.gz +└── bactopia-runs + └── checkm2- + ├── merged-results + │ ├── checkm2.tsv + │ └── logs + │ └── checkm2-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── checkm2-dag.dot + ├── checkm2-report.html + └── checkm2-timeline.html +``` + +### Avaliação de Qualidade + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `diamond_output/**` | Diretório com resultados intermediários do processamento pelo CheckM2 | +| `protein_files/**` | Diretório contendo arquivos de proteínas usados na análise | +| `quality_report.tsv` | Arquivo de saída com estatísticas de completude | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `checkm2.tsv` | Arquivo TSV combinado com os resultados do CheckM2 de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| checkm2-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| checkm2-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| checkm2-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| checkm2-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Download do Banco de Dados do CheckM2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm2_db` | string | | Caminho para uma pasta contendo o banco de dados do CheckM2 (ou onde ele deve ser baixado). | +| `--download_checkm2` | boolean | `false` | Baixa o banco de dados do CheckM2 para o caminho indicado por --checkm2_db | + +### Parâmetros do CheckM2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm2_lowmem` | boolean | | Modo de baixo consumo de memória. Reduz o tamanho do bloco do DIAMOND para diminuir significativamente o uso de RAM, em troca de maior tempo de execução | +| `--checkm2_general` | boolean | | Força o uso do modelo geral de predição de qualidade (gradient boost) | +| `--checkm2_specific` | boolean | | Força o uso do modelo específico de predição de qualidade (rede neural) | +| `--checkm2_allmodels` | boolean | | Gera a predição de qualidade para ambos os modelos para cada genoma. | +| `--checkm2_genes` | boolean | | Trata os arquivos de entrada como arquivos de proteínas. [Padrão: False] | +| `--checkm2_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para o CheckM2 | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com o Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utiliza saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [checkm2](/developers/subworkflows/checkm2) - Avalia a completude de bins de metagenoma usando CheckM2. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) + Chklovksi A [Rapid assessment of genome bin quality using machine learning](https://github.com/chklovski/CheckM2) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/checkm2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/clermontyping.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/clermontyping.mdx new file mode 100644 index 00000000..c6d3068a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/clermontyping.mdx @@ -0,0 +1,263 @@ +--- +title: clermontyping +description: "Filotipagem in silico do gênero Escherichia." +tags: + - e-coli + - phylotyping + - phylogroups + - clermontyping + - bactopia-tool +--- + +# clermontyping + +**Tags:** e-coli phylotyping phylogroups clermontyping bactopia-tool + +Filotipagem _in silico_ do gênero Escherichia. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [ClermonTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping) +para realizar a predição _in silico_ do filotipo de genomas de _Escherichia_. Ele usa +montagens de genoma para classificá-los em _E. albertii_, _E. fergusonii_, clades +_Escherichia_ I–V, _E. coli sensu stricto_, bem como nos principais filogrupos de _E. coli_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf clermontyping \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/clermontyping/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── clermontyping- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── .blast.xml +│ ├── .html +│ └── .mash.tsv +└── bactopia-runs + └── clermontyping- + ├── merged-results + │ ├── clermontyping.tsv + │ └── logs + │ └── clermontyping-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── clermontyping-dag.dot + ├── clermontyping-report.html + └── clermontyping-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.blast.xml` | Arquivo XML do BLAST com os resultados da análise do ClermonTyping | +| `*.html` | Arquivo HTML com os resultados da análise do ClermonTyping | +| `*.mash.tsv` | Arquivo TSV com as distâncias Mash | +| `*.phylogroups.txt` | Arquivo TSV com as atribuições finais de filogrupos | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `clermontyping.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do ClermonTyping de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| clermontyping-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| clermontyping-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| clermontyping-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| clermontyping-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do ClermonTyping + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--clermontyping_threshold` | integer | `0` | Não utilizar contigs menores que este tamanho | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registry de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [clermontyping](/developers/subworkflows/clermontyping) - Predição de filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClermontTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping) + Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. [ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000192) Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/clermontyping) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/defensefinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/defensefinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..4db33bd3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/defensefinder.mdx @@ -0,0 +1,275 @@ +--- +title: defensefinder +description: "Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago." +tags: + - anti-phage + - defense-systems + - hmm + - protein-domains + - bactopia-tool +--- + +# defensefinder + +**Tags:** anti-phage defense-systems hmm protein-domains bactopia-tool + +Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. + +Esta ferramenta do Bactopia utiliza o [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) +para buscar e identificar sistematicamente todos os sistemas de defesa anti-fago +conhecidos em genomas bacterianos, utilizando detecção de domínios proteicos baseada em HMM. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf defensefinder \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/defensefinder/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── defensefinder- +│ ├── _defense_finder_genes.tsv +│ ├── _defense_finder_hmmer.tsv +│ ├── _defense_finder_systems.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── defensefinder- + ├── merged-results + │ ├── defensefinder-genes.tsv + │ ├── defensefinder-hmmer.tsv + │ ├── defensefinder-systems.tsv + │ └── logs + │ ├── defensefinder-genes-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── defensefinder-hmmer-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── defensefinder-systems-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── defensefinder-dag.dot + ├── defensefinder-report.html + └── defensefinder-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.prt` | Arquivo FASTA contendo todas as proteínas encontradas nos sistemas de defesa | +| `*.prt.idx` | Arquivo de índice para o arquivo de proteínas | +| `*defense_finder_genes.tsv` | Arquivo TSV com cada gene encontrado nos sistemas de defesa | +| `*defense_finder_hmmer.tsv` | Arquivo TSV com cada hit de HMM | +| `*defense_finder_systems.tsv` | Arquivo TSV com informações sobre cada sistema encontrado | +| `*.macsydata.tar.gz` | Arquivo de saída bruto do MACSyFinder (requer --defensefinder_preserveraw) | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `defensefinder-genes.tsv` | TSV consolidado de todos os genes encontrados nos sistemas de defesa | +| `defensefinder-hmmer.tsv` | TSV consolidado de todos os hits de HMM | +| `defensefinder-systems.tsv` | TSV consolidado de todas as informações sobre os sistemas encontrados | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| defensefinder-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| defensefinder-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| defensefinder-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| defensefinder-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do defense-finder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--defensefinder_coverage` | number | `0.4` | Porcentagem mínima de cobertura para cada perfil | +| `--defensefinder_dbtype` | string | `ordered_replicon` | A opção --db-type do macsyfinder (opções: `ordered_replicon`, `gembase`, `unordered`) | +| `--defensefinder_preserveraw` | boolean | | Preserva as saídas brutas do MacsyFinder junto com os resultados do Defense Finder no diretório de saída | +| `--defensefinder_nocutga` | boolean | | Avançado! Executa o macsyfinder no modo no-cut-ga. A validade dos genes e sistemas encontrados não é garantida! | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens do Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou ferramenta do Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e ferramentas do Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [defensefinder](/developers/subworkflows/defensefinder) - Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) + Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A [Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-30269-9) Nature Communications, 13(1), 2561. (2022) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/defensefinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ectyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ectyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..662c4ed5 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ectyper.mdx @@ -0,0 +1,262 @@ +--- +title: ectyper +description: "Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli." +tags: + - escherichia-coli + - serotyping + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# ectyper + +**Tags:** escherichia-coli serotyping fasta bactopia-tool + +Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) para realizar +a predição _in silico_ do sorotipo de genomas de _Escherichia coli_. Ela usa as montagens do genoma +para fornecer identificação básica de espécie e o sorotipo previsto de _E. coli_ (por exemplo, O174:H21). + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf ectyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/ectyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── ectyper- +│ ├── .blast_alleles.txt +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── ectyper.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── ectyper- + ├── merged-results + │ ├── ectyper.tsv + │ └── logs + │ └── ectyper-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── ectyper-dag.dot + ├── ectyper-report.html + └── ectyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com o resultado do ECTyper | +| `blast_output_alleles.txt` | Relatório de alelos gerado a partir dos resultados do BLAST | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `ectyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do ECTyper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| ectyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| ectyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| ectyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| ectyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do ECTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ectyper_opid` | integer | `90` | Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_opcov` | integer | `90` | Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_hpid` | integer | `95` | Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_hpcov` | integer | `50` | Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_verify` | boolean | `false` | Habilita a verificação de espécie de E. coli | +| `--ectyper_print_alleles` | boolean | `false` | Imprime as sequências dos alelos como coluna final, se habilitado | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar os datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) das filas separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [ectyper](/developers/subworkflows/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) + Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C [ECTyper - In silico prediction of _Escherichia coli_ serotype](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/ectyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/eggnog.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/eggnog.mdx new file mode 100644 index 00000000..575ad01e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/eggnog.mdx @@ -0,0 +1,265 @@ +--- +title: eggnog +description: "Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias." +tags: + - functional-annotation + - orthology + - proteins + - eggnog + - bactopia-tool +--- + +# eggnog + +**Tags:** functional-annotation orthology proteins eggnog bactopia-tool + +Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias. + +Esta Bactopia Tool usa o [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) para atribuir +anotação funcional a sequências de proteínas. O eggNOG-mapper utiliza grupos ortólogos e filogenias +do banco de dados eggNOG para realizar anotações funcionais mais precisas do que os métodos tradicionais baseados em homologia. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf eggnog \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/eggnog/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── eggnog- +│ ├── .emapper.annotations +│ ├── .emapper.hits +│ ├── .emapper.seed_orthologs +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── eggnog- + └── nf-reports + ├── eggnog-dag.dot + ├── eggnog-report.html + └── eggnog-timeline.html +``` + +### Anotação + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.emapper.annotations` | Resultados da fase de anotação | +| `*.emapper.hits` | Resultados da fase de busca (HMMER, Diamond ou MMseqs2) | +| `*.emapper.seed_orthologs` | Resultados da análise dos hits | +| `*.emapper.annotations.xlsx` | Anotações em formato Excel | +| `*.emapper.orthologs` | Lista de ortólogos encontrados para cada consulta | +| `*.emapper.genepred.fasta` | Sequências de CDS preditas | +| `*.emapper.gff` | GFF das CDS preditas | +| `*.emapper.no_annotations.fasta` | Sequências sem anotação | +| `*.emapper.pfam` | Posições dos domínios PFAM identificados | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| eggnog-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| eggnog-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| eggnog-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| eggnog-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Downloader do eggNOG + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--eggnog_db` | string | | Tarball ou caminho para os bancos de dados eggNOG | +| `--download_eggnog` | boolean | `false` | Necessário para baixar o banco de dados eggNOG mais recente; irá sobrescrever os bancos de dados existentes. | +| `--eggnog_save_as_tarball` | string | | Salva o banco de dados eggNOG como um único tarball | +| `--eggnog_skip_diamond` | boolean | `false` | Não instala o banco de dados diamond | +| `--eggnog_install_mmseq` | boolean | `false` | Instala o banco de dados MMseqs2 | +| `--eggnog_install_pfam` | boolean | `false` | Instala o banco de dados Pfam, necessário para anotação de novo ou realinhamento | +| `--eggnog_install_hmm` | boolean | `false` | Instala o banco de dados HMMER especificado com --hmmer_taxid | +| `--eggnog_hmmer_taxid` | integer | `2` | ID taxonômico do banco de dados HMM do eggNOG a ser baixado | + +### Parâmetros do eggNOG Mapper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--eggnog_genepred` | string | `search` | Método a ser usado para predição de genes (opções: `search`, `prodigal`) | +| `--eggnog_mode` | string | `diamond` | Método para busca nas sequências eggNOG (opções: `diamond`, `hmmer`, `mmseqs`, `cache`, `no_search`) | +| `--eggnog_opts` | string | | Opções extras do eggNOG Mapper entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados contra o schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [eggnog](/developers/subworkflows/eggnog) - Anotação funcional por atribuição de ortologia. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) + Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper.](http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx148) _Mol. Biol. Evol._ 34, 2115-2122 (2017) + +- [eggNOG 5.0 Database](http://eggnog.embl.de/) + Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Heller D, Hernández-Plaza A, Forslund SK, Cook H, Mende DR, Letunic I, Rattei T, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses.](https://doi.org/10.1093/nar/gky1085) _Nucleic Acids Res._ 47, D309-D314 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/eggnog) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/emmtyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/emmtyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..bbb415dd --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/emmtyper.mdx @@ -0,0 +1,263 @@ +--- +title: emmtyper +description: "emm-typing de montagens de Streptococcus pyogenes." +tags: + - streptococcus-pyogenes + - emm-typing + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# emmtyper + +**Tags:** streptococcus-pyogenes emm-typing fasta bactopia-tool + +emm-typing de montagens de Streptococcus pyogenes. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) para +emm-typing de _Streptococcus pyogenes_ usando uma montagem de novo ou completa. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf emmtyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/emmtyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── emmtyper- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── emmtyper- + ├── merged-results + │ ├── emmtyper.tsv + │ └── logs + │ └── emmtyper-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── emmtyper-dag.dot + ├── emmtyper-report.html + └── emmtyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com o resultado do emmtyper | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `emmtyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do emmtyper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao usar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| emmtyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| emmtyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| emmtyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| emmtyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do emmtyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--emmtyper_wf` | string | `blast` | Fluxo de trabalho para o emmtyper usar. (opções: `blast`, `pcr`) | +| `--emmtyper_blastdb` | string | | Caminho para um banco de dados EMM BLAST personalizado. | +| `--emmtyper_cluster_distance` | integer | `500` | Distância entre clusters de correspondências para considerar como clusters diferentes | +| `--emmtyper_percid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade da sequência | +| `--emmtyper_culling_limit` | integer | `5` | Total de hits a retornar em uma posição | +| `--emmtyper_mismatch` | integer | `5` | Limite para o número de mismatches permitidos em um hit BLAST | +| `--emmtyper_align_diff` | integer | `5` | Limite para a diferença entre o comprimento do alinhamento e o comprimento do sujeito no BLAST | +| `--emmtyper_gap` | integer | `2` | Limite de gap permitido em um hit BLAST | +| `--emmtyper_min_perfect` | integer | `15` | Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3 do primer | +| `--emmtyper_min_good` | integer | `15` | Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada mismatch | +| `--emmtyper_max_size` | integer | `2000` | Tamanho máximo do produto de PCR | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde puxar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a puxar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [emmtyper](/developers/subworkflows/emmtyper) - Prediz os tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens genômicas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) + Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A [emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/emmtyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/fastani.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/fastani.mdx new file mode 100644 index 00000000..ea3a6500 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/fastani.mdx @@ -0,0 +1,272 @@ +--- +title: fastani +description: "Cálculo rápido e sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média em escala genômica." +tags: + - ani + - average-nucleotide-identity + - similarity + - comparative-genomics + - bactopia-tool +--- + +# fastani + +**Tags:** ani average-nucleotide-identity similarity comparative-genomics bactopia-tool + +Cálculo rápido e sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média (ANI) em escala genômica. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) para calcular a +identidade nucleotídica média (ANI) entre amostras. Também é possível calcular o ANI em relação a +genomas de referência, baixando montagens do RefSeq via NCBI genome download. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf fastani \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/fastani/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +└── + └── fastani- + ├── GCF_020736045.1_ASM2073604v1_genomic + │ ├── GCF_020736045.1_ASM2073604v1_genomic.tsv + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── merged-results + │ ├── fastani.tsv + │ └── logs + │ └── fastani-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── fastani-dag.dot + ├── fastani-report.html + └── fastani-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resultados do FastANI das amostras em relação à referência | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `fastani.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados de ANI de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da execução. Podem ser usados para +otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados em plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| fastani-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| fastani-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| fastani-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| fastani-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve buscar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do fastANI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--fastani_reference` | string | | Caminho para o genoma de referência no formato FASTA | +| `--fastani_kmer` | integer | `16` | Tamanho do kmer (<= 16) para cálculo do ANI | +| `--fastani_min_fraction` | number | `0.2` | Fração mínima do genoma que deve ser compartilhada para confiar no ANI. | +| `--fastani_frag_len` | integer | `3000` | Tamanho do fragmento | +| `--fastani_skip_pairwise` | boolean | `false` | Usar apenas montagens do RefSeq ou locais para cálculos de ANI | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do NCBI Genome Download + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para baixar as montagens | +| `--accession` | string | | Um número de acesso de montagem do NCBI a ser baixado | +| `--accessions` | string | | Um arquivo com números de acesso de montagens do NCBI (um por linha) a serem baixados | +| `--format` | string | `fasta` | Lista de formatos a serem baixados, separados por vírgula | +| `--section` | string | `refseq` | Seção do NCBI para download | +| `--assembly_level` | string | `complete` | Lista de níveis de montagem a serem baixados, separados por vírgula | +| `--kingdom` | string | `bacteria` | Lista de formatos a serem baixados, separados por vírgula | +| `--limit` | string | | Limitar o número de montagens a serem baixadas | +| `--keep_downloads` | boolean | `false` | Salvar os arquivos baixados na pasta bactopia-runs | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto com nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto com nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas por vez | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) a serem usadas pelo agendador de jobs, separados por vírgula (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes de executar. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [fastani](/developers/subworkflows/fastani) - Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas. +- [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) - Baixa genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) + Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S [High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.](http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9) _Nat. Commun._ 9, 5114 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/fastani) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gamma.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gamma.mdx new file mode 100644 index 00000000..9943e077 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gamma.mdx @@ -0,0 +1,261 @@ +--- +title: gamma +description: "Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos." +tags: + - gene-annotation + - protein-classification + - translation + - gamma + - bactopia-tool +--- + +# gamma + +**Tags:** gene-annotation protein-classification translation gamma bactopia-tool + +Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. + +Esta Bactopia Tool usa o [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA) para identificar, classificar e anotar +correspondências de genes traduzidos a partir de montagens, utilizando um banco de dados abrangente de proteínas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf gamma \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/gamma/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── gamma- +│ └── gamma- +│ ├── .gamma +│ ├── .psl +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── gamma- + ├── merged-results + │ ├── gamma.tsv + │ └── logs + │ └── gamma-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── gamma-dag.dot + ├── gamma-report.html + └── gamma-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com os resultados de classificação gênica | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `gamma.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do GAMMA de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| gamma-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| gamma-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| gamma-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| gamma-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do GAMMA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gamma_db` | string | | Um banco de dados de genes (FASTA) para o GAMMA | +| `--gamma_percent_identity` | integer | `90` | A identidade mínima de sequência nucleotídica (%) usada pela busca Blat | +| `--gamma_all_matches` | boolean | `false` | Inclui todas as correspondências de genes, incluindo sobreposições | +| `--gamma_extended` | boolean | `false` | Escreve todas as mutações proteicas | +| `--gamma_write_fasta` | boolean | `false` | Escreve FASTA das correspondências de genes | +| `--gamma_write_gff` | boolean | `false` | Escreve as correspondências de genes como arquivo GFF | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [gamma](/developers/subworkflows/gamma) - Gene Allele Mutation Microbial Assessment. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA) + Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL [GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab607) _Bioinformatics_ (2021) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/gamma) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/genotyphi.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/genotyphi.mdx new file mode 100644 index 00000000..cca07c71 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/genotyphi.mdx @@ -0,0 +1,283 @@ +--- +title: genotyphi +description: "Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem." +tags: + - salmonella-typhi + - genotyping + - lineage + - amr + - mykrobe + - bactopia-tool +--- + +# genotyphi + +**Tags:** salmonella-typhi genotyping lineage amr mykrobe bactopia-tool + +Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [GenoTyphi](https://github.com/typhoidgenomics/genotyphi) para +identificar linhagens de Typhi, determinantes de resistência antimicrobiana e marcadores plasmidiais em amostras de Salmonella Typhi. +As amostras são processadas primeiro pelo [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) usando `mykrobe predict` +com `typhi` especificado como espécie. Em seguida, os resultados do Mykrobe são processados pelo +script parse_typhi_mykrobe.py do GenoTyphi. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf genotyphi \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/genotyphi/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── genotyphi- +│ ├── .csv +│ ├── .json +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── genotyphi- +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── mykrobe +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── genotyphi- + ├── merged-results + │ ├── genotyphi.tsv + │ └── logs + │ └── genotyphi-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── genotyphi-dag.dot + ├── genotyphi-report.html + └── genotyphi-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.json` | Resultados da predição do Mykrobe | +| `*.tsv` | Resultados processados pelo GenoTyphi | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `genotyphi.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do GenoTyphi de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil configurado | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| genotyphi-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| genotyphi-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| genotyphi-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| genotyphi-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do Mykrobe + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mykrobe_species` | string | | Painel de espécie a utilizar (opções: `sonnei`, `staph`, `tb`, `typhi`) | +| `--mykrobe_kmer` | integer | `21` | Comprimento do K-mer | +| `--mykrobe_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--mykrobe_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genotipagem utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--mykrobe_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do GenoTyphi + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--genotyphi_kmer` | integer | `21` | Comprimento do K-mer | +| `--genotyphi_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--genotyphi_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genotipagem utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--genotyphi_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--genotyphi_mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) - Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) + Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. [An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid](https://doi.org/10.1038/ncomms12827) _Nature Communications_ 7, 12827. (2016) + +- [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) + Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/genotyphi) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..73c70d74 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gigatyper.mdx @@ -0,0 +1,253 @@ +--- +title: gigatyper +description: "Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem" +tags: + - mlst + - typing + - multi-scheme + - bactopia-tool +--- + +# gigatyper + +**Tags:** mlst typing multi-scheme bactopia-tool + +Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem + +Esta Bactopia Tool utiliza o [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) para executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf gigatyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/gigatyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── gigatyper- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── gigatyper- + ├── merged-results + │ ├── gigatyper.tsv + │ └── logs + │ └── gigatyper-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── gigatyper-dag.dot + ├── gigatyper-report.html + └── gigatyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resultados MLST em todos os esquemas | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `gigatyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do gigatyper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio utilizado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow utiliza para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| gigatyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| gigatyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| gigatyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| gigatyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do GigaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gigatyper_species` | string | | Força uma espécie específica para seleção de esquema | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método utilizado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será removido. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros utilizados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão obtidos. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a obter e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados pelo agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser convenientes. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow obteve o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [gigatyper](/developers/subworkflows/gigatyper) - Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) + Petit III RA, Fearing T, Groves E [GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all?](https://github.com/rpetit3/gigatyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/gigatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gtdb.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gtdb.mdx new file mode 100644 index 00000000..9d48d9ca --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/gtdb.mdx @@ -0,0 +1,278 @@ +--- +title: gtdb +description: "Identifique genes marcadores e atribua classificações taxonômicas usando GTDB." +tags: + - taxonomy + - classification + - marker-genes + - phylogeny + - gtdb + - bactopia-tool +--- + +# gtdb + +**Tags:** taxonomy classification marker-genes phylogeny gtdb bactopia-tool + +Identifique genes marcadores e atribua classificações taxonômicas usando GTDB. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o fluxo de trabalho de classificação do [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) +para atribuir classificações taxonômicas às amostras usando o +[Genome Taxonomy Database](https://gtdb.ecogenomic.org/). + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf gtdb \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/gtdb/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── gtdb- +│ ├── .bac120.summary.tsv +│ ├── logs +│ │ ├── gtdbtk.log +│ │ ├── gtdbtk.warnings.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── classify +│ │ └── ani_screen +│ │ └── .bac120.ani_summary.tsv +│ └── gtdbtk.json +└── bactopia-runs + └── gtdb- + ├── merged-results + │ ├── gtdb.tsv + │ └── logs + │ └── gtdb-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── gtdb-dag.dot + ├── gtdb-report.html + └── gtdb-timeline.html +``` + +### Classificação Taxonômica + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.summary.tsv` | Resumo da classificação taxonômica | +| `*.gtdbtk.tsv` | Resultados detalhados do GTDB-Tk | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `gtdb.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resultados do GTDB de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| gtdb-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| gtdb-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| gtdb-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| gtdb-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Configuração do Banco de Dados GTDB-Tk + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gtdb` | string | | Tarball ou caminho de um banco de dados GTDB. Se um banco de dados não for encontrado, você deve usar '--download_gtdb' | +| `--download_gtdb` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados GTDB mais recente, mesmo que já exista | +| `--gtdb_save_as_tarball` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados GTDB mais recente e salvá-lo em um único tarball | + +### Parâmetros de Classificação GTDB + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gtdb_min_af` | number | `0.65` | Fração mínima de alinhamento para considerar o genoma mais próximo | +| `--gtdb_min_perc_aa` | integer | `10` | Filtrar genomas com uma porcentagem insuficiente de AA no MSA | +| `--gtdb_tmp` | string | `/tmp` | Especificar diretório alternativo para arquivos temporários | +| `--gtdb_use_scratch` | boolean | `false` | Reduzir o uso de memória do pplacer escrevendo no local --gtdb_tmp (mais lento) | +| `--gtdb_debug` | boolean | `false` | Criar arquivos intermediários para fins de depuração | +| `--gtdb_keep_msa` | boolean | `false` | Manter o arquivo MSA para todos os genomas submetidos e de referência | +| `--force_gtdb` | boolean | `false` | Continuar o processamento se ocorrer um erro em um único genoma | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL da configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os containers Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [gtdb](/developers/subworkflows/gtdb) - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Genome Taxonomy Database](https://gtdb.ecogenomic.org/) + Parks DH, Chuvochina M, Rinke C, Mussig AJ, Chaumeil P-A, Hugenholtz P [GTDB: an ongoing census of bacterial and archaeal diversity through a phylogenetically consistent, rank normalized and complete genome-based taxonomy](https://doi.org/10.1093/nar/gkab776) _Nucleic Acids Research_ gkab776 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/gtdb) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hicap.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hicap.mdx new file mode 100644 index 00000000..aedddd63 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hicap.mdx @@ -0,0 +1,270 @@ +--- +title: hicap +description: "Identificar o sorotipo e a estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae." +tags: + - haemophilus-influenzae + - serotyping + - capsular-locus + - bactopia-tool +--- + +# hicap + +**Tags:** haemophilus-influenzae serotyping capsular-locus bactopia-tool + +Identificar o sorotipo e a estrutura do locus cap em montagens de _Haemophilus influenzae_. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) com montagens para +tipagem _in silico_ do locus capsular de _Haemophilus influenzae_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf hicap \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/hicap/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── hicap- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── GCF_900478275 +│ └── tools +│ └── hicap- +│ ├── GCF_900478275.gbk +│ ├── GCF_900478275.svg +│ ├── GCF_900478275.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── hicap- + ├── merged-results + │ ├── hicap.tsv + │ └── logs + │ └── hicap-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── hicap-dag.dot + ├── hicap-report.html + └── hicap-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.summary` | Resumo da predição de sorotipo | +| `*.gff` | Locus capsular anotado em formato GFF | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `hicap.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do hicap de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| hicap-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| hicap-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| hicap-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| hicap-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do hicap + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--hicap_database_dir` | string | | Diretório contendo o banco de dados do locus | +| `--hicap_model_fp` | string | | Caminho para o modelo do prodigal | +| `--hicap_full_sequence` | boolean | `false` | Escreve a sequência de entrada completa no arquivo genbank em vez de apenas a região ao redor e incluindo o locus | +| `--hicap_debug` | boolean | `false` | O hicap exibirá mensagens de depuração | +| `--hicap_gene_coverage` | number | `0.8` | Cobertura mínima em percentual para considerar um único gene completo | +| `--hicap_gene_identity` | number | `0.7` | Identidade mínima em percentual para considerar um único gene completo | +| `--hicap_broken_gene_length` | integer | `60` | Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado | +| `--hicap_broken_gene_identity` | number | `0.8` | Identidade mínima em percentual para considerar um gene quebrado | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [hicap](/developers/subworkflows/hicap) - Sorotipagem _in silico_ do locus capsular de Haemophilus influenzae. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) + Watts SC, Holt KE [hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus.](https://doi.org/10.1128/JCM.00190-19) _Journal of Clinical Microbiology_ JCM.00190-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/hicap) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hpsuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hpsuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..0f0a36ae --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/hpsuissero.mdx @@ -0,0 +1,247 @@ +--- +title: hpsuissero +description: "Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis." +tags: + - haemophilus-parasuis + - serotyping + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# hpsuissero + +**Tags:** haemophilus-parasuis serotyping fasta bactopia-tool + +Predição de sorotipo de montagens de _Haemophilus parasuis_. + +Esta Ferramenta Bactopia usa o [HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) para predizer +o sorotipo de montagens de _Haemophilus parasuis_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf hpsuissero \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/hpsuissero/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── hpsuissero- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── hpsuissero- + ├── merged-results + │ ├── hpsuissero.tsv + │ └── logs + │ └── hpsuissero-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── hpsuissero-dag.dot + ├── hpsuissero-report.html + └── hpsuissero-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.summary` | Resumo da predição de sorotipo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `hpsuissero.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do HpsuisSero de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| hpsuissero-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| hpsuissero-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| hpsuissero-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| hpsuissero-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os containers Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [hpsuissero](/developers/subworkflows/hpsuissero) - Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) + Lui J [HpsuisSero: Rapid _Haemophilus parasuis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/hpsuissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..312620e8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/index.mdx @@ -0,0 +1,81 @@ +--- +title: Bactopia Tools +description: Todos os fluxos de trabalho de Bactopia Tools disponíveis +sidebar_position: 2 +--- + +# Bactopia Tools + +Bactopia Tools são fluxos de trabalho de análise adicionais que executam ferramentas específicas sobre resultados existentes do Bactopia. Há 69 Bactopia Tools disponíveis. Você também pode [navegar por tag](/bactopia-tools/tags). + +| Fluxo de trabalho | Descrição | +|----------|-------------| +| [abricate](/bactopia-tools/abricate) | Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. | +| [abritamr](/bactopia-tools/abritamr) | Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana. | +| [agrvate](/bactopia-tools/agrvate) | Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr de Staphylococcus aureus. | +| [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) | Bactopia Tool: Amrfinderplus. | +| [ariba](/bactopia-tools/ariba) | Identificação de genes por meio de montagens locais. | +| [bakta](/bactopia-tools/bakta) | Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos. | +| [blastn](/bactopia-tools/blastn) | Busca em bancos de dados de nucleotídeos BLAST usando consultas de nucleotídeos. | +| [blastp](/bactopia-tools/blastp) | Busca em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de proteínas. | +| [blastx](/bactopia-tools/blastx) | Busca em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidos. | +| [bracken](/bactopia-tools/bracken) | Estimativa de abundância taxonômica de amostras metagenômicas. | +| [btyper3](/bactopia-tools/btyper3) | Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus. | +| [busco](/bactopia-tools/busco) | Avaliação da completude da montagem de genomas usando expectativas evolutivas. | +| [checkm](/bactopia-tools/checkm) | Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos. | +| [checkm2](/bactopia-tools/checkm2) | Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos baseada em aprendizado de máquina. | +| [clermontyping](/bactopia-tools/clermontyping) | Filotipagem in silico do gênero Escherichia. | +| [defensefinder](/bactopia-tools/defensefinder) | Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. | +| [ectyper](/bactopia-tools/ectyper) | Predição in silico do 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--git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ismapper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ismapper.mdx new file mode 100644 index 00000000..d369f46b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ismapper.mdx @@ -0,0 +1,1291 @@ +--- +title: ismapper +description: "Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos." +tags: + - insertion-sequences + - transposons + - comparative-genomics + - bactopia-tool +--- + +# ismapper + +**Tags:** insertion-sequences transposons comparative-genomics bactopia-tool + +Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos. + +Esta Ferramenta Bactopia usa o [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) para identificar +sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos a partir de dados de sequenciamento de reads curtos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf ismapper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/ismapper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── ismapper- +│ └── is1016.fasta +│ ├── logs +│ │ ├── .log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ └── IS1016V1_IS1595_IS1016 +│ ├── _IS1016V1_IS1595_IS1016_left_final.fastq.gz +│ ├── _IS1016V1_IS1595_IS1016_right_final.fastq.gz +│ ├── ___10_closest.bed.gz +│ ├── ___10_intersect.bed.gz +│ ├── ___10_table.txt +│ ├── ___11_closest.bed.gz +│ ├── ___11_intersect.bed.gz +│ ├── ___11_table.txt +│ ├── ___12_closest.bed.gz +│ ├── ___12_intersect.bed.gz +│ ├── ___12_table.txt +│ ├── ___13_closest.bed.gz +│ ├── ___13_intersect.bed.gz +│ ├── ___13_table.txt +│ ├── ___14_closest.bed.gz +│ ├── ___14_intersect.bed.gz +│ ├── ___14_table.txt +│ ├── ___15_closest.bed.gz +│ ├── 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_right__2_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__3.sorted.bam +│ ├── _right__3.sorted.bam.bai +│ ├── _right__30.sorted.bam +│ ├── _right__30.sorted.bam.bai +│ ├── _right__30_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__30_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__30_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__31.sorted.bam +│ ├── _right__31.sorted.bam.bai +│ ├── _right__31_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__31_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__31_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__32.sorted.bam +│ ├── _right__32.sorted.bam.bai +│ ├── _right__32_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__32_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__32_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__33.sorted.bam +│ ├── _right__33.sorted.bam.bai +│ ├── _right__33_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__33_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__33_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__34.sorted.bam +│ ├── _right__34.sorted.bam.bai +│ ├── _right__34_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__34_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__34_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__35.sorted.bam +│ ├── _right__35.sorted.bam.bai +│ ├── _right__35_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__35_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__35_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__36.sorted.bam +│ ├── _right__36.sorted.bam.bai +│ ├── _right__36_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__36_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__36_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__37.sorted.bam +│ ├── _right__37.sorted.bam.bai +│ ├── _right__37_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__37_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__37_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__38.sorted.bam +│ ├── _right__38.sorted.bam.bai +│ ├── _right__38_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__38_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__38_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__39.sorted.bam +│ ├── _right__39.sorted.bam.bai +│ ├── _right__39_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__39_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__39_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__3_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__3_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__3_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__4.sorted.bam +│ ├── _right__4.sorted.bam.bai +│ ├── _right__40.sorted.bam +│ ├── _right__40.sorted.bam.bai +│ ├── _right__40_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__40_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__40_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__41.sorted.bam +│ ├── _right__41.sorted.bam.bai +│ ├── _right__41_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__41_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__41_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__42.sorted.bam +│ ├── _right__42.sorted.bam.bai +│ ├── _right__42_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__42_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__42_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__43.sorted.bam +│ ├── _right__43.sorted.bam.bai +│ ├── _right__43_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__43_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__43_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__44.sorted.bam +│ ├── _right__44.sorted.bam.bai +│ ├── _right__44_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__44_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__44_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__45.sorted.bam +│ ├── _right__45.sorted.bam.bai +│ ├── _right__45_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__45_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__45_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__46.sorted.bam +│ ├── _right__46.sorted.bam.bai +│ ├── _right__46_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__46_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__46_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__47.sorted.bam +│ ├── _right__47.sorted.bam.bai +│ ├── _right__47_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__47_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__47_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__48.sorted.bam +│ ├── _right__48.sorted.bam.bai +│ ├── _right__48_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__48_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__48_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__49.sorted.bam +│ ├── _right__49.sorted.bam.bai +│ ├── _right__49_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__49_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__49_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__4_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__4_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__4_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__5.sorted.bam +│ ├── _right__5.sorted.bam.bai +│ ├── _right__50.sorted.bam +│ ├── _right__50.sorted.bam.bai +│ ├── _right__50_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__50_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__50_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__51.sorted.bam +│ ├── _right__51.sorted.bam.bai +│ ├── _right__51_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__51_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__51_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__52.sorted.bam +│ ├── _right__52.sorted.bam.bai +│ ├── _right__52_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__52_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__52_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__53.sorted.bam +│ ├── _right__53.sorted.bam.bai +│ ├── _right__53_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__53_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__53_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__54.sorted.bam +│ ├── _right__54.sorted.bam.bai +│ ├── _right__54_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__54_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__54_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__55.sorted.bam +│ ├── _right__55.sorted.bam.bai +│ ├── _right__55_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__55_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__55_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__56.sorted.bam +│ ├── _right__56.sorted.bam.bai +│ ├── _right__56_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__56_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__56_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__57.sorted.bam +│ ├── _right__57.sorted.bam.bai +│ ├── _right__57_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__57_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__57_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__58.sorted.bam +│ ├── _right__58.sorted.bam.bai +│ ├── _right__58_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__58_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__58_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__59.sorted.bam +│ ├── _right__59.sorted.bam.bai +│ ├── _right__59_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__59_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__59_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__5_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__5_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__5_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__6.sorted.bam +│ ├── _right__6.sorted.bam.bai +│ ├── _right__60.sorted.bam +│ ├── _right__60.sorted.bam.bai +│ ├── _right__60_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__60_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__60_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__61.sorted.bam +│ ├── _right__61.sorted.bam.bai +│ ├── _right__61_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__61_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__61_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__62.sorted.bam +│ ├── _right__62.sorted.bam.bai +│ ├── _right__62_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__62_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__62_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__63.sorted.bam +│ ├── _right__63.sorted.bam.bai +│ ├── _right__63_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__63_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__63_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__64.sorted.bam +│ ├── _right__64.sorted.bam.bai +│ ├── _right__64_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__64_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__64_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__65.sorted.bam +│ ├── _right__65.sorted.bam.bai +│ ├── _right__65_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__65_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__65_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__66.sorted.bam +│ ├── _right__66.sorted.bam.bai +│ ├── _right__66_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__66_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__66_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__67.sorted.bam +│ ├── _right__67.sorted.bam.bai +│ ├── _right__67_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__67_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__67_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__68.sorted.bam +│ ├── _right__68.sorted.bam.bai +│ ├── _right__68_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__68_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__68_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__69.sorted.bam +│ ├── _right__69.sorted.bam.bai +│ ├── _right__69_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__69_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__69_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__6_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__6_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__6_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__7.sorted.bam +│ ├── _right__7.sorted.bam.bai +│ ├── _right__70.sorted.bam +│ ├── _right__70.sorted.bam.bai +│ ├── _right__70_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__70_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__70_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__71.sorted.bam +│ ├── _right__71.sorted.bam.bai +│ ├── _right__71_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__71_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__71_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__72.sorted.bam +│ ├── _right__72.sorted.bam.bai +│ ├── _right__72_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__72_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__72_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__73.sorted.bam +│ ├── _right__73.sorted.bam.bai +│ ├── _right__73_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__73_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__73_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__74.sorted.bam +│ ├── _right__74.sorted.bam.bai +│ ├── _right__74_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__74_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__74_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__75.sorted.bam +│ ├── _right__75.sorted.bam.bai +│ ├── _right__75_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__75_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__75_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__76.sorted.bam +│ ├── _right__76.sorted.bam.bai +│ ├── _right__76_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__76_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__76_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__77.sorted.bam +│ ├── _right__77.sorted.bam.bai +│ ├── _right__77_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__77_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__77_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__78.sorted.bam +│ ├── _right__78.sorted.bam.bai +│ ├── _right__78_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__78_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__78_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__79.sorted.bam +│ ├── _right__79.sorted.bam.bai +│ ├── _right__79_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__79_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__79_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__7_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__7_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__7_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__8.sorted.bam +│ ├── _right__8.sorted.bam.bai +│ ├── _right__80_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__80_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__80_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__8_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__8_merged.sorted.bed.gz +│ ├── _right__8_unpaired.bed.gz +│ ├── _right__9.sorted.bam +│ ├── _right__9.sorted.bam.bai +│ ├── _right__9_finalcov.bed.gz +│ ├── _right__9_merged.sorted.bed.gz +│ └── _right__9_unpaired.bed.gz +└── bactopia-runs + └── ismapper- + └── nf-reports + ├── ismapper-dag.dot + ├── ismapper-report.html + └── ismapper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.vcf` | Arquivo VCF com as chamadas de sítios de inserção | +| `*.txt` | Resumo dos resultados de sítios de inserção | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `ismapper.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do ISMapper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/limpar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados em plataformas de nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| ismapper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| ismapper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| ismapper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| ismapper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do ISMapper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--reference` | string | | Genoma de referência para tipagem no formato GenBank | +| `--insertions` | string | | Arquivo multifasta com a(s) sequência(s) de inserção a serem mapeadas | +| `--ismapper_min_clip` | integer | `10` | Tamanho mínimo para a região softclipped ser extraída do mapeamento inicial | +| `--ismapper_max_clip` | integer | `30` | Tamanho máximo para as regiões softclipped serem incluídas | +| `--ismapper_cutoff` | integer | `6` | Profundidade mínima para a região mapeada ser mantida no arquivo bed | +| `--ismapper_novel_gap_size` | integer | `15` | Distância em pares de bases entre os flancos esquerdo e direito para ser considerado um novo hit | +| `--ismapper_min_range` | number | `0.9` | Percentual mínimo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido | +| `--ismapper_max_range` | number | `1.1` | Percentual máximo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido | +| `--ismapper_merging` | integer | `100` | Valor para a fusão dos hits esquerdos e direitos nos arquivos bed, simplificando o cálculo das regiões mais próximas e interseccionadas | +| `--ismapper_all` | boolean | `false` | Ativa o relatório de todos os alinhamentos para o bwa | +| `--ismapper_minqual` | integer | `30` | Pontuação de qualidade de mapeamento para o bwa | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser convenientes em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [ismapper](/developers/subworkflows/ismapper) - Identificar sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) + Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE [ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data](http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-1860-2). _BMC Genomics_ 16, 667 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/ismapper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kleborate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kleborate.mdx new file mode 100644 index 00000000..433d374b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kleborate.mdx @@ -0,0 +1,260 @@ +--- +title: kleborate +description: "Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência." +tags: + - klebsiella + - mlst + - virulence + - amr + - serotyping + - bactopia-tool +--- + +# kleborate + +**Tags:** klebsiella mlst virulence amr serotyping bactopia-tool + +Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) para triagem de montagens genômicas de +_Klebsiella pneumoniae_ e do complexo de espécies _Klebsiella pneumoniae_ (KpSC). O Kleborate prediz: +MLST, espécie, loci de virulência associados ao ICEKp, loci associados a plasmídeos de virulência, +determinantes de resistência antimicrobiana e sorotipo K (cápsula) e antígeno O (LPS). + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf kleborate \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/kleborate/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── kleborate- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── kleborate- + ├── merged-results + │ ├── kleborate.tsv + │ └── logs + │ └── kleborate-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── kleborate-dag.dot + ├── kleborate-report.html + └── kleborate-timeline.html +``` + +### Análise Abrangente + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.kleborate.tsv` | Relatório abrangente do Kleborate | +| `*-resistance.tsv` | Resumo dos determinantes de resistência antimicrobiana | +| `*-virulence.tsv` | Resumo dos genes de virulência | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `kleborate.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do Kleborate de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| kleborate-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| kleborate-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| kleborate-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| kleborate-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Kleborate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kleborate_preset` | string | `kpsc` | Módulo predefinido a ser usado pelo Kleborate (opções: `kpsc`, `kosc`, `escherichia`) | +| `--kleborate_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Kleborate | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá os arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para obter containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [kleborate](/developers/subworkflows/kleborate) - Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) + Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE [A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.](https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3) _Nat Commun_ 12, 4188 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/kleborate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kraken2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kraken2.mdx new file mode 100644 index 00000000..9b9a93ff --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/kraken2.mdx @@ -0,0 +1,257 @@ +--- +title: kraken2 +description: "Classificação taxonômica de reads de sequências metagenômicas." +tags: + - taxonomy + - metagenomics + - classification + - fastq + - kraken2 + - bactopia-tool +--- + +# kraken2 + +**Tags:** taxonomy metagenomics classification fastq kraken2 bactopia-tool + +Classificação taxonômica de reads de sequências metagenômicas. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) para atribuir +classificações taxonômicas a reads de sequências metagenômicas. Ela gera relatórios de +atribuições taxonômicas e cria gráficos Krona interativos para visualização dos resultados +de classificação. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf kraken2 \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/kraken2/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── kraken2- +│ ├── .kraken2.report.txt +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── kraken2- + └── nf-reports + ├── kraken2-dag.dot + ├── kraken2-report.html + └── kraken2-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.report` | Relatório de classificação taxonômica do Kraken2 | +| `*.kraken2` | Resultados de classificação do Kraken2 | +| `*.html` | Relatório HTML interativo do Krona | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `merged-report` | Relatórios do Kraken2 consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para +otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| kraken2-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| kraken2-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| kraken2-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| kraken2-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Kraken2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kraken2_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados no formato Kraken2 | +| `--kraken2_quick_mode` | boolean | `false` | Operação rápida (usa o primeiro hit ou hits) | +| `--kraken2_confidence` | number | `0.0` | Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1 | +| `--kraken2_minimum_base_quality` | integer | `0` | Qualidade mínima de base utilizada na classificação | +| `--kraken2_use_mpa_style` | boolean | `false` | Formata a saída do relatório no estilo kraken-mpa-report do Kraken 1 | +| `--kraken2_report_zero_counts` | boolean | `false` | Reporta contagens para TODOS os táxons, mesmo que as contagens sejam zero | +| `--kraken2_report_minimizer_data` | boolean | `false` | Inclui informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório | +| `--kraken2_use_names` | boolean | `false` | Imprime nomes científicos em vez de apenas taxids | +| `--kraken2_memory_mapping` | boolean | `false` | Evita carregar o banco de dados na RAM | +| `--kraken2_minimum_hit_groups` | integer | `2` | Número mínimo de grupos de hits necessários para realizar uma chamada | +| `--kraken2_keep_filtered_reads` | boolean | `false` | Mantém os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2 | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [kraken2](/developers/subworkflows/kraken2) - Classifica reads metagenômicos usando o Kraken2. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/kraken2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/legsta.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/legsta.mdx new file mode 100644 index 00000000..1739f908 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/legsta.mdx @@ -0,0 +1,254 @@ +--- +title: legsta +description: "Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila." +tags: + - legionella-pneumophila + - sbt + - typing + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# legsta + +**Tags:** legionella-pneumophila sbt typing fasta bactopia-tool + +Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) para +Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de _Legionella pneumophila_ _in silico_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf legsta \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/legsta/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── legsta- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── legsta- + ├── merged-results + │ ├── legsta.tsv + │ └── logs + │ └── legsta-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── legsta-dag.dot + ├── legsta-report.html + └── legsta-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados da tipagem SBT | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `legsta.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do legsta de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| legsta-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| legsta-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| legsta-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| legsta-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do legsta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--legsta_noheader` | boolean | `false` | Não imprime a linha de cabeçalho | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para armazenar logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utiliza saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes de iniciar a execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [legsta](/developers/subworkflows/legsta) - Tipagem Baseada em Sequência de Legionella pneumophila in silico. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) + Seemann T [legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing](https://github.com/tseemann/legsta) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/legsta) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/lissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/lissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..db0c4bfc --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/lissero.mdx @@ -0,0 +1,254 @@ +--- +title: lissero +description: "Predição de sorogrupo para Listeria monocytogenes." +tags: + - listeria-monocytogenes + - serotyping + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# lissero + +**Tags:** listeria-monocytogenes serotyping fasta bactopia-tool + +Predição de sorogrupo para _Listeria monocytogenes_. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) para +predição de sorotipo _in silico_ em montagens de _Listeria monocytogenes_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf lissero \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/lissero/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── lissero- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── lissero- + ├── merged-results + │ ├── lissero.tsv + │ └── logs + │ └── lissero-concat + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── nf-reports + ├── lissero-dag.dot + ├── lissero-report.html + └── lissero-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resultados da predição de sorotipo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `lissero.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do LisSero de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| lissero-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| lissero-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| lissero-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| lissero-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do LisSero + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--lissero_min_id` | number | `95.0` | Percentual mínimo de identidade para aceitar uma correspondência | +| `--lissero_min_cov` | number | `95.0` | Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde serão baixados os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [lissero](/developers/subworkflows/lissero) - Predição de sorotipo _in silico_ para _Listeria monocytogenes_. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) + Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A [LisSero - _In silico_ serotype prediction for _Listeria monocytogenes_](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/lissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashdist.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashdist.mdx new file mode 100644 index 00000000..e69b65c4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashdist.mdx @@ -0,0 +1,265 @@ +--- +title: mashdist +description: "Calcule distâncias Mash entre sequências e genomas de referência." +tags: + - mash + - distance + - similarity + - comparative-genomics + - bactopia-tool +--- + +# mashdist + +**Tags:** mash distance similarity comparative-genomics bactopia-tool + +Calcule distâncias Mash entre sequências e genomas de referência. + +Esta Ferramenta Bactopia usa o [Mash](https://github.com/marbl/Mash) para determinar a +distância Mash de amostras em relação a sketches de genomas de referência para comparação +genômica rápida. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mashdist \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mashdist/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── mashdist- +│ └── mashdist- +│ ├── -dist.txt +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── mashdist- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── mashdist-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── mashdist.tsv + └── nf-reports + ├── mashdist-dag.dot + ├── mashdist-report.html + └── mashdist-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados de distância Mash para cada amostra | + +### Resultados Mesclados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mashdist.tsv` | Arquivo TSV mesclado contendo as distâncias Mash de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| mashdist-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mashdist-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mashdist-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mashdist-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do mashdist + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mash_sketch` | string | | A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh) | +| `--mash_seed` | integer | `42` | Semente fornecida à função de hash | +| `--mash_table` | boolean | `false` | Saída em formato de tabela (os campos ficarão em branco se não atenderem ao limiar de p-valor) | +| `--mash_m` | integer | `1` | Número mínimo de cópias de cada k-mer necessário para passar no filtro de ruído para reads | +| `--mash_w` | number | `0.01` | Limiar de probabilidade para aviso sobre tamanho de k-mer baixo. | +| `--mash_max_p` | number | `1.0` | Valor máximo de p-valor a reportar. | +| `--mash_max_dist` | number | `1.0` | Distância máxima a reportar. | +| `--merlin_dist` | number | `0.1` | Distância máxima a reportar ao usar Merlin. | +| `--full_merlin` | boolean | `false` | Ativar o modo completo do Merlin e executar todas as ferramentas específicas de espécie, independentemente da distância Mash | +| `--mash_use_fastqs` | boolean | `false` | Consultar usando FASTQs em vez das montagens | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, force o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [mashdist](/developers/subworkflows/mashdist) - Calcular distâncias Mash entre sequências e uma referência. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mashdist) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashtree.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashtree.mdx new file mode 100644 index 00000000..8dccac10 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mashtree.mdx @@ -0,0 +1,262 @@ +--- +title: mashtree +description: "Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash." +tags: + - phylogeny + - tree + - mash + - distance + - comparative-genomics + - bactopia-tool +--- + +# mashtree + +**Tags:** phylogeny tree mash distance comparative-genomics bactopia-tool + +Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) para criar uma árvore filogenética +das amostras usando distâncias [Mash](https://github.com/marbl/Mash). É possível incluir genomas de referência +do RefSeq realizando o download com NCBI genome download. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mashtree \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mashtree/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +└── + └── mashtree- + ├── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── mashtree.dnd + ├── mashtree.tsv + └── nf-reports + ├── mashtree-dag.dot + ├── mashtree-report.html + └── mashtree-timeline.html +``` + +### Análise Filogenética + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mashtree.dnd` | Arquivo de árvore no formato Newick | +| `mashtree.tsv` | Matriz de distâncias delimitada por tabulação | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mashtree-summary.tsv` | Resumo consolidado de todos os resultados do Mashtree | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| mashtree-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mashtree-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mashtree-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mashtree-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Mashtree + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mashtree_trunclength` | integer | `250` | Quantos caracteres manter no nome de um arquivo | +| `--mashtree_sortorder` | string | `ABC` | Para neighbor-joining, a ordem de classificação pode fazer diferença. (opções: `ABC`, `random`, `input-order`) | +| `--mashtree_genomesize` | integer | `5000000` | Tamanho do genoma das amostras de entrada | +| `--mashtree_mindepth` | integer | `5` | Se mindepth for zero, será escolhido de forma inteligente porém mais lenta, para descartar kmers de menor abundância. | +| `--mashtree_kmerlength` | integer | `21` | Os hashes serão baseados em sequências com esse número de nucleotídeos | +| `--mashtree_sketchsize` | integer | `10000` | Cada sketch terá no máximo esse número de min-hashes não redundantes | +| `--mashtree_save_sketches` | boolean | `false` | Salvar os sketches criados durante o processo | + +### Parâmetros do NCBI Genome Download + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para download das montagens | +| `--accession` | string | | Um número de acesso NCBI Assembly para download | +| `--accessions` | string | | Um arquivo de números de acesso NCBI Assembly (um por linha) para download | +| `--format` | string | `fasta` | Lista de formatos para download separada por vírgulas | +| `--section` | string | `refseq` | Seção do NCBI para download | +| `--assembly_level` | string | `complete` | Lista de níveis de montagem para download separada por vírgulas | +| `--kingdom` | string | `bacteria` | Lista de formatos para download separada por vírgulas | +| `--limit` | string | | Limitar o número de montagens para download | +| `--keep_downloads` | boolean | `false` | Salvar arquivos baixados na pasta bactopia-runs | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual extrair contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a extrair e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [mashtree](/developers/subworkflows/mashtree) - Criar árvores filogenéticas usando distâncias Mash. +- [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) - Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) + Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA [Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files.](https://doi.org/10.21105/joss.01762) _Journal of Open Source Software_, 4(44), 1762 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mashtree) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mcroni.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mcroni.mdx new file mode 100644 index 00000000..d23a686a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mcroni.mdx @@ -0,0 +1,251 @@ +--- +title: mcroni +description: "Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada)." +tags: + - mcr-1 + - colistin-resistance + - antimicrobial-resistance + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# mcroni + +**Tags:** mcr-1 colistin-resistance antimicrobial-resistance fasta bactopia-tool + +Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada). + +Esta Bactopia Tool usa o [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni) para identificar genes _mcr-1_ em +montagens e reportar variações de sequência. Se _mcr-1_ for encontrado, as variações serão reportadas +e disponibilizadas em um arquivo FASTA de saída. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mcroni \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mcroni/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── mcroni- +│ ├── .fasta +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── mcroni- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── mcroni-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── mcroni.tsv + └── nf-reports + ├── mcroni-dag.dot + ├── mcroni-report.html + └── mcroni-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resumo das variantes de mcr-1 encontradas | +| `*.fasta` | Arquivo FASTA das variantes de mcr-1 | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mcroni.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resultados do mcroni de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para +revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| mcroni-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mcroni-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mcroni-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mcroni-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravação dos resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Esses não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis em algumas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [mcroni](/developers/subworkflows/mcroni) - Scripts para encontrar e processar variantes de promotores a montante de mcr-1. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni) + Shaw L [mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1](https://github.com/liampshaw/mcroni) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mcroni) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/meningotype.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/meningotype.mdx new file mode 100644 index 00000000..17786b28 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/meningotype.mdx @@ -0,0 +1,265 @@ +--- +title: meningotype +description: "Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis." +tags: + - neisseria-meningitidis + - serotyping + - mlst + - finetyping + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# meningotype + +**Tags:** neisseria-meningitidis serotyping mlst finetyping fasta bactopia-tool + +Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) +para tipagem _in silico_ de genomas de _Neisseria meningitidis_. Ele usa contigs de +montagem para determinar o sorotipo, MLST, finetyping (_porA_, _fetA_, _porB_) e +tipagem de sequência de antígeno Bexsero (BAST) (_fHbp_, _NHBA_, _NadA_, _PorA_). + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf meningotype \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/meningotype/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── meningotype- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── meningotype- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── meningotype-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── meningotype.tsv + └── nf-reports + ├── meningotype-dag.dot + ├── meningotype-report.html + └── meningotype-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Relatório abrangente de tipagem | +| `*-allele.tsv` | Resultados de tipagem de alelos | +| `*-mlst.tsv` | Resultados de tipagem MLST | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `meningotype.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do meningotype de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| meningotype-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| meningotype-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| meningotype-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| meningotype-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do meningotype + +Você pode usar estes parâmetros para ajustar sua análise com o meningotype + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--meningotype_finetype` | boolean | `false` | realiza finetyping de porA e fetA | +| `--meningotype_porB` | boolean | `false` | realiza tipagem de sequência porB (NEIS2020) | +| `--meningotype_bast` | boolean | `false` | realiza tipagem de sequência de antígeno Bexsero (BAST) | +| `--meningotype_mlst` | boolean | `false` | realiza MLST | +| `--meningotype_all` | boolean | `false` | realiza tipagem MLST, porA, fetA, porB, BAST | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os containers Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utiliza saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [meningotype](/developers/subworkflows/meningotype) - Prediz sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) + Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T [meningotype: in silico typing for _Neisseria meningitidis_.](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/meningotype) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/merlin.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/merlin.mdx new file mode 100644 index 00000000..6f82111a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/merlin.mdx @@ -0,0 +1,640 @@ +--- +title: merlin +description: "Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistida por MinMER." +tags: + - species-specific + - automated + - mash + - minmer + - typing + - bactopia-tool +--- + +# merlin + +**Tags:** species-specific automated mash minmer typing bactopia-tool + +Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistida por MinMER. + +Esta Bactopia Tool, Merlin, utiliza distâncias MinMER baseadas no sketch do RefSeq para executar +automaticamente ferramentas de análise espécie-específicas. O Merlin identifica os genomas de +referência mais próximos e executa as ferramentas de tipagem e análise adequadas para cada espécie detectada. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf merlin \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/merlin/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ ├── clermontyping +│ │ ├── .tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── .blast.xml +│ │ ├── .html +│ │ └── .mash.tsv +│ ├── ectyper +│ │ ├── .blast_alleles.txt +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── ectyper.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── kleborate +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── merlindist +│ │ └── merlin- +│ │ ├── -dist.txt +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigapass +│ │ ├── .tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ └── ShigaPass_summary.csv +│ ├── shigatyper +│ │ ├── -hits.tsv +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigeifinder +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── stecfinder +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SE +│ └── tools +│ ├── clermontyping +│ │ ├── SE.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── SE.blast.xml +│ │ ├── SE.html +│ │ └── SE.mash.tsv +│ ├── ectyper +│ │ ├── SE.blast_alleles.txt +│ │ ├── SE.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── ectyper.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── kleborate +│ │ ├── SE.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── merlindist +│ │ └── merlin- +│ │ ├── SE-dist.txt +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigapass +│ │ ├── SE.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ └── ShigaPass_summary.csv +│ ├── shigatyper +│ │ ├── SE-hits.tsv +│ │ ├── SE.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigeifinder +│ │ ├── SE.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── stecfinder +│ ├── SE.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR13039589 +│ └── tools +│ ├── clermontyping +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── SRR13039589.blast.xml +│ │ ├── SRR13039589.html +│ │ └── SRR13039589.mash.tsv +│ ├── ectyper +│ │ ├── SRR13039589.blast_alleles.txt +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── ectyper.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── kleborate +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── merlindist +│ │ └── merlin- +│ │ ├── SRR13039589-dist.txt +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigapass +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ └── ShigaPass_summary.csv +│ ├── shigatyper +│ │ ├── SRR13039589-hits.tsv +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── shigeifinder +│ │ ├── SRR13039589.tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── stecfinder +│ ├── SRR13039589.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── merlin- + ├── merged-results + │ ├── clermontyping.tsv + │ ├── ectyper.tsv + │ ├── kleborate.tsv + │ ├── logs + │ │ ├── clermontyping-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── ectyper-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── kleborate-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── shigapass-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── shigatyper-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── shigeifinder-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── stecfinder-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── shigapass.tsv + │ ├── shigatyper.tsv + │ ├── shigeifinder.tsv + │ └── stecfinder.tsv + └── nf-reports + ├── merlin-dag.dot + ├── merlin-report.html + └── merlin-timeline.html +``` + +### Análise Espécie-Específica + +:::note[Nota] +As ferramentas executadas dependem da espécie detectada +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `Analysis` | resultados de todas as ferramentas espécie-específicas executadas | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `merlin.tsv` | Resumo combinado de todas as análises espécie-específicas | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| merlin-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| merlin-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| merlin-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| merlin-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do mashdist + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mash_sketch` | string | | A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh) | +| `--mash_seed` | integer | `42` | Semente fornecida à função hash | +| `--mash_table` | boolean | `false` | Saída em formato de tabela (campos ficarão em branco se não atenderem ao limite de p-valor) | +| `--mash_m` | integer | `1` | Número mínimo de cópias de cada k-mer necessário para passar pelo filtro de ruído para reads | +| `--mash_w` | number | `0.01` | Limite de probabilidade para aviso sobre tamanho de k-mer pequeno | +| `--mash_max_p` | number | `1.0` | Valor máximo de p a ser reportado | +| `--mash_max_dist` | number | `1.0` | Distância máxima a ser reportada | +| `--merlin_dist` | number | `0.1` | Distância máxima a ser reportada ao usar o Merlin | +| `--full_merlin` | boolean | `false` | Ativa o Merlin completo e executa todas as ferramentas espécie-específicas, independentemente da distância Mash | +| `--mash_use_fastqs` | boolean | `false` | Consultar com FASTQs em vez das montagens | + +### Parâmetros do ClermonTyping + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--clermontyping_threshold` | integer | `0` | Não usar contigs abaixo deste tamanho | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do ECTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ectyper_opid` | integer | `90` | Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_opcov` | integer | `90` | Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno O | +| `--ectyper_hpid` | integer | `95` | Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_hpcov` | integer | `50` | Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno H | +| `--ectyper_verify` | boolean | `false` | Habilitar verificação de espécie de *E. coli* | +| `--ectyper_print_alleles` | boolean | `false` | Imprime as sequências de alelos como coluna final, se habilitado | + +### Parâmetros do emmtyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--emmtyper_wf` | string | `blast` | Fluxo de trabalho a ser usado pelo emmtyper. (opções: `blast`, `pcr`) | +| `--emmtyper_blastdb` | string | | Caminho para banco de dados EMM BLAST personalizado | +| `--emmtyper_cluster_distance` | integer | `500` | Distância entre grupos de correspondências para considerar como clusters diferentes | +| `--emmtyper_percid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade da sequência | +| `--emmtyper_culling_limit` | integer | `5` | Total de hits a retornar em uma posição | +| `--emmtyper_mismatch` | integer | `5` | Limite para o número de mismatches permitidos em um hit BLAST | +| `--emmtyper_align_diff` | integer | `5` | Limite para diferença entre comprimento do alinhamento e comprimento do sujeito no BLAST | +| `--emmtyper_gap` | integer | `2` | Limite de gap permitido em hit BLAST | +| `--emmtyper_min_perfect` | integer | `15` | Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3' do primer | +| `--emmtyper_min_good` | integer | `15` | Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada mismatch | +| `--emmtyper_max_size` | integer | `2000` | Tamanho máximo do produto de PCR | + +### Parâmetros do hicap + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--hicap_database_dir` | string | | Diretório contendo o banco de dados de locus | +| `--hicap_model_fp` | string | | Caminho para o modelo prodigal | +| `--hicap_full_sequence` | boolean | `false` | Escrever a sequência de entrada completa no arquivo genbank em vez de apenas a região ao redor do locus | +| `--hicap_debug` | boolean | `false` | hicap imprimirá mensagens de depuração | +| `--hicap_gene_coverage` | number | `0.8` | Percentual mínimo de cobertura para considerar um gene individual completo | +| `--hicap_gene_identity` | number | `0.7` | Percentual mínimo de identidade para considerar um gene individual completo | +| `--hicap_broken_gene_length` | integer | `60` | Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado | +| `--hicap_broken_gene_identity` | number | `0.8` | Percentual mínimo de identidade para considerar um gene quebrado | + +### Parâmetros do Mykrobe + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mykrobe_species` | string | | Painel de espécies a usar (opções: `sonnei`, `staph`, `tb`, `typhi`) | +| `--mykrobe_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--mykrobe_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--mykrobe_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--mykrobe_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do GenoTyphi + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--genotyphi_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--genotyphi_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--genotyphi_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--genotyphi_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--genotyphi_mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do Kleborate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kleborate_preset` | string | `kpsc` | Módulo preset a usar no Kleborate (opções: `kpsc`, `kosc`, `escherichia`) | +| `--kleborate_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Kleborate | + +### Parâmetros do legsta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--legsta_noheader` | boolean | `false` | Não imprimir linha de cabeçalho | + +### Parâmetros do LisSero + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--lissero_min_id` | number | `95.0` | Percentual mínimo de identidade para aceitar uma correspondência | +| `--lissero_min_cov` | number | `95.0` | Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência | + +### Parâmetros do ngmaster + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ngmaster_csv` | boolean | `false` | saída no formato separado por vírgulas (CSV) em vez de separado por tabulações | + +### Parâmetros do pasty + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pasty_min_pident` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit | +| `--pasty_min_coverage` | integer | `95` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit | + +### Parâmetros do pbptyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pbptyper_min_pident` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit | +| `--pbptyper_min_coverage` | integer | `95` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit | + +### Parâmetros do SeqSero2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seqsero2_run_mode` | string | `k` | Fluxo de trabalho a executar. 'a' modo alelo, ou 'k' modo k-mer (opções: `a`, `k`) | +| `--seqsero2_input_type` | string | `assembly` | Formato de entrada a analisar. 'assembly' ou 'fastq' (opções: `assembly`, `fastq`) | +| `--seqsero2_bwa_mode` | string | `mem` | Algoritmos para mapeamento bwa no modo alelo (opções: `mem`, `sam`) | + +### Parâmetros do SeroBA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seroba_noclean` | boolean | `false` | Não limpar arquivos intermediários | +| `--seroba_coverage` | integer | `20` | Limite de cobertura de k-mer da sequência de referência | + +### Parâmetros do SISTR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sistr_full_cgmlst` | boolean | `false` | Usar o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares | + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Apenas tipagem agr. Ignora a extração do operon agr e detecção de frameshift | + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista de tipos spa e ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realizar enriquecimento de produto de PCR | + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | integer | `90` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | integer | `80` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | integer | `85` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | integer | `93` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de região | + +### Parâmetros do StaphSCAN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphscan_modules` | string | | Lista de módulos a executar separados por vírgula | +| `--staphscan_db_mlst` | string | | Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado | + +### Parâmetros do STECFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--stecfinder_use_reads` | boolean | `false` | Reads paired-end Illumina serão usados em vez de montagens | +| `--stecfinder_hits` | boolean | `false` | Mostrar resultados detalhados de busca de genes | +| `--stecfinder_cutoff` | number | `10.0` | Cobertura mínima de reads para chamar um gene | +| `--stecfinder_length` | number | `50.0` | Percentual do comprimento do gene necessário para chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_length` | number | `10.0` | Percentual do comprimento do gene ipaH necessário para chamada de gene positiva | +| `--stecfinder_ipah_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_stx_length` | number | `10.0` | Percentual do comprimento do gene stx necessário para chamada de gene positiva | +| `--stecfinder_stx_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_o_length` | number | `60.0` | Percentual do comprimento do gene wz_ necessário para chamada positiva | +| `--stecfinder_o_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_h_length` | number | `60.0` | Percentual do comprimento do gene fliC necessário para chamada positiva | +| `--stecfinder_h_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads) | + +### Parâmetros do TB-Profiler Profile + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_call_whole_genome` | boolean | `false` | Chamar genoma completo | +| `--tbprofiler_mapper` | string | `bwa` | Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados nanopore, o padrão será minimap2 (opções: `bwa`, `minimap2`, `bowtie2`, `bwa-mem2`) | +| `--tbprofiler_caller` | string | `freebayes` | Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: `bcftools`, `gatk`, `freebayes`) | +| `--tbprofiler_calling_params` | string | | Opções extras do chamador de variantes entre aspas | +| `--tbprofiler_suspect` | boolean | `false` | Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML | +| `--tbprofiler_no_flagstat` | boolean | `false` | Não coletar flagstats | +| `--tbprofiler_no_delly` | boolean | `false` | Não executar delly | +| `--tbprofiler_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o TBProfiler | + +### Parâmetros do TB-Profiler Collate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_itol` | boolean | `false` | Gerar arquivos de configuração itol | +| `--tbprofiler_full` | boolean | `false` | Incluir mutações no arquivo de resultado principal | +| `--tbprofiler_all_variants` | boolean | `false` | Incluir todas as variantes na matriz de variantes | +| `--tbprofiler_mark_missing` | boolean | `false` | Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em posição de resistência a drogas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Recursos Máximos por Job + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que falhe | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar ao executor. (ex: SLURM: '--account=my_acct_name') | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex: Singularity: '-D `pwd`') | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros usados com pouca frequência que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas | +| `--nfdir` | boolean | | Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) - Baixar e fornecer conjuntos de dados pré-compilados necessários pelo Bactopia. +- [merlin](/developers/subworkflows/merlin) - Seleção de ferramentas bactopia espécie-específicas assistida por MinER. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/merlin) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/midas.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/midas.mdx new file mode 100644 index 00000000..4d7ef548 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/midas.mdx @@ -0,0 +1,270 @@ +--- +title: midas +description: "Estime a abundância de espécies a partir de amostras metagenômicas." +tags: + - metagenomics + - species-abundance + - profiling + - midas + - bactopia-tool +--- + +# midas + +**Tags:** metagenomics species-abundance profiling midas bactopia-tool + +Estime a abundância de espécies a partir de amostras metagenômicas. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) para estimar +a abundância de espécies bacterianas em amostras metagenômicas. O MIDAS utiliza um banco de dados +com mais de 30.000 genomas de referência para um perfil de espécies preciso. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf midas \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/midas/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── midas- +│ ├── .midas.abundances.txt +│ ├── .midas.adjusted.abundances.txt +│ ├── .midas.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── midas- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── midas-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── midas.tsv + └── nf-reports + ├── midas-dag.dot + ├── midas-report.html + └── midas-timeline.html +``` + +### Abundância de Espécies + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Perfis de abundância de espécies | +| `*-species.tsv` | Abundância no nível de espécie | +| `*-genes.tsv` | Abundância no nível de gene | + +### Resultados Mesclados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `midas.tsv` | Arquivo TSV mesclado contendo os resultados do MIDAS de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar os custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| midas-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| midas-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| midas-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| midas-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Download do Banco de Dados MIDAS + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--midas_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados no formato MIDAS | +| `--midas_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salva o banco de dados MIDAS como um tarball | +| `--download_midas` | boolean | `false` | Faz o download do banco de dados MIDAS para o caminho definido em --midas_db | + +### Parâmetros de Espécies do MIDAS + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--midas_word_size` | integer | `28` | Tamanho da palavra para a busca BLAST | +| `--midas_aln_cov` | number | `0.75` | Descarta reads com cobertura de alinhamento < ALN_COV | +| `--midas_opts` | string | | Opções extras do MIDAS | +| `--midas_debug` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos temporários criados pelo MIDAS | + +### Parâmetros csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será deletado. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde serão baixados os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [midas](/developers/subworkflows/midas) - Perfil no nível de espécie a partir de dados metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) + Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS [An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography.](https://doi.org/10.1101/gr.201863.115) _Genome Research_, 26(11), 1612-1625. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/midas) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mlst.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mlst.mdx new file mode 100644 index 00000000..0c442ddf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mlst.mdx @@ -0,0 +1,268 @@ +--- +title: mlst +description: "Chamada automática de Multi-Locus tipo de sequencia (MLST) a partir de contigs montados." +tags: + - typing + - mlst + - sequence-type + - alleles + - pubmlst + - bactopia-tool +--- + +# mlst + +**Tags:** typing mlst sequence-type alleles pubmlst bactopia-tool + +Chamada automática de Multi-Locus tipo de sequencia (MLST) a partir de contigs montados. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) para varrer montagens de genomas +e determinar o tipo de sequencia com base nos esquemas do [PubMLST](https://pubmlst.org/). O fluxo de trabalho +detecta automaticamente o esquema MLST adequado para cada organismo e fornece +atribuições de tipo de sequencia padronizadas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mlst \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mlst/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── mlst- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── mlst- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── mlst-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── mlst.tsv + └── nf-reports + ├── mlst-dag.dot + ├── mlst-report.html + └── mlst-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com os resultados do MLST, incluindo esquema, ST e perfis de alelos | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mlst.tsv` | Arquivo TSV combinado contendo os resultados do MLST de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| mlst-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mlst-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mlst-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mlst-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do MLST + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mlst_scheme` | string | | Não detectar automaticamente; forçar este esquema em todas as entradas | +| `--mlst_minid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade de DNA do alelo completo para ser considerado 'similar' | +| `--mlst_mincov` | integer | `10` | Percentual mínimo de cobertura de DNA para reportar alelo parcial | +| `--mlst_minscore` | integer | `50` | Pontuação mínima de 100 para corresponder a um esquema | +| `--mlst_nopath` | boolean | `false` | Remover caminhos de nome de arquivo da coluna FILE | +| `--mlst_db` | string | | Um banco de dados MLST personalizado a ser utilizado, como um arquivo compactado ou diretório | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer processo individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer processo individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer processo individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer processo individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método utilizado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para armazenar logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de tarefas (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [mlst](/developers/subworkflows/mlst) - Determinar tipos de sequencia multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) + Seemann T [mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes](https://github.com/tseemann/mlst) (GitHub) + +- [PubMLST.org](https://pubmlst.org/) + Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ [Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications.](http://dx.doi.org/10.12688/wellcomeopenres.14826.1) _Wellcome Open Res_ 3, 124 (2018) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mlst) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mobsuite.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mobsuite.mdx new file mode 100644 index 00000000..139f7b1c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mobsuite.mdx @@ -0,0 +1,272 @@ +--- +title: mobsuite +description: "Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos." +tags: + - plasmid + - reconstruction + - annotation + - mobile-genetic-elements + - typing + - bactopia-tool +--- + +# mobsuite + +**Tags:** plasmid reconstruction annotation mobile-genetic-elements typing bactopia-tool + +Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) para identificar, reconstruir +e anotar sequências de plasmídeos a partir de montagens de genoma em rascunho. Ela separa contigs de plasmídeos +dos cromossômicos, agrupa sequências de plasmídeos em clusters e fornece informações abrangentes sobre +tipagem e mobilidade de plasmídeos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mobsuite \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mobsuite/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── mobsuite- +│ ├── -chromosome.fasta.gz +│ ├── -contig_report.txt +│ ├── -mobtyper.txt +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── plasmid_AA840.fasta.gz +└── bactopia-runs + └── mobsuite- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── mobsuite-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── mobsuite.tsv + └── nf-reports + ├── mobsuite-dag.dot + ├── mobsuite-report.html + └── mobsuite-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `chromosome.fasta` | Arquivo FASTA contendo todos os contigs identificados como cromossômicos | +| `contig_report.txt` | Relatório que atribui cada contig ao cromossomo ou a um grupo de plasmídeo | +| `plasmid_*.fasta` | Arquivos FASTA individuais para cada plasmídeo reconstruído | +| `*-mobtyper.txt` | Relatório do MOB-typer com informações de tipagem e mobilidade do plasmídeo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|------|-------------| +| `mobsuite.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do MOB-suite de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para +consulta caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-------------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|----------|-------------| +| mobsuite-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mobsuite-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mobsuite-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mobsuite-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do MOB-suite Recon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--mobsuite_max_contig_size` | integer | `310000` | Tamanho máximo de um contig para ser considerado um plasmídeo | +| `--mobsuite_min_contig_size` | integer | `1000` | Comprimento mínimo dos contigs para classificação | +| `--mobsuite_max_plasmid_size` | integer | `350000` | Tamanho máximo de um plasmídeo reconstruído | +| `--mobsuite_opts` | string | | Opções extras do MOB-suite entre aspas. Exemplo: '--min_mob_evalue 0.001' | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os containers Docker serão obtidos. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros usados com menos frequência que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [mobsuite](/developers/subworkflows/mobsuite) - Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) + Robertson J, Nash JHE [MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000206) _Microbial Genomics_ 4(8). (2018) + +- [MOB-suite Database](https://github.com/phac-nml/mob-suite) + Robertson J, Bessonov K, Schonfeld J, Nash JHE. [Universal whole-sequence-based plasmid typing and its utility to prediction of host range and epidemiological surveillance.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000435) _Microbial Genomics_, 6(10)(2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mobsuite) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mykrobe.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mykrobe.mdx new file mode 100644 index 00000000..531db42c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/mykrobe.mdx @@ -0,0 +1,262 @@ +--- +title: mykrobe +description: "Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas." +tags: + - fastq + - antimicrobial-resistance + - species-specific + - mykrobe + - bactopia-tool +--- + +# mykrobe + +**Tags:** fastq antimicrobial-resistance species-specific mykrobe bactopia-tool + +Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas. + +Esta Bactopia Tool usa o [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) para predizer +resistência antimicrobiana em _Mycobacterium tuberculosis_, _Staphylococcus aureus_, +_Shigella sonnei_ e _Salmonella typhi_ a partir de dados de sequenciamento. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf mykrobe \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/mykrobe/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── mykrobe- +│ ├── .csv +│ ├── .json +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── mykrobe- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── mykrobe-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── mykrobe.csv + └── nf-reports + ├── mykrobe-dag.dot + ├── mykrobe-report.html + └── mykrobe-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.json` | Resultados da análise do Mykrobe em formato JSON | +| `*.txt` | Relatório delimitado por tabulação das predições de resistência | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mykrobe.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resultados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| mykrobe-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| mykrobe-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| mykrobe-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| mykrobe-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Mykrobe + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mykrobe_species` | string | | Painel de espécies a ser utilizado (opções: `sonnei`, `staph`, `tb`, `typhi`) | +| `--mykrobe_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--mykrobe_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--mykrobe_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--mykrobe_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [mykrobe](/developers/subworkflows/mykrobe) - Predizer resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) + Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/mykrobe) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ngmaster.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ngmaster.mdx new file mode 100644 index 00000000..cc882eca --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ngmaster.mdx @@ -0,0 +1,253 @@ +--- +title: ngmaster +description: "Tipagem por sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae." +tags: + - neisseria-gonorrhoeae + - ng-mast + - typing + - bactopia-tool +--- + +# ngmaster + +**Tags:** neisseria-gonorrhoeae ng-mast typing bactopia-tool + +Tipagem por sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) para +tipagem por sequência multi-antígeno _in silico_ (NG-MAST) de _Neisseria gonorrhoeae_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf ngmaster \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/ngmaster/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── ngmaster- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── ngmaster- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── ngmaster-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── ngmaster.tsv + └── nf-reports + ├── ngmaster-dag.dot + ├── ngmaster-report.html + └── ngmaster-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados da tipagem NG-MAST | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `ngmaster.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do NG-MASTER de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar os custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| ngmaster-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| ngmaster-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| ngmaster-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| ngmaster-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do ngmaster + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ngmaster_csv` | boolean | `false` | Gera saída no formato separado por vírgula (CSV) em vez de separado por tabulação | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros usados com pouca frequência que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utiliza saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [ngmaster](/developers/subworkflows/ngmaster) - Realiza a tipagem por sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) + Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T [ngmaster - _In silico_ multi-antigen sequence typing for _Neisseria gonorrhoeae_ (NG-MAST)](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/ngmaster) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pangenome.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pangenome.mdx new file mode 100644 index 00000000..51f5e9e6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pangenome.mdx @@ -0,0 +1,509 @@ +--- +title: pangenome +description: "Análise de pan-genoma com filogenia do genoma-core opcional." +tags: + - alignment + - core-genome + - pan-genoma + - phylogeny + - comparative-genomics + - bactopia-tool +--- + +# pangenome + +**Tags:** alignment core-genome pan-genoma phylogeny comparative-genomics bactopia-tool + +Análise de pan-genoma com filogenia do genoma-core opcional. + +Esta Bactopia Tool cria um pan-genoma a partir de arquivos de anotação GFF3 utilizando uma +de três ferramentas: [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) (padrão), +[PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE), ou +[Roary](https://github.com/sanger-pathogens/roary). Ela gera alinhamentos do genoma-core +e matrizes de presença/ausência de genes, seguidos de cálculos de distância SNP. +Você pode complementar seu pan-genoma com genomas completos usando os parâmetros --species ou +--accessions, que baixam genomas do RefSeq e os anotam com +Prokka. Uma filogenia baseada no alinhamento do genoma-core é criada pelo IQ-Tree, com +mascaramento opcional de recombinação usando ClonalFrameML. Por fim, estudos de associação +em escala de pan-genoma podem ser realizados usando Scoary. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf pangenome \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/pangenome/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +└── + └── pangenome- + ├── clonalframeml + │ ├── core-genome.ML_sequence.fasta.gz + │ ├── core-genome.em.txt + │ ├── core-genome.emsim.txt + │ ├── core-genome.importation_status.txt + │ ├── core-genome.labelled_tree.newick + │ ├── core-genome.position_cross_reference.txt.gz + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── core-genome.distance.tsv + ├── core-genome.masked.aln.gz + ├── core-genome.masked.distance.tsv + ├── core-genome.treefile + ├── iqtree + │ ├── core-genome.alninfo.gz + │ ├── core-genome.bionj + │ ├── core-genome.ckp.gz + │ ├── core-genome.contree + │ ├── core-genome.iqtree + │ ├── core-genome.log + │ ├── core-genome.mldist + │ ├── core-genome.splits.nex + │ ├── core-genome.ufboot + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── iqtree-fast + │ ├── logs + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── roary.bionj + │ ├── roary.ckp.gz + │ ├── roary.iqtree + │ ├── roary.log + │ ├── roary.mldist + │ ├── roary.model.gz + │ └── roary.treefile + ├── nf-reports + │ ├── pangenome-dag.dot + │ ├── pangenome-report.html + │ └── pangenome-timeline.html + ├── roary + │ ├── accessory.header.embl + │ ├── accessory.tab + │ ├── accessory_binary_genes.fa.gz + │ ├── accessory_binary_genes.fa.newick + │ ├── accessory_graph.dot + │ ├── blast_identity_frequency.Rtab + │ ├── clustered_proteins + │ ├── core_accessory.header.embl + │ ├── core_accessory.tab + │ ├── core_accessory_graph.dot + │ ├── core_alignment_header.embl + │ ├── core_gene_alignment.aln.gz + │ ├── gene_presence_absence.Rtab + │ ├── gene_presence_absence.csv + │ ├── logs + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── number_of_conserved_genes.Rtab + │ ├── number_of_genes_in_pan_genome.Rtab + │ ├── number_of_new_genes.Rtab + │ ├── number_of_unique_genes.Rtab + │ ├── pan_genome_reference.fa.gz + │ └── summary_statistics.txt + ├── roary.aln.gz + ├── scoary + │ ├── Bogus_trait.results.csv + │ ├── Tetracycline_resistance.results.csv + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ ├── scoary.log + │ └── versions.yml + ├── snpdists + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── snpdists-masked + └── logs + ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + └── versions.yml +``` + +### Resultados do Pan-genoma + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.aln` | Arquivo de alinhamento do genoma-core contendo genes presentes em todos os genomas de entrada | +| `*.csv` | Matriz de presença/ausência de genes mostrando quais genes estão presentes em cada genoma | +| `*.tsv` | Matriz de distância SNP entre todas as amostras | + +### Resultados da Filogenia + +:::note[Nota] +Criado apenas se --skip_phylogeny não estiver habilitado +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.treefile` | Árvore filogenética de máxima verossimilhança no formato Newick | +| `*.iqtree` | Relatório de análise IQ-Tree com seleção de modelo e valores de suporte | +| `*.log` | Log de execução do IQ-Tree | + +### Análise de Recombinação + +:::note[Nota] +Criado apenas se --skip_recombination não estiver habilitado +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.masked.aln` | Alinhamento do genoma-core com regiões de recombinação mascaradas | + +### Análise de Associação + +:::note[Nota] +Criado apenas se --scoary_traits for especificado +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `scoary/*` | Resultados e gráficos da análise de associação do Scoary | + +### Resultados do Panaroo + +:::note[Nota] +Criado apenas quando Panaroo é selecionado como ferramenta de pan-genoma +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `panaroo/*` | Arquivos de saída específicos do Panaroo, incluindo grafo e estatísticas | + +### Resultados do PIRATE + +:::note[Nota] +Criado apenas quando PIRATE é selecionado como ferramenta de pan-genoma +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `pirate/*` | Arquivos de saída específicos do PIRATE, incluindo famílias e clusters de genes | + +### Resultados do Roary + +:::note[Nota] +Criado apenas quando Roary é selecionado como ferramenta de pan-genoma +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `roary/*` | Arquivos de saída específicos do Roary, incluindo matrizes de presença/ausência de genes | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|-------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao usar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| pangenome-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| pangenome-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| pangenome-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| pangenome-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros de Download de Genomas do NCBI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para baixar montagens | +| `--accession` | string | | Um número de acesso de montagem do NCBI a ser baixado | +| `--accessions` | string | | Um arquivo de números de acesso de montagem do NCBI (um por linha) a serem baixados | +| `--format` | string | `fasta` | Lista de formatos separada por vírgulas para baixar | +| `--section` | string | `refseq` | Seção do NCBI para baixar | +| `--assembly_level` | string | `complete` | Lista de níveis de montagem separada por vírgulas para baixar | +| `--kingdom` | string | `bacteria` | Lista de formatos separada por vírgulas para baixar | +| `--limit` | string | | Limitar o número de montagens a serem baixadas | +| `--keep_downloads` | boolean | `false` | Salvar arquivos baixados na pasta bactopia-runs | + +### Parâmetros do Prokka + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--prokka_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--prokka_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--prokka_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--prokka_centre` | string | `Bactopia` | ID do centro de sequenciamento | +| `--prokka_coverage` | integer | `80` | Cobertura mínima na proteína de consulta | +| `--prokka_evalue` | string | `1e-09` | Corte de e-value de similaridade | +| `--prokka_opts` | string | | Opções extras do Prokka entre aspas. | +| `--prokka_debug` | boolean | `false` | Habilitar modo de depuração para Prokka | + +### Parâmetros do PIRATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_pirate` | boolean | `false` | Usar PIRATE em vez de Panaroo no subworkflow 'pangenome' | +| `--pirate_steps` | string | `50,60,70,80,90,95,98` | Limiares de identidade percentual para construção do pan-genoma | +| `--pirate_features` | string | `CDS` | Características delimitadas por vírgulas para construção do pan-genoma | +| `--pirate_para_off` | boolean | `false` | Desativar identificação de parálogos | +| `--pirate_z` | boolean | `false` | Manter todos os arquivos intermediários do PIRATE | +| `--pirate_pan_opt` | string | | Argumentos adicionais para a construção do pan-genoma. | + +### Parâmetros do Roary + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--roary_use_prank` | boolean | `false` | Usar PRANK em vez de MAFFT para gene core | +| `--use_roary` | boolean | `false` | Usar Roary em vez de PIRATE no subworkflow 'pangenome' | +| `--roary_i` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade para blastp | +| `--roary_cd` | integer | `99` | Percentual de isolados em que um gene deve estar para ser core | +| `--roary_g` | integer | `50000` | Número máximo de clusters | +| `--roary_s` | boolean | `false` | Não dividir parálogos | +| `--roary_ap` | boolean | `false` | Permitir parálogos no alinhamento core | +| `--roary_iv` | number | `1.5` | Valor de inflação MCL | + +### Parâmetros de Execução do Panaroo + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--panaroo_mode` | string | `strict` | O modo de rigorosidade para executar o Panaroo (opções: `strict`, `moderate`, `sensitive`) | +| `--panaroo_alignment` | string | `core` | Saída de alinhamentos de genes core ou todos os genes (opções: `core`, `pan`) | +| `--panaroo_aligner` | string | `mafft` | Alinhador a ser usado para alinhamento do genoma core/pan (opções: `mafft`, `prank`, `clustal`) | +| `--panaroo_core_threshold` | number | `0.95` | Limiar de amostras do genoma-core | +| `--panaroo_threshold` | number | `0.98` | Limiar de identidade de sequência | +| `--panaroo_family_threshold` | number | `0.7` | Limiar de identidade de sequência de família de proteínas | +| `--panaroo_len_dif_percent` | number | `0.98` | Corte de diferença de comprimento | +| `--panaroo_merge_paralogs` | boolean | `false` | Não dividir parálogos | +| `--panaroo_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Panaroo | + +### Parâmetros do SNP-Dists + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--snpdists_a` | boolean | `false` | Contar todas as diferenças, não apenas [AGTC] | +| `--snpdists_b` | boolean | `false` | Manter a célula do canto superior esquerdo | +| `--snpdists_csv` | boolean | `false` | Gerar CSV em vez de TSV | +| `--snpdists_k` | boolean | `false` | Manter capitalização, não converter todas as letras para maiúsculas | + +### Parâmetros do ClonalFrameML + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--clonalframeml_emsim` | integer | `100` | Número de simulações para estimar a incerteza nos resultados do EM | +| `--clonalframeml_opts` | string | | Opções extras do ClonalFrameML entre aspas | +| `--skip_recombination` | boolean | `false` | Ignorar execução do ClonalFrameML nos subworkflows | + +### Parâmetros do IQ-TREE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--iqtree_model` | string | `HKY` | Nome do modelo de substituição | +| `--iqtree_bb` | integer | `1000` | Réplicas de bootstrap ultrafast | +| `--iqtree_alrt` | integer | `1000` | Réplicas do teste de razão de verossimilhança aproximado semelhante ao SH | +| `--iqtree_asr` | boolean | `false` | Reconstrução de estado ancestral por Bayes empírico | +| `--iqtree_opts` | string | | Opções extras do IQ-TREE entre aspas. | +| `--skip_phylogeny` | boolean | `false` | Ignorar execução do IQ-TREE nos subworkflows | + +### Parâmetros do Scoary + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--scoary_traits` | string | | Tabela de características de entrada (CSV) para testar associações | +| `--scoary_p_value_cutoff` | number | `0.05` | Para testes estatísticos, genes com p-valores maiores não serão reportados | +| `--scoary_correction` | string | `I` | Aplicar a medida de filtragem indicada. (opções: `I`, `B`, `BH`, `PW`, `EPW`, `P`) | +| `--scoary_permute` | integer | `0` | Realizar N permutações dos resultados significativos pós-análise | +| `--scoary_start_col` | integer | `15` | Em qual coluna do arquivo de presença/ausência de genes começam as informações de cada isolado | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Se deve validar os parâmetros contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [clonalframeml](/developers/subworkflows/clonalframeml) - Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas. +- [iqtree](/developers/subworkflows/iqtree) - Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. +- [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) - Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. +- [pangenome](/developers/subworkflows/pangenome) - Realizar análise de pan-genoma com filogenia do genoma-core opcional. +- [prokka](/developers/subworkflows/prokka) - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. +- [scoary](/developers/subworkflows/scoary) - Estudos de associação em escala de pan-genoma. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClonalFramML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) + Didelot X, Wilson DJ [ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004041) _PLoS Comput Biol_ 11(2) e1004041 (2015) + +- [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +- [ModelFinder](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Kalyaanamoorthy S, Minh BQ, Wong TKF, von Haeseler A, Jermiin LS [ModelFinder - Fast model selection for accurate phylogenetic estimates.](https://doi.org/10.1038/nmeth.4285) _Nat. Methods_ 14:587-589 (2017) + +- [UFBoot2](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Hoang DT, Chernomor O, von Haeseler A, Minh BQ, Vinh LS [UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation.](https://doi.org/10.1093/molbev/msx281) _Mol. Biol. Evol._ 35:518-522 (2018) + +- [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) + Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +- [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) + Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J [Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline.](https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4) _Genome Biology_ 21(1), 180. (2020) + +- [PIRATE](http://github.com/SionBayliss/PIRATE) + Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ [PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giz119) _Gigascience_ 8 (2019) + +- [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) + Seemann T [Prokka: rapid prokaryotic genome annotation](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153) _Bioinformatics_ 30, 2068-2069 (2014) + +- [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) + Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J [Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv421) _Bioinformatics_ 31, 3691-3693 (2015) + +- [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary) + Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V [Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary.](https://doi.org/10.1186/s13059-016-1108-8) _Genome Biol._ 17:238 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/pangenome) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pasty.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pasty.mdx new file mode 100644 index 00000000..9e11d910 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pasty.mdx @@ -0,0 +1,257 @@ +--- +title: pasty +description: "Sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa." +tags: + - fasta + - serogrouping + - pseudomonas-aeruginosa + - typing + - bactopia-tool +--- + +# pasty + +**Tags:** fasta serogrouping pseudomonas-aeruginosa typing bactopia-tool + +Sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) para +sorogrupamento de isolados de _Pseudomonas aeruginosa_ a partir de montagens de genomas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf pasty \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/pasty/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── pasty- +│ ├── .blastn.tsv +│ ├── .details.tsv +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── pasty- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── pasty-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── pasty.tsv + └── nf-reports + ├── pasty-dag.dot + ├── pasty-report.html + └── pasty-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados de sorogrupamento para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `pasty.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do Pasty de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| pasty-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| pasty-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| pasty-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| pasty-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do pasty + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pasty_min_pident` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade para contar um hit | +| `--pasty_min_coverage` | integer | `95` | Percentual mínimo de cobertura para contar um hit | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) das filas separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser convenientes. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [pasty](/developers/subworkflows/pasty) - Prediz sorotipos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) + Petit III RA [pasty: in silico serogrouping of _Pseudomonas aeruginosa_ isolates](https://github.com/rpetit3/pasty) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/pasty) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pbptyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pbptyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..055ac2d8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pbptyper.mdx @@ -0,0 +1,257 @@ +--- +title: pbptyper +description: "Tipagem da Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae." +tags: + - streptococcus-pneumoniae + - pbp + - penicillin-resistance + - typing + - bactopia-tool +--- + +# pbptyper + +**Tags:** streptococcus-pneumoniae pbp penicillin-resistance typing bactopia-tool + +Tipagem da Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) para tipar +a Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) em montagens de _Streptococcus pneumoniae_ +e prever a suscetibilidade à penicilina. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf pbptyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/pbptyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── pbptyper- +│ ├── .tblastn.tsv +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── pbptyper- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── pbptyper-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── pbptyper.tsv + └── nf-reports + ├── pbptyper-dag.dot + ├── pbptyper-report.html + └── pbptyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados de tipagem PBP para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `pbptyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados de tipagem PBP de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| pbptyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| pbptyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| pbptyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| pbptyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do pbptyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pbptyper_min_pident` | integer | `95` | Identidade percentual mínima para contar um hit | +| `--pbptyper_min_coverage` | integer | `95` | Cobertura percentual mínima para contar um hit | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [pbptyper](/developers/subworkflows/pbptyper) - Prevê os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de _Streptococcus pneumoniae_ a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) + Petit III RA [pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for _Streptococcus pneumoniae_ assemblies](https://github.com/rpetit3/pbptyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/pbptyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/phispy.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/phispy.mdx new file mode 100644 index 00000000..324584ba --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/phispy.mdx @@ -0,0 +1,274 @@ +--- +title: phispy +description: "Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais." +tags: + - prophage + - phage + - annotation + - bacterial + - archaeal + - bactopia-tool +--- + +# phispy + +**Tags:** prophage phage annotation bacterial archaeal bactopia-tool + +Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais. + +Esta Bactopia Tool usa o [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy) para identificar profagos +em genomas bacterianos e arqueais utilizando abordagens de aprendizado de máquina. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf phispy \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/phispy/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── phispy- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── .log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ └── _.gbk.gz +├── GCF_900478275 +│ └── tools +│ └── phispy- +│ ├── GCF_900478275.tsv +│ ├── logs +│ │ ├── GCF_900478275.log +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ └── GCF_900478275_GCF_900478275.gbk.gz +└── bactopia-runs + └── phispy- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── phispy-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── phispy.tsv + └── nf-reports + ├── phispy-dag.dot + ├── phispy-report.html + └── phispy-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Arquivo delimitado por tabulação contendo as predições de profagos | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `phispy.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo as predições de profagos de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| phispy-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| phispy-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| phispy-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| phispy-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do PhiSpy + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--phispy_number` | integer | `5` | Número de genes consecutivos em uma região de tamanho de janela que devem ser genes de profago para serem considerados | +| `--phispy_mincontigsize` | integer | `5000` | Tamanho mínimo do contig (em pb) para ser incluído na análise. Contigs menores serão descartados. | +| `--phispy_windowsize` | integer | `30` | Tamanho da janela de genes consecutivos para busca de fagos | +| `--phispy_nonprophage_genegaps` | integer | `10` | O número de genes não-fago entre profagos | +| `--phispy_phage_genes` | integer | `1` | O número mínimo de genes que devem ser identificados como pertencentes a um fago para que a região seja incluída | +| `--phispy_randomforest_trees` | integer | `500` | Número de árvores geradas pelo classificador Random Forest | +| `--phispy_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o PhiSpy | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão obtidos. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a obter e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow fez o pull do Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [phispy](/developers/subworkflows/phispy) - Predição de profagos em genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy) + Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA [PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies.](https://doi.org/10.1093/nar/gks406) _Nucleic Acids Research_, 40(16), e126. (2012) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/phispy) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/plasmidfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/plasmidfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..e4a8659e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/plasmidfinder.mdx @@ -0,0 +1,260 @@ +--- +title: plasmidfinder +description: "Bactopia Tool: Plasmidfinder." +tags: + - plasmid + - identification + - replicon + - typing + - assembly + - bactopia-tool +--- + +# plasmidfinder + +**Tags:** plasmid identification replicon typing assembly bactopia-tool + +Bactopia Tool: Plasmidfinder. + +Identificação de plasmídeos a partir de montagens +O módulo `plasmidfinder` identifica plasmídeos em isolados bacterianos total ou parcialmente sequenciados. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf plasmidfinder \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/plasmidfinder/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── plasmidfinder- +│ ├── -hit_in_genome_seq.fsa.gz +│ ├── -plasmid_seqs.fsa.gz +│ ├── .json +│ ├── .tsv +│ ├── .txt +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── plasmidfinder- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── plasmidfinder-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── plasmidfinder.tsv + └── nf-reports + ├── plasmidfinder-dag.dot + ├── plasmidfinder-report.html + └── plasmidfinder-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*` | Resultados da análise | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `merged-*` | Resultados agregados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao usar plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| plasmidfinder-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| plasmidfinder-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| plasmidfinder-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| plasmidfinder-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do PlasmidFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--plasmidfinder_mincov` | number | `0.6` | Cobertura percentual mínima para ser considerado um hit | +| `--plasmidfinder_threshold` | number | `0.9` | Limiar mínimo para identidade | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas por vez | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [plasmidfinder](/developers/subworkflows/plasmidfinder) - Identifica replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) + Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H [In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.](https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14) _Antimicrobial Agents and Chemotherapy_ 58(7), 3895-3903. (2014) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/plasmidfinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pneumocat.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pneumocat.mdx new file mode 100644 index 00000000..7f70a8cf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/pneumocat.mdx @@ -0,0 +1,232 @@ +--- +title: pneumocat +description: "Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequência." +tags: + - streptococcus-pneumoniae + - capsular-typing + - pneumocat + - bactopia-tool +--- + +# pneumocat + +**Tags:** streptococcus-pneumoniae capsular-typing pneumocat bactopia-tool + +Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequência. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) para atribuir +tipo capsular a _Streptococcus pneumoniae_ a partir de reads de sequência para tipagem epidemiológica. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf pneumocat \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/pneumocat/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── pneumocat- +│ ├── .coverage_summary.txt +│ ├── .xml +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ ├── pneumo_capsular_typing.stderr.log +│ ├── pneumo_capsular_typing.stdout.log +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── pneumocat- + └── nf-reports + ├── pneumocat-dag.dot + ├── pneumocat-report.html + └── pneumocat-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados de atribuição de tipo capsular | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| pneumocat-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| pneumocat-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| pneumocat-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| pneumocat-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os containers Docker serão obtidos. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a obter e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow obteve o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [pneumocat](/developers/subworkflows/pneumocat) - Realiza a tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) + Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK [Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline.](https://doi.org/10.7717/peerj.2477) PeerJ, 4, e2477. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/pneumocat) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/prokka.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/prokka.mdx new file mode 100644 index 00000000..c955e075 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/prokka.mdx @@ -0,0 +1,274 @@ +--- +title: prokka +description: "Anotação rápida de genomas completos de bactérias, arqueias e vírus." +tags: + - annotation + - genome + - prokaryote + - functional-annotation + - genes + - bactopia-tool +--- + +# prokka + +**Tags:** annotation genome prokaryote functional-annotation genes bactopia-tool + +Anotação rápida de genomas completos de bactérias, arqueias e vírus. + +Esta Bactopia Tool usa o [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) para anotar rapidamente genomas pequenos +de forma padronizada. Ele identifica genes codificadores de proteínas, rRNA, tRNA e outras features, +e então realiza buscas em múltiplos bancos de dados de referência para fornecer uma anotação funcional abrangente. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf prokka \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/prokka/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── main +│ └── annotator +│ └── prokka- +│ ├── -blastdb.tar.gz +│ ├── .faa.gz +│ ├── .ffn.gz +│ ├── .fna.gz +│ ├── .fsa.gz +│ ├── .gbk.gz +│ ├── .gff.gz +│ ├── .sqn.gz +│ ├── .tbl.gz +│ ├── .tsv +│ ├── .txt +│ └── logs +│ ├── .err +│ ├── .log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── prokka- + └── nf-reports + ├── prokka-dag.dot + ├── prokka-report.html + └── prokka-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.gff` | Anotação do genoma no formato GFF3 contendo sequências e anotações | +| `*.gbk` | Anotação do genoma no formato GenBank contendo sequências e anotações | +| `*.faa` | Arquivo FASTA de proteínas das sequências CDS traduzidas | +| `*.fna` | Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências de contigs de entrada | +| `*.ffn` | Arquivo FASTA de nucleotídeos de todos os transcritos preditos | +| `*.fsa` | Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências proteicas preditas | +| `*.sqn` | Arquivo Sequin no formato ASN1 para submissão ao GenBank | +| `*.tbl` | Arquivo de Tabela de Features para submissão ao GenBank | +| `*.tsv` | Arquivo separado por tabulações com todas as features e informações funcionais | +| `*.txt` | Relatório estatístico das features anotadas | +| `*.blastdb.tar.gz` | Arquivo de banco de dados BLAST+ de contigs, genes e proteínas | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `prokka.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resumos de anotação de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| prokka-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| prokka-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| prokka-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| prokka-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do Prokka + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--prokka_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--prokka_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado para o Prodigal | +| `--prokka_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--prokka_centre` | string | `Bactopia` | ID do centro de sequenciamento | +| `--prokka_coverage` | integer | `80` | Cobertura mínima na proteína de consulta | +| `--prokka_evalue` | string | `1e-09` | Corte de e-value para similaridade | +| `--prokka_opts` | string | | Opções extras do Prokka entre aspas. | +| `--prokka_debug` | boolean | `false` | Ativar modo de depuração para o Prokka | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar os datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será deletado. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [prokka](/developers/subworkflows/prokka) - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) + Seemann T [Prokka: rapid prokaryotic genome annotation](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153) _Bioinformatics_ 30, 2068-2069 (2014) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/prokka) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/quast.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/quast.mdx new file mode 100644 index 00000000..b645ba53 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/quast.mdx @@ -0,0 +1,289 @@ +--- +title: quast +description: "Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST." +tags: + - assembly + - quality + - assessment + - metrics + - bactopia-tool +--- + +# quast + +**Tags:** assembly quality assessment metrics bactopia-tool + +Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [QUAST](https://github.com/ablab/quast) para avaliar a qualidade +de contigs montados. O QUAST (Quality Assessment Tool for Genome Assemblies) gera +relatórios abrangentes que incluem diversos gráficos e tabelas para ajudar a avaliar +métricas de qualidade da montagem, como N50, conteúdo GC, fração do genoma e taxas de +remontagem incorreta. Ele produz avaliações por amostra e resumos consolidados para +análise comparativa entre múltiplas amostras. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf quast \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/quast/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── quast- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ ├── quast.log +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── basic_stats +│ │ ├── _GC_content_plot.pdf +│ │ ├── GC_content_plot.pdf +│ │ ├── NGx_plot.pdf +│ │ ├── Nx_plot.pdf +│ │ └── cumulative_plot.pdf +│ ├── icarus.html +│ ├── icarus_viewers +│ │ └── contig_size_viewer.html +│ ├── predicted_genes +│ │ ├── _glimmer.stderr +│ │ └── _glimmer_genes.gff +│ ├── report.html +│ ├── report.pdf +│ ├── report.tex +│ ├── report.tsv +│ ├── report.txt +│ ├── transposed_report.tex +│ └── transposed_report.txt +└── bactopia-runs + └── quast- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── quast-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── quast.tsv + └── nf-reports + ├── quast-dag.dot + ├── quast-report.html + └── quast-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Estatísticas resumidas da avaliação QUAST para cada amostra | +| `basic_stats/` | Diretório contendo gráficos de métricas da montagem (conteúdo GC, NGx, Nx) | +| `icarus.html` | Menu principal do Icarus com links para visualizadores interativos | +| `icarus_viewers/` | Relatórios e visualizadores adicionais do Icarus | +| `predicted_genes/` | Diretório contendo informações sobre genes preditos | +| `report.*` | Resumo da avaliação em diversos formatos (html, pdf, tex, tsv, txt) | +| `transposed_report.*` | Versão transposta do resumo da avaliação (tex, tsv, txt) | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `quast.tsv` | Arquivo TSV consolidado com estatísticas resumidas do QUAST de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão, caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| quast-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| quast-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| quast-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| quast-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do Quast + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--quast_contig_thresholds` | string | `0,1000,10000,100000,250000,1000000` | Lista separada por vírgulas de limites de comprimento de contig | +| `--quast_plots_format` | string | `pdf` | Salva gráficos no formato especificado (opções: `emf`, `eps`, `pdf`, `png`, `ps`, `raw`, `rgba`, `svg`, `svgz`) | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [quast](/developers/subworkflows/quast) - Avalia a qualidade da montagem usando QUAST. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [QUAST](http://quast.sourceforge.net/) + Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G [QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086) _Bioinformatics_ 29, 1072-1075 (2013) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/quast) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/rgi.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/rgi.mdx new file mode 100644 index 00000000..6eed915a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/rgi.mdx @@ -0,0 +1,287 @@ +--- +title: rgi +description: "Previsão de genes de resistência a antibióticos usando RGI." +tags: + - bacteria + - antibiotic-resistance + - card + - resistance-genes + - bactopia-tool +--- + +# rgi + +**Tags:** bacteria antibiotic-resistance card resistance-genes bactopia-tool + +Previsão de genes de resistência a antibióticos usando RGI. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) para identificar +e caracterizar genes de resistência a antibióticos em montagens bacterianas. O RGI integra-se com o +Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) para fornecer previsões de alta confiança +de determinantes de resistência, incluindo hits perfeitos e estritos a genes de resistência conhecidos, +bem como hits soltos para variantes novas. A ferramenta gera relatórios detalhados nos formatos +JSON e TSV, além de visualizações em mapa de calor para análise comparativa +entre múltiplas amostras. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf rgi \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/rgi/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── rgi_main +│ ├── .json +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── GCF_900478275 +│ └── tools +│ └── rgi_main +│ ├── GCF_900478275.json +│ ├── GCF_900478275.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── rgi- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── rgi-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── rgi.tsv + ├── nf-reports + │ ├── rgi-dag.dot + │ ├── rgi-report.html + │ └── rgi-timeline.html + └── rgi-heatmap + ├── logs + │ └── rgi-heatmap + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── rgi-2.csv + ├── rgi-2.eps + └── rgi-2.png +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.json` | Relatório JSON contendo resultados detalhados do RGI para cada amostra | +| `*.txt` | Relatório delimitado por tabulação dos resultados do RGI para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `rgi.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do RGI de todas as amostras | +| `rgi-2.{csv,png}` | Representações em mapa de calor dos genes de resistência em todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| rgi-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| rgi-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| rgi-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| rgi-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros Principais do RGI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--rgi_use_diamond` | boolean | `false` | Usar DIAMOND para alinhamentos em vez de BLAST | +| `--rgi_include_loose` | boolean | `false` | Incluir hits soltos além dos hits estritos e perfeitos | +| `--rgi_exclude_nudge` | boolean | `false` | Excluir hits promovidos de soltos para estritos | +| `--rgi_frequency` | boolean | `false` | Representar amostras com base no perfil de resistência | +| `--rgi_category` | string | | Organizar genes de resistência com base em uma categoria (opções: `drug_class`, `resistance_mechanism`, `gene_family`) | +| `--rgi_cluster` | string | | Usar o algoritmo de agrupamento hierárquico do SciPy para agrupar linhas (genes AMR) ou colunas (amostras) (opções: `samples`, `genes`, `both`) | +| `--rgi_display` | string | `plain` | Especificar opções de exibição para categorias (opções: `plain`, `fill`, `text`) | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados pelo agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [rgi](/developers/subworkflows/rgi) - Prever resistência antimicrobiana a partir de dados proteicos ou nucleotídicos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) + Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/rgi) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sccmec.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sccmec.mdx new file mode 100644 index 00000000..2aa0ec9c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sccmec.mdx @@ -0,0 +1,273 @@ +--- +title: sccmec +description: "Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus." +tags: + - resistance + - staphylococcus-aureus + - mrsa + - sccmec + - typing + - bactopia-tool +--- + +# sccmec + +**Tags:** resistance staphylococcus-aureus mrsa sccmec typing bactopia-tool + +Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de *Staphylococcus aureus*. + +Esta Bactopia Tool utiliza [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) para identificar e tipar +elementos Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de *Staphylococcus aureus*. +Os cassetes SCCmec são elementos genéticos móveis que carregam o gene mecA e outros determinantes +de resistência à meticilina. A ferramenta realiza buscas BLAST contra sequências específicas de +alvos e referências completas de cassetes para determinar tipos e subtipos de SCCmec, fornecendo +relatórios detalhados de hits BLAST e previsões de tipo para vigilância epidemiológica de MRSA. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf sccmec \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/sccmec/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── sccmec- +│ ├── .regions.blastn.tsv +│ ├── .regions.details.tsv +│ ├── .targets.blastn.tsv +│ ├── .targets.details.tsv +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── sccmec- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── sccmec-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── sccmec.tsv + └── nf-reports + ├── sccmec-dag.dot + ├── sccmec-report.html + └── sccmec-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Relatório resumido do tipo SCCmec previsto para cada amostra | +| `*.targets.blastn.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com todos os hits BLAST de alvos específicos | +| `*.targets.details.tsv` | Detalhamento das previsões de tipo com base nos hits de alvos | +| `*.regions.blastn.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com todos os hits BLAST de cassetes completos | +| `*.regions.details.tsv` | Detalhamento das previsões de tipo com base nos cassetes completos | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `sccmec.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados de tipagem SCCmec de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| sccmec-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| sccmec-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| sccmec-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| sccmec-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | integer | `90` | Identidade percentual mínima para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | integer | `80` | Cobertura percentual mínima para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | integer | `85` | Identidade percentual mínima para contabilizar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | integer | `93` | Cobertura percentual mínima para contabilizar um hit de região | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde extrair containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis em algumas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [sccmec](/developers/subworkflows/sccmec) - Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) + Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/sccmec) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/scrubber.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/scrubber.mdx new file mode 100644 index 00000000..5954ca14 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/scrubber.mdx @@ -0,0 +1,303 @@ +--- +title: scrubber +description: "Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - decontamination + - human-removal + - read-filtering + - bactopia-tool +--- + +# scrubber + +**Tags:** metagenomics decontamination human-removal read-filtering bactopia-tool + +Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos. + +Esta Bactopia Tool remove sequências humanas e outras sequências contaminantes de reads metagenômicos usando +[deacon](https://github.com/bede/deacon) (padrão), [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman), +ou [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber). A ferramenta oferece remoção +flexível de contaminação com relatórios detalhados das estatísticas de classificação e filtragem de reads. +Ela processa reads paired-end ou single-end, gerando arquivos FASTQ limpos com as sequências humanas +removidas e relatórios abrangentes documentando o processo de descontaminação. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf scrubber \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/scrubber/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── scrubber- +│ ├── .deacon.json +│ ├── .scrub.report.tsv +│ ├── _R1.scrubbed.fastq.gz +│ ├── _R2.scrubbed.fastq.gz +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── scrubber- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── scrubber-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── scrubber.tsv + └── nf-reports + ├── scrubber-dag.dot + ├── scrubber-report.html + └── scrubber-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.scrubbed.fastq.gz` | Reads limpos após a remoção de sequências humanas | +| `*.scrub.report.tsv` | Relatório das estatísticas de classificação e remoção de reads | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `scrubber.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os relatórios do scrubber de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| scrubber-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| scrubber-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| scrubber-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| scrubber-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do SRA Human Scrubber + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_srascrubber` | boolean | `false` | Usar SRAHumanScrubber para remover reads humanos | + +### Parâmetros de Download do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o banco de dados do nohuman ou diretório para baixá-lo | +| `--nohuman_db_version` | string | | Versão do banco de dados a ser baixado (padrão: última versão HPRC) | +| `--nohuman_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados do nohuman como um tarball | +| `--download_nohuman` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados do nohuman para o caminho definido por --nohuman_db | + +### Parâmetros de Execução do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados do nohuman | +| `--nohuman_confidence` | number | `0.0` | Pontuação mínima de confiança do Kraken2 para classificação (0.0-1.0) | +| `--nohuman_human` | boolean | `false` | Inverter a saída para manter apenas reads humanos em vez de removê-los | +| `--nohuman_save_report` | boolean | `false` | Salvar o relatório de classificação do Kraken2 | + +### Parâmetros de Busca do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_index_name` | string | `panhuman-1` | Nome do índice deacon pré-construído a ser baixado | +| `--download_deacon` | boolean | `false` | Baixar o índice do deacon para o cache de datasets | +| `--use_deacon` | boolean | `false` | Usar deacon para filtragem de reads do hospedeiro | + +### Parâmetros de Filtragem do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_abs_threshold` | integer | `2` | Número mínimo absoluto de hits de minimizadores para uma correspondência | +| `--deacon_db` | string | | Caminho para um índice deacon pré-existente (.idx) para filtragem de reads do hospedeiro | +| `--deacon_deplete` | boolean | `true` | Descartar sequências correspondentes em vez de mantê-las | +| `--deacon_opts` | string | | Opções adicionais do deacon filter não cobertas por outros parâmetros | +| `--deacon_prefix_length` | integer | `0` | Pesquisar apenas os primeiros N nucleotídeos por sequência (0 para todos) | +| `--deacon_rel_threshold` | number | `0.01` | Proporção relativa mínima (0.0-1.0) de hits de minimizadores para uma correspondência | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que define se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [scrubber](/developers/subworkflows/scrubber) - Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/scrubber) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seqsero2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seqsero2.mdx new file mode 100644 index 00000000..4a606df4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seqsero2.mdx @@ -0,0 +1,269 @@ +--- +title: seqsero2 +description: "Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens." +tags: + - salmonella + - serotyping + - epidemiology + - o-antigen + - h-antigen + - bactopia-tool +--- + +# seqsero2 + +**Tags:** salmonella serotyping epidemiology o-antigen h-antigen bactopia-tool + +Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) para prever +sorotipos de Salmonella tanto a partir de reads brutos de sequenciamento quanto de genomas montados. +SeqSero2 é um pipeline inovador para determinar sorotipos de Salmonella usando reads brutos de +sequenciamento ou montagens, por meio de análise de k-mer e identificação direcionada dos genes +dos antígenos O e H. A ferramenta fornece predições precisas de sorotipo seguindo o esquema +Kaufmann-White, suportando métodos de sorotipagem tradicionais e moleculares para vigilância +epidemiológica e investigação de surtos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf seqsero2 \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/seqsero2/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── seqsero2- +│ ├── .tsv +│ ├── .txt +│ └── logs +│ ├── .log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── seqsero2- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── seqsero2-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── seqsero2.tsv + └── nf-reports + ├── seqsero2-dag.dot + ├── seqsero2-report.html + └── seqsero2-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*_result.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação com resultados detalhados do SeqSero2 para cada amostra | +| `*_result.txt` | Arquivo de texto com pares chave-valor dos resultados de predição do SeqSero2 | +| `*_log.txt` | Arquivo de log detalhado da análise do SeqSero2 | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `seqsero2.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do SeqSero2 de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para você +revisar caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desmontar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para +otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| seqsero2-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| seqsero2-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| seqsero2-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| seqsero2-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do SeqSero2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seqsero2_run_mode` | string | `k` | Fluxo de trabalho a executar. Modo alelo 'a' ou modo k-mer 'k' (opções: `a`, `k`) | +| `--seqsero2_input_type` | string | `assembly` | Formato de entrada a analisar. 'assembly' ou 'fastq' (opções: `assembly`, `fastq`) | +| `--seqsero2_bwa_mode` | string | `mem` | Algoritmos para mapeamento bwa no modo alelo (opções: `mem`, `sam`) | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer trabalho individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer trabalho individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer trabalho individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer trabalho individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) das filas separados por vírgula a serem usadas por um agendador de tarefas (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name') | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`') | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para onde o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes de iniciar a execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [seqsero2](/developers/subworkflows/seqsero2) - Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) + Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. [SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data.](https://doi.org/10.1128/AEM.01746-19) _Appl Environ Microbiology_ 85(23):e01746-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/seqsero2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seroba.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seroba.mdx new file mode 100644 index 00000000..a9bfb493 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/seroba.mdx @@ -0,0 +1,265 @@ +--- +title: seroba +description: "Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads pareados Illumina." +tags: + - serotyping + - streptococcus-pneumoniae + - capsule + - cps-locus + - vaccine + - bactopia-tool +--- + +# seroba + +**Tags:** serotyping streptococcus-pneumoniae capsule cps-locus vaccine bactopia-tool + +Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads pareados Illumina. + +Esta ferramenta Bactopia utiliza o [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) para predizer o +sorotipo de amostras de *Streptococcus pneumoniae* a partir de reads de sequenciamento brutos. O Seroba emprega +uma abordagem baseada em k-mers para identificar e tipar cápsulas pneumocócicas, determinando tanto o +sorotipo quanto o sorogrupo com base na presença de sequências específicas do locus de síntese de +polissacarídeos capsulares (cps). A ferramenta é especificamente desenvolvida para reads pareados Illumina e +fornece predições de sorotipo precisas, essenciais para vigilância epidemiológica e estudos de +desenvolvimento de vacinas. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf seroba \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/seroba/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── seroba- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── seroba- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── seroba-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── seroba.tsv + └── nf-reports + ├── seroba-dag.dot + ├── seroba-report.html + └── seroba-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação contendo o sorotipo predito para cada amostra | +| `*detailed_serogroup_info.txt` | Informações detalhadas sobre a predição do sorotipo e cobertura | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `seroba.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo as predições de sorotipo de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|-------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| seroba-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| seroba-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| seroba-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| seroba-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do SeroBA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seroba_noclean` | boolean | `false` | Não remove os arquivos intermediários | +| `--seroba_coverage` | integer | `20` | Limiar para cobertura de k-mers da sequência de referência | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá os arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [seroba](/developers/subworkflows/seroba) - pipeline baseado em k-mers para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) + Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA [SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000186) _Microbial Genomics_, 4(7) (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/seroba) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigapass.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigapass.mdx new file mode 100644 index 00000000..05f01a6a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigapass.mdx @@ -0,0 +1,260 @@ +--- +title: shigapass +description: "Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC." +tags: + - shigella + - eiec + - serotyping + - o-antigen + - ipa-genes + - epidemiology + - bactopia-tool +--- + +# shigapass + +**Tags:** shigella eiec serotyping o-antigen ipa-genes epidemiology bactopia-tool + +Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [ShigaPass](https://github.com/imanyass/ShigaPass) para a +predição in silico de sorotipos em montagens de *Shigella* e diferenciação entre *Shigella*, +EIEC (*E. coli* Enteroinvasiva) e cepas não-*Shigella* EIEC. O ShigaPass analisa +determinantes antigênicos-chave, incluindo genes de processamento do antígeno-O e antígenos +do plasmídeo de invasão (genes ipa), para fornecer predições precisas de sorotipos seguindo +o esquema White-Kauffmann-Le Minor. Isso permite uma caracterização sorológica rápida, +essencial para investigações epidemiológicas e rastreamento de surtos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf shigapass \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/shigapass/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── shigapass- +│ ├── .tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ └── ShigaPass_summary.csv +└── bactopia-runs + └── shigapass- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── shigapass-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── shigapass.tsv + └── nf-reports + ├── shigapass-dag.dot + ├── shigapass-report.html + └── shigapass-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.csv` | Arquivo CSV contendo o sorotipo previsto de Shigella ou EIEC para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `shigapass.csv` | Arquivo CSV consolidado contendo os resultados do ShigaPass de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| shigapass-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| shigapass-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| shigapass-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| shigapass-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [shigapass](/developers/subworkflows/shigapass) - Prediz sorotipos de Shigella a partir de montagens. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [shigapass](https://github.com/imanyass/ShigaPass) + Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX [ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies.](https://doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000961) _Microb Genomics_ 9(3) (2023) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/shigapass) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..78964e8d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigatyper.mdx @@ -0,0 +1,268 @@ +--- +title: shigatyper +description: "Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento." +tags: + - shigella + - serotyping + - k-mer + - illumina + - nanopore + - epidemiology + - bactopia-tool +--- + +# shigatyper + +**Tags:** shigella serotyping k-mer illumina nanopore epidemiology bactopia-tool + +Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) para determinar rapidamente sorotipos de *Shigella* a partir de reads Illumina (single ou paired-end) e Oxford Nanopore. O ShigaTyper realiza análise baseada em k-mer direcionada a determinantes antigênicos específicos e genes marcadores para predizer sorotipos de acordo com o esquema de classificação White-Kauffmann-Le Minor. A ferramenta suporta múltiplas plataformas de sequenciamento e fornece estatísticas detalhadas de hits para cada gene-alvo, possibilitando a identificação rápida de sorotipos para investigações epidemiológicas e resposta a surtos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf shigatyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/shigatyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── shigatyper- +│ ├── -hits.tsv +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SE +│ └── tools +│ └── shigatyper- +│ ├── SE-hits.tsv +│ ├── SE.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR13039589 +│ └── tools +│ └── shigatyper- +│ ├── SRR13039589-hits.tsv +│ ├── SRR13039589.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── shigatyper- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── shigatyper-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── shigatyper.tsv + └── nf-reports + ├── shigatyper-dag.dot + ├── shigatyper-report.html + └── shigatyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação contendo o sorotipo de Shigella predito para cada amostra | +| `*-hits.tsv` | Estatísticas detalhadas sobre cada hit individual de gene utilizado para a predição do sorotipo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `shigatyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do ShigaTyper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados em plataformas de nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| shigatyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| shigatyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| shigatyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| shigatyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar os datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um atalho para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [shigatyper](/developers/subworkflows/shigatyper) - Prediz sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) + Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J [In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification.](https://doi.org/10.1128/AEM.00165-19) *Applied and Environmental Microbiology*, 85(7). (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/shigatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigeifinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigeifinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..589e8da2 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/shigeifinder.mdx @@ -0,0 +1,254 @@ +--- +title: shigeifinder +description: "Predição in silico de sorotipo para Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC)." +tags: + - shigella + - eiec + - serotyping + - prediction + - epidemiology + - bactopia-tool +--- + +# shigeifinder + +**Tags:** shigella eiec serotyping prediction epidemiology bactopia-tool + +Predição in silico de sorotipo para Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC). + +Esta Bactopia Tool utiliza o [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) para realizar a +predição rápida de sorotipo a partir de montagens de genomas. Ela fornece identificação de espécies e prediz +os antígenos O e H tradicionais para isolados de Shigella e EIEC, possibilitando o rastreamento +epidemiológico e a vigilância sem a necessidade de métodos sorológicos tradicionais. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf shigeifinder \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/shigeifinder/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── shigeifinder- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── shigeifinder- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── shigeifinder-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── shigeifinder.tsv + └── nf-reports + ├── shigeifinder-dag.dot + ├── shigeifinder-report.html + └── shigeifinder-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Arquivo delimitado por tabulação contendo o sorotipo predito de Shigella ou EIEC | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `shigeifinder.tsv` | Arquivo TSV combinado contendo as predições de sorotipo de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| shigeifinder-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| shigeifinder-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| shigeifinder-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| shigeifinder-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não utilizar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [shigeifinder](/developers/subworkflows/shigeifinder) - Prediz sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) + Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R [Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000704) Microbial Genomics, 7(12). (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/shigeifinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sistr.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sistr.mdx new file mode 100644 index 00000000..ef869c2c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sistr.mdx @@ -0,0 +1,259 @@ +--- +title: sistr +description: "Predição de sorotipo de Salmonella enterica a partir de montagens." +tags: + - salmonella + - serovar + - cgmlst + - typing + - sistr + - bactopia-tool +--- + +# sistr + +**Tags:** salmonella serovar cgmlst typing sistr bactopia-tool + +Predição de sorotipo de Salmonella enterica a partir de montagens. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [Salmonella In Silico Typing Resource](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd), +ou SISTR, para predição de sorotipo de montagens de Salmonella enterica usando tipagem +cgMLST e predição molecular de sorotipo. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf sistr \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/sistr/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── sistr- +│ ├── -allele.fasta.gz +│ ├── -allele.json.gz +│ ├── -cgmlst.csv +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── sistr- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── sistr-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── sistr.tsv + └── nf-reports + ├── sistr-dag.dot + ├── sistr-report.html + └── sistr-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.csv` | Resultados da análise SISTR em formato CSV | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `sistr.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo resultados SISTR de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| sistr-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| sistr-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| sistr-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| sistr-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do SISTR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sistr_full_cgmlst` | boolean | `false` | Utiliza o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde os containers Docker serão obtidos. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a obter e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow obteve o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Exibe todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [sistr](/developers/subworkflows/sistr) - Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) + Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN [The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147101) _PloS One_, 11(1), e0147101. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/sistr) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/snippy.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/snippy.mdx new file mode 100644 index 00000000..d8513cb6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/snippy.mdx @@ -0,0 +1,562 @@ +--- +title: snippy +description: "Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma central." +tags: + - snp + - variant-calling + - phylogeny + - core-genome + - snippy + - bactopia-tool +--- + +# snippy + +**Tags:** snp variant-calling phylogeny core-genome snippy bactopia-tool + +Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma central. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) para encontrar SNPs entre um +genoma de referência e um conjunto de reads, realizar alinhamento do genoma central e gerar +árvores filogenéticas. Inclui detecção opcional de recombinação com Gubbins +e construção de árvore filogenética com IQ-Tree. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf snippy \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/snippy/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── .aligned.fa.gz +│ ├── .annotated.vcf.gz +│ ├── .bam +│ ├── .bam.bai +│ ├── .bed.gz +│ ├── .consensus.fa.gz +│ ├── .consensus.subs.fa.gz +│ ├── .consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── .coverage.txt.gz +│ ├── .csv.gz +│ ├── .filt.vcf.gz +│ ├── .gff.gz +│ ├── .html +│ ├── .raw.vcf.gz +│ ├── .subs.vcf.gz +│ ├── .tab +│ ├── .txt +│ ├── .vcf.gz +│ └── logs +│ ├── .log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── ERR6005894 +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── ERR6005894.aligned.fa.gz +│ ├── ERR6005894.annotated.vcf.gz +│ ├── ERR6005894.bam +│ ├── ERR6005894.bam.bai +│ ├── ERR6005894.bed.gz +│ ├── ERR6005894.consensus.fa.gz +│ ├── ERR6005894.consensus.subs.fa.gz +│ ├── ERR6005894.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── ERR6005894.coverage.txt.gz +│ ├── ERR6005894.csv.gz +│ ├── ERR6005894.filt.vcf.gz +│ ├── ERR6005894.gff.gz +│ ├── ERR6005894.html +│ ├── ERR6005894.raw.vcf.gz +│ ├── ERR6005894.subs.vcf.gz +│ ├── ERR6005894.tab +│ ├── ERR6005894.txt +│ ├── ERR6005894.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── ERR6005894.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── ERR6005894SE +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── ERR6005894SE.aligned.fa.gz +│ ├── ERR6005894SE.annotated.vcf.gz +│ ├── ERR6005894SE.bam +│ ├── ERR6005894SE.bam.bai +│ ├── ERR6005894SE.bed.gz +│ ├── ERR6005894SE.consensus.fa.gz +│ ├── ERR6005894SE.consensus.subs.fa.gz +│ ├── ERR6005894SE.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── ERR6005894SE.coverage.txt.gz +│ ├── ERR6005894SE.csv.gz +│ ├── ERR6005894SE.filt.vcf.gz +│ ├── ERR6005894SE.gff.gz +│ ├── ERR6005894SE.html +│ ├── ERR6005894SE.raw.vcf.gz +│ ├── ERR6005894SE.subs.vcf.gz +│ ├── ERR6005894SE.tab +│ ├── ERR6005894SE.txt +│ ├── ERR6005894SE.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── ERR6005894SE.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR2838702 +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── SRR2838702.aligned.fa.gz +│ ├── SRR2838702.annotated.vcf.gz +│ ├── SRR2838702.bam +│ ├── SRR2838702.bam.bai +│ ├── SRR2838702.bed.gz +│ ├── SRR2838702.consensus.fa.gz +│ ├── SRR2838702.consensus.subs.fa.gz +│ ├── SRR2838702.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── SRR2838702.coverage.txt.gz +│ ├── SRR2838702.csv.gz +│ ├── SRR2838702.filt.vcf.gz +│ ├── SRR2838702.gff.gz +│ ├── SRR2838702.html +│ ├── SRR2838702.raw.vcf.gz +│ ├── SRR2838702.subs.vcf.gz +│ ├── SRR2838702.tab +│ ├── SRR2838702.txt +│ ├── SRR2838702.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── SRR2838702.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR2838702SE +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── SRR2838702SE.aligned.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE.annotated.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE.bam +│ ├── SRR2838702SE.bam.bai +│ ├── SRR2838702SE.bed.gz +│ ├── SRR2838702SE.consensus.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE.consensus.subs.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE.coverage.txt.gz +│ ├── SRR2838702SE.csv.gz +│ ├── SRR2838702SE.filt.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE.gff.gz +│ ├── SRR2838702SE.html +│ ├── SRR2838702SE.raw.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE.subs.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE.tab +│ ├── SRR2838702SE.txt +│ ├── SRR2838702SE.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── SRR2838702SE.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR2838702SE_2 +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── SRR2838702SE_2.aligned.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.annotated.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.bam +│ ├── SRR2838702SE_2.bam.bai +│ ├── SRR2838702SE_2.bed.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.consensus.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.consensus.subs.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.coverage.txt.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.csv.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.filt.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.gff.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.html +│ ├── SRR2838702SE_2.raw.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.subs.vcf.gz +│ ├── SRR2838702SE_2.tab +│ ├── SRR2838702SE_2.txt +│ ├── SRR2838702SE_2.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── SRR2838702SE_2.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR2838702_2 +│ └── tools +│ └── snippy- +│ └── GCF_000292685 +│ ├── SRR2838702_2.aligned.fa.gz +│ ├── SRR2838702_2.annotated.vcf.gz +│ ├── SRR2838702_2.bam +│ ├── SRR2838702_2.bam.bai +│ ├── SRR2838702_2.bed.gz +│ ├── SRR2838702_2.consensus.fa.gz +│ ├── SRR2838702_2.consensus.subs.fa.gz +│ ├── SRR2838702_2.consensus.subs.masked.fa.gz +│ ├── SRR2838702_2.coverage.txt.gz +│ ├── SRR2838702_2.csv.gz +│ ├── SRR2838702_2.filt.vcf.gz +│ ├── SRR2838702_2.gff.gz +│ ├── SRR2838702_2.html +│ ├── SRR2838702_2.raw.vcf.gz +│ ├── SRR2838702_2.subs.vcf.gz +│ ├── SRR2838702_2.tab +│ ├── SRR2838702_2.txt +│ ├── SRR2838702_2.vcf.gz +│ └── logs +│ ├── SRR2838702_2.log +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── snippy- + ├── GCF_000292685.samples.txt + ├── core-snp-clean.full.aln.gz + ├── core-snp.distance.tsv + ├── core-snp.full.aln.gz + ├── core-snp.masked.aln.gz + ├── core-snp.masked.distance.tsv + ├── gubbins + │ ├── core-snp.branch_base_reconstruction.embl.gz + │ ├── core-snp.filtered_polymorphic_sites.fasta.gz + │ ├── core-snp.filtered_polymorphic_sites.phylip + │ ├── core-snp.final_tree.tre + │ ├── core-snp.node_labelled.final_tree.tre + │ ├── core-snp.per_branch_statistics.csv + │ ├── core-snp.recombination_predictions.embl.gz + │ ├── core-snp.recombination_predictions.gff.gz + │ ├── core-snp.summary_of_snp_distribution.vcf.gz + │ └── logs + │ ├── core-snp.log + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── nf-reports + │ ├── snippy-dag.dot + │ ├── snippy-report.html + │ └── snippy-timeline.html + ├── snippy-core + │ ├── core-snp.aln.gz + │ ├── core-snp.tab.gz + │ ├── core-snp.txt + │ ├── core-snp.vcf.gz + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + ├── snpdists + │ └── logs + │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ └── versions.yml + └── snpdists-masked + └── logs + ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + └── versions.yml +``` + +### Chamada de Variantes + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.vcf` | Chamadas de variantes em formato VCF | +| `*.bam` | Arquivo de alinhamento | +| `*.txt` | Relatório resumido do Snippy | + +### Alinhamento do Genoma Central + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `core.full.aln` | Alinhamento completo do genoma central | +| `core.snps.aln` | Alinhamento de SNPs do genoma central | + +### Análise de Recombinação + +:::note[Nota] +Criado apenas se a análise de recombinação estiver habilitada +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.filtered.aln` | Alinhamento com regiões de recombinação removidas | +| `*.gff` | Predições de recombinação | + +### Filogenia + +:::note[Nota] +Criado apenas se a análise filogenética estiver habilitada +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.treefile` | Árvore filogenética no formato Newick | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `snippy.tsv` | Resumo consolidado das análises do Snippy | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta há arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio utilizado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/liberar arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar os custos esperados ao utilizar plataformas de nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| snippy-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| snippy-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| snippy-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| snippy-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Download de Genomas do NCBI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para baixar montagens | +| `--accession` | string | | Um número de acesso de montagem do NCBI para ser baixado | +| `--accessions` | string | | Um arquivo com números de acesso de montagens do NCBI (um por linha) para serem baixados | +| `--format` | string | `fasta` | Lista de formatos separados por vírgula para baixar | +| `--section` | string | `refseq` | Seção do NCBI para download | +| `--assembly_level` | string | `complete` | Lista de níveis de montagem separados por vírgula para baixar | +| `--kingdom` | string | `bacteria` | Lista de formatos separados por vírgula para baixar | +| `--limit` | string | | Limitar o número de montagens a serem baixadas | +| `--keep_downloads` | boolean | `false` | Salvar os arquivos baixados na pasta bactopia-runs | + +### Parâmetros de Execução do Snippy + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--reference` | string | | Genoma de referência no formato GenBank | +| `--snippy_mapqual` | integer | `60` | Qualidade mínima de mapeamento de reads a considerar | +| `--snippy_basequal` | integer | `13` | Qualidade mínima de base a considerar | +| `--snippy_mincov` | integer | `10` | Profundidade mínima do sítio para chamada de alelos | +| `--snippy_minfrac` | integer | `0` | Proporção mínima para evidência de variante (0=AUTO) | +| `--snippy_minqual` | integer | `100` | QUALIDADE mínima na coluna 6 do VCF | +| `--snippy_maxsoft` | integer | `10` | Máximo de soft clipping permitido | +| `--snippy_bwaopt` | string | | Opções extras do BWA MEM, ex.: -x pacbio | +| `--snippy_fbopt` | string | | Opções extras do Freebayes, ex.: --theta 1E-6 --read-snp-limit 2 | +| `--snippy_remove_bam` | boolean | `false` | Excluir arquivos BAM após a chamada de variantes | +| `--snippy_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Snippy | + +### Parâmetros do Snippy-Core + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--snippy_core_maxhap` | integer | `100` | Maior haplótipo a decompor | +| `--snippy_core_mask` | string | | Arquivo BED de sítios a mascarar | +| `--snippy_core_mask_char` | string | `X` | Caractere de mascaramento | +| `--snippy_core_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o snippy-core | + +### Parâmetros do SNP-Dists + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--snpdists_a` | boolean | `false` | Contar todas as diferenças, não apenas [AGTC] | +| `--snpdists_b` | boolean | `false` | Manter a célula do canto superior esquerdo | +| `--snpdists_csv` | boolean | `false` | Gerar saída em CSV em vez de TSV | +| `--snpdists_k` | boolean | `false` | Manter capitalização, não converter todas as letras para maiúsculas | + +### Parâmetros do Gubbins + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gubbins_iterations` | integer | `5` | Número máximo de iterações | +| `--gubbins_min_snps` | integer | `3` | Mínimo de SNPs para identificar um bloco de recombinação | +| `--gubbins_min_window_size` | integer | `100` | Tamanho mínimo da janela | +| `--gubbins_max_window_size` | integer | `10000` | Tamanho máximo da janela | +| `--gubbins_filter_percentage` | number | `25.0` | Filtrar taxa com mais do que esta porcentagem de lacunas | +| `--gubbins_remove_identical_sequences` | boolean | `false` | Remover sequências idênticas | +| `--gubbins_opts` | string | | Opções extras do Gubbins entre aspas | +| `--skip_recombination` | boolean | `false` | Pular a execução do Gubbins nos subworkflows | + +### Parâmetros do IQ-TREE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--iqtree_model` | string | `HKY` | Nome do modelo de substituição | +| `--iqtree_bb` | integer | `1000` | Réplicas de bootstrap ultrarrápido | +| `--iqtree_alrt` | integer | `1000` | Réplicas do teste de razão de verossimilhança aproximado tipo SH | +| `--iqtree_asr` | boolean | `false` | Reconstrução de estado ancestral por Bayes empírico | +| `--iqtree_opts` | string | | Opções extras do IQ-TREE entre aspas. | +| `--skip_phylogeny` | boolean | `false` | Pular a execução do IQ-TREE nos subworkflows | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer tarefa individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer tarefa individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer tarefa individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer tarefa individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de tarefas (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser convenientes em alguns casos. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [gubbins](/developers/subworkflows/gubbins) - Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos. +- [iqtree](/developers/subworkflows/iqtree) - Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. +- [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) - Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. +- [snippy_core](/developers/subworkflows/snippy_core) - Gerar alinhamento de SNPs do genoma central a partir das saídas por amostra do Snippy. +- [snippy_run](/developers/subworkflows/snippy_run) - Chamar variantes em relação a um genoma de referência usando o Snippy. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) + Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +- [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) + Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J, Harris SR [Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins.](https://doi.org/10.1093/nar/gku1196) _Nucleic Acids Research_ 43(3), e15. (2015) + +- [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/snippy) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/spatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/spatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..2e94ffe6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/spatyper.mdx @@ -0,0 +1,255 @@ +--- +title: spatyper +description: "Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - spa-typing + - epidemiology + - bactopia-tool +--- + +# spatyper + +**Tags:** staphylococcus-aureus spa-typing epidemiology bactopia-tool + +Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) para atribuir +tipos spa a montagens de _Staphylococcus aureus_ para tipagem epidemiológica. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf spatyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/spatyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── spatyper- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── spatyper- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── spatyper-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── spatyper.tsv + └── nf-reports + ├── spatyper-dag.dot + ├── spatyper-report.html + └── spatyper-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados de tipagem spa para cada amostra | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `spatyper.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do spaTyper de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| spatyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| spatyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| spatyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| spatyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista os tipos spa e a ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realiza enriquecimento do produto de PCR | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde puxar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a puxar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis em algumas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [spatyper](/developers/subworkflows/spatyper) - Prediz os tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) + Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/spatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ssuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ssuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..8b393e08 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/ssuissero.mdx @@ -0,0 +1,247 @@ +--- +title: ssuissero +description: "Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis." +tags: + - streptococcus-suis + - serotyping + - fasta + - bactopia-tool +--- + +# ssuissero + +**Tags:** streptococcus-suis serotyping fasta bactopia-tool + +Predição de sorotipo de montagens de _Streptococcus suis_. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) para prever +o sorotipo de montagens de _Streptococcus suis_. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf ssuissero \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/ssuissero/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── ssuissero- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── ssuissero- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── ssuissero-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── ssuissero.tsv + └── nf-reports + ├── ssuissero-dag.dot + ├── ssuissero-report.html + └── ssuissero-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados da predição de sorotipo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `ssuissero.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do SsuisSero de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| ssuissero-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| ssuissero-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| ssuissero-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| ssuissero-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes, se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do seu Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro do qual os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [ssuissero](/developers/subworkflows/ssuissero) - Prevê sorotipos de _Streptococcus suis_ a partir de montagens de genomas. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) + Lui J [SsuisSero: Rapid _Streptococcus suis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/ssuissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphscan.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphscan.mdx new file mode 100644 index 00000000..1154733a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphscan.mdx @@ -0,0 +1,262 @@ +--- +title: staphscan +description: "Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - surveillance + - mlst + - spa-typing + - sccmec + - amr + - virulence + - bactopia-tool +--- + +# staphscan + +**Tags:** staphylococcus-aureus surveillance mlst spa-typing sccmec amr virulence bactopia-tool + +Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) para realizar +vigilância genômica de _Staphylococcus aureus_ para tipagem epidemiológica e +perfil de resistência. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf staphscan \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/staphscan/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── staphscan- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── staphscan- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── staphscan-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── staphscan.tsv + └── nf-reports + ├── staphscan-dag.dot + ├── staphscan-report.html + └── staphscan-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tsv` | Resumo de vigilância por amostra com resultados de MLST, tipo spa, SCCmec, cápsula, AGR, resistência, biofilme e virulência | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `staphscan.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do staphscan de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos conforme o perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| staphscan-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| staphscan-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| staphscan-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| staphscan-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do StaphSCAN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphscan_modules` | string | | Lista de módulos a executar, separados por vírgula | +| `--staphscan_db_mlst` | string | | Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será deletado. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registry para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes de iniciar a execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [staphscan](/developers/subworkflows/staphscan) - Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) + Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/staphscan) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphtyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphtyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..d427c78c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/staphtyper.mdx @@ -0,0 +1,324 @@ +--- +title: staphtyper +description: "Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - agr + - spa + - sccmec + - surveillance + - typing + - bactopia-tool +--- + +# staphtyper + +**Tags:** staphylococcus-aureus agr spa sccmec surveillance typing bactopia-tool + +Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus. + +Esta Bactopia Tool é um subworkflow que inclui múltiplas ferramentas específicas para tipagem +de características de _Staphylococcus aureus_. Atualmente, o `staphtyper` inclui: +1. [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) - tipo de locus agr e variantes do operon +2. [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) - tipo spa +3. [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) - tipo SCCmec +4. [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) - vigilância baseada em genoma + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf staphtyper \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/staphtyper/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ ├── agrvate +│ │ ├── .tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── -agr_gp.tab +│ │ ├── -blastn_log.txt +│ │ └── .fna-error-report.tab +│ ├── sccmec +│ │ ├── .regions.blastn.tsv +│ │ ├── .regions.details.tsv +│ │ ├── .targets.blastn.tsv +│ │ ├── .targets.details.tsv +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── spatyper +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── staphscan +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── staphtyper- + ├── merged-results + │ ├── agrvate.tsv + │ ├── logs + │ │ ├── agrvate-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── sccmec-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── spatyper-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── staphscan-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── sccmec.tsv + │ ├── spatyper.tsv + │ └── staphscan.tsv + └── nf-reports + ├── staphtyper-dag.dot + ├── staphtyper-report.html + └── staphtyper-timeline.html +``` + +### Tipagem Abrangente + +:::note[Nota] +Resultados de todas as ferramentas de tipagem incluídas +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `staphtyper.tsv` | Resumo consolidado contendo os resultados de tipagem agr, spa e SCCmec | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| staphtyper-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| staphtyper-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| staphtyper-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| staphtyper-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada | + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Somente tipagem agr. Pula a extração do operon agr e a detecção de frameshift | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista de tipos spa e ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realizar enriquecimento do produto de PCR | + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | integer | `90` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | integer | `80` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | integer | `85` | Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | integer | `93` | Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de região | + +### Parâmetros do StaphSCAN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphscan_modules` | string | | Lista de módulos a executar separados por vírgula | +| `--staphscan_db_mlst` | string | | Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente as imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) das filas separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a passar para Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [staphtyper](/developers/subworkflows/staphtyper) - Determina os tipos agr, spa e SCCmec e realiza vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) + Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +- [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) + Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +- [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) + Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +- [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) + Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/staphtyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/stecfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/stecfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..839e0eaa --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/stecfinder.mdx @@ -0,0 +1,280 @@ +--- +title: stecfinder +description: "Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga." +tags: + - stec + - serotype + - e-coli + - shiga-toxin + - bactopia-tool +--- + +# stecfinder + +**Tags:** stec serotype e-coli shiga-toxin bactopia-tool + +Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) para identificar +o sorotipo de _E. coli_ produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de dados de sequenciamento. +O STECFinder determina o sorotipo, bem como os antígenos O e H. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf stecfinder \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/stecfinder/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── stecfinder- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SE +│ └── tools +│ └── stecfinder- +│ ├── SE.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── SRR13039589 +│ └── tools +│ └── stecfinder- +│ ├── SRR13039589.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── stecfinder- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── stecfinder-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── stecfinder.tsv + └── nf-reports + ├── stecfinder-dag.dot + ├── stecfinder-report.html + └── stecfinder-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.txt` | Resultados da identificação de sorotipo | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `stecfinder.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do STECFinder de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| stecfinder-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| stecfinder-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| stecfinder-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| stecfinder-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do STECFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--stecfinder_use_reads` | boolean | `false` | Reads Illumina paired-end serão usados em vez de montagens | +| `--stecfinder_hits` | boolean | `false` | Exibe resultados detalhados da busca de genes | +| `--stecfinder_cutoff` | number | `10.0` | Cobertura mínima de reads para que um gene seja identificado | +| `--stecfinder_length` | number | `50.0` | Porcentagem do comprimento do gene necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene ipaH necessária para uma chamada de gene positiva | +| `--stecfinder_ipah_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_stx_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene stx necessária para uma chamada de gene positiva | +| `--stecfinder_stx_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_o_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene wz_ necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_o_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_h_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene fliC necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_h_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads) | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para download simultâneo | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [stecfinder](/developers/subworkflows/stecfinder) - Identifica e determina o sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) + Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R [Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers.](https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.772574) _Frontiers in Cellular and Infection Microbiology_, 11, 772574. (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/stecfinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sylph.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sylph.mdx new file mode 100644 index 00000000..9216c368 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/sylph.mdx @@ -0,0 +1,265 @@ +--- +title: sylph +description: "Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância." +tags: + - taxonomic-profiling + - metagenomics + - minhash + - abundance + - sylph + - bactopia-tool +--- + +# sylph + +**Tags:** taxonomic-profiling metagenomics minhash abundance sylph bactopia-tool + +Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância. + +Esta Bactopia Tool usa o [Sylph](https://github.com/bluenote-1577/Sylph) para realizar +perfis taxonômicos de amostras metagenômicas utilizando sketches MinHash corrigidos por +abundância para quantificação precisa em nível de espécie. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf sylph \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/sylph/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── sylph- +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── sylph- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── sylph-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── sylph.tsv + └── nf-reports + ├── sylph-dag.dot + ├── sylph-report.html + └── sylph-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.profile.txt` | Perfil de abundância de espécies | +| `*.krona.html` | Visualização interativa em gráfico Krona | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `sylph.tsv` | Arquivo TSV consolidado contendo perfis Sylph de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| sylph-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| sylph-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| sylph-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| sylph-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Perfil do Sylph + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sylph_db` | string | | O caminho para um banco de dados formatado para Sylph | +| `--sylph_k` | integer | `31` | Tamanho do k-mer para sketching | +| `--sylph_min_spacing` | integer | `30` | Espaçamento mínimo entre k-mers selecionados nos genomas do banco de dados | +| `--sylph_subsample_rate` | integer | `200` | Taxa de subamostragem para sketching | +| `--sylph_min_ani` | integer | `95` | ANI ajustada mínima a considerar. Valores menores que 95 para perfil produzirão resultados imprecisos. | +| `--sylph_min_kmers` | integer | `50` | Excluir genomas com menos do que este número de k-mers amostrados | +| `--sylph_min_correct` | integer | `3` | Multiplicidade mínima de k-mer necessária para correção de cobertura. Valores maiores oferecem mais precisão, mas menor sensibilidade | +| `--sylph_estimate_unknown` | boolean | `false` | Estimar cobertura real e escalar a abundância de sequências no `profile` pelo percentual estimado de sequências desconhecidas | +| `--sylph_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Sylph | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separados por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [sylph](/developers/subworkflows/sylph) - Perfil de composição microbiana usando Sylph. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Sylph](https://github.com/bluenote-1/sylph) + Shaw J, and Yu YW [Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph.](https://doi.org/10.1038/s41587-024-02412-y) _Nature Biotechnology_ (2024) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/sylph) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..2ebb43ed --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastn.mdx @@ -0,0 +1,261 @@ +--- +title: tblastn +description: "Pesquise em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas." +tags: + - fasta + - blast + - alignment + - protein + - nucleotide + - bactopia-tool +--- + +# tblastn + +**Tags:** fasta blast alignment protein nucleotide bactopia-tool + +Pesquise em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas. + +Esta Ferramenta Bactopia utiliza o [TBLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=Blastdocs) +para consultar sequências de proteínas contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos (contigs) em busca de homologia. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf tblastn \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/tblastn/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── tblastn- +│ ├── .tblastn.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── tblastn- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── tblastn-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── tblastn.tsv + └── nf-reports + ├── tblastn-dag.dot + ├── tblastn-report.html + └── tblastn-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tblastn.tsv` | Resultados de alinhamento do TBLASTN em formato tabular | +| `*.tblastn.html` | Relatório HTML interativo dos resultados do TBLASTN | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `tblastn.tsv` | Resultados do TBLASTN consolidados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para você revisar caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar os custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| tblastn-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| tblastn-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| tblastn-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| tblastn-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do TBLASTN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tblastn_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados | +| `--tblastn_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--tblastn_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN | +| `--tblastn_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--tblastn_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--tblastn_use_genes` | boolean | `false` | Realizar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Limite Máximo de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a baixar simultaneamente | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde serão baixados os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
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+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [tblastn](/developers/subworkflows/tblastn) - Pesquisa sequências de consulta de proteínas contra bancos de dados de nucleotídeos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/tblastn) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..4eea62eb --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tblastx.mdx @@ -0,0 +1,262 @@ +--- +title: tblastx +description: "Pesquisa em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos." +tags: + - fasta + - blast + - alignment + - protein + - translation + - bactopia-tool +--- + +# tblastx + +**Tags:** fasta blast alignment protein translation bactopia-tool + +Pesquisa em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos. + +Esta Bactopia Tool utiliza [TBLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=Blastdocs) +para consultar sequências de nucleotídeos traduzidos contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos, +realizando uma busca abrangente de homologia no nível de proteína. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf tblastx \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/tblastx/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── tblastx- +│ ├── .tblastx.tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── tblastx- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── tblastx-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ └── tblastx.tsv + └── nf-reports + ├── tblastx-dag.dot + ├── tblastx-report.html + └── tblastx-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.tblastx.tsv` | Resultados de alinhamento TBLASTX em formato tabular | +| `*.tblastx.html` | Relatório HTML interativo dos resultados TBLASTX | + +### Resultados Combinados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `tblastx.tsv` | Resultados TBLASTX combinados de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| tblastx-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| tblastx-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| tblastx-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| tblastx-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros do TBLASTX + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tblastx_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para BLAST contra o banco de dados | +| `--tblastx_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--tblastx_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao BLASTN | +| `--tblastx_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--tblastx_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--tblastx_use_genes` | boolean | `false` | Realizar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar por vez | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibe o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostra todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibe o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [tblastx](/developers/subworkflows/tblastx) - Traduz sequências de consulta de nucleotídeos e pesquisa no banco de dados de nucleotídeos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os itens a seguir. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/tblastx) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tbprofiler.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tbprofiler.mdx new file mode 100644 index 00000000..b572c474 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/tbprofiler.mdx @@ -0,0 +1,279 @@ +--- +title: tbprofiler +description: "Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis." +tags: + - mycobacterium-tuberculosis + - resistance + - lineage + - typing + - tb + - bactopia-tool +--- + +# tbprofiler + +**Tags:** mycobacterium-tuberculosis resistance lineage typing tb bactopia-tool + +Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis. + +Esta Bactopia Tool utiliza o [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) para +analisar genomas de Mycobacterium tuberculosis em busca de mutações de resistência e tipagem +de linhagem. O fluxo de trabalho processa reads de sequenciamento para identificar variantes +associadas à resistência e determinar a linhagem de cada isolado de TB. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf tbprofiler \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/tbprofiler/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── tbprofiler- +│ ├── .csv +│ ├── .results.json.gz +│ ├── .txt +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── .bam +│ ├── .bam.bai +│ └── .targets.vcf.gz +└── bactopia-runs + └── tbprofiler- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ └── tbprofiler-collate + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── tbprofiler.csv + │ ├── tbprofiler.variants.csv + │ └── tbprofiler.variants.txt + └── nf-reports + ├── tbprofiler-dag.dot + ├── tbprofiler-report.html + └── tbprofiler-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.results.txt` | Arquivo de texto com os resultados de resistência e tipagem de linhagem do TBProfiler | +| `*.results.json` | Arquivo JSON com os resultados detalhados da análise do TBProfiler | +| `*.results.csv` | Arquivo CSV com os resultados do TBProfiler em formato tabular | +| `bam/*.bam` | Arquivo BAM com os detalhes de alinhamento dos reads contra os genomas de referência | +| `vcf/*.targets.csq.vcf.gz` | Arquivo VCF com anotações de variantes e consequências funcionais | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `tbprofiler.tsv` | Arquivo TSV consolidado com os resultados do TBProfiler de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para +otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| tbprofiler-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| tbprofiler-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| tbprofiler-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| tbprofiler-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Perfil do TB-Profiler + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_call_whole_genome` | boolean | `false` | Chamar o genoma inteiro | +| `--tbprofiler_mapper` | string | `bwa` | Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados Nanopore, o padrão será minimap2 (opções: `bwa`, `minimap2`, `bowtie2`, `bwa-mem2`) | +| `--tbprofiler_caller` | string | `freebayes` | Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: `bcftools`, `gatk`, `freebayes`) | +| `--tbprofiler_calling_params` | string | | Opções extras para o chamador de variantes entre aspas | +| `--tbprofiler_suspect` | boolean | `false` | Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML | +| `--tbprofiler_no_flagstat` | boolean | `false` | Não coletar flagstats | +| `--tbprofiler_no_delly` | boolean | `false` | Não executar delly | +| `--tbprofiler_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o TBProfiler | + +### Parâmetros de Consolidação do TB-Profiler + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_itol` | boolean | `false` | Gerar arquivos de configuração itol | +| `--tbprofiler_full` | boolean | `false` | Incluir mutações no arquivo de resultado principal | +| `--tbprofiler_all_variants` | boolean | `false` | Incluir todas as variantes na matriz de variantes | +| `--tbprofiler_mark_missing` | boolean | `false` | Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em uma posição de resistência a drogas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise | +
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+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar os datasets em cache | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
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+Parâmetros de Requisição Máxima de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas por vez | +
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+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para armazenar logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
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+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
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+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro a partir do qual os contêineres Docker serão baixados. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Auxiliares + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Define se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um atalho para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [tbprofiler](/developers/subworkflows/tbprofiler) - Ferramenta de análise de Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipagem de linhagem. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) + Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG [Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs.](https://doi.org/10.1186/s13073-019-0650-x) _Genome Med_ 11, 41 (2019) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/tbprofiler) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/traitar.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/traitar.mdx new file mode 100644 index 00000000..d38b77de --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-tools/current/traitar.mdx @@ -0,0 +1,279 @@ +--- +title: traitar +description: "Prever traços fenotípicos a partir de genomas microbianos" +tags: + - phenotype + - traits + - pfam + - bactopia-tool +--- + +# traitar + +**Tags:** phenotype traits pfam bactopia-tool + +Prever traços fenotípicos a partir de genomas microbianos + +Esta Bactopia Tool usa o [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) para prever traços fenotípicos a partir de genomas microbianos. + +## Uso + +Bactopia CLI: + +```bash +bactopia --wf traitar \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/traitar/main.nf \ + --bactopia /path/to/your/bactopia/results +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ └── tools +│ └── traitar- +│ ├── .majority.tsv +│ ├── .single_votes.tsv +│ ├── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── supplemental +│ ├── annotation +│ │ └── pfam +│ │ ├── _domtblout.dat +│ │ ├── _filtered_best.dat +│ │ └── summary.dat +│ ├── gene_prediction +│ │ ├── .faa +│ │ └── .gff +│ ├── phenotype_prediction +│ │ ├── predictions_flat_majority-votes_combined.txt +│ │ └── predictions_flat_single-votes_combined.txt +│ ├── predictions_conservative-vote.txt +│ ├── predictions_majority-vote.txt +│ ├── predictions_raw.txt +│ └── predictions_single-votes.txt +└── bactopia-runs + └── traitar- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ ├── traitar-majority-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── traitar-single-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── traitar-majority.tsv + │ └── traitar-single.tsv + └── nf-reports + ├── traitar-dag.dot + ├── traitar-report.html + └── traitar-timeline.html +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.majority.tsv` | Previsões de traços fenotípicos combinados por votação majoritária | +| `*.single_votes.tsv` | Previsões de traços fenotípicos combinados por voto único | +| `supplemental/*` | Arquivos de saída suplementares do Traitar | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `traitar-majority.tsv` | Previsões de fenótipos por votação majoritária consolidadas de todas as amostras | +| `traitar-single.tsv` | Previsões de fenótipos por voto único consolidadas de todas as amostras | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta, caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do Arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| traitar-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| traitar-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| traitar-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| traitar-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bactopia` | string | | O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas | + +### Parâmetros de Download do Traitar + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--traitar_db` | string | | Caminho para um banco de dados Traitar (deve conter o arquivo Pfam-A.hmm) | +| `--download_traitar` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados Pfam para o caminho especificado em --traitar_db | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +
+Parâmetros de Filtragem + +Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--include` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise | +| `--exclude` | string | | Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separado(s) por vírgula a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros pouco utilizados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir o texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir o texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [traitar](/developers/subworkflows/traitar) - Prever traços fenotípicos a partir de genomas microbianos + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +- [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) + Weimann A, Mooren K, Frank J, Pope PB, Gronow S, So AP [From genomes to phenotypes: Traitar, the microbial trait analyzer.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00101-16) _mSystems_ 1(6), e00101-16 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/bactopia-tools/traitar) From 9c8ae194d8ddb7dc42b6c085d75efdf9725733de Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:43:13 -0600 Subject: [PATCH 05/11] translate developers/ section to Portuguese (229 files) Fix unclosed code fences: LLM consistently drops trailing ``` at EOF. Added fix_unclosed_fences to post-processing pipeline to prevent recurrence. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- bin/translate/glossary.py | 8 + data/translations/pt/.hashes.json | 229 ++++++++++++++ .../current/ai-skills/index.mdx | 295 ++++++++++++++++++ .../current/cli/bactopia-atb-downloader.mdx | 48 +++ .../current/cli/bactopia-atb-formatter.mdx | 37 +++ .../current/cli/bactopia-bracken-to-excel.mdx | 29 ++ .../current/cli/bactopia-catalog.mdx | 45 +++ .../cli/bactopia-check-assembly-accession.mdx | 26 ++ .../current/cli/bactopia-check-fastqs.mdx | 27 ++ .../current/cli/bactopia-citations.mdx | 44 +++ .../current/cli/bactopia-cleanup-coverage.mdx | 26 ++ .../current/cli/bactopia-datasets.mdx | 42 +++ .../current/cli/bactopia-download.mdx | 50 +++ .../cli/bactopia-kraken-bracken-summary.mdx | 30 ++ .../current/cli/bactopia-lint.mdx | 50 +++ .../current/cli/bactopia-mask-consensus.mdx | 31 ++ .../current/cli/bactopia-merge-schemas.mdx | 42 +++ .../current/cli/bactopia-prepare.mdx | 54 ++++ .../current/cli/bactopia-prune.mdx | 40 +++ .../current/cli/bactopia-pubmlst-build.mdx | 45 +++ .../current/cli/bactopia-pubmlst-setup.mdx | 38 +++ .../current/cli/bactopia-review-tests.mdx | 54 ++++ .../current/cli/bactopia-scaffold.mdx | 164 ++++++++++ .../current/cli/bactopia-scrubber-summary.mdx | 28 ++ .../current/cli/bactopia-search.mdx | 53 ++++ .../current/cli/bactopia-status.mdx | 39 +++ .../current/cli/bactopia-summary.mdx | 60 ++++ .../current/cli/bactopia-sysinfo.mdx | 35 +++ .../current/cli/bactopia-test.mdx | 69 ++++ .../current/cli/bactopia-teton-prepare.mdx | 30 ++ .../current/cli/bactopia-update.mdx | 48 +++ .../current/cli/bactopia-workflows.mdx | 41 +++ .../current/cli/index.mdx | 53 ++++ .../current/index.mdx | 45 +++ .../current/modules/abricate_run.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/abricate_summary.mdx | 85 +++++ .../current/modules/abritamr_run.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/agrvate.mdx | 98 ++++++ .../current/modules/amrfinderplus_run.mdx | 127 ++++++++ .../current/modules/amrfinderplus_update.mdx | 61 ++++ .../current/modules/ariba_getref.mdx | 91 ++++++ .../current/modules/ariba_run.mdx | 120 +++++++ .../current/modules/bactopia_assembler.mdx | 221 +++++++++++++ .../current/modules/bactopia_datasets.mdx | 88 ++++++ .../current/modules/bactopia_gather.mdx | 148 +++++++++ .../current/modules/bactopia_qc.mdx | 199 ++++++++++++ .../current/modules/bactopia_sketcher.mdx | 135 ++++++++ .../current/modules/bactopia_teton.mdx | 97 ++++++ .../current/modules/bakta_download.mdx | 88 ++++++ .../current/modules/bakta_run.mdx | 176 +++++++++++ .../current/modules/blast_blastn.mdx | 110 +++++++ .../current/modules/blast_blastp.mdx | 109 +++++++ .../current/modules/blast_blastx.mdx | 111 +++++++ .../current/modules/blast_tblastn.mdx | 112 +++++++ .../current/modules/blast_tblastx.mdx | 112 +++++++ .../current/modules/bracken.mdx | 163 ++++++++++ .../current/modules/btyper3.mdx | 104 ++++++ .../current/modules/busco.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/checkm2_download.mdx | 80 +++++ .../current/modules/checkm2_predict.mdx | 115 +++++++ .../current/modules/checkm_lineagewf.mdx | 119 +++++++ .../current/modules/clermontyping.mdx | 97 ++++++ .../current/modules/clonalframeml.mdx | 117 +++++++ .../current/modules/csvtk_concat.mdx | 226 ++++++++++++++ .../current/modules/csvtk_join.mdx | 113 +++++++ .../current/modules/deacon_fetch.mdx | 78 +++++ .../current/modules/deacon_filter.mdx | 131 ++++++++ .../current/modules/deacon_index.mdx | 81 +++++ .../current/modules/defensefinder_run.mdx | 124 ++++++++ .../current/modules/defensefinder_update.mdx | 72 +++++ .../current/modules/ectyper.mdx | 104 ++++++ .../current/modules/eggnog_download.mdx | 90 ++++++ .../current/modules/eggnog_mapper.mdx | 131 ++++++++ .../current/modules/emmtyper.mdx | 116 +++++++ .../current/modules/fastani.mdx | 103 ++++++ .../current/modules/gamma.mdx | 117 +++++++ .../current/modules/genotyphi_parse.mdx | 104 ++++++ .../current/modules/gigatyper.mdx | 92 ++++++ .../current/modules/gtdbtk_classifywf.mdx | 121 +++++++ .../current/modules/gtdbtk_download.mdx | 85 +++++ .../current/modules/gubbins.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/hicap.mdx | 118 +++++++ .../current/modules/hpsuissero.mdx | 89 ++++++ .../current/modules/index.mdx | 116 +++++++ .../current/modules/iqtree.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/ismapper.mdx | 121 +++++++ .../current/modules/kleborate.mdx | 109 +++++++ .../current/modules/kraken2.mdx | 135 ++++++++ .../current/modules/legsta.mdx | 98 ++++++ .../current/modules/lissero.mdx | 100 ++++++ .../current/modules/mash_dist.mdx | 115 +++++++ .../current/modules/mashtree.mdx | 110 +++++++ .../current/modules/mcroni.mdx | 93 ++++++ .../current/modules/meningotype.mdx | 105 +++++++ .../current/modules/merlin_dist.mdx | 156 +++++++++ .../current/modules/midas_download.mdx | 83 +++++ .../current/modules/midas_species.mdx | 124 ++++++++ .../current/modules/mlst.mdx | 116 +++++++ .../current/modules/mobsuite_recon.mdx | 107 +++++++ .../current/modules/mykrobe_predict.mdx | 127 ++++++++ .../current/modules/ncbigenomedownload.mdx | 131 ++++++++ .../current/modules/ngmaster.mdx | 98 ++++++ .../current/modules/nohuman_download.mdx | 82 +++++ .../current/modules/nohuman_run.mdx | 126 ++++++++ .../current/modules/panaroo_run.mdx | 111 +++++++ .../current/modules/pasty.mdx | 102 ++++++ .../current/modules/pbptyper.mdx | 102 ++++++ .../current/modules/phispy.mdx | 102 ++++++ .../current/modules/pirate.mdx | 101 ++++++ .../current/modules/plasmidfinder.mdx | 106 +++++++ .../current/modules/pneumocat.mdx | 101 ++++++ .../current/modules/prokka.mdx | 166 ++++++++++ .../current/modules/quast.mdx | 98 ++++++ .../current/modules/rgi_heatmap.mdx | 89 ++++++ .../current/modules/rgi_main.mdx | 107 +++++++ .../current/modules/roary.mdx | 101 ++++++ .../current/modules/sccmec.mdx | 107 +++++++ .../current/modules/scoary.mdx | 107 +++++++ .../current/modules/seqsero2.mdx | 99 ++++++ .../current/modules/seroba_run.mdx | 102 ++++++ .../current/modules/shigapass.mdx | 90 ++++++ .../current/modules/shigatyper.mdx | 100 ++++++ .../current/modules/shigeifinder.mdx | 89 ++++++ .../current/modules/sistr.mdx | 102 ++++++ .../current/modules/snippy_core.mdx | 155 +++++++++ .../current/modules/snippy_run.mdx | 183 +++++++++++ .../current/modules/snpdists.mdx | 94 ++++++ .../current/modules/spatyper.mdx | 111 +++++++ .../modules/srahumanscrubber_initdb.mdx | 66 ++++ .../modules/srahumanscrubber_scrub.mdx | 120 +++++++ .../current/modules/ssuissero.mdx | 87 ++++++ .../current/modules/staphopiasccmec.mdx | 92 ++++++ .../current/modules/staphscan.mdx | 108 +++++++ .../current/modules/stecfinder.mdx | 114 +++++++ .../current/modules/sylph_profile.mdx | 122 ++++++++ .../current/modules/tbprofiler_collate.mdx | 103 ++++++ .../current/modules/tbprofiler_profile.mdx | 120 +++++++ .../current/modules/traitar_download.mdx | 80 +++++ .../current/modules/traitar_run.mdx | 101 ++++++ .../current/nf-bactopia/index.mdx | 236 ++++++++++++++ .../current/subworkflows/abricate.mdx | 77 +++++ .../current/subworkflows/abritamr.mdx | 82 +++++ .../current/subworkflows/agrvate.mdx | 75 +++++ .../current/subworkflows/amrfinderplus.mdx | 87 ++++++ .../current/subworkflows/ariba.mdx | 94 ++++++ .../subworkflows/bactopia_assembler.mdx | 181 +++++++++++ .../subworkflows/bactopia_datasets.mdx | 86 +++++ .../current/subworkflows/bactopia_gather.mdx | 119 +++++++ .../current/subworkflows/bactopia_qc.mdx | 144 +++++++++ .../subworkflows/bactopia_sketcher.mdx | 95 ++++++ .../current/subworkflows/bakta.mdx | 119 +++++++ .../current/subworkflows/blastn.mdx | 87 ++++++ .../current/subworkflows/blastp.mdx | 84 +++++ .../current/subworkflows/blastx.mdx | 86 +++++ .../current/subworkflows/bracken.mdx | 105 +++++++ .../current/subworkflows/btyper3.mdx | 78 +++++ .../current/subworkflows/busco.mdx | 89 ++++++ .../current/subworkflows/checkm.mdx | 80 +++++ .../current/subworkflows/checkm2.mdx | 94 ++++++ .../current/subworkflows/clermontyping.mdx | 76 +++++ .../current/subworkflows/clonalframeml.mdx | 108 +++++++ .../current/subworkflows/deacon.mdx | 91 ++++++ .../current/subworkflows/defensefinder.mdx | 83 +++++ .../current/subworkflows/ectyper.mdx | 79 +++++ .../current/subworkflows/eggnog.mdx | 98 ++++++ .../current/subworkflows/emmtyper.mdx | 84 +++++ .../current/subworkflows/fastani.mdx | 84 +++++ .../current/subworkflows/gamma.mdx | 89 ++++++ .../current/subworkflows/genotyphi.mdx | 88 ++++++ .../current/subworkflows/gigatyper.mdx | 75 +++++ .../current/subworkflows/gtdb.mdx | 94 ++++++ .../current/subworkflows/gubbins.mdx | 107 +++++++ .../current/subworkflows/hicap.mdx | 90 ++++++ .../current/subworkflows/hpsuissero.mdx | 78 +++++ .../current/subworkflows/index.mdx | 102 ++++++ .../current/subworkflows/iqtree.mdx | 80 +++++ .../current/subworkflows/ismapper.mdx | 90 ++++++ .../current/subworkflows/kleborate.mdx | 79 +++++ 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por meio de +ferramentas de codificação assistidas por IA. Cada skill encapsula um ou mais comandos +da CLI [bactopia-py](/developers/cli) com orientação interativa, guardrails e +orquestração em múltiplas etapas. As skills ficam no repositório do Bactopia em +`.claude/skills/` e são invocadas com `/skill-name`. + +[Visualizar skills no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/.claude/skills) + +## Visão Geral + +| Skill | Categoria | Descrição | +|-------|-----------|-----------| +| [`/add-bactopia-tool`](#add-bactopia-tool) | Scaffolding | Cria a estrutura completa de um Bactopia Tool nos três níveis -- módulo, subworkflow e workflow. | +| [`/add-module`](#add-module) | Scaffolding | Cria a estrutura de um novo módulo Bactopia a partir de um pacote bioconda/conda-forge. | +| [`/add-subworkflow`](#add-subworkflow) | Scaffolding | Cria a estrutura de um novo subworkflow Bactopia que orquestra módulos existentes. | +| [`/merge-schemas`](#merge-schemas) | Manutenção | Regenera o nextflow.config e o nextflow_schema.json para workflows do Bactopia. | +| [`/update-catalog`](#update-catalog) | Manutenção | Regenera o catalog.json e o llms.txt. | +| [`/update-module`](#update-module) | Manutenção | Verifica versões mais recentes das ferramentas usadas nos módulos do Bactopia e aplica atualizações. | +| [`/review-groovydoc`](#review-groovydoc) | Revisão & Qualidade | Revisa a precisão do GroovyDoc em módulos e subworkflows. | +| [`/review-citations`](#review-citations) | Revisão & Qualidade | Revisa a integridade das citações em data/citations.yml e nas tags @citation. | +| [`/review-docs`](#review-docs) | Revisão & Qualidade | Verifica a desatualização dos documentos de referência em .claude/docs/. | +| [`/review-tests`](#review-tests) | Revisão & Qualidade | Revisa os resultados de execução do nf-test com análise agrupada de erros. | +| [`/run-tests`](#run-tests) | Testes | Executa os nf-tests do Bactopia e produz um diretório de logs com timestamp. | +| [`/project-status`](#project-status) | Projeto | Exibe um snapshot em tempo real do estado do projeto, cobertura e problemas estruturais. | + +## Scaffolding + +Skills que criam novos componentes do Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge. + +### `/add-bactopia-tool` + +Cria a estrutura completa de um Bactopia Tool pipeline a partir de um pacote +bioconda/conda-forge, gerando os três níveis (módulo, subworkflow, workflow) de +uma só vez. + +**Encapsula:** [`bactopia-scaffold`](/developers/cli/bactopia-scaffold) + +**Quando usar:** +- Adicionar uma nova ferramenta de análise ao Bactopia Tools a partir de um pacote bioconda +- Criar os três níveis (módulo, subworkflow, workflow) de uma só vez +- Prefira esta skill em vez de `/add-module` ou `/add-subworkflow` quando o objetivo é uma ferramenta completa + +**Exemplos:** +``` +/add-bactopia-tool fastp +/add-bactopia-tool checkm2 +``` + +**Skills relacionadas:** [`/add-module`](#add-module), [`/add-subworkflow`](#add-subworkflow), +[`/run-tests`](#run-tests), [`/update-catalog`](#update-catalog) + +### `/add-module` + +Cria a estrutura completa de um módulo Bactopia para um pacote bioconda/conda-forge, +gerando todos os arquivos necessários com documentação GroovyDoc e testes nf-test. + +**Encapsula:** [`bactopia-scaffold`](/developers/cli/bactopia-scaffold) + +**Quando usar:** +- Adicionar um novo módulo sem o scaffolding completo do bactopia-tool +- Criar arquivos de módulo (main.nf, module.config, schema.json, testes) +- Criar apenas a camada de processo para uma ferramenta + +**Exemplos:** +``` +/add-module snippy +/add-module fastqc +``` + +**Skills relacionadas:** [`/add-bactopia-tool`](#add-bactopia-tool), [`/add-subworkflow`](#add-subworkflow) + +### `/add-subworkflow` + +Cria a estrutura de um subworkflow Bactopia que orquestra um ou mais módulos +existentes. Os subworkflows conectam módulos entre si, agregam resultados e +fornecem uma interface limpa para os workflows. + +**Encapsula:** [`bactopia-scaffold`](/developers/cli/bactopia-scaffold) + +**Quando usar:** +- Criar um subworkflow para orquestrar módulos existentes +- Conectar módulos em uma unidade de análise reutilizável +- Adicionar a camada de integração entre módulos e workflows + +**Exemplos:** +``` +/add-subworkflow snippy +/add-subworkflow amrfinderplus +``` + +**Skills relacionadas:** [`/add-bactopia-tool`](#add-bactopia-tool), [`/add-module`](#add-module) + +## Manutenção + +Skills que mantêm os componentes existentes atualizados. + +### `/merge-schemas` + +Regenera os arquivos `nextflow.config` e `nextflow_schema.json` para um ou mais +workflows do Bactopia. Descobre automaticamente o diretório de saída de cada workflow +a partir do `catalog.json`, dispensando o cálculo manual de caminhos. + +**Encapsula:** [`bactopia-merge-schemas`](/developers/cli/bactopia-merge-schemas) + +**Quando usar:** +- Sincronizar configurações de workflow após alterações no schema de módulos +- Reconstruir o nextflow_schema.json para um workflow específico +- Regenerar configurações após adicionar ou modificar parâmetros + +**Exemplos:** +``` +/merge-schemas teton +/merge-schemas teton and staphopia +/merge-schemas all tools +``` + +**Skills relacionadas:** [`/update-module`](#update-module), [`/update-catalog`](#update-catalog) + +### `/update-catalog` + +Regenera o índice de componentes do Bactopia legível por máquina (`catalog.json`) e +a superfície de descoberta por IA (`llms.txt`). + +**Encapsula:** [`bactopia-catalog`](/developers/cli/bactopia-catalog) + +**Quando usar:** +- Sincronizar o catalog.json após adicionar ou remover componentes +- Atualizar o llms.txt após edições no GroovyDoc que afetam as descrições +- Atualizar o índice de componentes após mudanças de versão de ferramentas + +**Exemplos:** +``` +/update-catalog +``` + +**Skills relacionadas:** [`/project-status`](#project-status), [`/merge-schemas`](#merge-schemas) + +### `/update-module` + +Verifica versões mais recentes das ferramentas bioconda usadas nos módulos do +Bactopia e aplica atualizações nos arquivos module.config. + +**Encapsula:** [`bactopia-update`](/developers/cli/bactopia-update) + +**Quando usar:** +- Verificar se algum módulo possui versões desatualizadas de ferramentas +- Atualizar versões de contêineres para a versão mais recente do bioconda +- Atualizar a versão de uma ferramenta em um módulo específico + +**Exemplos:** +``` +/update-module +/update-module snippy +``` + +**Skills relacionadas:** [`/merge-schemas`](#merge-schemas), [`/project-status`](#project-status) + +## Revisão & Qualidade + +Skills que auditam documentação, citações e qualidade do código. + +### `/review-groovydoc` + +Executa o bactopia-lint focado nas regras de precisão do GroovyDoc. Verifica a +correspondência dos campos @output/@input, as listas @modules/@subworkflows, as +chaves de citação, a ordem das tags e a formatação. + +**Encapsula:** [`bactopia-lint`](/developers/cli/bactopia-lint) + +**Quando usar:** +- Validar a precisão da documentação em módulos e subworkflows +- Verificar se os campos @output/@input correspondem às declarações reais de canais +- Auditar o GroovyDoc após editar documentação de módulo ou subworkflow + +**Exemplos:** +``` +/review-groovydoc +/review-groovydoc snippy +``` + +**Skills relacionadas:** [`/review-citations`](#review-citations), [`/review-docs`](#review-docs) + +### `/review-citations` + +Executa `bactopia-citations --validate` e apresenta o relatório de integridade. +Detecta chaves de citação órfãs (definidas mas nunca referenciadas) e chaves +@citation de workflow que não resolvem para uma entrada em citations.yml. + +**Encapsula:** [`bactopia-citations`](/developers/cli/bactopia-citations) + +**Quando usar:** +- Auditar o citations.yml em busca de entradas órfãs ou ausentes +- Validar que as tags @citation dos workflows resolvem corretamente +- Remover citações não utilizadas após remover ferramentas + +**Exemplos:** +``` +/review-citations +``` + +**Skills relacionadas:** [`/review-groovydoc`](#review-groovydoc), [`/review-docs`](#review-docs) + +### `/review-docs` + +Executa `bactopia-docs --validate` e apresenta o relatório de desatualização. +Detecta padrões obsoletos e violações de verdade fundamental (contagens desatualizadas, +versão incorreta do Nextflow, referências a comandos inexistentes ou IDs de regras +de lint inválidos). + +**Encapsula:** [`bactopia-docs`](/developers/cli/bactopia-docs) + +**Quando usar:** +- Verificar documentação de referência por informações desatualizadas após migrações +- Confirmar que as afirmações da documentação correspondem ao estado atual do repositório +- Verificar .claude/docs em busca de divergências após adicionar ou remover componentes + +**Exemplos:** +``` +/review-docs +``` + +**Skills relacionadas:** [`/review-groovydoc`](#review-groovydoc), [`/review-citations`](#review-citations), +[`/project-status`](#project-status) + +### `/review-tests` + +Revisa os resultados de execução do nf-test e apresenta um resumo diagnóstico com +análise agrupada de erros. + +**Encapsula:** [`bactopia-review-tests`](/developers/cli/bactopia-review-tests) + +**Quando usar:** +- Analisar a saída dos testes após executar `/run-tests` +- Investigar por que os testes falharam com resumos agrupados de erros +- Revisar uma execução específica de testes pelo timestamp + +**Exemplos:** +``` +/review-tests +/review-tests 20260324_081306 +``` + +**Skills relacionadas:** [`/run-tests`](#run-tests) + +## Testes + +### `/run-tests` + +Executa a suíte de nf-tests do Bactopia via `bactopia-test` para um componente +específico e produz um diretório `logs/` com timestamp que o `/review-tests` pode +interpretar. + +**Encapsula:** [`bactopia-test`](/developers/cli/bactopia-test) + +**Quando usar:** +- Executar testes para um módulo, subworkflow ou workflow específico +- Validar alterações antes de fazer commit +- Gerar snapshots de testes para componentes recém-criados + +**Exemplos:** +``` +/run-tests snippy +/run-tests abricate module +/run-tests amrfinderplus subworkflow +``` + +**Skills relacionadas:** [`/review-tests`](#review-tests) + +## Projeto + +### `/project-status` + +Exibe um snapshot em tempo real do estado do projeto Bactopia -- contagem de +componentes, cobertura do GroovyDoc, cobertura do nf-test e problemas estruturais. + +**Encapsula:** [`bactopia-status`](/developers/cli/bactopia-status) + +**Quando usar:** +- Verificar o estado geral do projeto e as métricas de cobertura +- Encontrar componentes sem documentação ou testes +- Obter um resumo rápido do que precisa de atenção + +**Exemplos:** +``` +/project-status +``` + +**Skills relacionadas:** [`/update-catalog`](#update-catalog), [`/run-tests`](#run-tests) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-downloader.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-downloader.mdx new file mode 100644 index 00000000..0e68c606 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-downloader.mdx @@ -0,0 +1,48 @@ +--- +title: bactopia-atb-downloader +description: "Baixe montagens do All-the-Bacteria com base em uma consulta de entrada" +--- + +# bactopia-atb-downloader + +Baixe montagens do All-the-Bacteria com base em uma consulta de entrada + +## Uso + +```bash +bactopia-atb-downloader [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--query, -q` | STRING | | O nome da espécie, taxid ou acesso para consultar e baixar | + +## Opções de Download do ATB + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--outdir, -o` | STRING | `./atb-assemblies` | Diretório para baixar as montagens do ATB | +| `--atb-file-list-url, -a` | STRING | `https://osf.io/download/4yv85/` | A URL para a lista de arquivos do ATB | +| `--dry-run, -d` | BOOL | `false` | Não baixa nenhum arquivo, apenas mostra o que seria baixado | +| `--progress, -p` | BOOL | `false` | Exibe a barra de progresso do download | +| `--cpus` | INT | `4` | O número total de CPUs a usar para download e compressão | +| `--uncompressed, -u` | BOOL | `false` | Não comprime os arquivos baixados | +| `--remove-archives, -r` | BOOL | `false` | Remove os arquivos tar.xz baixados após a extração das amostras | + +## Opções da API do NCBI + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--ncbi-api-key, -k` | STRING | | A chave de API a ser usada para a API do NCBI | +| `--chunk-size, -c` | INT | `200` | O tamanho dos blocos para dividir a lista | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--force` | BOOL | `false` | Sobrescreve arquivos existentes | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprime texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-formatter.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-formatter.mdx new file mode 100644 index 00000000..033ef0f3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-atb-formatter.mdx @@ -0,0 +1,37 @@ +--- +title: bactopia-atb-formatter +description: "Reestruture montagens do All-the-Bacteria para permitir o uso com Bactopia Tools" +--- + +# bactopia-atb-formatter + +Reestruture montagens do All-the-Bacteria para permitir o uso com Bactopia Tools + +## Uso + +```bash +bactopia-atb-formatter [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--path, -p` | STRING | | Diretório onde as montagens do ATB estão armazenadas | + +## Opções de Estrutura de Diretório do Bactopia + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-dir, -b` | STRING | `bactopia` | O caminho onde você deseja criar a estrutura do Bactopia | +| `--publish-mode, -m` | CHOICE (symlink, copy) | `symlink` | Especifica como as montagens serão salvas no diretório do Bactopia | +| `--recursive, -r` | BOOL | `false` | Percorre recursivamente o caminho fornecido | +| `--extension, -e` | STRING | `.fa` | A extensão dos arquivos FASTA | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprime texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão impressos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-bracken-to-excel.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-bracken-to-excel.mdx new file mode 100644 index 00000000..e820f9a2 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-bracken-to-excel.mdx @@ -0,0 +1,29 @@ +--- +title: bactopia-bracken-to-excel +description: "Escreve as abundâncias do Bracken em um arquivo Excel." +--- + +# bactopia-bracken-to-excel + +Escreve as abundâncias do Bracken em um arquivo Excel. + +## Uso + +```bash +bactopia-bracken-to-excel PREFIX BRACKEN_ABUNDANCES [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `PREFIX` | STRING | Sim | Prefixo a ser usado para os arquivos de saída. | +| `BRACKEN_ABUNDANCES` | STRING | Sim | A saída do Bracken com as abundâncias. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | +| `--limit` | INT | `5` | Limita o resultado às N primeiras linhas. | +| `--include_unclassified` | BOOL | `false` | Inclui resultados para reads não classificadas. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-catalog.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-catalog.mdx new file mode 100644 index 00000000..14ba5d60 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-catalog.mdx @@ -0,0 +1,45 @@ +--- +title: bactopia-catalog +description: "Gera um catálogo legível por máquina de todos os componentes do Bactopia." +--- + +# bactopia-catalog + +Gera um catálogo legível por máquina de todos os componentes do Bactopia. + +Produz um arquivo catalog.json contendo workflows, subworkflows e módulos +com seus contratos (takes/emits), dependências e metadados. +Substitui data/workflows.yml como índice de componentes autoritativo. + +Opcionalmente também renderiza llms.txt a partir de um template Jinja2 quando +`--llms-output` é fornecido. + + +## Uso + +```bash +bactopia-catalog [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `-o, --output` | STRING | | Caminho de saída para catalog.json (padrão: stdout) | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Formata a saída JSON de forma legível | +| `--llms-output` | PATH | | Também renderiza llms.txt para este caminho. Usa o template embutido em bactopia/templates/bactopia/llms.txt.j2 a menos que `--llms-template` seja fornecido | +| `--llms-template` | PATH | | Template Jinja2 para llms.txt. Usa por padrão o template embutido dentro do bactopia-py | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-assembly-accession.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-assembly-accession.mdx new file mode 100644 index 00000000..b48571da --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-assembly-accession.mdx @@ -0,0 +1,26 @@ +--- +title: bactopia-check-assembly-accession +description: "Verificar se o acesso de montagem do NCBI é o mais recente e ainda está disponível." +--- + +# bactopia-check-assembly-accession + +Verificar se o acesso de montagem do NCBI é o mais recente e ainda está disponível. + +## Uso + +```bash +bactopia-check-assembly-accession REFERENCE [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `REFERENCE` | STRING | Sim | O acesso de montagem a ser verificado. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e sai. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-fastqs.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-fastqs.mdx new file mode 100644 index 00000000..d07b9b6b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-check-fastqs.mdx @@ -0,0 +1,27 @@ +--- +title: bactopia-check-fastqs +description: "Verificar se os FASTQs de entrada atendem aos requisitos mínimos." +--- + +# bactopia-check-fastqs + +Verificar se os FASTQs de entrada atendem aos requisitos mínimos. + +## Uso + +```bash +bactopia-check-fastqs [OPTIONS] +``` + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | +| `--sample` | STRING | | Nome da amostra de entrada. | +| `--fq1` | STRING | | Estatísticas para FASTQ SE ou R1 em formato JSON. | +| `--fq2` | STRING | | Estatísticas para FASTQ R2 em formato JSON. | +| `--min_proportion` | FLOAT | `0.0` | Proporção mínima de pares de bases para R1/R2. | +| `--min_reads` | INT | `0` | Número mínimo de reads. | +| `--min_basepairs` | INT | `0` | Número mínimo de pares de bases sequenciados. | +| `--runtype` | STRING | `illumina` | A tecnologia de entrada dos FASTQs. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-citations.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-citations.mdx new file mode 100644 index 00000000..5f8a6e9f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-citations.mdx @@ -0,0 +1,44 @@ +--- +title: bactopia-citations +description: "Imprime ou valida citações usadas no Bactopia." +--- + +# bactopia-citations + +Imprime ou valida citações usadas no Bactopia. + +O modo padrão imprime a lista completa de citações (ou uma entrada com --name). +Use --validate para escanear o repositório em busca de chaves órfãs (definidas mas +nunca referenciadas) e chaves @citation de workflows que não correspondem a +uma entrada em citations.yml. As chaves @citation de módulos e subworkflows são +validadas pelo bactopia-lint (regras M035 e S019). + + +## Uso + +```bash +bactopia-citations [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path, -b` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--name, -n` | STRING | | Imprime apenas a citação que corresponde ao nome fornecido | +| `--plain-text, -p` | BOOL | `false` | Desativa a formatação rica | +| `--validate` | BOOL | `false` | Valida a integridade das citações: chaves órfãs + referências @citation de workflows | +| `--json` | BOOL | `false` | Emite os resultados da validação em JSON (use com --validate) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprime texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-cleanup-coverage.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-cleanup-coverage.mdx new file mode 100644 index 00000000..cea98743 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-cleanup-coverage.mdx @@ -0,0 +1,26 @@ +--- +title: bactopia-cleanup-coverage +description: "Reduzir redundância na cobertura por base a partir da saída do genomeCoverageBed." +--- + +# bactopia-cleanup-coverage + +Reduzir redundância na cobertura por base a partir da saída do genomeCoverageBed. + +## Uso + +```bash +bactopia-cleanup-coverage COVERAGE [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `COVERAGE` | STRING | Sim | O arquivo de cobertura por base do genomeCoverageBed. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-datasets.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-datasets.mdx new file mode 100644 index 00000000..5ccf95ad --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-datasets.mdx @@ -0,0 +1,42 @@ +--- +title: bactopia-datasets +description: "Baixe conjuntos de dados opcionais para complementar suas análises com Bactopia" +--- + +# bactopia-datasets + +Baixe conjuntos de dados opcionais para complementar suas análises com Bactopia + +## Uso + +```bash +bactopia-datasets UNKNOWN [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `UNKNOWN` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções Relacionadas ao Download + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--datasets_cache` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia` | Diretório base para baixar os conjuntos de dados (padrão para a variável de ambiente BACTOPIA_CACHEDIR; uma subpasta chamada datasets será criada) | +| `--force` | BOOL | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes | +| `--max_retry` | INT | `3` | Número máximo de tentativas para criar o ambiente Conda. (Padrão: 3) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-download.mdx new file mode 100644 index 00000000..13f1fce7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-download.mdx @@ -0,0 +1,50 @@ +--- +title: bactopia-download +description: "Constrói ambientes Bactopia para uso com Nextflow." +--- + +# bactopia-download + +Constrói ambientes Bactopia para uso com Nextflow. + +## Uso + +```bash +bactopia-download UNKNOWN [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `UNKNOWN` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções Relacionadas à Construção + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--envtype` | CHOICE (conda, docker, singularity, all) | `conda` | O tipo de ambiente a ser construído | +| `--wf` | STRING | `bactopia` | Constrói um ambiente para o fluxo de trabalho especificado | +| `--build-all` | BOOL | `false` | Constrói todos os ambientes para os fluxos de trabalho do Bactopia | +| `--condadir` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/conda` | Diretório para criar ambientes Conda (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência) | +| `--use-conda` | BOOL | `false` | Usa Conda para construir ambientes Conda em vez do Mamba | +| `--registry` | STRING | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker | +| `--singularity_cache` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/singularity` | Diretório para baixar imagens Singularity (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência) | +| `--singularity_pull_docker_container` | BOOL | `false` | Força a conversão de containers Docker, em vez de baixar imagens Singularity diretamente | +| `--force_rebuild` | BOOL | `false` | Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes | +| `--max_retry` | INT | `3` | Número máximo de tentativas para criar o ambiente Conda. (Padrão: 3) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--dry-run` | BOOL | `false` | Exibe os ambientes que seriam construídos, sem construí-los | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprime texto relacionado à depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-kraken-bracken-summary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-kraken-bracken-summary.mdx new file mode 100644 index 00000000..8e7a2d7e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-kraken-bracken-summary.mdx @@ -0,0 +1,30 @@ +--- +title: bactopia-kraken-bracken-summary +description: "Atualiza as abundâncias do Bracken com contagens não classificadas." +--- + +# bactopia-kraken-bracken-summary + +Atualiza as abundâncias do Bracken com contagens não classificadas. + +## Uso + +```bash +bactopia-kraken-bracken-summary PREFIX KRAKEN2_REPORT BRACKEN_REPORT BRACKEN_ABUNDANCES [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `PREFIX` | STRING | Sim | Prefixo a ser usado para os arquivos de saída. | +| `KRAKEN2_REPORT` | STRING | Sim | O relatório do Kraken2. | +| `BRACKEN_REPORT` | STRING | Sim | O relatório do Kraken2 atualizado pelo Bracken. | +| `BRACKEN_ABUNDANCES` | STRING | Sim | A saída do Bracken com as abundâncias. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | +| `--max_secondary_percent` | FLOAT | `0.01` | A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-lint.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-lint.mdx new file mode 100644 index 00000000..7d27deb2 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-lint.mdx @@ -0,0 +1,50 @@ +--- +title: bactopia-lint +description: "Verifica os componentes do pipeline Bactopia em relação às diretrizes de estilo." +--- + +# bactopia-lint + +Verifica os componentes do pipeline Bactopia em relação às diretrizes de estilo. + +Verifica módulos, subworkflows e workflows quanto à conformidade com os padrões de GroovyDoc, estruturais e de configuração do Bactopia. + + +## Uso + +```bash +bactopia-lint [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Escopo + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--modules, --no-modules` | BOOL | `true` | Verificar módulos (padrão: ativado) | +| `--subworkflows, --no-subworkflows` | BOOL | `true` | Verificar subworkflows (padrão: ativado) | +| `--workflows, --no-workflows` | BOOL | `true` | Verificar workflows (padrão: ativado) | +| `--module` | STRING | | Verificar um único módulo pelo nome (ex.: 'mlst', 'bakta/run') | +| `--subworkflow` | STRING | | Verificar um único subworkflow pelo nome (ex.: 'mlst') | +| `--workflow` | STRING | | Verificar um único workflow pelo nome (ex.: 'mlst', 'bactopia-tools/mlst') | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `-q, --quiet` | BOOL | `false` | Exibir apenas componentes com avisos ou falhas | +| `--json` | BOOL | `false` | Gerar saída em formato JSON | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Formatar a saída JSON de forma legível (implica --json) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-mask-consensus.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-mask-consensus.mdx new file mode 100644 index 00000000..e949a9d3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-mask-consensus.mdx @@ -0,0 +1,31 @@ +--- +title: bactopia-mask-consensus +description: "Consenso Snippy (subs) com mascaramento de cobertura." +--- + +# bactopia-mask-consensus + +Consenso Snippy (subs) com mascaramento de cobertura. + +## Uso + +```bash +bactopia-mask-consensus SAMPLE REFERENCE FASTA VCF COVERAGE [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `SAMPLE` | STRING | Sim | Nome da amostra de entrada. | +| `REFERENCE` | STRING | Sim | O número de acesso da montagem de referência. | +| `FASTA` | STRING | Sim | O arquivo FASTA de consenso. | +| `VCF` | STRING | Sim | O arquivo VCF com as substituições chamadas. | +| `COVERAGE` | STRING | Sim | O arquivo de cobertura por base. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | +| `--mincov` | INT | `10` | Cobertura mínima necessária para não mascarar. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-merge-schemas.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-merge-schemas.mdx new file mode 100644 index 00000000..65e51e0e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-merge-schemas.mdx @@ -0,0 +1,42 @@ +--- +title: bactopia-merge-schemas +description: "Constrói um Nextflow Schema e/ou Nextflow config para um fluxo de trabalho específico." +--- + +# bactopia-merge-schemas + +Constrói um Nextflow Schema e/ou Nextflow config para um fluxo de trabalho específico. + +## Uso + +```bash +bactopia-merge-schemas UNKNOWN [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `UNKNOWN` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | +| `--wf` | STRING | | O fluxo de trabalho para o qual criar um nextflow_schema.json | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | PATH | `.` | Diretório para gravação dos arquivos de saída | +| `--force` | BOOL | `false` | Sobrescrever arquivos de saída existentes | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prepare.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prepare.mdx new file mode 100644 index 00000000..b0deece3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prepare.mdx @@ -0,0 +1,54 @@ +--- +title: bactopia-prepare +description: "Crie um 'arquivo de nomes de arquivos' (FOFN) de amostras a serem processadas pelo Bactopia" +--- + +# bactopia-prepare + +Crie um 'arquivo de nomes de arquivos' (FOFN) de amostras a serem processadas pelo Bactopia + +## Uso + +```bash +bactopia-prepare [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--path, -p` | STRING | | Diretório onde os arquivos FASTQ estão armazenados | + +## Opções de Correspondência + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--assembly-ext, -a` | STRING | `.fna.gz` | Extensão das montagens FASTA | +| `--fastq-ext, -f` | STRING | `.fastq.gz` | Extensão dos arquivos FASTQ | +| `--fastq-separator` | STRING | `_` | Divide o nome do FASTQ na última ocorrência do separador | +| `--pe1-pattern` | STRING | `[Aa]|[Rr]1|1` | Designa a diferença do primeiro conjunto de reads paired-end | +| `--pe2-pattern` | STRING | `[Bb]|[Rr]2|2` | Designa a diferença do segundo conjunto de reads paired-end | +| `--merge` | BOOL | `false` | Sinaliza amostras com múltiplos conjuntos de reads para serem mescladas pelo Bactopia | +| `--ont` | BOOL | `false` | Reads single-end devem ser tratados como reads Oxford Nanopore | +| `--hybrid` | BOOL | `false` | Amostras com reads paired-end e single-end serão configuradas para montagem híbrida Illumina-first (requer --ont) | +| `--short-polish` | BOOL | `false` | Amostras com reads paired-end e single-end serão configuradas para montagem híbrida Nanopore-first (requer --ont) | +| `--recursive, -r` | BOOL | `false` | Os diretórios serão percorridos recursivamente | +| `--prefix` | STRING | | Prefixo a ser adicionado ao caminho | + +## Opções de Informação da Amostra + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--metadata` | STRING | | Metadados por amostra com informações de tamanho do genoma e espécie | +| `--genome-size, -gsize` | INT | `0` | Tamanho do genoma a ser usado para todas as amostras | +| `--species, -s` | STRING | `UNKNOWN_SPECIES` | Espécie a ser usada para todas as amostras (se disponível, pode ser usada para determinar o tamanho do genoma) | +| `--taxid` | STRING | | Usa o tamanho do genoma do ID de Táxon para todas as amostras | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--examples` | BOOL | `false` | Imprime exemplos de uso | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprime texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão impressos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prune.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prune.mdx new file mode 100644 index 00000000..1e95304c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-prune.mdx @@ -0,0 +1,40 @@ +--- +title: bactopia-prune +description: "Remove ambientes Bactopia desatualizados que não correspondem mais às versões atuais dos módulos." +--- + +# bactopia-prune + +Remove ambientes Bactopia desatualizados que não correspondem mais às versões atuais dos módulos. + +## Uso + +```bash +bactopia-prune [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Limpeza + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--envtype` | CHOICE (conda, docker, singularity, all) | `all` | O tipo de ambiente a verificar quanto a itens desatualizados | +| `--wf` | STRING | | Verificar apenas os ambientes do fluxo de trabalho especificado (padrão: todos os fluxos de trabalho) | +| `--condadir` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/conda` | Diretório onde os ambientes Conda estão armazenados (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência) | +| `--registry` | STRING | `quay.io` | Registry para comparar os containers Docker | +| `--singularity_cache` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/singularity` | Diretório onde as imagens Singularity estão armazenadas (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência) | +| `--singularity_pull_docker_container` | BOOL | `false` | Usar nomenclatura baseada em Docker para imagens Singularity | +| `--execute` | BOOL | `false` | Remover efetivamente os ambientes desatualizados. O padrão é execução simulada (somente relatório) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-build.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-build.mdx new file mode 100644 index 00000000..89dba232 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-build.mdx @@ -0,0 +1,45 @@ +--- +title: bactopia-pubmlst-build +description: "Construa bancos de dados PubMLST para uso com a Ferramenta Bactopia 'mlst'." +--- + +# bactopia-pubmlst-build + +Construa bancos de dados PubMLST para uso com a Ferramenta Bactopia 'mlst'. + +## Uso + +```bash +bactopia-pubmlst-build [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--database, -d` | STRING | | Um banco de dados de organismo conhecido para baixar. (Use 'all' para baixar todos os bancos de dados.) | + +## Opções de Construção + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--ignore` | STRING | `afumigatus,blastocystis,calbicans,cbotulinum,cglabrata,ckrusei,ctropicalis,csinensis,kseptempunctata,rmlst,sparasitica,test,tpallidum,tvaginalis` | Uma lista separada por vírgulas de bancos de dados a ignorar | +| `--skip-download` | BOOL | `false` | Pular o download dos arquivos do banco de dados | +| `--skip-blast` | BOOL | `false` | Pular a construção do banco de dados BLAST | +| `--force` | BOOL | `false` | Forçar a sobrescrita de arquivos existentes | + +## Opções de API + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--site, -s` | CHOICE (pubmlst, pasteur) | `pubmlst` | Imprimir apenas a citação correspondente a um determinado nome | +| `--token-dir, -t` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia` | O diretório onde o arquivo de token é salvo | +| `--out-dir, -o` | STRING | `./bactopia-mlst` | O diretório onde os arquivos do banco de dados serão salvos | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Imprimir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão impressos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Mostrar a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-setup.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-setup.mdx new file mode 100644 index 00000000..50db66c4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-pubmlst-setup.mdx @@ -0,0 +1,38 @@ +--- +title: bactopia-pubmlst-setup +description: "Configuração única para interagir com a API do PubMLST" +--- + +# bactopia-pubmlst-setup + +Configuração única para interagir com a API do PubMLST + +## Uso + +```bash +bactopia-pubmlst-setup [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--client-id, -ci` | STRING | | O ID do cliente para o site | +| `--client-secret, -cs` | STRING | | O segredo do cliente para o site | + +## Opções de API + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--site, -s` | CHOICE (pubmlst, pasteur) | `pubmlst` | Exibir apenas a citação correspondente a um determinado nome | +| `--database, -d` | STRING | `pubmlst_yersinia_seqdef` | O banco de dados do organismo a ser utilizado na configuração. Nota: o padrão está disponível tanto no PubMLST quanto no Pasteur | +| `--save-dir, -sd` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia` | O diretório onde o token será salvo | +| `--force` | BOOL | `false` | Forçar a substituição de arquivos de token existentes | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-review-tests.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-review-tests.mdx new file mode 100644 index 00000000..cbf8c47b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-review-tests.mdx @@ -0,0 +1,54 @@ +--- +title: bactopia-review-tests +description: "Revise resultados de nf-test com análise agrupada de erros e verificações de tempo." +--- + +# bactopia-review-tests + +Revise resultados de nf-test com análise agrupada de erros e verificações de tempo. + +Analisa logs de execução de testes, classifica falhas por padrão de erro +e opcionalmente verifica durações em relação às linhas de base esperadas. + + +## Uso + +```bash +bactopia-review-tests [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Seleção de Execução + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--run` | STRING | | Timestamp específico de execução de teste (YYYYMMDD_HHMMSS). Padrão: mais recente | +| `--logs-dir` | STRING | | Diretório contendo os logs de execução de testes. Padrão: {bactopia-path}/logs | + +## Opções de Tempo + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--baselines` | STRING | | Caminho para o arquivo JSON de linha de base de tempos de teste. Padrão: {bactopia-path}/conf/test-times.json | +| `--tolerance` | FLOAT | `2.0` | Fator de tolerância para detecção de anomalias de tempo | +| `--update-baselines` | BOOL | `false` | Escrever/atualizar o arquivo de linhas de base a partir dos resultados da execução atual | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Saída em formato JSON | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Formatar saída JSON de forma legível (implica --json) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scaffold.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scaffold.mdx new file mode 100644 index 00000000..9637e2d1 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scaffold.mdx @@ -0,0 +1,164 @@ +--- +title: bactopia-scaffold +description: "Estruture componentes do Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge." +--- + +# bactopia-scaffold + +Estruture componentes do Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge. + +## Uso + +```bash +bactopia-scaffold COMMAND [OPTIONS] +``` + +## Subcomandos + +| Comando | Descrição | +|---------|-----------| +| [`bactopia-scaffold lookup`](#lookup) | Busca informações de pacotes no Anaconda e verifica componentes existentes. | +| [`bactopia-scaffold module`](#module) | Gera arquivos de modulo a partir de uma configuração de design. | +| [`bactopia-scaffold subworkflow`](#subworkflow) | Gera arquivos de subworkflow a partir de uma configuração de design. | +| [`bactopia-scaffold test-data`](#test-data) | Descobre caminhos de dados de teste a partir de testes de modulos existentes. | +| [`bactopia-scaffold tool`](#tool) | Gera os três níveis (modulo + subworkflow + workflow) para uma bactopia-tool. | + +--- + +### lookup + +Busca informações de pacotes no Anaconda e verifica componentes existentes. + +```bash +bactopia-scaffold lookup PACKAGE [OPTIONS] +``` + +#### Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `PACKAGE` | STRING | Sim | | + +#### Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +#### Opções de Consulta + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--channel` | STRING | | Força um canal específico (bioconda ou conda-forge). Padrão: tenta bioconda primeiro, depois conda-forge | +| `--max-retry` | INT | `3` | Número máximo de tentativas para consultas à API. (Padrão: 3) | + +#### Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Exibe JSON formatado | + +#### Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto de depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | + +--- + +### module + +Gera arquivos de modulo a partir de uma configuração de design. + +```bash +bactopia-scaffold module [OPTIONS] +``` + +#### Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--config` | PATH | | Arquivo de configuração de design em JSON | +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | +| `--dry-run` | BOOL | `false` | Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos | +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Exibe JSON formatado | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto de depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | + +--- + +### subworkflow + +Gera arquivos de subworkflow a partir de uma configuração de design. + +```bash +bactopia-scaffold subworkflow [OPTIONS] +``` + +#### Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--config` | PATH | | Arquivo de configuração de design em JSON | +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | +| `--dry-run` | BOOL | `false` | Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos | +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Exibe JSON formatado | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto de depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | + +--- + +### test-data + +Descobre caminhos de dados de teste a partir de testes de modulos existentes. + +```bash +bactopia-scaffold test-data [OPTIONS] +``` + +#### Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--input-type` | CHOICE (assembly, assembly_reads, genbank, gff, proteins, reads) | | Tipo de entrada a ser pesquisado nos testes existentes | +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +#### Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Exibe JSON formatado | + +#### Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto de depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | + +--- + +### tool + +Gera os três níveis (modulo + subworkflow + workflow) para uma bactopia-tool. + +```bash +bactopia-scaffold tool [OPTIONS] +``` + +#### Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--config` | PATH | | Arquivo de configuração de design em JSON | +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | +| `--dry-run` | BOOL | `false` | Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos | +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Exibe JSON formatado | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto de depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scrubber-summary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scrubber-summary.mdx new file mode 100644 index 00000000..89dc5e56 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-scrubber-summary.mdx @@ -0,0 +1,28 @@ +--- +title: bactopia-scrubber-summary +description: "Crie um relatório de antes e depois da remoção de reads humanos." +--- + +# bactopia-scrubber-summary + +Crie um relatório de antes e depois da remoção de reads humanos. + +## Uso + +```bash +bactopia-scrubber-summary SAMPLE ORIGINAL SCRUBBED [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `SAMPLE` | STRING | Sim | Nome da amostra de entrada. | +| `ORIGINAL` | STRING | Sim | Estatísticas do FASTQ original em formato JSON. | +| `SCRUBBED` | STRING | Sim | Estatísticas do FASTQ processado em formato JSON. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-search.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-search.mdx new file mode 100644 index 00000000..149aebf9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-search.mdx @@ -0,0 +1,53 @@ +--- +title: bactopia-search +description: "Consulte ENA e SRA para acessões públicas a serem processadas com Bactopia" +--- + +# bactopia-search + +Consulte ENA e SRA para acessões públicas a serem processadas com Bactopia + +## Uso + +```bash +bactopia-search [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--query, -q` | STRING | | ID de Táxon ou acessão de Estudo, BioSample ou Run (também pode ser separado por vírgulas ou um arquivo de acessões) | + +## Opções de Consulta + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--exact-taxon` | BOOL | `false` | Excluir descendentes do ID de Táxon | +| `--provider` | CHOICE (ena, sra) | `ena` | Provedor a ser consultado primeiro, com fallback para o outro | +| `--only-provider` | BOOL | `false` | Consultar apenas o --provider informado, sem fallback | +| `--limit, -l` | INT | `1000000` | Número máximo de resultados (por consulta) a retornar | +| `--accession-limit, -al` | INT | `5000` | Número máximo de acessões a consultar de uma vez | +| `--biosample-subset` | INT | `0` | Se um BioSample tiver múltiplos Experimentos, número máximo a selecionar aleatoriamente (0 = desativado) | +| `--include-empty` | BOOL | `false` | Incluir colunas de metadados que estão vazias em todas as linhas | + +## Opções de Filtragem + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--min-base-count, -mbc` | INT | `0` | Filtra amostras com base na contagem mínima de pares de bases (0 = desativado) | +| `--min-read-length, -mrl` | INT | `0` | Filtra amostras com base no comprimento médio mínimo dos reads (0 = desativado) | +| `--min-coverage, -mc` | INT | `0` | Filtra amostras com base na cobertura mínima (requer --genome_size, 0 = desativado) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--genome-size, -gsize` | INT | `0` | Tamanho do genoma a ser usado para todas as amostras e para calcular a cobertura mínima | +| `--use-ncbi-genome-size` | BOOL | `false` | Se disponível, usar o tamanho do genoma do NCBI para a espécie | +| `--outdir, -o` | STRING | `./` | Diretório para gravar a saída | +| `--prefix, -p` | STRING | `bactopia` | Prefixo a ser usado para os nomes dos arquivos de saída | +| `--force` | BOOL | `false` | Sobrescrever relatórios existentes | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a debug | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-status.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-status.mdx new file mode 100644 index 00000000..7ca563e3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-status.mdx @@ -0,0 +1,39 @@ +--- +title: bactopia-status +description: "Mostra um instantâneo do estado do projeto Bactopia." +--- + +# bactopia-status + +Mostra um instantâneo do estado do projeto Bactopia. + +Relata contagens de componentes, cobertura do GroovyDoc, cobertura do nf-test, +arquivos obrigatórios ausentes e problemas estruturais. + + +## Uso + +```bash +bactopia-status [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Saída em formato JSON | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Formata a saída JSON de forma legível (implica --json) | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-summary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-summary.mdx new file mode 100644 index 00000000..99500fd8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-summary.mdx @@ -0,0 +1,60 @@ +--- +title: bactopia-summary +description: "Gera uma tabela de resumo a partir dos resultados do Bactopia." +--- + +# bactopia-summary + +Gera uma tabela de resumo a partir dos resultados do Bactopia. + +## Uso + +```bash +bactopia-summary [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path, -b` | STRING | | Diretório onde os resultados do Bactopia estão armazenados | + +## Limites para Ouro + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--gold-coverage, -gcov` | INT | `100` | Cobertura mínima necessária para o status Ouro | +| `--gold-quality, -gqual` | INT | `30` | Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para o status Ouro | +| `--gold-read-length, -glen` | INT | `95` | Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Ouro | +| `--gold-contigs, -gcontigs` | INT | `100` | Contagem máxima de contigs necessária para o status Ouro | + +## Limites para Prata + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--silver-coverage, -scov` | INT | `50` | Cobertura mínima necessária para o status Prata | +| `--silver-quality, -squal` | INT | `20` | Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para o status Prata | +| `--silver-read-length, -slen` | INT | `75` | Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Prata | +| `--silver-contigs, -scontigs` | INT | `200` | Contagem máxima de contigs necessária para o status Prata | + +## Limites de Falha + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--min-coverage, -mincov` | INT | `20` | Cobertura mínima necessária para aprovação | +| `--min-quality, -minqual` | INT | `12` | Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para aprovação | +| `--min-read-length, -minlen` | INT | `49` | Comprimento médio mínimo de read necessário para aprovação | +| `--max-contigs` | INT | `500` | Contagem máxima de contigs necessária para aprovação | +| `--min-assembled-size` | INT | | Tamanho mínimo do genoma montado | +| `--max-assembled-size` | INT | | Tamanho máximo do genoma montado | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--outdir, -o` | PATH | `./` | Diretório para gravar a saída | +| `--prefix, -p` | STRING | `bactopia` | Prefixo a ser usado nos arquivos de saída | +| `--force` | BOOL | `false` | Sobrescrever relatórios existentes | +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibir texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibir a versão e sair. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-sysinfo.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-sysinfo.mdx new file mode 100644 index 00000000..f3a61e41 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-sysinfo.mdx @@ -0,0 +1,35 @@ +--- +title: bactopia-sysinfo +description: "Auto-detect host RAM and CPUs, emit Nextflow CLI fragments for local profiles." +--- + +# bactopia-sysinfo + +Auto-detect a RAM e CPUs do host, emite fragmentos de CLI do Nextflow para perfis locais. + +Lê o argv do wrapper do bactopia como passagem. Emite para stdout as flags adicionais +`--max_memory .GB` / `--max_cpus ` que devem ser adicionadas à linha de comando +`nextflow run`. Não emite nada quando: + + - uma configuração personalizada é fornecida (`-c` ou `--nfconfig`) + - qualquer valor de `-profile` não está na lista de permissões do executor local + - tanto `--max_memory` quanto `--max_cpus` já estão definidos pelo usuário + - a invocação é informacional (`--help`, `--help_all`, `--list_wfs`) + + +## Uso + +```bash +bactopia-sysinfo ARGS [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `ARGS` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-test.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-test.mdx new file mode 100644 index 00000000..62ee784d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-test.mdx @@ -0,0 +1,69 @@ +--- +title: bactopia-test +description: "Execute suítes nf-test para componentes do Bactopia." +--- + +# bactopia-test + +Execute suítes nf-test para componentes do Bactopia. + +Descobre e executa arquivos nf-test em módulos, subworkflows e +workflows. Os resultados são classificados por status e exibidos como uma tabela +resumida. Os logs por teste são salvos em um diretório logs/. + + +## Uso + +```bash +bactopia-test [OPTIONS] +``` + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | +| `--test-data` | STRING | | Diretório contendo os dados do bactopia-tests (define a variável de ambiente BACTOPIA_TESTS). Obrigatório a menos que --cleanup seja usado | + +## Limpeza + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--cleanup` | BOOL | `false` | Encontra e remove todos os arquivos temporários .nf-test/, depois encerra (nenhum teste é executado) | +| `--dry-run` | BOOL | `false` | Com --cleanup, lista o que seria removido sem excluir | +| `--keep` | BOOL | `false` | Mantém os diretórios .nf-test/ e os logs após a conclusão dos testes (útil para depuração) | + +## Seleção de Testes + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--tier` | CHOICE (modules, subworkflows, workflows, all) | `all` | Qual nível de componente testar | +| `--include` | STRING | | Lista de nomes de componentes separados por vírgula para incluir | +| `--exclude` | STRING | | Lista de nomes de componentes separados por vírgula para excluir | + +## Opções de Execução + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--profile` | CHOICE (docker, singularity, conda) | `docker` | Perfil Nextflow a ser usado nos testes | +| `--condadir` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/conda` | Diretório onde os ambientes Conda são armazenados (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência) | +| `--singularity_cache` | STRING | `/home/rpetit3/.bactopia/singularity` | Diretório onde as imagens Singularity são armazenadas (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência) | +| `--generate` | BOOL | `false` | Modo de geração: exclui snapshots e executa duas vezes para verificar a reprodutibilidade | +| `--jobs` | INT | `64` | Número de workers de teste paralelos | +| `--fail-fast` | BOOL | `false` | Para na primeira falha de teste em vez de continuar | +| `--timeout` | INT | `90` | Tempo limite por teste em minutos. Cada subprocesso nf-test é encerrado após esse período. Defina como 0 para desativar | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | STRING | `.` | Diretório onde a pasta logs/ será criada | +| `--json` | BOOL | `false` | Exibe os resultados em formato JSON | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto relacionado à depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-teton-prepare.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-teton-prepare.mdx new file mode 100644 index 00000000..ac5920ca --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-teton-prepare.mdx @@ -0,0 +1,30 @@ +--- +title: bactopia-teton-prepare +description: "Prepare sample sheets para análise downstream no fluxo de trabalho Teton." +--- + +# bactopia-teton-prepare + +Prepare sample sheets para análise downstream no fluxo de trabalho Teton. + +## Uso + +```bash +bactopia-teton-prepare PREFIX SIZEMEUP RUN_TYPE FASTQS OUTDIR [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `PREFIX` | STRING | Sim | Prefixo a ser usado para os arquivos de saída. | +| `SIZEMEUP` | STRING | Sim | A estimativa de tamanho de genoma do SizeMeUp. | +| `RUN_TYPE` | STRING | Sim | O tipo de execução de entrada (ex: paired-end, single-end, ont). | +| `FASTQS` | STRING | Sim | Lista separada por vírgulas de nomes de arquivos FASTQ. | +| `OUTDIR` | STRING | Sim | O diretório de saída para os resultados. | + +## Opções + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-update.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-update.mdx new file mode 100644 index 00000000..74470219 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-update.mdx @@ -0,0 +1,48 @@ +--- +title: bactopia-update +description: "Verifica se os módulos usados pelas Bactopia Tools possuem versões mais recentes disponíveis" +--- + +# bactopia-update + +Verifica se os módulos usados pelas Bactopia Tools possuem versões mais recentes disponíveis + +## Uso + +```bash +bactopia-update UNKNOWN [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `UNKNOWN` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções de Módulo + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--module` | STRING | | Verifica apenas um módulo específico para atualizações (ex.: 'fastp') | +| `--max_retry` | INT | `3` | Número máximo de tentativas para consultas à API. (Padrão: 3) | + +## Opções de Saída + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--json` | BOOL | `false` | Gera saída em JSON simples | +| `--pretty` | BOOL | `false` | Gera saída em JSON formatado | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-workflows.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-workflows.mdx new file mode 100644 index 00000000..da50fea7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/bactopia-workflows.mdx @@ -0,0 +1,41 @@ +--- +title: bactopia-workflows +description: "Exibe o caminho para o arquivo main.nf de um fluxo de trabalho do Bactopia." +--- + +# bactopia-workflows + +Exibe o caminho para o arquivo main.nf de um fluxo de trabalho do Bactopia. + +## Uso + +```bash +bactopia-workflows UNKNOWN [OPTIONS] +``` + +## Argumentos + +| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição | +|-----------|------|-------------|-----------| +| `UNKNOWN` | UNPROCESSED | Não | | + +## Opções Obrigatórias + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--bactopia-path` | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | + +## Opções Relacionadas ao Fluxo de Trabalho + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--wf` | STRING | `bactopia` | Constrói um ambiente para o fluxo de trabalho especificado | +| `--list_wfs` | BOOL | `false` | Lista os fluxos de trabalho disponíveis do Bactopia e encerra | + +## Opções Adicionais + +| Opção | Tipo | Padrão | Descrição | +|-------|------|--------|-----------| +| `--verbose` | BOOL | `false` | Exibe texto relacionado a depuração | +| `--silent` | BOOL | `false` | Apenas erros críticos serão exibidos | +| `--version, -V` | BOOL | `false` | Exibe a versão e encerra. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..81d63dc1 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/cli/index.mdx @@ -0,0 +1,53 @@ +--- +title: CLI Reference +description: Command-line reference for all bactopia-py CLI commands +slug: /cli +--- + +# CLI Reference + +Referência de linha de comando para todos os comandos CLI do [bactopia-py](https://github.com/bactopia/bactopia-py) (v2.2.0). + +## Comandos para Usuários e Desenvolvedores + +Comandos para preparar entradas, consultar bancos de dados e desenvolver componentes do Bactopia. + +| Comando | Descrição | +|---------|-------------| +| [`bactopia-atb-downloader`](/developers/cli/bactopia-atb-downloader) | Baixa montagens do All-the-Bacteria com base em uma consulta de entrada | +| [`bactopia-atb-formatter`](/developers/cli/bactopia-atb-formatter) | Reestrutura montagens do All-the-Bacteria para permitir o uso com Bactopia Tools | +| [`bactopia-catalog`](/developers/cli/bactopia-catalog) | Gera um catálogo legível por máquina de todos os componentes do Bactopia. | +| [`bactopia-citations`](/developers/cli/bactopia-citations) | Exibe ou valida as citações usadas ao longo do Bactopia. | +| [`bactopia-datasets`](/developers/cli/bactopia-datasets) | Baixa conjuntos de dados opcionais para complementar suas análises com o Bactopia | +| [`bactopia-docs`](/developers/cli/bactopia-docs) | Valida a desatualização de documentação de referência em um repositório Bactopia. | +| [`bactopia-download`](/developers/cli/bactopia-download) | Constrói ambientes Bactopia para uso com Nextflow. | +| [`bactopia-lint`](/developers/cli/bactopia-lint) | Verifica componentes do pipeline Bactopia em relação às diretrizes de estilo. | +| [`bactopia-merge-schemas`](/developers/cli/bactopia-merge-schemas) | Constrói um Nextflow Schema e/ou uma configuração Nextflow para um fluxo de trabalho específico. | +| [`bactopia-prepare`](/developers/cli/bactopia-prepare) | Cria um 'file of filenames' (FOFN) de amostras a serem processadas pelo Bactopia | +| [`bactopia-prune`](/developers/cli/bactopia-prune) | Remove ambientes Bactopia desatualizados que não correspondem mais às versões atuais dos módulos. | +| [`bactopia-pubmlst-build`](/developers/cli/bactopia-pubmlst-build) | Constrói bancos de dados PubMLST para uso com a Bactopia Tool 'mlst'. | +| [`bactopia-pubmlst-setup`](/developers/cli/bactopia-pubmlst-setup) | Configuração única para interação com a API do PubMLST | +| [`bactopia-review-tests`](/developers/cli/bactopia-review-tests) | Revisa resultados do nf-test com análise de erros agrupados e verificações de tempo. | +| [`bactopia-scaffold`](/developers/cli/bactopia-scaffold) | Cria scaffolds de componentes Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge. | +| [`bactopia-search`](/developers/cli/bactopia-search) | Consulta o ENA e o SRA em busca de acessos públicos para processar com o Bactopia | +| [`bactopia-status`](/developers/cli/bactopia-status) | Exibe um instantâneo do estado do projeto Bactopia. | +| [`bactopia-summary`](/developers/cli/bactopia-summary) | Gera uma tabela de resumo a partir dos resultados do Bactopia. | +| [`bactopia-sysinfo`](/developers/cli/bactopia-sysinfo) | Detecta automaticamente a RAM e as CPUs do host, emitindo fragmentos CLI do Nextflow para perfis locais. | +| [`bactopia-test`](/developers/cli/bactopia-test) | Executa suites nf-test para componentes do Bactopia. | +| [`bactopia-update`](/developers/cli/bactopia-update) | Verifica se os módulos usados pelas Bactopia Tools possuem versões mais recentes disponíveis | +| [`bactopia-workflows`](/developers/cli/bactopia-workflows) | Exibe o caminho para o arquivo main.nf de um fluxo de trabalho Bactopia. | + +## Scripts Utilitários do Pipeline + +Scripts internos chamados pelos módulos Nextflow durante a execução do pipeline. + +| Comando | Descrição | +|---------|-------------| +| [`bactopia-bracken-to-excel`](/developers/cli/bactopia-bracken-to-excel) | Escreve as abundâncias do Bracken em um arquivo Excel. | +| [`bactopia-check-assembly-accession`](/developers/cli/bactopia-check-assembly-accession) | Verifica se o acesso de montagem do NCBI Assembly é o mais recente e ainda está disponível. | +| [`bactopia-check-fastqs`](/developers/cli/bactopia-check-fastqs) | Verifica se os FASTQs de entrada atendem aos requisitos mínimos. | +| [`bactopia-cleanup-coverage`](/developers/cli/bactopia-cleanup-coverage) | Reduz a redundância na cobertura por base a partir da saída do genomeCoverageBed. | +| [`bactopia-kraken-bracken-summary`](/developers/cli/bactopia-kraken-bracken-summary) | Atualiza as abundâncias do Bracken com contagens não classificadas. | +| [`bactopia-mask-consensus`](/developers/cli/bactopia-mask-consensus) | Consenso do Snippy (subs) com mascaramento de cobertura. | +| [`bactopia-scrubber-summary`](/developers/cli/bactopia-scrubber-summary) | Cria um relatório antes-e-depois a partir da remoção de reads humanos. | +| [`bactopia-teton-prepare`](/developers/cli/bactopia-teton-prepare) | Prepara planilhas de amostras para análise downstream no fluxo de trabalho Teton. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..6cc1c77e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/index.mdx @@ -0,0 +1,45 @@ +--- +title: Developers +description: Bactopia developer reference for CLI commands, subworkflows, and modules +slug: / +--- + +# Desenvolvedores + +Esta seção fornece documentação de referência detalhada para os componentes +individuais que compõem os fluxos de trabalho do Bactopia. + +## Referência CLI + +Referência completa de linha de comando para todos os comandos do Bactopia e suas opções. + +[Ver Referência CLI](/developers/cli) + +## Plugin nf-bactopia + +Referência para desenvolvedores do plugin Nextflow nf-bactopia -- funções utilitárias +e operadores usados nos fluxos de trabalho do Bactopia. + +[Ver documentação do nf-bactopia](/developers/nf-bactopia) + +## AI Skills + +Habilidades de automação que orquestram comandos CLI do Bactopia por meio de ferramentas +de codificação assistidas por IA para tarefas de scaffolding, manutenção, revisão e testes. +Há 12 habilidades disponíveis. + +[Ver AI Skills](/developers/ai-skills) + +## Subworkflows + +Subworkflows orquestram múltiplos módulos em unidades de análise reutilizáveis. +Há 86 subworkflows disponíveis. + +[Ver todos os subworkflows](/developers/subworkflows) + +## Módulos + +Módulos são processos individuais que executam tarefas de análise específicas. +Há 97 módulos disponíveis. + +[Ver todos os módulos](/developers/modules) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..888233a2 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_run.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: abricate_run +description: "Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência." +tags: + - bacteria + - assembly + - fasta + - antimicrobial-resistance + - virulence + - plasmid + - mobile-genetic-elements + - sample-scope +--- + +# abricate_run + +**Tags:** bacteria assembly fasta antimicrobial-resistance virulence plasmid mobile-genetic-elements sample-scope + +Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +Realiza triagem de montagens para genes de resistência antimicrobiana e virulência utilizando +[Abricate](https://github.com/tseemann/abricate). Inclui diversas bases de dados, +como NCBI, CARD, ResFinder, PlasmidFinder, ARG-ANNOT e VFDB. + +:::note[Bases de Dados Incluídas] +O Abricate agrupa múltiplas bases de dados, incluindo NCBI, CARD, ResFinder, PlasmidFinder, +ARG-ANNOT e VFDB. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório de hits separado por tabulações; para mais detalhes, consulte [Abricate - Output](https://github.com/tseemann/abricate#output) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Abricate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--abricate_db` | string | `ncbi` | Base de dados a utilizar | +| `--abricate_minid` | integer | `80` | Percentual mínimo de identidade de DNA | +| `--abricate_mincov` | integer | `80` | Percentual mínimo de cobertura de DNA | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [abricate](/developers/subworkflows/abricate) - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +### Workflows + +- [abricate](/bactopia-tools/abricate) - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) + Seemann T [Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes](https://github.com/tseemann/abricate) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/abricate/run) + +## Versão + +```yaml +ABRICATE_RUN: + - abricate: 1.4.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_summary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_summary.mdx new file mode 100644 index 00000000..727d57af --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abricate_summary.mdx @@ -0,0 +1,85 @@ +--- +title: abricate_summary +description: "Resumir os resultados do rastreamento do Abricate." +tags: + - bacteria + - tab-delimited + - antimicrobial-resistance + - run-scope +--- + +# abricate_summary + +**Tags:** bacteria tab-delimited antimicrobial-resistance run-scope + +Resumir os resultados do rastreamento do Abricate. + +Usa o [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) para agregar os +relatórios de rastreamento por amostra em um único arquivo de resumo delimitado por tabulação. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + reports: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações de agregação | +| `reports` | `Set` | Uma coleção de arquivos de relatório do Abricate de múltiplas amostras | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo agregado delimitado por tabulação dos resultados do Abricate de todas as amostras | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [abricate](/developers/subworkflows/abricate) - Rastreamento em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +### Workflows + +- [abricate](/bactopia-tools/abricate) - Rastreamento em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) + Seemann T [Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes](https://github.com/tseemann/abricate) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/abricate/summary) + +## Versão + +```yaml +ABRICATE_SUMMARY: + - abricate: 1.4.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abritamr_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abritamr_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..ccba03ac --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/abritamr_run.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: abritamr_run +description: "Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência." +tags: + - bacteria + - assembly + - fasta + - antimicrobial-resistance + - nata + - amrfinderplus + - sample-scope +--- + +# abritamr_run + +**Tags:** bacteria assembly fasta antimicrobial-resistance nata amrfinderplus sample-scope + +Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +Utiliza o [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr), um pipeline acreditado pela NATA (National Association of +Testing Authorities), para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana relevantes. Ele funciona como um wrapper para AMRFinderPlus, formatado para os padrões de relatórios clínicos utilizados em Victoria, Austrália. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + summary: Path?, + matches: Path, + partials: Path, + virulence: Path, + amrfinder: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `summary` | `Path?` | Resumo do relatório AMR acreditado pela NATA em formato delimitado por tabulação | +| `matches` | `Path` | Lista de genes AMR correspondentes em formato delimitado por tabulação | +| `partials` | `Path` | Lista de genes AMR parcialmente correspondentes em formato delimitado por tabulação | +| `virulence` | `Path` | Lista de genes de virulência detectados em formato delimitado por tabulação | +| `amrfinder` | `Path` | Saída bruta do AMRFinderPlus | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do abriTAMR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--abritamr_species` | string | | Usar mutações pontuais específicas da espécie; é necessário fornecer uma espécie válida | +| `--abritamr_identity` | integer | | Identidade mínima das correspondências com amrfinder (0 - 1.0); utiliza o padrão do amrfinder por padrão | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [abritamr](/developers/subworkflows/abritamr) - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus. + +### Workflows + +- [abritamr](/bactopia-tools/abritamr) - Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) + Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T [An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-35713-4) _Nature Communications_, 14(1), 60. (2023) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/abritamr/run) + +## Versão + +```yaml +ABRITAMR_RUN: + - abritamr: 1.2.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/agrvate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/agrvate.mdx new file mode 100644 index 00000000..4c36e88f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/agrvate.mdx @@ -0,0 +1,98 @@ +--- +title: agrvate +description: "Determine o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus." +tags: + - bacteria + - assembly + - fasta + - typing + - virulence + - staphylococcus + - aureus + - agr + - sample-scope +--- + +# agrvate + +**Tags:** bacteria assembly fasta typing virulence staphylococcus aureus agr sample-scope + +Determine o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus. + +Utiliza o [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) para tipar o locus do +regulador do gene acessório (agr), um sistema de quorum sensing crítico para a virulência de *Staphylococcus aureus*. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados de Staphylococcus aureus no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação do tipo de locus agr e variantes do operon | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Realiza apenas a tipagem agr. Ignora a extração do operon agr e a detecção de frameshift | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [agrvate](/developers/subworkflows/agrvate) - Identifica o tipo de locus agr e variantes do operon de Staphylococcus aureus. + +### Workflows + +- [agrvate](/bactopia-tools/agrvate) - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) + Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/agrvate) + +## Versão + +```yaml +AGRVATE: + - agrvate: 1.0.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..e1838251 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_run.mdx @@ -0,0 +1,127 @@ +--- +title: amrfinderplus_run +description: "Identifique genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas." +tags: + - bacteria + - fasta + - antimicrobial-resistance + - virulence + - ncbi + - amr + - genes + - proteins + - sample-scope +--- + +# amrfinderplus_run + +**Tags:** bacteria fasta antimicrobial-resistance virulence ncbi amr genes proteins sample-scope + +Identifique genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas. + +Utiliza o [AMRFinder+](https://github.com/ncbi/amr) para rastrear sequências de nucleotídeos ou proteínas +contra o [Banco de Dados de Genes de Referência](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/isolates#/refgene/) do NCBI. +Ele identifica genes de resistência antimicrobiana, mutações pontuais associadas à resistência e outras classes selecionadas de +genes por meio de anotações proteicas e/ou sequências de nucleotídeos montadas. + +:::note[Requer banco de dados externo disponível] +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path, + faa: Path, + gff: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Sequências de nucleotídeos de genes no formato FASTA | +| `faa` | `Path` | Sequências opcionais de aminoácidos de proteínas no formato FASTA | +| `gff` | `Path` | Anotação genômica opcional no formato GFF3 | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um tarball comprimido do banco de dados AMRFinderPlus para consulta | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + report: Path, + mutation_report: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `report` | `Path` | Um relatório delimitado por tabulação dos genes de resistência antimicrobiana e fatores de virulência identificados | +| `mutation_report` | `Path?` | Mutações pontuais específicas do organismo associadas à resistência antimicrobiana | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do AMRFinder+ + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--amrfinderplus_ident_min` | number | `-1` | Proporção mínima de aminoácidos idênticos no alinhamento para um hit (0..1) | +| `--amrfinderplus_coverage_min` | number | `0.5` | Cobertura mínima da proteína de referência (0..1) | +| `--amrfinderplus_organism` | string | | Grupo taxonômico para executar rastreamentos adicionais | +| `--amrfinderplus_translation_table` | integer | `11` | Código genético do NCBI para BLAST traduzido | +| `--amrfinderplus_noplus` | boolean | `false` | Desativa a execução do AMRFinder+ com a opção --plus | +| `--amrfinderplus_report_common` | boolean | `false` | Reportar proteínas comuns a um grupo taxonômico | +| `--amrfinderplus_report_all_equal` | boolean | `false` | Reportar todos os hits de BLAST e HMM com pontuação igual | +| `--amrfinderplus_opts` | string | | Opções extras do AMRFinder+ entre aspas. | +| `--amrfinderplus_db` | string | | Um banco de dados AMRFinder+ personalizado para uso, seja um tarball ou uma pasta | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) - Encontra genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. + +### Workflows + +- [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) - Bactopia Tool: Amrfinderplus. +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/amrfinderplus/run) + +## Versão + +```yaml +AMRFINDERPLUS_RUN: + - ncbi-amrfinderplus: 4.2.7 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_update.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_update.mdx new file mode 100644 index 00000000..5e81a21a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/amrfinderplus_update.mdx @@ -0,0 +1,61 @@ +--- +title: amrfinderplus_update +description: "Baixe e indexe o banco de dados mais recente do AMRFinder+." +tags: + - bacteria + - database + - antimicrobial-resistance + - update + - download + - ncbi + - sample-scope +--- + +# amrfinderplus_update + +**Tags:** bacteria database antimicrobial-resistance update download ncbi sample-scope + +Baixe e indexe o banco de dados mais recente do AMRFinder+. + +Obtém os bancos de dados mais recentes do [AMRFinder+](https://github.com/ncbi/amr) a partir do NCBI, +indexa-os e os empacota em um arquivo tarball. + +:::note[Manutenção Interna] +Este processo é utilizado principalmente de forma interna pelo Bactopia para construir e atualizar os +conjuntos de dados integrados. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um tarball comprimido do banco de dados mais recente do AMRFinder+ | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/amrfinderplus/update) + +## Versão + +```yaml +AMRFINDERPLUS_UPDATE: + - ncbi-amrfinderplus: 4.2.7 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_getref.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_getref.mdx new file mode 100644 index 00000000..6dc8fe05 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_getref.mdx @@ -0,0 +1,91 @@ +--- +title: ariba_getref +description: "Baixe e prepare bancos de dados de referência para análise com ARIBA." +tags: + - bacteria + - database + - download + - antimicrobial-resistance + - virulence + - ariba + - setup + - run-scope +--- + +# ariba_getref + +**Tags:** bacteria database download antimicrobial-resistance virulence ariba setup run-scope + +Baixe e prepare bancos de dados de referência para análise com ARIBA. + +Utiliza o [ARIBA](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) para buscar bancos de dados de referência curados +(por exemplo, CARD, ResFinder, VFDB, PlasmidFinder) e prepará-los para detecção de genes baseada em montagem local. +O banco de dados é indexado e empacotado em um arquivo tarball para uso com `ariba run`. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para baixar o banco de dados especificado. +::: + +## Entradas + +``` +db_name: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db_name` | `String` | Nome do banco de dados a ser baixado (por exemplo, 'card', 'resfinder', 'vfdb_core', 'plasmidfinder') | + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados ARIBA preparado | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [ariba](/developers/subworkflows/ariba) - Identifica genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados. + +### Workflows + +- [ariba](/bactopia-tools/ariba) - Identificação de genes por meio de montagens locais. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) + Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR [ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads](http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000131). _Microb Genom_ 3, e000131 (2017) + +- [MEGARes](https://megares.meglab.org/) + Lakin SM, Dean C, Noyes NR, Dettenwanger A, Ross AS, Doster E, Rovira P, Abdo Z, Jones KL, Ruiz J, Belk KE, Morley PS, Boucher C [MEGARes: an resistencia antimicrobiana database for high throughput sequencing.](https://doi.org/10.1093/nar/gkw1009) _Nucleic Acids Res._ 45, D574-D580 (2017) + +- [SRST2](https://github.com/katholt/srst2) + Inouye M, Dashnow H, Raven L-A, Schultz MB, Pope BJ, Tomita T, Zobel J, Holt KE [SRST2: Rapid genomic surveillance for public health and hospital microbiology labs.](https://doi.org/10.1186/s13073-014-0090-6) _Genome Med._ 6, 90 (2014) + +- [VirulenceFinder](https://cge.food.dtu.dk/services/VirulenceFinder/) + Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM [Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic _Escherichia coli_.](https://doi.org/10.1128/jcm.03617-13) _J. Clin. Microbiol._ 52, 1501-1510 (2014) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ariba/getref) + +## Versão + +```yaml +ARIBA_GETREF: + - ariba: 2.14.7 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..d8fa353d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ariba_run.mdx @@ -0,0 +1,120 @@ +--- +title: ariba_run +description: "Identificar genes por montagem local de reads." +tags: + - fastq + - local-assembly + - antimicrobial-resistance + - virulence + - ariba + - sample-scope +--- + +# ariba_run + +**Tags:** fastq local-assembly antimicrobial-resistance virulence ariba sample-scope + +Identificar genes por montagem local de reads. + +Utiliza o [ARIBA](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) (resistencia antimicrobiana Identification +By Assembly) para detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência criando montagens locais a partir de reads paired-end. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é um Path + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path, + r2: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path` | Reads Illumina R2 (paired-end) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um banco de dados preparado pelo [ARIBA](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + report: Path, + summary: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `report` | `Path` | Relatório detalhado delimitado por tabulação dos resultados de detecção de genes | +| `summary` | `Path` | Resumo condensado separado por vírgulas dos genes detectados | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Ariba Run + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ariba_db` | string | | Banco de dados a ser consultado; se não estiver disponível, será baixado para o caminho informado em --datasets_cache (opções: `argannot`, `card`, `ncbi`, `megares`, `plasmidfinder`, `resfinder`, `srst2_argannot`, `vfdb_core`, `vfdb_full`, `virulencefinder`) | +| `--ariba_nucmer_min_id` | integer | `90` | Identidade mínima de alinhamento (delta-filter -i) | +| `--ariba_nucmer_min_len` | integer | `20` | Identidade mínima de alinhamento (delta-filter -i) | +| `--ariba_nucmer_breaklen` | integer | `200` | Valor a ser usado para -breaklen ao executar nucmer | +| `--ariba_assembly_cov` | integer | `50` | Cobertura de reads alvo ao amostrar reads para montagem | +| `--ariba_min_scaff_depth` | integer | `10` | Número mínimo de pares de reads necessários como evidência para ligação de scaffold entre dois contigs | +| `--ariba_spades_options` | string | | Opções extras a serem passadas ao montador Spades | +| `--ariba_assembled_threshold` | number | `0.95` | Se a proporção do gene montado (independentemente de quantos contigs) for pelo menos este valor, a flag gene_assembled é definida | +| `--ariba_gene_nt_extend` | integer | `30` | Número máximo de nucleotídeos para estender as extremidades das correspondências de genes em busca de códons de início/parada | +| `--ariba_unique_threshold` | number | `0.03` | Se a proporção de bases no gene montado mais de uma vez for <= este valor, a flag unique_contig é definida | +| `--ariba_no_clean` | boolean | | Não remover os arquivos intermediários criados pelo Ariba. | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [ariba](/developers/subworkflows/ariba) - Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end. + +### Workflows + +- [ariba](/bactopia-tools/ariba) - Identificação de genes por meio de montagens locais. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) + Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR [ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads](http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000131). _Microb Genom_ 3, e000131 (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ariba/run) + +## Versão + +```yaml +ARIBA_RUN: + - ariba: 2.14.7 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_assembler.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_assembler.mdx new file mode 100644 index 00000000..e9758b0c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_assembler.mdx @@ -0,0 +1,221 @@ +--- +title: bactopia_assembler +description: "Monte genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridos." +tags: + - bacteria + - assembly + - hybrid + - shovill + - dragonflye + - unicycler + - illumina + - nanopore + - sample-scope +--- + +# bactopia_assembler + +**Tags:** bacteria assembly hybrid shovill dragonflye unicycler illumina nanopore sample-scope + +Monte genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridos. + +Seleciona automaticamente o montador apropriado com base nos tipos de reads de entrada: +- **Reads Paired-End Curtos:** Usa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) (wrapper SKESA/SPAdes). +- **Reads Single-End Curtos:** Usa [Shovill](https://github.com/rpetit3/shovill) (wrapper SKESA/SPAdes). +- **Reads Longos:** Usa [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) (wrapper Flye/Miniasm). +- **Híbrido:** Usa [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) ou Dragonflye (com polimento). + +Estatísticas resumidas de cada montagem são geradas usando [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan). + +Usa entrada de registro nomeado com slots de reads explícitos (r1, r2, se, lr, assembly) como Path?. + +:::note[Quando o runtype é 'assembly' ou 'assembly_accession' e --reassemble não está definido,] +a montagem original é usada sem remontagem. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + fna: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longos (ONT/PacBio) para montagem de reads longos ou híbrida | +| `fna` | `Path?` | Arquivo de montagem (FASTA) para runtypes baseados em montagem | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path?, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + tsv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `fna` | `Path?` | Contigs montados em formato FASTA | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 passados adiante | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 passados adiante | +| `se` | `Path?` | Reads single-end passados adiante | +| `lr` | `Path?` | Reads longos passados adiante | +| `tsv` | `Path?` | Relatório delimitado por tabulação das estatísticas de montagem (N50, comprimento, cobertura) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Montador + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--shovill_assembler` | string | `skesa` | Montador a ser usado pelo Shovill (opções: `skesa`, `megahit`, `spades`, `velvet`) | +| `--dragonflye_assembler` | string | `flye` | Montador a ser usado pelo Dragonflye (opções: `flye`, `miniasm`, `raven`) | +| `--use_unicycler` | boolean | | Usar Unicycler para montagem paired-end | +| `--min_contig_len` | integer | `500` | Comprimento mínimo do contig <0=AUTO> | +| `--min_contig_cov` | integer | `2` | Cobertura mínima do contig <0=AUTO> | +| `--contig_namefmt` | string | | Formato dos IDs FASTA dos contigs no estilo 'printf' | +| `--shovill_opts` | string | | Opções extras do montador entre aspas para Shovill | +| `--shovill_kmers` | string | | K-mers a utilizar <em branco=AUTO> | +| `--dragonflye_opts` | string | | Opções extras do montador entre aspas para Dragonflye | +| `--trim` | boolean | | Habilitar trimagem de adaptadores | +| `--no_stitch` | boolean | | Desabilitar costura de reads para reads paired-end | +| `--no_corr` | boolean | | Desabilitar correção pós-montagem | +| `--unicycler_mode` | string | `normal` | Modo de bridging usado pelo Unicycler (opções: `conservative`, `normal`, `bold`) | +| `--min_component_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--min_dead_end_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--nanohq` | boolean | `false` | Para Flye, usar '--nano-hq' em vez de --nano-raw | +| `--medaka_model` | string | | O modelo a ser usado para polimento com Medaka | +| `--medaka_rounds` | integer | `0` | O número de rodadas de polimento com Medaka a realizar | +| `--racon_rounds` | integer | `1` | O número de rodadas de polimento com Racon a realizar | +| `--no_polish` | boolean | | Pular a etapa de polimento da montagem | +| `--no_miniasm` | boolean | | Pular o bridging miniasm+Racon | +| `--no_rotate` | boolean | | Não rotacionar replicons completos para iniciar em um gene padrão | +| `--reassemble` | boolean | `false` | Se os reads foram simulados, eles serão usados para criar uma nova montagem. | +| `--polypolish_rounds` | integer | `1` | Número de rodadas de polimento com Polypolish para polimento com reads curtos | +| `--pilon_rounds` | integer | `0` | Número de rodadas de polimento com Pilon para polimento com reads curtos | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bactopia_assembler](/developers/subworkflows/bactopia_assembler) - Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [any2fasta](https://github.com/tseemann/any2fasta) + Seemann T [any2fasta: Convert various sequence formats to FASTA](https://github.com/tseemann/any2fasta) (GitHub) + +- [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) + Petit III RA [assembly-scan: generate basic stats for an assembly](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) (GitHub) + +- [BWA](https://github.com/lh3/bwa/) + Li H [Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM](http://arxiv.org/abs/1303.3997). _arXiv_ [q-bio.GN] (2013) + +- [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) + Petit III RA [Dragonflye: Assemble bacterial isolate genomes from Nanopore reads.](https://github.com/rpetit3/dragonflye) (GitHub) + +- [FLASH](https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/) + Magoč T, Salzberg SL [FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr507) _Bioinformatics_ 27.21 2957-2963 (2011) + +- [Flye](https://github.com/fenderglass/Flye) + Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner P [Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs](https://doi.org/10.1038/s41587-019-0072-8) _Nature Biotechnology_ (2019) + +- [Medaka](https://github.com/nanoporetech/medaka) + ONT Research [Medaka: Sequence correction provided by ONT Research](https://github.com/nanoporetech/medaka) (GitHub) + +- [MEGAHIT](https://github.com/voutcn/megahit) + Li D, Liu C-M, Luo R, Sadakane K, Lam T-W [MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033) _Bioinformatics_ 31.10 1674-1676 (2015) + +- [Miniasm](https://github.com/lh3/miniasm) + Li H [Miniasm: Ultrafast de novo assembly for long noisy reads](https://github.com/lh3/miniasm) (GitHub) + +- [Minimap2](https://github.com/lh3/minimap2) + Li H [Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191) _Bioinformatics_ 34:3094-3100 (2018) + +- [Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) + Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +- [Pigz](https://zlib.net/pigz/) + Adler M. [pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines.](https://zlib.net/pigz/) _Jet Propulsion Laboratory_ (2015) + +- [Pilon](https://github.com/broadinstitute/pilon/) + Walker BJ, Abeel T, Shea T, Priest M, Abouelliel A, Sakthikumar S, Cuomo CA, Zeng Q, Wortman J, Young SK, Earl AM [Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963) _PloS one_ 9.11 e112963 (2014) + +- [Racon](https://github.com/lbcb-sci/racon) + Vaser R, Sović I, Nagarajan N, Šikić M [Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.214270.116) _Genome Res_ 27, 737-746 (2017) + +- [Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) + Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +- [Raven](https://github.com/lbcb-sci/raven) + Vaser R, Šikić M [Time- and memory-efficient genome assembly with Raven.](https://doi.org/10.1038/s43588-021-00073-4) _Nat Comput Sci_ 1, 332-336 (2021) + +- [samclip](https://github.com/tseemann/samclip) + Seemann T [Samclip: Filter SAM file for soft and hard clipped alignments](https://github.com/tseemann/samclip) (GitHub) + +- [Samtools](https://github.com/samtools/samtools) + Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R [The Sequence Alignment/Map format and SAMtools](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352). _Bioinformatics_ 25, 2078-2079 (2009) + +- [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) + Seemann T [Shovill: De novo assembly pipeline for Illumina paired reads](https://github.com/tseemann/shovill) (GitHub) + +- [Shovill-SE](https://github.com/rpetit3/shovill) + Petit III RA [Shovill-SE: A fork of Shovill that includes support for single end reads.](https://github.com/rpetit3/shovill) (GitHub) + +- [SKESA](https://github.com/ncbi/SKESA) + Souvorov A, Agarwala R, Lipman DJ [SKESA: strategic k-mer extension for scrupulous assemblies.](https://doi.org/10.1186/s13059-018-1540-z) _Genome Biology_ 19:153 (2018) + +- [SPAdes](https://github.com/ablab/spades) + Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA [SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.](https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021) _Journal of computational biology_ 19.5 455-477 (2012) + +- [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) + Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE [Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads.](http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595) _PLoS Comput. Biol._ 13, e1005595 (2017) + +- [Velvet](https://github.com/dzerbino/velvet) + Zerbino DR, Birney E [Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs.](http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.074492.107) _Genome research_ 18.5 821-829 (2008) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/assembler) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_ASSEMBLER: + - bactopia-assembler: 1.0.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_datasets.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_datasets.mdx new file mode 100644 index 00000000..de16ba1d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_datasets.mdx @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: bactopia_datasets +description: "Baixe datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia." +tags: + - download + - database + - setup + - amr + - mlst + - minhash + - sourmash + - gtdb + - run-scope +--- + +# bactopia_datasets + +**Tags:** download database setup amr mlst minhash sourmash gtdb run-scope + +Baixe datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia. + +Busca os datasets principais (AMR, MLST, Mash, Sourmash) hospedados pelo projeto Bactopia. +Esses dados são usados para popular o cache local para uso offline. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar arquivos de `datasets.bactopia.com`. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + amrfinderplus_db: Path, + mlst_db: Path, + mash_db: Path, + sourmash_db: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `amrfinderplus_db` | `Path` | Um tarball comprimido do banco de dados do [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) | +| `mlst_db` | `Path` | Um tarball comprimido dos esquemas do [PubMLST](https://pubmlst.org/) | +| `mash_db` | `Path` | Sketches pré-computados do [Mash](https://github.com/marbl/Mash) (RefSeq) | +| `sourmash_db` | `Path` | Assinaturas pré-computadas do [Sourmash](https://github.com/sourmash-bio/sourmash) (GTDB) | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) - Baixa e fornece datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia. + +### Workflows + +- [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) - Ferramenta Bactopia: Amrfinderplus. +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [merlin](/bactopia-tools/merlin) - Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistidas por MinMER. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +- [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) + Seemann T [mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes](https://github.com/tseemann/mlst) (GitHub) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +- [Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash) + Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/datasets) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_DATASETS: + - gnu-wget: 1.18 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_gather.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_gather.mdx new file mode 100644 index 00000000..04f74477 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_gather.mdx @@ -0,0 +1,148 @@ +--- +title: bactopia_gather +description: "Pesquise, valide, colete ou simule amostras de entrada." +tags: + - fastq + - validation + - sra + - ena + - download + - merging + - simulation + - art + - ncbi + - sample-scope +--- + +# bactopia_gather + +**Tags:** fastq validation sra ena download merging simulation art ncbi sample-scope + +Pesquise, valide, colete ou simule amostras de entrada. + +Este processo é o ponto de entrada para a ingestão de dados. Ele realiza: +- **Validação:** Verifica a formatação de FASTQ e a integridade do gzip. +- **Mesclagem:** Combina múltiplas execuções (lanes) em uma única amostra. +- **Download:** Busca reads (SRA/ENA) ou montagens (NCBI) a partir de accessions. +- **Simulação:** Gera reads sintéticos a partir de montagens usando [ART](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art) para permitir análises baseadas em reads. + +Usa slots nomeados explicitamente para reads de entrada e saída: +- A entrada aceita Set<Path> para cada slot (pré-mesclagem, suporta múltiplos arquivos) +- A saída emite Path? para cada slot (pós-mesclagem, arquivo único consolidado ou null) + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1_files: Set, + r2_files: Set, + se_files: Set, + lr_files: Set, + fna_files: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1_files` | `Set` | Arquivos de reads Illumina R1 (Set, elementos podem ser null) | +| `r2_files` | `Set` | Arquivos de reads Illumina R2 (Set, elementos podem ser null) | +| `se_files` | `Set` | Arquivos de reads single-end (Set, elementos podem ser null) | +| `lr_files` | `Set` | Arquivos de reads longos (ONT) ou montagem para simulação (Set, elementos podem ser null) | +| `fna_files` | `Set` | Arquivo de montagem de entrada ou baixado (Set, elementos podem ser null) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + fna: Path?, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Arquivo de reads Illumina R1 mesclado | +| `r2` | `Path?` | Arquivo de reads Illumina R2 mesclado | +| `se` | `Path?` | Arquivo de reads single-end mesclado | +| `lr` | `Path?` | Arquivo de reads longos (ONT) mesclado | +| `fna` | `Path?` | Arquivo de montagem | +| `tsv` | `Path` | Arquivo de metadados delimitado por tabulação descrevendo as amostras válidas | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Coleta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--skip_fastq_check` | boolean | | Ignora as verificações de requisitos mínimos para FASTQs de entrada | +| `--min_basepairs` | integer | `2241820` | A quantidade mínima de pares de bases necessária para continuar as análises downstream. | +| `--min_reads` | integer | `7472` | A quantidade mínima de reads necessária para continuar as análises downstream. | +| `--min_coverage` | integer | `10` | A cobertura mínima necessária para continuar as análises downstream. | +| `--min_proportion` | number | `0.5` | A proporção mínima de pares de bases para reads paired-end para continuar as análises downstream. | +| `--min_genome_size` | integer | `100000` | O tamanho mínimo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises downstream. | +| `--max_genome_size` | integer | `18040666` | O tamanho máximo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises downstream. | +| `--attempts` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de download | +| `--use_ena` | boolean | | Baixa FASTQs do ENA | +| `--no_cache` | boolean | | Ignora o cache do arquivo de resumo de montagem do ncbi-genome-download | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Pesquisa, valida, coleta e padroniza amostras de entrada. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ART](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm) + Huang W, Li L, Myers JR, Marth GT [ART: a next-generation sequencing read simulator.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr708) _Bioinformatics_ 28, 593-594 (2012) + +- [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) + Petit III RA [fastq-dl: Download FASTQ files from SRA or ENA repositories.](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) (GitHub) + +- [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) + Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +- [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) + Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +- [Pigz](https://zlib.net/pigz/) + Adler M. [pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines.](https://zlib.net/pigz/) _Jet Propulsion Laboratory_ (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/gather) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_GATHER: + - bactopia-gather: 1.0.6 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_qc.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_qc.mdx new file mode 100644 index 00000000..8229f3ca --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_qc.mdx @@ -0,0 +1,199 @@ +--- +title: bactopia_qc +description: "Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subamostragem de reads." +tags: + - fastq + - qc + - adapter-removal + - error-correction + - subsampling + - fastp + - bbduk + - lighter + - porechop + - nanoq + - fastqc + - nanoplot + - sample-scope +--- + +# bactopia_qc + +**Tags:** fastq qc adapter-removal error-correction subsampling fastp bbduk lighter porechop nanoq fastqc nanoplot sample-scope + +Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subamostragem de reads. + +Um pipeline de controle de qualidade abrangente que se adapta ao tipo de read de entrada: +- **Illumina:** Remoção de adaptadores/PhiX ([Fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) ou + [BBDuk](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/)), Correção de Erros + ([Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter)) e Subamostragem ([Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa)) +- **Nanopore:** Remoção de adaptadores ([Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop)), Filtragem por qualidade + ([Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq)) e Subamostragem ([Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa)) +- **Híbrido:** Processa tanto reads curtos quanto longos através de seus respectivos pipelines +- **Montagem:** Passa adiante reads simulados a partir de montagens + +Gera métricas de qualidade usando [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) e relatórios de +qualidade opcionais usando [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) (Illumina) e +[NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) (ONT). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + fna: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra (deve incluir `runtype`, `genome_size`, `species`) | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end forward) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end reverse) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longos (ONT) | +| `fna` | `Path?` | Arquivo de montagem (FASTA) para simulações baseadas em montagem | + +``` +adapters: Path? +phix: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `adapters` | `Path?` | Caminho para sequências de adaptadores personalizadas (FASTA) | +| `phix` | `Path?` | Caminho para sequências PhiX personalizadas (FASTA) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + fna: Path?, + reads_grouped: Set, + error: Set, + skipped: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina após controle de qualidade (paired-end forward) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina após controle de qualidade (paired-end reverse) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end após controle de qualidade | +| `lr` | `Path?` | Reads longos após controle de qualidade (ONT) | +| `fna` | `Path?` | Arquivo de montagem (FASTA) | +| `reads_grouped` | `Set` | Todos os FASTQs de saída para publicação | +| `error` | `Set` | Mensagens de erro capturadas caso o controle de qualidade falhe (ex.: reads vazios após trimagem) | +| `skipped` | `Path?` | Arquivo marcador indicando que o controle de qualidade foi ignorado para esta amostra | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos de cada programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Controle de Qualidade + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_bbmap` | boolean | | Reads Illumina serão submetidos ao controle de qualidade usando BBMap | +| `--use_porechop` | boolean | `false` | Usar Porechop para remover adaptadores de reads ONT | +| `--skip_qc` | boolean | | A etapa de controle de qualidade será ignorada e assumirá que as sequências de entrada já passaram pelo controle de qualidade. | +| `--skip_qc_plots` | boolean | | A criação de gráficos de controle de qualidade pelo FastQC ou Nanoplot será ignorada | +| `--skip_error_correction` | boolean | | A correção de erros de reads pelo FLASH será ignorada. | +| `--adapters` | string | | Um arquivo FASTA contendo adaptadores a serem removidos | +| `--adapter_k` | integer | `23` | Comprimento do kmer usado para identificar adaptadores. | +| `--phix` | string | | Genoma de referência do phiX174 a ser removido | +| `--phix_k` | integer | `31` | Comprimento do kmer usado para identificar phiX174. | +| `--ktrim` | string | `r` | Trim de reads para remover bases que correspondam a kmers de referência (opções: `f`, `r`, `l`) | +| `--mink` | integer | `11` | Busca por kmers mais curtos nas extremidades dos reads até este comprimento, durante k-trimming ou mascaramento. | +| `--hdist` | integer | `1` | Distância máxima de Hamming para kmers de referência (apenas substituições) | +| `--tpe` | string | `t` | Ao realizar k-trimming pela direita, realiza trim em ambos os reads até o comprimento mínimo de qualquer um deles (opções: `f`, `t`) | +| `--tbo` | string | `t` | Realiza trim de adaptadores com base na região de sobreposição dos reads pareados (opções: `f`, `t`) | +| `--qtrim` | string | `rl` | Realiza trim nas extremidades dos reads para remover bases com qualidade abaixo de trimq. (opções: `rl`, `f`, `r`, `l`, `w`) | +| `--trimq` | integer | `6` | Regiões com qualidade média ABAIXO deste valor serão removidas se qtrim estiver configurado com algo diferente de f | +| `--maq` | integer | `10` | Reads com qualidade média (após trimagem) abaixo deste valor serão descartados | +| `--minlength` | integer | `35` | Reads mais curtos que este valor após a trimagem serão descartados | +| `--ftm` | integer | `5` | Se positivo, realiza trim à direita para que o comprimento seja igual a zero módulo este número | +| `--tossjunk` | string | `t` | Descarta reads com caracteres inválidos como bases (opções: `f`, `t`) | +| `--ain` | string | `f` | Ao detectar nomes de pares, permite nomes idênticos (opções: `f`, `t`) | +| `--qout` | string | `33` | Offset PHRED a ser usado nos FASTQs de saída (opções: `33`, `64`) | +| `--maxcor` | integer | `1` | Número máximo de correções em uma janela de 20bp | +| `--sampleseed` | integer | `42` | Defina como um número positivo para usar como semente do gerador de números aleatórios na amostragem | +| `--ont_minlength` | integer | `1000` | Reads ONT mais curtos que este valor serão descartados | +| `--ont_minqual` | integer | `0` | Filtro de qualidade média mínima dos reads ONT | +| `--porechop_opts` | string | | Opções extras do Porechop entre aspas | +| `--nanoplot_opts` | string | | Opções extras do NanoPlot entre aspas | +| `--bbduk_opts` | string | | Opções extras do BBDuk entre aspas | +| `--fastp_opts` | string | | Opções extras do fastp entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bactopia_qc](/developers/subworkflows/bactopia_qc) - Realiza controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads brutos de sequenciamento. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este pipeline em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BBTools](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/) + Bushnell B [BBMap short read aligner, and other bioinformatic tools.](http://sourceforge.net/projects/bbmap/) (Link) + +- [fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) + Chen S, Zhou Y, Chen Y, and Gu J [fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560) _Bioinformatics_, 34(17), i884-i890. (2018) + +- [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) + Andrews S [FastQC: a controle de qualidade tool for high throughput sequence data.](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc) (WebLink) + +- [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) + Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +- [Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter) + Song L, Florea L, Langmead B [Lighter: Fast and Memory-efficient Sequencing Error Correction without Counting](https://doi.org/10.1186/s13059-014-0509-9). _Genome Biol._ 15(11):509 (2014) + +- [NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) + De Coster W, D'Hert S, Schultz DT, Cruts M, Van Broeckhoven C [NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149) _Bioinformatics_ Volume 34, Issue 15 (2018) + +- [Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) + Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +- [Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop) + Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE. [Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000132) _Microb Genom._ 3(10):e000132 (2017) + +- [Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) + Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/qc) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_QC: + - bactopia-qc: 1.0.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_sketcher.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_sketcher.mdx new file mode 100644 index 00000000..a13db42b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_sketcher.mdx @@ -0,0 +1,135 @@ +--- +title: bactopia_sketcher +description: "Crie esboços genômicos e realize classificação taxonômica rápida." +tags: + - bacteria + - taxonomy + - classification + - minhash + - sketch + - mash + - sourmash + - refseq + - gtdb + - sample-scope +--- + +# bactopia_sketcher + +**Tags:** bacteria taxonomy classification minhash sketch mash sourmash refseq gtdb sample-scope + +Crie esboços genômicos e realize classificação taxonômica rápida. + +Utiliza [Mash](https://mash.readthedocs.io/) e [Sourmash](https://sourmash.readthedocs.io/) para +criar esboços MinHash das sequências de entrada. Esses esboços são então consultados em +bancos de dados pré-construídos ([RefSeq](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/) e +[GTDB](https://gtdb.ecogenomic.org/)) para identificar os genomas de referência mais próximos. + +:::note[Bancos de Dados Necessários] +Requer os bancos de dados pré-compilados RefSeq (Mash) e GTDB (Sourmash), geralmente baixados +pelo módulo `datasets`. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +mash_db: Path +sourmash_db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `mash_db` | `Path` | Caminho para o banco de dados Mash RefSeq | +| `sourmash_db` | `Path` | Caminho para o banco de dados Sourmash GTDB LCA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + sig: Path, + msh: Set, + mash: Path, + sourmash: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `sig` | `Path` | O arquivo de assinatura do Sourmash (*.sig) | +| `msh` | `Set` | Os arquivos de esboço Mash para k=21 e k=31 (*.msh) | +| `mash` | `Path` | Um relatório de classificação dos resultados do Mash Screen contra o banco de dados RefSeq | +| `sourmash` | `Path` | Um relatório de classificação do Sourmash LCA contra o banco de dados GTDB | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos de programas (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Sketcher + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sketch_size` | inteiro | `10000` | Tamanho do esboço. Cada esboço terá no máximo esse número de min-hashes não redundantes. | +| `--sourmash_scale` | inteiro | `10000` | Escolhe o número de hashes como 1 em FRAÇÃO dos k-mers de entrada | +| `--no_winner_take_all` | booleano | | Desativa a estratégia winner-takes-all para estimativas de identidade | +| `--screen_i` | número | `0.8` | Identidade mínima a ser reportada. | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bactopia_sketcher](/developers/subworkflows/bactopia_sketcher) - Crie esboços genômicos e realize classificação taxonômica rápida. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +- [Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash) + Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +- [Mash Screen](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Starrett GJ, Sappington A, Kostic A, Koren S, Buck CB, Phillippy AM [Mash Screen: high-throughput sequence containment estimation for genome discovery](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1841-x) _Genome Biol_ 20, 232 (2019) + +- [NCBI RefSeq Database](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/) + O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, Ciufo S, Haddad D, McVeigh R, Rajput B, Robbertse B, Smith-White B, Ako-Adjei D, Astashyn A, Badretdin A, Bao Y, Blinkova O0, Brover V, Chetvernin V, Choi J, Cox E, Ermolaeva O, Farrell CM, Goldfarb T, Gupta T, Haft D, Hatcher E, Hlavina W, Joardar VS, Kodali VK, Li W, Maglott D, Masterson P, McGarvey KM, Murphy MR, O'Neill K, Pujar S, Rangwala SH, Rausch D, Riddick LD, Schoch C, Shkeda A, Storz SS, Sun H, Thibaud-Nissen F, Tolstoy I, Tully RE, Vatsan AR, Wallin C, Webb D, Wu W, Landrum MJ, Kimchi A, Tatusova T, DiCuccio M, Kitts P, Murphy TD, Pruitt KD [Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation.](https://doi.org/10.1093/nar/gkv1189) _Nucleic Acids Res._ 44, D733-45 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/sketcher) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_SKETCHER: + - bactopia-sketcher: 1.0.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_teton.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_teton.mdx new file mode 100644 index 00000000..211646e7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bactopia_teton.mdx @@ -0,0 +1,97 @@ +--- +title: bactopia_teton +description: "Preveja o tamanho do genoma e encaminhe amostras com base na classificação taxonômica." +tags: + - taxonomy + - genome-size + - routing + - filtering + - bacteria + - sizemeup + - bracken + - sample-scope +--- + +# bactopia_teton + +**Tags:** taxonomy genome-size routing filtering bacteria sizemeup bracken sample-scope + +Preveja o tamanho do genoma e encaminhe amostras com base na classificação taxonômica. + +Usa o [SizeMeUp](https://github.com/bactopia/bactopia) para processar relatórios de abundância do [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken), +estimar o tamanho do genoma para as espécies identificadas e dividir as amostras +nas listas "Bacteria" (para análise posterior com Bactopia) e "Non-Bacteria". + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + classification: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `classification` | `Path` | Relatório de abundância de espécies do Bracken | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + bacteria_tsv: Path, + nonbacteria_tsv: Path, + sizemeup: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `bacteria_tsv` | `Path` | Uma planilha de amostras delimitada por tabulação, compatível com Bactopia (--samples), para amostras identificadas como Bacteria | +| `nonbacteria_tsv` | `Path` | Uma planilha de amostras delimitada por tabulação para amostras NÃO identificadas como Bacteria | +| `sizemeup` | `Path` | Um arquivo de texto contendo a espécie prevista e o tamanho do genoma | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [teton](/developers/subworkflows/teton) - Realiza classificação taxonômica e estima tamanhos de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +- [sizemeup](https://github.com/rpetit3/sizemeup) + Petit III RA [sizemeup: A simple tool to retrieve the genome size for a given species name or tax ID](https://github.com/rpetit3/sizemeup) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bactopia/teton) + +## Versão + +```yaml +BACTOPIA_TETON: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..14e23b8e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_download.mdx @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: bakta_download +description: "Baixe o banco de dados de anotação Bakta." +tags: + - bacteria + - database + - download + - annotation + - bakta + - setup + - run-scope +--- + +# bakta_download + +**Tags:** bacteria database download annotation bakta setup run-scope + +Baixe o banco de dados de anotação Bakta. + +Obtém o banco de dados pré-compilado necessário pelo [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) +para anotação de genomas. O banco de dados contém clusters UniProt, genes de AMR e outros +dados de referência necessários para uma anotação abrangente de genomas bacterianos. + +:::note[Conexão com a Internet e Espaço em Disco Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço significativo em disco +para armazenar os arquivos do banco de dados. O banco de dados 'light' tem ~1,5GB, enquanto o banco de dados 'full' +tem ~30GB descomprimido. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path?, + db_tarball: Path?, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | O diretório do banco de dados Bakta contendo os dados de referência de anotação | +| `db_tarball` | `Path?` | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Download do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_db` | string | | Tarball ou caminho para o banco de dados Bakta | +| `--bakta_db_type` | string | `full` | Qual banco de dados Bakta baixar: 'full' (~30GB) ou 'light' (~2GB) (opções: `full`, `light`) | +| `--bakta_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados Bakta como um tarball | +| `--download_bakta` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados Bakta para o caminho indicado em --bakta_db | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bakta](/developers/subworkflows/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [bakta](/bactopia-tools/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) + Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A [Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685) _Microbial Genomics_ 7(11) (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bakta/download) + +## Versão + +```yaml +BAKTA_DOWNLOAD: + - bakta: 1.12.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..b5e0c7b3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bakta_run.mdx @@ -0,0 +1,176 @@ +--- +title: bakta_run +description: "Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos." +tags: + - bacteria + - annotation + - genome + - assembly + - prodigal + - compliant + - genbank + - ena + - sample-scope +--- + +# bakta_run + +**Tags:** bacteria annotation genome assembly prodigal compliant genbank ena sample-scope + +Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos. + +Utiliza o [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) para anotar genomas por meio de +identificação de sequências sem alinhamento. Detecta CDS, sORFs, tRNAs, tmRNAs, rRNAs, +ncRNAs e arranjos CRISPR, atribuindo funções a partir de um banco de dados abrangente. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um banco de dados do Bakta (diretório ou tarball) disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +proteins: Path? +prodigal_tf: Path? +replicons: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Caminho para o banco de dados do Bakta (diretório ou tarball comprimido) | +| `proteins` | `Path?` | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para usar na anotação de primeira passagem | +| `prodigal_tf` | `Path?` | Arquivo de treinamento do Prodigal para predição de CDS | +| `replicons` | `Path?` | Tabela (TSV/CSV) com informações de replicons para detecção de origem | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path, + faa: Path, + ffn: Path, + fna: Path, + gbff: Path, + gff: Path, + hypotheticals_tsv: Path, + hypotheticals_faa: Path, + inference_tsv: Path, + json: Path, + png: Path, + svg: Path, + tsv: Path, + txt: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Arquivo comprimido tar.gz com bancos de dados BLAST+ dos contigs, genes e proteínas | +| `faa` | `Path` | Sequências de aminoácidos de CDS/sORF no formato FASTA | +| `ffn` | `Path` | Sequências nucleotídicas de features no formato FASTA | +| `fna` | `Path` | Sequências de DNA de replicons/contigs no formato FASTA | +| `gbff` | `Path` | Anotações e sequências no formato GenBank | +| `gff` | `Path` | Anotações e sequências no formato GFF3 | +| `hypotheticals_tsv` | `Path` | Informações adicionais sobre CDS de proteínas hipotéticas em valores separados por tabulação | +| `hypotheticals_faa` | `Path` | Sequências de aminoácidos de CDS de proteínas hipotéticas no formato FASTA | +| `inference_tsv` | `Path` | Evidências detalhadas de anotação e informações de hits no banco de dados | +| `json` | `Path` | Anotações e metadados legíveis por máquina no formato JSON | +| `png` | `Path` | Gráfico circular do genoma como imagem PNG | +| `svg` | `Path` | Gráfico circular do genoma como imagem SVG | +| `tsv` | `Path` | Anotações em formato simples de valores separados por tabulação, legível por humanos | +| `txt` | `Path` | Resumo geral das anotações do Bakta | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--bakta_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--bakta_replicons` | string | | Tabela de informações de replicons (tsv/csv) | +| `--bakta_min_contig_length` | integer | `1` | Tamanho mínimo de contig para anotar | +| `--bakta_keep_contig_headers` | boolean | `false` | Manter os cabeçalhos originais dos contigs | +| `--bakta_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--bakta_skip_trna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de tRNA | +| `--bakta_skip_tmrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de tmRNA | +| `--bakta_skip_rrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de rRNA | +| `--bakta_skip_ncrna` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de ncRNA | +| `--bakta_skip_ncrna_region` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de regiões ncRNA | +| `--bakta_skip_crispr` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de arranjos CRISPR | +| `--bakta_skip_cds` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de CDS | +| `--bakta_skip_sorf` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de sORF | +| `--bakta_skip_gap` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de gaps | +| `--bakta_skip_ori` | boolean | `false` | Ignorar detecção e anotação de oriC/oriT | +| `--bakta_opts` | string | | Opções extras do Bakta entre aspas. Exemplo: '--gram +' | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [bakta](/developers/subworkflows/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [bakta](/bactopia-tools/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) + Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A [Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685) _Microbial Genomics_ 7(11) (2021) + +- [Aragorn](http://130.235.244.92/ARAGORN/Downloads/) + Laslett D, Canback B [ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/nar/gkh152) _Nucleic Acids Res_. 32(1):11-6 (2004) + +- [DIAMOND](https://github.com/bbuchfink/diamond) + Buchfink B, Xie C, Huson DH [Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3176) _Nat. Methods._ 12, 59-60 (2015) + +- [HMMER](http://hmmer.org/) + Eddy SR [Accelerated Profile HMM Searches.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195) _PLoS Comput. Biol._ 7, e1002195 (2011) + +- [Infernal](http://eddylab.org/infernal/) + Nawrocki EP, Eddy SR [Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt509) _Bioinformatics_ 29(22), 2933-2935 (2013) + +- [Prodigal](https://github.com/hyattpd/Prodigal) + Hyatt D, Chen G-L, LoCascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ [Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119) _BMC Bioinformatics_ 11.1 119 (2010) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bakta/run) + +## Versão + +```yaml +BAKTA_RUN: + - bakta: 1.12.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..f9380b78 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastn.mdx @@ -0,0 +1,110 @@ +--- +title: blast_blastn +description: "Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos." +tags: + - blast + - blastn + - alignment + - dna + - search + - fasta + - sample-scope +--- + +# blast_blastn + +**Tags:** blast blastn alignment dna search fasta sample-scope + +Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos. + +Usa o [BLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para alinhar sequências de consulta de nucleotídeos +(FASTA) contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos. É otimizado para encontrar sequências altamente similares. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de nucleotídeos | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de nucleotídeos | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de alinhamento de nucleotídeos delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do BLASTN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--blastn_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para executar BLAST contra o banco de dados | +| `--blastn_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastn_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao BLASTN | +| `--blastn_perc_identity` | integer | `50` | Percentual de identidade | +| `--blastn_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastn_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--blastn_use_genes` | boolean | `false` | Executar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [blastn](/developers/subworkflows/blastn) - Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos. + +### Workflows + +- [blastn](/bactopia-tools/blastn) - Pesquise bancos de dados BLAST de nucleotídeos usando consultas de nucleotídeos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/blast/blastn) + +## Versão + +```yaml +BLAST_BLASTN: + - blast: 2.17.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastp.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastp.mdx new file mode 100644 index 00000000..fb1c1103 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastp.mdx @@ -0,0 +1,109 @@ +--- +title: blast_blastp +description: "Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteína." +tags: + - blast + - blastp + - alignment + - protein + - amino-acid + - search + - fasta + - sample-scope +--- + +# blast_blastp + +**Tags:** blast blastp alignment protein amino-acid search fasta sample-scope + +Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteína. + +Usa o [BLASTP](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para alinhar sequências de consulta +de aminoácidos (FASTA) contra um banco de dados BLAST de proteínas. É utilizado para identificar proteínas homólogas. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de proteínas | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de aminoácidos | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de alinhamento de proteínas delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do BLASTP + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--blastp_query` | string | | Um arquivo fasta contendo as sequências de consulta para BLAST contra o banco de dados | +| `--blastp_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastp_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o BLASTN | +| `--blastp_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastp_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [blastp](/developers/subworkflows/blastp) - Pesquisa sequências de proteínas contra um banco de dados de proteínas. + +### Workflows + +- [blastp](/bactopia-tools/blastp) - Pesquisa contra bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de proteínas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/blast/blastp) + +## Versão + +```yaml +BLAST_BLASTP: + - blast: 2.17.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..50cb5e56 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_blastx.mdx @@ -0,0 +1,111 @@ +--- +title: blast_blastx +description: "Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida." +tags: + - blast + - blastx + - alignment + - translation + - protein + - dna + - search + - fasta + - sample-scope +--- + +# blast_blastx + +**Tags:** blast blastx alignment translation protein dna search fasta sample-scope + +Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida. + +Utiliza o [BLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para traduzir sequências de nucleotídeos +(FASTA) nos seis quadros de leitura e alinhá-las contra um banco de dados de proteínas BLAST. Isso é útil +para identificar potenciais regiões codificantes em DNA não anotado. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados de proteínas BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de nucleotídeos para consulta | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de alinhamento nucleotídeo-proteína traduzido em formato delimitado por tabulação (BLAST outfmt 6) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do BLASTX + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--blastx_query` | string | | Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para alinhar contra o banco de dados | +| `--blastx_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--blastx_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN | +| `--blastx_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--blastx_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [blastx](/developers/subworkflows/blastx) - Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa banco de dados de proteínas. + +### Workflows + +- [blastx](/bactopia-tools/blastx) - Pesquisa em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidas. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/blast/blastx) + +## Versão + +```yaml +BLAST_BLASTX: + - blast: 2.17.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..8dc4f0ab --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastn.mdx @@ -0,0 +1,112 @@ +--- +title: blast_tblastn +description: "Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteína." +tags: + - blast + - tblastn + - alignment + - translation + - protein + - dna + - search + - fasta + - sample-scope +--- + +# blast_tblastn + +**Tags:** blast tblastn alignment translation protein dna search fasta sample-scope + +Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteína. + +Utiliza o [TBLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para alinhar sequências de consulta de aminoácidos +(FASTA) contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos que foi traduzido dinamicamente nos seis +quadros de leitura. Isso é útil para encontrar homólogos de genes em DNA genômico não anotado. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de nucleotídeos | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de aminoácidos | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de alinhamento proteína-para-nucleotídeo traduzido delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do TBLASTN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tblastn_query` | string | | Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados | +| `--tblastn_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--tblastn_opts` | string | | Opções adicionais a passar para o BLASTN | +| `--tblastn_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--tblastn_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--tblastn_use_genes` | boolean | `false` | Realizar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [tblastn](/developers/subworkflows/tblastn) - Pesquisa sequências de consulta de proteínas contra banco de dados de nucleotídeos. + +### Workflows + +- [tblastn](/bactopia-tools/tblastn) - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/blast/tblastn) + +## Versão + +```yaml +BLAST_TBLASTN: + - blast: 2.17.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..ab8c4e41 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/blast_tblastx.mdx @@ -0,0 +1,112 @@ +--- +title: blast_tblastx +description: "Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida." +tags: + - blast + - tblastx + - alignment + - translation + - dna + - search + - fasta + - sample-scope +--- + +# blast_tblastx + +**Tags:** blast tblastx alignment translation dna search fasta sample-scope + +Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida. + +Utiliza o [TBLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para alinhar sequências de nucleotídeos de consulta +(traduzidas nos seis quadros de leitura) contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos (também traduzido nos seis +quadros de leitura). Isso é útil para identificar relações distantes entre sequências de nucleotídeos que apresentam +divergência significativa, mas estrutura proteica conservada. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + blastdb: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | `Path` | Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de nucleotídeos | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de nucleotídeos de consulta | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de alinhamento de nucleotídeos traduzido para nucleotídeos traduzido em formato delimitado por tabulação (BLAST outfmt 6) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do TBLASTX + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tblastx_query` | string | | Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados | +| `--tblastx_outfmt` | string | `sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore` | As colunas a incluir com -outfmt 6 | +| `--tblastx_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN | +| `--tblastx_qcov_hsp_perc` | integer | `50` | Percentual de cobertura da consulta por hsp | +| `--tblastx_max_target_seqs` | integer | `2000` | Número máximo de sequências alinhadas a manter | +| `--tblastx_use_genes` | boolean | `false` | Executar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [tblastx](/developers/subworkflows/tblastx) - Traduz sequências de nucleotídeos de consulta e pesquisa banco de dados de nucleotídeos. + +### Workflows + +- [tblastx](/bactopia-tools/tblastx) - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidas. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/blast/tblastx) + +## Versão + +```yaml +BLAST_TBLASTX: + - blast: 2.17.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bracken.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bracken.mdx new file mode 100644 index 00000000..dd453785 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/bracken.mdx @@ -0,0 +1,163 @@ +--- +title: bracken +description: "Classificação taxonômica e estimativa de abundância." +tags: + - metagenomics + - classification + - taxonomy + - abundance + - kraken2 + - bracken + - krona + - sample-scope +--- + +# bracken + +**Tags:** metagenomics classification taxonomy abundance kraken2 bracken krona sample-scope + +Classificação taxonômica e estimativa de abundância. + +Utiliza o [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) para classificar reads em relação a +um banco de dados taxonômico, seguido pelo [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) +(Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) para estimar abundâncias relativas em +um nível taxonômico específico. Também gera um gráfico interativo do [Krona](https://github.com/marbl/Krona/wiki) +para visualização. + +Utiliza campos de registro posicional explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um banco de dados Kraken2/Bracken compatível (tarball). +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) - geralmente não utilizados | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados Kraken2/Bracken | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + special_meta: Record, + classified: Set, + unclassified: Set, + kraken2_report: Path, + kraken2_output: Path?, + bracken_report: Path, + krona: Set, + abundances: Path, + classification: Path, + adjusted_abundances: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação das abundâncias de espécies primárias e secundárias do Bracken | +| `special_meta` | `Record` | Um registro de metadados simplificado para uso interno | +| `classified` | `Set` | Reads classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2 | +| `unclassified` | `Set` | Reads não classificados como pertencentes a nenhum dos táxons no banco de dados Kraken2 | +| `kraken2_report` | `Path` | Relatório do Kraken2 contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados | +| `kraken2_output` | `Path?` | Arquivo de saída do Kraken2 contendo a classificação taxonômica de cada read | +| `bracken_report` | `Path` | Relatório do Bracken contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados | +| `krona` | `Set` | Visualização HTML interativa do Krona | +| `abundances` | `Path` | Estimativas de abundância do Bracken para cada táxon | +| `classification` | `Path` | Detalhes de classificação por read do Bracken | +| `adjusted_abundances` | `Path` | Estimativas de abundância do Bracken ajustadas para reads não classificados | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Kraken2 e Bracken + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kraken2_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados no formato Kraken2 | +| `--kraken2_quick_mode` | boolean | `false` | Operação rápida (usar o primeiro resultado ou resultados) | +| `--kraken2_confidence` | number | `0.0` | Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1 | +| `--kraken2_minimum_base_quality` | integer | `0` | Qualidade mínima de base utilizada na classificação | +| `--kraken2_use_mpa_style` | boolean | `false` | Formatar a saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1 | +| `--kraken2_report_zero_counts` | boolean | `false` | Reportar contagens para TODOS os táxons, mesmo que as contagens sejam zero | +| `--kraken2_report_minimizer_data` | boolean | `false` | Incluir informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório | +| `--kraken2_use_names` | boolean | `false` | Imprimir nomes científicos em vez de apenas taxids | +| `--kraken2_memory_mapping` | boolean | `false` | Evitar carregar o banco de dados na RAM | +| `--kraken2_minimum_hit_groups` | integer | `2` | Número mínimo de grupos de acertos necessários para realizar uma classificação | +| `--kraken2_keep_filtered_reads` | boolean | `false` | Manter os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2 | +| `--kraken2_keep_raw_output` | boolean | `false` | Manter o arquivo STDOUT produzido pelo Kraken2 | +| `--bracken_read_length` | integer | `0` | Comprimento de read para obter todas as classificações (0 = determinar em tempo de execução) | +| `--bracken_level` | string | `S` | Nível para estimar a abundância | +| `--bracken_threshold` | integer | `0` | Reads necessários ANTES da estimativa de abundância para realizar a reestimativa | +| `--bracken_max_secondary_percent` | number | `0.01` | A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada | +| `--bracken_skip_krona` | boolean | `false` | Pular a criação de um relatório Krona | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [bracken](/developers/subworkflows/bracken) - Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. + +### Workflows + +- [bracken](/bactopia-tools/bracken) - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas. + +## Citações + +Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [Krona](https://github.com/marbl/Krona) + Ondov BD, Bergman NH, and Phillippy AM [Interactive metagenomic visualization in a Web browser.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-385) _BMC Bioinformatics_, 12, 385. (2011) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/bracken) + +## Versão + +```yaml +BRACKEN: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/btyper3.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/btyper3.mdx new file mode 100644 index 00000000..1906e00a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/btyper3.mdx @@ -0,0 +1,104 @@ +--- +title: btyper3 +description: "Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*." +tags: + - bacteria + - bacillus + - cereus + - typing + - virulence + - toxin + - amr + - mlst + - sample-scope +--- + +# btyper3 + +**Tags:** bacteria bacillus cereus typing virulence toxin amr mlst sample-scope + +Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*. + +Utiliza o [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) para classificar isolados do grupo *B. cereus*. +Determina o clado PanC, o Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) e realiza triagem de fatores de +virulência, toxinas cristalinas (Bt) e genes de resistência antimicrobiana. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de tipagem do grupo Bacillus cereus delimitados por tabulação, incluindo clado PanC e fatores de virulência | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do BTyper3 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--btyper3_virulence_identity` | integer | `70` | Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácidos/nucleotídeos para que um gene de virulência seja considerado presente | +| `--btyper3_virulence_coverage` | integer | `80` | Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de virulência seja considerado presente | +| `--btyper3_identity` | integer | `50` | Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácidos para que um gene de toxina Bt seja considerado presente | +| `--btyper3_coverage` | integer | `70` | Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de toxina Bt seja considerado presente | +| `--btyper3_overlap` | number | `0.7` | Especifica a proporção máxima de sobreposição para que genes de toxina Bt sobrepostos sejam considerados genes separados | +| `--btyper3_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao BTyper3 | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [btyper3](/developers/subworkflows/btyper3) - Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus. + +### Workflows + +- [btyper3](/bactopia-tools/btyper3) - Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus. + +## Citações + +Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) + Carroll LM, Cheng RA, Kovac J [No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods.](https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.580691) _Frontiers in Microbiology_, 11, 580691. (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/btyper3) + +## Versão + +```yaml +BTYPER3: + - btyper3: 3.4.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/busco.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/busco.mdx new file mode 100644 index 00000000..17c0608d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/busco.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: busco +description: "Avalie a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única." +tags: + - quality-control + - completeness + - genome + - assembly + - orthologs + - busco + - sample-scope +--- + +# busco + +**Tags:** quality-control completeness genome assembly orthologs busco sample-scope + +Avalie a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única. + +Utiliza o [BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco) (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) +para medir a completude de montagens de genomas, conjuntos de genes ou transcriptomas, +comparando-os com um conjunto de ortólogos conservados específico para uma linhagem. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório resumido de texto com o escore de completude (C/S/D/F/M%) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do BUSCO + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--busco_lineage` | string | `bacteria_odb10` | Especifica o nome da linhagem BUSCO a ser utilizada | +| `--busco_evalue` | string | `1e-03` | Valor de corte E-value para buscas BLAST. Formatos aceitos: 0.001 ou 1e-03 | +| `--busco_limit` | integer | `3` | Total de regiões candidatas a considerar por BUSCO | +| `--busco_metaeuk_parameters` | string | | Argumentos adicionais de primeira passagem do Metaeuk contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_metaeuk_rerun_parameters` | string | | Argumentos adicionais de segunda passagem do Metaeuk contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_use_augustus` | boolean | `false` | Usa o preditor de genes Augustus para execuções em eucariotos | +| `--busco_augustus_parameters` | string | | Argumentos adicionais do Augustus contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas | +| `--busco_augustus_species` | string | | Especifica uma espécie para o treinamento do Augustus | +| `--busco_augustus_long` | boolean | `false` | Modo de auto-treinamento de otimização do Augustus | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [busco](/developers/subworkflows/busco) - Avalia a completude da montagem do genoma usando BUSCO. + +### Workflows + +- [busco](/bactopia-tools/busco) - Avaliação da completude da montagem do genoma usando expectativas evolutivamente informadas. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco) + Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM [BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.](https://doi.org/10.1093/molbev/msab199) _Molecular Biology and Evolution_ 38(10), 4647-4654. (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/busco) + +## Versão + +```yaml +BUSCO: + - busco: 6.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..3a7b773b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_download.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: checkm2_download +description: "Baixe o banco de dados pré-treinado do CheckM2." +tags: + - checkm2 + - download + - database + - diamond + - machine-learning + - sample-scope +--- + +# checkm2_download + +**Tags:** checkm2 download database diamond machine-learning sample-scope + +Baixe o banco de dados pré-treinado do CheckM2. + +Obtém o banco de dados Diamond necessário pelo [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) +para predição de qualidade de genomas. Este banco de dados contém os dados de treinamento do modelo de aprendizado de máquina. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para obter o banco de dados. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + json: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O arquivo do banco de dados Diamond do CheckM2 (*.dmnd) | +| `json` | `Path` | Arquivo de metadados descrevendo o conteúdo do banco de dados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Download do Banco de Dados CheckM2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm2_db` | string | | Caminho para uma pasta contendo o banco de dados do CheckM2 (ou onde ele deve ser baixado). | +| `--download_checkm2` | boolean | `false` | Baixa o banco de dados do CheckM2 para o caminho especificado por --checkm2_db | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [checkm2](/developers/subworkflows/checkm2) - Avalia a completude de bins metagenômicos usando CheckM2. + +### Workflows + +- [checkm2](/bactopia-tools/checkm2) - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) + Chklovksi A [Rapid assessment of genome bin quality using machine learning](https://github.com/chklovski/CheckM2) (GitHub) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/checkm2/download) + +## Versão + +```yaml +CHECKM2_DOWNLOAD: + - aria2: 1.36.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_predict.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_predict.mdx new file mode 100644 index 00000000..939469cb --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm2_predict.mdx @@ -0,0 +1,115 @@ +--- +title: checkm2_predict +description: "Avalie a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina." +tags: + - quality-control + - completeness + - contamination + - machine-learning + - bacteria + - archaea + - sample-scope +--- + +# checkm2_predict + +**Tags:** quality-control completeness contamination machine-learning bacteria archaea sample-scope + +Avalie a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina. + +Utiliza o [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) para prever a completude e +a contaminação de montagens de genomas. Ao contrário do CheckM original, ele usa um modelo +de aprendizado de máquina de gradient boost para prever a qualidade sem depender de conjuntos +de marcadores específicos de linhagem, tornando-o mais preciso para genomas novos ou reduzidos. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados do CheckM2 (arquivo de banco de dados Diamond) esteja disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O arquivo de banco de dados do CheckM2 (*.dmnd) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório delimitado por tabulação com métricas de qualidade (Completude, Contaminação) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do CheckM2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm2_lowmem` | boolean | | Modo de baixa memória. Reduz o tamanho do bloco do DIAMOND para diminuir significativamente o uso de RAM, em troca de um tempo de execução maior | +| `--checkm2_general` | boolean | | Força o uso do modelo geral de previsão de qualidade (gradient boost) | +| `--checkm2_specific` | boolean | | Força o uso do modelo específico de previsão de qualidade (rede neural) | +| `--checkm2_allmodels` | boolean | | Gera a previsão de qualidade de ambos os modelos para cada genoma | +| `--checkm2_genes` | boolean | | Trata os arquivos de entrada como arquivos de proteínas. [Padrão: False] | +| `--checkm2_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao CheckM2 | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [checkm2](/developers/subworkflows/checkm2) - Avalia a completude de bins de metagenoma usando CheckM2. + +### Workflows + +- [checkm2](/bactopia-tools/checkm2) - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagens de genomas microbianos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) + Chklovksi A [Rapid assessment of genome bin quality using machine learning](https://github.com/chklovski/CheckM2) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/checkm2/predict) + +## Versão + +```yaml +CHECKM2_PREDICT: + - checkm2: 1.1.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm_lineagewf.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm_lineagewf.mdx new file mode 100644 index 00000000..dc201621 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/checkm_lineagewf.mdx @@ -0,0 +1,119 @@ +--- +title: checkm_lineagewf +description: "Avalie a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem." +tags: + - quality-control + - completeness + - contamination + - marker-genes + - lineage + - bacteria + - archaea + - sample-scope +--- + +# checkm_lineagewf + +**Tags:** quality-control completeness contamination marker-genes lineage bacteria archaea sample-scope + +Avalie a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem. + +Usa o [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM) para estimar a completude e a +contaminação de montagens de genomas. O programa posiciona o genoma em uma árvore de +referência para selecionar um conjunto apropriado de genes marcadores de cópia única e, +em seguida, calcula métricas de qualidade com base na recuperação desses marcadores. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer o banco de dados de referência do CheckM (~275 GB descomprimido) configurado por +meio da variável de ambiente `CHECKM_DATA_PATH` ou pré-instalado no contêiner. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório de qualidade do genoma delimitado por tabulação com estimativas de completude e contaminação | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do CheckM + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--checkm_unique` | inteiro | `10` | Número mínimo de marcadores filogenéticos únicos necessários para usar o conjunto de marcadores específico de linhagem. | +| `--checkm_multi` | inteiro | `10` | Número máximo de marcadores filogenéticos de múltiplas cópias antes de recorrer ao conjunto de marcadores em nível de domínio. | +| `--checkm_aai_strain` | número | `0.9` | Limiar de AAI usado para identificar heterogeneidade de linhagem | +| `--checkm_length` | número | `0.7` | Percentual de sobreposição entre alvo e consulta | +| `--checkm_full_tree` | booleano | | Usar a árvore completa (requer ~40 GB de memória) para determinar a linhagem de cada bin. | +| `--checkm_ignore_thresholds` | booleano | | Ignorar limiares de pontuação específicos do modelo | +| `--checkm_ali` | booleano | | Gerar arquivo de alinhamento HMMER para cada bin | +| `--checkm_nt` | booleano | | Gerar sequências de genes nucleotídicos para cada bin | +| `--checkm_force_domain` | booleano | | Usar conjuntos em nível de domínio para todos os bins | +| `--checkm_no_refinement` | booleano | | Não realizar refinamento do conjunto de marcadores específico de linhagem | +| `--checkm_individual_markers` | booleano | | Tratar marcadores de forma independente | +| `--checkm_skip_adj_correction` | booleano | | Não excluir genes marcadores adjacentes ao estimar a contaminação | +| `--checkm_skip_pseudogene_correction` | booleano | | Ignorar a identificação e filtragem de pseudogenes | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [checkm](/developers/subworkflows/checkm) - Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM. + +### Workflows + +- [checkm](/bactopia-tools/checkm) - Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM) + Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW [CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.186072.114) _Genome Res_ 25, 1043-1055 (2015) + +- [pplacer](https://github.com/matsen/pplacer) + Matsen FA, Kodner RB, Armbrust EV [pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-538) _BMC Bioinformatics_ 11, 538 (2010) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/checkm/lineagewf) + +## Versão + +```yaml +CHECKM_LINEAGEWF: + - checkm-genome: 1.2.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clermontyping.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clermontyping.mdx new file mode 100644 index 00000000..a280aa59 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clermontyping.mdx @@ -0,0 +1,97 @@ +--- +title: clermontyping +description: "Determine o filogrupo de isolados de Escherichia coli." +tags: + - bacteria + - escherichia-coli + - typing + - phylotyping + - pcr + - phylogroup + - sample-scope +--- + +# clermontyping + +**Tags:** bacteria escherichia-coli typing phylotyping pcr phylogroup sample-scope + +Determine o filogrupo de isolados de Escherichia coli. + +Utiliza o [ClermonTyping](https://github.com/A-BN/ClermonTyping) para realizar a detecção +in silico por PCR de genes marcadores específicos (arpA, chuA, yjaA, TspE4.C2). Isso atribui +o isolado a um dos principais filogrupos de *E. coli* (A, B1, B2, C, D, E, F, G ou Cryptic). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Atribuição do filogrupo de E. coli delimitada por tabulação com os genes marcadores detectados | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do ClermonTyping + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--clermontyping_threshold` | inteiro | `0` | Não utilizar contigs abaixo deste tamanho | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [clermontyping](/developers/subworkflows/clermontyping) - Prediz filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genomas. + +### Workflows + +- [clermontyping](/bactopia-tools/clermontyping) - Filotipagem in silico do gênero Escherichia. + +## Citações + +Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClermontTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping) + Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. [ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000192) Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/clermontyping) + +## Versão + +```yaml +CLERMONTYPING: + - clermontyping: 24.02 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clonalframeml.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clonalframeml.mdx new file mode 100644 index 00000000..0644571b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/clonalframeml.mdx @@ -0,0 +1,117 @@ +--- +title: clonalframeml +description: "Inferência de recombinação em genomas bacterianos." +tags: + - bacteria + - recombination + - phylogeny + - alignment + - msa + - evolution + - run-scope +--- + +# clonalframeml + +**Tags:** bacteria recombination phylogeny alignment msa evolution run-scope + +Inferência de recombinação em genomas bacterianos. + +Utiliza o [ClonalFrameML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) para detectar eventos +de recombinação em genomas bacterianos. Ele corrige a árvore filogenética para recombinação e +produz um alinhamento "mascarado" onde as regiões recombinantes são removidas, permitindo uma +inferência filogenética mais precisa. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path, + nwk: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | `Path` | Alinhamento de múltiplas sequências em formato FASTA | +| `nwk` | `Path` | Árvore filogenética inicial em formato Newick | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + emsim: Path?, + em: Path, + status: Path, + nwk: Path, + fasta: Path, + pos_ref: Path, + masked_aln: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `emsim` | `Path?` | Resultados de estimativa de incerteza (se solicitado) | +| `em` | `Path` | Estimativas finais dos parâmetros do algoritmo EM | +| `status` | `Path` | Lista delimitada por tabulação dos eventos de recombinação previstos (importações) | +| `nwk` | `Path` | A árvore de entrada com nós internos rotulados | +| `fasta` | `Path` | Sequências ancestrais reconstruídas (*.fasta.gz) | +| `pos_ref` | `Path` | Tabela de referência cruzada de posições (*.txt.gz) | +| `masked_aln` | `Path` | O alinhamento de entrada com regiões recombinantes mascaradas (*.aln.gz) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do ClonalFrameML + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--clonalframeml_emsim` | inteiro | `100` | Número de simulações para estimar a incerteza nos resultados do EM | +| `--clonalframeml_opts` | string | | Opções extras do ClonalFrameML entre aspas | +| `--skip_recombination` | booleano | `false` | Pular a execução do ClonalFrameML nos subworkflows | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [clonalframeml](/developers/subworkflows/clonalframeml) - Detecta e mascara eventos de recombinação em filogenias bacterianas. + +### Workflows + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia de genoma core opcional. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClonalFramML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) + Didelot X, Wilson DJ [ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004041) _PLoS Comput Biol_ 11(2) e1004041 (2015) + +- [maskrc-svg](https://github.com/kwongj/maskrc-svg) + Kwong J [maskrc-svg - Masks recombination as detected by ClonalFrameML or Gubbins and draws an SVG.](https://github.com/kwongj/maskrc-svg) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/clonalframeml) + +## Versão + +```yaml +CLONALFRAMEML: + - clonalframeml: 1.12 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_concat.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_concat.mdx new file mode 100644 index 00000000..3ba3a5d4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_concat.mdx @@ -0,0 +1,226 @@ +--- +title: csvtk_concat +description: "Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela." +tags: + - utility + - table + - merge + - concat + - csv + - tsv + - csvtk + - run-scope +--- + +# csvtk_concat + +**Tags:** utility table merge concat csv tsv csvtk run-scope + +Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +Utiliza o [csvtk concat](https://github.com/shenwei356/csvtk) para mesclar uma lista de arquivos delimitados +por linha. Ele gerencia o processamento de cabeçalhos (mantendo apenas um cabeçalho) e suporta conversão de formato +(por exemplo, mesclando CSVs mas gerando um TSV como saída). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `csv` | `Set` | Uma lista de arquivos CSV/TSV a serem concatenados | + +``` +in_format: String +out_format: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `in_format` | `String` | String de formato de entrada ('csv', 'tsv', ou um caractere delimitador específico) | +| `out_format` | `String` | String de formato de saída ('csv', 'tsv', ou um caractere delimitador específico) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `csv` | `Path` | Resultados concatenados de todas as amostras no formato de saída especificado | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [abritamr](/developers/subworkflows/abritamr) - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus. +- [agrvate](/developers/subworkflows/agrvate) - Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em *Staphylococcus aureus*. +- [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) - Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. +- [ariba](/developers/subworkflows/ariba) - Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados. +- [bactopia_assembler](/developers/subworkflows/bactopia_assembler) - Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador. +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Pesquisar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada. +- [blastn](/developers/subworkflows/blastn) - Pesquisar em um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos. +- [blastp](/developers/subworkflows/blastp) - Pesquisar sequências de proteínas em banco de dados de proteínas. +- [blastx](/developers/subworkflows/blastx) - Traduzir sequências de nucleotídeos e pesquisar em banco de dados de proteínas. +- [bracken](/developers/subworkflows/bracken) - Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. +- [btyper3](/developers/subworkflows/btyper3) - Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*. +- [busco](/developers/subworkflows/busco) - Avaliar a completude da montagem de genoma usando BUSCO. +- [checkm](/developers/subworkflows/checkm) - Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM. +- [checkm2](/developers/subworkflows/checkm2) - Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM2. +- [clermontyping](/developers/subworkflows/clermontyping) - Prever filogrupos de *Escherichia coli* a partir de montagens de genoma. +- [defensefinder](/developers/subworkflows/defensefinder) - Pesquisar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago. +- [ectyper](/developers/subworkflows/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de *Escherichia coli*. +- [emmtyper](/developers/subworkflows/emmtyper) - Prever tipos emm de *Streptococcus pyogenes* a partir de montagens de genoma. +- [fastani](/developers/subworkflows/fastani) - Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas. +- [gamma](/developers/subworkflows/gamma) - Avaliação Microbiana de Alelos e Mutações Gênicas. +- [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) - Atribuir genótipos a genomas de *Salmonella* Typhi. +- [gigatyper](/developers/subworkflows/gigatyper) - Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. +- [gtdb](/developers/subworkflows/gtdb) - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. +- [hicap](/developers/subworkflows/hicap) - Sorotipagem in silico do locus capsular de *Haemophilus influenzae*. +- [hpsuissero](/developers/subworkflows/hpsuissero) - Sorotipagem rápida de *Haemophilus parasuis*. +- [kleborate](/developers/subworkflows/kleborate) - Ferramenta de genotipagem para *Klebsiella pneumoniae* e seu complexo de espécies relacionadas. +- [legsta](/developers/subworkflows/legsta) - Tipagem baseada em sequência de *Legionella pneumophila* in silico. +- [lissero](/developers/subworkflows/lissero) - Predição in silico de sorotipo para *Listeria monocytogenes*. +- [mashdist](/developers/subworkflows/mashdist) - Calcular distâncias Mash entre sequências e uma referência. +- [mcroni](/developers/subworkflows/mcroni) - Scripts para encontrar e processar variantes de promotor a montante de mcr-1. +- [meningotype](/developers/subworkflows/meningotype) - Prever sorotipos de *Neisseria meningitidis* a partir de montagens de genoma. +- [midas](/developers/subworkflows/midas) - Perfil de espécies a partir de dados metagenômicos. +- [mlst](/developers/subworkflows/mlst) - Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. +- [mobsuite](/developers/subworkflows/mobsuite) - Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano. +- [mykrobe](/developers/subworkflows/mykrobe) - Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento. +- [ngmaster](/developers/subworkflows/ngmaster) - Realizar tipagem de sequência multi-antígeno de *Neisseria gonorrhoeae* a partir de montagens de genoma. +- [pasty](/developers/subworkflows/pasty) - Prever sorogrupos de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de montagens. +- [pbptyper](/developers/subworkflows/pbptyper) - Prever tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de *Streptococcus pneumoniae* a partir de montagens de genoma. +- [phispy](/developers/subworkflows/phispy) - Predição de profagos em genomas bacterianos. +- [plasmidfinder](/developers/subworkflows/plasmidfinder) - Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genoma bacteriano. +- [quast](/developers/subworkflows/quast) - Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST. +- [rgi](/developers/subworkflows/rgi) - Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteína ou nucleotídeo. +- [sccmec](/developers/subworkflows/sccmec) - Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus*. +- [scrubber](/developers/subworkflows/scrubber) - Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos. +- [seqsero2](/developers/subworkflows/seqsero2) - Prever sorotipos de *Salmonella* a partir de montagens de genoma. +- [seroba](/developers/subworkflows/seroba) - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de *Streptococcus pneumoniae*. +- [shigapass](/developers/subworkflows/shigapass) - Prever sorotipos de *Shigella* a partir de montagens. +- [shigatyper](/developers/subworkflows/shigatyper) - Prever sorotipos de *Shigella* a partir de reads ou montagens. +- [shigeifinder](/developers/subworkflows/shigeifinder) - Prever sorotipos de *Shigella* e EIEC a partir de montagens. +- [sistr](/developers/subworkflows/sistr) - Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource. +- [spatyper](/developers/subworkflows/spatyper) - Prever tipos spa de *Staphylococcus aureus* a partir de montagens de genoma. +- [ssuissero](/developers/subworkflows/ssuissero) - Prever sorotipos de *Streptococcus suis* a partir de montagens de genoma. +- [staphopiasccmec](/developers/subworkflows/staphopiasccmec) - Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus* usando o método Staphopia. +- [staphscan](/developers/subworkflows/staphscan) - Análise de vigilância baseada em genoma de *Staphylococcus aureus*. +- [stecfinder](/developers/subworkflows/stecfinder) - Identificar e sorotipificar *E. coli* produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. +- [sylph](/developers/subworkflows/sylph) - Perfil da composição microbiana usando Sylph. +- [tblastn](/developers/subworkflows/tblastn) - Pesquisar sequências de consulta de proteína em banco de dados de nucleotídeos. +- [tblastx](/developers/subworkflows/tblastx) - Traduzir sequências de consulta de nucleotídeos e pesquisar em banco de dados de nucleotídeos. +- [teton](/developers/subworkflows/teton) - Realizar classificação taxonômica e estimar tamanhos de genoma bacteriano. +- [traitar](/developers/subworkflows/traitar) - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. + +### Workflows + +- [abritamr](/bactopia-tools/abritamr) - Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana. +- [agrvate](/bactopia-tools/agrvate) - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr em *Staphylococcus aureus*. +- [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) - Bactopia Tool: Amrfinderplus. +- [ariba](/bactopia-tools/ariba) - Identificação de genes por meio de montagens locais. +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [blastn](/bactopia-tools/blastn) - Pesquisar em bancos de dados BLAST de nucleotídeos usando consultas de nucleotídeos. +- [blastp](/bactopia-tools/blastp) - Pesquisar em bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de proteínas. +- [blastx](/bactopia-tools/blastx) - Pesquisar em bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de nucleotídeos traduzidos. +- [bracken](/bactopia-tools/bracken) - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas. +- [btyper3](/bactopia-tools/btyper3) - Classificação taxonômica de isolados do grupo *Bacillus cereus*. +- [busco](/bactopia-tools/busco) - Avaliação da completude da montagem de genoma usando expectativas evolutivamente informadas. +- [checkm](/bactopia-tools/checkm) - Avaliação da qualidade da montagem de genoma microbiano. +- [checkm2](/bactopia-tools/checkm2) - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade da montagem de genoma microbiano. +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos. +- [clermontyping](/bactopia-tools/clermontyping) - Filogerotipagem in silico do gênero *Escherichia*. +- [defensefinder](/bactopia-tools/defensefinder) - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. +- [ectyper](/bactopia-tools/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de *Escherichia coli*. +- [emmtyper](/bactopia-tools/emmtyper) - Tipagem emm de montagens de *Streptococcus pyogenes*. +- [fastani](/bactopia-tools/fastani) - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genoma completo. +- [gamma](/bactopia-tools/gamma) - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. +- [genotyphi](/bactopia-tools/genotyphi) - Genotipagem de *Salmonella* Typhi com atribuição de linhagem. +- [gigatyper](/bactopia-tools/gigatyper) - Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. +- [gtdb](/bactopia-tools/gtdb) - Identificar genes marcadores e atribuir classificações taxonômicas usando GTDB. +- [hicap](/bactopia-tools/hicap) - Identificar sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de *Haemophilus influenzae*. +- [hpsuissero](/bactopia-tools/hpsuissero) - Predição de sorotipo de montagens de *Haemophilus parasuis*. +- [kleborate](/bactopia-tools/kleborate) - Triagem abrangente de genomas de *Klebsiella* para determinantes de virulência e resistência. +- [legsta](/bactopia-tools/legsta) - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de *Legionella pneumophila*. +- [lissero](/bactopia-tools/lissero) - Predição de tipagem de sorogrupo para *Listeria monocytogenes*. +- [mashdist](/bactopia-tools/mashdist) - Calcular distâncias Mash entre sequências e genomas de referência. +- [mcroni](/bactopia-tools/mcroni) - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência a colistina mobilizada). +- [meningotype](/bactopia-tools/meningotype) - Tipagem abrangente de *Neisseria meningitidis*. +- [midas](/bactopia-tools/midas) - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas. +- [mlst](/bactopia-tools/mlst) - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados. +- [mobsuite](/bactopia-tools/mobsuite) - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano. +- [mykrobe](/bactopia-tools/mykrobe) - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas. +- [ngmaster](/bactopia-tools/ngmaster) - Tipagem de sequência multi-antígeno de *Neisseria gonorrhoeae*. +- [pasty](/bactopia-tools/pasty) - Soroagrupamento in silico de isolados de *Pseudomonas aeruginosa*. +- [pbptyper](/bactopia-tools/pbptyper) - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para *Streptococcus pneumoniae*. +- [phispy](/bactopia-tools/phispy) - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais. +- [plasmidfinder](/bactopia-tools/plasmidfinder) - Bactopia Tool: Plasmidfinder. +- [quast](/bactopia-tools/quast) - Avaliação da qualidade de contigs montados usando QUAST. +- [rgi](/bactopia-tools/rgi) - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI. +- [sccmec](/bactopia-tools/sccmec) - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de *Staphylococcus aureus*. +- [scrubber](/bactopia-tools/scrubber) - Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos. +- [seqsero2](/bactopia-tools/seqsero2) - Predição de sorotipo de *Salmonella* a partir de reads de sequenciamento ou montagens. +- [seroba](/bactopia-tools/seroba) - Sorotipagem de *Streptococcus pneumoniae* a partir de reads Illumina pareados. +- [shigapass](/bactopia-tools/shigapass) - Predição de sorotipos de *Shigella* e diferenciação de EIEC. +- [shigatyper](/bactopia-tools/shigatyper) - Determinação rápida de sorotipos de *Shigella* a partir de reads de sequenciamento. +- [shigeifinder](/bactopia-tools/shigeifinder) - Predição in silico de sorotipo para *Shigella* e *E. coli* Enteroinvasiva (EIEC). +- [sistr](/bactopia-tools/sistr) - Predição de serovar de *Salmonella enterica* a partir de montagens. +- [spatyper](/bactopia-tools/spatyper) - Tipagem spa de montagens de *Staphylococcus aureus*. +- [ssuissero](/bactopia-tools/ssuissero) - Predição de sorotipo de montagens de *Streptococcus suis*. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. +- [staphscan](/bactopia-tools/staphscan) - Análise de vigilância baseada em genoma de *Staphylococcus aureus*. +- [stecfinder](/bactopia-tools/stecfinder) - Identificação de sorotipo de *E. coli* produtora de toxina Shiga. +- [sylph](/bactopia-tools/sylph) - Perfil taxonômico por MinHash com correção de abundância. +- [tblastn](/bactopia-tools/tblastn) - Pesquisar em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas. +- [tblastx](/bactopia-tools/tblastx) - Pesquisar em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos. +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos. +- [traitar](/bactopia-tools/traitar) - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/csvtk/concat) + +## Versão + +```yaml +CSVTK_CONCAT: + - csvtk: 0.31.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_join.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_join.mdx new file mode 100644 index 00000000..23590f3f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/csvtk_join.mdx @@ -0,0 +1,113 @@ +--- +title: csvtk_join +description: "Une dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns." +tags: + - utility + - table + - join + - merge + - csv + - tsv + - csvtk + - relational + - run-scope +--- + +# csvtk_join + +**Tags:** utility table join merge csv tsv csvtk relational run-scope + +Une dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns. + +Utiliza o [csvtk join](https://github.com/shenwei356/csvtk) para mesclar dois arquivos tabulares horizontalmente, +combinando valores em uma coluna-chave especificada (semelhante a um JOIN do SQL). Suporta joins do tipo inner, left, +right e outer por meio de argumentos opcionais. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + csv1: Path, + csv2: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `csv1` | `Path` | O primeiro arquivo CSV/TSV (tabela da esquerda) | +| `csv2` | `Path` | O segundo arquivo CSV/TSV (tabela da direita) | + +``` +in_format: String +out_format: String +key: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `in_format` | `String` | String de formato de entrada ('csv', 'tsv' ou um caractere delimitador específico) | +| `out_format` | `String` | String de formato de saída ('csv', 'tsv' ou um caractere delimitador específico) | +| `key` | `String` | Nome(s) ou índice(s) da coluna a ser usada como chave de junção (ex.: "sample_id" ou "1") | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `csv` | `Path` | O arquivo tabular resultante da junção (*.csv ou *.tsv) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do csvtk join + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_join_opts` | string | | Opções extras do csvtk join entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [teton](/developers/subworkflows/teton) - Realiza classificação taxonômica e estima tamanhos de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/) + Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/csvtk/join) + +## Versão + +```yaml +CSVTK_JOIN: + - csvtk: 0.31.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_fetch.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_fetch.mdx new file mode 100644 index 00000000..967e7d5c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_fetch.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: deacon_fetch +description: "Baixa um índice deacon pré-construído para filtragem de reads do hospedeiro." +tags: + - host + - decontamination + - depletion + - download + - index + - minimizer + - deacon + - run-scope +--- + +# deacon_fetch + +**Tags:** host decontamination depletion download index minimizer deacon run-scope + +Baixa um índice deacon pré-construído para filtragem de reads do hospedeiro. + +Utiliza o [deacon](https://github.com/bede/deacon) para baixar um índice minimizer pré-construído +para filtragem de reads do hospedeiro a partir de dados de sequenciamento. O índice padrão é `panhuman-1`, que +cobre genomas de referência humanos para depleção de reads humanas. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para baixar o índice pré-construído. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O arquivo de índice minimizer deacon pré-construído | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Deacon Fetch + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_index_name` | string | `panhuman-1` | Nome do índice deacon pré-construído a ser baixado | +| `--download_deacon` | boolean | `false` | Baixa o índice deacon para o cache de datasets | +| `--use_deacon` | boolean | `false` | Usa o deacon para filtragem de reads do hospedeiro | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [deacon](/developers/subworkflows/deacon) - Remove reads do hospedeiro dos dados de sequenciamento usando deacon. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/deacon/fetch) + +## Versão + +```yaml +DEACON_FETCH: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_filter.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_filter.mdx new file mode 100644 index 00000000..37e326b4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_filter.mdx @@ -0,0 +1,131 @@ +--- +title: deacon_filter +description: "Filtre reads de hospedeiro de dados de sequenciamento usando comparação baseada em minimizadores." +tags: + - host + - contamination + - decontamination + - depletion + - filtering + - minimizer + - reads + - deacon + - sample-scope +--- + +# deacon_filter + +**Tags:** host contamination decontamination depletion filtering minimizer reads deacon sample-scope + +Filtre reads de hospedeiro de dados de sequenciamento usando comparação baseada em minimizadores. + +Usa o [deacon](https://github.com/bede/deacon) para identificar e remover reads de hospedeiro de +arquivos FASTQ utilizando comparação de minimizadores acelerada por SIMD contra um índice de +referência pré-construído ou personalizado. Suporta reads paired-end, single-end e long reads. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um índice de minimizadores do deacon. Use o módulo deacon/fetch para baixar um +índice pré-construído (ex.: panhuman-1) ou deacon/index para construir um a partir de um FASTA de referência. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 (paired-end forward) | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 (paired-end reverse) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Arquivo de índice de minimizadores do Deacon (.idx) para filtragem de reads de hospedeiro | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + special_meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + scrub_report: Path, + json_summary: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `special_meta` | `Record` | Um registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream | +| `r1` | `Path?` | Reads paired-end forward filtrados | +| `r2` | `Path?` | Reads paired-end reverse filtrados | +| `se` | `Path?` | Reads single-end filtrados | +| `lr` | `Path?` | Long reads filtrados | +| `scrub_report` | `Path` | Relatório resumido dos reads removidos durante a filtragem | +| `json_summary` | `Path` | | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Deacon Filter + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_abs_threshold` | integer | `2` | Número absoluto mínimo de acertos de minimizadores para uma correspondência | +| `--deacon_db` | string | | Caminho para um índice deacon pré-existente (.idx) para filtragem de reads de hospedeiro | +| `--deacon_deplete` | boolean | `true` | Descarta sequências correspondentes em vez de mantê-las | +| `--deacon_opts` | string | | Opções adicionais do deacon filter não cobertas por outros parâmetros | +| `--deacon_prefix_length` | integer | `0` | Pesquisa apenas os primeiros N nucleotídeos por sequência (0 para todos) | +| `--deacon_rel_threshold` | number | `0.01` | Proporção relativa mínima (0.0-1.0) de acertos de minimizadores para uma correspondência | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [deacon](/developers/subworkflows/deacon) - Remove reads de hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/deacon/filter) + +## Versão + +```yaml +DEACON_FILTER: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_index.mdx new file mode 100644 index 00000000..4d815f21 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/deacon_index.mdx @@ -0,0 +1,81 @@ +--- +title: deacon_index +description: "Construir um índice minimizer do deacon a partir de um genoma de referência FASTA." +tags: + - host + - decontamination + - depletion + - index + - minimizer + - reference + - deacon + - run-scope +--- + +# deacon_index + +**Tags:** host decontamination depletion index minimizer reference deacon run-scope + +Construir um índice minimizer do deacon a partir de um genoma de referência FASTA. + +Usa o [deacon](https://github.com/bede/deacon) para construir um índice minimizer a partir de um genoma +de referência no formato FASTA. O índice resultante é utilizado pelo módulo de filtro do deacon para remover +contaminação de hospedeiro das reads de sequenciamento via comparação de minimizers acelerada por SIMD. + +:::note[Construção Única] +Este processo constrói um índice minimizer a partir de um FASTA de referência. O índice é armazenado +em cache via storeDir e só precisa ser construído uma vez por genoma de referência. +::: + +## Entradas + +``` +reference: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | Genoma de referência no formato FASTA para construir o índice minimizer | + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O arquivo de índice minimizer do deacon construído | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Índice Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_reference` | string | | Caminho para um arquivo FASTA de genoma de referência para construir o índice do deacon | + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/deacon/index) + +## Versão + +```yaml +DEACON_INDEX: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..b6c96639 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_run.mdx @@ -0,0 +1,124 @@ +--- +title: defensefinder_run +description: "Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM." +tags: + - bacteria + - defense-systems + - antiviral + - phage + - crispr + - restriction-modification + - hmm + - macsyfinder + - sample-scope +--- + +# defensefinder_run + +**Tags:** bacteria defense-systems antiviral phage crispr restriction-modification hmm macsyfinder sample-scope + +Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM. + +Utiliza o [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) para buscar sistematicamente +em sequências de proteínas sistemas de defesa antiviral conhecidos (por exemplo, CRISPR-Cas, Restrição-Modificação, +sistemas TA, CBASS) usando MacSyFinder e um banco de dados dedicado de modelos HMM. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados HMM do DefenseFinder esteja disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + faa: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `faa` | `Path` | Sequências de proteínas no formato FASTA (aminoácidos) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório contendo o banco de dados de modelos do DefenseFinder | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + genes_tsv: Path, + hmmer_tsv: Path, + systems_tsv: Path, + proteins: Path?, + proteins_index: Path?, + macsydata_raw: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `genes_tsv` | `Path` | Lista delimitada por tabulação dos genes de defesa detectados | +| `hmmer_tsv` | `Path` | Lista delimitada por tabulação dos hits do HMMER usados na detecção | +| `systems_tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação dos sistemas de defesa detectados | +| `proteins` | `Path?` | Sequências de proteínas dos genes de defesa detectados | +| `proteins_index` | `Path?` | Arquivo de índice para as sequências de proteínas | +| `macsydata_raw` | `Path?` | Tarball comprimido dos dados brutos do MacSyFinder | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do defense-finder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--defensefinder_coverage` | number | `0.4` | Percentual mínimo de cobertura para cada perfil | +| `--defensefinder_dbtype` | string | `ordered_replicon` | A opção --db-type do macsyfinder (opções: `ordered_replicon`, `gembase`, `unordered`) | +| `--defensefinder_preserveraw` | boolean | | Preservar as saídas brutas do MacsyFinder junto com os resultados do Defense Finder no diretório de saída | +| `--defensefinder_nocutga` | boolean | | Avançado! Executar o macsyfinder no modo no-cut-ga. A validade dos genes e sistemas encontrados não é garantida! | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [defensefinder](/developers/subworkflows/defensefinder) - Buscar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago. + +### Workflows + +- [defensefinder](/bactopia-tools/defensefinder) - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) + Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A [Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-30269-9) Nature Communications, 13(1), 2561. (2022) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/defensefinder/run) + +## Versão + +```yaml +DEFENSEFINDER_RUN: + - defense-finder: 2.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_update.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_update.mdx new file mode 100644 index 00000000..e9dea3f7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/defensefinder_update.mdx @@ -0,0 +1,72 @@ +--- +title: defensefinder_update +description: "Download and package the DefenseFinder and CasFinder model databases." +tags: + - bacteria + - defense + - database + - download + - hmm + - casfinder + - crispr + - run-scope +--- + +# defensefinder_update + +**Tags:** bacteria defense database download hmm casfinder crispr run-scope + +Baixa e empacota os bancos de dados de modelos do DefenseFinder e do CasFinder. + +Busca os perfis HMM mais recentes dos repositórios do [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder-models) +e do [CasFinder](https://github.com/macsy-models/CasFinder), e então os empacota +em um único tarball para uso pelo módulo DefenseFinder. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar os modelos do GitHub. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Um tarball comprimido contendo os modelos do DefenseFinder e do CasFinder | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [defensefinder](/developers/subworkflows/defensefinder) - Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago. + +### Workflows + +- [defensefinder](/bactopia-tools/defensefinder) - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) + Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A [Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-30269-9) Nature Communications, 13(1), 2561. (2022) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/defensefinder/update) + +## Versão + +```yaml +DEFENSEFINDER_UPDATE: + - defense-finder: 2.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ectyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ectyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..d3b92ba9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ectyper.mdx @@ -0,0 +1,104 @@ +--- +title: ectyper +description: "Prever o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H)." +tags: + - bacteria + - escherichia-coli + - serotype + - o-antigen + - h-antigen + - typing + - sample-scope +--- + +# ectyper + +**Tags:** bacteria escherichia-coli serotype o-antigen h-antigen typing sample-scope + +Prever o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H). + +Utiliza o [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ectyper) para identificar os genes do antígeno O (lipopolissacarídeo) +e do antígeno H (flagelo) em montagens de genomas de *E. coli* via BLAST. Fornece uma +predição de sorotipo padronizada (ex.: O157:H7). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + txt: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Predições de sorotipo de E. coli (antígenos O e H) em formato delimitado por tabulação | +| `txt` | `Path` | Detalhes dos alelos BLAST para determinação do sorotipo | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do ECTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ectyper_opid` | inteiro | `90` | Percentual de identidade necessário para correspondência de um alelo do antígeno O | +| `--ectyper_opcov` | inteiro | `90` | Cobertura percentual mínima necessária para correspondência de um alelo do antígeno O | +| `--ectyper_hpid` | inteiro | `95` | Percentual de identidade necessário para correspondência de um alelo do antígeno H | +| `--ectyper_hpcov` | inteiro | `50` | Cobertura percentual mínima necessária para correspondência de um alelo do antígeno H | +| `--ectyper_verify` | booleano | `false` | Habilita a verificação de espécie de E. coli | +| `--ectyper_print_alleles` | booleano | `false` | Imprime as sequências dos alelos como coluna final, quando habilitado | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [ectyper](/developers/subworkflows/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +### Workflows + +- [ectyper](/bactopia-tools/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) + Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C [ECTyper - In silico prediction of _Escherichia coli_ serotype](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ectyper) + +## Versão + +```yaml +ECTYPER: + - ectyper: 2.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..6608dc66 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_download.mdx @@ -0,0 +1,90 @@ +--- +title: eggnog_download +description: "Baixe o banco de dados eggNOG para anotação funcional." +tags: + - eggnog + - database + - download + - annotation + - functional + - orthology + - sample-scope +--- + +# eggnog_download + +**Tags:** eggnog database download annotation functional orthology sample-scope + +Baixe o banco de dados eggNOG para anotação funcional. + +Obtém os dados de ortologia pré-computados e o banco de dados Diamond necessários pelo +[eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper). Isso inclui o extenso +banco de dados de proteínas e as informações taxonômicas necessárias para uma atribuição +precisa de ortólogos. + +:::note[Conexão com a Internet e Espaço em Disco Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo (frequentemente >50GB) +para armazenar os arquivos de banco de dados descomprimidos. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path?, + db_tarball: Path?, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | O diretório do banco de dados eggNOG (banco de dados Diamond e informações taxonômicas) | +| `db_tarball` | `Path?` | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do eggNOG Downloader + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--eggnog_db` | string | | Tarball ou caminho para os bancos de dados eggNOG | +| `--download_eggnog` | boolean | `false` | Necessário ao baixar o banco de dados eggNOG mais recente; irá sobrescrever os bancos de dados existentes. | +| `--eggnog_save_as_tarball` | string | | Salva o banco de dados eggNOG como um único tarball | +| `--eggnog_skip_diamond` | boolean | `false` | Não instala o banco de dados Diamond | +| `--eggnog_install_mmseq` | boolean | `false` | Instala o banco de dados MMseqs2 | +| `--eggnog_install_pfam` | boolean | `false` | Instala o banco de dados Pfam, necessário para anotação de novo ou realinhamento | +| `--eggnog_install_hmm` | boolean | `false` | Instala o banco de dados HMMER especificado com --hmmer_taxid | +| `--eggnog_hmmer_taxid` | integer | `2` | ID taxonômico do banco de dados HMM do eggNOG a ser baixado | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [eggnog](/developers/subworkflows/eggnog) - Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia. + +### Workflows + +- [eggnog](/bactopia-tools/eggnog) - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) + Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper.](http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx148) _Mol. Biol. Evol._ 34, 2115-2122 (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/eggnog/download) + +## Versão + +```yaml +EGGNOG_DOWNLOAD: + - eggnog-mapper: 2.1.13 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_mapper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_mapper.mdx new file mode 100644 index 00000000..faf4d1a7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/eggnog_mapper.mdx @@ -0,0 +1,131 @@ +--- +title: eggnog_mapper +description: "Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG." +tags: + - functional-annotation + - orthology + - cog + - kegg + - go + - proteins + - eggnog + - sample-scope +--- + +# eggnog_mapper + +**Tags:** functional-annotation orthology cog kegg go proteins eggnog sample-scope + +Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG. + +Utiliza o [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) para atribuir anotações funcionais +a sequências de proteínas. Ele usa grupos ortólogos (OGs) pré-computados para inferir funções como +categorias COG, vias KEGG, termos GO e CAZymes com alta precisão. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados eggNOG (incluindo o banco de dados diamond e dados taxonômicos) esteja disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + faa: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `faa` | `Path` | Sequências de proteínas no formato FASTA (aminoácidos) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório ou arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados eggNOG | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + hits: Path, + seed_orthologs: Path, + annotations: Path, + xlsx: Path?, + orthologs: Path?, + genepred: Path?, + gff: Path?, + no_anno: Path?, + pfam: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `hits` | `Path` | Resultados brutos de busca (Diamond/MMseqs2) contra o banco de dados eggNOG | +| `seed_orthologs` | `Path` | Lista de ortólogos semente identificados usados para transferência de anotação | +| `annotations` | `Path` | Arquivo de anotação principal delimitado por tabulação (COGs, KEGG, GO, etc.) | +| `xlsx` | `Path?` | Formato Excel do arquivo de anotações | +| `orthologs` | `Path?` | Lista de ortólogos detalhados | +| `genepred` | `Path?` | Sequências de genes preditas | +| `gff` | `Path?` | Anotações no formato GFF | +| `no_anno` | `Path?` | Arquivo FASTA de sequências que não foram anotadas | +| `pfam` | `Path?` | Resultados brutos de domínios PFAM | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do eggNOG Mapper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--eggnog_genepred` | string | `search` | Método a usar para predição de genes (opções: `search`, `prodigal`) | +| `--eggnog_mode` | string | `diamond` | Método para busca contra as sequências eggNOG (opções: `diamond`, `hmmer`, `mmseqs`, `cache`, `no_search`) | +| `--eggnog_opts` | string | | Opções extras do eggNOG Mapper entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [eggnog](/developers/subworkflows/eggnog) - Anotação funcional por atribuição de ortologia. + +### Workflows + +- [eggnog](/bactopia-tools/eggnog) - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) + Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper.](http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx148) _Mol. Biol. Evol._ 34, 2115-2122 (2017) + +- [DIAMOND](https://github.com/bbuchfink/diamond) + Buchfink B, Xie C, Huson DH [Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3176) _Nat. Methods._ 12, 59-60 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/eggnog/mapper) + +## Versão + +```yaml +EGGNOG_MAPPER: + - eggnog-mapper: 2.1.13 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/emmtyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/emmtyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..503bdd28 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/emmtyper.mdx @@ -0,0 +1,116 @@ +--- +title: emmtyper +description: "Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Estreptococo do Grupo A)." +tags: + - bacteria + - streptococcus-pyogenes + - gas + - typing + - emm + - virulence + - m-protein + - sample-scope +--- + +# emmtyper + +**Tags:** bacteria streptococcus-pyogenes gas typing emm virulence m-protein sample-scope + +Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Estreptococo do Grupo A). + +Utiliza o [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) para atribuir tipos *emm* a +genomas de *S. pyogenes*, realizando BLAST da montagem contra um banco de dados de +subtipos específicos do gene da proteína M (*emm*). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +blastdb: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `blastdb` | `Path?` | Caminho para um banco de dados BLAST de cluster *emm* personalizado | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação do tipo emm e cluster atribuídos | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do emmtyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--emmtyper_wf` | string | `blast` | Fluxo de trabalho a ser usado pelo emmtyper. (opções: `blast`, `pcr`) | +| `--emmtyper_blastdb` | string | | Caminho para o banco de dados BLAST EMM personalizado. | +| `--emmtyper_cluster_distance` | integer | `500` | Distância entre grupos de correspondências para considerar como clusters diferentes | +| `--emmtyper_percid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade da sequência | +| `--emmtyper_culling_limit` | integer | `5` | Total de hits a retornar em uma posição | +| `--emmtyper_mismatch` | integer | `5` | Limiar para o número de incompatibilidades permitidas no hit do BLAST | +| `--emmtyper_align_diff` | integer | `5` | Limiar para a diferença entre o comprimento do alinhamento e o comprimento do sujeito no BLAST | +| `--emmtyper_gap` | integer | `2` | Limiar de gap permitido no hit do BLAST | +| `--emmtyper_min_perfect` | integer | `15` | Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3' do primer | +| `--emmtyper_min_good` | integer | `15` | Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada incompatibilidade | +| `--emmtyper_max_size` | integer | `2000` | Tamanho máximo do produto de PCR | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [emmtyper](/developers/subworkflows/emmtyper) - Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [emmtyper](/bactopia-tools/emmtyper) - Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) + Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A [emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/emmtyper) + +## Versão + +```yaml +EMMTYPER: + - emmtyper: 0.2.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/fastani.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/fastani.mdx new file mode 100644 index 00000000..370b06de --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/fastani.mdx @@ -0,0 +1,103 @@ +--- +title: fastani +description: "Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos." +tags: + - fastani + - ani + - average-nucleotide-identity + - taxonomy + - genomic-distance + - comparison + - run-scope +--- + +# fastani + +**Tags:** fastani ani average-nucleotide-identity taxonomy genomic-distance comparison run-scope + +Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos. + +Usa o [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) para realizar o cálculo de ANI sem alinhamento +entre os genomas de consulta de entrada e um genoma de referência. Este é o método padrão +para definição de espécies (tipicamente >95% de ANI) e é muito mais rápido do que as abordagens tradicionais baseadas em BLAST. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + query: Set, + reference: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `query` | `Set` | Um ou mais contigs montados no formato FASTA (genomas de consulta) | +| `reference` | `Path` | A montagem do genoma de referência no formato FASTA para comparação | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação dos scores de ANI, fragmentos correspondentes e fragmentos totais | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do fastANI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--fastani_reference` | string | | Caminho para o genoma de referência no formato FASTA | +| `--fastani_kmer` | integer | `16` | Tamanho do kmer (<= 16) para cálculo do ANI | +| `--fastani_min_fraction` | number | `0.2` | Fração mínima do genoma que deve ser compartilhada para considerar o ANI confiável. | +| `--fastani_frag_len` | integer | `3000` | Comprimento do fragmento | +| `--fastani_skip_pairwise` | boolean | `false` | Usar apenas montagens do RefSeq ou locais para cálculos de ANI | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [fastani](/developers/subworkflows/fastani) - Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas. + +### Workflows + +- [fastani](/bactopia-tools/fastani) - Cálculo rápido e sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genomas completos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) + Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S [High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.](http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9) _Nat. Commun._ 9, 5114 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/fastani) + +## Versão + +```yaml +FASTANI: + - fastani: 1.34 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gamma.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gamma.mdx new file mode 100644 index 00000000..0e246f3c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gamma.mdx @@ -0,0 +1,117 @@ +--- +title: gamma +description: "Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos." +tags: + - gene-finding + - annotation + - homology + - alignment + - gamma + - psl + - sample-scope +--- + +# gamma + +**Tags:** gene-finding annotation homology alignment gamma psl sample-scope + +Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. + +Utiliza o [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA) (Gene Allele Mutation Microbial Assessment) +para identificar e anotar sequências codificantes em uma montagem que correspondam a um banco de dados +de genes específico. É particularmente útil para detectar alvos específicos como genes de resistência +antimicrobiana ou fatores de virulência, levando em conta possíveis mutações. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O banco de dados de genes de referência no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + gamma: Path, + psl: Path, + gff: Path?, + fasta: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `gamma` | `Path` | Arquivo de saída principal do GAMMA contendo correspondências de genes anotadas | +| `psl` | `Path` | Detalhes brutos do alinhamento no formato PSL | +| `gff` | `Path?` | Correspondências de genes no formato GFF3 | +| `fasta` | `Path?` | Sequências nucleotídicas extraídas dos genes correspondentes | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do GAMMA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gamma_db` | string | | Um banco de dados de genes (FASTA) para o GAMMA | +| `--gamma_percent_identity` | integer | `90` | O percentual mínimo de identidade de sequência nucleotídica usado pela busca Blat | +| `--gamma_all_matches` | boolean | `false` | Inclui todas as correspondências de genes, mesmo sobreposições | +| `--gamma_extended` | boolean | `false` | Exibe todas as mutações de proteínas | +| `--gamma_write_fasta` | boolean | `false` | Escreve FASTA das correspondências de genes | +| `--gamma_write_gff` | boolean | `false` | Escreve as correspondências de genes como arquivo GFF | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [gamma](/developers/subworkflows/gamma) - Gene Allele Mutation Microbial Assessment. + +### Workflows + +- [gamma](/bactopia-tools/gamma) - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA) + Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL [GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab607) _Bioinformatics_ (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/gamma) + +## Versão + +```yaml +GAMMA: + - gamma: 2.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/genotyphi_parse.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/genotyphi_parse.mdx new file mode 100644 index 00000000..80e8cdc5 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/genotyphi_parse.mdx @@ -0,0 +1,104 @@ +--- +title: genotyphi_parse +description: "Analisa resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi." +tags: + - bacteria + - salmonella + - typhi + - genotyping + - mykrobe + - parser + - sample-scope +--- + +# genotyphi_parse + +**Tags:** bacteria salmonella typhi genotyping mykrobe parser sample-scope + +Analisa resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi. + +Utiliza scripts do [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) para analisar a saída JSON +do Mykrobe. Ele atribui isolados a genótipos específicos de *S.* Typhi (por exemplo, 4.3.1) com base +na presença de SNPs específicos definidos no esquema GenoTyphi. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + json: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `json` | `Path` | O arquivo de saída JSON gerado pelo Mykrobe | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório delimitado por tabulação contendo o genótipo GenoTyphi atribuído | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do GenoTyphi + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--genotyphi_kmer` | inteiro | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--genotyphi_min_depth` | inteiro | `1` | Profundidade mínima | +| `--genotyphi_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genotipagem utilizado. (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--genotyphi_report_all_calls` | booleano | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--genotyphi_mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) - Atribui genótipos a genomas de Salmonella Typhi. + +### Workflows + +- [genotyphi](/bactopia-tools/genotyphi) - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) + Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. [An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid](https://doi.org/10.1038/ncomms12827) _Nature Communications_ 7, 12827. (2016) + +- [McCortex](https://github.com/mcveanlab/mccortex) + Turner I, Garimella KV, Iqbal Z, McVean G [Integrating long-range connectivity information into de Bruijn graphs.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty157) _Bioinformatics_ 34, 2556-2565 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/genotyphi/parse) + +## Versão + +```yaml +GENOTYPHI_PARSE: + - mykrobe: 0.13.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..9326db27 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gigatyper.mdx @@ -0,0 +1,92 @@ +--- +title: gigatyper +description: "Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem" +tags: + - mlst + - typing + - multi-scheme + - sample-scope +--- + +# gigatyper + +**Tags:** mlst typing multi-scheme sample-scope + +Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem + +Utiliza o [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) para executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados MLST de todos os esquemas | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do GigaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gigatyper_species` | string | | Forçar uma espécie específica para seleção de esquema | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [gigatyper](/developers/subworkflows/gigatyper) - Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem + +### Workflows + +- [gigatyper](/bactopia-tools/gigatyper) - Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) + Petit III RA, Fearing T, Groves E [GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all?](https://github.com/rpetit3/gigatyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/gigatyper) + +## Versão + +```yaml +GIGATYPER: + - gigatyper: 1.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_classifywf.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_classifywf.mdx new file mode 100644 index 00000000..87992956 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_classifywf.mdx @@ -0,0 +1,121 @@ +--- +title: gtdbtk_classifywf +description: "Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk." +tags: + - taxonomy + - classification + - phylogeny + - gtdb + - bacteria + - archaea + - marker-genes + - sample-scope +--- + +# gtdbtk_classifywf + +**Tags:** taxonomy classification phylogeny gtdb bacteria archaea marker-genes sample-scope + +Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk. + +Utiliza o [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) para atribuir classificações +taxonômicas objetivas a montagens de genomas com base no [Genome Taxonomy Database](https://gtdb.ecogenomic.org/). +A ferramenta identifica genes marcadores, os alinha e posiciona o genoma na árvore de referência para determinar a taxonomia. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados GTDB-Tk (~60GB+) esteja disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Caminho (ou conjunto de caminhos) para o banco de dados de referência do GTDB-Tk | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + bac_tsv: Path?, + ar_tsv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `bac_tsv` | `Path?` | Arquivo de resumo da classificação bacteriana contendo a atribuição taxonômica | +| `ar_tsv` | `Path?` | Arquivo de resumo da classificação arqueal contendo a atribuição taxonômica | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Classificação do GTDB + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gtdb_min_af` | número | `0.65` | Fração mínima de alinhamento para considerar o genoma mais próximo | +| `--gtdb_min_perc_aa` | inteiro | `10` | Filtra genomas com porcentagem insuficiente de AA no MSA | +| `--gtdb_tmp` | string | `/tmp` | Especifica um diretório alternativo para arquivos temporários | +| `--gtdb_use_scratch` | booleano | `false` | Reduz o uso de memória do pplacer escrevendo no local definido por --gtdb_tmp (mais lento) | +| `--gtdb_debug` | booleano | `false` | Cria arquivos intermediários para fins de depuração | +| `--gtdb_keep_msa` | booleano | `false` | Mantém o arquivo MSA para todos os genomas enviados e de referência | +| `--force_gtdb` | booleano | `false` | Continua o processamento mesmo se ocorrer um erro em um único genoma | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [gtdb](/developers/subworkflows/gtdb) - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. + +### Workflows + +- [gtdb](/bactopia-tools/gtdb) - Identifica genes marcadores e atribui classificações taxonômicas usando GTDB. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) + Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH [GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848) _Bioinformatics_ (2019) + +- [pplacer](https://github.com/matsen/pplacer) + Matsen FA, Kodner RB, Armbrust EV [pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-538) _BMC Bioinformatics_ 11, 538 (2010) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/gtdbtk/classifywf) + +## Versão + +```yaml +GTDBTK_CLASSIFYWF: + - gtdbtk: 2.7.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..c78cb15a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gtdbtk_download.mdx @@ -0,0 +1,85 @@ +--- +title: gtdbtk_download +description: "Baixe e configure o banco de dados de referência do GTDB-Tk." +tags: + - gtdb + - taxonomy + - database + - download + - setup + - bacteria + - archaea + - sample-scope +--- + +# gtdbtk_download + +**Tags:** gtdb taxonomy database download setup bacteria archaea sample-scope + +Baixe e configure o banco de dados de referência do GTDB-Tk. + +Utiliza o script oficial `download-db.sh` para buscar os arquivos mais recentes do Genome Taxonomy Database (GTDB) +necessários pelo [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk). O processo descomprime automaticamente +os dados e verifica a instalação usando `gtdbtk check_install`. + +:::note[Conexão com a Internet e Espaço em Disco Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo (~60GB+ descomprimido) +para armazenar os arquivos do banco de dados. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path?, + db_tarball: Path?, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | O diretório contendo os arquivos do banco de dados GTDB-Tk descomprimidos | +| `db_tarball` | `Path?` | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Configuração do Banco de Dados GTDB-Tk + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gtdb` | string | | Tarball ou caminho de um banco de dados GTDB. Se um banco de dados não for encontrado, você deve usar '--download_gtdb' | +| `--download_gtdb` | boolean | `false` | Baixa o banco de dados GTDB mais recente, mesmo que já exista | +| `--gtdb_save_as_tarball` | boolean | `false` | Baixa o banco de dados GTDB mais recente e o salva em um único tarball | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [gtdb](/developers/subworkflows/gtdb) - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. + +### Workflows + +- [gtdb](/bactopia-tools/gtdb) - Identifica genes marcadores e atribui classificações taxonômicas usando GTDB. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) + Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH [GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848) _Bioinformatics_ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/gtdbtk/download) + +## Versão + +```yaml +GTDBTK_DOWNLOAD: + - gtdbtk: 2.7.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gubbins.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gubbins.mdx new file mode 100644 index 00000000..591bdc98 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/gubbins.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: gubbins +description: "Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação." +tags: + - bacteria + - recombination + - phylogeny + - alignment + - msa + - evolution + - snp + - run-scope +--- + +# gubbins + +**Tags:** bacteria recombination phylogeny alignment msa evolution snp run-scope + +Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação. + +Utiliza o [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) +para identificar e mascarar iterativamente regiões recombinantes em um alinhamento de múltiplas sequências. Ele gera +uma árvore filogenética baseada apenas em mutações pontuais herdadas verticalmente. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | `Path` | Alinhamento de múltiplas sequências no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + masked_aln: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `masked_aln` | `Path` | O alinhamento de entrada com regiões recombinantes mascaradas (*.masked.aln.gz) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Gubbins + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--gubbins_iterations` | inteiro | `5` | Número máximo de iterações | +| `--gubbins_min_snps` | inteiro | `3` | Mínimo de SNPs para identificar um bloco de recombinação | +| `--gubbins_min_window_size` | inteiro | `100` | Tamanho mínimo da janela | +| `--gubbins_max_window_size` | inteiro | `10000` | Tamanho máximo da janela | +| `--gubbins_filter_percentage` | número | `25.0` | Filtrar taxa com mais do que essa porcentagem de lacunas | +| `--gubbins_remove_identical_sequences` | booleano | `false` | Remover sequências idênticas | +| `--gubbins_opts` | string | | Opções extras do Gubbins entre aspas | +| `--skip_recombination` | booleano | `false` | Pular a execução do Gubbins em subworkflows | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [gubbins](/developers/subworkflows/gubbins) - Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos. + +### Workflows + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes por haplótipo e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) + Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J, Harris SR [Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins.](https://doi.org/10.1093/nar/gku1196) _Nucleic Acids Research_ 43(3), e15. (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/gubbins) + +## Versão + +```yaml +GUBBINS: + - gubbins: 3.4.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hicap.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hicap.mdx new file mode 100644 index 00000000..0f5d56b5 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hicap.mdx @@ -0,0 +1,118 @@ +--- +title: hicap +description: "Prever sorotipo de cápsula de *Haemophilus influenzae*." +tags: + - bacteria + - haemophilus-influenzae + - serotype + - capsule + - typing + - nthi + - sample-scope +--- + +# hicap + +**Tags:** bacteria haemophilus-influenzae serotype capsule typing nthi sample-scope + +Prever sorotipo de cápsula de *Haemophilus influenzae*. + +Utiliza o [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) para identificar o locus capsular em +montagens de genomas de *H. influenzae*. Ele prevê o sorotipo (a, b, c, d, e, f ou Não-Tipável/NTHi) e +pode opcionalmente gerar visualizações da estrutura do locus. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +``` +database_dir: Path? +model_fp: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database_dir` | `Path?` | Caminho para um diretório de banco de dados de referência personalizado do hicap | +| `model_fp` | `Path?` | Caminho para um arquivo de modelo de treinamento personalizado do Prodigal | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + gbff: Path?, + svg: Path?, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `gbff` | `Path?` | Arquivo GenBank contendo a região do locus capsular anotada | +| `svg` | `Path?` | Visualização SVG do arranjo de genes do locus capsular | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação do sorotipo previsto e cobertura do locus | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do hicap + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--hicap_database_dir` | string | | Diretório contendo o banco de dados do locus | +| `--hicap_model_fp` | string | | Caminho para o modelo do Prodigal | +| `--hicap_full_sequence` | boolean | `false` | Escreve a sequência de entrada completa no arquivo GenBank em vez de apenas a região ao redor do locus e incluindo-o | +| `--hicap_debug` | boolean | `false` | O hicap imprimirá mensagens de depuração | +| `--hicap_gene_coverage` | number | `0.8` | Percentual mínimo de cobertura para considerar um único gene completo | +| `--hicap_gene_identity` | number | `0.7` | Percentual mínimo de identidade para considerar um único gene completo | +| `--hicap_broken_gene_length` | integer | `60` | Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado | +| `--hicap_broken_gene_identity` | number | `0.8` | Percentual mínimo de identidade para considerar um gene quebrado | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [hicap](/developers/subworkflows/hicap) - Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae. + +### Workflows + +- [hicap](/bactopia-tools/hicap) - Identificar sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) + Watts SC, Holt KE [hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus.](https://doi.org/10.1128/JCM.00190-19) _Journal of Clinical Microbiology_ JCM.00190-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/hicap) + +## Versão + +```yaml +HICAP: + - hicap: 1.0.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hpsuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hpsuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..84b12337 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/hpsuissero.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: hpsuissero +description: "Prever o sorotipo de *Haemophilus parasuis*." +tags: + - bacteria + - haemophilus-parasuis + - glaesserella-parasuis + - serotype + - typing + - capsule + - sample-scope +--- + +# hpsuissero + +**Tags:** bacteria haemophilus-parasuis glaesserella-parasuis serotype typing capsule sample-scope + +Prever o sorotipo de *Haemophilus parasuis*. + +Utiliza o [HPSuisSero](https://github.com/Abraham-L/HPSuisSero) para prever o sorotipo de +montagens de *Haemophilus parasuis* (sin. *Glaesserella parasuis*). Ele detecta marcadores +específicos de loci de cápsula para atribuir um dos sorovares conhecidos. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados da predição de sorotipo de Haemophilus parasuis em formato delimitado por tabulação | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [hpsuissero](/developers/subworkflows/hpsuissero) - Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis. + +### Workflows + +- [hpsuissero](/bactopia-tools/hpsuissero) - Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) + Lui J [HpsuisSero: Rapid _Haemophilus parasuis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/hpsuissero) + +## Versão + +```yaml +HPSUISSERO: + - hpsuissero: 1.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..43566998 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/index.mdx @@ -0,0 +1,116 @@ +--- +title: Modules +description: All available Bactopia modules +slug: /modules +--- + +# Modules + +Bactopia inclui 104 módulos -- processos individuais que executam tarefas específicas de análise. Você também pode [navegar por tag](/developers/tags). + +| Módulo | Descrição | +|--------|-----------| +| [abricate_run](/developers/modules/abricate_run) | Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. | +| [abricate_summary](/developers/modules/abricate_summary) | Resumir os resultados da triagem do Abricate. | +| [abritamr_run](/developers/modules/abritamr_run) | Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência. | +| [agrvate](/developers/modules/agrvate) | Determinar o tipo de locus agr e variantes do operon em *Staphylococcus aureus*. | +| [amrfinderplus_run](/developers/modules/amrfinderplus_run) | Identificar genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas. | +| [amrfinderplus_update](/developers/modules/amrfinderplus_update) | Baixar e indexar o banco de dados mais recente do AMRFinder+. | +| [ariba_getref](/developers/modules/ariba_getref) | Baixar e preparar bancos de dados de referência para análise com ARIBA. | +| [ariba_run](/developers/modules/ariba_run) | Identificar genes por montagem local de reads. | +| [bactopia_assembler](/developers/modules/bactopia_assembler) | Montar genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbrida. | +| [bactopia_datasets](/developers/modules/bactopia_datasets) | Baixar conjuntos de dados pré-compilados exigidos pelo Bactopia. | +| [bactopia_gather](/developers/modules/bactopia_gather) | Buscar, validar, reunir ou simular amostras de entrada. | +| [bactopia_qc](/developers/modules/bactopia_qc) | Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subamostragem de reads. | +| [bactopia_sketcher](/developers/modules/bactopia_sketcher) | Criar esboços genômicos e realizar classificação taxonômica rápida. | +| [bactopia_teton](/developers/modules/bactopia_teton) | Prever o tamanho do genoma e encaminhar amostras com base na classificação taxonômica. | +| [bakta_download](/developers/modules/bakta_download) | Baixar o banco de dados de anotação do Bakta. | +| [bakta_run](/developers/modules/bakta_run) | Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos. | +| [blast_blastn](/developers/modules/blast_blastn) | Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos. | +| [blast_blastp](/developers/modules/blast_blastp) | Pesquisar um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteínas. | +| [blast_blastx](/developers/modules/blast_blastx) | Pesquisar um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida. | +| [blast_tblastn](/developers/modules/blast_tblastn) | Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteínas. | +| [blast_tblastx](/developers/modules/blast_tblastx) | Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida. | +| [bracken](/developers/modules/bracken) | Classificação taxonômica e estimativa de abundância. | +| [btyper3](/developers/modules/btyper3) | Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*. | +| [busco](/developers/modules/busco) | Avaliar a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única. | +| [checkm2_download](/developers/modules/checkm2_download) | Baixar o banco de dados pré-treinado do CheckM2. | +| [checkm2_predict](/developers/modules/checkm2_predict) | Avaliar a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina. | +| [checkm_lineagewf](/developers/modules/checkm_lineagewf) | Avaliar a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem. | +| [clermontyping](/developers/modules/clermontyping) | Determinar o filogrupo de isolados de *Escherichia coli*. | +| [clonalframeml](/developers/modules/clonalframeml) | Inferência de recombinação em genomas bacterianos. | +| [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) | Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. | +| [csvtk_join](/developers/modules/csvtk_join) | Unir dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns. | +| [deacon_fetch](/developers/modules/deacon_fetch) | Obter um índice deacon pré-construído para filtragem de reads do hospedeiro. | +| [deacon_filter](/developers/modules/deacon_filter) | Filtrar reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando comparação baseada em minimizadores. | +| [deacon_index](/developers/modules/deacon_index) | Construir um índice de minimizadores deacon a partir de um genoma de referência FASTA. | +| [defensefinder_run](/developers/modules/defensefinder_run) | Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM. | +| [defensefinder_update](/developers/modules/defensefinder_update) | Baixar e empacotar os bancos de dados de modelos DefenseFinder e CasFinder. | +| [ectyper](/developers/modules/ectyper) | Prever o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H). | +| [eggnog_download](/developers/modules/eggnog_download) | Baixar o banco de dados eggNOG para anotação funcional. | +| [eggnog_mapper](/developers/modules/eggnog_mapper) | Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG. | +| [emmtyper](/developers/modules/emmtyper) | Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Streptococcus do Grupo A). | +| [fastani](/developers/modules/fastani) | Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos. | +| [gamma](/developers/modules/gamma) | Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. | +| [genotyphi_parse](/developers/modules/genotyphi_parse) | Analisar resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi. | +| [gigatyper](/developers/modules/gigatyper) | Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. | +| [gtdbtk_classifywf](/developers/modules/gtdbtk_classifywf) | Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk. | +| [gtdbtk_download](/developers/modules/gtdbtk_download) | Baixar e configurar o banco de dados de referência do GTDB-Tk. | +| [gubbins](/developers/modules/gubbins) | Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação. | +| [hicap](/developers/modules/hicap) | Prever o sorotipo capsular de *Haemophilus influenzae*. | +| [hpsuissero](/developers/modules/hpsuissero) | Prever o sorotipo de *Haemophilus parasuis*. | +| [iqtree](/developers/modules/iqtree) | Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança. | +| [ismapper](/developers/modules/ismapper) | Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis. | +| [kleborate](/developers/modules/kleborate) | Genotipagem e triagem de montagens de genomas de *Klebsiella*. | +| [kraken2](/developers/modules/kraken2) | Classificação taxonômica e filtragem do hospedeiro de reads de sequenciamento. | +| [legsta](/developers/modules/legsta) | Tipagem Baseada em Sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*. | +| [lissero](/developers/modules/lissero) | Prever o sorogrupo de *Listeria monocytogenes*. | +| [mash_dist](/developers/modules/mash_dist) | Calcular distâncias genômicas usando esboços MinHash. | +| [mashtree](/developers/modules/mashtree) | Construção rápida de árvore filogenômica sem alinhamento. | +| [mcroni](/developers/modules/mcroni) | Detectar variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*. | +| [meningotype](/developers/modules/meningotype) | Sorotipagem e finotyping de *Neisseria meningitidis*. | +| [merlin_dist](/developers/modules/merlin_dist) | Identificar espécies para acionar análises posteriores específicas do gênero (Merlin). | +| [midas_download](/developers/modules/midas_download) | Baixar o banco de dados de referência MIDAS. | +| [midas_species](/developers/modules/midas_species) | Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos. | +| [mlst](/developers/modules/mlst) | Tipagem por Sequência Multi-Locus (MLST) automática de montagens de genomas. | +| [mobsuite_recon](/developers/modules/mobsuite_recon) | Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano. | +| [mykrobe_predict](/developers/modules/mykrobe_predict) | Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas. | +| [ncbigenomedownload](/developers/modules/ncbigenomedownload) | Baixar montagens e arquivos de anotação do banco de dados Assembly do NCBI. | +| [ngmaster](/developers/modules/ngmaster) | Sorotipagem e Tipagem por Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*. | +| [nohuman_download](/developers/modules/nohuman_download) | Baixar o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos. | +| [nohuman_run](/developers/modules/nohuman_run) | Remover reads humanos de dados de sequenciamento. | +| [panaroo_run](/developers/modules/panaroo_run) | Análise rápida e escalável de pan-genoma bacteriano usando abordagem baseada em grafos. | +| [pasty](/developers/modules/pasty) | Prever o sorogrupo do antígeno O de isolados de *Pseudomonas aeruginosa*. | +| [pbptyper](/developers/modules/pbptyper) | Prever o tipo de Proteína Ligante de Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*. | +| [phispy](/developers/modules/phispy) | Prever regiões de profago integradas em genomas bacterianos. | +| [pirate](/developers/modules/pirate) | Ferramenta de Identificação e Reconciliação de Pangenoma para Epidemiologia (PIRATE). | +| [plasmidfinder](/developers/modules/plasmidfinder) | Identificar tipos de replicons plasmidiais em sequências bacterianas e montagens. | +| [pneumocat](/developers/modules/pneumocat) | Tipagem capsular de *Streptococcus pneumoniae* a partir de reads Illumina. | +| [prokka](/developers/modules/prokka) | Anotar genomas procarióticos. | +| [quast](/developers/modules/quast) | Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas. | +| [rgi_heatmap](/developers/modules/rgi_heatmap) | Criar mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência. | +| [rgi_main](/developers/modules/rgi_main) | Prever resistência a antibióticos a partir de montagens. | +| [roary](/developers/modules/roary) | Análise rápida de pan-genoma procariótico em larga escala. | +| [sccmec](/developers/modules/sccmec) | Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus*. | +| [scoary](/developers/modules/scoary) | Estudos de associação pan-genômica ampla. | +| [seqsero2](/developers/modules/seqsero2) | Predição de sorotipo de *Salmonella* a partir de dados de sequenciamento genômico. | +| [seroba_run](/developers/modules/seroba_run) | Sorotipagem de *Streptococcus pneumoniae* baseada em k-mer. | +| [shigapass](/developers/modules/shigapass) | Prever sorotipos de *Shigella* e diferenciar *Shigella*/EIEC. | +| [shigatyper](/developers/modules/shigatyper) | Sorotipo de *Shigella* a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore. | +| [shigeifinder](/developers/modules/shigeifinder) | Sorotipagem de *Shigella* e EIEC a partir de montagens. | +| [sistr](/developers/modules/sistr) | Predição de sorovar de montagens de *Salmonella*. | +| [snippy_core](/developers/modules/snippy_core) | Alinhamento de SNPs do core a partir de saídas do Snippy. | +| [snippy_run](/developers/modules/snippy_run) | Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma core. | +| [snpdists](/developers/modules/snpdists) | Criar uma matriz de distâncias de SNP a partir de um alinhamento de múltiplas sequências. | +| [spatyper](/developers/modules/spatyper) | Identificar tipos spa em *Staphylococcus aureus*. | +| [srahumanscrubber_initdb](/developers/modules/srahumanscrubber_initdb) | Inicializar o banco de dados de remoção de reads humanos para o SRA Human Scrubber. | +| [srahumanscrubber_scrub](/developers/modules/srahumanscrubber_scrub) | Remover reads humanos de arquivos FASTQ. | +| [ssuissero](/developers/modules/ssuissero) | Predição de sorotipo de montagens de *Streptococcus suis*. | +| [staphopiasccmec](/developers/modules/staphopiasccmec) | Tipagem SCCmec baseada em primers de genomas de *S. aureus*. | +| [staphscan](/developers/modules/staphscan) | Análise de vigilância baseada em genoma de *Staphylococcus aureus*. | +| [stecfinder](/developers/modules/stecfinder) | Sorotipo de *E. coli* produtora de Shiga toxina usando reads/montagens. | +| [sylph_profile](/developers/modules/sylph_profile) | Perfilar amostras de metagenoma contra um banco de dados usando Sylph. | +| [tbprofiler_collate](/developers/modules/tbprofiler_collate) | Consolidar resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras. | +| [tbprofiler_profile](/developers/modules/tbprofiler_profile) | Detectar resistência e linhagens de genomas de *Mycobacterium tuberculosis*. | +| [traitar_download](/developers/modules/traitar_download) | Baixar o banco de dados Pfam exigido pelo Traitar. | +| [traitar_run](/developers/modules/traitar_run) | Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/iqtree.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/iqtree.mdx new file mode 100644 index 00000000..642e8a92 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/iqtree.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: iqtree +description: "Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança." +tags: + - phylogeny + - tree + - maximum-likelihood + - bootstrap + - model-selection + - iqtree + - run-scope +--- + +# iqtree + +**Tags:** phylogeny tree maximum-likelihood bootstrap model-selection iqtree run-scope + +Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança. + +Usa o [IQ-TREE](https://iqtree.github.io/) para construir uma árvore filogenética de máxima verossimilhança +a partir de um alinhamento múltiplo de sequências. O módulo determina automaticamente o melhor modelo +de substituição (via ModelFinder) e avalia o suporte dos ramos usando a aproximação Ultrafast Bootstrap. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | `Path` | Alinhamento múltiplo de sequências no formato FASTA, PHYLIP ou NEXUS | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path, + nwk: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `aln` | `Path` | O alinhamento de entrada (repassado) | +| `nwk` | `Path` | A árvore filogenética final de máxima verossimilhança (formato Newick) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do IQ-TREE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--iqtree_model` | string | `HKY` | Nome do modelo de substituição | +| `--iqtree_bb` | integer | `1000` | Réplicas do Ultrafast Bootstrap | +| `--iqtree_alrt` | integer | `1000` | Réplicas do teste de razão de verossimilhança aproximada tipo SH | +| `--iqtree_asr` | boolean | `false` | Reconstrução de estado ancestral por Bayes empírico | +| `--iqtree_opts` | string | | Opções extras do IQ-TREE entre aspas. | +| `--skip_phylogeny` | boolean | `false` | Ignora a execução do IQ-TREE nos subworkflows | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [iqtree](/developers/subworkflows/iqtree) - Constrói árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. + +### Workflows + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia do genoma core opcional. +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/iqtree) + +## Versão + +```yaml +IQTREE: + - iqtree: 3.1.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ismapper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ismapper.mdx new file mode 100644 index 00000000..33ecaaf7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ismapper.mdx @@ -0,0 +1,121 @@ +--- +title: ismapper +description: "Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis." +tags: + - bacteria + - mobile-elements + - insertion-sequences + - mapping + - structural-variation + - ismapper + - sample-scope +--- + +# ismapper + +**Tags:** bacteria mobile-elements insertion-sequences mapping structural-variation ismapper sample-scope + +Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis. + +Utiliza o [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) para identificar a posição e orientação +de sequências de inserção (IS) específicas em um genoma bacteriano. O processo funciona mapeando reads +paired-end para uma biblioteca de consultas de IS e um genoma de referência, determinando onde os +elementos IS estão localizados em relação às coordenadas da referência. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para os reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é um Path + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path, + r2: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path` | Reads Illumina R2 (paired-end) | + +``` +reference: Path +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | Genoma de referência no formato GenBank (*.gbk) para mapeamento dos sítios de inserção | +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo as sequências de inserção a serem pesquisadas | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do ISMapper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--reference` | string | | Genoma de referência para tipagem no formato GenBank | +| `--insertions` | string | | Arquivo multifasta com a(s) sequência(s) de inserção a serem mapeadas | +| `--ismapper_min_clip` | integer | `10` | Tamanho mínimo para a região softclipped ser extraída do mapeamento inicial | +| `--ismapper_max_clip` | integer | `30` | Tamanho máximo para regiões softclipped serem incluídas | +| `--ismapper_cutoff` | integer | `6` | Profundidade mínima para a região mapeada ser mantida no arquivo bed | +| `--ismapper_novel_gap_size` | integer | `15` | Distância em pares de bases entre os flancos esquerdo e direito para ser considerado um hit novo | +| `--ismapper_min_range` | number | `0.9` | Percentual mínimo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido | +| `--ismapper_max_range` | number | `1.1` | Percentual máximo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido | +| `--ismapper_merging` | integer | `100` | Valor para a fusão de hits esquerdo e direito em arquivos bed para simplificar o cálculo das regiões mais próximas e de interseção | +| `--ismapper_all` | boolean | `false` | Ativa o relatório de todos os alinhamentos para o bwa | +| `--ismapper_minqual` | integer | `30` | Pontuação de qualidade de mapeamento para o bwa | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [ismapper](/developers/subworkflows/ismapper) - Identificar sítios de inserção de transposase em genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [ismapper](/bactopia-tools/ismapper) - Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) + Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE [ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data](http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-1860-2). _BMC Genomics_ 16, 667 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ismapper) + +## Versão + +```yaml +ISMAPPER: + - ismapper: 2.0.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kleborate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kleborate.mdx new file mode 100644 index 00000000..0f02b684 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kleborate.mdx @@ -0,0 +1,109 @@ +--- +title: kleborate +description: "Genotipagem e triagem de montagens de genoma de *Klebsiella*." +tags: + - bacteria + - klebsiella + - amr + - virulence + - typing + - mlst + - serotype + - k-locus + - o-locus + - sample-scope +--- + +# kleborate + +**Tags:** bacteria klebsiella amr virulence typing mlst serotype k-locus o-locus sample-scope + +Genotipagem e triagem de montagens de genoma de *Klebsiella*. + +Utiliza o [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) para triagem de montagens de *Klebsiella* +em busca de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST), identidade de espécie, determinantes de resistência antimicrobiana, +plasmídeos de virulência (ex.: *ybt*, *iuc*, *iro*) e predição de sorotipo capsular (loci K e O). + +:::note[Banco de Dados Incluído] +O Kleborate inclui os bancos de dados necessários para identificação de espécies, MLST +e detecção de genes de virulência/resistência. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do Kleborate delimitados por tabulação com predições de espécie, MLST, virulência e resistência | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Kleborate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kleborate_preset` | string | `kpsc` | Módulo predefinido a ser usado no Kleborate (opções: `kpsc`, `kosc`, `escherichia`) | +| `--kleborate_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Kleborate | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [kleborate](/developers/subworkflows/kleborate) - Ferramenta de genotipagem para *Klebsiella pneumoniae* e seu complexo de espécies relacionadas. + +### Workflows + +- [kleborate](/bactopia-tools/kleborate) - Triagem abrangente de genomas de *Klebsiella* para determinantes de virulência e resistência. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) + Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE [A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.](https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3) _Nat Commun_ 12, 4188 (2021) + +- [Kaptive](https://github.com/katholt/Kaptive) + Wyres KL, Wick RR, Gorrie C, Jenney A, Follador R, Thomson NR, Holt KE [Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000102) _Microbial genomics_ 2(12) (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/kleborate) + +## Versão + +```yaml +KLEBORATE: + - kleborate: 3.2.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kraken2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kraken2.mdx new file mode 100644 index 00000000..c4f527e9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/kraken2.mdx @@ -0,0 +1,135 @@ +--- +title: kraken2 +description: "Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência." +tags: + - metagenomics + - taxonomy + - classification + - contamination + - scrubbing + - k-mer + - lca + - sample-scope +--- + +# kraken2 + +**Tags:** metagenomics taxonomy classification contamination scrubbing k-mer lca sample-scope + +Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência. + +Utiliza o [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) para atribuir rótulos taxonômicos a reads de DNA curtas, examinando correspondências exatas de k-mers contra um grande banco de dados de referência. O algoritmo de Menor Ancestral Comum (LCA) é usado para fornecer classificação de alta precisão, tornando-o ideal para metagenômica ou remoção de contaminação do hospedeiro (scrubbing). + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um banco de dados Kraken2 padrão (diretório ou tarball). O uso de memória depende do tamanho do banco de dados (Padrão ~50GB). +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) - normalmente não utilizados pelo Kraken2 | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Banco de dados Kraken2 (Diretório ou tarball comprimido) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + special_meta: Record, + kraken2_report: Path, + scrub_report: Path?, + classified: Set, + unclassified: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `special_meta` | `Record` | Um registro de metadados simplificado para uso interno | +| `kraken2_report` | `Path` | Relatório padrão do Kraken2 contendo contagens de abundância taxonômica | +| `scrub_report` | `Path?` | Relatório resumido dos reads removidos durante o scrubbing do hospedeiro | +| `classified` | `Set` | Reads atribuídas a um táxon no banco de dados (FASTQ) | +| `unclassified` | `Set` | Reads NÃO atribuídas a nenhum táxon (FASTQ) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Kraken2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kraken2_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados formatado para Kraken2 | +| `--kraken2_quick_mode` | boolean | `false` | Operação rápida (usa o primeiro hit ou hits) | +| `--kraken2_confidence` | number | `0.0` | Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1 | +| `--kraken2_minimum_base_quality` | integer | `0` | Qualidade mínima de base usada na classificação | +| `--kraken2_use_mpa_style` | boolean | `false` | Formata a saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1 | +| `--kraken2_report_zero_counts` | boolean | `false` | Reporta contagens para TODOS os táxons, mesmo que sejam zero | +| `--kraken2_report_minimizer_data` | boolean | `false` | Inclui informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório | +| `--kraken2_use_names` | boolean | `false` | Imprime nomes científicos em vez de apenas taxids | +| `--kraken2_memory_mapping` | boolean | `false` | Evita carregar o banco de dados na RAM | +| `--kraken2_minimum_hit_groups` | integer | `2` | Número mínimo de grupos de hits necessários para realizar uma classificação | +| `--kraken2_keep_filtered_reads` | boolean | `false` | Mantém os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2 | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [kraken2](/developers/subworkflows/kraken2) - Classifica reads metagenômicas usando Kraken2. + +### Workflows + +- [kraken2](/bactopia-tools/kraken2) - Classificação taxonômica de reads de sequência metagenômica. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/kraken2) + +## Versão + +```yaml +KRAKEN2: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/legsta.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/legsta.mdx new file mode 100644 index 00000000..cc987cd0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/legsta.mdx @@ -0,0 +1,98 @@ +--- +title: legsta +description: "Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*." +tags: + - bacteria + - legionella + - pneumophila + - typing + - sbt + - mlst + - serogroup + - sample-scope +--- + +# legsta + +**Tags:** bacteria legionella pneumophila typing sbt mlst serogroup sample-scope + +Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*. + +Utiliza o [Legsta](https://github.com/tseemann/legsta) para determinar o Tipo de Sequência (SBT) +de isolados de *L. pneumophila*. O programa alinha a montagem contra o esquema padrão de 7 genes +(flaA, pilE, asd, mip, mompS, proA, neuA) para atribuir números de alelos e o Tipo de Sequência resultante. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de SBT de Legionella pneumophila delimitados por tabulação, com números de alelos e tipo de sequência | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do legsta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--legsta_noheader` | boolean | `false` | Não imprime a linha de cabeçalho | + +## Utilizado por + +### Subworkflows + +- [legsta](/developers/subworkflows/legsta) - Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de Legionella pneumophila. + +### Workflows + +- [legsta](/bactopia-tools/legsta) - Tipagem baseada em sequência (SBT) de Legionella pneumophila. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) + Seemann T [legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing](https://github.com/tseemann/legsta) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/legsta) + +## Versão + +```yaml +LEGSTA: + - legsta: 0.5.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/lissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/lissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..f40f7c96 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/lissero.mdx @@ -0,0 +1,100 @@ +--- +title: lissero +description: "Prever sorogrupo de *Listeria monocytogenes*." +tags: + - bacteria + - listeria + - monocytogenes + - serotype + - serogroup + - typing + - pcr + - sample-scope +--- + +# lissero + +**Tags:** bacteria listeria monocytogenes serotype serogroup typing pcr sample-scope + +Prever sorogrupo de *Listeria monocytogenes*. + +Utiliza o [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) para prever o sorogrupo de +isolados de *L. monocytogenes*. Ele simula um ensaio de PCR detectando genes marcadores +específicos (lmo1118, lmo0737, ORF2110, ORF2819, prs) para atribuir o isolado a um dos +principais sorogrupos moleculares (IIa, IIb, IIc, IVb). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do LisSero em formato delimitado por tabulação com sorogrupo previsto e detecção de genes marcadores | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do LisSero + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--lissero_min_id` | number | `95.0` | Percentual mínimo de identidade para aceitar uma correspondência | +| `--lissero_min_cov` | number | `95.0` | Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [lissero](/developers/subworkflows/lissero) - Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes. + +### Workflows + +- [lissero](/bactopia-tools/lissero) - Predição de tipagem por sorogrupo para Listeria monocytogenes. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) + Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A [LisSero - _In silico_ serotype prediction for _Listeria monocytogenes_](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/lissero) + +## Versão + +```yaml +LISSERO: + - lissero: 0.4.10 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mash_dist.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mash_dist.mdx new file mode 100644 index 00000000..a43e7510 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mash_dist.mdx @@ -0,0 +1,115 @@ +--- +title: mash_dist +description: "Calcule distâncias genômicas usando sketches MinHash." +tags: + - mash + - distance + - minhash + - ani + - comparison + - taxonomy + - sample-scope +--- + +# mash_dist + +**Tags:** mash distance minhash ani comparison taxonomy sample-scope + +Calcule distâncias genômicas usando sketches MinHash. + +Usa o [Mash](https://github.com/marbl/Mash) para calcular a distância entre sequências +de consulta e um banco de dados de referência. Utiliza sketches MinHash para estimar +rapidamente o índice de Jaccard, fornecendo uma aproximação rápida da Identidade +Nucleotídica Média (ANI). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Arquivo FASTA, FASTQ ou sketch Mash a ser consultado | + +``` +reference: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | O arquivo de referência (FASTA, FASTQ ou sketch Mash) para comparação | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + dist: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `dist` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação das distâncias Mash e valores-p | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros mashdist + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mash_sketch` | string | | A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh) | +| `--mash_seed` | integer | `42` | Semente fornecida à função de hash | +| `--mash_table` | boolean | `false` | Saída em formato de tabela (campos ficarão em branco se não atenderem ao limiar do valor-p) | +| `--mash_m` | integer | `1` | Número mínimo de cópias de cada k-mer necessário para passar no filtro de ruído para reads | +| `--mash_w` | number | `0.01` | Limiar de probabilidade para aviso sobre tamanho baixo de k-mer | +| `--mash_max_p` | number | `1.0` | Valor-p máximo a ser reportado | +| `--mash_max_dist` | number | `1.0` | Distância máxima a ser reportada | +| `--merlin_dist` | number | `0.1` | Distância máxima a ser reportada ao usar Merlin | +| `--full_merlin` | boolean | `false` | Ativa o Merlin completo e executa todas as ferramentas específicas de espécie, independentemente da distância Mash | +| `--mash_use_fastqs` | boolean | `false` | Consultar com FASTQs em vez das montagens | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [mashdist](/developers/subworkflows/mashdist) - Calcula distâncias Mash entre sequências e uma referência. + +### Workflows + +- [mashdist](/bactopia-tools/mashdist) - Calcula distâncias Mash entre sequências e genomas de referência. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mash/dist) + +## Versão + +```yaml +MASH_DIST: + - mash: 2.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mashtree.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mashtree.mdx new file mode 100644 index 00000000..01958bce --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mashtree.mdx @@ -0,0 +1,110 @@ +--- +title: mashtree +description: "Construção rápida de árvores filogenômicas sem alinhamento." +tags: + - phylogeny + - tree + - mash + - minhash + - alignment-free + - distance + - clustering + - neighbor-joining + - run-scope +--- + +# mashtree + +**Tags:** phylogeny tree mash minhash alignment-free distance clustering neighbor-joining run-scope + +Construção rápida de árvores filogenômicas sem alinhamento. + +Utiliza o [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) para criar uma árvore filogenética +a partir de sequências genômicas (FASTA, FASTQ ou GenBank) usando distâncias MinHash. O módulo +calcula distâncias pareadas entre todas as entradas e usa o algoritmo Neighbor-Joining para +agrupar os genomas, criando efetivamente uma árvore "baseada em distâncias" sem alinhamento completo. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Set` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + nwk: Path, + tsv: Path, + sketches: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `nwk` | `Path` | A árvore filogenética final no formato Newick (*.dnd) | +| `tsv` | `Path` | A matriz de distâncias pareadas usada para construir a árvore (*.tsv) | +| `sketches` | `Set` | Diretório contendo os sketches Mash individuais | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Mashtree + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mashtree_trunclength` | inteiro | `250` | Quantidade de caracteres a manter em um nome de arquivo | +| `--mashtree_sortorder` | string | `ABC` | Para o Neighbor-Joining, a ordem de classificação pode fazer diferença. (opções: `ABC`, `random`, `input-order`) | +| `--mashtree_genomesize` | inteiro | `5000000` | Tamanho do genoma das amostras de entrada | +| `--mashtree_mindepth` | inteiro | `5` | Se mindepth for zero, o valor será escolhido de forma inteligente, porém mais lenta, para descartar kmers de baixa abundância. | +| `--mashtree_kmerlength` | inteiro | `21` | Os hashes serão baseados em strings com esse número de nucleotídeos | +| `--mashtree_sketchsize` | inteiro | `10000` | Cada sketch terá no máximo esse número de min-hashes não redundantes | +| `--mashtree_save_sketches` | booleano | `false` | Salvar os sketches criados durante o processo | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [mashtree](/developers/subworkflows/mashtree) - Cria árvores filogenéticas usando distâncias Mash. + +### Workflows + +- [mashtree](/bactopia-tools/mashtree) - Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) + Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA [Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files.](https://doi.org/10.21105/joss.01762) _Journal of Open Source Software_, 4(44), 1762 (2019) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mashtree) + +## Versão + +```yaml +MASHTREE: + - mashtree: 1.4.6 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mcroni.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mcroni.mdx new file mode 100644 index 00000000..25c5f921 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mcroni.mdx @@ -0,0 +1,93 @@ +--- +title: mcroni +description: "Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*." +tags: + - bacteria + - amr + - resistance + - colistin + - mcr-1 + - plasmid + - variation + - sample-scope +--- + +# mcroni + +**Tags:** bacteria amr resistance colistin mcr-1 plasmid variation sample-scope + +Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*. + +Utiliza o [Mcroni](https://github.com/tseemann/mcroni) para rastrear montagens de genomas em busca do +gene *mcr-1* (Resistência à Colistina Mobilizada). Ele extrai a sequência do gene e reporta +quaisquer variações (mutações) em relação à referência, o que é fundamental para monitorar +a resistência à colistina, um antibiótico de último recurso. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + fa: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de variação do gene mcr-1 separados por tabulação | +| `fa` | `Path?` | Sequência do gene mcr-1 extraída no formato FASTA | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [mcroni](/developers/subworkflows/mcroni) - Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1. + +### Workflows + +- [mcroni](/bactopia-tools/mcroni) - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada). + +## Citações + +Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni) + Shaw L [mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1](https://github.com/liampshaw/mcroni) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mcroni) + +## Versão + +```yaml +MCRONI: + - mcroni: 1.0.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/meningotype.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/meningotype.mdx new file mode 100644 index 00000000..2e61e872 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/meningotype.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: meningotype +description: "Sorotipagem e tipagem fina de *Neisseria meningitidis*." +tags: + - bacteria + - neisseria-meningitidis + - serotype + - serogroup + - finetyping + - pora + - feta + - capsule + - sample-scope +--- + +# meningotype + +**Tags:** bacteria neisseria-meningitidis serotype serogroup finetyping pora feta capsule sample-scope + +Sorotipagem e tipagem fina de *Neisseria meningitidis*. + +Utiliza o [Meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) para prever o sorogrupo (cápsula), +as regiões variáveis de PorA e as regiões variáveis de FetA em montagens de *N. meningitidis*. Isso fornece +um perfil abrangente de tipagem molecular (por exemplo, B:P1.7-2,4:F1-5) utilizado em vigilância epidemiológica. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do meningotype em formato delimitado por tabulação com predições de sorogrupo, PorA e FetA | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do meningotype + +Você pode usar estes parâmetros para ajustar sua análise com o meningotype + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--meningotype_finetype` | boolean | `false` | realizar tipagem fina de porA e fetA | +| `--meningotype_porB` | boolean | `false` | realizar tipagem de sequência porB (NEIS2020) | +| `--meningotype_bast` | boolean | `false` | realizar tipagem de sequência de antígeno Bexsero (BAST) | +| `--meningotype_mlst` | boolean | `false` | realizar MLST | +| `--meningotype_all` | boolean | `false` | realizar tipagem MLST, porA, fetA, porB e BAST | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [meningotype](/developers/subworkflows/meningotype) - Predizer sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [meningotype](/bactopia-tools/meningotype) - Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) + Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T [meningotype: in silico typing for _Neisseria meningitidis_.](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/meningotype) + +## Versão + +```yaml +MENINGOTYPE: + - meningotype: 0.8.6b +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/merlin_dist.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/merlin_dist.mdx new file mode 100644 index 00000000..f5dead2f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/merlin_dist.mdx @@ -0,0 +1,156 @@ +--- +title: merlin_dist +description: "Identificar espécies para acionar análises downstream específicas por gênero (Merlin)." +tags: + - merlin + - mash + - routing + - logic + - genus-specific + - automation + - sample-scope +--- + +# merlin_dist + +**Tags:** merlin mash routing logic genus-specific automation sample-scope + +Identificar espécies para acionar análises downstream específicas por gênero (Merlin). + +Este é um processo especializado para o fluxo de trabalho [Merlin](https://bactopia.io/bactopia-tools/merlin/). +Ele executa `mash dist` contra um banco de dados de referência e analisa os resultados para detectar +gêneros específicos (ex.: *Salmonella*, *Staphylococcus*). Com base no gênero detectado, ele +direciona os dados para canais específicos a fim de acionar ferramentas direcionadas (ex.: a detecção de *Salmonella* aciona o Sistr). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +reference: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | O banco de dados Mash de referência para triagem | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path, + r1: Path, + r2: Path, + se: Path, + lr: Path, + escherichia: Path?, + haemophilus: Path?, + klebsiella: Path?, + legionella: Path?, + listeria: Path?, + mycobacterium: Path?, + neisseria: Path?, + pseudomonas: Path?, + salmonella: Path?, + staphylococcus: Path?, + streptococcus: Path?, + genus: Set, + dist: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Passagem dos contigs montados | +| `r1` | `Path` | Passagem dos reads Illumina R1 | +| `r2` | `Path` | Passagem dos reads Illumina R2 | +| `se` | `Path` | Passagem dos reads single-end | +| `lr` | `Path` | Passagem dos long reads | +| `escherichia` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Escherichia | +| `haemophilus` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Haemophilus | +| `klebsiella` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Klebsiella | +| `legionella` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Legionella | +| `listeria` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Listeria | +| `mycobacterium` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Mycobacterium | +| `neisseria` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Neisseria | +| `pseudomonas` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Pseudomonas | +| `salmonella` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Salmonella | +| `staphylococcus` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Staphylococcus | +| `streptococcus` | `Path?` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Streptococcus | +| `genus` | `Set` | Arquivo marcador indicando o gênero detectado | +| `dist` | `Path` | Resultados brutos de distância Mash | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros mashdist + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mash_sketch` | string | | A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh) | +| `--mash_seed` | integer | `42` | Semente fornecida à função de hash | +| `--mash_table` | boolean | `false` | Saída em tabela (campos ficarão em branco se não atingirem o limiar de p-valor) | +| `--mash_m` | integer | `1` | Número mínimo de cópias de cada k-mer necessário para passar no filtro de ruído para reads | +| `--mash_w` | number | `0.01` | Limiar de probabilidade para aviso sobre tamanho de k-mer baixo. | +| `--mash_max_p` | number | `1.0` | Valor de p máximo a reportar. | +| `--mash_max_dist` | number | `1.0` | Distância máxima a reportar. | +| `--merlin_dist` | number | `0.1` | Distância máxima a reportar ao usar o Merlin. | +| `--full_merlin` | boolean | `false` | Executar o Merlin completo e rodar todas as ferramentas específicas por espécie, independentemente da distância Mash | +| `--mash_use_fastqs` | boolean | `false` | Consultar com FASTQs em vez das montagens | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [merlindist](/developers/subworkflows/merlindist) - Identificar espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +- [NCBI RefSeq Database](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/) + O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, Ciufo S, Haddad D, McVeigh R, Rajput B, Robbertse B, Smith-White B, Ako-Adjei D, Astashyn A, Badretdin A, Bao Y, Blinkova O0, Brover V, Chetvernin V, Choi J, Cox E, Ermolaeva O, Farrell CM, Goldfarb T, Gupta T, Haft D, Hatcher E, Hlavina W, Joardar VS, Kodali VK, Li W, Maglott D, Masterson P, McGarvey KM, Murphy MR, O'Neill K, Pujar S, Rangwala SH, Rausch D, Riddick LD, Schoch C, Shkeda A, Storz SS, Sun H, Thibaud-Nissen F, Tolstoy I, Tully RE, Vatsan AR, Wallin C, Webb D, Wu W, Landrum MJ, Kimchi A, Tatusova T, DiCuccio M, Kitts P, Murphy TD, Pruitt KD [Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation.](https://doi.org/10.1093/nar/gkv1189) _Nucleic Acids Res._ 44, D733-45 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/merlin/dist) + +## Versão + +```yaml +MERLIN_DIST: + - mash: 2.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..34f58890 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_download.mdx @@ -0,0 +1,83 @@ +--- +title: midas_download +description: "Baixar o banco de dados de referência do MIDAS." +tags: + - midas + - download + - database + - metagenomics + - species + - run-scope +--- + +# midas_download + +**Tags:** midas download database metagenomics species run-scope + +Baixar o banco de dados de referência do MIDAS. + +Obtém o banco de dados pré-compilado necessário pelo [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) +para perfilamento de espécies metagenômicas. O banco de dados contém genomas de referência da +coleção UHGG usados para identificação de espécies e estimativa de abundância. + +:::note[Internet e Armazenamento Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo +para armazenar os arquivos do banco de dados (~3,3 GB comprimido, ~7 GB descomprimido). +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path?, + db_tarball: Path?, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | O diretório do banco de dados do MIDAS contendo dados de genomas de referência | +| `db_tarball` | `Path?` | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Download do Banco de Dados MIDAS + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--midas_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados formatado para o MIDAS | +| `--midas_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados do MIDAS como um tarball | +| `--download_midas` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados do MIDAS para o caminho fornecido por --midas_db | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [midas](/developers/subworkflows/midas) - Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos. + +### Workflows + +- [midas](/bactopia-tools/midas) - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) + Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS [An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography.](https://doi.org/10.1101/gr.201863.115) _Genome Research_, 26(11), 1612-1625. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/midas/download) + +## Versão + +```yaml +MIDAS_DOWNLOAD: + - gnu-wget: 1.18 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_species.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_species.mdx new file mode 100644 index 00000000..9ee029b5 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/midas_species.mdx @@ -0,0 +1,124 @@ +--- +title: midas_species +description: "Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - abundance + - species + - midas + - marker-genes + - diversity + - sample-scope +--- + +# midas_species + +**Tags:** metagenomics abundance species midas marker-genes diversity sample-scope + +Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos. + +Utiliza o [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) (Metagenomic Intra-Species Diversity Analysis System) +para estimar a abundância de espécies bacterianas em dados metagenômicos. Ele mapeia reads para um banco de dados +de genes marcadores universais de cópia única (15 genes) para fornecer estimativas precisas de cobertura e +abundância relativa. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se) onde cada slot de read é Path? + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um banco de dados MIDAS compatível (contendo sequências de genes marcadores e taxonomia). +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório contendo o banco de dados MIDAS | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + abundances: Path, + adjusted_abundances: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação da abundância e cobertura de espécies | +| `abundances` | `Path` | Perfil detalhado de abundância de espécies (*.abundances.txt) | +| `adjusted_abundances` | `Path` | Estimativas de abundância relativa ajustadas pelo tamanho do genoma (*.adjusted.abundances.txt) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Espécies do MIDAS + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--midas_word_size` | inteiro | `28` | Tamanho da palavra para busca BLAST | +| `--midas_aln_cov` | número | `0.75` | Descartar reads com cobertura de alinhamento < ALN_COV | +| `--midas_opts` | string | | Opções extras do MIDAS | +| `--midas_debug` | booleano | `false` | Manter todos os arquivos temporários criados pelo MIDAS | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [midas](/developers/subworkflows/midas) - Perfil em nível de espécie a partir de dados metagenômicos. + +### Workflows + +- [midas](/bactopia-tools/midas) - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) + Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS [An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography.](https://doi.org/10.1101/gr.201863.115) _Genome Research_, 26(11), 1612-1625. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/midas/species) + +## Versão + +```yaml +MIDAS_SPECIES: + - midas: 1.3.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mlst.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mlst.mdx new file mode 100644 index 00000000..5a4e5544 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mlst.mdx @@ -0,0 +1,116 @@ +--- +title: mlst +description: "Tipagem Automática de Sequência Multi-Locus (MLST) de montagens genômicas." +tags: + - bacteria + - typing + - mlst + - sequence-type + - pubmlst + - alleles + - sample-scope +--- + +# mlst + +**Tags:** bacteria typing mlst sequence-type pubmlst alleles sample-scope + +Tipagem Automática de Sequência Multi-Locus (MLST) de montagens genômicas. + +Utiliza o [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) para escanear montagens genômicas contra +esquemas tradicionais do PubMLST. Ele detecta automaticamente o esquema de espécie mais +provável, identifica os alelos dos 7 genes de manutenção e atribui um Tipo de Sequência (ST). + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados MLST (derivado do PubMLST) esteja disponível. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório ou tarball comprimido contendo os esquemas do banco de dados MLST | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo delimitado por tabulação contendo a Amostra, Esquema, ST e IDs dos Alelos | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do MLST + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mlst_scheme` | string | | Não detectar automaticamente, forçar este esquema em todas as entradas | +| `--mlst_minid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade de DNA do alelo completo para considerar 'similar' | +| `--mlst_mincov` | integer | `10` | Percentual mínimo de cobertura de DNA para reportar alelo parcial | +| `--mlst_minscore` | integer | `50` | Pontuação mínima de 100 para corresponder a um esquema | +| `--mlst_nopath` | boolean | `false` | Remover os caminhos de arquivo da coluna FILE | +| `--mlst_db` | string | | Um banco de dados MLST personalizado a ser usado, como tarball ou diretório | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [mlst](/developers/subworkflows/mlst) - Determina tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [mlst](/bactopia-tools/mlst) - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) + Seemann T [mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes](https://github.com/tseemann/mlst) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mlst) + +## Versão + +```yaml +MLST: + - mlst: 2.33.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mobsuite_recon.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mobsuite_recon.mdx new file mode 100644 index 00000000..2c1f2d2c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mobsuite_recon.mdx @@ -0,0 +1,107 @@ +--- +title: mobsuite_recon +description: "Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano." +tags: + - bacteria + - plasmid + - reconstruction + - mobtyper + - replicon + - contigs + - assembly + - sample-scope +--- + +# mobsuite_recon + +**Tags:** bacteria plasmid reconstruction mobtyper replicon contigs assembly sample-scope + +Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano. + +Utiliza o [MobSuite's mob_recon](https://github.com/phac-nml/mob-suite) para reconstruir plasmídeos +agrupando contigs relevantes. Em seguida, usa o componente Mob-typer para classificar os plasmídeos +com base no tipo de replicon, grupo de incompatibilidade (tipo Inc) e mobilidade prevista. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + chromosome: Path, + contig_report: Path, + txt: Path?, + plasmids: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `chromosome` | `Path` | Sequências cromossômicas separadas dos contigs de plasmídeo (FASTA comprimido) | +| `contig_report` | `Path` | Relatório delimitado por tabulação atribuindo cada contig ao cromossomo ou plasmídeo | +| `txt` | `Path?` | Resultados do MOB-typer com tipo de replicon, mobilidade e grupo de incompatibilidade | +| `plasmids` | `Set` | Sequências de plasmídeos reconstruídas em formato FASTA comprimido | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do MOB-suite Recon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mobsuite_max_contig_size` | inteiro | `310000` | Tamanho máximo de um contig para ser considerado um plasmídeo | +| `--mobsuite_min_contig_size` | inteiro | `1000` | Comprimento mínimo dos contigs para classificação | +| `--mobsuite_max_plasmid_size` | inteiro | `350000` | Tamanho máximo de um plasmídeo reconstruído | +| `--mobsuite_opts` | string | | Opções extras do MOB-suite entre aspas. Exemplo: '--min_mob_evalue 0.001' | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [mobsuite](/developers/subworkflows/mobsuite) - Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [mobsuite](/bactopia-tools/mobsuite) - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) + Robertson J, Nash JHE [MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000206) _Microbial Genomics_ 4(8). (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mobsuite/recon) + +## Versão + +```yaml +MOBSUITE_RECON: + - mob_suite: 3.1.9 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mykrobe_predict.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mykrobe_predict.mdx new file mode 100644 index 00000000..2f61ad4b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/mykrobe_predict.mdx @@ -0,0 +1,127 @@ +--- +title: mykrobe_predict +description: "Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas." +tags: + - amr + - resistance + - susceptibility + - k-mer + - fastq + - bam + - mykrobe + - sample-scope +--- + +# mykrobe_predict + +**Tags:** amr resistance susceptibility k-mer fastq bam mykrobe sample-scope + +Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas. + +Utiliza o [Mykrobe](https://github.com/mykrobe/mykrobe) para prever rapidamente resistência e suscetibilidade +com base em reads curtos (FASTQ) ou reads alinhados (BAM). Ele mapeia k-mers das sequências de entrada +contra um banco de dados curado de marcadores de resistência para espécies como *M. tuberculosis* e *S. aureus*. + +Utiliza campos de registro posicional explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +``` +species: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `species` | `String` | A espécie alvo para a qual realizar a predição de AMR (ex.: "tb" ou "staph") | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path, + json: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `csv` | `Path` | Predições de AMR em formato CSV legível por máquina | +| `json` | `Path` | Resultados detalhados de predição de AMR em formato JSON | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Mykrobe + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mykrobe_species` | string | | Painel de espécies a utilizar (opções: `sonnei`, `staph`, `tb`, `typhi`) | +| `--mykrobe_kmer` | integer | `21` | Comprimento do k-mer | +| `--mykrobe_min_depth` | integer | `1` | Profundidade mínima | +| `--mykrobe_model` | string | `kmer_count` | Modelo de genótipo utilizado (opções: `kmer_count`, `median_depth`) | +| `--mykrobe_report_all_calls` | boolean | `false` | Reportar todas as chamadas | +| `--mykrobe_opts` | string | | Opções extras do Mykrobe entre aspas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) - Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi. +- [mykrobe](/developers/subworkflows/mykrobe) - Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento. + +### Workflows + +- [genotyphi](/bactopia-tools/genotyphi) - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem. +- [mykrobe](/bactopia-tools/mykrobe) - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) + Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +- [McCortex](https://github.com/mcveanlab/mccortex) + Turner I, Garimella KV, Iqbal Z, McVean G [Integrating long-range connectivity information into de Bruijn graphs.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty157) _Bioinformatics_ 34, 2556-2565 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/mykrobe/predict) + +## Versão + +```yaml +MYKROBE_PREDICT: + - mykrobe: 0.13.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ncbigenomedownload.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ncbigenomedownload.mdx new file mode 100644 index 00000000..3a90d933 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ncbigenomedownload.mdx @@ -0,0 +1,131 @@ +--- +title: ncbigenomedownload +description: "Baixe arquivos de montagem e anotação do banco de dados Assembly do NCBI." +tags: + - ncbi + - download + - genome + - assembly + - fasta + - genbank + - utility + - run-scope +--- + +# ncbigenomedownload + +**Tags:** ncbi download genome assembly fasta genbank utility run-scope + +Baixe arquivos de montagem e anotação do banco de dados Assembly do NCBI. + +Utiliza o [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) para buscar +eficientemente uma ou mais montagens completas de genomas e seus arquivos associados de anotação +e relatório no servidor FTP do NCBI, com base em números de acesso, nome de espécie ou ID de montagem. + +## Entradas + +``` +accessions: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `accessions` | `Path?` | Caminho para um arquivo de texto contendo uma lista de números de acesso do NCBI Assembly (um por linha) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + gbff: Set, + fna: Set, + rm: Set, + features: Set, + gff: Set, + faa: Set, + gpff: Set, + wgs_gbk: Set, + cds: Set, + rna: Set, + rna_fna: Set, + report: Set, + stats: Set, + accessions: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `gbff` | `Set` | Formato GenBank da(s) sequência(s) genômica(s) (*_genomic.gbff.gz) | +| `fna` | `Set` | Formato FASTA da(s) sequência(s) nucleotídica(s) genômica(s) (*_genomic.fna.gz) | +| `rm` | `Set` | Saída do RepeatMasker para eucariotos | +| `features` | `Set` | Arquivo de texto delimitado por tabulação com localizações e atributos de um subconjunto de features | +| `gff` | `Set` | Anotação da(s) sequência(s) genômica(s) no formato GFF3 (*_genomic.gff.gz) | +| `faa` | `Set` | Formato FASTA dos produtos proteicos acessados (*_protein.faa.gz) | +| `gpff` | `Set` | Formato GenPept dos produtos proteicos acessados | +| `wgs_gbk` | `Set` | Formato de arquivo flat GenBank do master WGS | +| `cds` | `Set` | Formato FASTA das sequências nucleotídicas correspondentes a todas as features CDS | +| `rna` | `Set` | Formato FASTA dos produtos de RNA acessados | +| `rna_fna` | `Set` | Formato FASTA das sequências nucleotídicas correspondentes a todas as features de RNA | +| `report` | `Set` | Arquivo de texto delimitado por tabulação com nomes, funções e relações das unidades de montagem | +| `stats` | `Set` | Arquivo de texto delimitado por tabulação com estatísticas de montagem | +| `accessions` | `Set` | Arquivos de lista de acesso gerados | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do NCBI Genome Download + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para baixar as montagens | +| `--accession` | string | | Um número de acesso do NCBI Assembly a ser baixado | +| `--accessions` | string | | Um arquivo de números de acesso do NCBI Assembly (um por linha) a serem baixados | +| `--format` | string | `fasta` | Lista de formatos a baixar, separados por vírgula | +| `--section` | string | `refseq` | Seção do NCBI para download | +| `--assembly_level` | string | `complete` | Lista de níveis de montagem a baixar, separados por vírgula | +| `--kingdom` | string | `bacteria` | Lista de reinos para download, separados por vírgula | +| `--limit` | string | | Limitar o número de montagens a serem baixadas | +| `--keep_downloads` | boolean | `false` | Salvar os arquivos baixados na pasta bactopia-runs | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) - Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. + +### Workflows + +- [fastani](/bactopia-tools/fastani) - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos. +- [mashtree](/bactopia-tools/mashtree) - Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash. +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma core. +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes haplóides e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) + Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ncbigenomedownload) + +## Versão + +```yaml +NCBIGENOMEDOWNLOAD: + - ncbi-genome-download: 0.3.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ngmaster.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ngmaster.mdx new file mode 100644 index 00000000..1f218a39 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ngmaster.mdx @@ -0,0 +1,98 @@ +--- +title: ngmaster +description: "Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*." +tags: + - bacteria + - neisseria-gonorrhoeae + - serotype + - typing + - mast + - porb + - tbpb + - sample-scope +--- + +# ngmaster + +**Tags:** bacteria neisseria-gonorrhoeae serotype typing mast porb tbpb sample-scope + +Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*. + +Utiliza o [NG-MASTER](https://github.com/phac-nml/NG-MASTER) para identificar os alelos dos +genes *porB* e *tbpB* em montagens de *N. gonorrhoeae*, que é a base do +esquema de genotypagem MAST reconhecido internacionalmente. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do NG-MASTER delimitados por tabulação com alelos porB e tbpB e tipo de sequência | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do ngmaster + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--ngmaster_csv` | boolean | `false` | gera saída no formato separado por vírgulas (CSV) em vez de separado por tabulações | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [ngmaster](/developers/subworkflows/ngmaster) - Realiza a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [ngmaster](/bactopia-tools/ngmaster) - Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) + Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T [ngmaster - _In silico_ multi-antigen sequence typing for _Neisseria gonorrhoeae_ (NG-MAST)](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ngmaster) + +## Versão + +```yaml +NGMASTER: + - ngmaster: 2.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..99c831e9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_download.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: nohuman_download +description: "Baixe o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos." +tags: + - bacteria + - database + - download + - human + - decontamination + - kraken2 + - nohuman + - run-scope +--- + +# nohuman_download + +**Tags:** bacteria database download human decontamination kraken2 nohuman run-scope + +Baixe o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos. + +Obtém o banco de dados baseado em Kraken2 utilizado pelo [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman) +para classificar e remover reads humanos de conjuntos de dados de sequenciamento. O banco de dados é construído a partir +de genomas do Human Pangenome Reference Consortium (HPRC). + +:::note[Internet e Armazenamento Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco suficiente +para armazenar os arquivos do banco de dados Kraken2. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path?, + db_tarball: Path?, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | O diretório do banco de dados Kraken2 do nohuman | +| `db_tarball` | `Path?` | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Download do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o banco de dados nohuman ou diretório para baixá-lo | +| `--nohuman_db_version` | string | | Versão do banco de dados a ser baixada (padrão: última versão HPRC) | +| `--nohuman_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados nohuman como um tarball | +| `--download_nohuman` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados nohuman para o caminho indicado por --nohuman_db | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [nohuman](/developers/subworkflows/nohuman) - Remove reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/nohuman/download) + +## Versão + +```yaml +NOHUMAN_DOWNLOAD: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..261bfacf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/nohuman_run.mdx @@ -0,0 +1,126 @@ +--- +title: nohuman_run +description: "Remova reads humanos de dados de sequenciamento." +tags: + - human + - contamination + - decontamination + - scrubbing + - reads + - kraken2 + - nohuman + - sample-scope +--- + +# nohuman_run + +**Tags:** human contamination decontamination scrubbing reads kraken2 nohuman sample-scope + +Remova reads humanos de dados de sequenciamento. + +Utiliza o [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman) para classificar e remover reads humanos +de arquivos FASTQ usando um banco de dados Kraken2 construído a partir dos genomas do Human Pangenome Reference Consortium +(HPRC). Suporta reads Illumina paired-end e single-end. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer o banco de dados Kraken2 do nohuman. Use o módulo nohuman/download ou +forneça um banco de dados pré-existente via --nohuman_db. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end forward) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end reverse) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório ou tarball comprimido contendo o banco de dados Kraken2 do nohuman | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + special_meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + scrub_report: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `special_meta` | `Record` | Um registro de metadados simplificado para junção de relatórios downstream | +| `r1` | `Path?` | Reads forward paired-end após remoção | +| `r2` | `Path?` | Reads reverse paired-end após remoção | +| `se` | `Path?` | Reads single-end após remoção | +| `lr` | `Path?` | Reads longas após remoção | +| `scrub_report` | `Path` | Relatório resumido das reads removidas durante a limpeza | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Nohuman Run + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados nohuman | +| `--nohuman_confidence` | number | `0.0` | Pontuação mínima de confiança do Kraken2 para classificação (0.0-1.0) | +| `--nohuman_human` | boolean | `false` | Inverte a saída para manter apenas as reads humanas em vez de removê-las | +| `--nohuman_save_report` | boolean | `false` | Salva o relatório de classificação do Kraken2 | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [nohuman](/developers/subworkflows/nohuman) - Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/nohuman/run) + +## Versão + +```yaml +NOHUMAN_RUN: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/panaroo_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/panaroo_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..0fa34ddb --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/panaroo_run.mdx @@ -0,0 +1,111 @@ +--- +title: panaroo_run +description: "Análise rápida e escalável de pangenoma bacteriano usando uma abordagem baseada em grafos." +tags: + - pan-genoma + - orthologs + - core-genome + - gene-presence-absence + - graph-based + - annotation + - run-scope +--- + +# panaroo_run + +**Tags:** pan-genoma orthologs core-genome gene-presence-absence graph-based annotation run-scope + +Análise rápida e escalável de pangenoma bacteriano usando uma abordagem baseada em grafos. + +Utiliza o [Panaroo](https://gtonkinhill.github.io/panaroo/) para agrupar genes de múltiplos +genomas bacterianos anotados em grupos ortólogos, corrigindo divisões e fusões de genes. +As saídas principais são a matriz de presença/ausência de genes (o pan-genoma) e +um alinhamento do genoma central (para filogenética). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + gff: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | `Set` | Lista de arquivos de genoma anotado no formato GFF3 (entrada obrigatória) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path?, + filtered_aln: Path?, + csv: Path?, + panaroo_csv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `aln` | `Path?` | O alinhamento do genoma central (*core-genome.aln.gz), adequado para construção de árvore filogenética | +| `filtered_aln` | `Path?` | O alinhamento do genoma central com regiões altamente recombinantes filtradas | +| `csv` | `Path?` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV compatível com Roary | +| `panaroo_csv` | `Path?` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV nativo do Panaroo | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Panaroo Run + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--panaroo_mode` | string | `strict` | O modo de rigor para executar o panaroo (opções: `strict`, `moderate`, `sensitive`) | +| `--panaroo_alignment` | string | `core` | Gera alinhamentos de genes centrais ou de todos os genes (opções: `core`, `pan`) | +| `--panaroo_aligner` | string | `mafft` | Alinhador a ser usado para o alinhamento do genoma central/pan (opções: `mafft`, `prank`, `clustal`) | +| `--panaroo_core_threshold` | number | `0.95` | Limiar de amostras do genoma central | +| `--panaroo_threshold` | number | `0.98` | Limiar de identidade de sequência | +| `--panaroo_family_threshold` | number | `0.7` | Limiar de identidade de sequência da família proteica | +| `--panaroo_len_dif_percent` | number | `0.98` | Corte de diferença de comprimento | +| `--panaroo_merge_paralogs` | boolean | `false` | Não dividir parálogos | +| `--panaroo_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao panaroo | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [panaroo](/developers/subworkflows/panaroo) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) + Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J [Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline.](https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4) _Genome Biology_ 21(1), 180. (2020) + +- [MAFFT](https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/) + Katoh K, Standley DM [MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability.](https://doi.org/10.1093/molbev/mst010) _Mol. Biol. Evol._ 30, 772-780 (2013) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/panaroo/run) + +## Versão + +```yaml +PANAROO_RUN: + - panaroo: 1.6.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pasty.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pasty.mdx new file mode 100644 index 00000000..a5984edd --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pasty.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: pasty +description: "Prever o sorogrupo O-antígeno de isolados de Pseudomonas aeruginosa." +tags: + - bacteria + - pseudomonas-aeruginosa + - serogroup + - o-antigen + - typing + - blast + - sample-scope +--- + +# pasty + +**Tags:** bacteria pseudomonas-aeruginosa serogroup o-antigen typing blast sample-scope + +Prever o sorogrupo O-antígeno de isolados de *Pseudomonas aeruginosa*. + +Utiliza o [Pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) (sorogrupagem in silico de isolados de *Pseudomonas aeruginosa*) +para prever o sorogrupo O-antígeno, pesquisando no genoma montado genes associados a sorogrupos específicos +dentro do locus O-antígeno. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + blast: Path, + details: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo de resumo delimitado por tabulação com o sorogrupo O-antígeno previsto | +| `blast` | `Path` | Arquivo delimitado por tabulação com todos os hits brutos do BLAST usados para a previsão | +| `details` | `Path` | Arquivo delimitado por tabulação com hits detalhados de genes para cada sorogrupo testado | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do pasty + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pasty_min_pident` | inteiro | `95` | Identidade percentual mínima para contabilizar um hit | +| `--pasty_min_coverage` | inteiro | `95` | Cobertura percentual mínima para contabilizar um hit | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [pasty](/developers/subworkflows/pasty) - Prever sorogrupos de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de montagens. + +### Workflows + +- [pasty](/bactopia-tools/pasty) - Sorogrupagem in silico de isolados de *Pseudomonas aeruginosa*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) + Petit III RA [pasty: in silico serogrouping of _Pseudomonas aeruginosa_ isolates](https://github.com/rpetit3/pasty) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/pasty) + +## Versão + +```yaml +PASTY: + - pasty: 2.2.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pbptyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pbptyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..0b4a890a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pbptyper.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: pbptyper +description: "Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*." +tags: + - bacteria + - streptococcus-pneumoniae + - penicillin + - amr + - resistance + - pbp + - typing + - sample-scope +--- + +# pbptyper + +**Tags:** bacteria streptococcus-pneumoniae penicillin amr resistance pbp typing sample-scope + +Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*. + +Utiliza o [PBPtyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) para detectar variações nos três +genes PBP chave (*pbp1a*, *pbp2b* e *pbp2x*) em *S. pneumoniae*. A tipagem desses genes é +essencial para prever susceptibilidade reduzida ou resistência total à penicilina e outros +antibióticos $\beta$-lactâmicos. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + blast: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo de resumo delimitado por tabulação com o tipo PBP previsto para cada gene | +| `blast` | `Path` | Arquivo delimitado por tabulação com os hits brutos do TBLASTN usados para identificação dos genes | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do pbptyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--pbptyper_min_pident` | inteiro | `95` | Percentual mínimo de identidade para considerar um hit | +| `--pbptyper_min_coverage` | inteiro | `95` | Percentual mínimo de cobertura para considerar um hit | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [pbptyper](/developers/subworkflows/pbptyper) - Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de *Streptococcus pneumoniae* a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [pbptyper](/bactopia-tools/pbptyper) - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para *Streptococcus pneumoniae*. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) + Petit III RA [pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for _Streptococcus pneumoniae_ assemblies](https://github.com/rpetit3/pbptyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/pbptyper) + +## Versão + +```yaml +PBPTYPER: + - pbptyper: 2.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/phispy.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/phispy.mdx new file mode 100644 index 00000000..3ba394c1 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/phispy.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: phispy +description: "Prever regiões de profagos integradas em genomas bacterianos." +tags: + - genomics + - virus + - phage + - prophage + - bacteriophage + - identification + - annotation + - sample-scope +--- + +# phispy + +**Tags:** genomics virus phage prophage bacteriophage identification annotation sample-scope + +Prever regiões de profagos integradas em genomas bacterianos. + +Utiliza o [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy) para identificar regiões de bacteriófagos integrados (profagos) em um genoma bacteriano completamente anotado. A predição se baseia na pontuação de características como troca de fita, desvio AT, proteínas únicas semelhantes a fagos e regiões codificantes curtas. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + gbff: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gbff` | `Path` | Arquivo de genoma anotado no formato GenBank | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Coordenadas (início/fim) de cada região de profago prevista no genoma | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do PhiSpy + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--phispy_number` | inteiro | `5` | Número de genes consecutivos em uma região de tamanho de janela que devem ser genes de profago para serem identificados como tal | +| `--phispy_mincontigsize` | inteiro | `5000` | Tamanho mínimo do contig (em pb) para ser incluído na análise. Contigs menores serão descartados. | +| `--phispy_windowsize` | inteiro | `30` | Tamanho da janela de genes consecutivos a ser examinada para encontrar fagos | +| `--phispy_nonprophage_genegaps` | inteiro | `10` | O número de genes não relacionados a fagos entre profagos | +| `--phispy_phage_genes` | inteiro | `1` | O número mínimo de genes que devem ser identificados como pertencentes a um fago para que a região seja incluída | +| `--phispy_randomforest_trees` | inteiro | `500` | Número de árvores geradas pelo classificador Random Forest | +| `--phispy_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o PhiSpy | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [phispy](/developers/subworkflows/phispy) - Predição de profagos a partir de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [phispy](/bactopia-tools/phispy) - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy) + Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA [PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies.](https://doi.org/10.1093/nar/gks406) _Nucleic Acids Research_, 40(16), e126. (2012) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/phispy) + +## Versão + +```yaml +PHISPY: + - phispy: 5.0.6 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pirate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pirate.mdx new file mode 100644 index 00000000..8e4b714b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pirate.mdx @@ -0,0 +1,101 @@ +--- +title: pirate +description: "Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE)." +tags: + - pan-genoma + - orthologs + - core-genome + - gene-presence-absence + - epidemiology + - annotation + - run-scope +--- + +# pirate + +**Tags:** pan-genoma orthologs core-genome gene-presence-absence epidemiology annotation run-scope + +Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE). + +Utiliza o [PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE) para construir o pan-genoma de +uma coleção de isolados bacterianos. Ele agrupa genes ortólogos e gera o alinhamento do +genoma core e uma matriz de presença/ausência de genes, compatível com ferramentas de +análise downstream como Scoary para testes de associação. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + gff: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | `Set` | Uma lista de arquivos de genoma anotados no formato GFF3 | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path?, + csv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `aln` | `Path?` | O alinhamento do genoma core (*core-genome.aln.gz), adequado para construção de árvores filogenéticas | +| `csv` | `Path?` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV, compatível com Scoary | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do PIRATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_pirate` | boolean | `false` | Usar PIRATE em vez de panaroo no subworkflow 'pangenome' | +| `--pirate_steps` | string | `50,60,70,80,90,95,98` | Limites de identidade percentual a serem usados na construção do pan-genoma | +| `--pirate_features` | string | `CDS` | Recursos delimitados por vírgula a serem usados na construção do pan-genoma | +| `--pirate_para_off` | boolean | `false` | Desativar a identificação de parálogos | +| `--pirate_z` | boolean | `false` | Manter todos os arquivos intermediários do PIRATE | +| `--pirate_pan_opt` | string | | Argumentos adicionais a serem passados para a construção do pan-genoma. | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [pirate](/developers/subworkflows/pirate) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PIRATE](http://github.com/SionBayliss/PIRATE) + Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ [PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giz119) _Gigascience_ 8 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/pirate) + +## Versão + +```yaml +PIRATE: + - pirate: 1.0.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/plasmidfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/plasmidfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..00985722 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/plasmidfinder.mdx @@ -0,0 +1,106 @@ +--- +title: plasmidfinder +description: "Identifique tipos de replicons de plasmídeos em sequências bacterianas e montagens." +tags: + - plasmid + - replicon + - typing + - identification + - mobility + - amr + - sample-scope +--- + +# plasmidfinder + +**Tags:** plasmid replicon typing identification mobility amr sample-scope + +Identifique tipos de replicons de plasmídeos em sequências bacterianas e montagens. + +Utiliza o [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder/src/master/) +para identificar tipos de plasmídeos (tipagem por replicon), consultando a montagem do genoma em um banco de dados +de sequências de plasmídeos. Esta é uma etapa fundamental para compreender a mobilidade de genes de resistência e virulência. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + json: Path, + txt: Path, + tsv: Path, + genome_seq: Path, + plasmid_seq: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `json` | `Path` | Resultados do PlasmidFinder em formato JSON | +| `txt` | `Path` | Resultados do PlasmidFinder em formato de texto | +| `tsv` | `Path` | Resultados do PlasmidFinder delimitados por tabulação com informações de tipagem por replicon | +| `genome_seq` | `Path` | Sequências FASTA dos hits de plasmídeos encontrados no genoma (comprimidas com gzip) | +| `plasmid_seq` | `Path` | Sequências de plasmídeos de referência correspondentes (comprimidas com gzip) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do PlasmidFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--plasmidfinder_mincov` | number | `0.6` | Cobertura mínima percentual para ser considerado um hit | +| `--plasmidfinder_threshold` | number | `0.9` | Limiar mínimo de identidade | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [plasmidfinder](/developers/subworkflows/plasmidfinder) - Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos. + +### Workflows + +- [plasmidfinder](/bactopia-tools/plasmidfinder) - Bactopia Tool: Plasmidfinder. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) + Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H [In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.](https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14) _Antimicrobial Agents and Chemotherapy_ 58(7), 3895-3903. (2014) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/plasmidfinder) + +## Versão + +```yaml +PLASMIDFINDER: + - plasmidfinder: 2.1.6 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pneumocat.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pneumocat.mdx new file mode 100644 index 00000000..c779d2d0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/pneumocat.mdx @@ -0,0 +1,101 @@ +--- +title: pneumocat +description: "Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina." +tags: + - pneumocat + - streptococcus-pneumoniae + - capsular-typing + - serotyping + - sample-scope +--- + +# pneumocat + +**Tags:** pneumocat streptococcus-pneumoniae capsular-typing serotyping sample-scope + +Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina. + +Utiliza o [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) (Pneumococcal Capsular Typing) +para atribuir tipos capsulares a *Streptococcus pneumoniae* usando uma abordagem em duas etapas: primeiro +correspondendo reads a um banco de dados global, depois utilizando uma abordagem baseada em mapeamento +para diferenciação de sorogrupos específicos. + +Usa campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é Path + +:::note[Resultados negativos causarão códigos de saída diferentes de 0 no PneumoCaT] +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path, + r2: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path` | Reads R2 Illumina (paired-end) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + xml: Path?, + txt: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `xml` | `Path?` | Arquivos de resultado do PneumoCaT em formato XML | +| `txt` | `Path?` | Arquivo contendo informações de cobertura ao longo dos genes | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com versões dos programas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [pneumocat](/developers/subworkflows/pneumocat) - Realiza a tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS. + +### Workflows + +- [pneumocat](/bactopia-tools/pneumocat) - Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) + Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK [Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline.](https://doi.org/10.7717/peerj.2477) PeerJ, 4, e2477. (2016) + +- [Bowtie2](https://github.com/BenLangmead/bowtie2) + Langmead B, Salzberg SL [Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.1923) _Nat. Methods._ 9, 357-359 (2012) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/pneumocat) + +## Versão + +```yaml +PNEUMOCAT: + - pneumocat: 1.2.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/prokka.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/prokka.mdx new file mode 100644 index 00000000..60815fcb --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/prokka.mdx @@ -0,0 +1,166 @@ +--- +title: prokka +description: "Anotar genomas procarióticos." +tags: + - prokka + - annotation + - prokaryotic + - bacteria + - genbank + - gff + - sample-scope +--- + +# prokka + +**Tags:** prokka annotation prokaryotic bacteria genbank gff sample-scope + +Anotar genomas procarióticos. + +Utiliza o [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) para anotar rapidamente genomas bacterianos, archaeais +e virais, produzindo arquivos de saída compatíveis com padrões, incluindo GFF3, GenBank e Sequin. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-------------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +proteins: Path? +prodigal_tf: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `proteins` | `Path?` | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiramente | +| `prodigal_tf` | `Path?` | Arquivo de treinamento a ser usado para predição de genes | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + gff: Path, + gbff: Path, + fna: Path, + faa: Path, + ffn: Path, + sqn: Path, + fsa: Path, + tbl: Path, + txt: Path, + tsv: Path, + blastdb: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-------------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `gff` | `Path` | Anotação no formato GFF3, contendo tanto sequências quanto anotações | +| `gbff` | `Path` | Anotação no formato GenBank, contendo tanto sequências quanto anotações | +| `fna` | `Path` | Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências de contigs de entrada | +| `faa` | `Path` | Arquivo FASTA de proteínas das sequências CDS traduzidas | +| `ffn` | `Path` | Arquivo FASTA de nucleotídeos de todos os transcritos preditos (CDS, rRNA, tRNA, tmRNA, misc_RNA) | +| `sqn` | `Path` | Arquivo no formato ASN1 "Sequin" para submissão ao GenBank | +| `fsa` | `Path` | Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências de contigs de entrada, utilizado pelo tbl2asn | +| `tbl` | `Path` | Arquivo de Tabela de Features para submissão ao NCBI | +| `txt` | `Path` | Estatísticas resumidas relacionadas às features anotadas encontradas | +| `tsv` | `Path` | Arquivo separado por tabulação de todas as features (locus_tag, ftype, len_bp, gene, EC_number, COG, product) | +| `blastdb` | `Path` | Um arquivo tar.gz comprimido de bancos de dados BLAST+ dos contigs, genes e proteínas | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Prokka + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|---------|-------------| +| `--prokka_proteins` | string | `${projectDir}/data/proteins.faa` | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiramente | +| `--prokka_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--prokka_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--prokka_centre` | string | `Bactopia` | ID do centro de sequenciamento | +| `--prokka_coverage` | integer | `80` | Cobertura mínima na proteína de consulta | +| `--prokka_evalue` | string | `1e-09` | Limite de e-value para similaridade | +| `--prokka_opts` | string | | Opções extras do Prokka entre aspas. | +| `--prokka_debug` | boolean | `false` | Ativar modo de depuração para o Prokka | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [prokka](/developers/subworkflows/prokka) - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. + +### Workflows + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma central. +- [prokka](/bactopia-tools/prokka) - Anotação rápida de genoma completo de genomas bacterianos, archaeais e virais. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) + Seemann T [Prokka: rapid prokaryotic genome annotation](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153) _Bioinformatics_ 30, 2068-2069 (2014) + +- [Aragorn](http://130.235.244.92/ARAGORN/Downloads/) + Laslett D, Canback B [ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/nar/gkh152) _Nucleic Acids Res_. 32(1):11-6 (2004) + +- [Barrnap](https://github.com/tseemann/barrnap) + Seemann T [Barrnap: Bacterial ribosomal RNA predictor](https://github.com/tseemann/barrnap) (GitHub) + +- [CD-HIT](https://github.com/weizhongli/cdhit) + Li W, Godzik A [Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btl158). _Bioinformatics_ 22, 1658-1659 (2006) + +- [HMMER](http://hmmer.org/) + Eddy SR [Accelerated Profile HMM Searches.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195) _PLoS Comput. Biol._ 7, e1002195 (2011) + +- [Infernal](http://eddylab.org/infernal/) + Nawrocki EP, Eddy SR [Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt509) _Bioinformatics_ 29(22), 2933-2935 (2013) + +- [MinCED](https://github.com/ctSkennerton/minced) + Skennerton C [MinCED: Mining CRISPRs in Environmental Datasets](https://github.com/ctSkennerton/minced) (GitHub) + +- [nhmmer](http://hmmer.org/) + Wheeler TJ, Eddy SR [nhmmer: DNA homology search with profile HMMs.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt403) _Bioinformatics_ 29, 2487-2489 (2013) + +- [Prodigal](https://github.com/hyattpd/Prodigal) + Hyatt D, Chen G-L, LoCascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ [Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119) _BMC Bioinformatics_ 11.1 119 (2010) + +- [RNAmmer](http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/) + Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Stærfeldt H-H, Rognes T, Ussery DW [RNAmmer: consistent annotation of rRNA genes in genomic sequences.](https://dx.doi.org/10.1093%2Fnar%2Fgkm160) _Nucleic Acids Res_ 35.9: 3100-3108 (2007) + +- [SignalP](http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/) + Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H [SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions.](https://doi.org/10.1038/nmeth.1701) _Nature methods_ 8.10: 785 (2011) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/prokka) + +## Versão + +```yaml +PROKKA: + - prokka: 1.15.6 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/quast.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/quast.mdx new file mode 100644 index 00000000..a43a8ca8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/quast.mdx @@ -0,0 +1,98 @@ +--- +title: quast +description: "Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas." +tags: + - quast + - assembly + - quality-control + - n50 + - metrics + - sample-scope +--- + +# quast + +**Tags:** quast assembly quality-control n50 metrics sample-scope + +Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas. + +Usa o [QUAST](https://github.com/ablab/quast) para avaliar montagens de genomas calculando diversas +métricas como N50, contagem de genes e tamanho da montagem. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path, + tsv_meta: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | +| `tsv_meta` | `Path` | Arquivo de metadados contendo informações sobre o tamanho de referência | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Relatório transposto no formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Quast + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--quast_contig_thresholds` | string | `0,1000,10000,100000,250000,1000000` | Lista de limites de comprimento de contig separados por vírgula | +| `--quast_plots_format` | string | `pdf` | Salvar gráficos no formato especificado (opções: `emf`, `eps`, `pdf`, `png`, `ps`, `raw`, `rgba`, `svg`, `svgz`) | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [quast](/developers/subworkflows/quast) - Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST. + +### Workflows + +- [quast](/bactopia-tools/quast) - Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [QUAST](http://quast.sourceforge.net/) + Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G [QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086) _Bioinformatics_ 29, 1072-1075 (2013) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/quast) + +## Versão + +```yaml +QUAST: + - quast: 5.3.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_heatmap.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_heatmap.mdx new file mode 100644 index 00000000..2abce5b4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_heatmap.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: rgi_heatmap +description: "Crie mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência." +tags: + - resistance + - antimicrobial-resistance + - card + - rgi + - heatmap + - visualization + - run-scope +--- + +# rgi_heatmap + +**Tags:** resistance antimicrobial-resistance card rgi heatmap visualization run-scope + +Crie mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência. + +Utiliza o [RGI](https://github.com/arpcard/rgi) (Resistance Gene Identifier) para gerar +mapas de calor que visualizam a presença ou ausência de genes de resistência antimicrobiana +em múltiplas amostras com base nos resultados JSON do RGI. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + json: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `json` | `Set` | Lista de resultados do RGI em formato JSON | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + heatmap: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `heatmap` | `Set` | Arquivos de mapa de calor em vários formatos (CSV, EPS, PNG) | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [rgi](/developers/subworkflows/rgi) - Prediz resistência antimicrobiana a partir de dados proteicos ou nucleotídicos. + +### Workflows + +- [rgi](/bactopia-tools/rgi) - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) + Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/rgi/heatmap) + +## Versão + +```yaml +RGI_HEATMAP: + - rgi: 6.0.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_main.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_main.mdx new file mode 100644 index 00000000..b1c7d9a7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/rgi_main.mdx @@ -0,0 +1,107 @@ +--- +title: rgi_main +description: "Prever resistência a antibióticos a partir de montagens." +tags: + - resistance + - antimicrobial-resistance + - card + - rgi + - amr + - sample-scope +--- + +# rgi_main + +**Tags:** resistance antimicrobial-resistance card rgi amr sample-scope + +Prever resistência a antibióticos a partir de montagens. + +Utiliza o [RGI](https://github.com/arpcard/rgi) (Resistance Gene Identifier) para prever +resistomas a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos com base em modelos de homologia e SNP, +usando o Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + json: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do RGI em formato separado por tabulações | +| `json` | `Path?` | Resultados do RGI em formato JSON | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Principais do RGI + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--rgi_use_diamond` | boolean | `false` | Usar DIAMOND para alinhamentos em vez do BLAST | +| `--rgi_include_loose` | boolean | `false` | Incluir hits soltos além dos hits estritos e perfeitos | +| `--rgi_exclude_nudge` | boolean | `false` | Excluir hits deslocados de soltos para estritos | +| `--rgi_frequency` | boolean | `false` | Representar amostras com base no perfil de resistência | +| `--rgi_category` | string | | Organizar genes de resistência com base em uma categoria (opções: `drug_class`, `resistance_mechanism`, `gene_family`) | +| `--rgi_cluster` | string | | Usar o algoritmo de agrupamento hierárquico do SciPy para agrupar linhas (genes de AMR) ou colunas (amostras) (opções: `samples`, `genes`, `both`) | +| `--rgi_display` | string | `plain` | Especificar opções de exibição para categorias (opções: `plain`, `fill`, `text`) | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [rgi](/developers/subworkflows/rgi) - Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos. + +### Workflows + +- [rgi](/bactopia-tools/rgi) - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) + Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +- [DIAMOND](https://github.com/bbuchfink/diamond) + Buchfink B, Xie C, Huson DH [Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3176) _Nat. Methods._ 12, 59-60 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/rgi/main) + +## Versão + +```yaml +RGI_MAIN: + - rgi: 6.0.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/roary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/roary.mdx new file mode 100644 index 00000000..b392acf8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/roary.mdx @@ -0,0 +1,101 @@ +--- +title: roary +description: "Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala." +tags: + - pangenome + - orthology + - core-genome + - alignment + - bacteria + - run-scope +--- + +# roary + +**Tags:** pangenome orthology core-genome alignment bacteria run-scope + +Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala. + +Utiliza o [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) para calcular o pan-genoma de +uma coleção de montagens procarióticas anotadas. Gera um alinhamento de genes do core e uma +tabela de presença/ausência de genes. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + gff: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | `Set` | Lista de arquivos GFF3 a serem analisados (tipicamente do Prokka) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path?, + csv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `aln` | `Path?` | Alinhamento do genoma core no formato FASTA | +| `csv` | `Path?` | Tabela de presença/ausência de genes | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Roary + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--roary_use_prank` | boolean | `false` | Usar PRANK em vez de MAFFT para o gene core | +| `--use_roary` | boolean | `false` | Usar Roary em vez de PIRATE no subworkflow 'pangenome' | +| `--roary_i` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade para blastp | +| `--roary_cd` | integer | `99` | Percentual de isolados em que um gene deve estar presente para ser considerado core | +| `--roary_g` | integer | `50000` | Número máximo de clusters | +| `--roary_s` | boolean | `false` | Não dividir parálogos | +| `--roary_ap` | boolean | `false` | Permitir parálogos no alinhamento core | +| `--roary_iv` | number | `1.5` | Valor de inflação MCL | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [roary](/developers/subworkflows/roary) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) + Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J [Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv421) _Bioinformatics_ 31, 3691-3693 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/roary) + +## Versão + +```yaml +ROARY: + - roary: 3.13.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sccmec.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sccmec.mdx new file mode 100644 index 00000000..dd811378 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sccmec.mdx @@ -0,0 +1,107 @@ +--- +title: sccmec +description: "Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus." +tags: + - sccmec + - staphylococcus-aureus + - mrsa + - antimicrobial-resistance + - typing + - sample-scope +--- + +# sccmec + +**Tags:** sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope + +Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus. + +Utiliza o [SCCmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) para identificar o elemento +Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de *Staphylococcus aureus*. +O tipo é previsto com base na presença de complexos gênicos específicos de *mec* e *ccr*. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + targets: Path, + target_details: Path, + regions: Path, + regions_details: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo principal de resultados com a tipagem SCCmec | +| `targets` | `Path` | Resultados BLAST para sequências-alvo | +| `target_details` | `Path` | Resultados detalhados para correspondências de alvos | +| `regions` | `Path` | Resultados BLAST para regiões SCCmec | +| `regions_details` | `Path` | Resultados detalhados para correspondências de regiões SCCmec | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | inteiro | `90` | Identidade percentual mínima para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | inteiro | `80` | Cobertura percentual mínima para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | inteiro | `85` | Identidade percentual mínima para contar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | inteiro | `93` | Cobertura percentual mínima para contar um hit de região | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [sccmec](/developers/subworkflows/sccmec) - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus. + +### Workflows + +- [sccmec](/bactopia-tools/sccmec) - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) + Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/sccmec) + +## Versão + +```yaml +SCCMEC: + - sccmec: 1.2.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/scoary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/scoary.mdx new file mode 100644 index 00000000..2d9016d6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/scoary.mdx @@ -0,0 +1,107 @@ +--- +title: scoary +description: "Estudos de associação pan-genômica ampla." +tags: + - scoary + - pangenome + - gwas + - association + - bacteria + - roary + - run-scope +--- + +# scoary + +**Tags:** scoary pangenome gwas association bacteria roary run-scope + +Estudos de associação pan-genômica ampla. + +Utiliza o [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary) para pontuar os componentes do pan-genoma +em relação a associações com características (fenótipos) especificadas. Foi desenvolvido para funcionar com a +saída de presença/ausência de genes do Roary. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `csv` | `Path` | Arquivo CSV de presença/ausência de genes (tipicamente gerado pelo Roary) | + +``` +traits: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `traits` | `Path` | Arquivo CSV contendo informações de características das amostras | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Scoary + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--scoary_traits` | string | | Tabela de características de entrada (CSV) para testar associações | +| `--scoary_p_value_cutoff` | number | `0.05` | Para testes estatísticos, genes com valores de p maiores não serão reportados | +| `--scoary_correction` | string | `I` | Aplica a medida de filtragem indicada. (opções: `I`, `B`, `BH`, `PW`, `EPW`, `P`) | +| `--scoary_permute` | integer | `0` | Realiza N permutações dos resultados significativos após a análise | +| `--scoary_start_col` | integer | `15` | Em qual coluna do arquivo de presença/ausência de genes as informações individuais de cada cepa começam | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [scoary](/developers/subworkflows/scoary) - Estudos de associação pan-genômica ampla. + +### Workflows + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do core-genoma. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary) + Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V [Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary.](https://doi.org/10.1186/s13059-016-1108-8) _Genome Biol._ 17:238 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/scoary) + +## Versão + +```yaml +SCOARY: + - scoary: 1.6.16 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seqsero2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seqsero2.mdx new file mode 100644 index 00000000..702df133 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seqsero2.mdx @@ -0,0 +1,99 @@ +--- +title: seqsero2 +description: "Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento genômico." +tags: + - salmonella + - serotype + - prediction + - seqsero2 + - antigen + - sample-scope +--- + +# seqsero2 + +**Tags:** salmonella serotype prediction seqsero2 antigen sample-scope + +Predição de sorotipo de *Salmonella* a partir de dados de sequenciamento genômico. + +Utiliza o [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) para prever sorotipos de *Salmonella* a partir +de reads de sequenciamento brutos ou montagens de genoma, usando marcadores específicos de antígeno O e antígeno H. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Reads FASTQ ou contigs montados | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + txt: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados da predição de sorotipo do SeqSero2 em formato TSV | +| `txt` | `Path` | Resultados da predição de sorotipo do SeqSero2 em formato de texto | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do SeqSero2 + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seqsero2_run_mode` | string | `k` | Fluxo de trabalho a executar. Modo alelo 'a' ou modo k-mer 'k' (opções: `a`, `k`) | +| `--seqsero2_input_type` | string | `assembly` | Formato de entrada a ser analisado. 'assembly' ou 'fastq' (opções: `assembly`, `fastq`) | +| `--seqsero2_bwa_mode` | string | `mem` | Algoritmos para mapeamento com bwa no modo alelo (opções: `mem`, `sam`) | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [seqsero2](/developers/subworkflows/seqsero2) - Prediz sorotipos de *Salmonella* a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [seqsero2](/bactopia-tools/seqsero2) - Predição de sorotipo de *Salmonella* a partir de reads ou montagens de sequenciamento. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) + Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. [SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data.](https://doi.org/10.1128/AEM.01746-19) _Appl Environ Microbiology_ 85(23):e01746-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/seqsero2) + +## Versão + +```yaml +SEQSERO2: + - seqsero2: 1.3.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seroba_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seroba_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..880f0d58 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/seroba_run.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: seroba_run +description: "Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer." +tags: + - streptococcus-pneumoniae + - serotype + - k-mer + - prediction + - seroba + - sample-scope +--- + +# seroba_run + +**Tags:** streptococcus-pneumoniae serotype k-mer prediction seroba sample-scope + +Sorotipagem de *Streptococcus pneumoniae* baseada em k-mer. + +Utiliza o [SeroBA](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) para identificar o sorotipo de +*Streptococcus pneumoniae* a partir de reads paired-end Illumina usando uma abordagem baseada em k-mer. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer que o banco de dados do SeroBA seja configurado com `seroba createDBs` antes da execução. +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path, + r2: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path` | Reads R2 Illumina (paired-end) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados da predição de sorotipo com o sorotipo previsto e confiança em formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do SeroBA + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--seroba_noclean` | boolean | `false` | Não remover arquivos intermediários | +| `--seroba_coverage` | integer | `20` | Limite para cobertura de k-mer da sequência de referência | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [seroba](/developers/subworkflows/seroba) - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae. + +### Workflows + +- [seroba](/bactopia-tools/seroba) - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end Illumina. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) + Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA [SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000186) _Microbial Genomics_, 4(7) (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/seroba/run) + +## Versão + +```yaml +SEROBA_RUN: + - seroba: 1.0.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigapass.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigapass.mdx new file mode 100644 index 00000000..8c5387ec --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigapass.mdx @@ -0,0 +1,90 @@ +--- +title: shigapass +description: "Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC." +tags: + - shigella + - eiec + - serotype + - virulence + - prediction + - sample-scope +--- + +# shigapass + +**Tags:** shigella eiec serotype virulence prediction sample-scope + +Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC. + +Utiliza o [ShigaPass](https://github.com/Munch-Lab/ShigaPass) para identificar sorotipos de *Shigella* e +distinguir espécies de *Shigella* de *Escherichia coli* Enteroinvasiva (EIEC) usando marcadores +genômicos específicos a partir de contigs montados. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + flex_tsv: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados resumidos do ShigaPass no formato TSV | +| `flex_tsv` | `Path?` | Resultados resumidos do ShigaPass Flex no formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [shigapass](/developers/subworkflows/shigapass) - Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens. + +### Workflows + +- [shigapass](/bactopia-tools/shigapass) - Previsão de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [shigapass](https://github.com/imanyass/ShigaPass) + Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX [ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies.](https://doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000961) _Microb Genomics_ 9(3) (2023) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/shigapass) + +## Versão + +```yaml +SHIGAPASS: + - shigapass: 1.5.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..e5bd0f9e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigatyper.mdx @@ -0,0 +1,100 @@ +--- +title: shigatyper +description: "Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore." +tags: + - shigella + - serotype + - typing + - illumina + - nanopore + - reads + - sample-scope +--- + +# shigatyper + +**Tags:** shigella serotype typing illumina nanopore reads sample-scope + +Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore. + +Utiliza o [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) para determinar o sorotipo +de isolados de *Shigella* usando reads paired-end Illumina ou reads longas Oxford Nanopore. Detecta +genes e marcadores específicos de sorotipo para fornecer uma predição do sorotipo. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + hits: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados da predição de sorotipo do ShigaTyper em formato TSV | +| `hits` | `Set` | Hits detalhados de genes da análise do ShigaTyper | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [shigatyper](/developers/subworkflows/shigatyper) - Prediz sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens. + +### Workflows + +- [shigatyper](/bactopia-tools/shigatyper) - Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) + Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J [In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification.](https://doi.org/10.1128/AEM.00165-19) *Applied and Environmental Microbiology*, 85(7). (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/shigatyper) + +## Versão + +```yaml +SHIGATYPER: + - shigatyper: 2.0.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigeifinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigeifinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..0ce71fcf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/shigeifinder.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: shigeifinder +description: "Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens." +tags: + - shigella + - eiec + - serotype + - identification + - cluster + - virulence + - sample-scope +--- + +# shigeifinder + +**Tags:** shigella eiec serotype identification cluster virulence sample-scope + +Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens. + +Usa o [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) para diferenciar *Shigella* e +*E. coli* enteroinvasiva (EIEC) e prever seus sorotipos a partir de montagens de genomas. Utiliza +genes marcadores específicos de cluster para distinguir esses patovares intimamente relacionados. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do ShigEiFinder em formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [shigeifinder](/developers/subworkflows/shigeifinder) - Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens. + +### Workflows + +- [shigeifinder](/bactopia-tools/shigeifinder) - Predição de sorotipo in silico para Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC). + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) + Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R [Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000704) Microbial Genomics, 7(12). (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/shigeifinder) + +## Versão + +```yaml +SHIGEIFINDER: + - shigeifinder: 1.3.5 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sistr.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sistr.mdx new file mode 100644 index 00000000..fd7e2f1e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sistr.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: sistr +description: "Predição de sorovar de montagens de Salmonella." +tags: + - salmonella + - serotype + - cgmlst + - typing + - prediction + - sample-scope +--- + +# sistr + +**Tags:** salmonella serotype cgmlst typing prediction sample-scope + +Predição de sorovar de montagens de Salmonella. + +Utiliza o [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) (Salmonella In Silico Typing Resource) para +predizer sorovares de *Salmonella* a partir de montagens de genomas rascunho usando tipagem por +sequência Multi-Locus do genoma central (cgMLST). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + allele_fasta: Path, + allele_json: Path, + cgmlst_csv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados de predição do SISTR em formato TSV | +| `allele_fasta` | `Path` | Alelos novos em formato FASTA | +| `allele_json` | `Path` | Alelos em formato JSON | +| `cgmlst_csv` | `Path` | Perfil cgMLST em formato CSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do SISTR + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sistr_full_cgmlst` | boolean | `false` | Utiliza o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [sistr](/developers/subworkflows/sistr) - Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource. + +### Workflows + +- [sistr](/bactopia-tools/sistr) - Predição de sorovar de Salmonella enterica a partir de montagens. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) + Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN [The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147101) _PloS One_, 11(1), e0147101. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/sistr) + +## Versão + +```yaml +SISTR: + - sistr_cmd: 1.1.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_core.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_core.mdx new file mode 100644 index 00000000..b26f8959 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_core.mdx @@ -0,0 +1,155 @@ +--- +title: snippy_core +description: "Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy." +tags: + - snippy + - core-genome + - alignment + - phylogeny + - snp + - bacteria + - run-scope +--- + +# snippy_core + +**Tags:** snippy core-genome alignment phylogeny snp bacteria run-scope + +Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy. + +Utiliza o [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) para gerar um alinhamento do +genoma core a partir de múltiplas saídas do Snippy. Combina chamadas de variantes (VCF) +e alinhamentos para produzir um alinhamento core de SNPs, que pode ser usado para +análise filogenética. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + _vcf: Set, + _aligned_fa: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `_vcf` | `Set` | Lista de arquivos VCF gerados pelo Snippy | +| `_aligned_fa` | `Set` | Lista de arquivos FASTA alinhados gerados pelo Snippy | + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da referência | +| `reference` | `Path` | Genoma de referência (formato FASTA ou GenBank) | + +``` +reference: Path +mask: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `mask` | `Path?` | Arquivo BED de regiões a serem mascaradas no alinhamento | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + supplemental: Set, + aln: Path, + full_aln: Path, + clean_full_aln: Path, + tab: Path, + vcf: Path, + txt: Path, + samples: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `supplemental` | `Set` | Arquivos suplementares incluindo alinhamentos individuais de cada amostra | +| `aln` | `Path` | Alinhamento core de SNPs no formato FASTA | +| `full_aln` | `Path` | Alinhamento de SNPs do genoma completo (inclui sítios invariantes) | +| `clean_full_aln` | `Path` | Alinhamento de SNPs do genoma completo (inclui sítios invariantes) com Ns | +| `tab` | `Path` | Lista separada por tabulações de sítios core de SNPs com alelos (sem anotações) | +| `vcf` | `Path` | Arquivo VCF multi-amostras com tags de genótipo GT para todos os alelos descobertos | +| `txt` | `Path` | Lista separada por tabulações com estatísticas de alinhamento e tamanho do core | +| `samples` | `Path` | Lista de amostras incluídas no alinhamento core | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos de programas (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Snippy-Core + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--snippy_core_maxhap` | integer | `100` | Maior haplótipo a ser decomposto | +| `--snippy_core_mask` | string | | Arquivo BED de sítios a serem mascarados | +| `--snippy_core_mask_char` | string | `X` | Caractere de mascaramento | +| `--snippy_core_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o snippy-core | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [snippy_core](/developers/subworkflows/snippy_core) - Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas do Snippy por amostra. + +### Workflows + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em suas análises, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) + Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +- [BCFtools](https://github.com/samtools/bcftools) + Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, Marshall J, Ohan V, Pollard MO, Whitwham A, Keane T, McCarthy SA, Davies RM, Li H [Twelve years of SAMtools and BCFtools](https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008) _GigaScience_ Volume 10, Issue 2 (2021) + +- [Bedtools](https://github.com/arq5x/bedtools2) + Quinlan AR, Hall IM [BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033). _Bioinformatics_ 26, 841-842 (2010) + +- [freebayes](https://github.com/ekg/freebayes) + Garrison E, Marth G [Haplotype-based variant detection from short-read sequencing.](https://arxiv.org/abs/1207.3907) arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012) + +- [Seqtk](https://github.com/lh3/seqtk) + Li H [Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats](https://github.com/lh3/seqtk) (GitHub) + +- [SnpEff](http://snpeff.sourceforge.net/) + Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Douglas M [A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3.](https://doi.org/10.4161/fly.19695) _Fly_ 6(2), 80-92 (2012) + +- [VCF-Annotator](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) + Petit III RA [VCF-Annotator: Add biological annotations to variants in a VCF file.](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) (GitHub) + +- [Vcflib](https://github.com/vcflib/vcflib) + Garrison E [Vcflib: A C++ library for parsing and manipulating VCF files](https://github.com/vcflib/vcflib) (GitHub) + +- [vt](https://github.com/atks/vt) + Tan A, Abecasis GR, Kang HM [Unified representation of genetic variants.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv112) _Bioinformatics_ 31(13), 2202-2204 (2015) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/snippy/core) + +## Versão + +```yaml +SNIPPY_CORE: + - bactopia-variants: 1.0.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..1611cba2 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snippy_run.mdx @@ -0,0 +1,183 @@ +--- +title: snippy_run +description: "Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central." +tags: + - snippy + - variant-calling + - snp + - indel + - alignment + - bacteria + - sample-scope +--- + +# snippy_run + +**Tags:** snippy variant-calling snp indel alignment bacteria sample-scope + +Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central. + +Utiliza o [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) para encontrar SNPs e indels entre um +genoma de referência haploide e as suas reads de sequenciamento de Nova Geração (NGS). Ele mapeia +as reads para a referência, realiza a chamada de variantes e gera uma sequência consenso. + +Usa campos de registro posicional explícitos para as reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se) onde cada slot de leitura é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da referência | +| `reference` | `Path` | Genoma de referência (formato FASTA ou GenBank) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + aligned_fa: Path?, + vcf: Path?, + aligned_fa_error: Path?, + vcf_error: Path?, + error: Path?, + annotated_vcf: Path, + bam: Path?, + bai: Path?, + bed: Path, + consensus_fa: Path, + consensus_subs_fa: Path, + consensus_subs_masked_fa: Path, + coverage: Path, + csv: Path, + filt_vcf: Path, + gff: Path, + html: Path, + raw_vcf: Path, + subs_vcf: Path, + tab: Path, + txt: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `aligned_fa` | `Path?` | Uma versão da referência com - nas posições com cobertura zero | +| `vcf` | `Path?` | As variantes anotadas finais em formato VCF | +| `aligned_fa_error` | `Path?` | Arquivo FASTA alinhado gerado durante estado de erro | +| `vcf_error` | `Path?` | Arquivo VCF gerado durante estado de erro | +| `error` | `Path?` | Arquivo de texto com log de erros | +| `annotated_vcf` | `Path` | Arquivo VCF anotado | +| `bam` | `Path?` | Os alinhamentos em formato BAM (inclui reads não mapeadas/multimapeadas) | +| `bai` | `Path?` | Índice do arquivo BAM | +| `bed` | `Path` | As variantes em formato BED | +| `consensus_fa` | `Path` | Genoma de referência com todas as variantes instanciadas | +| `consensus_subs_fa` | `Path` | Genoma de referência com apenas as variantes de substituição instanciadas | +| `consensus_subs_masked_fa` | `Path` | Genoma de referência com substituições instanciadas e baixa cobertura mascarada | +| `coverage` | `Path` | Informações de profundidade de cobertura por base | +| `csv` | `Path` | Um resumo das variantes separado por vírgulas | +| `filt_vcf` | `Path` | As chamadas de variantes filtradas do Freebayes | +| `gff` | `Path` | As variantes em formato GFF3 | +| `html` | `Path` | Um resumo HTML das variantes | +| `raw_vcf` | `Path` | As chamadas de variantes não filtradas do Freebayes | +| `subs_vcf` | `Path` | VCF contendo apenas variantes de substituição | +| `tab` | `Path` | Um resumo simples separado por tabulações de todas as variantes | +| `txt` | `Path` | Lista colunar separada por tabulações com estatísticas de alinhamento | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos de cada programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Snippy Run + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--reference` | string | | Genoma de referência no formato GenBank | +| `--snippy_mapqual` | integer | `60` | Qualidade mínima de mapeamento de leitura a considerar | +| `--snippy_basequal` | integer | `13` | Qualidade mínima de base a considerar | +| `--snippy_mincov` | integer | `10` | Profundidade mínima do sítio para chamada de alelos | +| `--snippy_minfrac` | integer | `0` | Proporção mínima para evidência de variante (0=AUTO) | +| `--snippy_minqual` | integer | `100` | QUALIDADE mínima na coluna 6 do VCF | +| `--snippy_maxsoft` | integer | `10` | Máximo de soft clipping permitido | +| `--snippy_bwaopt` | string | | Opções extras do BWA MEM, ex.: -x pacbio | +| `--snippy_fbopt` | string | | Opções extras do Freebayes, ex.: --theta 1E-6 --read-snp-limit 2 | +| `--snippy_remove_bam` | boolean | `false` | Excluir arquivos BAM após a chamada de variantes | +| `--snippy_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Snippy | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [snippy_run](/developers/subworkflows/snippy_run) - Chamar variantes contra um genoma de referência usando o Snippy. + +### Workflows + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes haplotípicas e alinhamento do genoma central. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) + Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +- [BCFtools](https://github.com/samtools/bcftools) + Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, Marshall J, Ohan V, Pollard MO, Whitwham A, Keane T, McCarthy SA, Davies RM, Li H [Twelve years of SAMtools and BCFtools](https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008) _GigaScience_ Volume 10, Issue 2 (2021) + +- [Bedtools](https://github.com/arq5x/bedtools2) + Quinlan AR, Hall IM [BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033). _Bioinformatics_ 26, 841-842 (2010) + +- [freebayes](https://github.com/ekg/freebayes) + Garrison E, Marth G [Haplotype-based variant detection from short-read sequencing.](https://arxiv.org/abs/1207.3907) arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012) + +- [Seqtk](https://github.com/lh3/seqtk) + Li H [Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats](https://github.com/lh3/seqtk) (GitHub) + +- [SnpEff](http://snpeff.sourceforge.net/) + Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Douglas M [A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3.](https://doi.org/10.4161/fly.19695) _Fly_ 6(2), 80-92 (2012) + +- [VCF-Annotator](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) + Petit III RA [VCF-Annotator: Add biological annotations to variants in a VCF file.](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) (GitHub) + +- [Vcflib](https://github.com/vcflib/vcflib) + Garrison E [Vcflib: A C++ library for parsing and manipulating VCF files](https://github.com/vcflib/vcflib) (GitHub) + +- [vt](https://github.com/atks/vt) + Tan A, Abecasis GR, Kang HM [Unified representation of genetic variants.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv112) _Bioinformatics_ 31(13), 2202-2204 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/snippy/run) + +## Versão + +```yaml +SNIPPY_RUN: + - bactopia-variants: 1.0.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snpdists.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snpdists.mdx new file mode 100644 index 00000000..a5eda5cd --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/snpdists.mdx @@ -0,0 +1,94 @@ +--- +title: snpdists +description: "Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências." +tags: + - snp + - distance + - matrix + - alignment + - phylogeny + - run-scope +--- + +# snpdists + +**Tags:** snp distance matrix alignment phylogeny run-scope + +Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências. + +Utiliza o [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) para ler um alinhamento FASTA e +calcular uma matriz de distância de SNP par a par entre todas as sequências. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + aln: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | `Path` | Alinhamento múltiplo de sequências no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Matriz de distância de SNP par a par no formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do SNP-Dists + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--snpdists_a` | boolean | `false` | Conta todas as diferenças, não apenas [AGTC] | +| `--snpdists_b` | boolean | `false` | Mantém a célula do canto superior esquerdo | +| `--snpdists_csv` | boolean | `false` | Gera saída em CSV em vez de TSV | +| `--snpdists_k` | boolean | `false` | Preserva maiúsculas/minúsculas, sem converter todas as letras para maiúsculas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) - Calcula distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequências. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Código-fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/snpdists) + +## Versão + +```yaml +SNPDISTS: + - snp-dists: 1.2.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/spatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/spatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..ffc26839 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/spatyper.mdx @@ -0,0 +1,111 @@ +--- +title: spatyper +description: "Encontrando tipos spa em Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - spa-typing + - repeat + - mrsa + - typing + - sample-scope +--- + +# spatyper + +**Tags:** staphylococcus-aureus spa-typing repeat mrsa typing sample-scope + +Encontrando tipos spa em Staphylococcus aureus. + +Utiliza o [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) para determinar o tipo *spa* +de genomas de *Staphylococcus aureus*, identificando as repetições na região X polimórfica +do gene da proteína A (*spa*). + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +repeats: Path? +repeat_order: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `repeats` | `Path?` | Arquivo personalizado de sequências de repetição | +| `repeat_order` | `Path?` | Arquivo personalizado de ordem de repetição | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados da tipagem spa em formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista de tipos spa e ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realizar enriquecimento do produto de PCR | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [spatyper](/developers/subworkflows/spatyper) - Prediz tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma. + +### Workflows + +- [spatyper](/bactopia-tools/spatyper) - Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) + Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +- [spaTyper Database](https://cge.food.dtu.dk/services/spatyper/) + Harmsen D, Claus H, Witte W, Rothgänger J, Claus H, Turnwald D, and Vogel U [Typing of methicillin-resistant _Staphylococcus aureus_ in a university hospital setting using a novel software for spa-repeat determination and database management.](https://doi.org/10.1128/jcm.41.12.5442-5448.2003) _J. Clin. Microbiol._ 41:5442-5448 (2003) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/spatyper) + +## Versão + +```yaml +SPATYPER: + - spatyper: 0.3.3 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_initdb.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_initdb.mdx new file mode 100644 index 00000000..165549fb --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_initdb.mdx @@ -0,0 +1,66 @@ +--- +title: srahumanscrubber_initdb +description: "Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanas para o SRA Human Scrubber." +tags: + - human + - database + - scrubber + - ncbi + - download + - sample-scope +--- + +# srahumanscrubber_initdb + +**Tags:** human database scrubber ncbi download sample-scope + +Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanas para o SRA Human Scrubber. + +Utiliza o [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) para baixar e +inicializar o banco de dados de k-mers necessário para remover reads humanas dos +dados de sequenciamento. + +:::note[Conexão com a Internet Necessária] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar o banco de dados no FTP do NCBI. +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Os arquivos do banco de dados do SRA Human Scrubber inicializados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [srahumanscrubber](/developers/subworkflows/srahumanscrubber) - Remove contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/srahumanscrubber/initdb) + +## Versão + +```yaml +SRAHUMANSCRUBBER_INITDB: + - sra-human-scrubber: 2.2.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_scrub.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_scrub.mdx new file mode 100644 index 00000000..e705402f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/srahumanscrubber_scrub.mdx @@ -0,0 +1,120 @@ +--- +title: srahumanscrubber_scrub +description: "Remover reads humanas de arquivos FASTQ." +tags: + - human + - contamination + - scrubber + - decontamination + - ncbi + - sra + - sample-scope +--- + +# srahumanscrubber_scrub + +**Tags:** human contamination scrubber decontamination ncbi sra sample-scope + +Remover reads humanas de arquivos FASTQ. + +Utiliza o [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) para identificar e remover +reads humanas de dados de sequenciamento. Baseia-se em um banco de dados específico de k-mers para mascarar ou remover +sequências que se alinham a referências humanas. + +Utiliza parâmetros nomeados posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de reads é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Diretório do banco de dados do SRA Human Scrubber | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + special_meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path?, + scrub_report: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `special_meta` | `Record` | Um registro de metadados simplificado para junção de relatórios downstream | +| `r1` | `Path?` | Reads forward paired-end após scrubbing | +| `r2` | `Path?` | Reads reverse paired-end após scrubbing | +| `se` | `Path?` | Reads single-end após scrubbing | +| `lr` | `Path?` | Reads longas após scrubbing | +| `scrub_report` | `Path?` | Relatório com estatísticas do scrubbing | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do SRA Human Scrubber + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_srascrubber` | boolean | `false` | Usar SRAHumanScrubber para remover reads humanas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [srahumanscrubber](/developers/subworkflows/srahumanscrubber) - Remover contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/srahumanscrubber/scrub) + +## Versão + +```yaml +SRAHUMANSCRUBBER_SCRUB: + - bactopia-teton: 1.1.4 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ssuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ssuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..ebabbbf9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/ssuissero.mdx @@ -0,0 +1,87 @@ +--- +title: ssuissero +description: "Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis." +tags: + - streptococcus-suis + - serotype + - typing + - prediction + - sample-scope +--- + +# ssuissero + +**Tags:** streptococcus-suis serotype typing prediction sample-scope + +Predição de sorotipo de montagens de *Streptococcus suis*. + +Utiliza o [SsuisSero](https://github.com/idmc-cnr/SsuisSero) para prever o sorotipo de +cepas de *Streptococcus suis* a partir de montagens genômicas com base na presença de +genes capsulares específicos. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resultados do SsuisSero em formato TSV | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [ssuissero](/developers/subworkflows/ssuissero) - Prevê sorotipos de *Streptococcus suis* a partir de montagens genômicas. + +### Workflows + +- [ssuissero](/bactopia-tools/ssuissero) - Predição de sorotipo de montagens de *Streptococcus suis*. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) + Lui J [SsuisSero: Rapid _Streptococcus suis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/ssuissero) + +## Versão + +```yaml +SSUISSERO: + - ssuissero: 1.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphopiasccmec.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphopiasccmec.mdx new file mode 100644 index 00000000..da413a8d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphopiasccmec.mdx @@ -0,0 +1,92 @@ +--- +title: staphopiasccmec +description: "Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - sccmec + - typing + - mrsa + - primers + - sample-scope +--- + +# staphopiasccmec + +**Tags:** staphylococcus-aureus sccmec typing mrsa primers sample-scope + +Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus. + +Utiliza o [Staphopia SCCmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) para determinar o +tipo de SCCmec em montagens de *Staphylococcus aureus*. Inclui uma abordagem baseada em primers +para identificar os tipos de SCCmec I-XI. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Record com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo TSV com os resultados da tipagem de SCCmec | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Staphopia SCCmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphopiasccmec_hamming` | boolean | `false` | Reportar os resultados como distâncias de Hamming | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [staphopiasccmec](/developers/subworkflows/staphopiasccmec) - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia. + +## Citações + +Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) + Petit III RA, Read TD [_Staphylococcus aureus_ viewed from the perspective of 40,000+ genomes.](http://dx.doi.org/10.7717/peerj.5261) _PeerJ_ 6, e5261 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/staphopiasccmec) + +## Versão + +```yaml +STAPHOPIASCCMEC: + - staphopia-sccmec: 1.0.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphscan.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphscan.mdx new file mode 100644 index 00000000..4cd14412 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/staphscan.mdx @@ -0,0 +1,108 @@ +--- +title: staphscan +description: "Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - surveillance + - mlst + - spa-typing + - sccmec + - amr + - virulence + - sample-scope +--- + +# staphscan + +**Tags:** staphylococcus-aureus surveillance mlst spa-typing sccmec amr virulence sample-scope + +Análise de vigilância genômica de *Staphylococcus aureus*. + +Utiliza o [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) para realizar vigilância +baseada em genoma de *Staphylococcus aureus*, integrando identificação de espécie, MLST, +tipagem *spa*, tipagem SCCmec, tipagem capsular e detecção de genes de virulência, biofilme +e resistência antimicrobiana. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | Diretório de banco de dados MLST personalizado | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Resumo de vigilância por amostra com resultados de MLST, tipo spa, SCCmec, cápsula, AGR, resistência, biofilme e virulência | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do StaphSCAN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphscan_modules` | string | | Lista de módulos a executar, separados por vírgula | +| `--staphscan_db_mlst` | string | | Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [staphscan](/developers/subworkflows/staphscan) - Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +### Workflows + +- [staphscan](/bactopia-tools/staphscan) - Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) + Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/staphscan) + +## Versão + +```yaml +STAPHSCAN: + - staphscan: 0.3.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/stecfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/stecfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..b963b128 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/stecfinder.mdx @@ -0,0 +1,114 @@ +--- +title: stecfinder +description: "Sorotipo de E. coli produtora de Shiga toxina usando reads/montagens." +tags: + - stec + - e.-coli + - virulence + - serotype + - typing + - sample-scope +--- + +# stecfinder + +**Tags:** stec e.-coli virulence serotype typing sample-scope + +Sorotipo de E. coli produtora de Shiga toxina usando reads/montagens. + +Utiliza o [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) para identificar sorotipos e fatores de +virulência de *Escherichia coli* produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens de genomas ou reads de sequenciamento. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo TSV com os resultados dos marcadores gênicos STEC | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do STECFinder + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--stecfinder_use_reads` | boolean | `false` | Reads Illumina paired-end serão usados em vez de montagens | +| `--stecfinder_hits` | boolean | `false` | Exibe resultados detalhados da busca de genes | +| `--stecfinder_cutoff` | number | `10.0` | Cobertura mínima de reads para que o gene seja chamado | +| `--stecfinder_length` | number | `50.0` | Porcentagem do comprimento do gene necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene ipaH necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_ipah_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_stx_length` | number | `10.0` | Porcentagem do comprimento do gene stx necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_stx_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_o_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene wz_ necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_o_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads) | +| `--stecfinder_h_length` | number | `60.0` | Porcentagem do comprimento do gene fliC necessária para uma chamada positiva | +| `--stecfinder_h_depth` | number | `1.0` | Profundidade mínima para chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads) | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [stecfinder](/developers/subworkflows/stecfinder) - Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. + +### Workflows + +- [stecfinder](/bactopia-tools/stecfinder) - Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) + Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R [Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers.](https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.772574) _Frontiers in Cellular and Infection Microbiology_, 11, 772574. (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/stecfinder) + +## Versão + +```yaml +STECFINDER: + - stecfinder: 1.1.2 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sylph_profile.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sylph_profile.mdx new file mode 100644 index 00000000..fdac99ca --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/sylph_profile.mdx @@ -0,0 +1,122 @@ +--- +title: sylph_profile +description: "Perfil de amostras metagenômicas contra um banco de dados usando Sylph." +tags: + - metagenomics + - profiling + - taxonomy + - abundance + - ani + - sylph + - sample-scope +--- + +# sylph_profile + +**Tags:** metagenomics profiling taxonomy abundance ani sylph sample-scope + +Perfil de amostras metagenômicas contra um banco de dados usando Sylph. + +Utiliza o [Sylph](https://github.com/bluenote-1/sylph) para perfilar amostras metagenômicas quanto à +abundância taxonômica e ANI de contenção contra um banco de dados fornecido. Foi projetado para ser +extremamente rápido e eficiente em termos de memória. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Caminho para o arquivo de banco de dados Sylph (*.syldb) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro de informações da amostra | +| `tsv` | `Path` | Arquivo TSV com os resultados do perfil | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do Sylph Profile + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sylph_db` | string | | Caminho para um banco de dados formatado pelo Sylph | +| `--sylph_k` | integer | `31` | Tamanho do k-mer para sketching | +| `--sylph_min_spacing` | integer | `30` | Espaçamento mínimo entre k-mers selecionados nos genomas do banco de dados | +| `--sylph_subsample_rate` | integer | `200` | Taxa de subamostragem para sketching | +| `--sylph_min_ani` | integer | `95` | ANI ajustado mínimo a considerar. Valores menores que 95 para o perfil produzirão resultados imprecisos. | +| `--sylph_min_kmers` | integer | `50` | Excluir genomas com menos do que este número de k-mers amostrados | +| `--sylph_min_correct` | integer | `3` | Multiplicidade mínima de k-mer necessária para correção de cobertura. Valores maiores oferecem mais precisão, mas menor sensibilidade | +| `--sylph_estimate_unknown` | boolean | `false` | Estimar a cobertura real e escalar a abundância de sequências no `profile` pela porcentagem estimada de sequências desconhecidas | +| `--sylph_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o Sylph | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [sylph](/developers/subworkflows/sylph) - Perfilar a composição microbiana usando Sylph. + +### Workflows + +- [sylph](/bactopia-tools/sylph) - Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Sylph](https://github.com/bluenote-1/sylph) + Shaw J, and Yu YW [Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph.](https://doi.org/10.1038/s41587-024-02412-y) _Nature Biotechnology_ (2024) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/sylph/profile) + +## Versão + +```yaml +SYLPH_PROFILE: + - sylph: 0.9.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_collate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_collate.mdx new file mode 100644 index 00000000..85fb0840 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_collate.mdx @@ -0,0 +1,103 @@ +--- +title: tbprofiler_collate +description: "Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras." +tags: + - tuberculosis + - mycobacterium + - drug-resistance + - collate + - summary + - run-scope +--- + +# tbprofiler_collate + +**Tags:** tuberculosis mycobacterium drug-resistance collate summary run-scope + +Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras. + +Utiliza o [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) para agregar resultados de perfilamento de múltiplas amostras em tabelas e arquivos de resumo adequados para visualização filogenética. + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + json: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `json` | `Set` | Lista de arquivos de saída JSON do TB-Profiler | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path, + variants_csv: Path, + variants_txt: Path, + itol: Set, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `csv` | `Path` | Resultados consolidados principais em formato CSV | +| `variants_csv` | `Path` | Variantes consolidadas em formato CSV | +| `variants_txt` | `Path` | Variantes consolidadas em formato de texto | +| `itol` | `Set` | Arquivos formatados para iTOL para visualização | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do TB-Profiler Collate + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_itol` | boolean | `false` | Gerar arquivos de configuração para iTOL | +| `--tbprofiler_full` | boolean | `false` | Incluir mutações no arquivo de resultados principal | +| `--tbprofiler_all_variants` | boolean | `false` | Incluir todas as variantes na matriz de variantes | +| `--tbprofiler_mark_missing` | boolean | `false` | Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em uma posição de resistência a drogas | + +## Utilizado Por + +### Subworkflows + +- [tbprofiler](/developers/subworkflows/tbprofiler) - Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem. + +### Workflows + +- [tbprofiler](/bactopia-tools/tbprofiler) - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) + Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG [Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs.](https://doi.org/10.1186/s13073-019-0650-x) _Genome Med_ 11, 41 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/tbprofiler/collate) + +## Versão + +```yaml +TBPROFILER_COLLATE: + - tb-profiler: 6.7.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_profile.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_profile.mdx new file mode 100644 index 00000000..1b9a2663 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/tbprofiler_profile.mdx @@ -0,0 +1,120 @@ +--- +title: tbprofiler_profile +description: "Detectar resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis." +tags: + - tuberculosis + - mycobacterium + - drug-resistance + - amr + - typing + - variant-calling + - sample-scope +--- + +# tbprofiler_profile + +**Tags:** tuberculosis mycobacterium drug-resistance amr typing variant-calling sample-scope + +Detectar resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis. + +Usa o [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) para perfilar dados de *Mycobacterium tuberculosis* +quanto à resistência a drogas e informações de linhagem, alinhando reads a um genoma de referência e identificando +variantes específicas. + +Usa campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + r1: Path?, + r2: Path?, + se: Path?, + lr: Path? +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | `Path?` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | `Path?` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | `Path?` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | `Path?` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + csv: Path?, + json: Path, + txt: Path?, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `csv` | `Path?` | Resultados em formato CSV | +| `json` | `Path` | Arquivo de resultados JSON comprimido | +| `txt` | `Path?` | Resultados em formato de texto | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo formatado em YAML com versões dos programas | + +## Parâmetros + +### Parâmetros do TB-Profiler Profile + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--tbprofiler_call_whole_genome` | boolean | `false` | Chamar o genoma inteiro | +| `--tbprofiler_mapper` | string | `bwa` | Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados nanopore, o padrão será minimap2 (opções: `bwa`, `minimap2`, `bowtie2`, `bwa-mem2`) | +| `--tbprofiler_caller` | string | `freebayes` | Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: `bcftools`, `gatk`, `freebayes`) | +| `--tbprofiler_calling_params` | string | | Opções extras do chamador de variantes entre aspas | +| `--tbprofiler_suspect` | boolean | `false` | Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML | +| `--tbprofiler_no_flagstat` | boolean | `false` | Não coletar flagstats | +| `--tbprofiler_no_delly` | boolean | `false` | Não executar delly | +| `--tbprofiler_opts` | string | | Opções extras entre aspas para o TBProfiler | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [tbprofiler](/developers/subworkflows/tbprofiler) - Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem. + +### Workflows + +- [tbprofiler](/bactopia-tools/tbprofiler) - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) + Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG [Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs.](https://doi.org/10.1186/s13073-019-0650-x) _Genome Med_ 11, 41 (2019) + +- [freebayes](https://github.com/ekg/freebayes) + Garrison E, Marth G [Haplotype-based variant detection from short-read sequencing.](https://arxiv.org/abs/1207.3907) arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/tbprofiler/profile) + +## Versão + +```yaml +TBPROFILER_PROFILE: + - tb-profiler: 6.7.0 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_download.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_download.mdx new file mode 100644 index 00000000..7624c999 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_download.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: traitar_download +description: "Baixe o banco de dados Pfam necessário pelo Traitar." +tags: + - phenotype + - traits + - pfam + - database + - download + - run-scope +--- + +# traitar_download + +**Tags:** phenotype traits pfam database download run-scope + +Baixe o banco de dados Pfam necessário pelo Traitar. + +Obtém o banco de dados Pfam pré-compilado exigido pelo [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) +para predição de fenótipos microbianos. O banco de dados contém modelos HMM do Pfam utilizados para +anotação de famílias de proteínas durante a predição de características. + +:::note[Conexão com a Internet e Espaço em Disco Necessários] +Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo +para armazenar os arquivos do banco de dados Pfam (~1,2 GB). +::: + +## Saídas + +``` +record ( + db: Path, + logs: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `db` | `Path` | O arquivo HMM Pfam-A para o Traitar | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | + +## Parâmetros + +### Parâmetros de Download do Traitar + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--traitar_db` | string | | Caminho para um banco de dados do Traitar (deve conter o arquivo Pfam-A.hmm) | +| `--download_traitar` | boolean | `false` | Baixa o banco de dados Pfam para o caminho especificado em --traitar_db | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [traitar](/developers/subworkflows/traitar) - Prediz características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +### Workflows + +- [traitar](/bactopia-tools/traitar) - Prediz características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) + Weimann A, Mooren K, Frank J, Pope PB, Gronow S, So AP [From genomes to phenotypes: Traitar, the microbial trait analyzer.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00101-16) _mSystems_ 1(6), e00101-16 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/traitar/download) + +## Versão + +```yaml +TRAITAR_DOWNLOAD: + - traitar: 3.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..b807d71f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/modules/traitar_run.mdx @@ -0,0 +1,101 @@ +--- +title: traitar_run +description: "Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos." +tags: + - phenotype + - traits + - pfam + - sample-scope +--- + +# traitar_run + +**Tags:** phenotype traits pfam sample-scope + +Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. + +Utiliza o [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) para prever características +fenotípicas a partir de sequências de nucleotídeos. O Traitar anota famílias de proteínas +usando Pfam e aplica modelos de aprendizado de máquina para prever 67 características +microbianas diversas. + +:::note[Banco de Dados Necessário] +Requer um diretório com banco de dados Pfam (baixado via `traitar pfam` ou pelo módulo de download). +::: + +## Entradas + +``` +record ( + meta: Record, + fna: Path +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | `Path` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Arquivo HMM Pfam-A para o Traitar | + +## Saídas + +``` +record ( + meta: Record, + majority_tsv: Path, + single_tsv: Path, + results: Set, + logs: Set, + nf_logs: Set, + versions: Set +) +``` + +| Campo | Tipo | Descrição | +|-------|------|-----------| +| `meta` | `Record` | Registro com informações da amostra | +| `majority_tsv` | `Path` | Previsões combinadas de características fenotípicas por votação majoritária | +| `single_tsv` | `Path` | Previsões combinadas de características fenotípicas por votação individual | +| `results` | `Set` | Todos os arquivos de saída a serem publicados | +| `logs` | `Set` | Arquivos de log opcionais específicos do programa | +| `nf_logs` | `Set` | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin|err|log|out|run|sh|trace}) | +| `versions` | `Set` | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +## Usado Por + +### Subworkflows + +- [traitar](/developers/subworkflows/traitar) - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +### Workflows + +- [traitar](/bactopia-tools/traitar) - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) + Weimann A, Mooren K, Frank J, Pope PB, Gronow S, So AP [From genomes to phenotypes: Traitar, the microbial trait analyzer.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00101-16) _mSystems_ 1(6), e00101-16 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/modules/traitar/run) + +## Versão + +```yaml +TRAITAR_RUN: + - traitar: 3.0.1 +``` diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/nf-bactopia/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/nf-bactopia/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..bea9090a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/nf-bactopia/index.mdx @@ -0,0 +1,236 @@ +--- +title: Plugin nf-bactopia +description: Referência para desenvolvedores do plugin Nextflow nf-bactopia -- funções utilitárias usadas nos fluxos de trabalho do Bactopia +--- + +# Plugin nf-bactopia + +O plugin Nextflow [nf-bactopia](https://github.com/bactopia/nf-bactopia) fornece +funções utilitárias que lidam com coleta de entradas, validação de parâmetros, agregação +de saídas e operações de canais em todos os fluxos de trabalho do Bactopia. Em vez de +duplicar essa lógica em cada arquivo de fluxo de trabalho, o plugin a centraliza para +que subworkflows e módulos possam se concentrar em suas tarefas de análise. + +## Instalação e Configuração + +Declare o plugin no seu `nextflow.config`: + +```groovy +plugins { + id 'nf-bactopia@2.0.3' +} +``` + +Em seguida, importe as funções nos seus scripts Nextflow: + +```groovy +include { gather } from 'plugin/nf-bactopia' +include { gatherCsvtk } from 'plugin/nf-bactopia' +include { filterWithData } from 'plugin/nf-bactopia' +``` + +**Requisito:** Nextflow >= 26.03.1-edge + +## Manipulação de Entradas + +Essas funções são executadas na inicialização do pipeline para validar parâmetros e +coletar as entradas de amostras em estruturas de canais padronizadas. + +### validateParameters + +Verifica todos os parâmetros do pipeline em relação ao esquema JSON, identificando +incompatibilidades de tipo, valores obrigatórios ausentes e combinações inválidas antes +que qualquer processo seja executado. Passe `false` para o pipeline principal do +Bactopia e `true` para Bactopia Tools independentes. + +```groovy +include { validateParameters } from 'plugin/nf-bactopia' + +// No subworkflow BACTOPIA_INIT +def validation = validateParameters(false) +if (validation.hasErrors) { + log.info(validation.error) + error(" ") +} else { + log.info(validation.logs) +} +``` + +Retorna um mapa com os campos `hasErrors`, `error`, `logs` e `data`. + +### bactopiaInputs + +Coleta e organiza as entradas de amostras (FASTQs do SRA/ENA, arquivos locais, +montagens) em uma lista padronizada de registros de amostras. É chamada após +`validateParameters` no pipeline principal, usando o resultado da validação para +determinar o tipo de execução. + +```groovy +include { bactopiaInputs } from 'plugin/nf-bactopia' + +def collectedInputs = bactopiaInputs(validation.data) +if (collectedInputs.hasErrors) { + log.info(collectedInputs.error) + error(" ") +} else { + log.info(collectedInputs.logs) +} + +// Converter para canal de registros +def ch_samples = channel.fromList(collectedInputs.samples.collect { sample -> + record( + meta: sample.meta, + r1_files: sample.r1.collect { fastq -> file(fastq) }.toSet(), + r2_files: sample.r2.collect { fastq -> file(fastq) }.toSet(), + se_files: sample.se.collect { fastq -> file(fastq) }.toSet(), + lr_files: sample.lr.collect { fastq -> file(fastq) }.toSet(), + fna_files: sample.assembly.collect { fna -> file(fna) }.toSet() + ) +}) +``` + +### bactopiaToolInputs + +O equivalente de `bactopiaInputs` para Bactopia Tools independentes. Em vez de coletar +entradas brutas, lê de um diretório de execução anterior do Bactopia e constrói canais +para montagens, proteínas, GFFs, bancos de dados BLAST e outras saídas necessárias +pelas ferramentas. + +```groovy +include { bactopiaToolInputs } from 'plugin/nf-bactopia' + +def collectedInputs = bactopiaToolInputs() +// Retorna amostras com: meta, fna, faa, gff, r1, r2, se, lr, blastdb, etc. +``` + +## Agregação de Saídas + +Essas funções coletam saídas por amostra em estruturas agregadas para mesclagem ou +análise downstream. São as funções do plugin mais utilizadas -- praticamente todo +subworkflow usa pelo menos uma delas. + +### gather + +Coleta um único campo de todos os registros de amostras em um Set, mantendo o nome +original do campo. Usado quando um processo downstream precisa das saídas de todas as +amostras juntas (por exemplo, para construir um heatmap a partir de resultados JSON +individuais). + +```groovy +include { gather } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Coletar todas as saídas JSON do RGI para geração de heatmap +ch_rgi_heatmap = RGI_HEATMAP(gather(ch_rgi_main, 'json', [name: 'rgi'])) +``` + +O mapa `meta` deve conter uma chave `name`, e todas as chaves são repassadas para a saída. + +### gatherCsvtk + +Agrega um único campo e o renomeia para `csv`, preparando-o como entrada para +`CSVTK_CONCAT`. Este é o padrão de agregação mais comum -- usado sempre que resultados +TSV/CSV por amostra precisam ser concatenados em um único relatório consolidado. + +```groovy +include { gatherCsvtk } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Mesclar todos os relatórios de AMR por amostra em um único arquivo +ch_csvtk_concat = CSVTK_CONCAT( + gatherCsvtk(ch_amrfinderplus_run, 'report', [name: 'amrfinderplus']), + 'tsv', + 'tsv' +) +``` + +Você pode passar argumentos extras pelo mapa meta: + +```groovy +// Para ferramentas que não incluem cabeçalhos em sua saída +gatherCsvtk(ch_emmtyper, 'tsv', [name: 'emmtyper', args: '--no-header-row']) +``` + +### gatherFields + +Agrega múltiplos campos com mapeamento explícito de renomeação. Usado quando um processo +precisa de entradas agregadas com nomes diferentes dos originais, como renomear `fna` +para `query` em uma ferramenta de comparação. + +```groovy +include { gatherFields } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Agregar montagens e renomear 'fna' para 'query' para o FastANI +gatherFields(query, [fna: 'query'], [name: 'fastani']) +``` + +## Operações de Canais + +### filterWithData + +Filtra registros em que todos os campos especificados são nulos. Necessário porque +algumas amostras podem não ter certos tipos de dados (por exemplo, uma amostra com +apenas long reads não possui arquivos `r1`/`r2`), e passar caminhos nulos para um +processo causaria falha. + +```groovy +include { filterWithData } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Executar Seroba apenas em amostras com reads pareados +ch_seroba_run = SEROBA_RUN(filterWithData(reads, ['r1', 'r2'])) + +// Filtrar amostras com qualquer tipo de read disponível +scrubbed = filterWithData(ch_sample_outputs, ['r1', 'r2', 'se', 'lr']) +``` + +### combineWith + +Cria um produto cartesiano entre um canal agregado e um canal com múltiplos itens, +mesclando cada item no mapa agregado sob um nome de campo especificado. Substitui o +qualificador de entrada `each` do Nextflow, que foi descontinuado. + +```groovy +include { combineWith } from 'plugin/nf-bactopia' +include { gatherFields } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Combinar montagens de consulta agregadas com cada genoma de referência +ch_fastani = FASTANI_MODULE( + combineWith( + gatherFields(query, [fna: 'query'], [name: 'fastani']), + ch_ref, + 'reference' + ) +) +``` + +### formatSamples + +Adapta os tamanhos das tuplas com base na disponibilidade dos dados. Recebe um canal +de tuplas com 4 elementos e os reduz para 1, 2 ou 3 elementos dependendo do parâmetro +`dataTypes`. + +```groovy +include { formatSamples } from 'plugin/nf-bactopia' + +// Reduzir para apenas [meta, inputs] (dataTypes=1) +ch_trimmed = formatSamples(ch_samples, 1) +``` + +## Logging + +### collectNextflowLogs + +Expande o campo `nf_logs` de cada registro em tuplas individuais `[meta, file]` +adequadas para publicação. Usado nos blocos `publish` do fluxo de trabalho para gravar +logs de execução do Nextflow junto com as saídas das amostras. + +```groovy +include { collectNextflowLogs } from 'plugin/nf-bactopia' + +publish: +sample_nf_logs = collectNextflowLogs(ch_amrfinderplus.sample_outputs) +run_nf_logs = collectNextflowLogs(ch_amrfinderplus.run_outputs) +``` + +## Links + +- [Nextflow Plugin Registry](https://registry.nextflow.io/plugins/nf-bactopia) +- [Código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/nf-bactopia) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abricate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abricate.mdx new file mode 100644 index 00000000..6e5875e3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abricate.mdx @@ -0,0 +1,77 @@ +--- +title: abricate +description: "Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência." +tags: + - bacteria + - assembly + - antimicrobial-resistance + - virulence + - workflow + - sample-scope +--- + +# abricate + +**Tags:** bacteria assembly antimicrobial-resistance virulence workflow sample-scope + +Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +Este subworkflow coordena a execução do [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) +para rastrear montagens genômicas em busca de genes de resistência antimicrobiana e virulência, seguido pela +agregação dos resultados em um único relatório resumido. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `report` | Um relatório de hits delimitado por tabulação; para detalhes completos, consulte [Abricate - Output](https://github.com/tseemann/abricate#output) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `report` | Resumo agregado delimitado por tabulação dos resultados do Abricate de todas as amostras | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [abricate_run](/developers/modules/abricate_run) - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. +- [abricate_summary](/developers/modules/abricate_summary) - Resumir os resultados da triagem do Abricate. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [abricate](/bactopia-tools/abricate) - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Abricate](https://github.com/tseemann/abricate) + Seemann T [Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes](https://github.com/tseemann/abricate) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/abricate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abritamr.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abritamr.mdx new file mode 100644 index 00000000..af135b43 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/abritamr.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: abritamr +description: "Identifique genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus." +tags: + - bacteria + - antimicrobial-resistance + - amr + - amrfinderplus + - classification + - sample-scope +--- + +# abritamr + +**Tags:** bacteria antimicrobial-resistance amr amrfinderplus classification sample-scope + +Identifique genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus. + +Este subworkflow usa o [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) para identificar +genes de resistência antimicrobiana em genomas bacterianos. Ele executa o AMRFinderPlus em +cada amostra e consolida os resultados em classes funcionais, produzindo relatórios detalhados +sobre genes de resistência, correspondências parciais e fatores de virulência. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `summary` | Resumo do relatório de AMR acreditado pelo NATA, delimitado por tabulação | +| `matches` | Lista de genes AMR correspondidos, delimitada por tabulação | +| `partials` | Lista de genes AMR parcialmente correspondidos, delimitada por tabulação | +| `virulence` | Lista de genes de virulência detectados, delimitada por tabulação | +| `amrfinder` | Saída bruta do AMRFinderPlus | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [abritamr_run](/developers/modules/abritamr_run) - Detecta genes de resistência antimicrobiana e virulência. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [abritamr](/bactopia-tools/abritamr) - Uma ferramenta acreditada pelo NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) + Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T [An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-35713-4) _Nature Communications_, 14(1), 60. (2023) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/abritamr) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/agrvate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/agrvate.mdx new file mode 100644 index 00000000..33a29249 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/agrvate.mdx @@ -0,0 +1,75 @@ +--- +title: agrvate +description: "Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - assembly + - agr-locus + - virulence + - quorum-sensing + - sample-scope +--- + +# agrvate + +**Tags:** staphylococcus-aureus assembly agr-locus virulence quorum-sensing sample-scope + +Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em *Staphylococcus aureus*. + +Este subworkflow utiliza o [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) para identificar rapidamente o tipo do locus do regulador de gene acessório (agr) e detectar variantes do operon agr em *Staphylococcus aureus*. O sistema agr é um regulador de quorum-sensing fundamental para a virulência em *S. aureus*. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA para detecção do locus agr | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `summary` | Resumo delimitado por tabulação do tipo de locus agr e variantes do operon | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [agrvate](/developers/modules/agrvate) - Determina o tipo de locus agr e variantes do operon em *Staphylococcus aureus*. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [agrvate](/bactopia-tools/agrvate) - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr em *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) + Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/agrvate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/amrfinderplus.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/amrfinderplus.mdx new file mode 100644 index 00000000..16ed39bf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/amrfinderplus.mdx @@ -0,0 +1,87 @@ +--- +title: amrfinderplus +description: "Encontre genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais." +tags: + - bacteria + - assembly + - antimicrobial-resistance + - gene-prediction + - sample-scope +--- + +# amrfinderplus + +**Tags:** bacteria assembly antimicrobial-resistance gene-prediction sample-scope + +Encontre genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. + +Este subworkflow usa o [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) para identificar genes de resistência antimicrobiana adquiridos e algumas mutações pontuais em sequências de proteínas ou nucleotídeos montados. + +## Entrada + +``` +fasta: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `genes` | Sequências de nucleotídeos de genes no formato FASTA | +| `proteins` | Sequências opcionais de aminoácidos de proteínas no formato FASTA (Path?) | +| `gff` | Arquivo opcional de anotação GFF3 (Path?) | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path` | Caminho para o diretório do banco de dados do AMRFinderPlus contendo dados de referência para detecção de genes AMR. | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `report` | Um relatório delimitado por tabulação com genes AMR e fatores de virulência identificados | +| `mutation_report` | Mutações pontuais específicas do organismo associadas à resistência antimicrobiana | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Um arquivo TSV consolidado com os resultados do AMRFinder+ de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [amrfinderplus_run](/developers/modules/amrfinderplus_run) - Identifica genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) - Ferramenta Bactopia: Amrfinderplus. +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline abrangente de análise para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/amrfinderplus) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ariba.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ariba.mdx new file mode 100644 index 00000000..def23b4f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ariba.mdx @@ -0,0 +1,94 @@ +--- +title: ariba +description: "Identifique genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end." +tags: + - bacteria + - reads + - antimicrobial-resistance + - virulence + - local-assembly + - sample-scope +--- + +# ariba + +**Tags:** bacteria reads antimicrobial-resistance virulence local-assembly sample-scope + +Identifique genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end. + +Este subworkflow utiliza o [ARIBA](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) +(resistencia antimicrobiana Identification By Assembly) para identificar rapidamente genes +em um banco de dados por meio de montagens locais. Ele primeiro baixa e prepara um banco de dados ARIBA, +em seguida analisa reads paired-end para identificar genes e, por fim, agrega os resultados de todas as amostras. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end (não suportado pelo ARIBA) | +| `lr` | Long reads (não suportado pelo ARIBA) | + +``` +db: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `db` | `String` | Nome do banco de dados para análise com ARIBA (ex.: ncbi, card, vfdb, resfinder, argannot) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `report` | Relatório detalhado delimitado por tabulação dos resultados de detecção de genes | +| `summary` | Resumo condensado separado por vírgulas dos genes detectados | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [ariba_getref](/developers/modules/ariba_getref) - Baixa e prepara bancos de dados de referência para análise com ARIBA. +- [ariba_run](/developers/modules/ariba_run) - Identifica genes por meio de montagem local de reads. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [ariba](/bactopia-tools/ariba) - Identificação de genes por meio de montagens locais. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) + Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR [ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads](http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000131). _Microb Genom_ 3, e000131 (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ariba) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_assembler.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_assembler.mdx new file mode 100644 index 00000000..edfb6374 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_assembler.mdx @@ -0,0 +1,181 @@ +--- +title: bactopia_assembler +description: "Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador." +tags: + - bacteria + - assembly + - hybrid + - shovill + - dragonflye + - unicycler + - illumina + - nanopore + - sample-scope +--- + +# bactopia_assembler + +**Tags:** bacteria assembly hybrid shovill dragonflye unicycler illumina nanopore sample-scope + +Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador. + +Este subworkflow seleciona automaticamente a estratégia de montagem ideal com base nos tipos de reads de entrada: +- **Reads Paired-End Curtos:** Usa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) (wrapper SKESA/SPAdes) +- **Reads Single-End Curtos:** Usa [Shovill-SE](https://github.com/rpetit3/shovill) (wrapper SKESA/SPAdes) +- **Reads Longos:** Usa [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) (wrapper Flye/Miniasm) +- **Montagem Híbrida:** Usa [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) ou Dragonflye com polimento por reads curtos + +O fluxo de trabalho realiza montagens individuais por amostra e agrega estatísticas de montagem +de todas as amostras usando [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) para +avaliação abrangente de qualidade. + +## Entrada + +``` +samples: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end forward) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end reverse) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) para montagem de reads longos ou híbrida | + +## Saída + +### Publicado + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Relatório delimitado por tabulação com estatísticas de montagem (N50, comprimento, cobertura) | +| `supplemental` | Arquivos suplementares incluindo grafos de montagem e logs específicos da ferramenta | +| `error` | Mensagens de erro capturadas caso a montagem falhe | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Estatísticas de montagem agregadas de todas as amostras | + +### Entradas para Downstream + +As seguintes emissões destinam-se a ser usadas como entradas para subworkflows downstream. + +#### `assembly` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `fna` | Contigs montados para anotação e análise downstream | + +#### `assembly_reads` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `fna` | Contigs montados | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end forward) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end reverse) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_assembler](/developers/modules/bactopia_assembler) - Monta genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridas. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [any2fasta](https://github.com/tseemann/any2fasta) + Seemann T [any2fasta: Convert various sequence formats to FASTA](https://github.com/tseemann/any2fasta) (GitHub) + +- [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) + Petit III RA [assembly-scan: generate basic stats for an assembly](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) (GitHub) + +- [BWA](https://github.com/lh3/bwa/) + Li H [Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM](http://arxiv.org/abs/1303.3997). _arXiv_ [q-bio.GN] (2013) + +- [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) + Petit III RA [Dragonflye: Assemble bacterial isolate genomes from Nanopore reads.](https://github.com/rpetit3/dragonflye) (GitHub) + +- [FLASH](https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/) + Magoč T, Salzberg SL [FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr507) _Bioinformatics_ 27.21 2957-2963 (2011) + +- [Flye](https://github.com/fenderglass/Flye) + Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner P [Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs](https://doi.org/10.1038/s41587-019-0072-8) _Nature Biotechnology_ (2019) + +- [Medaka](https://github.com/nanoporetech/medaka) + ONT Research [Medaka: Sequence correction provided by ONT Research](https://github.com/nanoporetech/medaka) (GitHub) + +- [MEGAHIT](https://github.com/voutcn/megahit) + Li D, Liu C-M, Luo R, Sadakane K, Lam T-W [MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033) _Bioinformatics_ 31.10 1674-1676 (2015) + +- [Miniasm](https://github.com/lh3/miniasm) + Li H [Miniasm: Ultrafast de novo assembly for long noisy reads](https://github.com/lh3/miniasm) (GitHub) + +- [Minimap2](https://github.com/lh3/minimap2) + Li H [Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191) _Bioinformatics_ 34:3094-3100 (2018) + +- [Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) + Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +- [Pigz](https://zlib.net/pigz/) + Adler M. [pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines.](https://zlib.net/pigz/) _Jet Propulsion Laboratory_ (2015) + +- [Pilon](https://github.com/broadinstitute/pilon/) + Walker BJ, Abeel T, Shea T, Priest M, Abouelliel A, Sakthikumar S, Cuomo CA, Zeng Q, Wortman J, Young SK, Earl AM [Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963) _PloS one_ 9.11 e112963 (2014) + +- [Racon](https://github.com/lbcb-sci/racon) + Vaser R, Sović I, Nagarajan N, Šikić M [Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.214270.116) _Genome Res_ 27, 737-746 (2017) + +- [Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) + Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +- [Raven](https://github.com/lbcb-sci/raven) + Vaser R, Šikić M [Time- and memory-efficient genome assembly with Raven.](https://doi.org/10.1038/s43588-021-00073-4) _Nat Comput Sci_ 1, 332-336 (2021) + +- [samclip](https://github.com/tseemann/samclip) + Seemann T [Samclip: Filter SAM file for soft and hard clipped alignments](https://github.com/tseemann/samclip) (GitHub) + +- [Samtools](https://github.com/samtools/samtools) + Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R [The Sequence Alignment/Map format and SAMtools](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352). _Bioinformatics_ 25, 2078-2079 (2009) + +- [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) + Seemann T [Shovill: De novo assembly pipeline for Illumina paired reads](https://github.com/tseemann/shovill) (GitHub) + +- [Shovill-SE](https://github.com/rpetit3/shovill) + Petit III RA [Shovill-SE: A fork of Shovill that includes support for single end reads.](https://github.com/rpetit3/shovill) (GitHub) + +- [SKESA](https://github.com/ncbi/SKESA) + Souvorov A, Agarwala R, Lipman DJ [SKESA: strategic k-mer extension for scrupulous assemblies.](https://doi.org/10.1186/s13059-018-1540-z) _Genome Biology_ 19:153 (2018) + +- [SPAdes](https://github.com/ablab/spades) + Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA [SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.](https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021) _Journal of computational biology_ 19.5 455-477 (2012) + +- [Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler) + Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE [Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads.](http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595) _PLoS Comput. Biol._ 13, e1005595 (2017) + +- [Velvet](https://github.com/dzerbino/velvet) + Zerbino DR, Birney E [Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs.](http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.074492.107) _Genome research_ 18.5 821-829 (2008) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bactopia/assembler) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_datasets.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_datasets.mdx new file mode 100644 index 00000000..945bb942 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_datasets.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: bactopia_datasets +description: "Baixe e forneça datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia." +tags: + - download + - database + - setup + - amr + - mlst + - minhash + - sourmash + - gtdb + - custom-scope +--- + +# bactopia_datasets + +**Tags:** download database setup amr mlst minhash sourmash gtdb custom-scope + +Baixe e forneça datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia. + +Este subworkflow encapsula o módulo DATASETS e extrai os caminhos individuais de cada banco de dados como emissões de canal separadas para uso nos processos seguintes. + +## Emissões + +### Publicadas + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +### Entradas para Processos Seguintes + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows posteriores. + +#### `amrfinderplus_db` + +Caminho para o tarball do banco de dados do AMRFinderPlus + +#### `mlst_db` + +Caminho para o tarball do banco de dados do PubMLST + +#### `mash_db` + +Caminho para o sketch do Mash RefSeq + +#### `sourmash_db` + +Caminho para as assinaturas do Sourmash GTDB + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_datasets](/developers/modules/bactopia_datasets) - Baixa os datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) - Bactopia Tool: Amrfinderplus. +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [merlin](/bactopia-tools/merlin) - Seleção e execução de ferramentas específicas por espécie assistida por MinMER. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) + Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +- [Mash Refseq (release 88) Sketch](https://mash.readthedocs.io/en/latest/data.html) + Ondov BD, Starrett GJ, Sappington A, Kostic A, Koren S, Buck CB, Phillippy AM [Mash Screen: high-throughput sequence containment estimation for genome discovery](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1841-x) _Genome Biol_ 20, 232 (2019) + +- [PubMLST.org](https://pubmlst.org/) + Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ [Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications.](http://dx.doi.org/10.12688/wellcomeopenres.14826.1) _Wellcome Open Res_ 3, 124 (2018) + +- [Sourmash Genbank LCA Signature](https://sourmash.readthedocs.io/en/latest/databases.html) + Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bactopia/datasets) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_gather.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_gather.mdx new file mode 100644 index 00000000..e4d4b8b8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_gather.mdx @@ -0,0 +1,119 @@ +--- +title: bactopia_gather +description: "Pesquise, valide, colete e padronize amostras de entrada." +tags: + - validation + - download + - merging + - simulation + - metadata + - fastq + - sra + - ena + - art + - sample-scope +--- + +# bactopia_gather + +**Tags:** validation download merging simulation metadata fastq sra ena art sample-scope + +Pesquise, valide, colete e padronize amostras de entrada. + +Este subworkflow processa amostras de entrada brutas por meio de validação, padronização e +coleta de metadados. Ele lida com diversos tipos de entrada, incluindo arquivos FASTQ locais, +acessões SRA/ENA, acessões de montagem do NCBI e montagens. O fluxo de trabalho pode mesclar +múltiplas execuções de sequenciamento, baixar dados remotos e simular reads a partir de +montagens usando [ART](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art). + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1_files, r2_files, se_files, lr_files) com slots Set<Path> (pré-mesclagem) +- Saída: record(meta, r1, r2, se, lr) com slots Path? (pós-mesclagem, consolidado) + +## Take + +``` +samples: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1_files` | Arquivos de reads Illumina R1 (Set, elementos podem ser nulos) | +| `r2_files` | Arquivos de reads Illumina R2 (Set, elementos podem ser nulos) | +| `se_files` | Arquivos de reads single-end (Set, elementos podem ser nulos) | +| `lr_files` | Arquivos de reads longos (ONT/PacBio) ou montagem para simulação (Set, elementos podem ser nulos) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Um arquivo de metadados delimitado por tabulação descrevendo as amostras válidas | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Metadados agregados de todas as amostras | + +### Entradas para Downstream + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows downstream. + +#### `reads` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end forward) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end reverse) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | +| `fna` | Arquivo de montagem para amostras baseadas em montagem | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_gather](/developers/modules/bactopia_gather) - Pesquisa, valida, coleta ou simula amostras de entrada. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ART](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm) + Huang W, Li L, Myers JR, Marth GT [ART: a next-generation sequencing read simulator.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr708) _Bioinformatics_ 28, 593-594 (2012) + +- [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) + Petit III RA [fastq-dl: Download FASTQ files from SRA or ENA repositories.](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) (GitHub) + +- [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) + Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +- [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) + Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +- [Pigz](https://zlib.net/pigz/) + Adler M. [pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines.](https://zlib.net/pigz/) _Jet Propulsion Laboratory_ (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bactopia/gather) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_qc.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_qc.mdx new file mode 100644 index 00000000..79b65ac0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_qc.mdx @@ -0,0 +1,144 @@ +--- +title: bactopia_qc +description: "Realize controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento." +tags: + - quality-control + - adapters + - error-correction + - subsampling + - fastq + - illumina + - nanopore + - fastp + - bbduk + - nanoq + - sample-scope +--- + +# bactopia_qc + +**Tags:** quality-control adapters error-correction subsampling fastq illumina nanopore fastp bbduk nanoq sample-scope + +Realize controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. + +Este subworkflow processa reads de sequenciamento brutas por meio de um pipeline completo de controle de qualidade. +Ele se adapta a diferentes tipos de reads: +- **Illumina:** Remoção de adaptadores/PhiX ([Fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) ou + [BBDuk](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/)), Correção de erros + ([Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter)) e Subsampling ([Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa)) +- **Nanopore:** Remoção de adaptadores ([Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop)), Filtragem por qualidade + ([Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq)) e Subsampling ([Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa)) +- **Híbrido:** Processa reads curtas e longas por meio de seus respectivos pipelines +- **Montagem:** Passa reads simuladas a partir de montagens + +Gera métricas de qualidade usando [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) e relatórios de qualidade opcionais usando [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) (Illumina) e +[NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) (ONT). + +## Entrada + +``` +samples: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra (deve incluir `runtype`, `genome_size`, `species`) | +| `r1` | Reads R1 Illumina (pareadas - sentido direto) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (pareadas - sentido reverso) | +| `se` | Reads Illumina de extremidade única | +| `lr` | Reads longas (ONT) | +| `assembly` | Arquivo de montagem (FASTA) para simulações baseadas em montagem | + +``` +adapters: Path? +phix: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `adapters` | `Path?` | Sequências de adaptadores opcionais no formato FASTA para remoção das reads Illumina | +| `phix` | `Path?` | Sequências PhiX opcionais no formato FASTA para remoção das reads Illumina | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `reads_grouped` | Todos os FASTQs de saída para publicação | +| `supplemental` | Relatórios de QC (FastQC/NanoPlot), métricas JSON e FASTQs de erro caso o QC falhe | +| `error` | Mensagens de erro capturadas caso o QC falhe (ex.: reads vazias após trimagem) | + +#### `run_outputs` + +Sem saídas de escopo de execução. + +### Entradas para Etapas Posteriores + +As emissões a seguir são destinadas ao uso como entradas para subworkflows posteriores. + +#### `reads` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `r1` | Reads R1 Illumina filtradas por QC | +| `r2` | Reads R2 Illumina filtradas por QC | +| `se` | Reads de extremidade única filtradas por QC | +| `lr` | Reads longas filtradas por QC | +| `fna` | Arquivo de montagem (repassado para amostras baseadas em montagem) | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_qc](/developers/modules/bactopia_qc) - Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subsampling de reads. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads brutas de sequenciamento. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BBTools](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/) + Bushnell B [BBMap short read aligner, and other bioinformatic tools.](http://sourceforge.net/projects/bbmap/) (Link) + +- [fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) + Chen S, Zhou Y, Chen Y, and Gu J [fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560) _Bioinformatics_, 34(17), i884-i890. (2018) + +- [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) + Andrews S [FastQC: a controle de qualidade tool for high throughput sequence data.](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc) (WebLink) + +- [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) + Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +- [Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter) + Song L, Florea L, Langmead B [Lighter: Fast and Memory-efficient Sequencing Error Correction without Counting](https://doi.org/10.1186/s13059-014-0509-9). _Genome Biol._ 15(11):509 (2014) + +- [NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) + De Coster W, D'Hert S, Schultz DT, Cruts M, Van Broeckhoven C [NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149) _Bioinformatics_ Volume 34, Issue 15 (2018) + +- [Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) + Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +- [Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop) + Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE. [Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000132) _Microb Genom._ 3(10):e000132 (2017) + +- [Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) + Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bactopia/qc) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_sketcher.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_sketcher.mdx new file mode 100644 index 00000000..c19ae8c7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bactopia_sketcher.mdx @@ -0,0 +1,95 @@ +--- +title: bactopia_sketcher +description: "Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida." +tags: + - taxonomy + - classification + - minhash + - sketch + - mash + - sourmash + - refseq + - gtdb + - sample-scope +--- + +# bactopia_sketcher + +**Tags:** taxonomy classification minhash sketch mash sourmash refseq gtdb sample-scope + +Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida. + +Este subworkflow gera sketches MinHash a partir de genomas montados usando [Mash](https://github.com/marbl/Mash) +e [Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash). Os sketches são comparados com bancos de dados de referência +para identificar a classificação taxonômica e encontrar genomas proximamente relacionados. O Mash realiza consultas +contra o RefSeq, enquanto o Sourmash utiliza o banco de dados GTDB para posicionamento taxonômico abrangente. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +mash_db: Path +sourmash_db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `mash_db` | `Path` | Caminho para o banco de dados Mash RefSeq para classificação taxonômica | +| `sourmash_db` | `Path` | Caminho para o banco de dados Sourmash GTDB LCA para classificação taxonômica | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `sig` | Arquivo de assinatura do Sourmash | +| `msh` | Arquivos de sketch do Mash para k=21 e k=31 | +| `mash` | Relatório de classificação do Mash Screen contra o RefSeq | +| `sourmash` | Relatório de classificação LCA do Sourmash contra o GTDB | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_sketcher](/developers/modules/bactopia_sketcher) - Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +- [Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash) + Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bactopia/sketcher) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bakta.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bakta.mdx new file mode 100644 index 00000000..519b68b7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bakta.mdx @@ -0,0 +1,119 @@ +--- +title: bakta +description: "Anotação rápida de genomas bacterianos." +tags: + - bacteria + - annotation + - genome + - functional-annotation + - taxonomy + - sample-scope +--- + +# bakta + +**Tags:** bacteria annotation genome functional-annotation taxonomy sample-scope + +Anotação rápida de genomas bacterianos. + +Este subworkflow usa o [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) para fornecer +anotação rápida e abrangente de genomas bacterianos. Ele pode baixar e preparar +o banco de dados do Bakta sob demanda ou usar um banco de dados já existente. O fluxo de trabalho processa +cada amostra individualmente, produzindo múltiplos formatos de saída, incluindo GFF3, GenBank, +sequências de proteínas, sequências de nucleotídeos e um banco de dados BLAST. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +database: Path? +download_bakta: Boolean +save_as_tarball: Boolean +proteins: Path? +prodigal_tf: Path? +replicons: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path?` | Caminho opcional para um banco de dados Bakta já existente | +| `download_bakta` | `Boolean` | Flag booleano para acionar o download automático do banco de dados | +| `save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleano para salvar o banco de dados baixado como tarball | +| `proteins` | `Path?` | Sequências de proteínas confiáveis opcionais para busca por homologia | +| `prodigal_tf` | `Path?` | Arquivo de treinamento do Prodigal opcional para melhorar a predição de genes | +| `replicons` | `Path?` | Sequências de réplicons opcionais para identificação de plasmídeos | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `embl` | Anotações e sequências no formato EMBL | +| `faa` | Sequências de aminoácidos de CDS/sORF no formato FASTA | +| `ffn` | Sequências de nucleotídeos de features no formato FASTA | +| `fna` | Sequências de DNA de réplicons/contigs no formato FASTA | +| `gbff` | Anotações e sequências no formato GenBank | +| `gff` | Anotações e sequências no formato GFF3 | +| `hypotheticals_tsv` | Informações adicionais sobre CDS de proteínas hipotéticas em valores separados por tabulação | +| `hypotheticals_faa` | Sequências de aminoácidos de CDS de proteínas hipotéticas no formato FASTA | +| `tsv` | Anotações em valores separados por tabulação simples e legíveis por humanos | +| `txt` | Resumo geral das anotações do Bakta | +| `blastdb` | Arquivo compactado tar.gz com bancos de dados BLAST+ dos contigs, genes e proteínas | + +#### `run_outputs` + +Sem saídas no escopo de execução. + +### Entradas para Etapas Subsequentes + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows subsequentes. + +#### `annotations` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `fna` | Sequências de nucleotídeos anotadas no formato FASTA | +| `faa` | Sequências de proteínas no formato FASTA | +| `gff` | Anotações no formato GFF3 | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bakta_download](/developers/modules/bakta_download) - Faz o download do banco de dados de anotação do Bakta. +- [bakta_run](/developers/modules/bakta_run) - Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [bakta](/bactopia-tools/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline abrangente de análise para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) + Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A [Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685) _Microbial Genomics_ 7(11) (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bakta) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..191c048e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastn.mdx @@ -0,0 +1,87 @@ +--- +title: blastn +description: "Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos." +tags: + - blast + - alignment + - nucleotide + - search + - fasta + - database + - sample-scope +--- + +# blastn + +**Tags:** blast alignment nucleotide search fasta database sample-scope + +Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos. + +Este subworkflow usa o [BLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para alinhar +sequências de consulta de nucleotídeos contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos. Ele processa cada +amostra individualmente e agrega os resultados do alinhamento em um único relatório +consolidado para todas as amostras. + +## Take + +``` +blastdb: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de nucleotídeos para pesquisar nas montagens | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação dos alinhamentos (BLAST outfmt 6 padrão) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [blast_blastn](/developers/modules/blast_blastn) - Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatene múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [blastn](/bactopia-tools/blastn) - Pesquise bancos de dados BLAST de nucleotídeos usando consultas de nucleotídeos. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/blastn) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastp.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastp.mdx new file mode 100644 index 00000000..b8e9d1ce --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastp.mdx @@ -0,0 +1,84 @@ +--- +title: blastp +description: "Busca sequências de proteínas em banco de dados de proteínas." +tags: + - blast + - protein + - alignment + - database + - sample-scope +--- + +# blastp + +**Tags:** blast protein alignment database sample-scope + +Busca sequências de proteínas em banco de dados de proteínas. + +Este subworkflow utiliza o [BLASTP](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=blastp) +do pacote NCBI BLAST+ para buscar sequências de proteínas em um banco de dados de proteínas. +Ele processa cada montagem individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +blastdb: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `blastdb` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `query` | `Path` | Caminho para o banco de dados de proteínas para busca contra sequências traduzidas | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação dos alinhamentos (BLAST outfmt 6 padrão) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [blast_blastp](/developers/modules/blast_blastp) - Busca em um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteína. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [blastp](/bactopia-tools/blastp) - Busca em bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de proteínas. + +## Citações + +Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/blastp) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..0b7d2476 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/blastx.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: blastx +description: "Traduz sequências nucleotídicas e pesquisa em banco de dados de proteínas." +tags: + - blast + - protein + - translation + - alignment + - database + - sample-scope +--- + +# blastx + +**Tags:** blast protein translation alignment database sample-scope + +Traduz sequências nucleotídicas e pesquisa em banco de dados de proteínas. + +Este subworkflow utiliza o [BLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=blastx) +do pacote NCBI BLAST+ para traduzir sequências nucleotídicas nos seis quadros de leitura +e pesquisá-las contra um banco de dados de proteínas. Ele processa cada montagem individualmente +e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +blastdb: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `blastdb` | Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `query` | `Path` | Caminho para o banco de dados de proteínas BLAST para pesquisa de sequências traduzidas | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação dos alinhamentos (BLAST outfmt 6 padrão) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [blast_blastx](/developers/modules/blast_blastx) - Pesquisa um banco de dados de proteínas usando uma consulta nucleotídica traduzida. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [blastx](/bactopia-tools/blastx) - Pesquisa contra bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas nucleotídicas traduzidas. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/blastx) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bracken.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bracken.mdx new file mode 100644 index 00000000..602922b6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/bracken.mdx @@ -0,0 +1,105 @@ +--- +title: bracken +description: "Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - taxonomic-classification + - abundance-estimation + - kraken2 + - bracken + - sample-scope +--- + +# bracken + +**Tags:** metagenomics taxonomic-classification abundance-estimation kraken2 bracken sample-scope + +Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. + +Este subworkflow realiza classificação taxonômica e estimativa de abundância utilizando [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) +e [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken). Ele processa reads metagenômicos, classifica-os em relação a um banco de dados de referência +e gera estimativas de abundância em diferentes níveis taxonômicos com correção de abundância opcional. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de leitura é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +database: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path` | Caminho para o banco de dados Kraken2 para classificação taxonômica. | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resumo delimitado por tabulação das abundâncias de espécies primárias e secundárias do Bracken | +| `special_meta` | Um registro de metadados simplificado para uso interno | +| `classified` | Reads classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2 | +| `unclassified` | Reads não classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2 | +| `kraken2_report` | Relatório do Kraken2 contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados | +| `kraken2_output` | Arquivo de saída do Kraken2 contendo a classificação taxonômica de cada read | +| `bracken_report` | Relatório do Bracken contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados | +| `krona` | Visualização HTML interativa do Krona | +| `abundances` | Estimativas de abundância do Bracken para cada táxon | +| `classification` | Detalhes de classificação por read do Bracken | +| `adjusted_abundances` | Estimativas de abundância do Bracken ajustadas para reads não classificados | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bracken](/developers/modules/bracken) - Classificação taxonômica e estimativa de abundância. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bracken](/bactopia-tools/bracken) - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/bracken) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/btyper3.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/btyper3.mdx new file mode 100644 index 00000000..becb810f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/btyper3.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: btyper3 +description: "Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus." +tags: + - bacillus + - cereus + - taxonomy + - typing + - toxin-genes + - sample-scope +--- + +# btyper3 + +**Tags:** bacillus cereus taxonomy typing toxin-genes sample-scope + +Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus. + +Este subworkflow realiza a classificação taxonômica de genomas do grupo Bacillus cereus +utilizando o [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3), que fornece uma classificação +abrangente incluindo espécie, linhagem e detecção de genes de toxinas. +Os resultados de amostras individuais são agregados em um arquivo de resumo combinado. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para classificação do grupo Bacillus cereus | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de tipagem e classificação do BTyper3 em formato delimitado por tabulação | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow utiliza os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [btyper3](/developers/modules/btyper3) - Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [btyper3](/bactopia-tools/btyper3) - Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus. + +## Citações + +Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) + Carroll LM, Cheng RA, Kovac J [No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods.](https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.580691) _Frontiers in Microbiology_, 11, 580691. (2020) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/btyper3) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/busco.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/busco.mdx new file mode 100644 index 00000000..e95978a4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/busco.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: busco +description: "Avalie a completude da montagem genômica usando BUSCO." +tags: + - assembly + - completeness + - quality + - assessment + - orthologs + - evaluation + - sample-scope +--- + +# busco + +**Tags:** assembly completeness quality assessment orthologs evaluation sample-scope + +Avalie a completude da montagem genômica usando BUSCO. + +Este subworkflow avalia a completude da montagem genômica buscando +ortólogos de cópia única no banco de dados do [BUSCO](https://busco.ezlab.org/). +Ele gera relatórios abrangentes de completude, incluindo ortólogos de cópia única +ausentes, duplicados, fragmentados e completos. O fluxo de trabalho inclui avaliações +individuais por amostra e um relatório de resumo consolidado para todas as amostras. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Montagens genômicas a serem avaliadas quanto à completude. Cada registro contém metadados | + +``` +busco_lineage: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `busco_lineage` | `String` | Conjunto de dados de linhagem do BUSCO a ser usado na avaliação (ex.: bacteria_odb10). | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Relatório de resumo em texto com a pontuação de completude (C/S/D/F/M%) | +| `supplemental` | Diretório contendo tabelas completas, listas de genes ausentes e dados de linhagem | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [busco](/developers/modules/busco) - Avalia a completude da montagem genômica usando ortólogos de cópia única. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [busco](/bactopia-tools/busco) - Avaliação da completude da montagem genômica usando expectativas evolutivamente informadas. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco) + Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM [BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.](https://doi.org/10.1093/molbev/msab199) _Molecular Biology and Evolution_ 38(10), 4647-4654. (2021) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/busco) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm.mdx new file mode 100644 index 00000000..a44186c7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: checkm +description: "Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM." +tags: + - metagenome + - bin + - completeness + - contamination + - mag + - quality + - sample-scope +--- + +# checkm + +**Tags:** metagenome bin completeness contamination mag quality sample-scope + +Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM. + +Este subworkflow avalia a qualidade e a completude de genomas montados a partir de metagenoma +(MAGs) usando o [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM). Ele fornece uma avaliação +abrangente baseada em conjuntos de marcadores específicos por linhagem, estimando a completude +e a contaminação dos bins de genoma. O fluxo de trabalho gera relatórios detalhados com +estatísticas de genes marcadores, predições taxonômicas e métricas de qualidade para cada bin. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Bins de genoma montados a partir de metagenoma a serem avaliados. Cada registro contém metadados | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados da avaliação de qualidade do CheckM em formato delimitado por tabulação | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [checkm_lineagewf](/developers/modules/checkm_lineagewf) - Avalia a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos por linhagem. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [checkm](/bactopia-tools/checkm) - Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM) + Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW [CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.186072.114) _Genome Res_ 25, 1043-1055 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/checkm) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm2.mdx new file mode 100644 index 00000000..545b177b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/checkm2.mdx @@ -0,0 +1,94 @@ +--- +title: checkm2 +description: "Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM2." +tags: + - metagenome + - bin + - completeness + - contamination + - mag + - quality + - machine-learning + - sample-scope +--- + +# checkm2 + +**Tags:** metagenome bin completeness contamination mag quality machine-learning sample-scope + +Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM2. + +Este subworkflow avalia a qualidade e completude de genomas montados a partir de metagenomas +(MAGs) usando o [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2). Ele fornece uma avaliação +aprimorada por meio de modelos de aprendizado de máquina treinados em genomas de referência +de alta qualidade, oferecendo estimativas mais precisas de completude e contaminação. O +fluxo de trabalho pode baixar automaticamente o banco de dados necessário ou utilizar um +caminho fornecido pelo usuário. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Bins de genomas montados a partir de metagenomas para avaliação. Cada registro contém metadados | + +``` +database: Path +download_checkm2: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path` | Caminho para o diretório do banco de dados do CheckM2. Se `download_checkm2` for verdadeiro, este pode ser um valor temporário, pois o banco de dados será baixado automaticamente. | +| `download_checkm2` | `Boolean` | Flag booleano para baixar automaticamente o banco de dados do CheckM2 se não estiver disponível. Quando verdadeiro, baixa o banco de dados de referência necessário antes da predição. | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Relatório delimitado por tabulação com métricas de qualidade (Completude, Contaminação) | +| `supplemental` | Diretório contendo arquivos intermediários de proteínas e alinhamentos Diamond | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [checkm2_predict](/developers/modules/checkm2_predict) - Avalia a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina. +- [checkm2_download](/developers/modules/checkm2_download) - Baixa o banco de dados pré-treinado do CheckM2. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [checkm2](/bactopia-tools/checkm2) - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2) + Chklovksi A [Rapid assessment of genome bin quality using machine learning](https://github.com/chklovski/CheckM2) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/checkm2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clermontyping.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clermontyping.mdx new file mode 100644 index 00000000..2e69a01c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clermontyping.mdx @@ -0,0 +1,76 @@ +--- +title: clermontyping +description: "Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma." +tags: + - escherichia-coli + - phylogroup + - typing + - clermont + - sample-scope +--- + +# clermontyping + +**Tags:** escherichia-coli phylogroup typing clermont sample-scope + +Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma. + +Este subworkflow utiliza o [ClermontTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping) para determinar +os grupos filogenéticos de cepas de *Escherichia coli* a partir de genomas montados. Ele processa +cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de atribuição de filogrupo do ClermonTyping em formato delimitado por tabulação | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [clermontyping](/developers/modules/clermontyping) - Determinar o filogrupo de isolados de Escherichia coli. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [clermontyping](/bactopia-tools/clermontyping) - Filotipagem in silico do gênero Escherichia. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClermontTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping) + Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. [ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000192) Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/clermontyping) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clonalframeml.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clonalframeml.mdx new file mode 100644 index 00000000..c919923a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/clonalframeml.mdx @@ -0,0 +1,108 @@ +--- +title: clonalframeml +description: "Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas." +tags: + - recombination + - phylogeny + - masking + - clonalframe + - bacterial-evolution + - run-scope +--- + +# clonalframeml + +**Tags:** recombination phylogeny masking clonalframe bacterial-evolution run-scope + +Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas. + +Este subworkflow utiliza o [ClonalFrameML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) para +detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas. Primeiro, ele constrói uma +árvore filogenética rápida usando o [IQ-TREE](https://github.com/iqtree/iqtree2), em seguida +identifica regiões de recombinação e cria um alinhamento com a recombinação mascarada. Por fim, +calcula distâncias de SNP a partir do alinhamento mascarado usando o [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists). + +## Take + +``` +alignment: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | Alinhamento do core-genoma no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Sem saídas no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `masked_aln` | Alinhamento com recombinação mascarada, com as regiões de recombinação detectadas removidas | +| `emsim` | Resultados de estimativa de incerteza | +| `em` | Estimativas finais de parâmetros do algoritmo EM | +| `status` | Eventos de recombinação previstos (importações) | +| `nwk` | Árvore de entrada com nós internos rotulados | +| `fasta` | Sequências ancestrais reconstruídas | +| `pos_ref` | Tabela de referência cruzada de posições | +| `aln` | Alinhamento múltiplo de sequências de entrada (repassado do IQ-TREE) | +| `nwk` | Árvore filogenética de máxima verossimilhança de início rápido do IQ-TREE | +| `tsv` | Distâncias de SNP par a par do alinhamento mascarado em formato TSV | + +### Entradas para Subworkflows Downstream + +As emissões a seguir são destinadas ao uso como entradas em subworkflows downstream. + +#### `alignment` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento com recombinação mascarada para análise filogenética downstream | + +## Composição de Subworkflows + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [iqtree](/developers/subworkflows/iqtree) - Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. +- [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) - Calcular distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequências. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [clonalframeml](/developers/modules/clonalframeml) - Inferência de recombinação em genomas bacterianos. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows: + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do core-genoma. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ClonalFramML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) + Didelot X, Wilson DJ [ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004041) _PLoS Comput Biol_ 11(2) e1004041 (2015) + +- [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/clonalframeml) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/deacon.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/deacon.mdx new file mode 100644 index 00000000..5b0dc508 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/deacon.mdx @@ -0,0 +1,91 @@ +--- +title: deacon +description: "Remova reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon." +tags: + - host + - contamination + - decontamination + - depletion + - filtering + - minimizer + - reads + - deacon + - sample-scope +--- + +# deacon + +**Tags:** host contamination decontamination depletion filtering minimizer reads deacon sample-scope + +Remova reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon. + +Este subworkflow usa [deacon](https://github.com/bede/deacon) para identificar e remover +reads do hospedeiro de arquivos FASTQ por meio de comparação de minimizadores acelerada por SIMD +contra um índice de referência pré-construído (padrão: panhuman-1). Opcionalmente, o índice é +baixado caso ainda não esteja disponível. + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end forward) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end reverse) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +database: Path? +download_deacon: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path?` | Caminho para o arquivo de índice de minimizadores do deacon (.idx) (ignorado se download_deacon for verdadeiro) | +| `download_deacon` | `Boolean` | Flag booleana para baixar o índice em vez de usar o caminho fornecido | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `special_meta` | Registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream | +| `r1` | Reads paired-end forward filtradas | +| `r2` | Reads paired-end reverse filtradas | +| `se` | Reads single-end filtradas | +| `lr` | Long reads filtradas | +| `scrub_report` | Relatório de estatísticas de filtragem de reads | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída com escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [deacon_fetch](/developers/modules/deacon_fetch) - Busca um índice deacon pré-construído para filtragem de reads do hospedeiro. +- [deacon_filter](/developers/modules/deacon_filter) - Filtra reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando comparação baseada em minimizadores. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/deacon) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/defensefinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/defensefinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..89011be9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/defensefinder.mdx @@ -0,0 +1,83 @@ +--- +title: defensefinder +description: "Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago." +tags: + - bacteria + - assembly + - anti-phage + - defense-systems + - immunity + - sample-scope +--- + +# defensefinder + +**Tags:** bacteria assembly anti-phage defense-systems immunity sample-scope + +Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago. + +Este subworkflow usa o [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) para identificar e classificar +sistemas de defesa anti-fago em genomas bacterianos. Ele detecta genes de defesa, hits HMM e sistemas de defesa +completos, fornecendo uma análise abrangente dos mecanismos antivirais bacterianos. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA para detecção de sistemas de defesa | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `genes_tsv` | Lista delimitada por tabulação dos genes de defesa detectados | +| `hmmer_tsv` | Lista delimitada por tabulação dos hits HMMER usados para detecção | +| `systems_tsv` | Resumo delimitado por tabulação dos sistemas de defesa detectados | +| `proteins` | Sequências de proteínas dos genes de defesa detectados | +| `proteins_index` | Arquivo de índice para as sequências de proteínas | +| `macsydata_raw` | Tarball comprimido dos dados brutos do MacSyFinder (opcional) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [defensefinder_run](/developers/modules/defensefinder_run) - Detecta sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM. +- [defensefinder_update](/developers/modules/defensefinder_update) - Baixa e empacota os bancos de dados de modelos DefenseFinder e CasFinder. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [defensefinder](/bactopia-tools/defensefinder) - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder) + Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A [Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-30269-9) Nature Communications, 13(1), 2561. (2022) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/defensefinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ectyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ectyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..210dbb51 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ectyper.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: ectyper +description: "Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli." +tags: + - escherichia + - coli + - serotype + - o-antigen + - h-antigen + - sample-scope +--- + +# ectyper + +**Tags:** escherichia coli serotype o-antigen h-antigen sample-scope + +Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +Este subworkflow realiza a predição de sorotipo para genomas de Escherichia coli +utilizando o [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping), que prediz +os antígenos O e H a partir de montagens de genoma completo. A ferramenta identifica +marcadores específicos de sorotipo e fornece uma classificação abrangente de sorotipos. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de E. coli | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de predição de sorotipo do ECTyper em formato delimitado por tabulação | +| `txt` | Resultados detalhados do ECTyper em formato de texto | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [ectyper](/developers/modules/ectyper) - Prediz o sorotipo de *Escherichia coli* (antígenos O e H). + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [ectyper](/bactopia-tools/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) + Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C [ECTyper - In silico prediction of _Escherichia coli_ serotype](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ectyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/eggnog.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/eggnog.mdx new file mode 100644 index 00000000..3810c4d3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/eggnog.mdx @@ -0,0 +1,98 @@ +--- +title: eggnog +description: "Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia." +tags: + - functional + - annotation + - orthology + - eggnog + - protein-domains + - sample-scope +--- + +# eggnog + +**Tags:** functional annotation orthology eggnog protein-domains sample-scope + +Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia. + +Este subworkflow realiza anotação funcional em escala genômica usando o +[eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper), que fornece anotação +funcional rápida por meio de atribuição de ortologia. Ele pode, opcionalmente, fazer +o download do banco de dados eggNOG caso não seja fornecido. O pipeline prediz ortólogos, +categorias funcionais e diversos formatos de anotação, incluindo GFF, Excel e relatórios +detalhados. + +## Take + +``` +proteins: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `proteins` | Sequências de proteínas no formato FASTA para anotação funcional | + +``` +database: Path? +download_eggnog: Boolean +save_as_tarball: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path?` | Caminho para o banco de dados eggNOG pré-baixado (opcional) | +| `download_eggnog` | `Boolean` | Flag booleano para acionar o download do banco de dados, caso não seja fornecido | +| `save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleano para salvar o banco de dados baixado como tarball | + +## Emit + +### Published + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `hits` | Hits brutos de busca (Diamond/MMseqs2) contra o banco de dados eggNOG | +| `seed_orthologs` | Lista de ortólogos semente identificados usados para transferência de anotação | +| `annotations` | Arquivo de anotação principal delimitado por tabulação (COGs, KEGG, GO, etc.) | +| `xlsx` | Formato Excel do arquivo de anotações | +| `orthologs` | Lista de ortólogos refinados (opcional) | +| `genepred` | Sequências gênicas preditas (opcional) | +| `gff` | Anotações no formato GFF (opcional) | +| `no_anno` | Arquivo FASTA de sequências que não puderam ser anotadas (opcional) | +| `pfam` | Hits brutos de domínios PFAM (opcional) | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [eggnog_download](/developers/modules/eggnog_download) - Faz o download do banco de dados eggNOG para anotação funcional. +- [eggnog_mapper](/developers/modules/eggnog_mapper) - Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia do eggNOG. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows: + +- [eggnog](/bactopia-tools/eggnog) - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper) + Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper.](http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx148) _Mol. Biol. Evol._ 34, 2115-2122 (2017) + +## Source + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/eggnog) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/emmtyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/emmtyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..89ba42ad --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/emmtyper.mdx @@ -0,0 +1,84 @@ +--- +title: emmtyper +description: "Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma." +tags: + - streptococcus-pyogenes + - emm-typing + - gas + - m-protein + - sample-scope +--- + +# emmtyper + +**Tags:** streptococcus-pyogenes emm-typing gas m-protein sample-scope + +Prediz tipos emm de *Streptococcus pyogenes* a partir de montagens de genoma. + +Este subworkflow usa o [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) para predizer +os tipos emm de cepas de *Streptococcus pyogenes* a partir de genomas montados. Ele processa +cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Conjunto de contigs montados em formato FASTA a ser analisado para genes emm | + +``` +blastdb: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `blastdb` | `Path?` | Banco de dados BLAST opcional contendo sequências de referência de genes emm para maior precisão na tipagem | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resumo delimitado por tabulação do tipo emm e cluster atribuídos | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [emmtyper](/developers/modules/emmtyper) - Tipagem *emm* de montagens de *Streptococcus pyogenes* (Estreptococo do Grupo A). +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [emmtyper](/bactopia-tools/emmtyper) - Tipagem emm de montagens de *Streptococcus pyogenes*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) + Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A [emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/emmtyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/fastani.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/fastani.mdx new file mode 100644 index 00000000..94942271 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/fastani.mdx @@ -0,0 +1,84 @@ +--- +title: fastani +description: "Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas." +tags: + - ani + - average-nucleotide-identity + - taxonomy + - species + - comparison + - run-scope +--- + +# fastani + +**Tags:** ani average-nucleotide-identity taxonomy species comparison run-scope + +Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas. + +Este subworkflow utiliza o [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) para calcular +valores de Identidade Nucleotídica Média (ANI) em nível de genoma completo entre genomas +de consulta e genomas de referência. ANI é uma medida robusta de similaridade genômica +utilizada para a delimitação de espécies na taxonomia microbiana. Os resultados são +agregados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +query: Channel +reference: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Genomas de consulta em formato FASTA para cálculo de ANI | + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Genomas de referência em formato FASTA para cálculo de ANI | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída com escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação das pontuações ANI, fragmentos correspondentes e fragmentos totais | +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [fastani](/developers/modules/fastani) - Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) em nível de genoma completo. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [fastani](/bactopia-tools/fastani) - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genoma completo. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) + Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S [High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.](http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9) _Nat. Commun._ 9, 5114 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/fastani) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gamma.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gamma.mdx new file mode 100644 index 00000000..816b0506 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gamma.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: gamma +description: "Gene Allele Mutation Microbial Assessment." +tags: + - gene + - allele + - mutation + - variant + - antimicrobial-resistance + - sample-scope +--- + +# gamma + +**Tags:** gene allele mutation variant antimicrobial-resistance sample-scope + +Gene Allele Mutation Microbial Assessment. + +Este subworkflow realiza a identificação, classificação e anotação rápida de +correspondências de genes traduzidos a partir de dados de sequenciamento usando o [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA). +A ferramenta rastreia as sequências de entrada contra um banco de dados de proteínas para identificar +variantes de genes, mutações e tipos de alelos, fornecendo anotação e classificação detalhadas. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para identificação de alelos de genes | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `db` | `Path` | Arquivo de banco de dados de proteínas para comparação de sequências (obrigatório) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `gamma` | Arquivo de saída principal do GAMMA contendo correspondências de genes anotadas | +| `psl` | Detalhes brutos do alinhamento no formato PSL | +| `gff` | Correspondências de genes no formato GFF3 | +| `fasta` | Sequências nucleotídicas extraídas dos genes correspondentes | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [gamma](/developers/modules/gamma) - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [gamma](/bactopia-tools/gamma) - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA) + Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL [GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab607) _Bioinformatics_ (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/gamma) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/genotyphi.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/genotyphi.mdx new file mode 100644 index 00000000..c2792d1d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/genotyphi.mdx @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: genotyphi +description: "Atribua genótipos a genomas de Salmonella Typhi." +tags: + - salmonella + - typhi + - genotype + - antimicrobial-resistance + - sample-scope +--- + +# genotyphi + +**Tags:** salmonella typhi genotype antimicrobial-resistance sample-scope + +Atribua genótipos a genomas de Salmonella Typhi. + +Este subworkflow atribui genótipos a genomas de Salmonella Typhi com base nos +resultados do Mykrobe usando o [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi). O fluxo de trabalho primeiro +executa o Mykrobe para predição de resistência antimicrobiana em reads de sequenciamento, em seguida +processa os resultados com o GenoTyphi para atribuir genótipos específicos com base na +presença de marcadores genéticos conhecidos. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (pareados) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (pareados) | +| `se` | Reads Illumina de extremidade única | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Um relatório delimitado por tabulação contendo o genótipo GenoTyphi atribuído | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [mykrobe_predict](/developers/modules/mykrobe_predict) - Prediz Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas. +- [genotyphi_parse](/developers/modules/genotyphi_parse) - Processa resultados do Mykrobe para genotipar *Salmonella* Typhi. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [genotyphi](/bactopia-tools/genotyphi) - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) + Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. [An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid](https://doi.org/10.1038/ncomms12827) _Nature Communications_ 7, 12827. (2016) + +- [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) + Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/genotyphi) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..64475648 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gigatyper.mdx @@ -0,0 +1,75 @@ +--- +title: gigatyper +description: "Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem" +tags: + - mlst + - typing + - multi-scheme + - sample-scope +--- + +# gigatyper + +**Tags:** mlst typing multi-scheme sample-scope + +Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem + +Este subworkflow utiliza o [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) para executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. +Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em +um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +fna: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de MLST em todos os esquemas | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Um arquivo TSV consolidado com resultados do gigatyper de todas as amostras | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [gigatyper](/developers/modules/gigatyper) - Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [gigatyper](/bactopia-tools/gigatyper) - Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper) + Petit III RA, Fearing T, Groves E [GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all?](https://github.com/rpetit3/gigatyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/gigatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gtdb.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gtdb.mdx new file mode 100644 index 00000000..4ff00512 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gtdb.mdx @@ -0,0 +1,94 @@ +--- +title: gtdb +description: "Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database." +tags: + - taxonomy + - classification + - gtdb + - phylogeny + - marker-genes + - sample-scope +--- + +# gtdb + +**Tags:** taxonomy classification gtdb phylogeny marker-genes sample-scope + +Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. + +Este subworkflow atribui classificações taxonômicas objetivas a genomas bacterianos e +arqueais usando [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk), que é baseado no +Genome Taxonomy Database (GTDB). O fluxo de trabalho pode, opcionalmente, baixar o +banco de dados GTDB e suporta formatos de banco de dados descompactados e em tarball. +Ele fornece posicionamento taxonômico e identificação de genes marcadores filogenéticos. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem em formato FASTA para classificação taxonômica | + +``` +database: Path +download_gtdb: Boolean +save_as_tarball: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path` | Caminho para o banco de dados de referência GTDB, ou caminho para download caso `download_gtdb` seja verdadeiro | +| `download_gtdb` | `Boolean` | Flag booleano para acionar o download do banco de dados GTDB caso não seja fornecido | +| `save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleano para usar o formato de banco de dados em tarball ao baixar | + +## Emit + +### Published + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `bac_tsv` | O arquivo de resumo de classificação bacteriana contendo a atribuição taxonômica | +| `ar_tsv` | O arquivo de resumo de classificação arqueal contendo a atribuição taxonômica | +| `supplemental` | Diretório contendo a árvore de referência, alinhamentos e logs detalhados | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [gtdbtk_classifywf](/developers/modules/gtdbtk_classifywf) - Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk. +- [gtdbtk_download](/developers/modules/gtdbtk_download) - Baixa e configura o banco de dados de referência do GTDB-Tk. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [gtdb](/bactopia-tools/gtdb) - Identifica genes marcadores e atribui classificações taxonômicas usando GTDB. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) + Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH [GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848) _Bioinformatics_ (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/gtdb) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gubbins.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gubbins.mdx new file mode 100644 index 00000000..a401e0a6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/gubbins.mdx @@ -0,0 +1,107 @@ +--- +title: gubbins +description: "Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos." +tags: + - recombination + - phylogeny + - filter + - snp + - core-genome + - run-scope +--- + +# gubbins + +**Tags:** recombination phylogeny filter snp core-genome run-scope + +Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos. + +Este subworkflow utiliza o [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) (Globally +Optimised Bacterial Phylogenomic analysis) para identificar regiões de recombinação em +alinhamentos de genoma central bacteriano. Ele filtra iterativamente a recombinação para +produzir uma filogenia livre de recombinação e, em seguida, calcula distâncias de SNP a partir do +alinhamento mascarado. O Gubbins é essencial para a reconstrução filogenética precisa +de espécies bacterianas recombinantes. + +## Take + +``` +alignment: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `aln` | Alinhamento de múltiplas sequências no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `masked_aln` | Alinhamento mascarado para recombinação no formato FASTA | +| `fasta` | Alinhamento concatenado antes do mascaramento no formato FASTA | +| `gff` | Arquivo GFF contendo coordenadas das regiões de recombinação | +| `vcf` | Arquivo VCF contendo SNPs filtrados pelo Gubbins | +| `stats` | Estatísticas resumidas da análise do Gubbins | +| `phylip` | Alinhamento mascarado para recombinação no formato PHYLIP | +| `embl_predicted` | Predições de recombinação no formato EMBL | +| `embl_branch` | Recombinação específica de ramo no formato EMBL | +| `tree` | Árvore de máxima verossimilhança a partir dos SNPs filtrados no formato Newick | +| `tree_labelled` | Árvore anotada com rótulos de nós no formato Newick | +| `bootstrap_tree` | Árvore filogenética com bootstrap no formato Newick | +| `tsv` | Distâncias de SNP pareadas a partir do alinhamento mascarado no formato TSV | + +### Entradas para Subworkflows Posteriores + +As emissões a seguir são destinadas a serem utilizadas como entradas para subworkflows posteriores. + +#### `alignment` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aln` | Alinhamento mascarado para recombinação para análise filogenética posterior | + +## Composição do Subworkflow + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) - Calcular distâncias de SNP pareadas a partir de alinhamentos de sequências. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [gubbins](/developers/modules/gubbins) - Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento de genoma central. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) + Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J, Harris SR [Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins.](https://doi.org/10.1093/nar/gku1196) _Nucleic Acids Research_ 43(3), e15. (2015) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/gubbins) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hicap.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hicap.mdx new file mode 100644 index 00000000..46b3ba32 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hicap.mdx @@ -0,0 +1,90 @@ +--- +title: hicap +description: "Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae." +tags: + - haemophilus + - influenzae + - serotype + - capsule + - cap-locus + - sample-scope +--- + +# hicap + +**Tags:** haemophilus influenzae serotype capsule cap-locus sample-scope + +Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae. + +Este subworkflow realiza a sorotipagem de *Haemophilus influenzae* por meio da análise +do locus capsular utilizando o [hicap](https://github.com/scwatts/hicap). A ferramenta +identifica o tipo capsular e produz anotações detalhadas do locus cap, +incluindo representação gráfica em formato SVG e anotação em formato GenBank. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem em formato FASTA para predição do sorotipo de H. influenzae | + +``` +database_dir: Path? +model_fp: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database_dir` | `Path?` | Diretório contendo os arquivos do banco de dados de referência do hicap (opcional) | +| `model_fp` | `Path?` | Caminho para o arquivo de modelo HMM para detecção aprimorada (opcional) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `gbff` | Arquivo GenBank contendo a região do locus capsular anotada (opcional) | +| `svg` | Visualização SVG do arranjo de genes do locus capsular (opcional) | +| `tsv` | Resumo delimitado por tabulação do sorotipo previsto e cobertura do locus | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [hicap](/developers/modules/hicap) - Prediz o sorotipo capsular de *Haemophilus influenzae*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [hicap](/bactopia-tools/hicap) - Identifica o sorotipo e a estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) + Watts SC, Holt KE [hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus.](https://doi.org/10.1128/JCM.00190-19) _Journal of Clinical Microbiology_ JCM.00190-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/hicap) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hpsuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hpsuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..ecbe321a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/hpsuissero.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: hpsuissero +description: "Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis." +tags: + - haemophilus + - parasuis + - serotype + - epidemiology + - sample-scope +--- + +# hpsuissero + +**Tags:** haemophilus parasuis serotype epidemiology sample-scope + +Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis. + +Este subworkflow realiza a sorotipagem de Haemophilus parasuis utilizando +[HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero), que identifica +marcadores específicos de sorotipo em montagens de genomas. A ferramenta fornece +classificação rápida de isolados de H. parasuis em seus respectivos sorotipos, +o que é importante para a vigilância epidemiológica e o desenvolvimento de vacinas. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de H. parasuis | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de predição de sorotipo do HpsuisSero em formato delimitado por tabulação | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [hpsuissero](/developers/modules/hpsuissero) - Prediz o sorotipo de *Haemophilus parasuis*. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [hpsuissero](/bactopia-tools/hpsuissero) - Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis. + +## Citações + +Se você utilizar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) + Lui J [HpsuisSero: Rapid _Haemophilus parasuis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/hpsuissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..ed592e20 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/index.mdx @@ -0,0 +1,102 @@ +--- +title: Subworkflows +description: All available Bactopia subworkflows +slug: /subworkflows +--- + +# Subworkflows + +Bactopia inclui 90 subworkflows que orquestram módulos em unidades de análise reutilizáveis. Você também pode [navegar por tag](/developers/tags). + +| Subworkflow | Descrição | +|-------------|-------------| +| [abricate](/developers/subworkflows/abricate) | Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência. | +| [abritamr](/developers/subworkflows/abritamr) | Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus. | +| [agrvate](/developers/subworkflows/agrvate) | Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon de *Staphylococcus aureus*. | +| [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) | Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. | +| [ariba](/developers/subworkflows/ariba) | Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados. | +| [bactopia_assembler](/developers/subworkflows/bactopia_assembler) | Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador. | +| [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) | Baixar e disponibilizar conjuntos de dados pré-compilados requeridos pelo Bactopia. | +| [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) | Buscar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada. | +| [bactopia_qc](/developers/subworkflows/bactopia_qc) | Realizar controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. | +| [bactopia_sketcher](/developers/subworkflows/bactopia_sketcher) | Criar sketches genômicos e realizar classificação taxonômica rápida. | +| [bakta](/developers/subworkflows/bakta) | Anotação rápida de genomas bacterianos. | +| [blastn](/developers/subworkflows/blastn) | Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos. | +| [blastp](/developers/subworkflows/blastp) | Pesquisar sequências de proteínas em banco de dados de proteínas. | +| [blastx](/developers/subworkflows/blastx) | Traduzir sequências de nucleotídeos e pesquisar banco de dados de proteínas. | +| [bracken](/developers/subworkflows/bracken) | Estimar abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. | +| [btyper3](/developers/subworkflows/btyper3) | Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo *Bacillus cereus*. | +| [busco](/developers/subworkflows/busco) | Avaliar a completude da montagem de genoma usando BUSCO. | +| [checkm](/developers/subworkflows/checkm) | Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM. | +| [checkm2](/developers/subworkflows/checkm2) | Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM2. | +| [clermontyping](/developers/subworkflows/clermontyping) | Prever filogrupos de *Escherichia coli* a partir de montagens de genoma. | +| [clonalframeml](/developers/subworkflows/clonalframeml) | Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas. | +| [deacon](/developers/subworkflows/deacon) | Remover reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon. | +| [defensefinder](/developers/subworkflows/defensefinder) | Buscar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago. | +| [ectyper](/developers/subworkflows/ectyper) | Predição in silico do sorotipo de *Escherichia coli*. | +| [eggnog](/developers/subworkflows/eggnog) | Anotação funcional por atribuição de ortologia. | +| [emmtyper](/developers/subworkflows/emmtyper) | Prever tipos emm de *Streptococcus pyogenes* a partir de montagens de genoma. | +| [fastani](/developers/subworkflows/fastani) | Calcular Identidade Média de Nucleotídeos (ANI) entre genomas. | +| [gamma](/developers/subworkflows/gamma) | Avaliação Microbiana de Mutações em Alelos de Genes. | +| [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) | Atribuir genótipos a genomas de *Salmonella* Typhi. | +| [gigatyper](/developers/subworkflows/gigatyper) | Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. | +| [gtdb](/developers/subworkflows/gtdb) | Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database. | +| [gubbins](/developers/subworkflows/gubbins) | Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos. | +| [hicap](/developers/subworkflows/hicap) | Sorotipagem in silico do locus da cápsula de *Haemophilus influenzae*. | +| [hpsuissero](/developers/subworkflows/hpsuissero) | Sorotipagem rápida de *Haemophilus parasuis*. | +| [iqtree](/developers/subworkflows/iqtree) | Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. | +| [ismapper](/developers/subworkflows/ismapper) | Identificar sítios de inserção de transposase em genomas bacterianos. | +| [kleborate](/developers/subworkflows/kleborate) | Ferramenta de genotipagem para *Klebsiella pneumoniae* e seu complexo de espécies relacionadas. | +| [kraken2](/developers/subworkflows/kraken2) | Classificar reads metagenômicos usando Kraken2. | +| [legsta](/developers/subworkflows/legsta) | Tipagem por Sequência Baseada in silico de *Legionella pneumophila*. | +| [lissero](/developers/subworkflows/lissero) | Predição de sorotipo in silico para *Listeria monocytogenes*. | +| [mashdist](/developers/subworkflows/mashdist) | Calcular distâncias Mash entre sequências e uma referência. | +| [mashtree](/developers/subworkflows/mashtree) | Criar árvores filogenéticas usando distâncias Mash. | +| [mcroni](/developers/subworkflows/mcroni) | Scripts para encontrar e processar variantes de promotor a montante de mcr-1. | +| [meningotype](/developers/subworkflows/meningotype) | Prever sorotipos de *Neisseria meningitidis* a partir de montagens de genoma. | +| [merlin](/developers/subworkflows/merlin) | Seleção de ferramentas Bactopia específicas por espécie assistida por MinER. | +| [merlindist](/developers/subworkflows/merlindist) | Identificar espécies a partir de montagem e dados de reads usando distâncias Mash. | +| [midas](/developers/subworkflows/midas) | Perfil em nível de espécie a partir de dados metagenômicos. | +| [mlst](/developers/subworkflows/mlst) | Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. | +| [mobsuite](/developers/subworkflows/mobsuite) | Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano. | +| [mykrobe](/developers/subworkflows/mykrobe) | Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento. | +| [ncbigenomedownload](/developers/subworkflows/ncbigenomedownload) | Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. | +| [ngmaster](/developers/subworkflows/ngmaster) | Realizar tipagem por sequência multi-antígeno de *Neisseria gonorrhoeae* a partir de montagens de genoma. | +| [nohuman](/developers/subworkflows/nohuman) | Remover reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman. | +| [panaroo](/developers/subworkflows/panaroo) | Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo. | +| [pangenome](/developers/subworkflows/pangenome) | Realizar análise de pan-genoma com filogenia do genoma core opcional. | +| [pasty](/developers/subworkflows/pasty) | Prever sorogrupos de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de montagens. | +| [pbptyper](/developers/subworkflows/pbptyper) | Prever tipos de proteína ligadora de penicilina (PBP) de *Streptococcus pneumoniae* a partir de montagens de genoma. | +| [phispy](/developers/subworkflows/phispy) | Predição de profagos a partir de genomas bacterianos. | +| [pirate](/developers/subworkflows/pirate) | Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE. | +| [plasmidfinder](/developers/subworkflows/plasmidfinder) | Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genoma bacteriano. | +| [pneumocat](/developers/subworkflows/pneumocat) | Realizar tipagem capsular de *Streptococcus pneumoniae* a partir de dados NGS. | +| [prokka](/developers/subworkflows/prokka) | Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. | +| [quast](/developers/subworkflows/quast) | Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST. | +| [rgi](/developers/subworkflows/rgi) | Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteína ou nucleotídeo. | +| [roary](/developers/subworkflows/roary) | Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary. | +| [sccmec](/developers/subworkflows/sccmec) | Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus*. | +| [scoary](/developers/subworkflows/scoary) | Estudos de associação pan-genômica. | +| [scrubber](/developers/subworkflows/scrubber) | Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos. | +| [seqsero2](/developers/subworkflows/seqsero2) | Prever sorotipos de *Salmonella* a partir de montagens de genoma. | +| [seroba](/developers/subworkflows/seroba) | Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de *Streptococcus pneumoniae*. | +| [shigapass](/developers/subworkflows/shigapass) | Prever sorotipos de *Shigella* a partir de montagens. | +| [shigatyper](/developers/subworkflows/shigatyper) | Prever sorotipos de *Shigella* a partir de reads ou montagens. | +| [shigeifinder](/developers/subworkflows/shigeifinder) | Prever sorotipos de *Shigella* e EIEC a partir de montagens. | +| [sistr](/developers/subworkflows/sistr) | Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource. | +| [snippy_core](/developers/subworkflows/snippy_core) | Gerar alinhamento de SNPs do genoma core a partir de saídas Snippy por amostra. | +| [snippy_run](/developers/subworkflows/snippy_run) | Chamar variantes contra um genoma de referência usando Snippy. | +| [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) | Calcular distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequência. | +| [spatyper](/developers/subworkflows/spatyper) | Prever tipos spa de *Staphylococcus aureus* a partir de montagens de genoma. | +| [srahumanscrubber](/developers/subworkflows/srahumanscrubber) | Remover contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA. | +| [ssuissero](/developers/subworkflows/ssuissero) | Prever sorotipos de *Streptococcus suis* a partir de montagens de genoma. | +| [staphopiasccmec](/developers/subworkflows/staphopiasccmec) | Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus* usando o método Staphopia. | +| [staphscan](/developers/subworkflows/staphscan) | Análise de vigilância baseada em genoma de *Staphylococcus aureus*. | +| [staphtyper](/developers/subworkflows/staphtyper) | Determinar os tipos agr, spa, SCCmec e realizar vigilância baseada em genoma para genomas de *Staphylococcus aureus*. | +| [stecfinder](/developers/subworkflows/stecfinder) | Identificar e sorotipificar *E. coli* produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. | +| [sylph](/developers/subworkflows/sylph) | Perfilar composição microbiana usando Sylph. | +| [tblastn](/developers/subworkflows/tblastn) | Pesquisar sequências de consulta de proteínas em banco de dados de nucleotídeos. | +| [tblastx](/developers/subworkflows/tblastx) | Traduzir sequências de consulta de nucleotídeos e pesquisar banco de dados de nucleotídeos. | +| [tbprofiler](/developers/subworkflows/tbprofiler) | Ferramenta de perfil para *Mycobacterium tuberculosis* para detectar resistência e tipo de cepa. | +| [teton](/developers/subworkflows/teton) | Realizar classificação taxonômica e estimar tamanhos de genomas bacterianos. | +| [traitar](/developers/subworkflows/traitar) | Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/iqtree.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/iqtree.mdx new file mode 100644 index 00000000..6bd19e79 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/iqtree.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: iqtree +description: "Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos." +tags: + - phylogeny + - maximum-likelihood + - tree + - bootstrap + - model-selection + - run-scope +--- + +# iqtree + +**Tags:** phylogeny maximum-likelihood tree bootstrap model-selection run-scope + +Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos. + +Este subworkflow utiliza o [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) para construir +árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos de múltiplas +sequências. O IQ-TREE implementa algoritmos estocásticos rápidos e eficazes para +inferência filogenética, incluindo seleção automática de modelos via ModelFinder. Ele +produz árvores filogenéticas com suporte de bootstrap e diversos arquivos suplementares +para visualização e análise de árvores. + +## Take + +``` +alignment: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `aln` | Alinhamento de múltiplas sequências no formato FASTA | + +## Emit + +### Published + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento de múltiplas sequências de entrada (repassado) | +| `nwk` | Árvore filogenética de máxima verossimilhança no formato Newick | +| `supplemental` | Relatório detalhado, matriz de distâncias e parâmetros do modelo | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [iqtree](/developers/modules/iqtree) - Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma core. +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes por haplótipo e alinhamento do genoma core. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) + Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +## Source + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/iqtree) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ismapper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ismapper.mdx new file mode 100644 index 00000000..ca0e75bf --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ismapper.mdx @@ -0,0 +1,90 @@ +--- +title: ismapper +description: "Identificar sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos." +tags: + - insertion + - sequence + - transposase + - mobile-genetic-elements + - sample-scope +--- + +# ismapper + +**Tags:** insertion sequence transposase mobile-genetic-elements sample-scope + +Identificar sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos. + +Este subworkflow mapeia posições de sequências de inserção (IS) em genomas bacterianos +utilizando [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper). A ferramenta identifica +sítios de inserção de transposases a partir de dados de sequenciamento de reads curtas, +mapeando reads para sequências de referência e detectando sítios de inserção com alta precisão. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina de extremidade única (não suportado pelo ISMapper) | +| `lr` | Reads longas (não suportadas pelo ISMapper) | + +``` +reference: Path +insertions: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `reference` | `Path` | Genoma de referência no formato FASTA para mapeamento | +| `insertions` | `Path` | Arquivo de referência de sequências de inserção contendo elementos IS para mapear | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `supplemental` | Diretório contendo as tabelas finais de sítios de inserção e resumos visuais | + +#### `run_outputs` + +Sem saídas de escopo de execução. + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [ismapper](/developers/modules/ismapper) - Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [ismapper](/bactopia-tools/ismapper) - Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) + Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE [ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data](http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-1860-2). _BMC Genomics_ 16, 667 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ismapper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kleborate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kleborate.mdx new file mode 100644 index 00000000..a19e417b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kleborate.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: kleborate +description: "Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas." +tags: + - klebsiella + - pneumoniae + - genotyping + - virulence + - capsule + - sample-scope +--- + +# kleborate + +**Tags:** klebsiella pneumoniae genotyping virulence capsule sample-scope + +Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas. + +Este subworkflow realiza a genotipagem abrangente de Klebsiella pneumoniae +e espécies relacionadas utilizando o [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate). A ferramenta +identifica loci capsulares (K) e de O-antígeno (L), fatores de virulência e genes de +resistência antimicrobiana adquiridos, fornecendo um genótipo detalhado para estudos de +vigilância e epidemiologia. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem em formato FASTA para genotipagem de Klebsiella | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados do Kleborate delimitados por tabulação com predições de espécie, MLST, virulência e resistência | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [kleborate](/developers/modules/kleborate) - Genotipagem e triagem de montagens de genomas de *Klebsiella*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [kleborate](/bactopia-tools/kleborate) - Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) + Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE [A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.](https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3) _Nat Commun_ 12, 4188 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/kleborate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kraken2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kraken2.mdx new file mode 100644 index 00000000..ddbe651f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/kraken2.mdx @@ -0,0 +1,90 @@ +--- +title: kraken2 +description: "Classifique reads metagenômicos usando Kraken2." +tags: + - metagenomics + - taxonomic-classification + - kraken2 + - k-mer + - sample-scope +--- + +# kraken2 + +**Tags:** metagenomics taxonomic-classification kraken2 k-mer sample-scope + +Classifique reads metagenômicos usando Kraken2. + +Este subworkflow realiza a classificação taxonômica de reads metagenômicos usando [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2), +um sistema de classificação taxonômica rápido. Ele atribui rótulos taxonômicos a reads de sequenciamento com base em correspondência de k-mers contra um banco de dados de referência. + +Utiliza campos de registro posicional explícito para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +``` +database: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path` | Caminho para o banco de dados Kraken2 para classificação taxonômica. | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `kraken2_report` | Relatório padrão do Kraken2 contendo contagens de abundância taxonômica | +| `scrub_report` | Relatório resumido de reads removidas durante a eliminação do hospedeiro (opcional) | +| `special_meta` | Um registro de metadados simplificado para uso interno | +| `classified` | Reads atribuídas a um táxon no banco de dados (FASTQ) | +| `unclassified` | Reads NÃO atribuídas a nenhum táxon (FASTQ) | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [kraken2](/developers/modules/kraken2) - Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [kraken2](/bactopia-tools/kraken2) - Classificação taxonômica de reads de sequência metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/kraken2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/legsta.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/legsta.mdx new file mode 100644 index 00000000..2ff94d72 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/legsta.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: legsta +description: "Tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila in silico." +tags: + - legionella + - pneumophila + - sequence-typing + - st + - epidemiology + - sample-scope +--- + +# legsta + +**Tags:** legionella pneumophila sequence-typing st epidemiology sample-scope + +Tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila in silico. + +Este subworkflow realiza a tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila +usando [legsta](https://github.com/tseemann/legsta), que identifica o +Tipo de Sequência (ST) com base no esquema de sete loci. A ferramenta analisa +perfis de alelos e fornece dados de tipagem epidemiológica para investigação +de surtos e estudos populacionais. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem em formato FASTA para tipagem de sequência de L. pneumophila | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de SBT de Legionella pneumophila delimitados por tabulação com números de alelos e tipo de sequência | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [legsta](/developers/modules/legsta) - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) in silico de *Legionella pneumophila*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [legsta](/bactopia-tools/legsta) - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) + Seemann T [legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing](https://github.com/tseemann/legsta) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/legsta) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/lissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/lissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..883bb694 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/lissero.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: lissero +description: "Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes." +tags: + - listeria + - monocytogenes + - serotype + - outbreak + - sample-scope +--- + +# lissero + +**Tags:** listeria monocytogenes serotype outbreak sample-scope + +Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes. + +Este subworkflow realiza a predição de sorotipo para Listeria monocytogenes +utilizando [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero), que identifica marcadores +específicos de sorotipo em montagens de genomas. A ferramenta fornece classificação +rápida nos principais sorotipos de L. monocytogenes, o que é importante para +investigação e rastreamento de surtos. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de L. monocytogenes | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do LisSero delimitados por tabulação com sorogrupo predito e detecção de genes marcadores | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [lissero](/developers/modules/lissero) - Prediz o sorogrupo de *Listeria monocytogenes*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [lissero](/bactopia-tools/lissero) - Predição de tipagem de sorogrupo para Listeria monocytogenes. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) + Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A [LisSero - _In silico_ serotype prediction for _Listeria monocytogenes_](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/lissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashdist.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashdist.mdx new file mode 100644 index 00000000..7fc4ed80 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashdist.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: mashdist +description: "Calcule distâncias Mash entre sequências e uma referência." +tags: + - mash + - distance + - minhash + - comparison + - reference + - sample-scope +--- + +# mashdist + +**Tags:** mash distance minhash comparison reference sample-scope + +Calcule distâncias Mash entre sequências e uma referência. + +Este subworkflow usa [Mash](https://github.com/marbl/Mash) para calcular distâncias +baseadas em MinHash entre sequências de consulta e uma sequência de referência. Ele +cria esboços Mash das sequências de entrada e computa valores de distância, depois +agrega todos os cálculos de distância em um relatório consolidado único. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `fna` | Sequências em formato FASTA para comparar com a referência | + +``` +reference: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | Sequência de referência em formato FASTA para cálculos de distância | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `dist` | Um resumo delimitado por tabulação das distâncias Mash e valores-p | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados de distância Mash mesclados de todas as amostras | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [mash_dist](/developers/modules/mash_dist) - Calcula distâncias genômicas usando esboços MinHash. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [mashdist](/bactopia-tools/mashdist) - Calcula distâncias Mash entre sequências e genomas de referência. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mashdist) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashtree.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashtree.mdx new file mode 100644 index 00000000..317cba6e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mashtree.mdx @@ -0,0 +1,77 @@ +--- +title: mashtree +description: "Crie árvores filogenéticas usando distâncias Mash." +tags: + - phylogeny + - tree + - mash + - distance + - comparison + - run-scope +--- + +# mashtree + +**Tags:** phylogeny tree mash distance comparison run-scope + +Crie árvores filogenéticas usando distâncias Mash. + +Este subworkflow utiliza o [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) para comparar +rapidamente arquivos de sequência de genoma completo e gerar árvores filogenéticas. Ele cria sketches +Mash dos genomas de entrada, calcula distâncias par a par e constrói uma árvore baseada +na matriz de distâncias. + +## Take + +``` +assemblies: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados pré-coletados no formato FASTA (múltiplos genomas) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `nwk` | Árvore filogenética no formato Newick | +| `tsv` | Matriz de distâncias par a par | +| `sketches` | Arquivos de sketch Mash individuais | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [mashtree](/developers/modules/mashtree) - Construção rápida de árvore filogenômica sem alinhamento. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [mashtree](/bactopia-tools/mashtree) - Construção rápida de árvore filogenética usando distâncias Mash. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) + Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA [Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files.](https://doi.org/10.21105/joss.01762) _Journal of Open Source Software_, 4(44), 1762 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mashtree) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mcroni.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mcroni.mdx new file mode 100644 index 00000000..87cc24b0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mcroni.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: mcroni +description: "Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1." +tags: + - mcr-1 + - colistin + - resistance + - promoter + - variant + - sample-scope +--- + +# mcroni + +**Tags:** mcr-1 colistin resistance promoter variant sample-scope + +Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1. + +Este subworkflow identifica e caracteriza variantes de promotor upstream do +gene de resistência à colistina mcr-1 usando [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni). +A ferramenta busca mutações na região promotora que podem afetar os níveis de expressão +do mcr-1, o que é importante para entender a regulação da +resistência à colistina mediada por plasmídeo. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para análise do promotor de mcr-1 | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de variação do gene mcr-1 delimitados por tabulação | +| `fa` | Sequência do gene mcr-1 extraída no formato FASTA (opcional) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [mcroni](/developers/modules/mcroni) - Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina *mcr-1*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [mcroni](/bactopia-tools/mcroni) - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada). + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni) + Shaw L [mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1](https://github.com/liampshaw/mcroni) (GitHub) + +## Código-Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mcroni) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/meningotype.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/meningotype.mdx new file mode 100644 index 00000000..e5969748 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/meningotype.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: meningotype +description: "Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genomas." +tags: + - neisseria-meningitidis + - serotype + - finetype + - bexsero + - meningococcal + - sample-scope +--- + +# meningotype + +**Tags:** neisseria-meningitidis serotype finetype bexsero meningococcal sample-scope + +Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genomas. + +Este subworkflow utiliza [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) para realizar +sorotipagem in silico, finetyping e tipagem de sequências de antígenos Bexsero de *Neisseria meningitidis* +a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os +resultados em um único relatório consolidado. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do meningotype em formato delimitado por tabulação com predições de sorogrupo, PorA e FetA | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [meningotype](/developers/modules/meningotype) - Sorotipagem e finetyping de *Neisseria meningitidis*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [meningotype](/bactopia-tools/meningotype) - Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) + Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T [meningotype: in silico typing for _Neisseria meningitidis_.](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/meningotype) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlin.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlin.mdx new file mode 100644 index 00000000..02cc8699 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlin.mdx @@ -0,0 +1,117 @@ +--- +title: merlin +description: "MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN." +tags: + - species + - identification + - typing + - serotype + - virulence + - sample-scope +--- + +# merlin + +**Tags:** species identification typing serotype virulence sample-scope + +MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN. + +Este subworkflow realiza identificação inteligente de espécies e seleciona as ferramentas de tipagem específicas para cada espécie com base no organismo detectado. Ele primeiro identifica as espécies potenciais usando estimativa de distância MinHash e, em seguida, executa subworkflows específicos para caracterização detalhada, incluindo sorotipagem, MLST, detecção de fatores de virulência e perfil de resistência antimicrobiana. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Arquivo de montagem para identificação e tipagem de espécies | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) ou null | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) ou null | +| `se` | Reads Illumina single-end ou null | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) ou null | + +``` +mash_db: Path +emmtyper_blastdb: Path? +hicap_database_dir: Path? +hicap_model_fp: Path? +staphtyper_repeats: Path? +staphtyper_repeat_order: Path? +staphscan_db_mlst: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `mash_db` | `Path` | Banco de dados Mash sketch para identificação rápida de espécies | +| `emmtyper_blastdb` | `Path?` | Banco de dados BLAST do EMMTyper para tipagem emm de *Streptococcus pyogenes* (opcional) | +| `hicap_database_dir` | `Path?` | Diretório do banco de dados HiCAP para sorotipagem de *Haemophilus influenzae* (opcional) | +| `hicap_model_fp` | `Path?` | Arquivo de modelo HMM do HiCAP para detecção aprimorada (opcional) | +| `staphtyper_repeats` | `Path?` | Sequências repetidas de *Staphylococcus aureus* para tipagem spa (opcional) | +| `staphtyper_repeat_order` | `Path?` | Arquivo de ordem de repetição de *Staphylococcus aureus* para tipagem spa (opcional) | +| `staphscan_db_mlst` | `Path?` | Diretório de banco de dados MLST personalizado para vigilância StaphSCAN (opcional) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Registros mistos por amostra provenientes do merlindist e de todos os subworkflows de tipagem específicos por espécie ativados (ex.: ectyper, sistr, kleborate). Cada registro contém campos específicos da ferramenta. + +#### `run_outputs` + +Resultados agregados mistos de todos os subworkflows de tipagem específicos por espécie ativados. Cada registro contém resumos entre amostras específicos de cada ferramenta. + +## Composição do Subworkflow + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [clermontyping](/developers/subworkflows/clermontyping) - Prediz filogrupos de *Escherichia coli* a partir de montagens genômicas. +- [ectyper](/developers/subworkflows/ectyper) - Predição in silico do sorotipo de *Escherichia coli*. +- [emmtyper](/developers/subworkflows/emmtyper) - Prediz tipos emm de *Streptococcus pyogenes* a partir de montagens genômicas. +- [genotyphi](/developers/subworkflows/genotyphi) - Atribui genótipos a genomas de *Salmonella* Typhi. +- [hicap](/developers/subworkflows/hicap) - Sorotipagem in silico do locus da cápsula de *Haemophilus influenzae*. +- [hpsuissero](/developers/subworkflows/hpsuissero) - Sorotipagem rápida de *Haemophilus parasuis*. +- [kleborate](/developers/subworkflows/kleborate) - Ferramenta de genotipagem para *Klebsiella pneumoniae* e seu complexo de espécies relacionadas. +- [legsta](/developers/subworkflows/legsta) - Tipagem baseada em sequência in silico de *Legionella pneumophila*. +- [lissero](/developers/subworkflows/lissero) - Predição in silico de sorotipo para *Listeria monocytogenes*. +- [merlindist](/developers/subworkflows/merlindist) - Identifica espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash. +- [ngmaster](/developers/subworkflows/ngmaster) - Realiza tipagem por sequência de múltiplos antígenos de *Neisseria gonorrhoeae* a partir de montagens genômicas. +- [pasty](/developers/subworkflows/pasty) - Prediz sorogrupos de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de montagens. +- [pbptyper](/developers/subworkflows/pbptyper) - Prediz tipos de proteína ligadora de penicilina (PBP) de *Streptococcus pneumoniae* a partir de montagens genômicas. +- [seqsero2](/developers/subworkflows/seqsero2) - Prediz sorotipos de *Salmonella* a partir de montagens genômicas. +- [seroba](/developers/subworkflows/seroba) - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de *Streptococcus pneumoniae*. +- [shigapass](/developers/subworkflows/shigapass) - Prediz sorotipos de *Shigella* a partir de montagens. +- [shigatyper](/developers/subworkflows/shigatyper) - Prediz sorotipos de *Shigella* a partir de reads ou montagens. +- [shigeifinder](/developers/subworkflows/shigeifinder) - Prediz sorotipos de *Shigella* e EIEC a partir de montagens. +- [sistr](/developers/subworkflows/sistr) - Ferramenta de linha de comando para tipagem in silico de *Salmonella*. +- [ssuissero](/developers/subworkflows/ssuissero) - Prediz sorotipos de *Streptococcus suis* a partir de montagens genômicas. +- [staphtyper](/developers/subworkflows/staphtyper) - Determina os tipos agr, spa e SCCmec e realiza vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_. +- [stecfinder](/developers/subworkflows/stecfinder) - Identifica e sorotipa *E. coli* produtoras de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. +- [tbprofiler](/developers/subworkflows/tbprofiler) - Ferramenta de perfilamento de *Mycobacterium tuberculosis* para detectar resistência e tipo de linhagem. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [merlin](/bactopia-tools/merlin) - Seleção e execução de ferramentas específicas por espécie assistida pelo MinMER. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/merlin) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlindist.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlindist.mdx new file mode 100644 index 00000000..3eba2610 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/merlindist.mdx @@ -0,0 +1,100 @@ +--- +title: merlindist +description: "Identifique espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash." +tags: + - species + - identification + - mash + - distance + - classification + - taxonomy + - sample-scope +--- + +# merlindist + +**Tags:** species identification mash distance classification taxonomy sample-scope + +Identifique espécies a partir de dados de montagem e reads usando distâncias Mash. + +Este subworkflow realiza identificação rápida de espécies usando cálculos de distância do [Mash](https://github.com/marbl/Mash) +em relação a um banco de dados de referência. É um componente central do pipeline MERLIN +(MinER assisted species-specific bactopia tool seLectIoN), responsável por determinar +quais ferramentas de tipagem espécie-específicas devem ser executadas com base no organismo detectado. O fluxo de trabalho +emite canais filtrados por gêneros detectados para análises espécie-específicas posteriores. + +## Take + +``` +ch_seqs: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados no formato FASTA para identificação de espécies | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) ou null | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) ou null | +| `se` | Reads Illumina single-end ou null | +| `lr` | Reads longas (ONT/PacBio) ou null | + +``` +ch_mash_db: Path +``` + +| Nome | Descrição | +|------|-------------| +| `mash_db` | Banco de dados de sketches Mash para identificação rápida de espécies | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `dist` | Os resultados brutos de distância Mash | +| `fna` | Passagem dos contigs montados | +| `r1` | Passagem dos reads R1 Illumina | +| `r2` | Passagem dos reads R2 Illumina | +| `se` | Passagem dos reads single-end | +| `lr` | Passagem dos reads longas | +| `escherichia` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Escherichia | +| `haemophilus` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Haemophilus | +| `klebsiella` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Klebsiella | +| `legionella` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Legionella | +| `listeria` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Listeria | +| `mycobacterium` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Mycobacterium | +| `neisseria` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Neisseria | +| `pseudomonas` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Pseudomonas | +| `salmonella` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Salmonella | +| `staphylococcus` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Staphylococcus | +| `streptococcus` | Arquivo marcador condicional que aciona ferramentas de análise de Streptococcus | +| `genus` | Arquivo marcador indicando o gênero detectado (para depuração) | + +#### `run_outputs` + +Sem saídas de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [merlin_dist](/developers/modules/merlin_dist) - Identifica espécies para acionar análises posteriores específicas de gênero (Merlin). + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mash](https://github.com/marbl/Mash) + Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/merlindist) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/midas.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/midas.mdx new file mode 100644 index 00000000..e4738a18 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/midas.mdx @@ -0,0 +1,99 @@ +--- +title: midas +description: "Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - species + - profiling + - abundance + - strain + - sample-scope +--- + +# midas + +**Tags:** metagenomics species profiling abundance strain sample-scope + +Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos. + +Este subworkflow estima variação genômica em nível de cepa a partir de dados metagenômicos +usando o [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS). O pipeline identifica as abundâncias +de espécies bacterianas e fornece perfilamento em nível de cepa, incluindo análise de SNPs. +Ele utiliza um banco de dados de referência abrangente para identificação e quantificação +precisa de espécies em comunidades microbianas complexas. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (não suportado pelo MIDAS) | + +``` +database: Path? +download_midas: Boolean +save_as_tarball: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path?` | Banco de dados de referência do MIDAS para identificação e quantificação de espécies | +| `download_midas` | `Boolean` | Flag booleana para baixar automaticamente o banco de dados do MIDAS caso não esteja disponível | +| `save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleana para salvar o banco de dados baixado como tarball | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação da abundância e cobertura de espécies | +| `abundances` | Perfil detalhado de abundância de espécies | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados de abundância de espécies consolidados de todas as amostras | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [midas_species](/developers/modules/midas_species) - Estima a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos. +- [midas_download](/developers/modules/midas_download) - Baixa o banco de dados de referência do MIDAS. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows: + +- [midas](/bactopia-tools/midas) - Estima abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) + Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS [An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography.](https://doi.org/10.1101/gr.201863.115) _Genome Research_, 26(11), 1612-1625. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/midas) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mlst.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mlst.mdx new file mode 100644 index 00000000..43004600 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mlst.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: mlst +description: "Determine multilocus tipo de sequencias (MLST) from bacterial assemblies." +tags: + - mlst + - sequence-typing + - pubmlst + - bacteria + - sample-scope +--- + +# mlst + +**Tags:** mlst sequence-typing pubmlst bacteria sample-scope + +Determina tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. + +Este subworkflow utiliza o [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) para varrer +contigs montados contra esquemas de tipagem PubMLST e determinar tipos de sequência (STs). Ele processa +cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `db` | `Path` | Banco de dados PubMLST a ser usado para tipagem MLST | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Um resumo delimitado por tabulação contendo a Amostra, Esquema, ST e IDs de Alelos | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Um arquivo TSV mesclado com resultados do mlst de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [mlst](/developers/modules/mlst) - Tipagem de Sequência Multi-Locus (MLST) automática de montagens de genomas. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [mlst](/bactopia-tools/mlst) - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) + Seemann T [mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes](https://github.com/tseemann/mlst) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mlst) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mobsuite.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mobsuite.mdx new file mode 100644 index 00000000..77d7885e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mobsuite.mdx @@ -0,0 +1,81 @@ +--- +title: mobsuite +description: "Reconstrua e classifique plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos." +tags: + - plasmid + - reconstruction + - typing + - mobilome + - bacterial-genome + - sample-scope +--- + +# mobsuite + +**Tags:** plasmid reconstruction typing mobilome bacterial-genome sample-scope + +Reconstrua e classifique plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +Este subworkflow usa o [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) para reconstruir +e classificar plasmídeos a partir de montagens de genomas em rascunho. Ele separa sequências +de plasmídeos das cromossômicas, determina os tipos de replicon dos plasmídeos usando o banco +de dados do MOB-suite e fornece relatórios completos sobre o conteúdo e a organização dos plasmídeos. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `chromosome` | Sequências cromossômicas separadas dos contigs de plasmídeos (FASTA comprimido) | +| `contig_report` | Relatório delimitado por tabulação que atribui cada contig ao cromossomo ou plasmídeo | +| `txt` | Resultados do MOB-typer com tipo de replicon, mobilidade e grupo de incompatibilidade (opcional) | +| `plasmids` | Sequências de plasmídeos reconstruídas no formato FASTA comprimido (opcional) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [mobsuite_recon](/developers/modules/mobsuite_recon) - Reconstrói e classifica plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [mobsuite](/bactopia-tools/mobsuite) - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) + Robertson J, Nash JHE [MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000206) _Microbial Genomics_ 4(8). (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mobsuite) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mykrobe.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mykrobe.mdx new file mode 100644 index 00000000..8a193b50 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/mykrobe.mdx @@ -0,0 +1,91 @@ +--- +title: mykrobe +description: "Prever resistência antibiótica a partir de reads de sequenciamento." +tags: + - bacteria + - reads + - antimicrobial-resistance + - genotype-prediction + - sample-scope +--- + +# mykrobe + +**Tags:** bacteria reads antimicrobial-resistance genotype-prediction sample-scope + +Prever resistência antibiótica a partir de reads de sequenciamento. + +Este subworkflow utiliza o [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) para prever resistência +antibiótica diretamente a partir de reads de sequenciamento. Ele fornece previsões rápidas de resistência +baseadas em genótipo para espécies bacterianas específicas. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Entrada (Take) + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +mykrobe_species: String +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `mykrobe_species` | `String` | Espécie bacteriana alvo para previsão de resistência (ex.: "staphylococcus_aureus", "mycobacterium_tuberculosis" ou "enterococcus_faecium"). | + +## Saída (Emit) + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Previsões de AMR em formato CSV legível por máquina | +| `json` | Resultados detalhados de previsão de AMR em formato JSON | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Previsões de AMR combinadas de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [mykrobe_predict](/developers/modules/mykrobe_predict) - Prevê resistência antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [mykrobe](/bactopia-tools/mykrobe) - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas. + +## Citações + +Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) + Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/mykrobe) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ncbigenomedownload.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ncbigenomedownload.mdx new file mode 100644 index 00000000..3c2f0b07 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ncbigenomedownload.mdx @@ -0,0 +1,109 @@ +--- +title: ncbigenomedownload +description: "Baixe genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI." +tags: + - download + - ncbi + - refseq + - genome + - assembly + - database + - sample-scope +--- + +# ncbigenomedownload + +**Tags:** download ncbi refseq genome assembly database sample-scope + +Baixe genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI. + +Este subworkflow faz o download de genomas bacterianos completos e em rascunho utilizando a +ferramenta [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download). Ele busca +montagens de genomas em vários formatos, incluindo arquivos GenBank, GFF e FASTA, +juntamente com arquivos de anotação e estatísticas associados. + +## Take + +``` +accessions: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `accessions` | `Path?` | Um arquivo contendo números de acesso do NCBI, um por linha. Se vazio, fará o download de todos os genomas que correspondam aos critérios especificados. | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `gbff` | Sequências de genoma no formato GenBank | +| `fna` | Sequências nucleotídicas genômicas no formato FASTA | +| `gff` | Anotações de genoma no formato GFF3 | +| `faa` | Sequências de proteínas no formato FASTA | +| `gpff` | Sequências de proteínas no formato GenPept | +| `wgs_gbk` | Registros mestre WGS no formato GenBank | +| `cds` | Sequências nucleotídicas de CDS no formato FASTA | +| `rna` | Sequências de produtos de RNA no formato FASTA | +| `rna_fna` | Sequências nucleotídicas de features de RNA no formato FASTA | +| `features` | Tabela de features com localizações e atributos | +| `rm` | Saída do RepeatMasker (opcional) | +| `report` | Relatório de montagem com relações entre unidades e sequências | +| `stats` | Estatísticas de montagem | +| `accessions` | Arquivos de lista de acessos gerados | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +### Entradas para Etapas Seguintes + +As emissões a seguir são destinadas a serem utilizadas como entradas para subworkflows seguintes. + +#### `bactopia_tools` + +Arquivos baixados formatados para fluxos de trabalho do Bactopia Tools + +#### `assemblies` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `fna` | Montagem individual baixada no formato FASTA | + +#### `reference` + +Primeiro arquivo de montagem baixado para uso como genoma de referência + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [ncbigenomedownload](/developers/modules/ncbigenomedownload) - Faz o download de montagens e arquivos de anotação do banco de dados Assembly do NCBI. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [fastani](/bactopia-tools/fastani) - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média em escala genômica. +- [mashtree](/bactopia-tools/mashtree) - Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash. +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia do genoma central opcional. +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma central. + +## Citações + +Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) + Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ncbigenomedownload) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ngmaster.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ngmaster.mdx new file mode 100644 index 00000000..758a6e69 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ngmaster.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: ngmaster +description: "Realize a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma." +tags: + - neisseria-gonorrhoeae + - ng-mast + - typing + - gonococcal + - antigen + - sample-scope +--- + +# ngmaster + +**Tags:** neisseria-gonorrhoeae ng-mast typing gonococcal antigen sample-scope + +Realize a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma. + +Este subworkflow utiliza o [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) para realizar +a tipagem de sequência multi-antígeno in silico (NG-MAST) de cepas de *Neisseria gonorrhoeae* +a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega +os resultados em um único relatório consolidado. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados NG-MASTER delimitados por tabulação com alelos porB e tbpB e tipo de sequência | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [ngmaster](/developers/modules/ngmaster) - Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de *Neisseria gonorrhoeae*. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [ngmaster](/bactopia-tools/ngmaster) - Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae. + +## Citações + +Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) + Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T [ngmaster - _In silico_ multi-antigen sequence typing for _Neisseria gonorrhoeae_ (NG-MAST)](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ngmaster) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/nohuman.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/nohuman.mdx new file mode 100644 index 00000000..6bf45a05 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/nohuman.mdx @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: nohuman +description: "Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman." +tags: + - human + - contamination + - decontamination + - scrubbing + - reads + - nohuman + - kraken2 + - sample-scope +--- + +# nohuman + +**Tags:** human contamination decontamination scrubbing reads nohuman kraken2 sample-scope + +Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman. + +Este subworkflow utiliza o [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman) para identificar e remover +reads humanos de arquivos FASTQ, usando um banco de dados Kraken2 construído a partir dos genomas do +Human Pangenome Reference Consortium (HPRC). Opcionalmente, o banco de dados é baixado caso ainda não +esteja disponível. + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end forward) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end reverse) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +database: Path? +download_nohuman: Boolean +save_as_tarball: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path?` | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados nohuman (ignorado se download_nohuman for verdadeiro) | +| `download_nohuman` | `Boolean` | Flag booleana para baixar o banco de dados em vez de usar o caminho fornecido | +| `save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleana para salvar o banco de dados baixado como tarball | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `scrubbed` | Arquivos FASTQ com reads humanos removidos | +| `scrub_report` | Relatório de classificação Kraken2 (opcional) | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [nohuman_download](/developers/modules/nohuman_download) - Baixa o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos. +- [nohuman_run](/developers/modules/nohuman_run) - Remove reads humanos de dados de sequenciamento. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/nohuman) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/panaroo.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/panaroo.mdx new file mode 100644 index 00000000..7c75e67e --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/panaroo.mdx @@ -0,0 +1,73 @@ +--- +title: panaroo +description: "Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo." +tags: + - pangenome + - pan-genoma + - comparative-genomics + - core-genome + - alignment + - run-scope +--- + +# panaroo + +**Tags:** pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope + +Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo. + +Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo). +Panaroo é um pipeline de pan-genoma que produz pan-genomas refinados removendo erros e +contaminações das anotações de entrada. Ele gera matrizes de presença/ausência de genes e +alinhamentos do genoma central adequados para análises filogenéticas posteriores. + +## Take + +``` +gff: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aln` | Alinhamento do genoma central no formato FASTA (opcional) | +| `filtered_aln` | Alinhamento do genoma central com regiões recombinantes filtradas (opcional) | +| `csv` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV compatível com Roary (opcional) | +| `panaroo_csv` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV nativo do Panaroo (opcional) | +| `supplemental` | Diretório contendo arquivos intermediários e estruturas de dados do Panaroo | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [panaroo_run](/developers/modules/panaroo_run) - Análise de pan-genoma bacteriano rápida e escalável usando uma abordagem baseada em grafos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) + Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J [Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline.](https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4) _Genome Biology_ 21(1), 180. (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/panaroo) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pangenome.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pangenome.mdx new file mode 100644 index 00000000..bf1ef125 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pangenome.mdx @@ -0,0 +1,125 @@ +--- +title: pangenome +description: "Realize análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional." +tags: + - alignment + - core-genome + - pan-genoma + - phylogeny + - comparative-genomics + - run-scope +--- + +# pangenome + +**Tags:** alignment core-genome pan-genoma phylogeny comparative-genomics run-scope + +Realize análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional. + +Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de arquivos de anotação GFF3 usando uma de três +ferramentas: [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) (padrão), +[PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE) ou +[Roary](https://github.com/sanger-pathogens/roary). Ele gera alinhamentos de core-genome +e matrizes de presença/ausência de genes, seguidos de cálculos de distância SNP usando +[snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists). O fluxo de trabalho executa +condicionalmente a ferramenta de pan-genoma selecionada com base em parâmetros booleanos. + +## Take + +``` +gff: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `gff` | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 provenientes de genomas montados | + +``` +use_pirate: Boolean +use_roary: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `use_pirate` | `Boolean` | Flag booleana para usar PIRATE na análise de pan-genoma | +| `use_roary` | `Boolean` | Flag booleana para usar Roary na análise de pan-genoma | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento de core-genome no formato FASTA | +| `csv` | Matriz de presença/ausência de genes | +| `supplemental` | Arquivos intermediários e saídas detalhadas | +| `tsv` | Matriz de distância SNP pareada a partir do alinhamento de core-genome | + +### Entradas para Subworkflows Downstream + +As emissões a seguir são destinadas ao uso como entradas para subworkflows downstream. + +#### `alignment` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento de core-genome para análise downstream (ex.: detecção de recombinação) | + +#### `phylogeny_input` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento de core-genome com metadados prontos para iqtree para construção filogenética | + +#### `csv` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Matriz de presença/ausência de genes para análise downstream (ex.: pan-GWAS) | + +## Composição do Subworkflow + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [pirate](/developers/subworkflows/pirate) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE. +- [roary](/developers/subworkflows/roary) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary. +- [panaroo](/developers/subworkflows/panaroo) - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo. +- [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) - Calcula distâncias SNP pareadas a partir de alinhamentos de sequências. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia de core-genome opcional. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PIRATE](http://github.com/SionBayliss/PIRATE) + Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ [PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giz119) _Gigascience_ 8 (2019) + +- [Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) + Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J [Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline.](https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4) _Genome Biology_ 21(1), 180. (2020) + +- [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) + Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J [Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv421) _Bioinformatics_ 31, 3691-3693 (2015) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Source + +[View source on GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/pangenome) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pasty.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pasty.mdx new file mode 100644 index 00000000..fee72631 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pasty.mdx @@ -0,0 +1,80 @@ +--- +title: pasty +description: "Preveja sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens." +tags: + - pseudomonas-aeruginosa + - serogroup + - typing + - o-antigen + - prediction + - sample-scope +--- + +# pasty + +**Tags:** pseudomonas-aeruginosa serogroup typing o-antigen prediction sample-scope + +Preveja sorogrupos de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de montagens. + +Este subworkflow utiliza o [Pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) para realizar a +sorogrupagem in silico de isolados de *Pseudomonas aeruginosa* a partir de genomas montados. Ele identifica +genes de biossíntese do antígeno O para classificar os isolados em seus sorogrupos conhecidos usando +buscas de homologia baseadas em BLAST. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Um arquivo de resumo delimitado por tabulação com o sorogrupo do antígeno O previsto | +| `blast` | Um arquivo delimitado por tabulação com todos os hits brutos do BLAST usados para a previsão | +| `details` | Um arquivo delimitado por tabulação com hits detalhados de genes para cada sorogrupo testado | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [pasty](/developers/modules/pasty) - Preveja o sorogrupo do antígeno O de isolados de Pseudomonas aeruginosa. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pasty](/bactopia-tools/pasty) - Sorogrupagem in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) + Petit III RA [pasty: in silico serogrouping of _Pseudomonas aeruginosa_ isolates](https://github.com/rpetit3/pasty) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/pasty) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pbptyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pbptyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..abfcd095 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pbptyper.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: pbptyper +description: "Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma." +tags: + - streptococcus-pneumoniae + - pbp-typing + - penicillin + - antimicrobial-resistance + - sample-scope +--- + +# pbptyper + +**Tags:** streptococcus-pneumoniae pbp-typing penicillin antimicrobial-resistance sample-scope + +Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma. + +Este subworkflow utiliza o [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) para prever +os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) e a suscetibilidade antimicrobiana +de cepas de *Streptococcus pneumoniae* a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra +individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Um arquivo de resumo delimitado por tabulação com o tipo PBP previsto para cada gene | +| `blast` | Um arquivo delimitado por tabulação com os hits brutos do TBLASTN usados para identificação de genes | +| `details` | Resultados detalhados de tipagem PBP para cada gene analisado | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [pbptyper](/developers/modules/pbptyper) - Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de *Streptococcus pneumoniae*. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pbptyper](/bactopia-tools/pbptyper) - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) + Petit III RA [pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for _Streptococcus pneumoniae_ assemblies](https://github.com/rpetit3/pbptyper) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/pbptyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/phispy.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/phispy.mdx new file mode 100644 index 00000000..7e4062fa --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/phispy.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: phispy +description: "Predição de profagos a partir de genomas bacterianos." +tags: + - prophage + - phage + - bacterial + - genome + - mobile-genetic-elements + - sample-scope +--- + +# phispy + +**Tags:** prophage phage bacterial genome mobile-genetic-elements sample-scope + +Predição de profagos a partir de genomas bacterianos. + +Este subworkflow identifica profagos em genomas bacterianos utilizando o [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy), +que combina estratégias baseadas em similaridade e composição para uma detecção precisa. +A ferramenta identifica sequências de fagos integrados, extrai regiões bacterianas e de fagos, +e fornece anotação abrangente incluindo formato GFF para análise downstream. + +## Take + +``` +gbff: Channel +``` + +| Nome | Descrição | +|------|-------------| +| `gbff` | Genomas bacterianos anotados em formato GenBank para predição de profagos | + +## Emit + +### Published + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Coordenadas (início/fim) de cada região de profago predita no genoma | +| `supplemental` | Diretório contendo informações detalhadas sobre profagos, sequências e anotações | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados mesclados de predição de profagos de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [phispy](/developers/modules/phispy) - Prediz regiões de profagos integradas em genomas bacterianos. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [phispy](/bactopia-tools/phispy) - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy) + Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA [PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies.](https://doi.org/10.1093/nar/gks406) _Nucleic Acids Research_, 40(16), e126. (2012) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/phispy) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pirate.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pirate.mdx new file mode 100644 index 00000000..6737f59f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pirate.mdx @@ -0,0 +1,71 @@ +--- +title: pirate +description: "Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE." +tags: + - pangenome + - pan-genoma + - comparative-genomics + - core-genome + - alignment + - run-scope +--- + +# pirate + +**Tags:** pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope + +Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE. + +Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando [PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE). +PIRATE é uma caixa de ferramentas de pan-genoma escalável que agrupa genes ortólogos em múltiplos limiares de identidade. +É particularmente útil para conjuntos de dados altamente diversos, pois consegue lidar com famílias gênicas divergentes +e oferece opções flexíveis de agrupamento para diferentes necessidades analíticas. + +## Entrada + +``` +gff: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aln` | Alinhamento do genoma core no formato FASTA (opcional) | +| `csv` | Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV | +| `supplemental` | Diretório contendo arquivos intermediários do PIRATE e saídas detalhadas | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [pirate](/developers/modules/pirate) - Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE). + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PIRATE](http://github.com/SionBayliss/PIRATE) + Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ [PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giz119) _Gigascience_ 8 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/pirate) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/plasmidfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/plasmidfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..1aee13a9 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/plasmidfinder.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: plasmidfinder +description: "Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos." +tags: + - plasmid + - replicon + - typing + - antimicrobial-resistance + - mobilome + - sample-scope +--- + +# plasmidfinder + +**Tags:** plasmid replicon typing antimicrobial-resistance mobilome sample-scope + +Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos. + +Este subworkflow utiliza o [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) para +identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos. Ele faz a triagem das montagens +contra o banco de dados do PlasmidFinder para detectar tipos de replicons de plasmídeos conhecidos e fornece +resultados detalhados, incluindo sequências de hits e informações de classificação. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `json` | Resultados do PlasmidFinder em formato JSON | +| `txt` | Resultados do PlasmidFinder em formato de texto | +| `tsv` | Resultados do PlasmidFinder delimitados por tabulação com informações de tipagem de replicons | +| `genome_seq` | Sequências FASTA dos hits de plasmídeos encontrados no genoma (gzipped) | +| `plasmid_seq` | Sequências de plasmídeos de referência correspondentes (gzipped) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [plasmidfinder](/developers/modules/plasmidfinder) - Identificar tipos de replicons de plasmídeos em sequências e montagens bacterianas. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [plasmidfinder](/bactopia-tools/plasmidfinder) - Bactopia Tool: Plasmidfinder. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) + Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H [In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.](https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14) _Antimicrobial Agents and Chemotherapy_ 58(7), 3895-3903. (2014) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/plasmidfinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pneumocat.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pneumocat.mdx new file mode 100644 index 00000000..63780eda --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/pneumocat.mdx @@ -0,0 +1,81 @@ +--- +title: pneumocat +description: "Realizar tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS." +tags: + - streptococcus-pneumoniae + - serotype + - capsular-typing + - typing + - sample-scope +--- + +# pneumocat + +**Tags:** streptococcus-pneumoniae serotype capsular-typing typing sample-scope + +Realizar tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS. + +Este subworkflow utiliza o [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) para +identificar loci capsulares específicos de sorotipo e determinar sorotipos a partir de dados de +sequenciamento de nova geração. Ele fornece determinação abrangente de sorotipos, incluindo +estatísticas de cobertura e pontuações de confiança para cada amostra. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (pareados) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (pareados) | +| `se` | Reads Illumina de extremidade única (não suportado pelo PneumoCaT) | +| `lr` | Reads longas (não suportadas pelo PneumoCaT) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `xml` | Os arquivos de resultado do PneumoCaT em formato XML | +| `txt` | Um arquivo contendo as informações de cobertura dos genes | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [pneumocat](/developers/modules/pneumocat) - Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pneumocat](/bactopia-tools/pneumocat) - Atribuição de sorotipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento. + +## Citações + +Se você utilizar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) + Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK [Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline.](https://doi.org/10.7717/peerj.2477) PeerJ, 4, e2477. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/pneumocat) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/prokka.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/prokka.mdx new file mode 100644 index 00000000..94a36bde --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/prokka.mdx @@ -0,0 +1,117 @@ +--- +title: prokka +description: "Anote genomas bacterianos com informações funcionais." +tags: + - bacteria + - annotation + - genome + - prokaryote + - functional-annotation + - genes + - sample-scope +--- + +# prokka + +**Tags:** bacteria annotation genome prokaryote functional-annotation genes sample-scope + +Anote genomas bacterianos com informações funcionais. + +Este subworkflow anota montagens bacterianas utilizando o [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka). +Ele identifica genes rapidamente, os traduz e os pesquisa em múltiplos bancos de dados de proteínas +para produzir uma anotação abrangente em diversos formatos padrão. Sequências de proteínas opcionais +e arquivos de treinamento do Prodigal podem ser fornecidos para melhorar a precisão da anotação. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem bacteriana no formato FASTA a serem anotados | + +``` +proteins: Path? +prodigal_tf: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `proteins` | `Path?` | Sequências de proteínas opcionais para busca por homologia, com o objetivo de melhorar a precisão da anotação | +| `prodigal_tf` | `Path?` | Arquivo de treinamento opcional do Prodigal para maior precisão na predição de genes | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `gff` | Anotação no formato GFF3, contendo sequências e anotações | +| `gbff` | Anotação no formato GenBank, contendo sequências e anotações | +| `fna` | Arquivo FASTA nucleotídico das sequências de contigs de entrada | +| `faa` | Arquivo FASTA de proteínas das sequências CDS traduzidas | +| `ffn` | Arquivo FASTA nucleotídico de todos os transcritos preditos (CDS, rRNA, tRNA, tmRNA, misc_RNA) | +| `sqn` | Arquivo no formato ASN1 "Sequin" para submissão ao GenBank | +| `fsa` | Arquivo FASTA nucleotídico das sequências de contigs de entrada, utilizado pelo tbl2asn | +| `tbl` | Arquivo de Tabela de Recursos para submissão ao NCBI | +| `txt` | Estatísticas resumidas relacionadas às características anotadas encontradas | +| `tsv` | Arquivo separado por tabulações com todas as características | +| `blastdb` | Um arquivo compactado tar.gz com os bancos de dados do BLAST+ | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída com escopo de execução. + +### Entradas para Etapas Seguintes + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows subsequentes. + +#### `annotations` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `fna` | Sequências nucleotídicas anotadas no formato FASTA | +| `faa` | Sequências de proteínas no formato FASTA | +| `gff` | Anotações no formato GFF3 | + +#### `gffs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `gff` | Arquivo de anotação GFF3 para análise de pan-genoma | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [prokka](/developers/modules/prokka) - Anota genomas procarióticos. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [bactopia](/full-guide) - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa. +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma core. +- [prokka](/bactopia-tools/prokka) - Anotação rápida de genomas completos de bactérias, archaeas e vírus. +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você utilizar este recurso em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) + Seemann T [Prokka: rapid prokaryotic genome annotation](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153) _Bioinformatics_ 30, 2068-2069 (2014) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/prokka) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/quast.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/quast.mdx new file mode 100644 index 00000000..4cab1a9d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/quast.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: quast +description: "Avalie a qualidade da montagem usando QUAST." +tags: + - assembly + - quality + - assessment + - metrics + - n50 + - evaluation + - sample-scope +--- + +# quast + +**Tags:** assembly quality assessment metrics n50 evaluation sample-scope + +Avalie a qualidade da montagem usando QUAST. + +Este subworkflow avalia a qualidade da montagem de genomas usando [QUAST](https://quast.sourceforge.net/) +(Quality Assessment Tool for Genome Assemblies). Ele fornece métricas abrangentes, +incluindo N50, L50, conteúdo GC, comprimento total e outras estatísticas de qualidade. O fluxo de trabalho +gera relatórios individuais por amostra e um resumo combinado para análise comparativa +entre todas as montagens. + +## Entrada + +``` +fasta: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA (Path) | +| `meta_file` | Arquivo meta contendo informações sobre o tamanho de referência (Path) | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Relatório transposto em formato TSV | +| `supplemental` | Arquivos suplementares incluindo gráficos e relatórios HTML | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [quast](/developers/modules/quast) - Ferramenta de avaliação de qualidade para montagens de genomas. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [quast](/bactopia-tools/quast) - Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [QUAST](http://quast.sourceforge.net/) + Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G [QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086) _Bioinformatics_ 29, 1072-1075 (2013) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/quast) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/rgi.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/rgi.mdx new file mode 100644 index 00000000..9aee9643 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/rgi.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: rgi +description: "Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos." +tags: + - bacteria + - assembly + - antimicrobial-resistance + - resistome + - homology + - sample-scope +--- + +# rgi + +**Tags:** bacteria assembly antimicrobial-resistance resistome homology sample-scope + +Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos. + +Este subworkflow utiliza o [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) para prever +resistomas com base em modelos de homologia e SNP. Inclui análise de genes de resistência, +criação de visualizações resumidas e agregação de resultados entre amostras. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA para predição do resistoma | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do RGI em formato separado por tabulação | +| `json` | Resultados do RGI em formato JSON (opcional) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [rgi_main](/developers/modules/rgi_main) - Prever resistência a antibióticos a partir de montagens. +- [rgi_heatmap](/developers/modules/rgi_heatmap) - Criar mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [rgi](/bactopia-tools/rgi) - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi) + Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/rgi) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/roary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/roary.mdx new file mode 100644 index 00000000..3b2d82c4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/roary.mdx @@ -0,0 +1,71 @@ +--- +title: roary +description: "Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary." +tags: + - pangenome + - pan-genoma + - comparative-genomics + - core-genome + - alignment + - run-scope +--- + +# roary + +**Tags:** pangenome pan-genoma comparative-genomics core-genome alignment run-scope + +Construa um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary. + +Este subworkflow cria um pan-genoma a partir de anotações de genomas bacterianos usando [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary). +Roary é um pipeline rápido de pan-genoma que processa grandes quantidades de genomas anotados para produzir +matrizes de presença/ausência de genes e alinhamentos do genoma core. Ele é particularmente otimizado para +conjuntos de dados bacterianos e consegue processar centenas de genomas de forma eficiente. + +## Take + +``` +gff: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `gff` | Conjunto de arquivos de anotação GFF3 representando as anotações genômicas de cada amostra | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Sem saídas no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `aln` | Alinhamento do genoma core no formato FASTA (opcional) | +| `csv` | Tabela de presença/ausência de genes | +| `supplemental` | Arquivos suplementares incluindo genes acessórios binários e grafos | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [roary](/developers/modules/roary) - Análise rápida de pan-genoma procariótico em larga escala. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) + Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J [Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv421) _Bioinformatics_ 31, 3691-3693 (2015) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/roary) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sccmec.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sccmec.mdx new file mode 100644 index 00000000..34923ee7 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sccmec.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: sccmec +description: "Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus." +tags: + - sccmec + - staphylococcus-aureus + - mrsa + - antimicrobial-resistance + - typing + - sample-scope +--- + +# sccmec + +**Tags:** sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope + +Identificar elementos SCCmec em genomas de *Staphylococcus aureus*. + +Este subworkflow utiliza o [SCCmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) para identificar o +elemento Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de *Staphylococcus aureus*. +Ele prediz o tipo com base na presença de complexos gênicos específicos de *mec* e *ccr*, +gerando resultados detalhados de BLAST e informações de tipagem. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Arquivo principal de resultados com tipagem SCCmec | +| `targets` | Resultados de BLAST para sequências-alvo | +| `target_details` | Resultados detalhados para correspondências de alvos | +| `regions` | Resultados de BLAST para regiões SCCmec | +| `regions_details` | Resultados detalhados para correspondências de regiões SCCmec | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [sccmec](/developers/modules/sccmec) - Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [sccmec](/bactopia-tools/sccmec) - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) + Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/sccmec) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scoary.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scoary.mdx new file mode 100644 index 00000000..6b6b430b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scoary.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: scoary +description: "Estudos de associação pan-genômica ampla." +tags: + - gwas + - association + - pan-genoma + - traits + - statistical + - run-scope +--- + +# scoary + +**Tags:** gwas association pan-genoma traits statistical run-scope + +Estudos de associação pan-genômica ampla. + +Este subworkflow realiza estudos de associação genômica ampla (GWAS) em dados de pan-genoma +utilizando o [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary). A ferramenta identifica genes +associados a características binárias, como patogenicidade, especificidade de hospedeiro ou +resistência a antibióticos. Ele calcula associações estatísticas entre presença/ausência de genes +e características fenotípicas em múltiplos isolados bacterianos. + +## Entrada + +``` +csv: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `csv` | Matriz de presença/ausência de genes da análise de pan-genoma em formato CSV | + +``` +traits: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `traits` | `Path?` | Arquivo de características contendo características fenotípicas binárias para cada isolado (opcional) | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída no escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [scoary](/developers/modules/scoary) - Estudos de associação pan-genômica ampla. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [pangenome](/bactopia-tools/pangenome) - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma central. + +## Citações + +Se você utilizar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary) + Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V [Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary.](https://doi.org/10.1186/s13059-016-1108-8) _Genome Biol._ 17:238 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/scoary) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scrubber.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scrubber.mdx new file mode 100644 index 00000000..75615f9d --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/scrubber.mdx @@ -0,0 +1,149 @@ +--- +title: scrubber +description: "Remova sequências contaminantes de dados metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - decontamination + - human-removal + - read-filtering + - sample-scope +--- + +# scrubber + +**Tags:** metagenomics decontamination human-removal read-filtering sample-scope + +Remova sequências contaminantes de dados metagenômicos. + +Este subworkflow remove sequências humanas e de outros contaminantes de reads metagenômicos utilizando +[deacon](https://github.com/bede/deacon) (padrão), [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman), +ou o [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber). Ele oferece remoção flexível +de contaminação com relatórios detalhados e agrega resultados entre múltiplas amostras. + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +``` +use_srascrubber: Boolean +use_nohuman: Boolean +nohuman_db: Path? +download_nohuman: Boolean +nohuman_save_as_tarball: Boolean +deacon_db: Path? +download_deacon: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `use_srascrubber` | `Boolean` | Flag booleana para usar o SRA Human Scrubber na descontaminação | +| `use_nohuman` | `Boolean` | Flag booleana para usar nohuman na descontaminação | +| `nohuman_db` | `Path?` | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados do nohuman (usado quando use_nohuman é verdadeiro) | +| `download_nohuman` | `Boolean` | Flag booleana para baixar o banco de dados do nohuman em vez de usar o caminho fornecido | +| `nohuman_save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleana para salvar o banco de dados do nohuman baixado como tarball | +| `deacon_db` | `Path?` | Caminho para o arquivo de índice minimizador do deacon (.idx) (usado quando deacon é selecionado) | +| `download_deacon` | `Boolean` | Flag booleana para baixar o índice do deacon em vez de usar o caminho fornecido | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `special_meta` | Registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream | +| `r1` | Reads paired-end forward processados | +| `r2` | Reads paired-end reverse processados | +| `se` | Reads single-end processados | +| `lr` | Long reads processados | +| `scrub_report` | Relatório de estatísticas de remoção de contaminação | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Relatórios de contaminação agregados de todas as amostras | + +### Entradas Downstream + +As emissões a seguir devem ser usadas como entradas para subworkflows downstream. + +#### `scrubbed` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `r1` | Reads paired-end forward processados | +| `r2` | Reads paired-end reverse processados | +| `se` | Reads single-end processados | +| `lr` | Long reads processados | + +#### `scrubbed_extra` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `r1` | Reads paired-end forward processados | +| `r2` | Reads paired-end reverse processados | +| `se` | Reads single-end processados | +| `lr` | Long reads processados | +| `fna` | Arquivo de montagem (repassado) | + +#### `special_tsv` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `special_meta` | Registro de metadados simplificado para junção em relatórios downstream | +| `scrub_report` | Relatório de estatísticas de remoção de contaminação | + +## Composição de Subworkflows + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [deacon](/developers/subworkflows/deacon) - Remove reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon. +- [srahumanscrubber](/developers/subworkflows/srahumanscrubber) - Remove contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA. +- [nohuman](/developers/subworkflows/nohuman) - Remove reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows: + +- [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads brutos de sequenciamento. +- [scrubber](/bactopia-tools/scrubber) - Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Source + +[Visualizar fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/scrubber) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seqsero2.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seqsero2.mdx new file mode 100644 index 00000000..108d6a19 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seqsero2.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: seqsero2 +description: "Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genomas." +tags: + - salmonella + - serotype + - prediction + - foodborne + - enteric + - sample-scope +--- + +# seqsero2 + +**Tags:** salmonella serotype prediction foodborne enteric sample-scope + +Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genomas. + +Este subworkflow utiliza o [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) para prever +os sorotipos de cepas de *Salmonella* a partir de genomas montados. Ele processa cada +amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +seqs: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de predição de sorotipo do SeqSero2 no formato TSV | +| `txt` | Resultados de predição de sorotipo do SeqSero2 no formato de texto | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [seqsero2](/developers/modules/seqsero2) - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento de genomas. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [seqsero2](/bactopia-tools/seqsero2) - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens. + +## Citações + +Se você utilizar este trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) + Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. [SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data.](https://doi.org/10.1128/AEM.01746-19) _Appl Environ Microbiology_ 85(23):e01746-19 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/seqsero2) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seroba.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seroba.mdx new file mode 100644 index 00000000..08f19e54 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/seroba.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: seroba +description: "Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae." +tags: + - streptococcus + - pneumoniae + - serotype + - k-mer + - capsular + - sample-scope +--- + +# seroba + +**Tags:** streptococcus pneumoniae serotype k-mer capsular sample-scope + +Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae. + +Este subworkflow realiza a sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads +de sequenciamento de nova geração Illumina, utilizando o [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba). +A ferramenta usa uma abordagem baseada em k-mer para classificar rapidamente isolados +pneumocócicos em seus respectivos sorotipos com base no locus de síntese de polissacarídeo capsular. + +## Entrada + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina de extremidade única | +| `lr` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de predição de sorotipo com o sorotipo previsto e confiança no formato TSV | +| `txt` | Informações detalhadas sobre o sorogrupo previsto e correspondências de alelos | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [seroba_run](/developers/modules/seroba_run) - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows: + +- [seroba](/bactopia-tools/seroba) - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end Illumina. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) + Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA [SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000186) _Microbial Genomics_, 4(7) (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/seroba) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigapass.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigapass.mdx new file mode 100644 index 00000000..89cfe53c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigapass.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: shigapass +description: "Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens." +tags: + - shigella + - serotype + - typing + - prediction + - antigen-genes + - sample-scope +--- + +# shigapass + +**Tags:** shigella serotype typing prediction antigen-genes sample-scope + +Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens. + +Este subworkflow utiliza o [ShigaPass](https://github.com/imanyass/ShigaPass) para prever +sorotipos de cepas de *Shigella* a partir de genomas montados. Ele analisa a presença +e composição de genes codificadores de antígenos para classificar isolados em seus sorotipos conhecidos. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados resumidos do ShigaPass em formato TSV | +| `flex_tsv` | Resultados resumidos do ShigaPass Flex em formato TSV | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [shigapass](/developers/modules/shigapass) - Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [shigapass](/bactopia-tools/shigapass) - Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [shigapass](https://github.com/imanyass/ShigaPass) + Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX [ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies.](https://doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000961) _Microb Genomics_ 9(3) (2023) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/shigapass) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..c7882e35 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigatyper.mdx @@ -0,0 +1,84 @@ +--- +title: shigatyper +description: "Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens." +tags: + - shigella + - serotype + - typing + - prediction + - antigen-genes + - sample-scope +--- + +# shigatyper + +**Tags:** shigella serotype typing prediction antigen-genes sample-scope + +Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens. + +Este subworkflow utiliza o [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) para prever +sorotipos de cepas de *Shigella* a partir de reads Illumina/Nanopore ou genomas montados. +Ele analisa genes codificadores de antígenos para determinar a classificação do sorotipo de cada isolado. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do ShigaTyper em formato TSV | +| `hits` | Hits detalhados do ShigaTyper | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Previsões de sorotipos mescladas de todas as amostras | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [shigatyper](/developers/modules/shigatyper) - Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [shigatyper](/bactopia-tools/shigatyper) - Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) + Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J [In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification.](https://doi.org/10.1128/AEM.00165-19) *Applied and Environmental Microbiology*, 85(7). (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/shigatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigeifinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigeifinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..f460b38c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/shigeifinder.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: shigeifinder +description: "Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens." +tags: + - shigella + - eiec + - serotype + - typing + - cluster-analysis + - sample-scope +--- + +# shigeifinder + +**Tags:** shigella eiec serotype typing cluster-analysis sample-scope + +Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens. + +Este subworkflow utiliza o [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) para prever +sorotipos de *Shigella* e *E. coli* Enteroinvasiva (EIEC) a partir de genomas montados. +Ele usa uma abordagem baseada em clusters para identificar marcadores específicos de sorotipo e classificar +isolados com base em seus perfis antigênicos. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do ShigEiFinder no formato TSV | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [shigeifinder](/developers/modules/shigeifinder) - Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [shigeifinder](/bactopia-tools/shigeifinder) - Predição de sorotipo in silico para Shigella e *E. coli* Enteroinvasiva (EIEC). + +## Citações + +Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) + Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R [Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000704) Microbial Genomics, 7(12). (2021) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/shigeifinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sistr.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sistr.mdx new file mode 100644 index 00000000..220f7142 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sistr.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: sistr +description: "Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource." +tags: + - salmonella + - serotype + - mlst + - cgmlst + - typing + - sample-scope +--- + +# sistr + +**Tags:** salmonella serotype mlst cgmlst typing sample-scope + +Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource. + +Este subworkflow realiza a tipagem abrangente de genomas de Salmonella utilizando +[SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd), que prediz o sorotipo, +determina a subespécie, realiza a tipagem por MLST e calcula as distâncias +de core genome MLST. A ferramenta oferece uma solução completa para classificação +e tipagem epidemiológica de Salmonella. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Arquivos de montagem no formato FASTA para tipagem de Salmonella | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados de predição do SISTR no formato TSV | +| `allele_fasta` | Alelos novos no formato FASTA | +| `allele_json` | Alelos no formato JSON | +| `cgmlst_csv` | Perfil de cgMLST no formato CSV | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [sistr](/developers/modules/sistr) - Predição de sorovares a partir de montagens de Salmonella. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [sistr](/bactopia-tools/sistr) - Predição de sorovares de Salmonella enterica a partir de montagens. + +## Citações + +Se você utilizar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) + Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN [The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147101) _PloS One_, 11(1), e0147101. (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/sistr) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_core.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_core.mdx new file mode 100644 index 00000000..c5b14892 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_core.mdx @@ -0,0 +1,109 @@ +--- +title: snippy_core +description: "Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas por amostra do Snippy." +tags: + - variant-calling + - core-genome + - snp + - alignment + - phylogenetics + - run-scope +--- + +# snippy_core + +**Tags:** variant-calling core-genome snp alignment phylogenetics run-scope + +Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas por amostra do Snippy. + +Este subworkflow agrega chamadas de variantes individuais do Snippy para produzir um +alinhamento do genoma core usando [snippy-core](https://github.com/tseemann/snippy). Ele identifica +SNPs core presentes em todas as amostras, gera um alinhamento limpo adequado para análise +filogenética e calcula distâncias de SNPs par a par usando snp-dists. A saída pode ser +usada diretamente com ferramentas de construção de árvores como IQ-TREE, RAxML ou Gubbins. + +## Take + +``` +alignments: Channel +``` + +``` +reference: Path +mask: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `alignments` | `` | Channel contendo arquivos FASTA alinhados por amostra e VCFs das execuções do Snippy | +| `reference` | `Path` | Genoma de referência no formato GenBank ou FASTA usado para chamada de variantes | +| `mask` | `Path?` | Arquivo BED opcional de regiões a mascarar do alinhamento core (por exemplo, regiões recombinantes ou regiões repetidas) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Sem saídas no escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aln` | Alinhamento de SNPs core no formato FASTA (apenas sítios polimórficos) | +| `full_aln` | Alinhamento core completo incluindo sítios monomórficos | +| `clean_full_aln` | Alinhamento completo limpo com sítios constantes para inferência filogenética | +| `tab` | SNPs core no formato TAB | +| `vcf` | SNPs core no formato VCF | +| `txt` | Estatísticas resumidas do core (número de SNPs, tamanho do genoma core) | +| `samples` | Lista de amostras incluídas no alinhamento core | +| `supplemental` | Alinhamentos individuais por amostra e arquivos intermediários | +| `tsv` | Matriz de distâncias de SNPs par a par do snp-dists | + +### Entradas para Etapas Seguintes + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows posteriores. + +#### `alignment` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aln` | Alinhamento de SNPs core para análise filogenética posterior | + +## Composição do Subworkflow + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [snpdists](/developers/subworkflows/snpdists) - Calcula distâncias de SNPs par a par a partir de alinhamentos de sequências. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [snippy_core](/developers/modules/snippy_core) - Alinhamento de SNPs core a partir das saídas do Snippy. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows: + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada rápida de variantes haplotípicas e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) + Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/snippy/core) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_run.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_run.mdx new file mode 100644 index 00000000..a9cc77fc --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snippy_run.mdx @@ -0,0 +1,118 @@ +--- +title: snippy_run +description: "Chamar variantes contra um genoma de referência usando Snippy." +tags: + - variant-calling + - snp + - reference-mapping + - phylogenetics + - outbreak + - sample-scope +--- + +# snippy_run + +**Tags:** variant-calling snp reference-mapping phylogenetics outbreak sample-scope + +Chamar variantes contra um genoma de referência usando Snippy. + +Este subworkflow realiza chamada de variantes haploides de forma rápida a partir de reads +de sequências bacterianas usando [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy). Ele mapeia +reads para um genoma de referência, identifica SNPs e indels, e gera sequências consenso. +A ferramenta produz múltiplos formatos de saída, incluindo VCF, FASTA alinhado e variantes +anotadas para análise filogenética downstream com snippy-core. + +Usa campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +``` +reference: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `reference` | `Path` | Genoma de referência no formato GenBank (preferido, para anotação) ou formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `aligned_fa` | Uma versão da referência com - nas posições de cobertura zero | +| `vcf` | As variantes anotadas finais em formato VCF | +| `aligned_fa_error` | Arquivo FASTA alinhado gerado durante estado de erro | +| `vcf_error` | Arquivo VCF gerado durante estado de erro | +| `error` | Arquivo de texto com log de erro | +| `annotated_vcf` | Arquivo VCF anotado | +| `bam` | Os alinhamentos em formato BAM (inclui não mapeados/multimapeados) | +| `bai` | Índice para o arquivo BAM | +| `bed` | As variantes em formato BED | +| `consensus_fa` | Genoma de referência com todas as variantes instanciadas | +| `consensus_subs_fa` | Genoma de referência com apenas variantes de substituição instanciadas | +| `consensus_subs_masked_fa` | Genoma de referência com substituições instanciadas e baixa cobertura mascarada | +| `coverage` | Informações de profundidade de cobertura por base | +| `csv` | Um resumo das variantes separado por vírgulas | +| `filt_vcf` | As chamadas de variantes filtradas do Freebayes | +| `gff` | As variantes em formato GFF3 | +| `html` | Um resumo HTML das variantes | +| `raw_vcf` | As chamadas de variantes não filtradas do Freebayes | +| `subs_vcf` | VCF contendo apenas variantes de substituição | +| `tab` | Um resumo simples de todas as variantes separado por tabulação | +| `txt` | Lista colunar separada por tabulação com estatísticas de alinhamento | + +#### `run_outputs` + +Sem saídas no escopo de execução. + +### Entradas Downstream + +As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows downstream. + +#### `variants` + +VCFs por amostra e FAs alinhados filtrados para incluir apenas amostras com dados de variantes + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [snippy_run](/developers/modules/snippy_run) - Chamada de variantes haploides rápida e alinhamento do genoma core. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [snippy](/bactopia-tools/snippy) - Chamada de variantes haplóides rápida e alinhamento do genoma core. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) + Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/snippy/run) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snpdists.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snpdists.mdx new file mode 100644 index 00000000..fe970b21 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/snpdists.mdx @@ -0,0 +1,70 @@ +--- +title: snpdists +description: "Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências." +tags: + - snp + - distance + - alignment + - phylogeny + - core-genome + - run-scope +--- + +# snpdists + +**Tags:** snp distance alignment phylogeny core-genome run-scope + +Calcular distâncias SNP pairwise a partir de alinhamentos de sequências. + +Este subworkflow utiliza o [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) para calcular +matrizes de distância SNP pairwise a partir de alinhamentos de múltiplas sequências. Ele lê um +arquivo de alinhamento (tipicamente um alinhamento de core-genome) e calcula o número +de diferenças de SNP entre cada par de sequências, produzindo uma matriz de distâncias +útil para análises filogenéticas e epidemiológicas. + +## Take + +``` +alignment: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `aln` | Alinhamento de múltiplas sequências em formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Matriz de distância SNP pairwise em formato TSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [snpdists](/developers/modules/snpdists) - Cria uma matriz de distância SNP a partir de um alinhamento de múltiplas sequências. + +## Citações + +Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists) + Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/snpdists) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/spatyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/spatyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..a1c032d6 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/spatyper.mdx @@ -0,0 +1,87 @@ +--- +title: spatyper +description: "Prever tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genomas." +tags: + - staphylococcus-aureus + - spa-typing + - protein-a + - mrsa + - sample-scope +--- + +# spatyper + +**Tags:** staphylococcus-aureus spa-typing protein-a mrsa sample-scope + +Prever tipos spa de *Staphylococcus aureus* a partir de montagens de genomas. + +Este subworkflow utiliza [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) para prever +os tipos spa de cepas de *Staphylococcus aureus* a partir de genomas montados, com base +na região X polimórfica do gene da proteína A (spa). Ele processa cada amostra +individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +repeats: Path? +repeat_order: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `repeats` | `Path?` | Banco de dados de repetições personalizado opcional para tipagem spa | +| `repeat_order` | `Path?` | Arquivo de ordem de repetições personalizado opcional para tipagem spa | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados da tipagem spa em formato TSV | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [spatyper](/developers/modules/spatyper) - Identificar tipos spa em *Staphylococcus aureus*. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [spatyper](/bactopia-tools/spatyper) - Tipagem spa de montagens de *Staphylococcus aureus*. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) + Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/spatyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/srahumanscrubber.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/srahumanscrubber.mdx new file mode 100644 index 00000000..c8933fc0 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/srahumanscrubber.mdx @@ -0,0 +1,79 @@ +--- +title: srahumanscrubber +description: "Remova contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA." +tags: + - contamination + - human + - scrub + - sra + - sequencing + - fastq + - sample-scope +--- + +# srahumanscrubber + +**Tags:** contamination human scrub sra sequencing fastq sample-scope + +Remova contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA. + +Este subworkflow utiliza o [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) para identificar +e remover reads humanos dos dados de sequenciamento. Ele primeiro inicializa um banco de dados de referência humana +e em seguida realiza a limpeza dos reads de entrada para garantir que atendam aos requisitos de submissão ao SRA. + +Utiliza campos posicionais explícitos do registro para os reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `special_meta` | Groovy Record com nome para agregação downstream | +| `scrubbed` | Arquivos FASTQ limpos com reads humanos removidos | +| `scrubbed_extra` | Arquivos de espaço reservado para compatibilidade do pipeline | +| `scrub_report` | Relatório com estatísticas da limpeza | + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de execução. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [srahumanscrubber_initdb](/developers/modules/srahumanscrubber_initdb) - Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanos para o SRA Human Scrubber. +- [srahumanscrubber_scrub](/developers/modules/srahumanscrubber_scrub) - Realiza a limpeza de reads humanos de arquivos FASTQ. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/srahumanscrubber) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ssuissero.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ssuissero.mdx new file mode 100644 index 00000000..b520f2d5 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/ssuissero.mdx @@ -0,0 +1,78 @@ +--- +title: ssuissero +description: "Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma." +tags: + - streptococcus-suis + - serotype + - typing + - prediction + - capsular-genes + - sample-scope +--- + +# ssuissero + +**Tags:** streptococcus-suis serotype typing prediction capsular-genes sample-scope + +Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma. + +Este subworkflow utiliza o [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) para prever +sorotipos de cepas de *Streptococcus suis* a partir de montagens de genoma com base na presença +de genes capsulares específicos. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os +resultados em um único relatório consolidado. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados em formato FASTA | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resultados do SsuisSero em formato TSV | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [ssuissero](/developers/modules/ssuissero) - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [ssuissero](/bactopia-tools/ssuissero) - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) + Lui J [SsuisSero: Rapid _Streptococcus suis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) (GitHub) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/ssuissero) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphopiasccmec.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphopiasccmec.mdx new file mode 100644 index 00000000..f6f934b3 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphopiasccmec.mdx @@ -0,0 +1,73 @@ +--- +title: staphopiasccmec +description: "Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia." +tags: + - sccmec + - staphylococcus-aureus + - mrsa + - antimicrobial-resistance + - typing + - sample-scope +--- + +# staphopiasccmec + +**Tags:** sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope + +Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia. + +Este subworkflow utiliza o [staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) para +identificar elementos Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de *Staphylococcus aureus*. +Esta é a versão standalone do método de tipagem SCCmec desenvolvido para +o projeto Staphopia, que prediz tipos de SCCmec com base na presença de complexos gênicos +*mec* e *ccr* específicos. + +## Take + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Arquivo TSV com resultados da tipagem SCCmec | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [staphopiasccmec](/developers/modules/staphopiasccmec) - Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) + Petit III RA, Read TD [_Staphylococcus aureus_ viewed from the perspective of 40,000+ genomes.](http://dx.doi.org/10.7717/peerj.5261) _PeerJ_ 6, e5261 (2018) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/staphopiasccmec) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphscan.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphscan.mdx new file mode 100644 index 00000000..2039365a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphscan.mdx @@ -0,0 +1,89 @@ +--- +title: staphscan +description: "Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - surveillance + - mlst + - spa-typing + - sccmec + - amr + - virulence + - sample-scope +--- + +# staphscan + +**Tags:** staphylococcus-aureus surveillance mlst spa-typing sccmec amr virulence sample-scope + +Análise de vigilância genômica de *Staphylococcus aureus*. + +Este subworkflow utiliza o [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) para +realizar vigilância genômica de *Staphylococcus aureus*, integrando identificação de +espécie, MLST, tipagem *spa*, tipagem SCCmec, tipagem capsular, e detecção de genes de +virulência, biofilme e resistência antimicrobiana. Ele processa cada amostra +individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Entrada + +``` +fna: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +db: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | Diretório de banco de dados MLST personalizado | + +## Saída + +### Publicado + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Resumo de vigilância por amostra com resultados de MLST, tipo spa, SCCmec, cápsula, AGR, resistência, biofilme e virulência | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Um arquivo TSV consolidado com os resultados do staphscan de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [staphscan](/developers/modules/staphscan) - Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [staphscan](/bactopia-tools/staphscan) - Análise de vigilância genômica de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você utilizar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) + Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/staphscan) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphtyper.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphtyper.mdx new file mode 100644 index 00000000..f382261a --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/staphtyper.mdx @@ -0,0 +1,103 @@ +--- +title: staphtyper +description: "Determine o agr, spa, SCCmec types e realize vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_." +tags: + - staphylococcus-aureus + - agr-typing + - spa-typing + - sccmec + - surveillance + - strain-characterization + - run-scope +--- + +# staphtyper + +**Tags:** staphylococcus-aureus agr-typing spa-typing sccmec surveillance strain-characterization run-scope + +Determine o agr, spa, SCCmec types e realize vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_. + +Este subworkflow realiza uma tipagem abrangente de genomas de *Staphylococcus aureus*, determinando +o tipo do locus agr com [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE), +o tipo de repetição spa com [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper), o tipo do +elemento SCCmec com tipagem SCCmec, e vigilância baseada em genoma com +[StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN). Ele combina resultados de múltiplos +métodos de tipagem e vigilância para fornecer uma caracterização completa das cepas de *S. aureus*. + +## Entrada + +``` +assembly: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `assembly` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +repeats: Path? +repeat_order: Path? +staphscan_db_mlst: Path? +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `repeats` | `Path?` | Banco de dados de repetições spa opcional para tipagem spa aprimorada | +| `repeat_order` | `Path?` | Arquivo de ordem de repetições spa opcional para tipagem spa aprimorada | +| `staphscan_db_mlst` | `Path?` | Diretório de banco de dados MLST personalizado para StaphSCAN (opcional) | + +## Saída + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída de escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados agregados no formato CSV | + +## Composição do Subworkflow + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [agrvate](/developers/subworkflows/agrvate) - Identifica o tipo do locus agr e variantes do operon de Staphylococcus aureus. +- [sccmec](/developers/subworkflows/sccmec) - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus. +- [spatyper](/developers/subworkflows/spatyper) - Prediz os tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma. +- [staphscan](/developers/subworkflows/staphscan) - Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows: + +- [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus. +- [staphtyper](/bactopia-tools/staphtyper) - Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus. + +## Citações + +Se você usar este em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) + Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +- [sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec) + Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +- [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) + Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +- [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) + Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/staphtyper) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/stecfinder.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/stecfinder.mdx new file mode 100644 index 00000000..5cc6f5c8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/stecfinder.mdx @@ -0,0 +1,82 @@ +--- +title: stecfinder +description: "Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens." +tags: + - escherichia-coli + - stec + - serotype + - virulence-genes + - shiga-toxin + - sample-scope +--- + +# stecfinder + +**Tags:** escherichia-coli stec serotype virulence-genes shiga-toxin sample-scope + +Identificar e sorotipificar *E. coli* produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens. + +Este subworkflow utiliza o [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) para identificar +e sorotipificar cepas de *E. coli* produtoras de toxina Shiga (STEC) usando marcadores +genômicos específicos de cluster. Ele examina montagens em busca de genes de virulência e +marcadores de sorotipo para classificar isolados de STEC em seus sorotipos conhecidos. + +## Take + +``` +seqs: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados no formato FASTA | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Arquivo TSV com os resultados dos marcadores genéticos STEC | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados STEC consolidados de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [stecfinder](/developers/modules/stecfinder) - Sorotipificação de *E. coli* produtora de toxina Shiga usando reads/montagens. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatenação de múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [stecfinder](/bactopia-tools/stecfinder) - Identificação de sorotipo de *E. coli* produtora de toxina Shiga. + +## Citações + +Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) + Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R [Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers.](https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.772574) _Frontiers in Cellular and Infection Microbiology_, 11, 772574. (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/stecfinder) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sylph.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sylph.mdx new file mode 100644 index 00000000..070e3884 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/sylph.mdx @@ -0,0 +1,94 @@ +--- +title: sylph +description: "Perfil de composição microbiana usando Sylph." +tags: + - metagenome + - profiling + - composition + - abundance + - kmer + - taxonomic + - sample-scope +--- + +# sylph + +**Tags:** metagenome profiling composition abundance kmer taxonomic sample-scope + +Perfil de composição microbiana usando Sylph. + +Este subworkflow estima a composição microbiana diretamente a partir de reads de sequenciamento usando +[Sylph](https://github.com/xiaoli-dong/sylph). Ele fornece estimativas de abundância rápidas e precisas +comparando assinaturas de k-mer contra um banco de dados de genomas de referência. Sylph pode +processar reads curtos e longos, oferecendo perfis taxonômicos do nível de espécie ao de linhagem +com estimativas de confiança para cada identificação. + +Usa campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longos (ONT/PacBio) | + +``` +database: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `database` | `Path` | Caminho para o diretório do banco de dados de referência do Sylph, contendo assinaturas de k-mer pré-computadas de genomas de referência para classificação taxonômica. | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `tsv` | Arquivo TSV com resultados do perfil | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados de perfil agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [sylph_profile](/developers/modules/sylph_profile) - Perfil de amostras de metagenoma contra um banco de dados usando Sylph. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [sylph](/bactopia-tools/sylph) - Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Sylph](https://github.com/bluenote-1/sylph) + Shaw J, and Yu YW [Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph.](https://doi.org/10.1038/s41587-024-02412-y) _Nature Biotechnology_ (2024) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/sylph) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastn.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastn.mdx new file mode 100644 index 00000000..38e19089 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastn.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: tblastn +description: "Pesquisa sequências de consulta proteicas contra banco de dados de nucleotídeos." +tags: + - blast + - protein + - nucleotide + - alignment + - database + - sample-scope +--- + +# tblastn + +**Tags:** blast protein nucleotide alignment database sample-scope + +Pesquisa sequências de consulta proteicas contra banco de dados de nucleotídeos. + +Este subworkflow utiliza o [TBLASTN](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=tblastn) +do pacote NCBI BLAST+ para pesquisar sequências de consulta proteicas contra um banco de dados de nucleotídeos +traduzido nos seis quadros de leitura. Ele processa cada montagem individualmente +e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +blastdb: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `blastdb` | Um arquivo compactado tarball contendo o banco de dados BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `query` | `Path` | Caminho para as sequências de consulta proteicas para pesquisa contra o banco de dados de nucleotídeos traduzido | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de alinhamento proteína-nucleotídeo traduzido delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [blast_tblastn](/developers/modules/blast_tblastn) - Pesquisa um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta proteica. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [tblastn](/bactopia-tools/tblastn) - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas proteicas. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/tblastn) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastx.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastx.mdx new file mode 100644 index 00000000..54699cd4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tblastx.mdx @@ -0,0 +1,86 @@ +--- +title: tblastx +description: "Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa em banco de dados de nucleotídeos." +tags: + - blast + - nucleotide + - translation + - alignment + - database + - sample-scope +--- + +# tblastx + +**Tags:** blast nucleotide translation alignment database sample-scope + +Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa em banco de dados de nucleotídeos. + +Este subworkflow utiliza o [TBLASTX](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROGRAM=tblastx) +do pacote NCBI BLAST+ para traduzir sequências de nucleotídeos em todos os seis quadros de leitura +e pesquisá-las em um banco de dados de nucleotídeos também traduzido em todos os seis quadros de leitura. +Ele processa cada montagem individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +blastdb: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `blastdb` | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST | + +``` +query: Path +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `query` | `Path` | Caminho para as sequências de nucleotídeos que serão traduzidas e pesquisadas no banco de dados traduzido | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `tsv` | Resultados de alinhamento de nucleotídeos traduzidos para nucleotídeos traduzidos em formato separado por tabulação (BLAST outfmt 6) | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Resultados agregados em formato CSV | + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [blast_tblastx](/developers/modules/blast_tblastx) - Pesquisa um banco de dados de nucleotídeos traduzidos usando uma consulta de nucleotídeos traduzidos. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [tblastx](/bactopia-tools/tblastx) - Pesquisa em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos. + +## Citações + +Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) + Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/tblastx) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tbprofiler.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tbprofiler.mdx new file mode 100644 index 00000000..d00db50b --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/tbprofiler.mdx @@ -0,0 +1,92 @@ +--- +title: tbprofiler +description: "Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem." +tags: + - mycobacterium + - tuberculosis + - drug-resistance + - lineage + - variants + - sample-scope +--- + +# tbprofiler + +**Tags:** mycobacterium tuberculosis drug-resistance lineage variants sample-scope + +Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem. + +Este subworkflow realiza o perfilamento abrangente de Mycobacterium tuberculosis +a partir de reads de sequenciamento usando o [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler). +A ferramenta detecta mutações de resistência a drogas, determina a linhagem e o tipo de cepa, +e fornece resultados detalhados de chamada de variantes. Ela combina resultados +individuais de amostras com análise em nível populacional para estudos de vigilância e epidemiologia. + +Usa campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Groovy Record contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads R1 Illumina (paired-end) | +| `r2` | Reads R2 Illumina (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Long reads (ONT/PacBio) | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `bam` | Arquivo BAM alinhado | +| `csv` | Resultados no formato CSV | +| `json` | Arquivo de resultados JSON comprimido | +| `txt` | Resultados no formato de texto | +| `vcf` | Arquivo VCF comprimido com variantes | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|-------|-----------| +| `csv` | Resultados principais consolidados no formato CSV | +| `variants_csv` | Variantes consolidadas no formato CSV | +| `variants_txt` | Variantes consolidadas no formato de texto | +| `itol` | Arquivos no formato iTOL para visualização | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [tbprofiler_profile](/developers/modules/tbprofiler_profile) - Detecta resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis. +- [tbprofiler_collate](/developers/modules/tbprofiler_collate) - Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [tbprofiler](/bactopia-tools/tbprofiler) - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis. + +## Citations + +If you use this in your analysis, please cite the following. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) + Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG [Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs.](https://doi.org/10.1186/s13073-019-0650-x) _Genome Med_ 11, 41 (2019) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/tbprofiler) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/teton.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/teton.mdx new file mode 100644 index 00000000..c003425c --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/teton.mdx @@ -0,0 +1,118 @@ +--- +title: teton +description: "Realize classificação taxonômica e estime tamanhos de genomas bacterianos." +tags: + - metagenomics + - taxonomy + - classification + - kraken + - bracken + - genome-size + - run-scope +--- + +# teton + +**Tags:** metagenomics taxonomy classification kraken bracken genome-size run-scope + +Realize classificação taxonômica e estime tamanhos de genomas bacterianos. + +Este subworkflow processa reads de sequenciamento brutos por meio de um pipeline de +classificação taxonômica usando [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) e [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) +para estimar tamanhos de genomas bacterianos e separar organismos bacterianos dos não bacterianos. +Primeiro, ele remove reads do hospedeiro usando o subworkflow scrubber, em seguida classifica os reads +e, por fim, cria planilhas de amostras com estimativas de tamanho de genoma para análises downstream no Bactopia. + +Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads: +- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path? + +## Take + +``` +reads: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-----------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `r1` | Reads Illumina R1 (paired-end) | +| `r2` | Reads Illumina R2 (paired-end) | +| `se` | Reads Illumina single-end | +| `lr` | Reads longas (ONT/PacBio) | + +``` +db: Path? +use_srascrubber: Boolean +use_nohuman: Boolean +nohuman_db: Path? +download_nohuman: Boolean +nohuman_save_as_tarball: Boolean +deacon_db: Path? +download_deacon: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-----------| +| `db` | `Path?` | Caminho opcional para o banco de dados Kraken2 para classificação taxonômica | +| `use_srascrubber` | `Boolean` | Flag booleano para usar o SRA scrubber na remoção de reads do hospedeiro | +| `use_nohuman` | `Boolean` | Flag booleano para usar o nohuman na remoção de reads do hospedeiro | +| `nohuman_db` | `Path?` | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados nohuman | +| `download_nohuman` | `Boolean` | Flag booleano para baixar o banco de dados nohuman | +| `nohuman_save_as_tarball` | `Boolean` | Flag booleano para salvar o banco de dados nohuman baixado como tarball | +| `deacon_db` | `Path?` | Caminho para o arquivo de índice minimizer do deacon (.idx) | +| `download_deacon` | `Boolean` | Flag booleano para baixar o índice do deacon | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada. + +#### `sample_outputs` + +Nenhuma saída com escopo de amostra. + +#### `run_outputs` + +Nenhuma saída com escopo de execução. + +## Composição de Subworkflows + +Este subworkflow chama os seguintes subworkflows: + +- [scrubber](/developers/subworkflows/scrubber) - Remove sequências contaminantes de dados metagenômicos. +- [bracken](/developers/subworkflows/bracken) - Estima a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos. + +## Composição de Módulos + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [bactopia_teton](/developers/modules/bactopia_teton) - Prediz o tamanho do genoma e direciona amostras com base na classificação taxonômica. +- [csvtk_join](/developers/modules/csvtk_join) - Une dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns. +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. + +## Usado Por + +Este subworkflow é usado pelos seguintes workflows: + +- [teton](/bactopia-pipelines/teton) - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar este subworkflow em sua análise, cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/teton) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/traitar.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/traitar.mdx new file mode 100644 index 00000000..17235924 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current/subworkflows/traitar.mdx @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: traitar +description: "Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos" +tags: + - phenotype + - traits + - pfam + - sample-scope +--- + +# traitar + +**Tags:** phenotype traits pfam sample-scope + +Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +Este subworkflow utiliza o [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) para prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos. +Ele pode baixar e preparar o banco de dados Pfam sob demanda ou utilizar um banco de dados pré-existente. +Processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em +um único relatório consolidado. + +## Take + +``` +fna: Channel +``` + +| Campo | Descrição | +|-------|-------------| +| `meta` | Registro Groovy contendo informações da amostra | +| `fna` | Contigs montados no formato FASTA | + +``` +database: Path? +download_traitar: Boolean +``` + +| Nome | Tipo | Descrição | +|------|------|-------------| +| `database` | `Path?` | Arquivo HMM Pfam-A pré-existente opcional | +| `download_traitar` | `Boolean` | Flag booleano para acionar o download automático do banco de dados | + +## Emit + +### Publicados + +As emissões `sample_outputs` e `run_outputs` são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada. + +#### `sample_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `majority_tsv` | Previsões de características fenotípicas combinadas por votação majoritária | +| `single_tsv` | Previsões de características fenotípicas combinadas por voto único | + +#### `run_outputs` + +| Saída | Descrição | +|--------|-------------| +| `csv` | Arquivos TSV mesclados com resultados de votação majoritária e voto único do traitar de todas as amostras | + +## Composição do Módulo + +Este subworkflow chama os seguintes módulos: + +- [csvtk_concat](/developers/modules/csvtk_concat) - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela. +- [traitar_download](/developers/modules/traitar_download) - Baixa o banco de dados Pfam necessário pelo Traitar. +- [traitar_run](/developers/modules/traitar_run) - Prevê características fenotípicas a partir de genomas microbianos. + +## Utilizado Por + +Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho: + +- [traitar](/bactopia-tools/traitar) - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos + +## Citações + +Se você utilizar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/) + Weimann A, Mooren K, Frank J, Pope PB, Gronow S, So AP [From genomes to phenotypes: Traitar, the microbial trait analyzer.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00101-16) _mSystems_ 1(6), e00101-16 (2016) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/subworkflows/traitar) From 30d349e738425bc6716c24bd240a3f63c3c82b35 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:54:03 -0600 Subject: [PATCH 06/11] translate impact/, bactopia-pipelines/, and blog/ to Portuguese (11 files) Completes all content translations: 317 files across 6 sections. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- data/translations/pt/.hashes.json | 7 +- .../03/24-allthebacteria-tutorial/index.md | 273 +++++++ .../2026/04/29-bactopia-v4/index.md | 56 ++ .../current/cleanyerreads.mdx | 440 +++++++++++ .../current/index.mdx | 15 + .../current/staphopia.mdx | 654 ++++++++++++++++ .../current/teton.mdx | 434 +++++++++++ .../current/acknowledgements.md | 708 ++++++++++++++++++ .../current/citations.md | 450 +++++++++++ .../current/enhancements.md | 285 +++++++ .../current/index.mdx | 67 ++ .../current/presentations.md | 148 ++++ 12 files changed, 3536 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/index.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/cleanyerreads.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/index.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/staphopia.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/teton.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/acknowledgements.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/citations.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/enhancements.md create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/presentations.md diff --git a/data/translations/pt/.hashes.json b/data/translations/pt/.hashes.json index ced7cf01..d5966575 100644 --- a/data/translations/pt/.hashes.json +++ b/data/translations/pt/.hashes.json @@ -304,5 +304,10 @@ "docs/index.mdx": "23f8e9f9cc9da71241658146e5d6748e", "docs/installation.md": "785f5a379c6a426cb935645bb18e1469", "docs/quick-start.md": "4f3cb2f82fbdcf6b923120203f6e602b", - "docs/tutorial.md": "c7ce6c22a782ecfeb5333cca45434241" + "docs/tutorial.md": "c7ce6c22a782ecfeb5333cca45434241", + "impact/acknowledgements.md": "fd48abeec19bc628bb29365055713e9c", + "impact/citations.md": "91e4c33d741aefa8d5c59c92aacb276d", + "impact/enhancements.md": "24707ff1662443310612f603b7cf24f6", + "impact/index.mdx": "4b44134fa91eaad3753a980dddca6eeb", + "impact/presentations.md": "093d67f167b025b006bb1c97e4ee1fe7" } diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md new file mode 100644 index 00000000..1854835f --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md @@ -0,0 +1,273 @@ +--- +title: Usando Bactopia com Montagens do AllTheBacteria +authors: [rpetit3] +tags: [community, tutorial] +date: 2024-03-24 +slug: allthebacteria-tutorial +description: Aprenda como usar Bactopia para analisar quase 2.000.000 de montagens bacterianas do projeto AllTheBacteria. +--- + +[AllTheBacteria](https://github.com/iqbal-lab-org/AllTheBacteria) (ATB) é uma coleção +de quase 2.000.000 de montagens bacterianas. Neste post você aprenderá como usar Bactopia para +analisar essas montagens de forma integrada com as [Bactopia Tools](/bactopia-tools) disponíveis. + + + +## AllTheBacteria + +O [Grupo de Zamin Iqbal](https://www.ebi.ac.uk/research/iqbal/), que nos trouxe as [661 mil montagens bacterianas](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001421), +foi ainda mais longe com o [AllTheBacteria](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.08.584059v1). +Como alguém que já foi encarregado de montar "todos os genomas de _Staphylococcus aureus_" (_embora fossem apenas +cerca de 700 amostras em 2010!_), isso é realmente um feito impressionante e um recurso valioso para a comunidade! +Com as montagens mais recentes, a coleção agora conta com quase 2.000.000 de montagens bacterianas! + +Semelhante aos métodos anteriores, a versão mais recente do AllTheBacteria usa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) +para montagem. Além disso, cada montagem tem métricas básicas calculadas, passa por estimativa de abundância taxonômica +e tem sketches disponibilizados. Para mais detalhes sobre este projeto, +consulte: + +- Preprint: _[AllTheBacteria - all bacterial genomes assembled, available and searchable](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.08.584059v1)_ +- GitHub: [AllTheBacteria](https://github.com/iqbal-lab-org/AllTheBacteria) + +Desde que Zamin revelou as atualizações mais recentes do AllTheBacteria, fiquei me perguntando: _Como os usuários do Bactopia +poderiam aproveitar essas montagens? Especialmente, por meio das [Bactopia Tools](/bactopia-tools) disponíveis?_ + +## Por que Bactopia Tools? + +O que há de realmente interessante nas Bactopia Tools é que elas tornam muito fácil executar [60 análises adicionais](/bactopia-tools) +nos seus genomas. É tão simples quanto adicionar `--wf ` ao seu comando Bactopia, e então o Bactopia +cuidará do resto por você, incluindo a seleção de containers e trilhas de auditoria. + +Obviamente, sou um pouco tendencioso aqui, mas utilizar as Bactopia Tools nessa situação +agilizaria bastante uma série de análises downstream das montagens do AllTheBacteria. Acredito que isso +permitiria que pesquisadores chegassem rapidamente à ciência por trás dessas montagens. + +Para ter uma ideia, atualmente existem 38 Bactopia Tools que utilizam montagens como entradas. +Em outras palavras, cada uma dessas ferramentas seria fácil de executar nas 2.000.000 montagens do AllTheBacteria. + +
+Expanda para ver a lista de Bactopia Tools + +:::tip[Dica] + +Cada uma das ferramentas listadas abaixo aceita uma única montagem como entrada. + +| Ferramenta | Descrição | +|------------|-----------| +| [bakta](/bactopia-tools/bakta) | Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos | +| [fastani](/bactopia-tools/fastani) | Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos | +| [gtdb](/bactopia-tools/gtdb) | Identificação de genes marcadores e atribuição de classificações taxonômicas | +| [mashtree](/bactopia-tools/mashtree) | Criação de árvores usando distâncias Mash | +| [abricate](/bactopia-tools/abricate) | Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência | +| [abritamr](/bactopia-tools/abritamr) | Ferramenta acreditada pela NATA para identificação de genes de resistência antimicrobiana | +| [agrvate](/bactopia-tools/agrvate) | Identificação rápida do tipo do locus agr e variantes do operon agr de Staphylococcus aureus | +| [amrfinderplus](/bactopia-tools/amrfinderplus) | Identificação de resistência antimicrobiana em genes ou proteínas | +| [btyper3](/bactopia-tools/btyper3) | Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus | +| [busco](/bactopia-tools/busco) | Completude da montagem baseada em expectativas evolutivas | +| [checkm](/bactopia-tools/checkm) | Avaliação da qualidade da montagem de amostras microbianas | +| [ectyper](/bactopia-tools/ectyper) | Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli | +| [emmtyper](/bactopia-tools/emmtyper) | Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes | +| [gamma](/bactopia-tools/gamma) | Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos | +| [hicap](/bactopia-tools/hicap) | Identificação do sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae | +| [hpsuissero](/bactopia-tools/hpsuissero) | Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis a partir de montagens | +| [kleborate](/bactopia-tools/kleborate) | Triagem de MLST, subespécies e outros genes de interesse relacionados a Klebsiella | +| [legsta](/bactopia-tools/legsta) | Tipagem de montagens de Legionella pneumophila | +| [lissero](/bactopia-tools/lissero) | Predição de tipagem de sorogrupo para Listeria monocytogenes | +| [mashdist](/bactopia-tools/mashdist) | Cálculo de distâncias Mash entre sequências | +| [mcroni](/bactopia-tools/mcroni) | Variação de sequência em genes de resistência à colistina mobilizada (mcr-1) | +| [meningotype](/bactopia-tools/meningotype) | Sorotipagem de Neisseria meningitidis | +| [mlst](/bactopia-tools/mlst) | Varredura de arquivos de contigs contra esquemas de tipagem PubMLST | +| [mobsuite](/bactopia-tools/mobsuite) | Reconstrução e anotação de plasmídeos em montagens bacterianas | +| [pasty](/bactopia-tools/pasty) | Sorogrupagem de isolados de Pseudomonas aeruginosa | +| [pbptyper](/bactopia-tools/pbptyper) | Tipador de Proteínas de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae | +| [phispy](/bactopia-tools/phispy) | Predição de profagos em genomas bacterianos | +| [plasmidfinder](/bactopia-tools/plasmidfinder) | Identificação de plasmídeos a partir de montagens | +| [prokka](/bactopia-tools/prokka) | Anotação de genomas completos de genomas pequenos (bacterianos, arqueais, virais) | +| [quast](/bactopia-tools/quast) | Avaliação da qualidade de contigs montados | +| [rgi](/bactopia-tools/rgi) | Predição de resistência a antibióticos a partir de montagens | +| [seqsero2](/bactopia-tools/seqsero2) | Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads ou montagens | +| [shigeifinder](/bactopia-tools/shigeifinder) | Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens | +| [sistr](/bactopia-tools/sistr) | Predição de sorovar de montagens de Salmonella | +| [spatyper](/bactopia-tools/spatyper) | Método computacional para encontrar tipos spa em Staphylococcus aureus | +| [stecfinder](/bactopia-tools/stecfinder) | Sorotipagem de genomas de Escherichia coli produtores de toxina Shigella | +| [ssuissero](/bactopia-tools/ssuissero) | Sorotipagem rápida de Streptococcus suis a partir de montagens | + +::: + +
+ +:::danger[Bactopia Tools requerem amostras processadas com Bactopia] + +Uma das principais características das Bactopia Tools é que elas utilizam as saídas do Bactopia para +identificar e iniciar a análise rapidamente. As montagens do AllTheBacteria não foram processadas pelo Bactopia, +portanto não são compatíveis com as Bactopia Tools. Mas não se preocupe, com um pouco de trabalho podemos +tornar isso possível! + +::: + +## `bactopia atb-formatter` + +O Bactopia já permite montagens como entradas, mas eu não queria que os usuários precisassem passar pelo +pipeline completo do Bactopia para usar as Bactopia Tools. Em vez disso, queria criar uma forma rápida e fácil +para que os usuários fossem diretamente ao uso das Bactopia Tools. Para isso, criei um novo comando Bactopia +chamado [atb-formatter](https://github.com/bactopia/bactopia-py?tab=readme-ov-file#all-the-bacteria-atb) +(_AllTheBacteria Formatter_). Com o `atb-formatter`, a estrutura de diretórios de saída necessária do Bactopia +será criada a partir de um diretório de montagens do _AllTheBacteria_. + +:::tip[Montagens do AllTheBacteria podem ser usadas com Bactopia Tools!] + +::: + +Isso é legal e tudo mais, mas vamos demonstrar na prática o uso do `atb-formatter` em algumas +montagens de _Legionella pneumophila_ do AllTheBacteria. + +## Exemplo de Uso para _Legionella pneumophila_ + +Para demonstrar o uso do `bactopia atb-formatter`, utilizarei montagens de +_Legionella pneumophila_ do AllTheBacteria e executarei o [legsta](https://github.com/tseemann/legsta), +uma ferramenta de tipagem para montagens de _L. pneumophila_, escrita por [Torsten Seeman](https://www.doherty.edu.au/people/associate-professor-torsten-seemann). +Mais especificamente, executarei o legsta a partir da [Bactopia Tool](/bactopia-tools/legsta) disponível. + +### Preparando o Ambiente + +Antes de começar, você precisará ter o Bactopia instalado. Se ainda não fez isso, +consulte as [instruções de instalação](/installation). + +Você também vai querer garantir que está usando pelo menos a versão 3.0.1 do Bactopia, pois esta é +a primeira versão que inclui o comando `atb-formatter`. + +```bash +bactopia --version +bactopia 3.0.1 +``` + +### Baixando as Montagens + +Primeiro, vou baixar as montagens de _L. pneumophila_ do AllTheBacteria e depois extraí-las +em uma pasta chamada `legionella-assemblies`. Simples assim! + +```bash +mkdir atb-legionella +cd atb-legionella + +# Download the assemblies +wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/AllTheBacteria/Releases/0.1/assembly/legionella_pneumophila__01.asm.tar.xz +wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/AllTheBacteria/Releases/0.1/assembly/legionella_pneumophila__02.asm.tar.xz + +# Extract the assemblies +mkdir legionella-assemblies +tar -C legionella-assemblies -xJf legionella_pneumophila__01.asm.tar.xz +tar -C legionella-assemblies -xJf legionella_pneumophila__02.asm.tar.xz +``` + +No momento em que este texto foi escrito, havia 5.393 montagens de _L. pneumophila_ disponíveis no +AllTheBacteria. Embora não seja _Salmonella enterica_ com suas centenas de milhares de montagens, +é um número ótimo para demonstrar o uso do `bactopia atb-formatter`. + +### Criando a Estrutura de Diretórios do Bactopia + +Com as montagens extraídas, agora preciso criar a estrutura de diretórios necessária do Bactopia para +usar as Bactopia Tools. Para isso, utilizei o `bactopia atb-formatter`, que cria uma pasta de amostra +para cada montagem correspondente ao número de acesso BioSample. + +```bash +# Create the Bactopia directory structure +bactopia atb-formatter --path legionella-assemblies --recursive +``` + +
+Algumas notas sobre o bactopia atb-formatter + +:::info[Informacao] + +Observe o uso de `--recursive` aqui, que percorrerá o diretório `legionella-assemblies` +para encontrar todas as montagens contidas. Neste ponto, a estrutura de diretórios do `bactopia` +foi criada para 5.393 montagens e está pronta para uso com as Bactopia Tools. + +Além disso, por padrão as montagens não são copiadas para a estrutura de diretórios do Bactopia, mas +em vez disso são criados links simbólicos. Isso é para economizar espaço em disco, mas se você quiser +copiar as montagens, pode usar o parâmetro `--publish-mode` para alterar esse comportamento. + +::: + +
+ +Após executar o comando acima, você deverá ver algo semelhante ao seguinte: + +```bash +2024-03-22 14:30:07:root:INFO - Setting up Bactopia directory structure (use --verbose to see more details) +2024-03-22 14:30:08:root:INFO - Bactopia directory structure created at bactopia +2024-03-22 14:30:08:root:INFO - Total assemblies processed: 5393 +``` + +### Usando Bactopia para executar o Legsta + +Ótimo! Agora temos todas as montagens vinculadas via link simbólico em uma estrutura de diretórios do Bactopia. É +hora de deixar as Bactopia Tools brilharem! Para isso, executarei a +[Bactopia Tool legsta](/bactopia-tools/legsta) e demonstrarei +como é simples tipar 5.393 montagens. + +Com uma simples adição de `--wf legsta` e apontando para o diretório Bactopia, o `legsta` será +executado em todas as 5.393 montagens! É realmente assim tão simples! + +```bash +# Run legsta +bactopia --wf legsta -profile singularity +``` + +:::tip[Por favor, use Docker ou Singularity para essas análises] + +Sou um grande apoiador do Conda, mas para reprodutibilidade, é recomendado usar Docker ou +Singularity com as Bactopia Tools. Os ambientes Conda podem mudar dependendo de quando são +instalados, enquanto os containers serão sempre os mesmos. + +::: + +Após algum tempo, a ferramenta `legsta` será concluída para todas as 5.393 montagens, e você deverá ver +algo semelhante ao seguinte: + +```bash +[5d/d04297] process > BACTOPIATOOLS:LEGSTA:LEGSTA_MODULE (SAMN29911258) [100%] 5393 of 5393 ✔ +[71/c63bf7] process > BACTOPIATOOLS:LEGSTA:CSVTK_CONCAT (legsta) [100%] 1 of 1 ✔ +[16/833262] process > BACTOPIATOOLS:CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS (1) [100%] 1 of 1 ✔ + + Bactopia Tools: `legsta Execution Summary + --------------------------- + Bactopia Version : 3.0.1 + Nextflow Version : 23.10.1 + Command Line : nextflow run /home/rpetit3/bactopia/main.nf --wf legsta \ + --bactopia bactopia/ -profile singularity + Resumed : false + Completed At : 2024-03-22T15:09:54.959834620-06:00 + Duration : 32m 51s + Success : true + Exit Code : 0 + Error Report : - + Launch Dir : /home/rpetit3/test-legsta +``` + +Isso levou cerca de 30 minutos no meu laptop, mas foi incrivelmente simples executar o `legsta` em +todas as 5.393 montagens de _L. pneumophila_. + +### Resultados da Tipagem + +Aqui vem a parte divertida: os resultados de tipagem para todas as 5.393 montagens de _L. pneumophila_! Outro ponto +positivo das Bactopia Tools é que, na maioria dos casos, elas mesclam todos os resultados ao final, +deixando você com apenas um único arquivo para revisar. + +Para compartilhar os resultados desta análise, fiz o upload dos resultados no Google Drive e os disponibilizei +neste link: Bactopia - Legsta Results from AllTheBacteria + +A partir desta planilha do Google, você pode fazer uma cópia ou exportar os resultados como arquivo CSV. + +## Conclusão + +Neste post, demonstrei como em apenas alguns passos você pode usar as Bactopia Tools para +começar a analisar de forma rápida e integrada as 2.000.000 montagens bacterianas do AllTheBacteria. +Se você está planejando fazer suas próprias análises downstream nessas montagens, espero que este post +tenha te convencido de que o Bactopia pode tornar esse processo muito mais fácil. + +Se você tiver alguma dúvida ou ideia para novas Bactopia Tools, sinta-se à vontade para +entrar em contato comigo! + +**Também! Este é o primeiro post do blog do Bactopia!** diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/index.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/index.md new file mode 100644 index 00000000..9d5a82b4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/index.md @@ -0,0 +1,56 @@ +--- +title: Atualizações e Melhorias do Bactopia v4 +authors: [rpetit3] +tags: [community, release] +date: 2026-04-29 +slug: bactopia-v4-updates +description: Saiba mais sobre os novos recursos e melhorias na versão 4 do Bactopia. +--- + +Olá pessoal! Aqui é o Robert, desenvolvedor do Bactopia! Já faz um tempinho, né? Mas finalmente chegou! Estou muito animado em anunciar o [lançamento da versão 4 do Bactopia](https://github.com/bactopia/bactopia/releases/tag/v4.0.0)! + +Você deve estar se perguntando o que há de novo no Bactopia? E a resposta é **_muita coisa_**, mas também… **_não muita coisa_**, mas no bom sentido! Como isso é possível? Bem, sobre isso… + +## O Bactopia agora é todo Strict, Static e Records! + +Ao longo do último ano, o [Nextflow](https://nextflow.io/) (o motor no qual o Bactopia é baseado) passou por uma significativa metamorfose, com a [introdução de Strict Syntax e Static Types na v25](https://seqera.io/blog/nextflow-25-10-plugin-registry/), e [agora Record Types na v26](https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases/tag/v26.04.0). Haha, se você já olhou o código-fonte do Bactopia, rapidamente perceberia que ele era a coisa menos "strict" possível. O Bactopia tirava proveito de muitas coisas no Nextflow que não eram realmente o propósito pretendido (por exemplo, [executar mais de 60 workflows a partir de um único workflow…](https://github.com/bactopia/bactopia/blob/4b075af96da522222bb075d4b65927d1ba3de9c2/workflows/bactopia-tools.nf)). + +Então, para responder à sua primeira pergunta: _como o Bactopia mudou muito, sem mudar muito?_ + +Bem, para implementar strict syntax, static types e record types, eu precisei essencialmente reescrever o código-fonte, quase do zero (_o que, de novo, não é necessariamente uma coisa ruim!_). Como você pode ver na imagem abaixo, a v4 do Bactopia alterou 2.641 arquivos, com 140 mil linhas de código adicionadas e 55 mil linhas removidas. É verdade! Confira o [CHANGELOG](https://github.com/bactopia/bactopia/blob/master/CHANGELOG.md#v400-bactopiabactopia-cream-puff-20260429)! + +![Bactopia v4 Changes](./img/image1.png) + +Na versão 4 do Bactopia, fico feliz em informar que agora estou em conformidade com o futuro do Nextflow! O que, como efeito colateral, significa que o Bactopia agora deve funcionar muito melhor tanto localmente quanto na nuvem. + +Embora Strict Syntax, Static Types e Record Types não sejam exatamente "obrigatórios", acredito que sua adoção colocou o Bactopia em um lugar muito melhor do que estava antes. Um brinde ao pessoal da [Seqera](https://seqera.io/) (_que mantém o Nextflow_) por ter implementado isso! + +## Co-desenvolvimento com IA + +[can you write a message about the usage of llms in Bactopia] Haha, brincadeira, ainda sou eu escrevendo este post! Mas, em um tom mais sério, **_daqui para frente o Bactopia utilizará IA nos desenvolvimentos e manutenções futuros_**. Sou o único desenvolvedor e mantenedor do Bactopia, então preciso equilibrar o que consigo fazer para evitar o esgotamento. No entanto, meu uso de IA não é sem muito pensamento. Não haverá agentes de IA com acesso irrestrito para fazer o que quiser com o Bactopia. Pode ter certeza, o Bactopia é algo que me importo profundamente, e planejo continuar mantendo a responsabilidade por ele. + +Fiz esforços extensivos para garantir que existam diretrizes específicas que a IA deve seguir, bem como formas de eu verificar se essas diretrizes estão sendo cumpridas. Com a introdução de strict syntax, static types e record types, consegui incorporar diversos padrões que são bem adequados para LLMs e para as diretrizes que estabeleci. No final das contas, ainda estarei muito envolvido na revisão de quaisquer mudanças feitas por LLMs e no avanço do Bactopia. Só queria declarar brevemente minha posição sobre o uso de IA e LLMs para co-desenvolver o Bactopia. + +![Bactopia's AI Feedback Loop](./img/image2.png) + +Sinto que ainda é necessário um post mais detalhado para demonstrar meu processo ao usar LLMs para o Bactopia. _Vou providenciar isso em breve!_ + +## O Bactopia agora é mais fácil de manter + +Com isso dito, mencionei que passei muito tempo reescrevendo o Bactopia, e acabou que a reescrita não mudou muito o resultado — mas isso é uma coisa boa. Você pode estar pensando: _como todo esse esforço para terminar onde começou pode ser algo bom?!?_ Bem, quando você tem a oportunidade de reescrever algo, você o reescreve com base na sua experiência e habilidades atuais. Não sou o mesmo bioinformata de mais de 7 anos atrás, quando Tim e eu lançamos o Bactopia pela primeira vez. Às vezes me pergunto: _'por que o Robert de 2017 fez dessa forma?'_ e _'por que o Robert de 2026 tem tantos cabelos brancos?!'_ + +Mas, para mim pelo menos, essa reescrita proporcionou a oportunidade de eliminar muito débito técnico acumulado pelo Robert do passado ao longo dos anos. Consegui padronizar muitas partes do Bactopia, de forma que um módulo é um módulo é um módulo é um módulo, etc…. Também pude mover muitas das partes não-Nextflow para fora do pipeline Nextflow do Bactopia e para o [bactopia-py](https://github.com/bactopia/bactopia-py) e o [nf-bactopia](https://github.com/bactopia/nf-bactopia). + +Embora o pytest ainda funcionasse, consegui fazer a transição para o [nf-test](https://www.nf-test.com/) para todos os arquivos Nextflow, não apenas os subworkflows. Com essa transição, no momento, o Bactopia inclui 246 testes, que testam tudo (módulos, subworkflows e workflows) usando dados reais do repositório [bactopia-tests](https://github.com/bactopia/bactopia-tests) reformulado. + +![Bactopia's Test Suite in Action](./img/image3.png) + +Também consegui fazer com que a documentação seja construída a partir de GroovyDoc inline. Além disso, migrei do [MkDocs Material para o Docusaurus](https://github.com/bactopia/bactopia.github.io/pull/9), e até consegui este novo endereço elegante! Pessoalmente acho que será muito mais fácil de manter, e estou muito curioso para saber suas opiniões e feedback! + +Tudo isso para dizer: + +_Se você é um usuário do Bactopia, o que você precisa saber é: agora acho o Bactopia muito mais fácil de construir e manter. Tim e eu estamos preparando coisas interessantes para o futuro do Bactopia. Então fique de olho!_ + +P.S. Como acontece com todos os lançamentos maiores, haverá percalços no caminho, e tenho certeza de que posso ter esquecido alguma coisa. Se você encontrar bugs ou algum recurso que eu deixei passar, é só me avisar! Você pode me encontrar no [workspace do Bactopia no Slack](https://bactopia.io/slack/) (_haha que eu na verdade criei há muito tempo!_) + +Para começar com a versão 4 do Bactopia, confira o [guia de instalação](/installation/) e o [tutorial](/tutorial/). diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/cleanyerreads.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/cleanyerreads.mdx new file mode 100644 index 00000000..e90b80d4 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/cleanyerreads.mdx @@ -0,0 +1,440 @@ +--- +title: cleanyerreads +description: "Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos." +tags: + - reads + - quality-control + - trimming + - filtering + - host-removal + - preprocessing + - named-workflow +--- + +# cleanyerreads + +**Tags:** reads quality-control trimming filtering host-removal preprocessing named-workflow + +Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos. + +Este fluxo de trabalho realiza um controle de qualidade abrangente dos reads, incluindo trimagem, +remoção de adaptadores, filtragem por qualidade e, opcionalmente, remove contaminação do hospedeiro +utilizando [deacon](https://github.com/bede/deacon), [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman), +ou [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber). +Ele processa reads de sequenciamento brutos para produzir reads limpos e de alta qualidade, +prontos para análises subsequentes. + +## Uso + +CLI do clean-yer-reads: + +```bash +clean-yer-reads \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/cleanyerreads/main.nf \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ ├── main +│ │ ├── gather +│ │ │ ├── -meta.tsv +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── qc +│ │ ├── _SE.fastq.gz +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── -fastp.log +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── .fastp.html +│ │ ├── .fastp.json +│ │ ├── _SE-final.json +│ │ ├── _SE-final_fastqc.html +│ │ ├── _SE-final_fastqc.zip +│ │ ├── _SE-original.json +│ │ ├── _SE-original_fastqc.html +│ │ └── _SE-original_fastqc.zip +│ └── tools +│ └── srahumanscrubber +│ ├── .scrub.report.tsv +│ ├── .scrubbed.fastq.gz +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── cleanyerreads- + ├── merged-results + │ ├── logs + │ │ ├── meta-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── scrubber-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── meta.tsv + │ └── scrubber.tsv + └── nf-reports + ├── cleanyerreads-dag.dot + ├── cleanyerreads-report.html + └── cleanyerreads-timeline.html +``` + +### Relatórios de Controle de Qualidade + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `supplemental/*_fastqc.*` | Relatórios FastQC para reads brutos e limpos | +| `supplemental/*-NanoPlot.*` | Relatórios NanoPlot para reads Nanopore | +| `supplemental/*.fastp.*` | Relatórios de qualidade do Fastp (quando aplicável) | +| `supplemental/*_original.json` | Métricas de qualidade dos reads originais | +| `supplemental/*_final.json` | Métricas de qualidade dos reads finais | + +### Reads Limpos + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.fastq.gz` | Reads com controle de qualidade aplicado e trimados | +| `*.unclassified.fastq.gz` | Reads descontaminados do hospedeiro (se o scrubber estiver habilitado) | + +### Descontaminação do Hospedeiro + +:::note[Nota] +Criado apenas quando a remoção do hospedeiro está habilitada +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.kraken2.report.txt` | Relatório de classificação do Kraken2 | +| `*.scrub.report.tsv` | Relatório de contaminação humana | + + +### Trilha de Auditoria + +Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nesta pasta estão arquivos úteis +para revisão caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|-------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Estes relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| cleanyerreads-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| cleanyerreads-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| cleanyerreads-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| cleanyerreads-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Os parâmetros a seguir são a forma de fornecer amostras locais ou remotas para serem processadas pelo Bactopia. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--samples` | string | | Um FOFN (via bactopia prepare) com nomes de amostras e caminhos para FASTQ/FASTAs a processar | +| `--r1` | string | | Primeiro conjunto de reads Illumina paired-end FASTQ comprimidos (gzip) (requer --r2 e --sample) | +| `--r2` | string | | Segundo conjunto de reads Illumina paired-end FASTQ comprimidos (gzip) (requer --r1 e --sample) | +| `--se` | string | | Reads Illumina single-end FASTQ comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--ont` | string | | Reads Oxford Nanopore FASTQ comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--hybrid` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida usando Unicycler. (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--short_polish` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida a partir de montagem de long-reads com polimento por short reads. (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--sample` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--accessions` | string | | Um arquivo contendo acessões de Experimentos ENA/SRA ou acessões de montagens NCBI a serem processadas | +| `--accession` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--assembly` | string | | Um genoma montado em formato FASTA comprimido. (requer --sample) | +| `--check_samples` | boolean | `false` | Validar o FOFN de entrada fornecido por --samples | + +### Parâmetros de Gather + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--skip_fastq_check` | boolean | | Pular verificações de requisitos mínimos para FASTQs de entrada | +| `--min_basepairs` | integer | `2241820` | A quantidade mínima de pares de bases necessária para continuar as análises subsequentes. | +| `--min_reads` | integer | `7472` | A quantidade mínima de reads necessária para continuar as análises subsequentes. | +| `--min_coverage` | integer | `10` | A cobertura mínima necessária para continuar as análises subsequentes. | +| `--min_proportion` | number | `0.5` | A proporção mínima de pares de bases para reads paired-end continuar as análises subsequentes. | +| `--min_genome_size` | integer | `100000` | O tamanho mínimo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises subsequentes. | +| `--max_genome_size` | integer | `18040666` | O tamanho máximo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises subsequentes. | +| `--attempts` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de download | +| `--use_ena` | boolean | | Baixar FASTQs do ENA | +| `--no_cache` | boolean | | Pular o cache do arquivo de resumo de montagem do ncbi-genome-download | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros de QC + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_bbmap` | boolean | | Reads Illumina serão submetidos ao controle de qualidade usando BBMap | +| `--use_porechop` | boolean | `false` | Usar Porechop para remover adaptadores de reads ONT | +| `--skip_qc` | boolean | | A etapa de QC será ignorada e será assumido que as sequências de entrada já passaram pelo QC. | +| `--skip_qc_plots` | boolean | | A criação de gráficos de QC pelo FastQC ou Nanoplot será ignorada | +| `--skip_error_correction` | boolean | | A correção de erros de reads pelo FLASH será ignorada. | +| `--adapters` | string | | Um arquivo FASTA contendo adaptadores a serem removidos | +| `--adapter_k` | integer | `23` | Comprimento do kmer usado para encontrar adaptadores. | +| `--phix` | string | | Genoma de referência do phiX174 a ser removido | +| `--phix_k` | integer | `31` | Comprimento do kmer usado para encontrar phiX174. | +| `--ktrim` | string | `r` | Trimar reads para remover bases correspondentes a kmers de referência (opções: `f`, `r`, `l`) | +| `--mink` | integer | `11` | Procurar kmers mais curtos nas pontas dos reads até este comprimento, durante k-trimagem ou mascaramento. | +| `--hdist` | integer | `1` | Distância máxima de Hamming para kmers de referência (apenas substituições) | +| `--tpe` | string | `t` | Durante a k-trimagem pela direita, trimar ambos os reads para o comprimento mínimo de qualquer um deles (opções: `f`, `t`) | +| `--tbo` | string | `t` | Trimar adaptadores com base na região de sobreposição dos reads paired (opções: `f`, `t`) | +| `--qtrim` | string | `rl` | Trimar extremidades dos reads para remover bases com qualidade abaixo de trimq. (opções: `rl`, `f`, `r`, `l`, `w`) | +| `--trimq` | integer | `6` | Regiões com qualidade média ABAIXO deste valor serão trimadas se qtrim estiver definido como diferente de f | +| `--maq` | integer | `10` | Reads com qualidade média (após trimagem) abaixo deste valor serão descartados | +| `--minlength` | integer | `35` | Reads mais curtos que este valor após a trimagem serão descartados | +| `--ftm` | integer | `5` | Se positivo, trimar o comprimento pela direita para ser igual a zero, módulo este número | +| `--tossjunk` | string | `t` | Descartar reads com caracteres inválidos como bases (opções: `f`, `t`) | +| `--ain` | string | `f` | Ao detectar nomes de pares, permitir nomes idênticos (opções: `f`, `t`) | +| `--qout` | string | `33` | Offset PHRED a ser usado para FASTQs de saída (opções: `33`, `64`) | +| `--maxcor` | integer | `1` | Número máximo de correções dentro de uma janela de 20bp | +| `--sampleseed` | integer | `42` | Definir um número positivo para usar como semente do gerador de números aleatórios para amostragem | +| `--ont_minlength` | integer | `1000` | Reads ONT mais curtos que este valor serão descartados | +| `--ont_minqual` | integer | `0` | Filtro de qualidade média mínima dos reads ONT | +| `--porechop_opts` | string | | Opções extras do Porechop entre aspas | +| `--nanoplot_opts` | string | | Opções extras do NanoPlot entre aspas | +| `--bbduk_opts` | string | | Opções extras do BBDuk entre aspas | +| `--fastp_opts` | string | | Opções extras do fastp entre aspas | + +### Parâmetros do SRA Human Scrubber + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_srascrubber` | boolean | `false` | Usar SRAHumanScrubber para remover reads humanos | + +### Parâmetros de Download do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o banco de dados do nohuman ou diretório para baixá-lo | +| `--nohuman_db_version` | string | | Versão do banco de dados a ser baixada (padrão: versão mais recente do HPRC) | +| `--nohuman_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados do nohuman como um tarball | +| `--download_nohuman` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados do nohuman para o caminho indicado em --nohuman_db | + +### Parâmetros de Execução do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados do nohuman | +| `--nohuman_confidence` | number | `0.0` | Pontuação mínima de confiança do Kraken2 para classificação (0.0-1.0) | +| `--nohuman_human` | boolean | `false` | Inverter saída para manter apenas reads humanos em vez de removê-los | +| `--nohuman_save_report` | boolean | `false` | Salvar o relatório de classificação do Kraken2 | + +### Parâmetros de Download do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_index_name` | string | `panhuman-1` | Nome do índice pré-construído do deacon a ser baixado | +| `--download_deacon` | boolean | `false` | Baixar o índice do deacon para o cache de datasets | +| `--use_deacon` | boolean | `false` | Usar deacon para filtragem de reads do hospedeiro | + +### Parâmetros de Filtragem do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_abs_threshold` | integer | `2` | Número mínimo absoluto de hits de minimizador para uma correspondência | +| `--deacon_db` | string | | Caminho para um índice deacon pré-existente (.idx) para filtragem de reads do hospedeiro | +| `--deacon_deplete` | boolean | `true` | Descartar sequências correspondentes em vez de mantê-las | +| `--deacon_opts` | string | | Opções adicionais do deacon filter não cobertas por outros parâmetros | +| `--deacon_prefix_length` | integer | `0` | Pesquisar apenas os primeiros N nucleotídeos por sequência (0 para todos) | +| `--deacon_rel_threshold` | number | `0.01` | Proporção relativa mínima (0.0-1.0) de hits de minimizador para uma correspondência | + +
+Parâmetros de Dataset + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para usar o dataset espécie-específico | +| `--ask_merlin` | boolean | | Pedir ao Merlin para executar ferramentas Bactopia espécie-específicas com base nas distâncias Mash | +| `--coverage` | integer | `100` | Reduzir amostras para uma cobertura determinada, requer um tamanho de genoma | +| `--genome_size` | integer | `0` | Tamanho esperado do genoma (bp) para todas as amostras, necessário para correção de erros de reads e subamostramento de reads | +| `--use_bakta` | boolean | | Usar Bakta para anotação, em vez de Prokka | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas simultaneamente | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e irá sobrescrever variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID do commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro de onde baixar os containers Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex: SLURM: '--account=my_acct_name' | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex: Singularity: '-D `pwd`' | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Pesquisar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada. +- [bactopia_qc](/developers/subworkflows/bactopia_qc) - Realizar controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. +- [scrubber](/developers/subworkflows/scrubber) - Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [BBTools](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/) + Bushnell B [BBMap short read aligner, and other bioinformatic tools.](http://sourceforge.net/projects/bbmap/) (Link) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +- [fastp](https://github.com/OpenGene/fastp) + Chen S, Zhou Y, Chen Y, and Gu J [fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560) _Bioinformatics_, 34(17), i884-i890. (2018) + +- [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) + Andrews S [FastQC: a controle de qualidade tool for high throughput sequence data.](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc) (WebLink) + +- [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) + Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter) + Song L, Florea L, Langmead B [Lighter: Fast and Memory-efficient Sequencing Error Correction without Counting](https://doi.org/10.1186/s13059-014-0509-9). _Genome Biol._ 15(11):509 (2014) + +- [NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot) + De Coster W, D'Hert S, Schultz DT, Cruts M, Van Broeckhoven C [NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149) _Bioinformatics_ Volume 34, Issue 15 (2018) + +- [Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq) + Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +- [Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop) + Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE. [Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000132) _Microb Genom._ 3(10):e000132 (2017) + +- [Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa) + Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/cleanyerreads) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..6f47dec8 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/index.mdx @@ -0,0 +1,15 @@ +--- +title: Bactopia Pipelines +description: Bactopia analysis pipelines +sidebar_position: 1 +--- + +# Bactopia Pipelines + +Bactopia Pipelines são pipelines de análise completos construídos a partir dos subworkflows e módulos do Bactopia. Há 3 pipelines disponíveis. + +| Pipeline | Descrição | +|----------|-----------| +| [cleanyerreads](/bactopia-pipelines/cleanyerreads) | Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos. | +| [staphopia](/bactopia-pipelines/staphopia) | Pipeline de análise abrangente para isolados de *Staphylococcus aureus*. | +| [teton](/bactopia-pipelines/teton) | Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos. | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/staphopia.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/staphopia.mdx new file mode 100644 index 00000000..a54c0f04 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/staphopia.mdx @@ -0,0 +1,654 @@ +--- +title: staphopia +description: "Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus." +tags: + - staphylococcus-aureus + - assembly + - annotation + - amr + - mlst + - spa-typing + - agr-typing + - sccmec + - named-workflow +--- + +# staphopia + +**Tags:** staphylococcus-aureus assembly annotation amr mlst spa-typing agr-typing sccmec named-workflow + +Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus. + +Este fluxo de trabalho realiza análise bacteriana completa, incluindo controle de qualidade, +montagem, anotação, detecção de resistência antimicrobiana, tipagem MLST, +e análise específica para Staphylococcus usando [Spatyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper), +[AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE), [SCCmecFinder](https://github.com/rpetit3/sccmec), +e [StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN). +Ele processa reads de sequenciamento brutos e produz uma caracterização genômica abrangente para isolados de S. aureus. + +## Uso + +CLI do staphopia: + +```bash +staphopia \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/staphopia/main.nf \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ ├── main +│ │ ├── annotator +│ │ │ └── prokka +│ │ │ ├── -blastdb.tar.gz +│ │ │ ├── .faa.gz +│ │ │ ├── .ffn.gz +│ │ │ ├── .fna.gz +│ │ │ ├── .fsa.gz +│ │ │ ├── .gbk.gz +│ │ │ ├── .gff.gz +│ │ │ ├── .sqn.gz +│ │ │ ├── .tbl.gz +│ │ │ ├── .tsv +│ │ │ ├── .txt +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── .err +│ │ │ ├── .log +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── assembler +│ │ │ ├── .fna.gz +│ │ │ ├── .tsv +│ │ │ ├── logs +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ ├── shovill.log +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── supplemental +│ │ │ ├── flash.hist +│ │ │ ├── flash.histogram +│ │ │ ├── illumina.txt +│ │ │ └── shovill.corrections +│ │ ├── gather +│ │ │ ├── -meta.tsv +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── qc +│ │ │ ├── _R1.fastq.gz +│ │ │ ├── _R2.fastq.gz +│ │ │ ├── logs +│ │ │ │ ├── -fastp.log +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── supplemental +│ │ │ ├── .fastp.html +│ │ │ ├── .fastp.json +│ │ │ ├── _R1-final.json +│ │ │ ├── _R1-final_fastqc.html +│ │ │ ├── _R1-final_fastqc.zip +│ │ │ ├── _R1-original.json +│ │ │ ├── _R1-original_fastqc.html +│ │ │ ├── _R1-original_fastqc.zip +│ │ │ ├── _R2-final.json +│ │ │ ├── _R2-final_fastqc.html +│ │ │ ├── _R2-final_fastqc.zip +│ │ │ ├── _R2-original.json +│ │ │ ├── _R2-original_fastqc.html +│ │ │ └── _R2-original_fastqc.zip +│ │ └── sketcher +│ │ ├── -k21.msh +│ │ ├── -k31.msh +│ │ ├── -mash-refseq88-k21.txt +│ │ ├── -sourmash-gtdb-rs207-k31.txt +│ │ ├── .sig +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── tools +│ ├── agrvate +│ │ ├── .tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── supplemental +│ │ ├── -agr_gp.tab +│ │ ├── -blastn_log.txt +│ │ ├── -hmm-log.txt +│ │ ├── -hmm.tab +│ │ └── .fna-error-report.tab +│ ├── amrfinderplus +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── mlst +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── sccmec +│ │ ├── .regions.blastn.tsv +│ │ ├── .regions.details.tsv +│ │ ├── .targets.blastn.tsv +│ │ ├── .targets.details.tsv +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ ├── spatyper +│ │ ├── .tsv +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── staphscan +│ ├── .tsv +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +└── bactopia-runs + └── staphopia- + ├── merged-results + │ ├── agrvate.tsv + │ ├── amrfinderplus.tsv + │ ├── assembly-scan.tsv + │ ├── logs + │ │ ├── agrvate-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── amrfinderplus-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── assembly-scan-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── meta-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── mlst-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── sccmec-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ ├── spatyper-concat + │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ │ └── versions.yml + │ │ └── staphscan-concat + │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + │ │ └── versions.yml + │ ├── meta.tsv + │ ├── mlst.tsv + │ ├── sccmec.tsv + │ ├── spatyper.tsv + │ └── staphscan.tsv + └── nf-reports + ├── staphopia-dag.dot + ├── staphopia-report.html + └── staphopia-timeline.html +``` + +### Controle de Qualidade + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `supplemental/*_fastqc.*` | Relatórios de controle de qualidade do FastQC para reads brutos e limpos | +| `supplemental/*-NanoPlot.*` | Relatórios NanoPlot para reads Nanopore | +| `supplemental/*.fastp.*` | Relatórios de qualidade do Fastp (quando aplicável) | + +### Montagem + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.fna` | Sequências do genoma montado no formato FASTA | +| `assembly-stats.tsv` | Métricas de qualidade de montagem por amostra | + +### Anotação + +:::note[Nota] +O formato de saída depende da ferramenta de anotação escolhida (Bakta ou Prokka) +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*.gff.gz` | Anotação do genoma no formato GFF3 (comprimido) | +| `*.gbk.gz` | Anotação do genoma no formato GenBank (comprimido) | +| `*.faa.gz` | Sequências de proteínas (comprimido) | +| `*.fna.gz` | Sequências de nucleotídeos da anotação (comprimido) | +| `annotation.tsv` | Tabelas de resumo da anotação | + +### Tipagem + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `mlst.tsv` | Resultados do tipo de sequência MLST | +| `agrvate-*` | Resultados da tipagem do locus Agr | +| `spatyper-*` | Resultados da tipagem spa | +| `sccmec-*` | Resultados da tipagem SCCmec (alvos, regiões, detalhes) | + +### Resistência Antimicrobiana + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `amrfinderplus.tsv` | Resultados de detecção de genes de resistência antimicrobiana | +| `amrfinderplus.mutation.tsv` | Resultados de mutações pontuais de resistência antimicrobiana | + +### Análise Comparativa + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `*-k21.msh` | Arquivos de sketch Mash (k=21) | +| `*-k31.msh` | Arquivos de sketch Mash (k=31) | +| `*-mash-refseq88-*.txt` | Resultados de triagem Mash contra RefSeq | +| `*.sig` | Assinaturas Sourmash | +| `sourmash-*.txt` | Resultados de classificação Sourmash | + +### Resultados Consolidados + +:::note[Nota] +Resultados agregados no nível de execução de todas as amostras +::: + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `merged-assembly-stats.tsv` | Estatísticas de montagem consolidadas | +| `merged-mlst.tsv` | Resultados MLST consolidados | +| `staphtyper.tsv` | Resumo consolidado da tipagem de Staphylococcus | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta estão arquivos úteis +para consulta caso necessário. + +| Extensão | Descrição | +|----------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|----------------|-----------| +| staphopia-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| staphopia-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| staphopia-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| staphopia-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Os parâmetros a seguir são utilizados para fornecer amostras locais ou remotas a serem processadas pelo Bactopia. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--samples` | string | | Um FOFN (via bactopia prepare) com nomes de amostras e caminhos para FASTQ/FASTAs a serem processados | +| `--r1` | string | | Primeiro conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r2 e --sample) | +| `--r2` | string | | Segundo conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r1 e --sample) | +| `--se` | string | | Reads Illumina single-end comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--ont` | string | | Reads Oxford Nanopore comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--hybrid` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida usando Unicycler (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--short_polish` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida a partir de montagem de long reads com polimento de short reads (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--sample` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--accessions` | string | | Um arquivo contendo números de acesso de Experimentos ENA/SRA ou montagens NCBI Assembly a serem processados | +| `--accession` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--assembly` | string | | Um genoma montado no formato FASTA comprimido (requer --sample) | +| `--check_samples` | boolean | `false` | Validar o FOFN de entrada fornecido por --samples | + +### Parâmetros do AMRFinder+ + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--amrfinderplus_ident_min` | number | `-1` | Proporção mínima de aminoácidos idênticos no alinhamento para um hit (0..1) | +| `--amrfinderplus_coverage_min` | number | `0.5` | Cobertura mínima da proteína de referência (0..1) | +| `--amrfinderplus_organism` | string | | Grupo taxonômico para executar triagens adicionais | +| `--amrfinderplus_translation_table` | integer | `11` | Código genético NCBI para BLAST traduzido | +| `--amrfinderplus_noplus` | boolean | `false` | Desativar a execução do AMRFinder+ com a opção --plus | +| `--amrfinderplus_report_common` | boolean | `false` | Reportar proteínas comuns a um grupo taxonômico | +| `--amrfinderplus_report_all_equal` | boolean | `false` | Reportar todos os hits BLAST e HMM com pontuação igual | +| `--amrfinderplus_opts` | string | | Opções extras do AMRFinder+ entre aspas | +| `--amrfinderplus_db` | string | | Um banco de dados personalizado do AMRFinder+ a ser usado, como tarball ou pasta | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do Assembler + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--shovill_assembler` | string | `skesa` | Assembler a ser usado pelo Shovill (opções: `skesa`, `megahit`, `spades`, `velvet`) | +| `--dragonflye_assembler` | string | `flye` | Assembler a ser usado pelo Dragonflye (opções: `flye`, `miniasm`, `raven`) | +| `--use_unicycler` | boolean | | Usar Unicycler para montagem paired-end | +| `--min_contig_len` | integer | `500` | Comprimento mínimo de contig <0=AUTO> | +| `--min_contig_cov` | integer | `2` | Cobertura mínima de contig <0=AUTO> | +| `--contig_namefmt` | string | | Formato dos IDs FASTA de contig no estilo 'printf' | +| `--shovill_opts` | string | | Opções extras do assembler entre aspas para o Shovill | +| `--shovill_kmers` | string | | K-mers a serem usados <blank=AUTO> | +| `--dragonflye_opts` | string | | Opções extras do assembler entre aspas para o Dragonflye | +| `--trim` | boolean | | Ativar trimagem de adaptadores | +| `--no_stitch` | boolean | | Desativar junção de reads para paired-end | +| `--no_corr` | boolean | | Desativar correção pós-montagem | +| `--unicycler_mode` | string | `normal` | Modo de bridging usado pelo Unicycler (opções: `conservative`, `normal`, `bold`) | +| `--min_component_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--min_dead_end_size` | integer | `1000` | Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final | +| `--nanohq` | boolean | `false` | Para o Flye, usar '--nano-hq' em vez de --nano-raw | +| `--medaka_model` | string | | O modelo a ser usado para o polimento com Medaka | +| `--medaka_rounds` | integer | `0` | O número de rodadas de polimento com Medaka a serem realizadas | +| `--racon_rounds` | integer | `1` | O número de rodadas de polimento com Racon a serem realizadas | +| `--no_polish` | boolean | | Pular a etapa de polimento da montagem | +| `--no_miniasm` | boolean | | Pular a bridging com miniasm+Racon | +| `--no_rotate` | boolean | | Não rotacionar replicons concluídos para iniciar em um gene padrão | +| `--reassemble` | boolean | `false` | Se os reads foram simulados, eles serão usados para criar uma nova montagem | +| `--polypolish_rounds` | integer | `1` | Número de rodadas de polimento com Polypolish para polimento com short reads | +| `--pilon_rounds` | integer | `0` | Número de rodadas de polimento com Pilon para polimento com short reads | + +### Parâmetros do Gather + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--skip_fastq_check` | boolean | | Pular as verificações de requisitos mínimos para FASTQs de entrada | +| `--min_basepairs` | integer | `2241820` | A quantidade mínima de pares de bases necessária para continuar as análises downstream | +| `--min_reads` | integer | `7472` | A quantidade mínima de reads necessária para continuar as análises downstream | +| `--min_coverage` | integer | `10` | A cobertura mínima necessária para continuar as análises downstream | +| `--min_proportion` | number | `0.5` | A proporção mínima de pares de bases para reads paired-end para continuar as análises downstream | +| `--min_genome_size` | integer | `100000` | O tamanho mínimo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises downstream | +| `--max_genome_size` | integer | `18040666` | O tamanho máximo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises downstream | +| `--attempts` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de download | +| `--use_ena` | boolean | | Baixar FASTQs do ENA | +| `--no_cache` | boolean | | Pular o cache do arquivo de resumo de montagem do ncbi-genome-download | + +### Parâmetros do Sketcher + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sketch_size` | integer | `10000` | Tamanho do sketch. Cada sketch terá no máximo este número de min-hashes não redundantes | +| `--sourmash_scale` | integer | `10000` | Escolher o número de hashes como 1 em FRAÇÃO dos k-mers de entrada | +| `--no_winner_take_all` | boolean | | Desativar a estratégia winner-takes-all para estimativas de identidade | +| `--screen_i` | number | `0.8` | Identidade mínima a ser reportada | + +### Parâmetros do MLST + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--mlst_scheme` | string | | Não detectar automaticamente, forçar este esquema em todas as entradas | +| `--mlst_minid` | integer | `95` | Percentual mínimo de identidade de DNA do alelo completo para considerar 'similar' | +| `--mlst_mincov` | integer | `10` | Percentual mínimo de cobertura de DNA para reportar alelo parcial | +| `--mlst_minscore` | integer | `50` | Pontuação mínima de 100 para corresponder a um esquema | +| `--mlst_nopath` | boolean | `false` | Remover caminhos de arquivo da coluna FILE | +| `--mlst_db` | string | | Um banco de dados MLST personalizado a ser usado, como tarball ou diretório | + +### Parâmetros de QC + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_bbmap` | boolean | | Reads Illumina serão processados com controle de qualidade usando BBMap | +| `--use_porechop` | boolean | `false` | Usar Porechop para remover adaptadores de reads ONT | +| `--skip_qc` | boolean | | A etapa de QC será pulada e assumir-se-á que as sequências de entrada já foram submetidas ao QC | +| `--skip_qc_plots` | boolean | | A criação de gráficos de QC pelo FastQC ou Nanoplot será pulada | +| `--skip_error_correction` | boolean | | A correção de erros de reads pelo FLASH será pulada | +| `--adapters` | string | | Um arquivo FASTA contendo adaptadores a serem removidos | +| `--adapter_k` | integer | `23` | Comprimento de k-mer usado para encontrar adaptadores | +| `--phix` | string | | Genoma de referência phiX174 a ser removido | +| `--phix_k` | integer | `31` | Comprimento de k-mer usado para encontrar phiX174 | +| `--ktrim` | string | `r` | Trimar reads para remover bases correspondentes a k-mers de referência (opções: `f`, `r`, `l`) | +| `--mink` | integer | `11` | Procurar k-mers mais curtos nas extremidades das reads até este comprimento ao trimar ou mascarar por k | +| `--hdist` | integer | `1` | Distância máxima de Hamming para k-mers de referência (apenas substituições) | +| `--tpe` | string | `t` | Ao trimar pela direita por k-mer, trimar ambas as reads para o comprimento mínimo de qualquer uma (opções: `f`, `t`) | +| `--tbo` | string | `t` | Trimar adaptadores com base em onde as reads pareadas se sobrepõem (opções: `f`, `t`) | +| `--qtrim` | string | `rl` | Trimar extremidades das reads para remover bases com qualidade abaixo de trimq (opções: `rl`, `f`, `r`, `l`, `w`) | +| `--trimq` | integer | `6` | Regiões com qualidade média ABAIXO deste valor serão trimadas se qtrim for definido como algo diferente de f | +| `--maq` | integer | `10` | Reads com qualidade média (após trimagem) abaixo deste valor serão descartadas | +| `--minlength` | integer | `35` | Reads mais curtas que este valor após a trimagem serão descartadas | +| `--ftm` | integer | `5` | Se positivo, trimar pela direita para que o comprimento seja igual a zero módulo este número | +| `--tossjunk` | string | `t` | Descartar reads com caracteres inválidos como bases (opções: `f`, `t`) | +| `--ain` | string | `f` | Ao detectar nomes de pares, permitir nomes idênticos (opções: `f`, `t`) | +| `--qout` | string | `33` | Offset PHRED a ser usado para FASTQs de saída (opções: `33`, `64`) | +| `--maxcor` | integer | `1` | Número máximo de correções dentro de uma janela de 20bp | +| `--sampleseed` | integer | `42` | Definir como número positivo para usar como semente do gerador de números aleatórios para amostragem | +| `--ont_minlength` | integer | `1000` | Reads ONT mais curtas que este valor serão descartadas | +| `--ont_minqual` | integer | `0` | Filtro de qualidade média mínima de reads ONT | +| `--porechop_opts` | string | | Opções extras do Porechop entre aspas | +| `--nanoplot_opts` | string | | Opções extras do NanoPlot entre aspas | +| `--bbduk_opts` | string | | Opções extras do BBDuk entre aspas | +| `--fastp_opts` | string | | Opções extras do fastp entre aspas | + +### Parâmetros de Download do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_db` | string | | Tarball ou caminho para o banco de dados Bakta | +| `--bakta_db_type` | string | `full` | Qual banco de dados Bakta baixar: 'full' (~30GB) ou 'light' (~2GB) (opções: `full`, `light`) | +| `--bakta_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados Bakta como tarball | +| `--download_bakta` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados Bakta para o caminho indicado por --bakta_db | + +### Parâmetros do Bakta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--bakta_proteins` | string | | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--bakta_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--bakta_replicons` | string | | Tabela de informações de replicons (tsv/csv) | +| `--bakta_min_contig_length` | integer | `1` | Tamanho mínimo de contig para anotar | +| `--bakta_keep_contig_headers` | boolean | `false` | Manter os cabeçalhos originais dos contigs | +| `--bakta_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--bakta_skip_trna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de tRNA | +| `--bakta_skip_tmrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de tmRNA | +| `--bakta_skip_rrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de rRNA | +| `--bakta_skip_ncrna` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de ncRNA | +| `--bakta_skip_ncrna_region` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de regiões de ncRNA | +| `--bakta_skip_crispr` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de arrays CRISPR | +| `--bakta_skip_cds` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de CDS | +| `--bakta_skip_sorf` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de sORF | +| `--bakta_skip_gap` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de gaps | +| `--bakta_skip_ori` | boolean | `false` | Pular detecção e anotação de oriC/oriT | +| `--bakta_opts` | string | | Opções extras do Bakta entre aspas. Exemplo: '--gram +' | + +### Parâmetros do Prokka + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--prokka_proteins` | string | `${projectDir}/data/proteins.faa` | Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiro | +| `--prokka_prodigal_tf` | string | | Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal | +| `--prokka_compliant` | boolean | `false` | Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB | +| `--prokka_centre` | string | `Bactopia` | ID do centro de sequenciamento | +| `--prokka_coverage` | integer | `80` | Cobertura mínima na proteína de consulta | +| `--prokka_evalue` | string | `1e-09` | Limite de e-value para similaridade | +| `--prokka_opts` | string | | Opções extras do Prokka entre aspas | +| `--prokka_debug` | boolean | `false` | Ativar modo de depuração para o Prokka | + +### Parâmetros do AgrVATE + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--agrvate_typing_only` | boolean | `false` | Apenas tipagem agr. Pula a extração do operon agr e detecção de frameshifts | + +### Parâmetros do spaTyper + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--spatyper_repeats` | string | | Lista de repetições spa | +| `--spatyper_repeat_order` | string | | Lista de tipos spa e ordem das repetições | +| `--spatyper_do_enrich` | boolean | `false` | Realizar enriquecimento do produto de PCR | + +### Parâmetros do sccmec + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--sccmec_min_targets_pident` | integer | `90` | Percentual mínimo de identidade para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_targets_coverage` | integer | `80` | Percentual mínimo de cobertura para contar um hit de alvo | +| `--sccmec_min_regions_pident` | integer | `85` | Percentual mínimo de identidade para contar um hit de região | +| `--sccmec_min_regions_coverage` | integer | `93` | Percentual mínimo de cobertura para contar um hit de região | + +### Parâmetros do StaphSCAN + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--staphscan_modules` | string | | Lista separada por vírgulas de módulos a serem executados | +| `--staphscan_db_mlst` | string | | Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado | + +
+Parâmetros de Dataset + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para usar o dataset específico da espécie | +| `--ask_merlin` | boolean | | Pedir ao Merlin para executar ferramentas Bactopia específicas da espécie com base nas distâncias Mash | +| `--coverage` | integer | `100` | Reduzir amostras a uma cobertura determinada, requer um tamanho de genoma | +| `--genome_size` | integer | `0` | Tamanho esperado do genoma (bp) para todas as amostras, necessário para correção de erros de reads e subamostragem de reads | +| `--use_bakta` | boolean | | Usar Bakta para anotação, em vez de Prokka | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para gravar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Manter todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Recursos + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que falhe | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras a serem baixadas ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e sobrescreverá variáveis existentes se definido | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais | +| `--config_profile_name` | string | | Nome da configuração institucional | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição da configuração institucional | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato da configuração institucional | +| `--config_profile_url` | string | | Link de URL da configuração institucional | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar containers Docker | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) de fila separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas ao executor (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name') | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais a serem passadas para Apptainer, Docker ou Singularity (ex.: Singularity: '-D `pwd`') | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas | +| `--nfdir` | boolean | | Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | A quantidade de tempo (segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou ferramenta Bactopia executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e ferramentas Bactopia disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto de versão | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows: + +- [amrfinderplus](/developers/subworkflows/amrfinderplus) - Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais. +- [bactopia_assembler](/developers/subworkflows/bactopia_assembler) - Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de assembler. +- [bactopia_datasets](/developers/subworkflows/bactopia_datasets) - Baixar e fornecer datasets pré-compilados requeridos pelo Bactopia. +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Buscar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada. +- [bactopia_qc](/developers/subworkflows/bactopia_qc) - Realizar controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento. +- [bactopia_sketcher](/developers/subworkflows/bactopia_sketcher) - Criar sketches genômicos e realizar classificação taxonômica rápida. +- [bakta](/developers/subworkflows/bakta) - Anotação rápida de genomas bacterianos. +- [mlst](/developers/subworkflows/mlst) - Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas. +- [prokka](/developers/subworkflows/prokka) - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais. +- [staphtyper](/developers/subworkflows/staphtyper) - Determinar os tipos agr, spa, SCCmec e realizar vigilância baseada em genoma para genomas de _Staphylococcus aureus_. + +## Citações + +Se você usar este pipeline em sua análise, por favor cite o seguinte. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Staphopia](https://staphopia.emory.edu) + Petit III RA, Read TD [_Staphylococcus aureus_ viewed from the perspective of 40,000+ genomes.](http://dx.doi.org/10.7717/peerj.5261) _PeerJ_ 6, e5261 (2018) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/staphopia) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/teton.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/teton.mdx new file mode 100644 index 00000000..fee57802 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-bactopia-pipelines/current/teton.mdx @@ -0,0 +1,434 @@ +--- +title: teton +description: "Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos." +tags: + - metagenomics + - classification + - kraken2 + - bracken + - abundance + - profiling + - named-workflow +--- + +# teton + +**Tags:** metagenomics classification kraken2 bracken abundance profiling named-workflow + +Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos. + +Este fluxo de trabalho realiza classificação metagenômica usando [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) +e [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken), com remoção opcional de reads do hospedeiro +usando [deacon](https://github.com/bede/deacon) (padrão), [nohuman](https://github.com/mbhall88/nohuman), +ou [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber). Ele processa reads de +sequenciamento metagenômico para estimar tamanhos de genomas bacterianos e separar organismos bacterianos de não bacterianos. + +## Uso + +CLI do teton: + +```bash +teton \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +Nextflow: + +```bash +nextflow run bactopia/bactopia/workflows/teton/main.nf \ + --input samples.csv \ + --outdir results/ +``` + +## Saídas + +### Arquivos de Saída Esperados + +``` + +├── +│ ├── teton- +│ │ ├── main +│ │ │ └── gather +│ │ │ ├── -meta.tsv +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── teton-prepare +│ │ │ ├── -sizemeup.txt +│ │ │ ├── .bacteria.tsv +│ │ │ ├── .nonbacteria.tsv +│ │ │ └── logs +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ └── tools +│ │ └── bracken +│ │ ├── .bracken.abundances.txt +│ │ ├── .bracken.adjusted.abundances.txt +│ │ ├── .bracken.classification.txt +│ │ ├── .bracken.krona.html +│ │ ├── .bracken.report.txt +│ │ ├── .bracken.tsv +│ │ ├── .kraken2.krona.html +│ │ ├── .kraken2.report.txt +│ │ └── logs +│ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ └── versions.yml +│ └── tools +│ └── scrubber +│ ├── .deacon.json +│ ├── .scrub.report.tsv +│ ├── _R1.scrubbed.fastq.gz +│ ├── _R2.scrubbed.fastq.gz +│ └── logs +│ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ └── versions.yml +├── bactopia-runs +│ └── teton- +│ ├── merged-results +│ │ ├── bracken-adjusted.tsv +│ │ ├── bracken-species-abundance.tsv +│ │ ├── logs +│ │ │ ├── bracken-adjusted-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── bracken-species-abundance-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── meta-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── scrubber-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── sizemeup-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── teton-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ ├── teton-prepare-concat +│ │ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ │ └── versions.yml +│ │ │ └── teton-prepare-nonbacteria-concat +│ │ │ ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} +│ │ │ └── versions.yml +│ │ ├── meta.tsv +│ │ ├── scrubber.tsv +│ │ ├── sizemeup.tsv +│ │ ├── teton-prepare-nonbacteria.tsv +│ │ ├── teton-prepare.tsv +│ │ └── teton.tsv +│ └── nf-reports +│ ├── teton-dag.dot +│ ├── teton-report.html +│ └── teton-timeline.html +└── merged-results + ├── .tsv + └── logs + └── -join + ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace} + └── versions.yml +``` + +### Resultados por Amostra + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `bacteria.tsv` | Arquivos TSV por amostra contendo organismos bacterianos e suas propriedades | +| `nonbacteria.tsv` | Arquivos TSV por amostra contendo organismos não bacterianos | +| `sizemeup.tsv` | Arquivos TSV por amostra com estimativas de tamanho de genoma | + +### Resultados Consolidados + +| Arquivo | Descrição | +|---------|-----------| +| `merged-bacteria.tsv` | Arquivo TSV consolidado de todos os organismos bacterianos entre amostras | +| `merged-nonbacteria.tsv` | Arquivo TSV consolidado de todos os organismos não bacterianos entre amostras | +| `merged-sizemeup.tsv` | Arquivo TSV consolidado de estimativas de tamanho de genoma entre amostras | +| `report.tsv` | Arquivo TSV combinado unindo resultados de scrubber e classificação | + + +### Trilha de Auditoria + +A seguir estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados. + +#### Logs + +Cada processo executado terá uma pasta chamada `logs`. Nessa pasta há arquivos úteis +para revisar caso seja necessário. + +| Extensão | Descrição | +|--------------|-----------| +| .begin | Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado | +| .err | Contém as saídas STDERR do processo | +| .log | Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo | +| .out | Contém as saídas STDOUT do processo | +| .run | O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido | +| .sh | O script executado pelo bash para o processo | +| .trace | O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo | +| versions.yml | Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas | + +#### Relatórios do Nextflow + +Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar +o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem. + +| Nome do arquivo | Descrição | +|-----------------|-----------| +| teton-dag.dot | A [visualização DAG](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#workflow-diagram) do Nextflow | +| teton-report.html | O [Relatório de Execução](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-report) do Nextflow | +| teton-timeline.html | O [Relatório de Linha do Tempo](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#execution-timeline) do Nextflow | +| teton-trace.txt | O relatório de [Rastreamento](https://docs.seqera.io/nextflow/reports#trace-file) do Nextflow | + +## Parâmetros + +### Parâmetros Obrigatórios + +Os parâmetros a seguir são como você fornecerá amostras locais ou remotas para serem processadas pelo Bactopia. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--samples` | string | | Um FOFN (via bactopia prepare) com nomes de amostras e caminhos para FASTQ/FASTAs a processar | +| `--r1` | string | | Primeiro conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r2 e --sample) | +| `--r2` | string | | Segundo conjunto de reads Illumina paired-end comprimidos (gzip) (requer --r1 e --sample) | +| `--se` | string | | Reads Illumina single-end comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--ont` | string | | Reads Oxford Nanopore comprimidos (gzip) (requer --sample) | +| `--hybrid` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida usando Unicycler. (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--short_polish` | boolean | `false` | Criar montagem híbrida a partir de montagem de reads longos e polimento com reads curtos. (requer --r1, --r2, --ont e --sample) | +| `--sample` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--accessions` | string | | Um arquivo contendo acessões de Experimento ENA/SRA ou acessões de Assembly NCBI para processar | +| `--accession` | string | | Nome da amostra a ser usado para as sequências de entrada | +| `--assembly` | string | | Um genoma montado em formato FASTA comprimido. (requer --sample) | +| `--check_samples` | boolean | `false` | Validar o FOFN de entrada fornecido por --samples | + +### Parâmetros de Coleta + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--skip_fastq_check` | boolean | | Ignorar verificações de requisitos mínimos para FASTQs de entrada | +| `--min_basepairs` | integer | `2241820` | A quantidade mínima de pares de bases necessária para continuar as análises posteriores. | +| `--min_reads` | integer | `7472` | A quantidade mínima de reads necessária para continuar as análises posteriores. | +| `--min_coverage` | integer | `10` | A cobertura mínima necessária para continuar as análises posteriores. | +| `--min_proportion` | number | `0.5` | A proporção mínima de pares de bases para reads paired-end continuar as análises posteriores. | +| `--min_genome_size` | integer | `100000` | O tamanho mínimo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises posteriores. | +| `--max_genome_size` | integer | `18040666` | O tamanho máximo estimado do genoma permitido para a sequência de entrada continuar as análises posteriores. | +| `--attempts` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de download | +| `--use_ena` | boolean | | Baixar FASTQs da ENA | +| `--no_cache` | boolean | | Ignorar o cache do arquivo de resumo de montagem do ncbi-genome-download | + +### Parâmetros do csvtk concat + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_concat_opts` | string | | Opções extras do csvtk concat entre aspas | + +### Parâmetros do csvtk join + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--csvtk_join_opts` | string | | Opções extras do csvtk join entre aspas | + +### Parâmetros do SRA Human Scrubber + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--use_srascrubber` | boolean | `false` | Usar SRAHumanScrubber para remover reads humanos | + +### Parâmetros de Download do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o banco de dados nohuman ou diretório para baixá-lo | +| `--nohuman_db_version` | string | | Versão do banco de dados para baixar (padrão: versão mais recente do HPRC) | +| `--nohuman_save_as_tarball` | boolean | `false` | Salvar o banco de dados nohuman como um tarball | +| `--download_nohuman` | boolean | `false` | Baixar o banco de dados nohuman para o caminho fornecido por --nohuman_db | + +### Parâmetros de Execução do Nohuman + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nohuman_db` | string | | Caminho para o diretório do banco de dados nohuman ou tarball | +| `--nohuman_confidence` | number | `0.0` | Pontuação mínima de confiança do Kraken2 para classificação (0.0-1.0) | +| `--nohuman_human` | boolean | `false` | Inverter saída para manter apenas reads humanos em vez de removê-los | +| `--nohuman_save_report` | boolean | `false` | Salvar o relatório de classificação do Kraken2 | + +### Parâmetros de Obtenção do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_index_name` | string | `panhuman-1` | Nome do índice deacon pré-construído a ser obtido | +| `--download_deacon` | boolean | `false` | Baixar o índice deacon para o cache de datasets | +| `--use_deacon` | boolean | `false` | Usar deacon para filtragem de reads do hospedeiro | + +### Parâmetros de Filtragem do Deacon + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--deacon_abs_threshold` | integer | `2` | Número absoluto mínimo de acertos de minimizadores para uma correspondência | +| `--deacon_db` | string | | Caminho para um índice deacon pré-existente (.idx) para filtragem de reads do hospedeiro | +| `--deacon_deplete` | boolean | `true` | Descartar sequências correspondentes em vez de mantê-las | +| `--deacon_opts` | string | | Opções adicionais do deacon filter não cobertas por outros parâmetros | +| `--deacon_prefix_length` | integer | `0` | Pesquisar apenas os primeiros N nucleotídeos por sequência (0 para todos) | +| `--deacon_rel_threshold` | number | `0.01` | Proporção relativa mínima (0.0-1.0) de acertos de minimizadores para uma correspondência | + +### Parâmetros do Kraken2 e Bracken + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--kraken2_db` | string | | Um único tarball ou caminho para um banco de dados no formato Kraken2 | +| `--kraken2_quick_mode` | boolean | `false` | Operação rápida (usar primeiro acerto ou acertos) | +| `--kraken2_confidence` | number | `0.0` | Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1 | +| `--kraken2_minimum_base_quality` | integer | `0` | Qualidade mínima de base usada na classificação | +| `--kraken2_use_mpa_style` | boolean | `false` | Formatar saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1 | +| `--kraken2_report_zero_counts` | boolean | `false` | Reportar contagens para TODOS os táxons, mesmo que as contagens sejam zero | +| `--kraken2_report_minimizer_data` | boolean | `false` | Incluir informações de minimizadores e contagem de minimizadores distintos no relatório | +| `--kraken2_use_names` | boolean | `false` | Imprimir nomes científicos em vez de apenas taxids | +| `--kraken2_memory_mapping` | boolean | `false` | Evitar carregar o banco de dados na RAM | +| `--kraken2_minimum_hit_groups` | integer | `2` | Número mínimo de grupos de acertos necessários para fazer uma classificação | +| `--kraken2_keep_filtered_reads` | boolean | `false` | Manter os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2 | +| `--kraken2_keep_raw_output` | boolean | `false` | Manter o arquivo STDOUT produzido pelo Kraken2 | +| `--bracken_read_length` | integer | `0` | Comprimento de read para obter todas as classificações (0 = determinar em tempo de execução) | +| `--bracken_level` | string | `S` | Nível para estimar a abundância | +| `--bracken_threshold` | integer | `0` | Reads necessários ANTES da estimativa de abundância para realizar a reestimativa | +| `--bracken_max_secondary_percent` | number | `0.01` | A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada | +| `--bracken_skip_krona` | boolean | `false` | Ignorar a criação de um relatório Krona | + +
+Parâmetros de Dataset + +Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--species` | string | | Nome da espécie para usar o dataset específico da espécie | +| `--ask_merlin` | boolean | | Pedir ao Merlin para executar ferramentas Bactopia específicas para a espécie com base nas distâncias Mash | +| `--coverage` | integer | `100` | Reduzir amostras a uma dada cobertura, requer um tamanho de genoma | +| `--genome_size` | integer | `0` | Tamanho esperado do genoma (bp) para todas as amostras, necessário para correção de erros de leitura e subamostragem de reads | +| `--use_bakta` | boolean | | Usar Bakta para anotação, em vez de Prokka | +
+ +
+Parâmetros Opcionais + +Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--outdir` | string | `bactopia` | Diretório base para salvar os resultados | +| `--skip_compression` | boolean | `false` | Os arquivos de saída não serão comprimidos | +| `--datasets` | string | | O caminho para armazenar em cache os datasets | +| `--keep_all_files` | boolean | `false` | Mantém todos os arquivos de análise criados | +
+ +
+Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs + +Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--max_retry` | integer | `3` | Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe. | +| `--max_cpus` | integer | `4` | Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual. | +| `--max_memory` | string | `128.GB` | Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_time` | string | `240.h` | Quantidade máxima de tempo que pode ser solicitada para qualquer job individual. | +| `--max_downloads` | integer | `3` | Número máximo de amostras para baixar ao mesmo tempo | +
+ +
+Parâmetros de Configuração do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--nfconfig` | string | | Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido. | +| `--publish_dir_mode` | string | `copy` | Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: `symlink`, `rellink`, `link`, `copy`, `copyNoFollow`, `move`) | +| `--infodir` | string | `${params.outdir}/pipeline_info` | Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline. | +| `--force` | boolean | `false` | O Nextflow substituirá arquivos de saída existentes. | +| `--cleanup_workdir` | boolean | `false` | Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório `work` será excluído. | +
+ +
+Opções de configuração institucional + +Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--custom_config_version` | string | `master` | ID de commit Git para configurações institucionais. | +| `--custom_config_base` | string | `https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master` | Diretório base para configurações institucionais. | +| `--config_profile_name` | string | | Nome do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_description` | string | | Descrição do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_contact` | string | | Informações de contato do perfil de configuração institucional. | +| `--config_profile_url` | string | | URL do perfil de configuração institucional. | +
+ +
+Parâmetros de Perfil do Nextflow + +Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--condadir` | string | | Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda | +| `--registry` | string | `quay.io` | Registro para baixar contêineres Docker. | +| `--datasets_cache` | string | `/.bactopia/datasets` | Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados. | +| `--singularity_cache` | string | | Diretório onde imagens Singularity remotas são armazenadas. | +| `--singularity_pull_docker_container` | boolean | | Em vez de baixar imagens Singularity diretamente para uso com Singularity, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker. | +| `--force_rebuild` | boolean | `false` | Forçar a substituição de ambientes pré-construídos existentes. | +| `--queue` | string | `general,high-memory` | Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a ser(em) usada(s) por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM) | +| `--cluster_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name') | +| `--container_opts` | string | | Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D `pwd`') | +| `--disable_scratch` | boolean | `false` | Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal. | +
+ +
+Parâmetros Úteis + +Parâmetros raramente usados que podem ser úteis. + +| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição | +|-----------|------|--------|-----------| +| `--monochrome_logs` | boolean | | Não usar saídas de log coloridas. | +| `--nfdir` | boolean | | Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia | +| `--sleep_time` | integer | `5` | O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução. | +| `--validate_params` | boolean | `true` | Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução | +| `--help` | boolean | | Exibir texto de ajuda. | +| `--wf` | string | `bactopia` | Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar | +| `--list_wfs` | boolean | | Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf' | +| `--show_hidden_params` | boolean | | Mostrar todos os parâmetros ao usar `--help` | +| `--help_all` | boolean | | Um alias para --help --show_hidden_params | +| `--version` | boolean | | Exibir texto da versão. | +
+ +## Composição + +Este fluxo de trabalho usa os seguintes subworkflows: + +- [bactopia_gather](/developers/subworkflows/bactopia_gather) - Pesquisar, validar, coletar e padronizar amostras de entrada. +- [teton](/developers/subworkflows/teton) - Realizar classificação taxonômica e estimar tamanhos de genomas bacterianos. + +## Citações + +Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos. + +- [Bactopia](https://bactopia.io/) + Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) + +- [Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken) + Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +- [deacon](https://github.com/bede/deacon) + Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +- [Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2) + Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +- [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) + Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +## Fonte + +[Ver código-fonte no GitHub](https://github.com/bactopia/bactopia/tree/main/workflows/teton) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/acknowledgements.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/acknowledgements.md new file mode 100644 index 00000000..44169881 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/acknowledgements.md @@ -0,0 +1,708 @@ +--- +title: Acknowledgements +description: >- + A comprehensive list of datasets and software packages utilized in Bactopia, + complete with links and citations. +sidebar_position: 2 +--- + +# Agradecimentos + +Bactopia é verdadeiramente um caso de *"estar sobre os ombros de gigantes"*. Bactopia +atualmente integra mais de 159 datasets e pacotes de software. Praticamente +cada componente utilizado no Bactopia, desde o fluxo de trabalho até os datasets, os +pacotes de software e até mesmo o framework deste site, foi criado por outras pessoas +e disponibilizado gratuitamente ao público. + +Gostaria de expressar pessoalmente minha enorme gratidão aos autores +desses pacotes de software e datasets públicos. Se você chegou até aqui, eu +devo a você uma cerveja (ou um café!) se nos encontrarmos pessoalmente. +Sério, muito obrigado! + +:::info[Por favor, cite os datasets e ferramentas] +Se você utilizou o Bactopia em seu trabalho, certifique-se de citar os datasets +ou softwares que possa ter usado. +::: + +## Influências + +### nf-core + +[nf-core](https://nf-co.re/) é um ótimo grupo de pessoas que voluntariam seu tempo para +criar um conjunto de pipelines de análise Nextflow curados. A [equipe do nf-core](https://nf-co.re/about) +desenvolveu práticas incríveis que acredito fortalecer muito a comunidade Nextflow +como um todo! + +Frequentemente me perguntam: _O Bactopia algum dia vai fazer parte do nf-core?_ + +A resposta é: _Não, mas..._ + +O Bactopia foi adaptado do Staphopia, que precede o início do nf-core. À medida que tanto o nf-core +quanto o Bactopia cresceram, ficou claro que adicionar o Bactopia ao nf-core seria uma tarefa +difícil. A última oportunidade para isso provavelmente foi quando o Bactopia foi convertido para DSL2, mas +as Bactopia Tools provavelmente nunca se encaixariam no molde do nf-core. + +_No entanto_, sempre que possível, tentei implementar as práticas do nf-core no Bactopia. +Alguns exemplos incluem: + +1. Análise de argumentos baseada na biblioteca do nf-core +2. Todas as Bactopia Tools são adaptadas de módulos do nf-core +3. Testes implementados seguindo o padrão do nf-core/modules + +Ao implementar essas práticas, acredito que o Bactopia se tornou um pipeline muito melhor. Por +isso sou muito grato à comunidade nf-core! Obrigado! + +Ewels P, Peltzer A, Fillinger S, Patel H, Alneberg J, Wilm A, Garcia MU, Di Tommaso P, Nahnsen S [The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.](https://dx.doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x) _Nat Biotechnol._ (2020) + +## Tradução + +As ferramentas e prompts de tradução utilizados para traduzir a documentação do Bactopia +foram adaptados do sistema de tradução do projeto +[Nextflow Training](https://github.com/nextflow-io/training) +([TRANSLATING.md](https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md)). +Todas as traduções são geradas e mantidas por IA usando +[Claude](https://www.anthropic.com/claude) da Anthropic. Obrigado à equipe do +Nextflow por disponibilizar abertamente sua infraestrutura de tradução! + +## Datasets Públicos + +Abaixo está uma lista de 17 datasets públicos que potencialmente +podem ter sido utilizados através do Bactopia ou das Bactopia Tools. + +### Datasets de Referência do Ariba + +Esses datasets estão disponíveis usando a função `getref` do Ariba. Você pode aprender +mais sobre essa função na [Wiki do Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/wiki/Task:-getref). + +1: **[ARG-ANNOT](http://en.mediterranee-infection.com/article.php?laref=283%26titre=arg-annot)**
+Gupta SK, Padmanabhan BR, Diene SM, Lopez-Rojas R, Kempf M, Landraud L, Rolain J-M [ARG-ANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/aac.01310-13) _Antimicrob. Agents Chemother_ 58, 212-220 (2014) + +2: **[CARD](https://card.mcmaster.ca/)**
+Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +3: **[EcOH](https://dx.doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000064)**
+Ingle DJ, Valcanis M, Kuzevski A, Tauschek M, Inouye M, Stinear T, Levine MM, Robins-Browne RM, Holt KE [In silico serotyping of E. coli from short read data identifies limited novel O-loci but extensive diversity of O:H serotype combinations within and between pathogenic lineages.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000064) _Microbial Genomics_, 2(7), e000064. (2016) + +4: **[MEGARes](https://megares.meglab.org/)**
+Lakin SM, Dean C, Noyes NR, Dettenwanger A, Ross AS, Doster E, Rovira P, Abdo Z, Jones KL, Ruiz J, Belk KE, Morley PS, Boucher C [MEGARes: an resistencia antimicrobiana database for high throughput sequencing.](https://doi.org/10.1093/nar/gkw1009) _Nucleic Acids Res._ 45, D574-D580 (2017) + +5: **[MEGARes 2.0](https://megares.meglab.org/)**
+Doster E, Lakin SM, Dean CJ, Wolfe C, Young JG, Boucher C, Belk KE, Noyes NR, Morley PS [MEGARes 2.0: a database for classification of antimicrobial drug, biocide and metal resistance determinants in metagenomic sequence data.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz1010) _Nucleic Acids Research_, 48(D1), D561-D569. (2020) + +6: **[NCBI Reference Gene Catalog](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA313047)**
+Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +7: **[ResFinder](https://cge.food.dtu.dk//services/ResFinder/)**
+Zankari E, Hasman H, Cosentino S, Vestergaard M, Rasmussen S, Lund O, Aarestrup FM, Larsen MV [Identification of acquired resistencia antimicrobiana genes.](https://doi.org/10.1093/jac/dks261) _J. Antimicrob. Chemother._ 67, 2640-2644 (2012) + +8: **[SRST2](https://github.com/katholt/srst2)**
+Inouye M, Dashnow H, Raven L-A, Schultz MB, Pope BJ, Tomita T, Zobel J, Holt KE [SRST2: Rapid genomic surveillance for public health and hospital microbiology labs.](https://doi.org/10.1186/s13073-014-0090-6) _Genome Med._ 6, 90 (2014) + +9: **[VFDB](http://www.mgc.ac.cn/VFs/)**
+Chen L, Zheng D, Liu B, Yang J, Jin Q [VFDB 2016: hierarchical and refined dataset for big data analysis--10 years on.](https://doi.org/10.1093/nar/gkv1239) _Nucleic Acids Res._ 44, D694-7 (2016) + +10: **[VirulenceFinder](https://cge.food.dtu.dk/services/VirulenceFinder/)**
+Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM [Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic _Escherichia coli_.](https://doi.org/10.1128/jcm.03617-13) _J. Clin. Microbiol._ 52, 1501-1510 (2014) + +### Datasets Minmer + +1: **[Mash Refseq (release 88) Sketch](https://mash.readthedocs.io/en/latest/data.html)**
+Ondov BD, Starrett GJ, Sappington A, Kostic A, Koren S, Buck CB, Phillippy AM [Mash Screen: high-throughput sequence containment estimation for genome discovery](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1841-x) _Genome Biol_ 20, 232 (2019) + +2: **[Sourmash Genbank LCA Signature](https://sourmash.readthedocs.io/en/latest/databases.html)**
+Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +### Outros Datasets + +1: **[eggNOG 5.0 Database](http://eggnog.embl.de/)**
+Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Heller D, Hernández-Plaza A, Forslund SK, Cook H, Mende DR, Letunic I, Rattei T, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses.](https://doi.org/10.1093/nar/gky1085) _Nucleic Acids Res._ 47, D309-D314 (2019) + +2: **[Genome Taxonomy Database](https://gtdb.ecogenomic.org/)**
+Parks DH, Chuvochina M, Rinke C, Mussig AJ, Chaumeil P-A, Hugenholtz P [GTDB: an ongoing census of bacterial and archaeal diversity through a phylogenetically consistent, rank normalized and complete genome-based taxonomy](https://doi.org/10.1093/nar/gkab776) _Nucleic Acids Research_ gkab776 (2021) + +3: **[MOB-suite Database](https://github.com/phac-nml/mob-suite)**
+Robertson J, Bessonov K, Schonfeld J, Nash JHE. [Universal whole-sequence-based plasmid typing and its utility to prediction of host range and epidemiological surveillance.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000435) _Microbial Genomics_, 6(10)(2020) + +4: **[NCBI RefSeq Database](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/)**
+O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, Ciufo S, Haddad D, McVeigh R, Rajput B, Robbertse B, Smith-White B, Ako-Adjei D, Astashyn A, Badretdin A, Bao Y, Blinkova O0, Brover V, Chetvernin V, Choi J, Cox E, Ermolaeva O, Farrell CM, Goldfarb T, Gupta T, Haft D, Hatcher E, Hlavina W, Joardar VS, Kodali VK, Li W, Maglott D, Masterson P, McGarvey KM, Murphy MR, O'Neill K, Pujar S, Rangwala SH, Rausch D, Riddick LD, Schoch C, Shkeda A, Storz SS, Sun H, Thibaud-Nissen F, Tolstoy I, Tully RE, Vatsan AR, Wallin C, Webb D, Wu W, Landrum MJ, Kimchi A, Tatusova T, DiCuccio M, Kitts P, Murphy TD, Pruitt KD [Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation.](https://doi.org/10.1093/nar/gkv1189) _Nucleic Acids Res._ 44, D733-45 (2016) + +5: **[PubMLST.org](https://pubmlst.org/)**
+Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ [Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications.](http://dx.doi.org/10.12688/wellcomeopenres.14826.1) _Wellcome Open Res_ 3, 124 (2018) + + +## Softwares Incluídos no Bactopia + +Abaixo estão 141 pacotes de software utilizados (direta e indiretamente) pelo +Bactopia. Um link para a página do software, bem como a citação (quando disponível), +foram incluídos. + +1: **[PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder)**
+Identifica plasmídeos em isolados bacterianos sequenciados total ou parcialmente
+Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H [In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing.](https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14) _Antimicrobial Agents and Chemotherapy_ 58(7), 3895-3903. (2014) + +2: **[Abricate](https://github.com/tseemann/abricate)**
+Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência
+Seemann T [Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes](https://github.com/tseemann/abricate) (GitHub) + +3: **[abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr)**
+Um pipeline para executar o AMRfinderPlus e consolidar os resultados em classes funcionais
+Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T [An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-35713-4) _Nature Communications_, 14(1), 60. (2023) + +4: **[AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE)**
+Identificação rápida do tipo do locus agr de _Staphylococcus aureus_ e variantes do operon agr.
+Raghuram V. [AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants.](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) (GitHub) + +5: **[AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr)**
+Encontra genes de resistência antimicrobiana adquiridos e algumas mutações pontuais em sequências de proteínas ou nucleotídeos montados.
+Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W [Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates](https://doi.org/10.1128/AAC.00483-19). _Antimicrob. Agents Chemother._ (2019) + +6: **[any2fasta](https://github.com/tseemann/any2fasta)**
+Converte vários formatos de sequência para FASTA
+Seemann T [any2fasta: Convert various sequence formats to FASTA](https://github.com/tseemann/any2fasta) (GitHub) + +7: **[Aragorn](http://130.235.244.92/ARAGORN/Downloads/)**
+Encontra características de RNA de transferência (tRNA)
+Laslett D, Canback B [ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/nar/gkh152) _Nucleic Acids Res_. 32(1):11-6 (2004) + +8: **[Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba)**
+Identificação de Resistência Antimicrobiana por Montagem
+Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR [ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads](http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000131). _Microb Genom_ 3, e000131 (2017) + +9: **[ART](https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm)**
+Um conjunto de ferramentas de simulação para gerar reads sintéticos de sequenciamento de próxima geração
+Huang W, Li L, Myers JR, Marth GT [ART: a next-generation sequencing read simulator.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr708) _Bioinformatics_ 28, 593-594 (2012) + +10: **[assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan)**
+Gera estatísticas básicas para uma montagem.
+Petit III RA [assembly-scan: generate basic stats for an assembly](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) (GitHub) + +11: **[Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta)**
+Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos
+Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A [Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685) _Microbial Genomics_ 7(11) (2021) + +12: **[Barrnap](https://github.com/tseemann/barrnap)**
+Preditor de RNA ribossomal bacteriano
+Seemann T [Barrnap: Bacterial ribosomal RNA predictor](https://github.com/tseemann/barrnap) (GitHub) + +13: **[BBTools](https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/)**
+BBTools é um conjunto de ferramentas bioinformáticas rápidas e multithreaded projetadas para análise de dados de sequências de DNA e RNA.
+Bushnell B [BBMap short read aligner, and other bioinformatic tools.](http://sourceforge.net/projects/bbmap/) (Link) + +14: **[BCFtools](https://github.com/samtools/bcftools)**
+Utilitários para chamada de variantes e manipulação de arquivos VCF e BCF.
+Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, Marshall J, Ohan V, Pollard MO, Whitwham A, Keane T, McCarthy SA, Davies RM, Li H [Twelve years of SAMtools and BCFtools](https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008) _GigaScience_ Volume 10, Issue 2 (2021) + +15: **[Bedtools](https://github.com/arq5x/bedtools2)**
+Um poderoso conjunto de ferramentas para aritmética genômica.
+Quinlan AR, Hall IM [BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033). _Bioinformatics_ 26, 841-842 (2010) + +16: **[BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)**
+Ferramenta de Busca por Alinhamento Local Básico
+Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL [BLAST+: architecture and applications](http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-421). _BMC Bioinformatics_ 10, 421 (2009) + +17: **[Bowtie2](https://github.com/BenLangmead/bowtie2)**
+Um alinhador de reads com gaps rápido e sensível
+Langmead B, Salzberg SL [Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.1923) _Nat. Methods._ 9, 357-359 (2012) + +18: **[Bracken](https://github.com/jenniferlu717/Bracken)**
+Bracken é um método estatístico de alta precisão que calcula a abundância de espécies em sequências de DNA de amostras metagenômicas
+Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL [Bracken: estimating species abundance in metagenomics data.](https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104) _PeerJ Computer Science_, 3, e104. (2017) + +19: **[BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3)**
+Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo _Bacillus cereus_ usando dados de sequenciamento de genoma completo
+Carroll LM, Cheng RA, Kovac J [No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods.](https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.580691) _Frontiers in Microbiology_, 11, 580691. (2020) + +20: **[BUSCO](https://gitlab.com/ezlab/busco)**
+Avaliação da completude de montagens e anotações genômicas com Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
+Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM [BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.](https://doi.org/10.1093/molbev/msab199) _Molecular Biology and Evolution_ 38(10), 4647-4654. (2021) + +21: **[BWA](https://github.com/lh3/bwa/)**
+Alinhador Burrow-Wheeler para alinhamento de reads curtos
+Li H [Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM](http://arxiv.org/abs/1303.3997). _arXiv_ [q-bio.GN] (2013) + +22: **[CD-HIT](https://github.com/weizhongli/cdhit)**
+Acelerado para agrupamento de dados de sequenciamento de próxima geração
+Li W, Godzik A [Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btl158). _Bioinformatics_ 22, 1658-1659 (2006) + +23: **[CheckM](https://github.com/Ecogenomics/CheckM)**
+Avalia a qualidade de genomas microbianos recuperados de isolados, células únicas e metagenomas
+Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW [CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.186072.114) _Genome Res_ 25, 1043-1055 (2015) + +24: **[CheckM2](https://github.com/chklovski/CheckM2)**
+Avaliação rápida da qualidade de bins genômicos usando aprendizado de máquina
+Chklovksi A [Rapid assessment of genome bin quality using machine learning](https://github.com/chklovski/CheckM2) (GitHub) + +25: **[ClermontTyping](https://github.com/happykhan/ClermonTyping)**
+Método in silico fácil de usar e preciso para filotipagem de cepas do gênero _Escherichia_
+Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. [ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000192) Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018) + +26: **[ClonalFramML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML)**
+Inferência eficiente de recombinação em genomas bacterianos completos
+Didelot X, Wilson DJ [ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004041) _PLoS Comput Biol_ 11(2) e1004041 (2015) + +27: **[csvtk](https://bioinf.shenwei.me/csvtk/)**
+Um toolkit CSV/TSV multiplataforma, eficiente e prático em Golang
+Shen, W [csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang.](https://github.com/shenwei356/csvtk/) (GitHub) + +28: **[deacon](https://github.com/bede/deacon)**
+Filtragem de sequências de DNA acelerada por SIMD usando comparação baseada em minimizadores
+Bede N. [deacon: SIMD-accelerated filtering of DNA sequences using minimizer-based comparison.](https://github.com/bede/deacon) (GitHub) + +29: **[DefenseFinder](https://github.com/mdmparis/defense-finder)**
+Busca sistemática de todos os sistemas anti-fago conhecidos.
+Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A [Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes.](https://doi.org/10.1038/s41467-022-30269-9) Nature Communications, 13(1), 2561. (2022) + +30: **[DIAMOND](https://github.com/bbuchfink/diamond)**
+Alinhador de sequências local compatível com BLAST e acelerado.
+Buchfink B, Xie C, Huson DH [Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND.](http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3176) _Nat. Methods._ 12, 59-60 (2015) + +31: **[Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye)**
+Monta genomas de isolados bacterianos a partir de reads Nanopore.
+Petit III RA [Dragonflye: Assemble bacterial isolate genomes from Nanopore reads.](https://github.com/rpetit3/dragonflye) (GitHub) + +32: **[ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping)**
+Predição in silico do sorotipo de _Escherichia coli_
+Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C [ECTyper - In silico prediction of _Escherichia coli_ serotype](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) (GitHub) + +33: **[eggNOG-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper)**
+Anotação funcional rápida em escala genômica por atribuição de ortologia
+Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P [Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper.](http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx148) _Mol. Biol. Evol._ 34, 2115-2122 (2017) + +34: **[emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper)**
+Rotulador Automático de Isolados emm
+Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A [emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) (GitHub) + +35: **[FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI)**
+Estimativa rápida de similaridade de genoma completo (ANI)
+Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S [High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.](http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9) _Nat. Commun._ 9, 5114 (2018) + +36: **[FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC)**
+Uma ferramenta de análise de controle de qualidade para dados de sequenciamento de alto rendimento.
+Andrews S [FastQC: a controle de qualidade tool for high throughput sequence data.](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc) (WebLink) + +37: **[fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl)**
+Baixa arquivos FASTQ dos repositórios SRA ou ENA.
+Petit III RA [fastq-dl: Download FASTQ files from SRA or ENA repositories.](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) (GitHub) + +38: **[fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan)**
+Gera estatísticas resumidas de FASTQ no formato JSON
+Petit III RA [fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences.](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) (GitHub) + +39: **[fastp](https://github.com/OpenGene/fastp)**
+Uma ferramenta projetada para fornecer pré-processamento rápido e completo para arquivos FastQ
+Chen S, Zhou Y, Chen Y, and Gu J [fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560) _Bioinformatics_, 34(17), i884-i890. (2018) + +40: **[FLASH](https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/)**
+Uma ferramenta rápida e precisa para mesclar reads paired-end.
+Magoč T, Salzberg SL [FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr507) _Bioinformatics_ 27.21 2957-2963 (2011) + +41: **[Flye](https://github.com/fenderglass/Flye)**
+Montador de novo para reads de sequenciamento de moléculas únicas usando grafos de repetição
+Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner P [Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs](https://doi.org/10.1038/s41587-019-0072-8) _Nature Biotechnology_ (2019) + +42: **[freebayes](https://github.com/ekg/freebayes)**
+Descoberta de polimorfismos genéticos e genotipagem baseada em haplótipos bayesianos
+Garrison E, Marth G [Haplotype-based variant detection from short-read sequencing.](https://arxiv.org/abs/1207.3907) arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012) + +43: **[GAMMA](https://github.com/rastanton/GAMMA)**
+Avaliação Microbiana de Mutações em Alelos Gênicos
+Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL [GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab607) _Bioinformatics_ (2021) + +44: **[GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi)**
+Atribui genótipos a genomas de _Salmonella_ Typhi com base em resultados do Mykrobe
+Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. [An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid](https://doi.org/10.1038/ncomms12827) _Nature Communications_ 7, 12827. (2016) + +45: **[GigaTyper](https://github.com/rpetit3/gigatyper)**
+Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem
+Petit III RA, Fearing T, Groves E [GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all?](https://github.com/rpetit3/gigatyper) (GitHub) + +46: **[GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk)**
+Um toolkit para atribuir classificações taxonômicas objetivas a genomas bacterianos e arqueais
+Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH [GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848) _Bioinformatics_ (2019) + +47: **[Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins)**
+Análise filogenética rápida de grandes amostras de sequências de genoma bacteriano completo recombinante
+Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J, Harris SR [Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins.](https://doi.org/10.1093/nar/gku1196) _Nucleic Acids Research_ 43(3), e15. (2015) + +48: **[hicap](https://github.com/scwatts/hicap)**
+Tipagem in silico do locus cap de _H. influenzae_
+Watts SC, Holt KE [hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus.](https://doi.org/10.1128/JCM.00190-19) _Journal of Clinical Microbiology_ JCM.00190-19 (2019) + +49: **[HMMER](http://hmmer.org/)**
+Análise de biosequências usando modelos ocultos de Markov de perfil
+Eddy SR [Accelerated Profile HMM Searches.](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195) _PLoS Comput. Biol._ 7, e1002195 (2011) + +50: **[HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero)**
+Sorotipagem rápida de _Haemophilus parasuis_
+Lui J [HpsuisSero: Rapid _Haemophilus parasuis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) (GitHub) + +51: **[Infernal](http://eddylab.org/infernal/)**
+Busca em bancos de dados de sequências de DNA por similaridades de estrutura e sequência de RNA
+Nawrocki EP, Eddy SR [Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt509) _Bioinformatics_ 29(22), 2933-2935 (2013) + +52: **[IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE)**
+Software filogenômico eficiente por máxima verossimilhança
+Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ [IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies.](https://doi.org/10.1093/molbev/msu300) _Mol. Biol. Evol._ 32:268-274 (2015) + +53: **[ModelFinder](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE)**
+Usado para seleção automática de modelos
+Kalyaanamoorthy S, Minh BQ, Wong TKF, von Haeseler A, Jermiin LS [ModelFinder - Fast model selection for accurate phylogenetic estimates.](https://doi.org/10.1038/nmeth.4285) _Nat. Methods_ 14:587-589 (2017) + +54: **[UFBoot2](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE)**
+Usado para realizar bootstrap ultrarrápido
+Hoang DT, Chernomor O, von Haeseler A, Minh BQ, Vinh LS [UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation.](https://doi.org/10.1093/molbev/msx281) _Mol. Biol. Evol._ 35:518-522 (2018) + +55: **[ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper)**
+Software para mapeamento de IS
+Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE [ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data](http://dx.doi.org/10.1186/s12864-015-1860-2). _BMC Genomics_ 16, 667 (2015) + +56: **[Kaptive](https://github.com/katholt/Kaptive)**
+Loci de polissacarídeos de superfície para o complexo de espécies _Klebsiella pneumoniae_ e genomas de _Acinetobacter baumannii_
+Wyres KL, Wick RR, Gorrie C, Jenney A, Follador R, Thomson NR, Holt KE [Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000102) _Microbial genomics_ 2(12) (2016) + +57: **[Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate)**
+Ferramenta de genotipagem para _Klebsiella pneumoniae_ e seu complexo de espécies relacionadas
+Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE [A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.](https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3) _Nat Commun_ 12, 4188 (2021) + +58: **[Kraken2](https://github.com/DerrickWood/kraken2)**
+A segunda versão do sistema de classificação de sequências taxonômicas Kraken
+Wood DE, Lu J, Langmead B [Improved metagenomic analysis with Kraken 2.](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) *Genome Biology*, 20(1), 257. (2019) + +59: **[Krona](https://github.com/marbl/Krona)**
+Explore metagenomas e muito mais de forma interativa em um navegador web
+Ondov BD, Bergman NH, and Phillippy AM [Interactive metagenomic visualization in a Web browser.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-385) _BMC Bioinformatics_, 12, 385. (2011) + +60: **[legsta](https://github.com/tseemann/legsta)**
+Tipagem in silico baseada em sequências de _Legionella pneumophila_
+Seemann T [legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing](https://github.com/tseemann/legsta) (GitHub) + +61: **[Lighter](https://github.com/mourisl/Lighter)**
+Corretor de erros de sequenciamento rápido e eficiente em memória
+Song L, Florea L, Langmead B [Lighter: Fast and Memory-efficient Sequencing Error Correction without Counting](https://doi.org/10.1186/s13059-014-0509-9). _Genome Biol._ 15(11):509 (2014) + +62: **[LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero)**
+Predição de sorotipo _in silico_ para _Listeria monocytogenes_
+Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A [LisSero - _In silico_ serotype prediction for _Listeria monocytogenes_](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) (GitHub) + +63: **[MAFFT](https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/)**
+Programa de alinhamento múltiplo para sequências de aminoácidos ou nucleotídeos
+Katoh K, Standley DM [MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability.](https://doi.org/10.1093/molbev/mst010) _Mol. Biol. Evol._ 30, 772-780 (2013) + +64: **[Mash](https://github.com/marbl/Mash)**
+Estimativa rápida de distância entre genomas e metagenomas usando MinHash
+Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM [Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash](http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-0997-x). _Genome Biol_ 17, 132 (2016) + +65: **[Mash Screen](https://github.com/marbl/Mash)**
+Estimativa de contenção de sequências de alto rendimento
+Ondov BD, Starrett GJ, Sappington A, Kostic A, Koren S, Buck CB, Phillippy AM [Mash Screen: high-throughput sequence containment estimation for genome discovery](https://doi.org/10.1186/s13059-019-1841-x) _Genome Biol_ 20, 232 (2019) + +66: **[Mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree)**
+Cria uma árvore usando distâncias Mash
+Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA [Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files.](https://doi.org/10.21105/joss.01762) _Journal of Open Source Software_, 4(44), 1762 (2019) + +67: **[maskrc-svg](https://github.com/kwongj/maskrc-svg)**
+Mascara recombinação detectada pelo ClonalFrameML ou Gubbins
+Kwong J [maskrc-svg - Masks recombination as detected by ClonalFrameML or Gubbins and draws an SVG.](https://github.com/kwongj/maskrc-svg) (GitHub) + +68: **[McCortex](https://github.com/mcveanlab/mccortex)**
+Montagem de genoma de novo e chamada de variantes em múltiplas amostras
+Turner I, Garimella KV, Iqbal Z, McVean G [Integrating long-range connectivity information into de Bruijn graphs.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty157) _Bioinformatics_ 34, 2556-2565 (2018) + +69: **[mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni)**
+Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1
+Shaw L [mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1](https://github.com/liampshaw/mcroni) (GitHub) + +70: **[Medaka](https://github.com/nanoporetech/medaka)**
+Correção de sequências fornecida pela ONT Research
+ONT Research [Medaka: Sequence correction provided by ONT Research](https://github.com/nanoporetech/medaka) (GitHub) + +71: **[meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype)**
+Sorotipagem in silico, finetyping e tipagem de sequências de antígenos Bexsero de _Neisseria meningitidis_
+Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T [meningotype: in silico typing for _Neisseria meningitidis_.](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) (GitHub) + +72: **[MEGAHIT](https://github.com/voutcn/megahit)**
+Montador de (meta-)genoma ultrarrápido e eficiente em memória
+Li D, Liu C-M, Luo R, Sadakane K, Lam T-W [MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033) _Bioinformatics_ 31.10 1674-1676 (2015) + +73: **[mlst](https://github.com/tseemann/mlst)**
+Verifica arquivos de contigs contra esquemas de tipagem PubMLST
+Seemann T [mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes](https://github.com/tseemann/mlst) (GitHub) + +74: **[MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS)**
+Um pipeline integrado para estimar variação genômica em nível de cepa a partir de dados metagenômicos
+Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS [An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography.](https://doi.org/10.1101/gr.201863.115) _Genome Research_, 26(11), 1612-1625. (2016) + +75: **[MinCED](https://github.com/ctSkennerton/minced)**
+Mineração de CRISPRs em Datasets Ambientais
+Skennerton C [MinCED: Mining CRISPRs in Environmental Datasets](https://github.com/ctSkennerton/minced) (GitHub) + +76: **[Miniasm](https://github.com/lh3/miniasm)**
+Montagem de novo ultrarrápida para reads longos e ruidosos (sem etapa de consenso)
+Li H [Miniasm: Ultrafast de novo assembly for long noisy reads](https://github.com/lh3/miniasm) (GitHub) + +77: **[Minimap2](https://github.com/lh3/minimap2)**
+Um alinhador par a par versátil para sequências nucleotídicas genômicas e spliced
+Li H [Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191) _Bioinformatics_ 34:3094-3100 (2018) + +78: **[MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite)**
+Ferramentas de software para agrupamento, reconstrução e tipagem de plasmídeos a partir de montagens rascunho
+Robertson J, Nash JHE [MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000206) _Microbial Genomics_ 4(8). (2018) + +79: **[Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe)**
+Predição de resistência a antibióticos em minutos
+Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z [Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe](https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15603.1) _Wellcome Open Research_ 4, 191. (2019) + +80: **[NanoPlot](https://github.com/wdecoster/NanoPlot)**
+Scripts de visualização para dados de sequenciamento de reads longos
+De Coster W, D'Hert S, Schultz DT, Cruts M, Van Broeckhoven C [NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149) _Bioinformatics_ Volume 34, Issue 15 (2018) + +81: **[Nanoq](https://github.com/esteinig/nanoq)**
+Controle de qualidade mínimo e ágil para reads de nanopore em Rust
+Steinig E [Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust](https://github.com/esteinig/nanoq) (GitHub) + +82: **[ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download)**
+Scripts para baixar genomas dos servidores FTP do NCBI
+Blin K [ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) (GitHub) + +83: **[Nextflow](https://github.com/nextflow-io/nextflow)**
+Uma DSL para pipelines computacionais orientados a dados.
+Di Tommaso P, Chatzou M, Floden EW, Barja PP, Palumbo E, Notredame C [Nextflow enables reproducible computational workflows.](https://www.nature.com/articles/nbt.3820.pdf?origin=ppub) _Nat. Biotechnol._ 35, 316-319 (2017) + +84: **[nf-test](https://www.nf-test.com/)**
+Um framework de testes simples para pipelines Nextflow
+Forer L, Schönherr S [Improving the reliability, quality, and maintainability of bioinformatics pipelines with nf-test.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf130) _GigaScience_ 14, giaf130 (2025) + +85: **[ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster)**
+Tipagem de sequências de múltiplos antígenos _in silico_ para _Neisseria gonorrhoeae_ (NG-MAST)
+Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T [ngmaster - _In silico_ multi-antigen sequence typing for _Neisseria gonorrhoeae_ (NG-MAST)](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) (GitHub) + +86: **[nhmmer](http://hmmer.org/)**
+Busca de homologia de DNA com HMMs de perfil.
+Wheeler TJ, Eddy SR [nhmmer: DNA homology search with profile HMMs.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt403) _Bioinformatics_ 29, 2487-2489 (2013) + +87: **[Panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo)**
+Um pipeline atualizado para investigação de pan-genoma
+Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J [Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline.](https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4) _Genome Biology_ 21(1), 180. (2020) + +88: **[pasty](https://github.com/rpetit3/pasty)**
+Sorogrupamento in silico de isolados de _Pseudomonas aeruginosa_
+Petit III RA [pasty: in silico serogrouping of _Pseudomonas aeruginosa_ isolates](https://github.com/rpetit3/pasty) (GitHub) + +89: **[pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper)**
+Tipador de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para montagens de _Streptococcus pneumoniae_
+Petit III RA [pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for _Streptococcus pneumoniae_ assemblies](https://github.com/rpetit3/pbptyper) (GitHub) + +90: **[PhiSpy](https://github.com/linsalrob/PhiSpy)**
+Predição de profagos em genomas bacterianos
+Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA [PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies.](https://doi.org/10.1093/nar/gks406) _Nucleic Acids Research_, 40(16), e126. (2012) + +91: **[Pigz](https://zlib.net/pigz/)**
+Uma implementação paralela do gzip para máquinas modernas com múltiplos processadores e núcleos.
+Adler M. [pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines.](https://zlib.net/pigz/) _Jet Propulsion Laboratory_ (2015) + +92: **[Pilon](https://github.com/broadinstitute/pilon/)**
+Uma ferramenta automatizada para melhoria de montagem genômica e detecção de variantes
+Walker BJ, Abeel T, Shea T, Priest M, Abouelliel A, Sakthikumar S, Cuomo CA, Zeng Q, Wortman J, Young SK, Earl AM [Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963) _PloS one_ 9.11 e112963 (2014) + +93: **[PIRATE](http://github.com/SionBayliss/PIRATE)**
+Uma caixa de ferramentas para análise de pan-genoma e avaliação de limiares.
+Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ [PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria.](https://doi.org/10.1093/gigascience/giz119) _Gigascience_ 8 (2019) + +94: **[PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT)**
+Ferramenta de Tipagem Capsular Pneumocócica para dados de NGS
+Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK [Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline.](https://doi.org/10.7717/peerj.2477) PeerJ, 4, e2477. (2016) + +95: **[Porechop](https://github.com/rrwick/Porechop)**
+Trimmagem de adaptadores para reads Oxford Nanopore
+Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE. [Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000132) _Microb Genom._ 3(10):e000132 (2017) + +96: **[pplacer](https://github.com/matsen/pplacer)**
+Posicionamento filogenético e análise downstream
+Matsen FA, Kodner RB, Armbrust EV [pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-538) _BMC Bioinformatics_ 11, 538 (2010) + +97: **[Prodigal](https://github.com/hyattpd/Prodigal)**
+Predição rápida e confiável de genes codificadores de proteínas para genomas procarióticos.
+Hyatt D, Chen G-L, LoCascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ [Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification.](https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119) _BMC Bioinformatics_ 11.1 119 (2010) + +98: **[Prokka](https://github.com/tseemann/prokka)**
+Anotação rápida de genomas procarióticos
+Seemann T [Prokka: rapid prokaryotic genome annotation](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153) _Bioinformatics_ 30, 2068-2069 (2014) + +99: **[QUAST](http://quast.sourceforge.net/)**
+Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Genomas
+Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G [QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086) _Bioinformatics_ 29, 1072-1075 (2013) + +100: **[Racon](https://github.com/lbcb-sci/racon)**
+Módulo de consenso ultrarrápido para montagem de genoma de novo bruto a partir de reads longos não corrigidos
+Vaser R, Sović I, Nagarajan N, Šikić M [Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads.](http://dx.doi.org/10.1101/gr.214270.116) _Genome Res_ 27, 737-746 (2017) + +101: **[Rasusa](https://github.com/mbhall88/rasusa)**
+Subamostragem aleatória de reads de sequenciamento para uma cobertura especificada
+Hall MB [Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage.](https://doi.org/10.5281/zenodo.3731394) (2019). + +102: **[Raven](https://github.com/lbcb-sci/raven)**
+Montador de genoma de novo para reads longos não corrigidos
+Vaser R, Šikić M [Time- and memory-efficient genome assembly with Raven.](https://doi.org/10.1038/s43588-021-00073-4) _Nat Comput Sci_ 1, 332-336 (2021) + +103: **[Resistance Gene Identifier (RGI)](https://github.com/arpcard/rgi)**
+Software para predizer resistomas a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos, com base em modelos de homologia e SNP.
+Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG [CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database.](https://doi.org/10.1093/nar/gkz935) _Nucleic acids research_ 48.D1, D517-D525 (2020) + +104: **[RNAmmer](http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/)**
+Anotação consistente e rápida de genes de RNA ribossomal
+Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Stærfeldt H-H, Rognes T, Ussery DW [RNAmmer: consistent annotation of rRNA genes in genomic sequences.](https://dx.doi.org/10.1093%2Fnar%2Fgkm160) _Nucleic Acids Res_ 35.9: 3100-3108 (2007) + +105: **[Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary)**
+Análise rápida e em grande escala de pan-genoma procariótico
+Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J [Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv421) _Bioinformatics_ 31, 3691-3693 (2015) + +106: **[samclip](https://github.com/tseemann/samclip)**
+Filtra arquivos SAM para alinhamentos com clipping suave e rígido
+Seemann T [Samclip: Filter SAM file for soft and hard clipped alignments](https://github.com/tseemann/samclip) (GitHub) + +107: **[Samtools](https://github.com/samtools/samtools)**
+Ferramentas para manipulação de dados de sequenciamento de próxima geração
+Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R [The Sequence Alignment/Map format and SAMtools](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352). _Bioinformatics_ 25, 2078-2079 (2009) + +108: **[sccmec](https://github.com/rpetit3/sccmec)**
+Uma ferramenta para tipagem de cassetes SCCmec em montagens.
+Petit III RA, Read TD [sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies](https://github.com/rpetit3/sccmec) (GitHub) + +109: **[Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary)**
+Estudos de associação em escala de pan-genoma
+Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V [Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary.](https://doi.org/10.1186/s13059-016-1108-8) _Genome Biol._ 17:238 (2016) + +110: **[SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2)**
+Predição do sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento de genoma
+Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. [SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data.](https://doi.org/10.1128/AEM.01746-19) _Appl Environ Microbiology_ 85(23):e01746-19 (2019) + +111: **[Seqtk](https://github.com/lh3/seqtk)**
+Uma ferramenta rápida e leve para processar sequências no formato FASTA ou FASTQ.
+Li H [Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats](https://github.com/lh3/seqtk) (GitHub) + +112: **[Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba)**
+Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de _Streptococcus pneumoniae_ a partir de reads de NGS Illumina
+Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA [SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000186) _Microbial Genomics_, 4(7) (2018) + +113: **[shigapass](https://github.com/imanyass/ShigaPass)**
+Uma ferramenta in silico para predizer sorotipos de Shigella
+Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX [ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies.](https://doi.org/10.1099%2Fmgen.0.000961) _Microb Genomics_ 9(3) (2023) + +114: **[ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper)**
+Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore
+Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J [In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification.](https://doi.org/10.1128/AEM.00165-19) *Applied and Environmental Microbiology*, 85(7). (2019) + +115: **[ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder)**
+Ferramenta de sorotipagem de Shigella e EIEC informada por cluster a partir de reads Illumina e montagens
+Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R [Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping.](https://doi.org/10.1099/mgen.0.000704) Microbial Genomics, 7(12). (2021) + +116: **[Shovill](https://github.com/tseemann/shovill)**
+Montagem mais rápida de reads Illumina
+Seemann T [Shovill: De novo assembly pipeline for Illumina paired reads](https://github.com/tseemann/shovill) (GitHub) + +117: **[Shovill-SE](https://github.com/rpetit3/shovill)**
+Um fork do Shovill que inclui suporte para reads single-end.
+Petit III RA [Shovill-SE: A fork of Shovill that includes support for single end reads.](https://github.com/rpetit3/shovill) (GitHub) + +118: **[SignalP](http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/)**
+Encontra características de peptídeo sinal em CDS
+Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H [SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions.](https://doi.org/10.1038/nmeth.1701) _Nature methods_ 8.10: 785 (2011) + +119: **[SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd)**
+Ferramenta de linha de comando SISTR (Salmonella In Silico Typing Resource)
+Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN [The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies.](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147101) _PloS One_, 11(1), e0147101. (2016) + +120: **[sizemeup](https://github.com/rpetit3/sizemeup)**
+Uma ferramenta simples para recuperar o tamanho do genoma de um determinado nome de espécie ou ID taxonômico
+Petit III RA [sizemeup: A simple tool to retrieve the genome size for a given species name or tax ID](https://github.com/rpetit3/sizemeup) (GitHub) + +121: **[SKESA](https://github.com/ncbi/SKESA)**
+Extensão Estratégica de Kmer para Montagens Escrupulosas
+Souvorov A, Agarwala R, Lipman DJ [SKESA: strategic k-mer extension for scrupulous assemblies.](https://doi.org/10.1186/s13059-018-1540-z) _Genome Biology_ 19:153 (2018) + +122: **[Snippy](https://github.com/tseemann/snippy)**
+Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma central
+Seemann T [Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads](https://github.com/tseemann/snippy) (GitHub) + +123: **[SnpEff](http://snpeff.sourceforge.net/)**
+Caixa de ferramentas para anotação de variantes genômicas e predição de efeito funcional.
+Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Douglas M [A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3.](https://doi.org/10.4161/fly.19695) _Fly_ 6(2), 80-92 (2012) + +124: **[snp-dists](https://github.com/tseemann/snp-dists)**
+Matriz de distância de SNP par a par a partir de um alinhamento de sequências FASTA
+Seemann T [snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment.](https://github.com/tseemann/snp-dists) (GitHub) + +125: **[Sourmash](https://github.com/dib-lab/sourmash)**
+Calcula e compara assinaturas MinHash para conjuntos de dados de DNA.
+Brown CT, Irber L [sourmash: a library for MinHash sketching of DNA](http://dx.doi.org/10.21105/joss.00027). _JOSS_ 1, 27 (2016) + +126: **[SPAdes](https://github.com/ablab/spades)**
+Um toolkit de montagem contendo vários pipelines de montagem.
+Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA [SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.](https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021) _Journal of computational biology_ 19.5 455-477 (2012) + +127: **[spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper)**
+Método computacional para encontrar tipos spa.
+Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M [spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline](http://doi.org/10.5281/zenodo.4063625). Zenodo. (2020) + +128: **[spaTyper Database](https://cge.food.dtu.dk/services/spatyper/)**
+Banco de dados usado pelo spaTyper
+Harmsen D, Claus H, Witte W, Rothgänger J, Claus H, Turnwald D, and Vogel U [Typing of methicillin-resistant _Staphylococcus aureus_ in a university hospital setting using a novel software for spa-repeat determination and database management.](https://doi.org/10.1128/jcm.41.12.5442-5448.2003) _J. Clin. Microbiol._ 41:5442-5448 (2003) + +129: **[SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber)**
+Uma ferramenta SRA que recebe como entrada um arquivo fastq local de uma amostra de infecção clínica, identifica e remove qualquer read humano significativo, e gera o arquivo fastq editado (limpo) que pode ser usado com segurança para submissão ao SRA
+Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C [STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions.](https://doi.org/10.1186/s13059-021-02490-0) _Genome Biology_, 22(1), 270 (2021) + +130: **[SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero)**
+Sorotipagem rápida de _Streptococcus suis_
+Lui J [SsuisSero: Rapid _Streptococcus suis_ serotyping](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) (GitHub) + +131: **[StaphSCAN](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN)**
+Análise de vigilância baseada em genoma de _Staphylococcus aureus_
+Bollini R [StaphSCAN (v0.3.0).](https://github.com/riccabolla/StaphSCAN) Zenodo (2026) + +132: **[staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec)**
+Uma versão standalone do método de tipagem SCCmec do Staphopia.
+Petit III RA, Read TD [_Staphylococcus aureus_ viewed from the perspective of 40,000+ genomes.](http://dx.doi.org/10.7717/peerj.5261) _PeerJ_ 6, e5261 (2018) + +133: **[STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder)**
+Agrupamento e sorotipagem de _E. coli_ produtora de toxina Shiga (STEC) usando marcadores genômicos específicos de cluster
+Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R [Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers.](https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.772574) _Frontiers in Cellular and Infection Microbiology_, 11, 772574. (2021) + +134: **[Sylph](https://github.com/bluenote-1/sylph)**
+Perfilamento taxonômico ultrarrápido e estimativa de contenção para dados metagenômicos
+Shaw J, and Yu YW [Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph.](https://doi.org/10.1038/s41587-024-02412-y) _Nature Biotechnology_ (2024) + +135: **[TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler)**
+Ferramenta de perfilamento de _Mycobacterium tuberculosis_ para detectar resistência e tipo de cepa
+Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG [Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs.](https://doi.org/10.1186/s13073-019-0650-x) _Genome Med_ 11, 41 (2019) + +136: **[Traitar](https://github.com/nick-youngblut/traitar3/)**
+Predição de características fenotípicas a partir de genomas microbianos
+Weimann A, Mooren K, Frank J, Pope PB, Gronow S, So AP [From genomes to phenotypes: Traitar, the microbial trait analyzer.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00101-16) _mSystems_ 1(6), e00101-16 (2016) + +137: **[Unicycler](https://github.com/rrwick/Unicycler)**
+Pipeline de montagem híbrida para genomas bacterianos
+Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE [Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads.](http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595) _PLoS Comput. Biol._ 13, e1005595 (2017) + +138: **[VCF-Annotator](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator)**
+Adiciona anotações biológicas a variantes em um arquivo VCF.
+Petit III RA [VCF-Annotator: Add biological annotations to variants in a VCF file.](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) (GitHub) + +139: **[Vcflib](https://github.com/vcflib/vcflib)**
+Uma biblioteca C++ simples para análise e manipulação de arquivos VCF
+Garrison E [Vcflib: A C++ library for parsing and manipulating VCF files](https://github.com/vcflib/vcflib) (GitHub) + +140: **[Velvet](https://github.com/dzerbino/velvet)**
+Montador de novo para reads curtos usando grafos de de Bruijn
+Zerbino DR, Birney E [Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs.](http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.074492.107) _Genome research_ 18.5 821-829 (2008) + +141: **[vt](https://github.com/atks/vt)**
+Um conjunto de ferramentas para descoberta de variantes curtas em dados de sequências genéticas.
+Tan A, Abecasis GR, Kang HM [Unified representation of genetic variants.](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv112) _Bioinformatics_ 31(13), 2202-2204 (2015) + + +## Citação do Bactopia + +Se você usar o Bactopia em sua análise, por favor cite o seguinte. + +Petit III RA, Read TD [Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes.](https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20) _mSystems_ 5 (2020) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/citations.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/citations.md new file mode 100644 index 00000000..fe789832 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/citations.md @@ -0,0 +1,450 @@ +--- +title: Citations +description: Publicações que citaram o Bactopia +sidebar_position: 3 +--- + +# Citations + +Desde seu lançamento em 2019, o Bactopia teve uso acadêmico significativo, sendo citado em +pelo menos 217 publicações científicas. Ficamos entusiasmados em ver o Bactopia sendo utilizado +pela comunidade e esperamos que continue sendo uma ferramenta valiosa para pesquisadores. + +:::info[O total de citações pode estar desatualizado] +As citações abaixo foram obtidas do [OpenAlex](https://api.openalex.org/works?filter=cites:W3046929726) +e são atualizadas regularmente, mas não diariamente. +::: + +217: Robert A. Petit, Chayse M. Rowley, Taylor R. Fearing, Stefaan Verwimp, Rob G. Christensen, Jim A. Mildenberger, Joseph M. Reed, Timothy D. Read. [camlhmp: a simple framework for building reproducible microbial genome-based typing tools](https://doi.org/10.1128/mra.00201-26) *Microbiology Resource Announcements* (2026). + +216: Noémie Vingadassalon, Jacques-Antoine Hennekinne, Yacine Nia, Sven Maurischat, Maria Borowiak, Brian Byrne, Lionel Kenneth Dygico, L. M. Ciupescu, Hugo Guedes, Gonçalo Almeida, et al. [Impact of wet- and dry-lab workflows on genome assembly, typing and enterotoxin gene detection in whole-genome sequencing of foodborne Staphylococcus aureus](https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2026.111761) *International Journal of Food Microbiology* (2026). + +215: Laura Mondéjar, Victoria Ballén, Yaiza Gabasa, Laura Castellsagués, Anna Pinar-Méndez, Carles Vilaró, Belén Galofré, Aida González-Díaz, Sara Martí, Sergi Canyelles i Sanz, et al. [Characterizing Aeromonas spp. as a Potential Sentinel Organism for resistencia antimicrobiana Dissemination in Wastewater and Drinking Water Treatment Systems: A Case Study in the Barcelona Metropolitan Area, Spain](https://doi.org/10.3390/antibiotics15030301) *Antibiotics* (2026). + +214: Carla López-Causapé, Matias Bonet, Biel Taltavull, Paola Medina-Retiga, Miquel Àngel Sastre-Femenía, Sara Cortés-Lara, María A. Gomis-Font, Fernando Gómez-Romano, Antonio Oliver. [Pa REx: an open-source pipeline for the automated analysis of Pseudomonas aeruginosa resistomes from whole-genome sequences](https://doi.org/10.1128/aac.01326-25) *Antimicrobial Agents and Chemotherapy* (2026). + +213: Gian Carlo González-Carballo, Christopher Mairena-Acuña, Cristian Pérez-Corrales, Javier Alfaro-Camacho, Cristina García-Marín, César Rodríguez. [Novel ST557 Streptococcus equi subsp. zooepidemicus lineage associated with a human case of septic arthritis](https://doi.org/10.1016/j.ijidoh.2026.100117) *IJID One Health* (2026). + +212: Guillem López de Egea, Aida González-Díaz, Virginia Aragón, Óscar Cabezón, Gérard Guédon, D. Ortiz Berbel, Irene Cadenas-Jiménez, Johan Espunyes, Marta Planellas, M. Ángeles Domínguez, et al. [Macrolide resistance determinants and their associations in streptococci from selected livestock and wildlife species from Catalonia, Northeast Spain](https://doi.org/10.1128/spectrum.02567-25) *Microbiology Spectrum* (2026). + +211: Víctor Fernández-Juárez, Francisco Salvà-Serra, G. Seguí, Alberto J. Martín-Rodríguez. [Life in sediments fosters 'sexual' speciation in Shewanella baltica](https://doi.org/10.64898/2026.03.14.705985) *bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)* (2026). + +210: mohamed eltorki, Oluwatimilehin O. Ajayi, Jina Seok, Jianling Xie, Francesco A. Rizzuti, Byron M. Berenger, Phillip I. Tarr, Andrew T. Pavia, K. Snedeker, Silviu Grisaru, et al. [Shiga Toxin–Producing Escherichia coli Outbreak in Canadian Daycare Centers](https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2026.1278) *JAMA Network Open* (2026). + +209: Covadonga Pérez-García, Joaquin Llorente, Maria Elena Aguirre Alustuey, Mirella Llamosí, Ruth Gil, Gabriel Laghlali, Farah El-Ayache, Vivian Yan, Michael Schotsaert, Jorge del Diego, et al. [Outburst of serotype 4 IPD after COVID-19 is driven by ST15063/GPSC162 lineage associated with high-risk behaviors and greater virulence linked to influenza H3N2 virus coinfection and cigarette smoke](https://doi.org/10.64898/2026.02.27.26346872) *medRxiv* (2026). + +208: Leslie M. Huggins, Rachel B. Sidebottom, William W. Johnson, Kurt Schwalm, Karissa Culbreath, Jesse Young, Meghan Brett, Darrell L. Dinwiddie, Daryl Domman. [Genomic analysis of Klebsiella aerogenes circulating in New Mexico](https://doi.org/10.1099/mgen.0.001650) *Microbial Genomics* (2026). + +207: Megan A Phillips, Robert A. Petit, Daniel B. Weissman, Timothy Read. [Transition of Staphylococcus aureus tetracycline resistance plasmid pT181 from independent multicopy replicon to predominantly integrated chromosomal element over 65 years](https://doi.org/10.7554/elife.109393.1) *eLife* (2026). + +206: Sebastian Bruno Ulrich Jordi, Isabel Baertschi, Jiaqi Li, Nadia Fasel, Benjamin Misselwitz, Bahtiyar Yilmaz. [StrainCascade: An automated, modular workflow for high-throughput long-read bacterial genome reconstruction and characterization](https://doi.org/10.64898/2026.02.04.698786) *bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)* (2026). + +205: Aida González-Díaz, M. Bessa Pinto, Irene Cadenas-Jiménez, Sara Lia Duarte, Carmen Ardanuy, M. Manuela Ribeiro, Sara Martí, Paula Bajanca-Lavado. [First identification and molecular characterization of CTX-M-15 extended-spectrum β-lactamase and OXA-9 β-lactamase in Haemophilus influenzae in the Iberian Peninsula](https://doi.org/10.1128/aac.01649-25) *Antimicrobial Agents and Chemotherapy* (2026). + +204: H.A. Alshammari, Ahmed Albarrag, Ihab M. Moussa, Jaffar A. Al-Tawfiq, Sumayh A. Aldakeel, Ali M. Somily. [Molecular analysis of carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa strains in a tertiary care hospital in Riyadh](https://doi.org/10.1016/j.jiph.2026.103159) *Journal of Infection and Public Health* (2026). + +203: Belson Kutambe, Priyanka D. Patel, Kenneth Chizani, Niza Silungwe, Christopher Kukacha, Megan E. Carey, James Meiring, Matthew B. Laurens, Melita A. Gordon, Philip Ashton. [Genomic Analysis of Salmonella Typhi from a Typhoid Conjugate Vaccine Trial](https://doi.org/10.64898/2026.01.06.25342561) *medRxiv* (2026). + +202: Dalal M. Alkuraythi, Manal Muhammed Alkhulaifi, Dina A. Altwiley, Mohammed Alarwi, Mohammed I. Mujallad, Mohammad Alshomrani, Takashi Gojobori, Sulaiman M. Alajel. 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[OBSOLETE: Phylogenomics of Foodborne Pathogens: The Case of Listeria monocytogenes](https://doi.org/10.1016/b978-0-08-100596-5.00007-x) *Elsevier eBooks* (2015). diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/enhancements.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/enhancements.md new file mode 100644 index 00000000..3897a226 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/enhancements.md @@ -0,0 +1,285 @@ +--- +title: Melhorias ao OSS +description: >- + Descubra os princípios de design por trás das inúmeras contribuições do Bactopia para a + comunidade de bioinformática +sidebar_position: 4 +--- + +# Melhorias ao Software de Código Aberto + +Manter software de código aberto é um desafio difícil que frequentemente exige tempo e esforço +substanciais, geralmente sem o benefício de reconhecimento ou apoio. A área de bioinformática +não é exceção, pois depende fortemente de ferramentas mantidas por indivíduos com pouco ou +nenhum suporte. O Bactopia não é diferente. + +Reconhecendo esses desafios, projetei o Bactopia com o objetivo explícito de retribuir à +comunidade. Para cumprir esse objetivo, incorporei vários requisitos de design fundamentais: + +1. As ferramentas devem ser de código aberto e gratuitas para uso. +2. As ferramentas devem estar disponíveis no conda. +3. As Bactopia Tools devem estar disponíveis no [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules). + +:::tip[O Bactopia forneceu mais de 181 contribuições para a comunidade de bioinformática] +- 11 ferramentas independentes, cada uma disponível no Bioconda +- 30 novas receitas Conda, 46 + receitas atualizadas, e [mais de 2.000 pull requests do Bioconda revisados](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pulls?q=is%3Apr+involves%3Arpetit3+is%3Aclosed). +- 68 contribuições para nf-core/modules +- 26 contribuições para outras ferramentas + +Essas contribuições são para a comunidade em geral e não exigem que você use o Bactopia para aproveitá-las. +::: + +## Ferramentas Independentes + +Às vezes, ferramentas são desenvolvidas para aprimorar as capacidades do Bactopia, como o +[Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye), que foi desenvolvido para adicionar +suporte ao Nanopore. Essas ferramentas são projetadas para funcionar como ferramentas +independentes. Abaixo estão 11 dessas ferramentas, originalmente criadas para o Bactopia, +que você também pode usar independentemente do Bactopia. + +| Ferramenta | Descrição | +|------|-------------| +| [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) | Gera estatísticas básicas para uma montagem | +| [dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) | Monta genomas de isolados bacterianos a partir de reads Nanopore | +| [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) | Baixa arquivos FASTQ dos repositórios SRA ou ENA. | +| [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) | Exibe estatísticas resumidas de FASTQ no formato JSON | +| [GOBLIN](https://github.com/rpetit3/goblin) | Gera proteínas confiáveis para complementar a anotação bacteriana | +| [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) | Uma ferramenta para sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa | +| [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) | Tipador in silico de Proteína Ligante de Penicilina para Streptococcus pneumoniae | +| [pmga](https://github.com/rpetit3/pmga) | Um fork do PMGA para todas as espécies de Neisseria e Haemophilus influenzae | +| [shovill-se](https://github.com/rpetit3/shovill) | Um fork do Shovill que inclui suporte para reads de extremidade única | +| [staphopia-sccmec](https://github.com/rpetit3/vcf-annotator) | Uma versão independente do método de tipagem SCCmec do Staphopia | +| [vcf-annotator](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) | Adiciona anotações biológicas a variantes em um arquivo VCF fornecido | + +## Contribuições ao Bioconda + +O Bactopia exige que as ferramentas sejam instaláveis com Conda para simplificar o processo +de instalação para os usuários. Esse requisito levou a um envolvimento mais profundo com a +comunidade Bioconda, não planejado, mas bem-vindo. O Bioconda é mais do que `conda install`; +é um recurso valioso que torna as ferramentas de bioinformática mais acessíveis à comunidade. +Toda vez que uma ferramenta é adicionada ao Bioconda, um contêiner Docker é criado pelo +[Biocontainers](https://biocontainers.pro/), e uma imagem Singularity é criada pelo +[Galaxy Project](https://galaxyproject.org/). Em essência, uma única receita contribui +significativamente para a comunidade em geral. + +O Bactopia resultou em 30 novas receitas, 46 receitas atualizadas, e +[mais de 2.000 pull requests foram revisados](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pulls?q=is%3Apr+involves%3Arpetit3+is%3Aclosed). + +### Novas Receitas + +O Bactopia levou à adição de 30 novas receitas ao +[Bioconda](https://bioconda.github.io/) e ao [conda-forge](https://conda-forge.org/). +Essas novas receitas permitem que os usuários comecem rapidamente a usar essas ferramentas +em suas próprias análises, e incluem: + +| Ferramenta | Descrição | Pull Request | +|------|-------------|---------------| +| [Aspera Connect](https://www.ibm.com/aspera/connect/) | cliente de transferência de alto desempenho | [anaconda/rpetit3](https://anaconda.org/rpetit3/aspera-connect) | +| [assembly-scan](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) | Gera estatísticas básicas para uma montagem | [bioconda/bioconda-recipes#11425](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/11425) | +| [bactopia](https://github.com/bactopia/bactopia) | Um pipeline flexível para análise completa de genomas bacterianos | [bioconda/bioconda-recipes#17434](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/17434) | +| [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) | Monta genomas de isolados bacterianos a partir de reads Nanopore | [bioconda/bioconda-recipes#29696](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/29696) | +| [ena-dl](https://github.com/rpetit3/ena-dl) | Baixa arquivos FASTQ do ENA | [bioconda/bioconda-recipes#17354](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/17354) | +| [EToKi](https://github.com/zheminzhou/EToKi) | todos os métodos relacionados ao Enterobase | [bioconda/bioconda-recipes#37069](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/37069) | +| [executor](https://github.com/xolox/python-executor) | wrapper Python para subprocessos, amigável ao programador | [conda-forge/staged-recipes#9457](https://github.com/conda-forge/staged-recipes/pull/9457) | +| [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) | Baixa arquivos FASTQ dos repositórios SRA ou ENA. | [bioconda/bioconda-recipes#18252](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/18252) | +| [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) | Exibe estatísticas resumidas de FASTQ no formato JSON | [bioconda/bioconda-recipes#11415](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/11415) | +| [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) | atribui genótipos a genomas de *Salmonella* Typhi | [bioconda/bioconda-recipes#25674](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/25674) | +| [GOBLIN](https://github.com/rpetit3/goblin) | Gera proteínas confiáveis para complementar a anotação bacteriana | [bioconda/bioconda-recipes#38922](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/38922) | +| [illumina-cleanup](https://github.com/rpetit3/illumina-cleanup) | Um pipeline simples para pré-processamento de arquivos FASTQ Illumina | [bioconda/bioconda-recipes#11481](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/11481) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) | software de mapeamento de sequências de inserção | [bioconda/bioconda-recipes#14180](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/14180) | +| [mashpit](https://github.com/tongzhouxu/mashpit) | Plataforma de vigilância baseada em sketch | [bioconda/bioconda-recipes#35199](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35199) | +| [NextPolish](https://github.com/Nextomics/NextPolish) | Polimento rápido e preciso de genomas gerados por reads longas | [bioconda/bioconda-recipes#36582](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/36582) | +| [ParallelTask](https://github.com/moold/ParallelTask) | Um motor de tarefas paralelas simples e leve | [conda-forge/staged-recipes#19616](https://github.com/conda-forge/staged-recipes/pull/19616) | +| [ParallelTask](https://github.com/moold/ParallelTask) | Um motor de tarefas paralelas simples e leve | [conda-forge/staged-recipes#19616](https://github.com/conda-forge/staged-recipes/pull/19616) | +| [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) | Uma ferramenta para sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa | [bioconda/bioconda-recipes#35930](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35930) | +| [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) | Tipador in silico de Proteína Ligante de Penicilina para Streptococcus pneumoniae | [bioconda/bioconda-recipes#36222](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/36222) | +| [pHierCC](https://github.com/zheminzhou/pHierCC) | Agrupamento hierárquico de cgMLST | [bioconda/bioconda-recipes#37070](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/37070) | +| [pmga](https://github.com/CDCgov/BMGAP) | Versão de linha de comando do PMGA (PubMLST Genome Annotator) | [bioconda/bioconda-recipes/#32801](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/32801) | +| [property-manager](https://github.com/xolox/python-property-manager) | variantes de propriedades úteis para programação em Python | [conda-forge/staged-recipes#9442](https://github.com/conda-forge/staged-recipes/pull/9442) | +| [RFPlasmid](https://github.com/aldertzomer/RFPlasmid) | previsão de contigs de plasmídeos a partir de montagens | [bioconda/bioconda-recipes#25849](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/25849) | +| [SerotypeFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/serotypefinder/src/master/) | Identifica o sorotipo em isolados de E. coli total ou parcialmente sequenciados | [bioconda/bioconda-recipes#29718](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/29718) | +| [shovill-se](https://github.com/rpetit3/shovill) | Um fork do Shovill que inclui suporte para reads de extremidade única | [bioconda/bioconda-recipes#26040](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/26040) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | método computacional para encontrar tipos *spa* | [bioconda/bioconda-recipes#26044](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/26044) | +| [sra-human-scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) | Identifica e remove reads humanas de arquivos FASTQ | [bioconda/bioconda-recipes#29926](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/29926) | +| [staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) | Uma versão independente do método de tipagem SCCmec do Staphopia | [bioconda/bioconda-recipes#28214](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/28214) | +| [tbl2asn-forever](https://github.com/rpetit3/tbl2asn-forever) | use o tbl2asn para sempre fingindo que ainda é 2019 | [bioconda/bioconda-recipes#20073](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/20073) | +| [vcf-annotator](https://github.com/rpetit3/assembly-scan) | Adiciona anotações biológicas a variantes em um arquivo VCF fornecido | [bioconda/bioconda-recipes#13417](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/13417) | + +:::note[Cada receita recebe um contêiner Docker e Singularity] +Muitas vezes esquecido, é importante reiterar: toda receita adicionada ao Bioconda tem um +contêiner Docker criado pelo [Biocontainers](https://biocontainers.pro/), e um contêiner +Singularity criado pelo [Galaxy Project](https://galaxyproject.org/). Esses contêineres +permitem análises reproduzíveis com controle de versão. +::: + +### Melhorias e Correções + +Um problema comum com as receitas do Bioconda é que a ferramenta funciona bem em um ambiente +Conda, mas falha quando contêinerizada por diversos motivos. Quando esses problemas ocorrem +com uma ferramenta usada pelo Bactopia, um esforço é feito para melhorar ou corrigir a receita +do Bioconda. Abaixo está uma lista de correções e melhorias em algumas receitas do Bioconda: + +| Ferramenta | Descrição | Pull Request | +|------|-------------|---------------| +| [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) | fix amrfinderplus pinning in abritamr | [bioconda/bioconda-recipes#46714](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/46714) | +| [Gubbins](https://github.com/nickjcroucher/gubbins) | adjust python pinning in gubbins | [bioconda/bioconda-recipes#46713](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/46713) | +| [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) | fix issue with sistr container | [bioconda/bioconda-recipes#46712](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/46712) | +| [RGI](https://github.com/arpcard/rgi) | Update rgi pinning for pyrodigal | [bioconda/bioconda-recipes#46669](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/46669) | +| [Snippy](https://github.com/tseemann/snippy) | pin tabix version in snippy | [bioconda/bioconda-recipes#46458](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/46458) | +| [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) | Patch ncbi-genome-download recipe | [bioconda/bioconda-recipes#41640](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/41640) | +| [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) | Update GTDB-tk recipe | [bioconda/bioconda-recipes#40333](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/40333) | +| [mlst](https://github.com/tseemann/mlst) | update midas pinnings to match docs | [bioconda/bioconda-recipes#38826](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/38826) | +| [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) | update midas pinnings to match docs | [bioconda/bioconda-recipes#38566](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/38566) | +| [smoove](https://github.com/brentp/smoove) | rebuild smoove container | [bioconda/bioconda-recipes#37394](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/37394) | +| [fasta3](https://github.com/wrpearson/fasta36) | update fasta3 to latest version | [bioconda/bioconda-recipes#37306](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/37306) | +| [pggb](https://github.com/pangenome/pggb) | Update pinnings in pggb | [bioconda/bioconda-recipes#35734](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35734) | +| [Nullarbor](https://github.com/tseemann/nullarbor) | Rebuild nullarbor container | [bioconda/bioconda-recipes#35687](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35687) | +| [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) | Update genotyphi recipe for mykrobe based analysis | [bioconda/bioconda-recipes#35388](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35388) | +| [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) | Add database to Seroba recipe | [bioconda/bioconda-recipes#35378](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35378) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Update ariba dependencies for latest pymummer | [bioconda/bioconda-recipes#35383](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35383) | +| [pymummer](https://github.com/sanger-pathogens/pymummer) | patch pymummer recipe to use system/user TMP | [bioconda/bioconda-recipes#35379](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35379) | +| [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) | Update PlasmidFinder for better container support | [bioconda/bioconda-recipes#35314](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35314) | +| [GTDB-Tk](https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk) | Allow GTDB-Tk database download with container | [bioconda/bioconda-recipes#35174](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35174) | +| [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) | update shigatyper recipe for better container support | [bioconda/bioconda-recipes#35161](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/35161) | +| [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) | Remove fastani from build fail list | [bioconda/bioconda-recipes#33556](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33556) | +| [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) | update FastANI recipe | [bioconda/bioconda-recipes#33433](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33433) | +| [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) | Update Prokka bioperl pinning | [bioconda/bioconda-recipes#33411](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33411) | +| [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) | update SsuisSero dependency | [bioconda/bioconda-recipes#33268](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33268) | +| [RGI](https://github.com/arpcard/rgi) | Improve RGI docker container | [bioconda/bioconda-recipes#33249](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33249) | +| [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) | Improve dockerbuild for Legsta | [bioconda/bioconda-recipes#33246](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/33246) | +| [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) | Update fastq-scan recipe to include jq | [bioconda/bioconda-recipes#32650](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/32650) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Patch ariba recipe with minor bug fixes | [bioconda/bioconda-recipes#32258](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/32258) | +| [PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE) | Update PIRATE recipe to include post-analysis scripts | [bioconda/bioconda-recipes#31629](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/31629) | +| [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) | rebuild ngmaster to get docker container | [bioconda/bioconda-recipes#31376](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/31376) | +| [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) | add missing dependency for agrvate | [bioconda/bioconda-recipes#31035](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/31035) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | Patch spatyper for entrypoint support | [bioconda/bioconda-recipes#30824](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/30824) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | Patch spatyper for better container support | [bioconda/bioconda-recipes#30622](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/30622) | +| [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) | Update kleborate recipe to build DB | [bioconda/bioconda-recipes#30582](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/30582) | +| [cyvcf2](https://github.com/brentp/cyvcf2) | Loosen htslib version requirement for cyvcf2 | [bioconda/bioconda-recipes#30044](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/30044) | +| [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) | Patch Kleborate's method for discovering Kaptive | [bioconda/bioconda-recipes#29623](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/29623) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | update spatyper - drop blake_sha256 requirement | [bioconda/bioconda-recipes#27321](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/27321) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper/) | ISMapper - Fix BioPython pinning | [bioconda/bioconda-recipes#26599](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/26599) | +| [CheckM](https://ecogenomics.github.io/CheckM/) | checkm-genome - fix broken pinning by older pysam version | [bioconda/bioconda-recipes#25856](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/25856) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper/) | Update ISMapper - Pin BioPython version | [bioconda/bioconda-recipes#24314](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/24314) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Patches for third party links used by Ariba | [bioconda/bioconda-recipes#24010](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/24010) | +| [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) | Add pysam pinning for Seroba | [bioconda/bioconda-recipes#17568](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/17568) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Update pysam pinning for Ariba | [bioconda/bioconda-recipes#17448](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/17448) | +| [tbl2asn](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2) | Previous version of tbl2asn has expired, updated to 25.7 | [bioconda/bioconda-recipes#16131](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/16131) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper/) | Rebuild ismapper for GCC7 migration | [bioconda/bioconda-recipes#14276](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/14276) | +| [MentaLiST](https://github.com/WGS-TB/MentaLiST) | MentaLiST v0.2.4 patch for Julia | [bioconda/bioconda-recipes#13137](https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/13137) | + +## Contribuições ao nf-core/modules + +Quando o Bactopia fez a transição para o Nextflow DSL2, isso abriu as portas para a adoção +de módulos do [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules). Esses módulos permitem +que os usuários os integrem facilmente em seus próprios pipelines Nextflow DSL2. Para apoiar +essa integração, decidi exigir que cada Bactopia Tool tivesse um módulo correspondente +disponível no nf-core/modules. Se tal módulo não estiver disponível, ele será adicionado. + +Ao adotar essa prática, foram feitas 68 contribuições ao +nf-core/modules na forma de novos módulos, atualizações de módulos e ajustes de testes. + +| Ferramenta | Descrição | Pull Request | +|------|-------------|---------------| +| [BTyper3](https://github.com/lmc297/BTyper3) | add module for btyper3 | [nf-core/modules#3817](https://github.com/nf-core/modules/pull/3817) | +| [abriTAMR](https://github.com/MDU-PHL/abritamr) | add module for abritamr_run | [nf-core/modules#3725](https://github.com/nf-core/modules/pull/3725) | +| [PneumoCaT](https://github.com/ukhsa-collaboration/PneumoCaT) | add module for pneumocat | [nf-core/modules#3592](https://github.com/nf-core/modules/pull/3592) | +| [STECFinder](https://github.com/LanLab/STECFinder) | add module for stecfinder | [nf-core/modules#2702](https://github.com/nf-core/modules/pull/2702) | +| [MIDAS](https://github.com/snayfach/MIDAS) | add module for midas/run | [nf-core/modules#2696](https://github.com/nf-core/modules/pull/2696) | +| [SRA Human Scrubber](https://github.com/ncbi/sra-human-scrubber) | add modules for sra-human-scrubber | [nf-core/modules#2694](https://github.com/nf-core/modules/pull/2694) | +| [ShigEiFinder](https://github.com/LanLab/ShigEiFinder) | add shigeifinder module | [nf-core/modules#2523](https://github.com/nf-core/modules/pull/2523) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | fix a few tests after restructure | [nf-core/modules#2234](https://github.com/nf-core/modules/pull/2252) | +| [Biohansel](https://github.com/phac-nml/biohansel) | add biohansel module | [nf-core/modules#2234](https://github.com/nf-core/modules/pull/2234) | +| [pbptyper](https://github.com/rpetit3/pbptyper) | add pbptyper module | [nf-core/modules#2005](https://github.com/nf-core/modules/pull/2005) | +| [pasty](https://github.com/rpetit3/pasty) | add module for pasty | [nf-core/modules#2003](https://github.com/nf-core/modules/pull/2003) | +| [snippy-core](https://github.com/tseemann/snippy) | add snippy/core module | [nf-core/modules#1855](https://github.com/nf-core/modules/pull/1855) | +| [Mykrobe](https://github.com/Mykrobe-tools/mykrobe) | add module for mykrobe/predict | [nf-core/modules#1818](https://github.com/nf-core/modules/pull/1818) | +| [GenoTyphi](https://github.com/katholt/genotyphi) | add module for genotyphi/parse | [nf-core/modules#1818](https://github.com/nf-core/modules/pull/1818) | +| [Seroba](https://sanger-pathogens.github.io/seroba/) | add module for seroba | [nf-core/modules#1816](https://github.com/nf-core/modules/pull/1816) | +| [PlasmidFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder) | add plasmidfinder module | [nf-core/modules#1773](https://github.com/nf-core/modules/pull/1773) | +| [mcroni](https://github.com/liampshaw/mcroni) | add mcroni module | [nf-core/modules#1750](https://github.com/nf-core/modules/pull/1750) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | add ariba module | [nf-core/modules#1731](https://github.com/nf-core/modules/pull/1731) | +| [snippy](https://github.com/tseemann/snippy) | add snippy module | [nf-core/modules#1643](https://github.com/nf-core/modules/pull/1643) | +| [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) | add shigatyper module | [nf-core/modules#1548](https://github.com/nf-core/modules/pull/1548) | +| [panaroo](https://github.com/gtonkinhill/panaroo) | add module for panaroo, fix pirate tests | [nf-core/modules#1444](https://github.com/nf-core/modules/pull/1444) | +| [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) | Update dragonflye to latest version | [nf-core/modules#1442](https://github.com/nf-core/modules/pull/1442) | +| [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) | update bakta to latest version (v1.4.0) | [nf-core/modules#1428](https://github.com/nf-core/modules/pull/1428) | +| [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) | Update test.yml for Roary module | [nf-core/modules#1419](https://github.com/nf-core/modules/pull/1419) | +| [HpsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/HpsuisSero) | add hpsuisero module | [nf-core/modules#1331](https://github.com/nf-core/modules/pull/1331) | +| [SsuisSero](https://github.com/jimmyliu1326/SsuisSero) | add ssuisero module | [nf-core/modules#1329](https://github.com/nf-core/modules/pull/1329) | +| [SISTR](https://github.com/phac-nml/sistr_cmd) | add sistr module | [nf-core/modules#1322](https://github.com/nf-core/modules/pull/1322) | +| [RGI](https://github.com/arpcard/rgi) | add rgi module | [nf-core/modules#1321](https://github.com/nf-core/modules/pull/1321) | +| [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) | add legsta module | [nf-core/modules#1319](https://github.com/nf-core/modules/pull/1319) | +| [AMRFinder+](https://github.com/ncbi/amr) | add amrfindplus module | [nf-core/modules#1284](https://github.com/nf-core/modules/pull/1284) | +| [abricate](https://github.com/tseemann/abricate) | add abricate module | [nf-core/modules#1280](https://github.com/nf-core/modules/pull/1280) | +| [mobsuite/recon](https://github.com/phac-nml/mob-suite) | add mobsuite/recon module | [nf-core/modules#1270](https://github.com/nf-core/modules/pull/1270) | +| [mash/dist](https://github.com/marbl/Mash) | add mash/dist module | [nf-core/modules#1193](https://github.com/nf-core/modules/pull/1193) | +| [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) | Fix kleborate inputs | [nf-core/modules#1172](https://github.com/nf-core/modules/pull/1172) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | fix test data path for ClonalFrameML,roary,pirate | [nf-core/modules#1085](https://github.com/nf-core/modules/pull/1085) | +| [Bakta](https://github.com/oschwengers/bakta) | add bakta module | [nf-core/modules#1085](https://github.com/nf-core/modules/pull/1085) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | use underscores in anchors and references | [nf-core/modules#1080](https://github.com/nf-core/modules/pull/1080) | +| [Scoary](https://github.com/AdmiralenOla/Scoary) | add scoary module | [nf-core/modules#1034](https://github.com/nf-core/modules/pull/1034) | +| [emmtyper](https://github.com/MDU-PHL/emmtyper) | add emmtyper module | [nf-core/modules#1028](https://github.com/nf-core/modules/pull/1028) | +| [LisSero](https://github.com/MDU-PHL/LisSero) | add lissero module | [nf-core/modules#1026](https://github.com/nf-core/modules/pull/1026) | +| [ngmaster](https://github.com/MDU-PHL/ngmaster) | add ngmaster module | [nf-core/modules#1024](https://github.com/nf-core/modules/pull/1024) | +| [meningotype](https://github.com/MDU-PHL/meningotype) | add meningotype module | [nf-core/modules#1022](https://github.com/nf-core/modules/pull/1022) | +| [SeqSero2](https://github.com/denglab/SeqSero2) | add seqsero2 module | [nf-core/modules#1016](https://github.com/nf-core/modules/pull/1016) | +| [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) | add ncbi-genome-download module | [nf-core/modules#980](https://github.com/nf-core/modules/pull/980) | +| [ClonalFrameML](https://github.com/xavierdidelot/ClonalFrameML) | add clonalframeml module | [nf-core/modules#974](https://github.com/nf-core/modules/pull/974) | +| [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) | Update agrvate version | [nf-core/modules#970](https://github.com/nf-core/modules/pull/970) | +| [ECTyper](https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping) | add ectyper module | [nf-core/modules#948](https://github.com/nf-core/modules/pull/948) | +| [TBProfiler](https://github.com/jodyphelan/TBProfiler) | add tbprofiler module | [nf-core/modules#947](https://github.com/nf-core/modules/pull/947) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | Update spatyper module (cleanup debug) | [nf-core/modules#938](https://github.com/nf-core/modules/pull/938) | +| [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) | [fix] hicap module allow optional outputs | [nf-core/modules#937](https://github.com/nf-core/modules/pull/937) | +| [fastq-scan](https://github.com/rpetit3/fastq-scan) | add fastq-scan module | [nf-core/modules#935](https://github.com/nf-core/modules/pull/935) | +| [csvtk](https://github.com/shenwei356/csvtk) | patch output extension in csvtk/concat | [nf-core/modules#797](https://github.com/nf-core/modules/pull/797) | +| [csvtk](https://github.com/shenwei356/csvtk) | add csvtk/concat module | [nf-core/modules#785](https://github.com/nf-core/modules/pull/785) | +| [spaTyper](https://github.com/HCGB-IGTP/spaTyper) | add spatyper module | [nf-core/modules#784](https://github.com/nf-core/modules/pull/784) | +| [PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE) | add pirate module | [nf-core/modules#777](https://github.com/nf-core/modules/pull/777) | +| [Roary](https://github.com/sanger-pathogens/Roary) | add roary module | [nf-core/modules#776](https://github.com/nf-core/modules/pull/776) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper/) | add ismapper module | [nf-core/modules#773](https://github.com/nf-core/modules/pull/773) | +| [hicap](https://github.com/scwatts/hicap) | add hicap module | [nf-core/modules#772](https://github.com/nf-core/modules/pull/772) | +| [mashtree](https://github.com/lskatz/mashtree) | add mashtree module | [nf-core/modules#767](https://github.com/nf-core/modules/pull/767) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | update tests for 12 modules for new config | [nf-core/modules#758](https://github.com/nf-core/modules/pull/758) | +| [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) | Update agrvate to v1.0.1 | [nf-core/modules#728](https://github.com/nf-core/modules/pull/728) | +| [staphopia-sccmec](https://github.com/staphopia/staphopia-sccmec) | add staphopia-sccmec module | [nf-core/modules#702](https://github.com/nf-core/modules/pull/702) | +| [Dragonflye](https://github.com/rpetit3/dragonflye) | add module for dragonflye | [nf-core/modules#633](https://github.com/nf-core/modules/pull/633) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | update tests for 21 modules for new config | [nf-core/modules#384](https://github.com/nf-core/modules/pull/384) | +| [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) | Update Prokka modules - add process label | [nf-core/modules#350](https://github.com/nf-core/modules/pull/350) | +| [nf-core/modules](https://github.com/nf-core/modules) | README - Fix link describing process labels | [nf-core/modules#349](https://github.com/nf-core/modules/pull/349) | +| [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) | Update shovill module | [nf-core/modules#337](https://github.com/nf-core/modules/pull/337) | +| [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) | add prokka module | [nf-core/modules#298](https://github.com/nf-core/modules/pull/298) | + +## Outras Contribuições + +Além do Bioconda e do nf-core/modules, o Bactopia fez 26 contribuições a outras ferramentas, incluindo: + +| Ferramenta | Descrição | Pull Request | +|------|-------------|---------------| +| [MOB-suite](https://github.com/phac-nml/mob-suite) | fix hostrange() missing 1 required positional argument: 'database_directory' | [phac-nml/mob-suite#149](https://github.com/phac-nml/mob-suite/pull/149) | +| [bioconda-utils](https://github.com/bioconda/bioconda-utils) | chore: update change visibility action | [bioconda/bioconda-utils#873](https://github.com/bioconda/bioconda-utils/pull/873) | +| [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) | Convert Travis CI to Github Actions | [tseemann/prokka#662](https://github.com/tseemann/prokka/pull/662) | +| [bioconda-utils](https://github.com/bioconda/bioconda-utils) | chore: add CI to changevisibility of private containers | [bioconda/bioconda-utils#835](https://github.com/bioconda/bioconda-utils/pull/835) | +| [bioconda-containers](https://github.com/bioconda/bioconda-containers) | Patch - small fix on merge command and quay toggle visibility | [bioconda/bioconda-containers#54](https://github.com/bioconda/bioconda-containers/pull/54) | +| [Shigatyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) | Incorporate patches from Bioconda | [CFSAN-Biostatistics/shigatyper#14](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper/pull/14) | +| [EToKi](https://github.com/lskatz/EToKi) | let tempfile determine where to put temp files | [lskatz/EToKi#2](https://github.com/lskatz/EToKi/pull/2) | +| [EToKi](https://github.com/lskatz/EToKi) | Allow multiple path parameters on the configure step | [lskatz/EToKi#1](https://github.com/lskatz/EToKi/pull/1) | +| [Seroba](https://github.com/sanger-pathogens/seroba) | let tempfile determine temp dir location | [sanger-pathogens/seroba#68](https://github.com/sanger-pathogens/seroba/pull/68) | +| [pymummer](https://github.com/sanger-pathogens/pymummer) | allow the user to specify temp dir or use the system default | [sanger-pathogens/pymummer#36](https://github.com/sanger-pathogens/pymummer/pull/36) | +| [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) | Fix install process | [CFSAN-Biostatistics/shigatyper#10](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper/pull/10) | +| [legsta](https://github.com/tseemann/legsta) | use grep -q to play nice with bioconda docker build | [tseemann/legsta#17](https://github.com/tseemann/legsta/pull/17) | +| [ShigaTyper](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper) | Add single-end and ONT support, add GitHub Actions, update readme | [CFSAN-Biostatistics/shigatyper#9](https://github.com/CFSAN-Biostatistics/shigatyper/pull/9) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Ignore comments column and drop Bio.Alphabet | [sanger-pathogens/ariba#319](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/pull/319) | +| [BioContainers](https://github.com/BioContainers/multi-package-containers) | Add ClonalFrameML and maskrc-svg multipackage | [BioContainers/multi-package-containers#1923"](https://github.com/BioContainers/multi-package-containers/pull/1923) | +| [Kleborate](https://github.com/katholt/Kleborate) | Add --kaptive_path to specify path to kaptive data | [katholt/Kleborate#59](https://github.com/katholt/Kleborate/pull/59) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | fix SPAdes version capture | [sanger-pathogens/ariba#315](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/pull/315) | +| [AgrVATE](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE) | Fix for dots in sample names | [VishnuRaghuram94/AgrVATE#9](https://github.com/VishnuRaghuram94/AgrVATE/pull/9) | +| [PIRATE](https://github.com/SionBayliss/PIRATE) | Add minimum feature length option | [SionBayliss/PIRATE#53](https://github.com/SionBayliss/PIRATE/pull/53) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Fix for changes in PubMLST url | [sanger-pathogens/ariba#305](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/pull/305) | +| [Ariba](https://github.com/sanger-pathogens/ariba) | Solution 1: for fixing CARD download | [sanger-pathogens/ariba#302](https://github.com/sanger-pathogens/ariba/pull/302) | +| [bowtie2](https://github.com/BenLangmead/bowtie2) | Rename VERSION to BOWTIE2_VERSION | [BenLangmead/bowtie2#302](https://github.com/BenLangmead/bowtie2/pull/302) | +| [phyloFlash](https://github.com/HRGV/phyloFlash) | Improved single end support | [HRGV/phyloFlash#102](https://github.com/HRGV/phyloFlash/pull/102) | +| [ISMapper](https://github.com/jhawkey/IS_mapper) | set min_range and max_range args to be a float | [jhawkey/IS_mapper#38](https://github.com/jhawkey/IS_mapper/pull/38) | +| [maskrc-svg](https://github.com/kwongj/maskrc-svg) | Add requirements.txt for python modules | [kwongj/maskrc-svg#2](https://github.com/kwongj/maskrc-svg/pull/2) | +| [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) | Added shovill-se for processing single-end reads | [tseemann/shovill#105](https://github.com/tseemann/shovill/pull/105) | diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx new file mode 100644 index 00000000..d1ead4ec --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx @@ -0,0 +1,67 @@ +--- +title: Impact & Outreach +description: >- + Descubra como o Bactopia está causando impacto e contribuindo com a comunidade. +sidebar_position: 1 +--- + +import {CardGrid, Card} from '@site/src/components/CardGrid'; + +# Impact & Outreach + +Mais de 1 milhão de downloads do Bactopia atestam sua confiabilidade e uso difundido. Abaixo estão +alguns links para saber mais sobre o impacto e o alcance do Bactopia na comunidade. + + + + + + + + +## Financiamento + +O apoio a este projeto veio (em parte) de uma bolsa de Bioinformática em Saúde Pública da Emory +financiada pelo [CDC Emerging Infections Program](https://dph.georgia.gov/EIP), pela +[Wyoming Public Health Division](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo +[Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/), +e pelo [CZI Open Science Program (EOSS6)](https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/enhancing-the-bactopia-ecosystem-with-trainings-and-visual-reports/). + + diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/presentations.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/presentations.md new file mode 100644 index 00000000..fce5d186 --- /dev/null +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/presentations.md @@ -0,0 +1,148 @@ +--- +title: Apresentações +description: >- + Uma coleção curada de palestras e pôsteres relacionados ao Bactopia. +sidebar_position: 5 +--- + +Abaixo, você encontrará uma coleção curada de palestras, pôsteres e posts de blog que exploram +diversos aspectos do Bactopia. Esses recursos oferecem insights valiosos sobre as capacidades, +funcionalidades e contribuições da comunidade do Bactopia. Se você tiver dúvidas sobre qualquer uma das +apresentações ou desejar utilizar o material para sua própria pesquisa ou fins educacionais, +não hesite em entrar em contato. Terei prazer em ajudar e conversar mais a respeito. + +## Workshops + +- _Workshop para uso do Bactopia (março de 2023)_ +Um workshop realizado com o [CDC Enteric Diseases Laboratory Branch (EDLB)](https://www.cdc.gov/ncezid/dfwed/edlb/index.html), apresentando +o Bactopia e as Bactopia Tools. Este workshop forneceu uma visão geral das muitas partes do Bactopia. Os participantes analisaram genomas com +o Bactopia e usaram as Bactopia Tools para expandir suas análises de forma fluida. Para este workshop, seguimos os passos fornecidos pelo +[Bactopia Workshop](https://github.com/bactopia/bactopia-workshop). +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2023-bactopia-edlb-workshop.pdf) + +## Palestras + +- _How we avoided AI slop in Bactopia (abril de 2026)_ +Uma palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [Nextflow Summit Boston 2026](https://summit.nextflow.io/2026/boston/overview/). Esta palestra abordou os desafios do uso de LLMs durante o desenvolvimento do Bactopia, bem como as etapas para garantir o uso eficaz de LLMs no futuro. +Vídeo: _em breve!_ +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2026-rp3-bactopia-nf-summit.pdf) + +- _Bactopia - Enhancing and expanding the Bactopia framework (outubro de 2024)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS)](https://asm.org/events/asm-ngs/home). Esta palestra destacou como o Bactopia evoluiu de um pipeline completo para um framework mais flexível, capaz de se adaptar rapidamente às necessidades dos usuários. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2024-asmngs-bactopia.pdf) + +- _Introduction to Bactopia for Bacterial Genome Analysis (junho de 2024)_ +Uma palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no encontro mensal do Technical Outreach and Assistance for States Teams (TOAST). Esta palestra apresentou o Bactopia aos participantes e mostrou como utilizá-lo em suas análises genômicas. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2024-bactopia-toast.pdf) + +- _Bactopia v3 - Enhancements for public health genomic surveillance (dezembro de 2023)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [Nextflow Summit - Boston 2023](https://summit.nextflow.io/boston/). Esta palestra destacou como o Bactopia foi reconstruído na versão 3 para melhor apoiar a vigilância genômica contínua de patógenos bacterianos. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2023-bactopiav3-nf-summit-boston.pdf) + +- _Designing mechanisms into Bactopia to support its users and contribute back to the community (outubro de 2022)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [Nextflow Summit 2022](https://summit.nextflow.io/). Esta palestra aborda como o Bactopia foi projetado para reduzir a carga de manutenção e ao mesmo tempo contribuir de volta para a comunidade. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/I0z1z7EKv2M) +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-nextflow-summit.pdf) + +- _Bactopia & it's usage of nf-core components (julho de 2022)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [série nf-core Bytesize](https://nf-co.re/events/2022/bytesize-bactopia). Esta palestra aborda como o Bactopia modificou e aplicou alguns componentes do nf-core. +Vídeo: [YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=egjgcmeJ0wQ) +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-nf-core-bytesize-bactopia.pdf) + +- _Using Bactopia for the complete analysis of bacterial genomes (abril de 2022)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [African Bioinformatics Network Webinar](https://twitter.com/AfriBioinfoNet/status/1514593623710519299?s=20&t=ntqNaWDlqXt-M946vRtF3g). Nesta palestra, é fornecida uma introdução ao Bactopia e uma demonstração de como utilizá-lo em suas próprias análises. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/x-xNO1zZ54s) +Slides: [Web](https://bit.ly/3LA2SiB), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-abn-bactopia.pdf) + +- _Deeper dives, workflows and Bactopia (fevereiro de 2022)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [CLIMB Big Data - Bioinformatics Skills for Microbial Genomics Workshop](https://www.climb.ac.uk/bioinformatics-skills-microbial-genomics/), cobrindo tópicos como [Bioconda](https://bioconda.github.io/), [nf-core](https://nf-co.re/), e uma pequena visão dos bastidores do Bactopia. +Vídeo: [YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=s0nxMZd58VY) +Slides: [Web](https://bit.ly/32PNhue), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-bactopia-climb-binf-wokshop.pdf) + +- _Bactopia and using workflow managers in bioinformatics (janeiro de 2022)_ +Nos episódios 72 e 73 do [Micro Binfie Podcast](https://soundcloud.com/microbinfie), discutimos as origens do Bactopia e tudo que ele oferece. Também abordamos por que você deve considerar o uso de gerenciadores de fluxo de trabalho em suas análises bioinformáticas. +Sound Cloud: [Parte 1](https://soundcloud.com/microbinfie/bactopia-part-1), [Parte 2](https://soundcloud.com/microbinfie/bactopia-part-2) + +- _Integrating Staphopia into S. aureus genomic investigations (fevereiro de 2021)_ +Uma breve palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [Virtual _S. aureus_ Seminar Series Early Career Symposium](https://twitter.com/Keenan__Lacey/status/1352391835994509314), demonstrando como você pode usar o [Staphopia](https://staphopia.emory.edu/) para a análise de _S. aureus_. O Staphopia agora faz parte do Bactopia. +Vídeo: [YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=ijW_ZwZrwSs) +Slides: [Web](https://bit.ly/3asgn2C), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2021-integrating-staphopia.pdf) + +- _Bacterial Genome Analysis Using Bactopia (maio de 2020)_ +A palestra apresentada por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) no [State Public Health Bioinformatics (StaPH-B) Monthly Webinar](https://staphb.org/videos.html), que fornece uma introdução ao Bactopia e algumas das práticas iniciais implementadas nele. +Vídeo: [YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=hECn_fTr_uM) +Slides: [Web](http://bit.ly/3aKszf4), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2020-staph-b-bactopia.pdf) + +- _Bacterial Genome Analysis Workflows: Staphopia and Bactopia (março de 2020)_ +A palestra apresentada por [Dr. Timothy Read](https://twitter.com/tdread_emory) na série de webinars do NIAID, que fornece uma visão geral dos pipelines Bactopia e Staphopia e como você pode usá-los para investigar genomas bacterianos. +Slides: [Web](https://bit.ly/3lQpZKo), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2020-niaid-bactopia-staphopia.pdf) + +## Pôsteres + +- _Bactopia v4: A Scalable Bacterial Genome Surveillance Pipeline (maio de 2026)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [APHL 2026](https://www.aphl.org/conferences/annualmeeting/Pages/default.aspx) descrevendo as últimas mudanças no Bactopia. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2026-bactopia-poster.pdf) + +- _Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (setembro de 2024)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência [AMD Days 2024](https://www.aphl.org/programs/infectious_disease/Pages/AMD-Days.aspx) descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2024-amddays-bactopia.pdf) + +- _Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (maio de 2024)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência [Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future](https://www.lanl.gov/conferences/sequencing-finishing-analysis-future/index.php) descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2024-aphl-bactopia.pdf) + +- _Expanding Bactopia as a framework for bacterial, fungal, and metagenomic analysis (maio de 2024)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência [APHL 2024](https://www.aphl.org/conferences/annualmeeting/Pages/default.aspx) descrevendo as últimas mudanças no Bactopia, incluindo novos fluxos de trabalho nomeados e suporte ao AllTheBacteria. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2024-aphl-bactopia.pdf) + +- _Bactopia v3 - Enhancements for on-going genomic surveillance of bacterial pathogens (junho de 2023)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência [Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future](https://www.lanl.gov/conferences/sequencing-finishing-analysis-future/index.php) destacando as últimas mudanças no Bactopia v3. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2023-sfaf-poster.pdf) + +- _Supporting the bioinformatics community by supporting Bactopia users (outubro de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência [ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS)](https://asm.org/Events/ASM-NGS/Home) descrevendo como o Bactopia foi projetado para reduzir a carga de manutenção e ao mesmo tempo contribuir de volta para a comunidade. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-asmngs.pdf) + +- _Using Bactopia for highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (agosto de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [11th International Conference on Emerging Infectious Diseases (ICEID)](https://www.iceid.org/) descrevendo como você pode usar o Bactopia em suas análises de genomas bacterianos. +Slides: [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-iceid-poster-final.pdf) + +- _Using Bactopia for highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (maio de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na conferência presencial [Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future](https://www.lanl.gov/conferences/sequencing-finishing-analysis-future/index.php) descrevendo como você pode usar o Bactopia em suas análises de genomas bacterianos. +Slides: [Web](https://bit.ly/3QCgrkB), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-sfaf-poster-final.pdf) + +- _Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (abril de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [APHL Annual Conference](https://www.aphl.org/conferences/annualmeeting/Pages/default.aspx) cobrindo o Bactopia e formas de utilizá-lo em suas próprias análises. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/pWVa-blIw48) +Slides: [Web](https://bit.ly/3OLWDdu), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-aphl-conference.pdf) + +- _Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (abril de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [resistencia antimicrobiana -- Genomes, Big Data and Emerging Technologies (Virtual Conference)](https://coursesandconferences.wellcomeconnectingscience.org/event/antimicrobial-resistance-genomes-big-data-and-emerging-technologies-virtual-conference-20220427/) cobrindo o Bactopia e formas de utilizá-lo em suas próprias análises. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/pWVa-blIw48) +Slides: [Web](https://bit.ly/3OLWDdu), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-wellcome-amr-conference.pdf) + +- _Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (março de 2022)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future](https://www.lanl.gov/conferences/sequencing-finishing-analysis-future/index.php) apresentando uma prévia da versão 2 do Bactopia e as muitas mudanças que ela traria. +Slides: [Web](https://bit.ly/3i6bBvM), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2022-sfaf-eposter-bactopia-v2-part2.pdf) + +- _Bactopia v2: Highly scalable, portable and customizable bacterial genome analyses (setembro de 2021)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [Sequencing to Function: Analysis and Applications for the Future](https://www.lanl.gov/conferences/sequencing-finishing-analysis-future/index.php) apresentando uma prévia da versão 2 do Bactopia e as muitas mudanças que ela traria. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/boRuctfZTfw) +Slides: [Web](https://bit.ly/3u4UbVN), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2021-sfaf-eposter-bactopia-v2.pdf) + +- _Using Bactopia to process 67,000 Staphylococcus aureus genomes with AWS Batch (maio de 2021)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [Applied Bioinformatics & Public Health Microbiology 2021](https://coursesandconferences.wellcomeconnectingscience.org/event/applied-bioinformatics-and-public-health-microbiology-virtual-conference-20210505/) que descreve como o Bactopia foi usado para processar 67.000 genomas em apenas 5 dias (!) usando o AWS Batch. +Vídeo: [YouTube](https://youtu.be/JywoIlD4-l0) +Slides: [Web](https://bit.ly/3sAslOT), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2021-abphm-eposter-bactopia-aws.pdf) + +- _A Flexible Pipeline for Complete Analysis of Bacterial Genomes (dezembro de 2020)_ +Um pôster apresentado por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com) na [4th ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines (ASMNGS)](https://asm.org/Events/ASM-NGS/Home) que fornece uma visão geral do Bactopia, dos Bactopia Datasets e das Bactopia Tools. +Slides: [Web](https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13347992.v1), [PDF](https://datasets.bactopia.io/media/2020-asmngs-eposter-bactopia.pdf) + +## Posts de Blog + +- _[An introduction to running Bactopia on Amazon Web Services (maio de 2021)](https://emergent.emory.edu/blog/posts/aws-bactopia-intro/)_ +Um post escrito por [Dr. Timothy Read](https://twitter.com/tdread_emory), descrevendo do início ao fim como ele configurou o Bactopia para rodar no Amazon Web Services (AWS). + +- _[Using AWS Batch to process 67,000 genomes with Bactopia (dezembro de 2020)](https://emergent.emory.edu/blog/posts/bactopia-aws-and-67000-genomes/)_ +Um post escrito por [Dr. Robert A Petit III](https://www.robertpetit.com), oferecendo um olhar aprofundado sobre como ele usou o Bactopia para processar 67 mil genomas no AWS Batch. From e04b7bb527606fcfb8fca5380287595971ad0bee Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 13:58:38 -0600 Subject: [PATCH 07/11] fix build: copy blog images, fix translated anchor references - Copy blog post images to i18n directory (relative paths need local copies) - Fix broken anchor links in PT full-guide and tutorial where translated headings generate different slug anchors than the English originals Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- .../2026/04/29-bactopia-v4/img/image1.png | Bin 0 -> 33261 bytes .../2026/04/29-bactopia-v4/img/image2.png | Bin 0 -> 214087 bytes .../2026/04/29-bactopia-v4/img/image3.png | Bin 0 -> 451420 bytes .../current/full-guide.mdx | 2 +- .../current/tutorial.md | 4 ++-- 5 files changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/img/image1.png create mode 100644 i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2026/04/29-bactopia-v4/img/image2.png create mode 100644 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zmBpstJwWVzD)4sepWHrtlK%X^4f}gUM}@bo^s&K+FcMdf8W}z{e+X_Jl@HeX&k^}j zB#rH1ZNEi&4e(cG8`-ARMQhdbW52|9IQ~n~<>-hB##hHXbM|jQ{MR-Aqul@3QU8B! z(P?N<^;~;bocaIfBv(!nL$N$}waSCX|6^$X6Q=(wTK_**g6}lEyeeR)wS__vGk#v5uADy3mS!Ln-af{o|d1g)#rwBQ+Vx$2|*ygz3`%Qkp&E^NI*CbJ$H_0l}Gk6ATLm~qUyOHkcc;9Qq&|HR#fYhJ=ywS@A9wIUPlX6QxcS# zTX30uOB=%4h0cQC`QlC+r-P4u9+$_L%{Jz@*@Fhh28-pba(){DrBh--194v*Bo~ea QhzN^;u8B^i){FQ52SjM}v;Y7A literal 0 HcmV?d00001 diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx index 4182e790..76acda93 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/full-guide.mdx @@ -290,7 +290,7 @@ sequências de proteínas anotadas. A etapa `merlin` seleciona e executa automaticamente ferramentas de tipagem específicas por espécie com base nos resultados de distância Mash da etapa `sketcher`. Ative com `--ask_merlin`. Consulte a -seção de saídas de [Análise Específica de Patógenos](#pathogen-specific-analysis) abaixo para a +seção de saídas de [Análise Específica de Patógenos](#análise-específica-de-patógenos) abaixo para a lista completa de organismos e ferramentas suportados. ## Uso diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md index c3526122..c6b82431 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/tutorial.md @@ -649,7 +649,7 @@ parâmetros `--r1`/`--r2` (paired-end), `--se` (single-end) e `--sample`. :::tip[Saiba mais no Guia do Iniciante] Para saber mais sobre esses parâmetros, consulte a seção -[Guia do Iniciante -> Amostra Única](./beginners-guide#single-sample). Cada um desses +[Guia do Iniciante -> Amostra Única](./beginners-guide#amostra-única). Cada um desses parâmetros está descrito em detalhes. ::: @@ -848,7 +848,7 @@ FOFN necessário para processar múltiplas amostras. :::tip[Saiba mais no Guia do Iniciante] Para saber mais sobre esses parâmetros, consulte a seção -[Guia do Iniciante -> Amostras Locais](./beginners-guide#local-samples). Cada um desses +[Guia do Iniciante -> Amostras Locais](./beginners-guide#amostras-locais). Cada um desses parâmetros está descrito em detalhes. ::: From be6885e275294629a58d14c7ee1bfd6ab1871bfa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 14:00:28 -0600 Subject: [PATCH 08/11] fix broken link to full-guide in beginners-guide (EN and PT) Changed full-guide.md to ./full-guide.mdx to match actual filename and use proper relative path syntax. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- docs/beginners-guide.md | 2 +- .../docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md | 2 +- 2 files changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/docs/beginners-guide.md b/docs/beginners-guide.md index 31a2b275..d2af3a99 100644 --- a/docs/beginners-guide.md +++ b/docs/beginners-guide.md @@ -22,7 +22,7 @@ few examples of each of these accepted inputs, including: Towards the end of this guide, we'll also take a look at some helpful parameters. If you are interested in learning more about the full set of parameters available in Bactopia, -please check out the [Full Guide](full-guide.md) section. +please check out the [Full Guide](./full-guide.mdx) section. ![Bactopia Workflow](/img/bactopia-workflow.png) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md index 8e16f09b..ccb499ad 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md @@ -22,7 +22,7 @@ seguir fornecerá alguns exemplos de cada uma dessas entradas aceitas, incluindo Ao final deste guia, também vamos dar uma olhada em alguns parâmetros úteis. Se você estiver interessado em aprender mais sobre o conjunto completo de parâmetros disponíveis -no Bactopia, consulte a seção [Guia Completo](full-guide.md). +no Bactopia, consulte a seção [Guia Completo](./full-guide.mdx). ![Bactopia Workflow](/img/bactopia-workflow.png) From 072cd27239ac9f457db2d070c3947719bc13f429 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 14:00:59 -0600 Subject: [PATCH 09/11] fix typo in config --- .vscode/settings.json | 30 ++++++++++++++++++++++++++++++ docusaurus.config.ts | 2 +- 2 files changed, 31 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/.vscode/settings.json b/.vscode/settings.json index 157e31c8..d0c893a9 100644 --- a/.vscode/settings.json +++ b/.vscode/settings.json @@ -10,6 +10,7 @@ "ASMNGS", "aspera", "authorships", + "Bacto", "Bactopia", "bakta", "basepair", @@ -34,12 +35,15 @@ "contigs", "cpus", "Csvtk", + "cyvcf", "datahub", + "dockerbuild", "Dragonflye", "easyops", "EDLB", "emmtyper", "endfor", + "Enterobase", "EOSS", "fasp", "FASTA", @@ -54,36 +58,55 @@ "ftype", "gaeip", "genbank", + "Geno", + "genotyphi", "groovydoc", + "GTDB", "Gubbins", + "Haemophilus", "Haha", + "Hier", + "htslib", "ICEID", + "influenzae", "Kleborate", "Kmer", "kmers", + "Legsta", "llms", + "Mashpit", "metagenomic", "MKDOCS", "mlst", "MRSA", + "mykrobe", "Nanoplot", "Nanopore", "NATA", "NCBI", + "Neisseria", "nextflow", "nfconfig", + "ngmaster", "NIAID", "noopener", + "nullarbor", "OPENALEX", "panaroo", "pbptyper", + "pggb", "phix", "PHRED", "Pigz", + "PMGA", + "pneumoniae", "porechop", + "Português", "PRJNA", "Prokka", "Pseudomonas", + "pymummer", + "pyrodigal", "pysam", "pytest", "pyyaml", @@ -95,19 +118,26 @@ "samplesheet", "sccmec", "Seqera", + "Sero", "Seroba", "serogrouping", + "shigatyper", "Shovill", "silico", + "sistr", "slurm", + "smoove", "spatyper", + "Ssuis", "Staphopia", "subsampling", "subworkflow", "subworkflows", + "tabix", "taxid", "trimq", "typer", + "Typhi", "Unicycler", "wyphd" ] diff --git a/docusaurus.config.ts b/docusaurus.config.ts index b96a4472..912604fd 100644 --- a/docusaurus.config.ts +++ b/docusaurus.config.ts @@ -72,7 +72,7 @@ const config: Config = { locales: ['en', 'pt'], localeConfigs: { en: { label: 'English', direction: 'ltr' }, - pt: { label: 'Portugues', direction: 'ltr' }, + pt: { label: 'Português', direction: 'ltr' }, }, }, From ebb0fb38fd6d97cc404c2a081effd868a0baee5e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 14:05:23 -0600 Subject: [PATCH 10/11] translate sidebar category labels to Portuguese MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Impact & Outreach -> Impacto e Divulgação Developers -> Desenvolvedores CLI Reference -> Referência CLI Modules -> Módulos Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) --- .../docusaurus-plugin-content-docs-developers/current.json | 6 +++--- i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current.json | 2 +- 2 files changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current.json b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current.json index 05b0a631..9ff50cb8 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current.json +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-developers/current.json @@ -4,11 +4,11 @@ "description": "The label for version current" }, "sidebar.developers.category.Developers": { - "message": "Developers", + "message": "Desenvolvedores", "description": "The label for category 'Developers' in sidebar 'developers'" }, "sidebar.developers.category.CLI Reference": { - "message": "CLI Reference", + "message": "Referência CLI", "description": "The label for category 'CLI Reference' in sidebar 'developers'" }, "sidebar.developers.category.Subworkflows": { @@ -16,7 +16,7 @@ "description": "The label for category 'Subworkflows' in sidebar 'developers'" }, "sidebar.developers.category.Modules": { - "message": "Modules", + "message": "Módulos", "description": "The label for category 'Modules' in sidebar 'developers'" } } diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current.json b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current.json index e1415d78..d9984d2d 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current.json +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current.json @@ -4,7 +4,7 @@ "description": "The label for version current" }, "sidebar.impact.category.Impact & Outreach": { - "message": "Impact & Outreach", + "message": "Impacto e Divulgação", "description": "The label for category 'Impact & Outreach' in sidebar 'impact'" } } From ad601ac55268c7865df044311021450edb54a9dd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Robert A. Petit III" Date: Mon, 18 May 2026 14:44:45 -0600 Subject: [PATCH 11/11] tweaks to python code --- bin/translate/api.py | 21 ++- bin/translate/cli.py | 218 ++++++++++++++++++++++++------ bin/translate/config.py | 8 ++ bin/translate/glossary.py | 31 ++++- bin/translate/prompts/pt.md | 28 ++-- bin/translate/verify.py | 82 ++++++++++- data/translations/pt/glossary.yml | 10 +- 7 files changed, 327 insertions(+), 71 deletions(-) diff --git a/bin/translate/api.py b/bin/translate/api.py index f310f837..d7494c4f 100644 --- a/bin/translate/api.py +++ b/bin/translate/api.py @@ -32,17 +32,25 @@ class TranslationResult: continuations: int +def _extract_text(response: anthropic.types.Message) -> str: + """Extract text from all text content blocks in a response.""" + return "".join( + block.text for block in response.content if hasattr(block, "text") + ) + + async def _call_once( client: anthropic.AsyncAnthropic, system: str, messages: list[dict], label: str = "", + model: str = MODEL, ) -> anthropic.types.Message: """Single API call with jittered exponential backoff on transient errors.""" for attempt in range(MAX_RETRIES): try: return await client.messages.create( - model=MODEL, + model=model, max_tokens=MAX_TOKENS, system=[{ "type": "text", @@ -71,6 +79,7 @@ async def call_claude_async( system: str, client: anthropic.AsyncAnthropic | None = None, label: str = "", + model: str = MODEL, ) -> TranslationResult: """Send a translation prompt to Claude and return the result. @@ -87,17 +96,17 @@ async def call_claude_async( full_text = "" continuations = 0 - response = await _call_once(client, system, messages, label) - full_text += response.content[0].text + response = await _call_once(client, system, messages, label, model) + full_text += _extract_text(response) total_input += response.usage.input_tokens total_output += response.usage.output_tokens while response.stop_reason == "max_tokens" and continuations < MAX_CONTINUATIONS: continuations += 1 - messages.append({"role": "assistant", "content": response.content[0].text}) + messages.append({"role": "assistant", "content": response.content}) messages.append({"role": "user", "content": "Continue exactly where you left off."}) - response = await _call_once(client, system, messages, label) - full_text += response.content[0].text + response = await _call_once(client, system, messages, label, model) + full_text += _extract_text(response) total_input += response.usage.input_tokens total_output += response.usage.output_tokens diff --git a/bin/translate/cli.py b/bin/translate/cli.py index 7b133c44..71435ac4 100644 --- a/bin/translate/cli.py +++ b/bin/translate/cli.py @@ -3,21 +3,32 @@ Usage: python -m bin.translate sync --locale pt # incremental sync python -m bin.translate sync --locale pt --full # full retranslation + python -m bin.translate sync --locale pt --dry-run # preview without API calls python -m bin.translate file --locale pt --path docs/quick-start.md python -m bin.translate verify --locale pt """ import argparse import asyncio +import re import sys import time from pathlib import Path import anthropic - -from .api import call_claude_async -from .config import PROMPTS_DIR, REPO_ROOT, TranslationError, validate_api_key -from .glossary import postprocess +from tqdm import tqdm + +from .api import TranslationResult, call_claude_async +from .config import ( + DEFAULT_PARALLEL, + MODEL, + PRICING, + PROMPTS_DIR, + REPO_ROOT, + TranslationError, + validate_api_key, +) +from .glossary import load_glossary, postprocess from .sync import ( TranslationFile, discover_files, @@ -29,6 +40,8 @@ ) from .verify import verify_file +_FENCE_RE = re.compile(r"^(`{3,})\w*\s*\n(.*)\n\1\s*$", re.DOTALL) + def _load_prompt(name: str) -> str: """Load a prompt file from the prompts directory.""" @@ -45,8 +58,21 @@ def _build_system_prompt(locale: str) -> str: locale_path = PROMPTS_DIR / f"{locale}.md" if locale_path.exists(): locale_prompt = locale_path.read_text().strip() - return f"{general}\n\n---\n\n{locale_prompt}" - return general + prompt = f"{general}\n\n---\n\n{locale_prompt}" + else: + prompt = general + + glossary = load_glossary(locale) + never = glossary.get("never_translate", []) + if never: + terms = ", ".join(never) + prompt += ( + f"\n\n---\n\n" + f"## Terms that must NEVER be translated\n\n" + f"The following terms must always remain in English exactly as written: {terms}." + ) + + return prompt def _build_user_prompt(en_text: str) -> str: @@ -58,14 +84,29 @@ def _build_user_prompt(en_text: str) -> str: ) +def _format_cost(input_tokens: int, output_tokens: int, model: str) -> str: + """Format a cost summary line for the given token counts.""" + rates = PRICING.get(model) + if not rates: + return f"Tokens: {input_tokens:,} input + {output_tokens:,} output" + input_cost = input_tokens / 1_000_000 * rates["input"] + output_cost = output_tokens / 1_000_000 * rates["output"] + total = input_cost + output_cost + return ( + f"Tokens: {input_tokens:,} input + {output_tokens:,} output\n" + f"Cost: ${total:.2f} (${input_cost:.2f} input + ${output_cost:.2f} output)" + ) + + async def _translate_file( tf: TranslationFile, locale: str, system_prompt: str, client: anthropic.AsyncAnthropic, semaphore: asyncio.Semaphore, -) -> tuple[TranslationFile, bool, str]: - """Translate a single file. Returns (file, success, message).""" + model: str = MODEL, +) -> tuple[TranslationFile, bool, str, TranslationResult | None]: + """Translate a single file. Returns (file, success, message, result).""" async with semaphore: en_text = tf.en_path.read_text() user_prompt = _build_user_prompt(en_text) @@ -77,15 +118,13 @@ async def _translate_file( system=system_prompt, client=client, label=label, + model=model, ) translated = result.text.strip() - if translated.startswith("```"): - first_newline = translated.index("\n") + 1 - translated = translated[first_newline:] - if translated.endswith("```"): - translated = translated[: -len("```")] - translated = translated.strip() + m = _FENCE_RE.match(translated) + if m: + translated = m.group(2).strip() translated = postprocess(translated, locale) @@ -93,14 +132,23 @@ async def _translate_file( tf.lang_path.write_text(translated + "\n") tokens = result.input_tokens + result.output_tokens - return (tf, True, f"OK ({tokens} tokens)") + return (tf, True, f"OK ({tokens:,} tokens)", result) except TranslationError as e: - return (tf, False, str(e)) + return (tf, False, str(e), None) except Exception as e: - return (tf, False, f"Unexpected error: {e}") + return (tf, False, f"Unexpected error: {e}", None) -async def _run_sync(locale: str, full: bool, parallel: int, include: str | None) -> int: +async def _run_sync( + locale: str, + full: bool, + parallel: int, + include: str | None, + exclude: str | None, + dry_run: bool, + model: str, + do_verify: bool, +) -> int: """Run the sync operation. Returns exit code.""" print(f"Discovering files for locale '{locale}'...") all_files = discover_files(locale) @@ -110,11 +158,28 @@ async def _run_sync(locale: str, full: bool, parallel: int, include: str | None) all_files = [f for f in all_files if include in f.relative or include in f.plugin_id] print(f" Filtered to {len(all_files)} files matching '{include}'") + if exclude: + before = len(all_files) + all_files = [f for f in all_files if exclude not in f.relative and exclude not in f.plugin_id] + print(f" Excluded {before - len(all_files)} files matching '{exclude}'") + orphaned = remove_orphaned(locale, all_files) if orphaned: - print(f" Removing {len(orphaned)} orphaned translations") - for p in orphaned: - p.unlink() + if dry_run: + print(f" Would remove {len(orphaned)} orphaned translations") + else: + print(f" Removing {len(orphaned)} orphaned translations") + for p in orphaned: + p.unlink() + + valid_keys = {f"{f.plugin_id}/{f.relative}" for f in all_files} + old_hashes = load_hashes(locale) + stale = {k for k in old_hashes if k not in valid_keys} + if stale and not dry_run: + for k in stale: + del old_hashes[k] + save_hashes(locale, old_hashes) + print(f" Pruned {len(stale)} stale hash entries") changed = find_changed_files(locale, all_files, force=full) if not changed: @@ -124,6 +189,12 @@ async def _run_sync(locale: str, full: bool, parallel: int, include: str | None) mode = "full retranslation" if full else "incremental" print(f" {len(changed)} files need translation ({mode})") + if dry_run: + for tf in changed: + status = "new" if not tf.lang_path.exists() else "changed" + print(f" {tf.plugin_id}/{tf.relative} ({status})") + return 0 + api_key = validate_api_key() system_prompt = _build_system_prompt(locale) client = anthropic.AsyncAnthropic(api_key=api_key) @@ -131,32 +202,83 @@ async def _run_sync(locale: str, full: bool, parallel: int, include: str | None) try: start = time.monotonic() - tasks = [_translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore) for tf in changed] + tasks = [ + _translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore, model) + for tf in changed + ] succeeded = 0 failed = 0 + failed_files: list[TranslationFile] = [] + total_input = 0 + total_output = 0 hashes = load_hashes(locale) - for coro in asyncio.as_completed(tasks): - tf, ok, msg = await coro - label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" - if ok: - succeeded += 1 - hashes[f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}"] = get_hash(tf.en_path) - print(f" [{succeeded + failed}/{len(changed)}] {label}: {msg}") - else: - failed += 1 - print(f" [{succeeded + failed}/{len(changed)}] FAILED {label}: {msg}") + with tqdm(total=len(changed), desc="Translating", unit="file") as pbar: + for coro in asyncio.as_completed(tasks): + tf, ok, msg, result = await coro + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + if ok: + succeeded += 1 + hashes[f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}"] = get_hash(tf.en_path) + if result: + total_input += result.input_tokens + total_output += result.output_tokens + pbar.set_postfix_str(label[-50:]) + else: + failed += 1 + failed_files.append(tf) + tqdm.write(f" FAILED {label}: {msg}") + pbar.update(1) + + # Auto-retry failed files once + if failed_files: + print(f"\nRetrying {len(failed_files)} failed files...") + retry_tasks = [ + _translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore, model) + for tf in failed_files + ] + with tqdm(total=len(failed_files), desc="Retrying", unit="file") as pbar: + for coro in asyncio.as_completed(retry_tasks): + tf, ok, msg, result = await coro + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + if ok: + succeeded += 1 + failed -= 1 + hashes[f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}"] = get_hash(tf.en_path) + if result: + total_input += result.input_tokens + total_output += result.output_tokens + pbar.set_postfix_str(label[-50:]) + else: + tqdm.write(f" RETRY FAILED {label}: {msg}") + pbar.update(1) save_hashes(locale, hashes) elapsed = time.monotonic() - start print(f"\nDone in {elapsed:.1f}s: {succeeded} translated, {failed} failed") + print(_format_cost(total_input, total_output, model)) + + if do_verify and succeeded > 0: + print("\nVerifying translated files...") + translated_files = [tf for tf in changed if tf.lang_path.exists()] + issues_count = 0 + for tf in translated_files: + vr = verify_file(tf.en_path, tf.lang_path, locale) + if not vr.ok: + issues_count += 1 + label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" + for issue in vr.issues: + print(f" {label}: {issue}") + ok_count = len(translated_files) - issues_count + print(f" Verified {len(translated_files)} files: {ok_count} ok, {issues_count} with issues") + return 1 if failed > 0 else 0 finally: await client.close() -async def _run_file(locale: str, path: str) -> int: +async def _run_file(locale: str, path: str, model: str) -> int: """Translate a single file. Returns exit code.""" source = REPO_ROOT / path if not source.exists(): @@ -176,7 +298,9 @@ async def _run_file(locale: str, path: str) -> int: try: semaphore = asyncio.Semaphore(1) - _, ok, msg = await _translate_file(tf, locale, system_prompt, client, semaphore) + _, ok, msg, result = await _translate_file( + tf, locale, system_prompt, client, semaphore, model + ) label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" if ok: hashes = load_hashes(locale) @@ -184,6 +308,8 @@ async def _run_file(locale: str, path: str) -> int: save_hashes(locale, hashes) print(f" {label}: {msg}") print(f" Written to: {tf.lang_path}") + if result: + print(f" {_format_cost(result.input_tokens, result.output_tokens, model)}") return 0 else: print(f" FAILED {label}: {msg}", file=sys.stderr) @@ -202,7 +328,7 @@ def _run_verify(locale: str) -> int: if not tf.lang_path.exists(): continue total += 1 - result = verify_file(tf.en_path, tf.lang_path) + result = verify_file(tf.en_path, tf.lang_path, locale) if not result.ok: issues_count += 1 label = f"{tf.plugin_id}/{tf.relative}" @@ -223,12 +349,17 @@ def main() -> None: sync_p = sub.add_parser("sync", help="Sync translations for a locale") sync_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") sync_p.add_argument("--full", action="store_true", help="Force full retranslation") - sync_p.add_argument("--parallel", type=int, default=10, help="Max parallel API calls") + sync_p.add_argument("--parallel", type=int, default=DEFAULT_PARALLEL, help="Max parallel API calls") sync_p.add_argument("--include", help="Only translate files matching this string") + sync_p.add_argument("--exclude", help="Skip files matching this string") + sync_p.add_argument("--dry-run", action="store_true", help="Preview what would be translated") + sync_p.add_argument("--model", default=MODEL, help=f"Claude model to use (default: {MODEL})") + sync_p.add_argument("--verify", action="store_true", help="Verify files after translation") file_p = sub.add_parser("file", help="Translate a single file") file_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") file_p.add_argument("--path", required=True, help="Relative path to English source file") + file_p.add_argument("--model", default=MODEL, help=f"Claude model to use (default: {MODEL})") verify_p = sub.add_parser("verify", help="Verify translated files") verify_p.add_argument("--locale", required=True, help="Target locale (e.g., pt)") @@ -236,9 +367,20 @@ def main() -> None: args = parser.parse_args() if args.command == "sync": - code = asyncio.run(_run_sync(args.locale, args.full, args.parallel, args.include)) + code = asyncio.run( + _run_sync( + args.locale, + args.full, + args.parallel, + args.include, + args.exclude, + args.dry_run, + args.model, + args.verify, + ) + ) elif args.command == "file": - code = asyncio.run(_run_file(args.locale, args.path)) + code = asyncio.run(_run_file(args.locale, args.path, args.model)) elif args.command == "verify": code = _run_verify(args.locale) else: diff --git a/bin/translate/config.py b/bin/translate/config.py index dedba838..f887c13e 100644 --- a/bin/translate/config.py +++ b/bin/translate/config.py @@ -13,6 +13,14 @@ MAX_CONTINUATIONS = 5 DEFAULT_PARALLEL = 10 +# Pricing per million tokens (USD) +PRICING = { + "claude-sonnet-4-6": {"input": 3.00, "output": 15.00}, + "claude-sonnet-4-5-20241022": {"input": 3.00, "output": 15.00}, + "claude-haiku-4-5-20251001": {"input": 0.80, "output": 4.00}, + "claude-opus-4-6": {"input": 15.00, "output": 75.00}, +} + # Paths PROMPTS_DIR = Path(__file__).resolve().parent / "prompts" I18N_DIR = REPO_ROOT / "i18n" diff --git a/bin/translate/glossary.py b/bin/translate/glossary.py index ebeb2104..033a169c 100644 --- a/bin/translate/glossary.py +++ b/bin/translate/glossary.py @@ -14,6 +14,15 @@ from .config import TRANSLATIONS_DATA_DIR +_CODE_REGION_RE = re.compile( + r"(`{3,})[^\n]*\n.*?\1" # fenced code blocks (``` or longer) + r"|" + r"`[^`\n]+`", # inline code spans + re.DOTALL, +) + +_PLACEHOLDER = "\x00CODE_{}\x00" + @lru_cache(maxsize=8) def load_glossary(locale: str) -> dict: @@ -24,8 +33,26 @@ def load_glossary(locale: str) -> dict: return yaml.safe_load(path.read_text()) or {} +def _protect_code(text: str) -> tuple[str, list[str]]: + """Replace code spans/fences with placeholders.""" + regions: list[str] = [] + + def _replace(m: re.Match) -> str: + regions.append(m.group(0)) + return _PLACEHOLDER.format(len(regions) - 1) + + return _CODE_REGION_RE.sub(_replace, text), regions + + +def _restore_code(text: str, regions: list[str]) -> str: + """Restore placeholders back to original code.""" + for i, original in enumerate(regions): + text = text.replace(_PLACEHOLDER.format(i), original) + return text + + def apply_glossary(text: str, locale: str) -> str: - """Apply glossary term enforcement to translated text.""" + """Apply glossary term enforcement to translated text (skips code regions).""" glossary = load_glossary(locale) if not glossary: return text @@ -85,7 +112,9 @@ def fix_unclosed_fences(text: str) -> str: def postprocess(text: str, locale: str) -> str: """Run all post-processing steps on translated text.""" + text, regions = _protect_code(text) text = apply_glossary(text, locale) text = fix_admonitions(text, locale) + text = _restore_code(text, regions) text = fix_unclosed_fences(text) return text diff --git a/bin/translate/prompts/pt.md b/bin/translate/prompts/pt.md index 6d930af9..bb41184d 100644 --- a/bin/translate/prompts/pt.md +++ b/bin/translate/prompts/pt.md @@ -6,7 +6,7 @@ https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md ### Tone and Style - Use **Brazilian Portuguese** spelling conventions (e.g., "arquivo" not "ficheiro"). -- Use informal "voce" form consistently. +- Use informal "você" form consistently. - Write in a clear, direct style appropriate for technical documentation. ### Key Term Translations @@ -21,30 +21,30 @@ Use these translations consistently throughout: | reads | reads | | contig | contig | | scaffold | scaffold | -| annotation | anotacao | -| antimicrobial resistance | resistencia antimicrobiana | -| virulence | virulencia | +| annotation | anotação | +| antimicrobial resistance | resistência antimicrobiana | +| virulence | virulência | | serotype | sorotipo | -| sequence type | tipo de sequencia | +| sequence type | tipo de sequência | | quality control | controle de qualidade | | trimming | trimagem | | mapping | mapeamento | | variant calling | chamada de variantes | -| phylogenetics | filogenetica | +| phylogenetics | filogenética | | pan-genome | pan-genoma | -| reference genome | genoma de referencia | +| reference genome | genoma de referência | | sample | amostra | | input | entrada | -| output | saida | -| parameter | parametro | -| module | modulo | +| output | saída | +| parameter | parâmetro | +| module | módulo | | subworkflow | subworkflow | | tool | ferramenta | -| installation | instalacao | -| quick start | inicio rapido | +| installation | instalação | +| quick start | início rápido | | tutorial | tutorial | | developer | desenvolvedor | -| citation | citacao | +| citation | citação | | acknowledgement | agradecimento | | usage | uso | @@ -64,7 +64,7 @@ These terms should NEVER be translated, even in prose: |---------|-----------| | Note | Nota | | Tip | Dica | -| Info | Informacao | +| Info | Informação | | Warning | Aviso | | Danger | Perigo | | Caution | Cuidado | diff --git a/bin/translate/verify.py b/bin/translate/verify.py index bcc69420..0c917805 100644 --- a/bin/translate/verify.py +++ b/bin/translate/verify.py @@ -5,9 +5,18 @@ """ import re +import unicodedata from dataclasses import dataclass, field from pathlib import Path +from .glossary import _CODE_REGION_RE, load_glossary + + +def _normalize(text: str) -> str: + """Strip accents and lowercase for fuzzy comparison.""" + nfkd = unicodedata.normalize("NFKD", text) + return "".join(c for c in nfkd if not unicodedata.combining(c)).lower() + @dataclass class VerifyResult: @@ -19,7 +28,12 @@ def ok(self) -> bool: return len(self.issues) == 0 -def verify_file(en_path: Path, lang_path: Path) -> VerifyResult: +def _strip_code_regions(text: str) -> str: + """Remove fenced code blocks and inline code spans from text.""" + return _CODE_REGION_RE.sub("", text) + + +def verify_file(en_path: Path, lang_path: Path, locale: str = "") -> VerifyResult: """Run structural checks on a translated file.""" result = VerifyResult(path=lang_path) @@ -40,6 +54,9 @@ def verify_file(en_path: Path, lang_path: Path) -> VerifyResult: _check_admonitions(en_text, lang_text, result) _check_length_ratio(en_text, lang_text, result) _check_jsx_components(en_text, lang_text, result) + if locale: + _check_never_translate(en_text, lang_text, locale, result) + _check_glossary_terms(en_text, lang_text, locale, result) return result @@ -61,20 +78,24 @@ def _check_code_blocks(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> No def _check_headers(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: - """Verify header counts match.""" + """Verify header counts match (outside code blocks).""" header_re = re.compile(r"^#{1,6}\s", re.MULTILINE) - en_count = len(header_re.findall(en_text)) - lang_count = len(header_re.findall(lang_text)) + en_prose = _strip_code_regions(en_text) + lang_prose = _strip_code_regions(lang_text) + en_count = len(header_re.findall(en_prose)) + lang_count = len(header_re.findall(lang_prose)) if en_count != lang_count: result.issues.append(f"header count mismatch: en={en_count} lang={lang_count}") def _check_admonitions(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> None: - """Verify admonition counts match and keywords are in English.""" + """Verify admonition counts match and keywords are in English (outside code blocks).""" admonition_re = re.compile(r"^:::(\w+)", re.MULTILINE) + en_prose = _strip_code_regions(en_text) + lang_prose = _strip_code_regions(lang_text) - en_matches = admonition_re.findall(en_text) - lang_matches = admonition_re.findall(lang_text) + en_matches = admonition_re.findall(en_prose) + lang_matches = admonition_re.findall(lang_prose) if len(en_matches) != len(lang_matches): result.issues.append( @@ -108,3 +129,50 @@ def _check_jsx_components(en_text: str, lang_text: str, result: VerifyResult) -> missing = en_imports - lang_imports if missing: result.issues.append(f"missing JSX imports: {missing}") + + +def _check_never_translate( + en_text: str, lang_text: str, locale: str, result: VerifyResult +) -> None: + """Verify never_translate terms appear in translation at similar frequency.""" + glossary = load_glossary(locale) + never = glossary.get("never_translate", []) + if not never: + return + + en_prose = _strip_code_regions(en_text) + lang_prose = _strip_code_regions(lang_text) + + for term in never: + pattern = re.compile(r"\b" + re.escape(term) + r"\b", re.IGNORECASE) + en_count = len(pattern.findall(en_prose)) + if en_count == 0: + continue + lang_count = len(pattern.findall(lang_prose)) + if lang_count == 0: + result.issues.append(f"never_translate term '{term}' missing from translation (en={en_count})") + + +def _check_glossary_terms( + en_text: str, lang_text: str, locale: str, result: VerifyResult +) -> None: + """Verify glossary target terms appear where source terms were used.""" + glossary = load_glossary(locale) + terms = glossary.get("terms", []) + if not terms: + return + + lang_prose_norm = " ".join(_normalize(_strip_code_regions(lang_text)).split()) + en_prose_lower = " ".join(_strip_code_regions(en_text).lower().split()) + + for entry in terms: + source = entry.get("source", "") + target = entry.get("target", "") + if not source or not target: + continue + if en_prose_lower.count(source.lower()) == 0: + continue + if _normalize(target) not in lang_prose_norm: + result.issues.append( + f"glossary term '{source}' -> '{target}' not found in translation" + ) diff --git a/data/translations/pt/glossary.yml b/data/translations/pt/glossary.yml index 7c9dacc1..d5282afd 100644 --- a/data/translations/pt/glossary.yml +++ b/data/translations/pt/glossary.yml @@ -7,25 +7,25 @@ # Terms to enforce (case-insensitive source -> exact target) terms: - source: "antimicrobial resistance" - target: "resistencia antimicrobiana" + target: "resistência antimicrobiana" - source: "quality control" target: "controle de qualidade" - source: "reference genome" - target: "genoma de referencia" + target: "genoma de referência" - source: "variant calling" target: "chamada de variantes" - source: "sequence type" - target: "tipo de sequencia" + target: "tipo de sequência" - source: "pan-genome" target: "pan-genoma" - source: "Quick Start" - target: "Inicio Rapido" + target: "Início Rápido" # Admonition title translations (Docusaurus :::keyword[Title] syntax) admonition_titles: note: "Nota" tip: "Dica" - info: "Informacao" + info: "Informação" warning: "Aviso" danger: "Perigo" caution: "Cuidado"